METAGENÓMICA

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Antecedentes.

La metagenómica se desarrolló a partir de los inconvenientes al realizar cultivos y

aislamientos de una gran parte de los microrganismos que abundan en ambientes naturales,
es por ello que se desarrolló una rama genómica.

Concepto.

La metagenómica consiste en estudiar directamente el conjunto de genomas de una

muestra global de ADN, eludiendo el requisito previo del cultivo e identificando las especies
presentes. Se conforma por dos palabras, ‘genómica’ es el orden de obtención del ADN, y
‘meta’ en griego es “más allá”, el significado completo seria “más allá del estudio del
genoma”.

Se estima que más del 99% de los microorganismos no son cultivables, por lo que este
estudio supone una alternativa para examinar este amplio porcentaje de las comunidades
microbianas que ha permanecido fuera del alcance de la investigación durante años. Este
suceso es una revolución científica gracias a su elevado rendimiento y un costo bajo.

Microorganismos puros.

Gracias a este estudio se puede lograr contener el ADN de los microorganismos en

bibliotecas de ADN en donde se encuentra toda la información genética conformando una
gran reserva genética. En la actualidad la metagenómica es utilizada para estudios
ambientales marinos y costeros hipersalinos.

Historia.
 * En 2005 el método de secuenciación de ADN, llamado pirosecuenciación, siendo capaz
poder generar varias secuencias más de 400pb en los inicios. Los secuenciadores se
desarrollaron de una manera un positivamente donde su rendimiento más adoptable
mayor y lograr tener los datos más rápidos de un metagenoma.

* NGS: Secuenciación de Segunda Generación

* GA: Purina

* El Día del Muestreo de los Océanos (OSD), campaña de muestreo simultáneo de los
océanos del mundo. Estas muestras acumuladas, relacionadas en tiempo, espacio y
parámetros ambientales, proporcionan información sobre las normas fundamentales
que describen la diversidad y función microbianas y contribuyen a la economía azul
mediante la identificación de nuevas biotecnologías derivadas del océano. Vemos los
datos OSD como un conjunto de datos de referencia para las generaciones de
experimentos a seguir en la próxima década.

Lo que esta con * no considerar en diapositivas.

La microbiología a experimentando una serie de transformaciones, ando como postura de

que los microbiólogos ven de distinta forma el estudio de microrganismo. Hasta hoy en día
los metagenomas han enumerado los datos MG-RAST, lo que representa cerca de 363.93
billones de secuencias.

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Estrategias metagenómicas.
A. BioFilms. Hace posible examinar la metagenómica de comunidades microbianas
unidas en superficies con determinadas características físicas y biológicas. Las
ventajas de estas comunidades son:
- Favorecimiento del desarrollo microbiano, debido a la gran obtención de
nutrientes absorbidos en la superficie.
- Facilitación de interacciones metabólicas y genéticas (transferencia de ADN y
ARN), debido a la cercanía de los microorganismos.
- Resistencia ante agentes antimicrobianos; debido a que entre las especies existe
sinergia.

La adhesión en superficie permite a estas comunidades agregarse y crecer

comúnmente en ríos y canalizaciones.

B. Mediante NGS: La presencia de secuencias particulares permiten caracterizar la

muestra a estudiar mediante la identificación de organismos en dicha.
- El ADN total es extraído directamente de la muestra y es fragmentado.
- Los fragmentos son secuenciados usando tecnologías de secuenciación masiva,
para luego ser ensambladas y reconstruir los genomas, obteniendo genomas
parciales.

La NGS hace posible evadir a la etapa de clonación, debido a que secuencia

directamente las fracciones de ADN.

* Antes de la implementación de las técnicas de secuenciación masiva era necesario

construir una librería de ADN mediante clonaje de forma previa a la secuenciación.

Lo que esta con * no considerar en diapositivas.

C. Basada en el gen 16S ARNr: Este gen es comúnmente utilizado en la metagenómica

desde los años noventa porque:
- Es encontrado en la totalidad de especies pertenecientes a los dominios Bacteria
y Archea. En el caso de eucariotas, se usa el 18S ARNr.
- Estos genes contienen regiones conservadas, las cuales son utilizadas para el
diseño de cebadores de PCR de amplio espectro y regiones muy variables, las
cuales son usadas para la segregación entre microorganismos y su clasificación
taxonómica.
- Es lo suficientemente informativo, y de este se disponen bases de datos con gran
número (mayor a 4 millones) de secuencias depositadas.
Protocolo básico
de un estudio
metagenómico.
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Evolución de la metagenómica.

La metagenómica ha evolucionado recientemente en una herramienta bastante fuerte para

buscar nuevas enzimas que son eficaces en empleos biotecnológicos. Para alcanzar dicho
objetivo, se han formulado técnicas que conllevan filtrado de los clones que manifiestan una
función particular, continuo por ordenamiento; a esto se le nota como investigación basado
en funciones. Por lo común, la cantidad de clones que codifican para alguna enzima de
atracción de bibliotecas ambientales se denomina deficiente. Por lo tanto, algunas veces es
necesario enriquecer un sustrato apropiado para incrementar la reiteración de
microorganismos con actividad catalítica de nuestra enzima de importancia. El pre-
enriquecimiento de la muestra provee un medio llamativo para incrementar la mejora en la
tasa de aciertos de detección. El reconocimiento de los genes diana se puede perfeccionar
de manera notoria con la aplicación de una de las diversas opciones de enriquecimiento,
que van desde un enriquecimiento de células enteras, a la elección y enriquecimiento de los
genes diana y genomas.

El enriquecimiento de un cultivo en un medio selectivo ayuda la proliferación de

microorganismos diana. Los caracteres de selección inherente pueden estar arraigados a
establecimientos nutricionales, físicas o químicas, aunque el uso de sustratos es más usado
normalmente. Por ejemplo, se consiguió una expresión de cuatro veces más genes de
celulasas con un enriquecimiento en la sociedad con carboximetilceluosa. Aunque el
crecimiento del cultivo se interpretará indispensablemente en la desorientación de una gran
cantidad de la variedad microbiana por la elección de especies de crecimiento que se
cultivan rápidamente, esto puede ser minimizado por la reducción del método de selección
a nivel deficiente, después de un pequeño periodo de tratamiento severo.

Aplicación a la Ingeniería Ambiental.

Por los inconvenientes que caracteriza el aislamiento y cultivo de la gran parte de los
microorganismos que evolucionan en ambientes naturales se ha formulado una rama de la
genómica, la metagenómica, que trata en la aplicación de métodos de ordenamiento e
identificación de genes y proteínas a microorganismos que no han sido cultivados, la
metagenómica está dando resultados con mucho futuro en el ámbito de estudio de
fenómenos de simbiosis, competición y la comunicación entre microorganismos y, la
importancia de la intervención de estos en la catálisis de los ciclos biogeoquímicos
(biominería), y los procedimientos de biodegradación de compuestos xenobióticos, por lo
que corresponde a la biotecnología ambiental, el conocimiento y el uso de estas tecnologías
manifiesta grandes ventajas en cuanto al reconocimiento de novedosos antibióticos
naturales y a la examinación de nuevas funciones génicas enlazadas con el papel de los
microorganismos en la modificación del medio ambiente. La metagenómica va a ser muy
importante e indispensable en el estudio de ecosistemas microbianos y complejos, como la
cavidad bucal, el tubo digestivo, las rizosferaas de plantas, los bentos, los ambientes
extremos (humeros submarinos) y además la simbiosis (líquenes).

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Potencial de la metagenómica en biorremediación.

Al crear una táctica para la bioremediación de algún lugar que esté infectado, la capacidad
de entenderse de las asociaciones microbianas autóctonas del lugar puede llegar a ser de
mucha utilidad, pero, el éxito de la bioremediación necesita de tres factores importantes:

1) Reconocimiento de los microorganismos que ese encuentran en el lugar infectado.

2) Examinar sus cualidades metabólicas.
3) La comprensión de las potenciales variables que se encuentran en la comunidad
microbiana en modo de solución a las modificaciones en los factores del ambiente.

Gracias a la metagenómica, y gracias al ordenamiento de la generación posterior, se ha

adquirido información esencial sobre los mecanismos moleculares y también biológicos
relacionados con la biorremediación de contaminantes del medio ambiente, grandes
autores informan sobre el ordenamiento del genoma de acinetobacter calcoacetius PHEA-
2, la cual es una bacteria que no es infecciosa y además con actividad catalítica al fenol,
previo a esto es extraído y separado de aguas residuales de una industria de refinería de
petróleo ubicado en China, dieron como conclusión que hay una gran variedad de genes
que se encuentran adaptados ambientalmente los cuales se obtuvieron por transferencia
horizontal, introduciendo una cantidad de genes de 8 kb vinculados a la degradación del
fenol. Por otra parte, la investigación de Fondi en el año 2013 nos muestra el orden del
genoma de acinetobacter venatianus VE-C3, la cual es una cepa que se aisló de la laguna de
Venecia y además fue popular por ser capaz de degradar n-alcanos. A partir de la
investigación metagenómica, los autores examinaron los genes que se encuentran en el
metabolismos de la degradación de los n-alcanos que cuentan con cadena larga. Un
investigador Yergau en el año 2012 logro secuenciar el metagenoma que se encontraba en
el suelo de un proyecto de biorremediación en Canadá, con el propósito de examinar que
microoranismos y genes funcionales son los que predominan en la degradación de
hidrocarburos a una temperatura que es baja. Las especies de Pseudomonas Rhodococcus,
Caulobacter y sphingomonads, fueron encontradas en una cantidad abundante la cual
tiende a variar conforme al tiempo, tal vez relacionada con la varianza de hidrocarburos y
además la calidad y cantidad de los nutrientes. Esta nueva tecnología se está volviendo muy
importante con un seguimiento de los procesos metabólicos y las dinámicas de las
comunidades microbianas.

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Problemas.
Tal parece que la generación de un mayor número de secuencias y de más metagenomas
de ambientes diversos, no será la parte limitante en el desarrollo de esta tecnología. Sin
embargo, el problema parece ser el análisis de las secuencias y el desarrollo de más
herramientas bioinformáticas para procesar toda la información y proporcionar un sentido
lógico desde el punto de vista biológico.

El principal problema que enfrenta el estudio funcional de las comunidades microbianas es

que la secuenciación del ADN no es suficiente, ya que ésta sólo puede revelar el potencial
entendimiento de las funciones biológicas, sin la predicción de las funciones que se
encuentran metabólicamente activas en tiempo real.

Considerando la enorme complejidad que representan muchos nichos ambientales, como

los de un biodigestor, los datos del metagenoma no pueden elucidar todas las interacciones
dentro de éste. Sin embargo, es conveniente integrar en paralelo a un metagenoma,
tecnologías como el meta-transcriptoma, meta-proteomica y meta-metabolomica, lo cual
ayudaría al entendimiento de los roles específicos de microorganismos individuales de una
determinada comunidad y sus interacciones (simbiótica, parasitaria, antagónica y sintrófica).

Conclusiones.

- A través del estudio de la metagenómica los microbiólogos han cambiado la

perspectiva sobre el estudio de la geografía microbiana, las interacciones
metabólicas y las dinámicas (competición, simbiosis y comunicación) en las
comunidades; y sobre todo actúan sobre el papel de estos en la catálisis de los
ciclos bioquímicos y también en los procesos de biodegradación de compuestos
xenobióticos.
- La metagenómica será fundamental en el estudio de ecosistemas microbianos de
complejidad como del tubo digestivo, las rizosferas de las plantas, la cavidad
bucal, los bentos, los ecosistemas con ambientes extremos y la simbiosis. Debido
a que hace posible la identificación de la totalidad de los microrganismos
presentes en una muestra, a nivel de género y especie por medio de la
amplificación y secuenciación de su ADN, sin que sea necesario realizar el cultivo
de los mismos en un laboratorio.
- Aunque es relativamente una nueva tecnología, ha conseguido un gran avance
gracias al desarrollo de nuevas técnicas de secuenciación de siguiente
generación, generando una cantidad enorme de datos, al menos en lo que
representa a número de secuencias.