Dr.

Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

¿Cuánto se demora la reacción en alcanzar al equilibrio?

¿La reacción se favorece hacia la formación de productos o

reactantes?
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

¿Cuánto se demora la reacción en alcanzar al equilibrio?

¿La reacción se favorece hacia la formación de productos o

reactantes?

Procesos Bioquímicos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Procesos Bioquímicos

¿Podemos modelar los procesos bioquímicos?

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Obje6vos Principales

•  Representar equilibrios bioquímicos simples

•  Entender las variables termodinámicas de la reacciones bioquímicas

•  Comprender la relación termodinámica-cinéCca

•  Comprender el concepto de ensamble conformacional en proteínas

•  Entender el origen energéCco de la estabilidad y plegamiento en

proteínas

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
TEMARIO GENERAL

RDE Vi 16 oct. Clase 1. Introducción a la Bio/sica Molecular.

Tópicos:

Generalización del estudio de reacciones bioquímicas (en pizarra)
Definición de Bio/sica Molecular y sus ramas de estudio
Diferentes técnicas (teóricas y experimentales) para el estudio de reacciones bioquímicas
Ejemplos

RDE Mi 21 oct. Clase 2. Aproximaciones termodinámicas al estudio de proteínas

Tópicos:

Concepto de ensamble conformacional en proteínas
Introducción a la mecánica estadísJca y su aplicación en Bio/sica Molecular

RDE Mi 21 oct. Clase 3. Modelamiento teórico de la interacción proteína-ligando

Tópicos:

Tipos de interacción proteína-ligando (“induced-fit” y “conformaJonal selecJon”)
Caso especial: catálisis
Introducción a la simulación bio/sica


 Dr. Rodrigo Díaz
RDE Vi 23 oct. Clase 4. Plegamiento y estabilidad de proteínas I. Aspectos termodinámicos.
Bio.sica Molecular

Tópicos:
Representación del plegamiento de proteínas
Origen termodinámico de la estabilidad en proteínas
Concepto de cooperaJvidad y estados de plegamiento
Simulación de plegamiento
Combinación de plegamiento y unión de ligando en la simulación

RDE Mi 28 oct. Clase 5. Plegamiento y estabilidad de proteínas II. Aspectos cinéJcos.
Plegamiento y estabilidad de proteínas III. Fenómenos de agregación y patologías asociadas.


Tópicos II:
Introducción a la cinéJca de proteínas (ecuaciones de velocidad, relación cinéJca-termodinámica,
diagrama de energía libre)
Simulación de diagrama de energía libre
Simulación de cinéJca de plegamiento
Tópicos III:
Bases moleculares de la agregación
Amiloides y agregados amorfos
Enfermedades asociadas a agregación
Amiloides funcionales
Nanomateriales



 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Aplicación de la leyes .sicas a los fenómenos biológicos

Entendimiento cuan?ta?vo de la biología

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Aplicación de la leyes .sicas a los fenómenos biológicos

MatemáJca
BioinformáJca
Química

Fisicoquímica Bioquímica Biología

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Fisiología de Canales
•  Potencial de Membrana
Bio/sica Clásica
•  Canales iónicos
•  Etc.

Nernst EquaCon
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Bio/sica Moderna

?
A B
A: Biomolécula

Termodinámica

?
CinéJca
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Michaelis-Menten: aproximación cuan?ta?va de ?po empírica

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Bio/sica Moderna

?
A B

Termodinámica

?
CinéJca
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Bio/sica Moderna

?
A B

Técnicas
Obtener canJdades
medibles de procesos
biológicos a nivel molecular
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Bio/sica Moderna

?
A B

Técnicas
Obtener canJdades
medibles de procesos Formalismos
biológicos a nivel molecular Medios para describir,
cuanJficar y generalizar
los procesos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Bio/sica Moderna

?
A B

Técnicas Conceptos
Obtener canJdades Ideas que emergen del
medibles de procesos Formalismos estudio de las moléculas
biológicos a nivel molecular Medios para describir, biológicas
cuanJficar y generalizar
los procesos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Bio/sica Moderna

?
A B

Técnicas Conceptos
Obtener canJdades Ideas que emergen del
medibles de procesos Formalismos estudio de las moléculas
biológicos a nivel molecular Medios para describir, biológicas
cuanJficar y generalizar
los procesos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Técnicas generales de estudio

?
A B

A B Observable Experimental
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Técnicas generales de estudio

Variables de estado
-  T, P, V, n, etc.
-  U, H, S, G, etc…

?
A B
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Técnicas generales de estudio

Directo

Observable

Variables de estado
-  T, P, V, n, etc
?
A B
Indirecto Observable
 Dr. Rodrigo Díaz
Técnicas generales de estudio Bio.sica Molecular

Técnicas Espectroscópicas

Técnicas Hidrodinámicas

Técnicas Calorimétricas

Técnicas Bioinformá6cas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Espectroscópicas

?
A B

Medición de los cambios en las propiedades ópJcas/

electromagnéJcas de la solución y/o sus consJtuyentes
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Espectroscópicas

?
A B

Medición de los cambios en las propiedades ópJcas/

electromagnéJcas de la solución y/o sus consJtuyentes

•  Absorción

•  Emisión

•  Dispersión

•  Difracción

•  Resonancia
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Espectro Electromagné6co
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Espectroscópicas

?
A B

Medición de los cambios en las propiedades ópJcas/

electromagnéJcas de la solución y/o sus consJtuyentes

•  DICROISMO CIRCULAR (CD)

•  FLUORESCENCIA
•  DIFRACCION RAYOS X
•  RMN
•  FTIR (Infrarrojo)
•  ESPECTROSCOPIA DE MASAS
•  MICROSCOPÍA ELECTRÓNICA
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Espectro Electromagné6co

DIFRACCION RAYOS X

DICROISMO CIRCULAR

FLUORESCENCIA

FTIR
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Espectroscópicas

?
A B

Medición de los cambios en las propiedades ópJcas/

electromagnéJcas de la solución y/o sus consJtuyentes

•  DICROISMO CIRCULAR (CD)

•  FLUORESCENCIA
•  DIFRACCION RAYOS X
•  RMN
•  FTIR (Infrarrojo)
•  ESPECTROSCOPIA DE MASAS
•  MICROSCOPÍA ELECTRÓNICA
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Espectroscópicas

En Solución Propiedades ópJcas/EM de

biomoléculas en solución

Estado Sólido Biomoléculas en estado sólido o

adsorbidas en superficie
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Espectroscópicas

•  DICROISMO CIRCULAR (CD)

•  FLUORESCENCIA
En Solución •  RMN
•  ESPECTROSCOPIA DE MASAS
•  FTIR

•  DIFRACCION DE RAYOS X
Estado Sólido •  RMN (Estado sólido)
•  FTIR
•  MICROSCOPÍA ELECTRÓNICA
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Hidrodinámicas

?
A B

Medición de cambios asociados a la densidad de los

reactantes/productos (en solución)

•  FILTRACION EN GELES
•  SEDIMENTACION
•  DISPERSION DE LUZ
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Calorimétricas

?
A B

Medición de las variaciones térmicas asociadas a las

reacciones bioquímicas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Calorimétricas

?
A B

Medición de las variaciones térmicas asociadas a las

reacciones bioquímicas

Variables de estado

-  T, P, V, n, etc.
-  U, H, S, G, etc…
?
A B
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Calorimétricas

?
A B

Medición de las variaciones térmicas asociadas a las

reacciones bioquímicas

•  MICROCALORIMETRIA (ITC, DSC)

•  TERMOFORESIS
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Técnicas Bioinformá6cas

?
A B

Simulación computacional de la reacJvidad

bioquímica

•  “DOCKING” MOLECULAR
•  DINAMICA MOLECULAR
 Dr. Rodrigo Díaz
Técnicas generales de estudio Bio.sica Molecular

Técnicas Espectroscópicas

Técnicas Hidrodinámicas

Técnicas Calorimétricas

Técnicas Bioinformá6cas

Técnicas de Molécula Unica

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

Mediciones en “volumen” (“bulk”)

?
A B
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

Mediciones en “volumen” (“bulk”)

Frecuencia
T, P, V, n

X Valor Observables
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

T, P, V, n
X
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

Histograma o Función de Distribución de Probabilidad (PDF)

T, P, V, n

Frecuencia
xi xi xi xi xi xi Valor Observables
X




 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

¿Por qué son importantes los estudios de molécula única?

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
El caso de la Kinesina
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
El caso de la Kinesina
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
El caso de la Kinesina
 Dr. Rodrigo Díaz
El caso de la Kinesina Bio.sica Molecular

 Dr. Rodrigo Díaz
El caso de la Kinesina Bio.sica Molecular

 Dr. Rodrigo Díaz
El caso de la Kinesina Bio.sica Molecular

Frecuencia

X Valor Observables
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

?
A B

Aproximaciones al estudio de moléculas únicas

•  Unión de una molécula a una superficie

•  Detección espectroscópica de una única molécula en solución

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

Unión de una molécula a una superficie

?
A B

T, P, V, n
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

?
A + B AB

A B
T, P, V, n
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

Unión de una molécula a una superficie

?
A B

•  Microscopía de Fuerza Atómica

Fuerzas
•  Pinzas Op6cas

T, P, V, n
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

Detección espectroscópica de una única molécula en solución

?
A B

?
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

Detección espectroscópica de una única molécula en solución

?
A B

Dilución
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

Detección espectroscópica de una única molécula en solución

?
A B
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

Detección espectroscópica de una única molécula en solución

?
A B

A
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas de Molécula Unica

Detección espectroscópica de una única molécula en solución

?
A B

•  Espectroscopía de Fluorescencia

Fluorescencia T, P, V, n
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Parte 2

Aproximaciones termodinámicas
al estudio de proteínas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Técnicas generales de estudio

?
A B

Observable Experimental
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Técnicas generales de estudio

Directo

Observable

Variables de estado
-  T, P, V, n, etc
?
A B
Indirecto Observable
 Dr. Rodrigo Díaz
Técnicas generales de estudio Bio.sica Molecular

Técnicas Espectroscópicas

Técnicas Hidrodinámicas

Técnicas Calorimétricas

Técnicas Bioinformá6cas

Técnicas de Molécula Unica

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Introducción a la Bio/sica Molecular

Bio/sica Moderna

?
A B

Técnicas Conceptos
Estudio de moléculas o Ideas que emergen del
procesos biológicos a Formalismos estudio de las moléculas
nivel molecular Medios para describir, biológicas
cuanJficar y generalizar
los procesos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B

•  Concentración de A y B

•  Tiempo de reacción

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
ET
G

B
ET: Estado de
transición Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
ET
GTS
G
GR

A
GP

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
ET
G

A
Termodinámica

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
ET

Ciné6ca

A
G

B
Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
ET
G

Ciné6ca
A

B
Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
Energía A B

A
B

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B

•  Independiente del “Camino”

Termodinámica •  Dependiente de los Estados
energé?cos inicial y final

Ga , GB

GB - Ga

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Termodinámica •  Independiente del “Camino”

•  Dependiente de los Estados
energé?cos inicial y final

CinéCca •  Camino-dependiente
•  Estados energé?cos del ET

GET

GET - G a ,GB

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
Energía

A
B

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Concepto de Paisaje Conformacional

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
“Paisaje Conformacional”
ET
G

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
“Paisaje Conformacional”
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
“Paisaje de Energía”
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
“Paisaje de Energía”
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
“Paisaje de Energía” ET

E
B

A
Coordinada Reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
“Paisaje de Energía”
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
“Paisaje de Energía”
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

?
A B
ET
“Paisaje de Energía”

E
A

B
Coordinada Reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Distancia C - C
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

B B1 B2 …
B ΣBi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

“Ensamble Conformacional”

B B1 B2 …
B ΣBi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

“Ensamble Conformacional”

P P1 …
P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

“Ensamble Conformacional”

A B ΣA ΣB

ΣA= ensamble conformacional de A

ΣB= ensamble conformacional de B
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Estado Termodinámico en Equilibrio

(sin perturbaciones)

P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

ΣPi + Productos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Ei Ei

Ei

Ei
Ei

ΣEi + Productos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Estado Termodinámico en Equilibrio

(sin perturbaciones)

Variables Macroscópicas
T, P, V, n
U, H, G, S

P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Estado Termodinámico en Equilibrio

(Sin perturbaciones)

Variables Macroscópicas

Gi G = ΣGi
Gi
n
Gi

Gi
Gi

P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Estado Termodinámico en Equilibrio

(Sin perturbaciones)

Variables Microscópicas

Gi
Gi
Gi

Gi

Gi
Gi

P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Estado Termodinámico en Equilibrio

(Sin perturbaciones)

Variables Microscópicas

Gi
Ui, Hi, Gi, TSi
Gi

Gi

Gi
Gi

P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Estado Termodinámico en Equilibrio

(Sin perturbaciones)

Frecuencia
Ei Ei

Ei Ei Ei Ei Ei Ei Ei Ei Ei Energía (E)



Ei
Ei
E = promedio aritméCco


ponderado

P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Estado Termodinámico en Equilibrio

(Sin perturbaciones)

Frecuencia
Ei Ei

Ei Ei Ei Ei Ei Ei Ei Ei Ei Energía (E)



Ei
Ei
E = promedio aritméCco


ponderado

P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Estado Termodinámico en Equilibrio

(Sin perturbaciones)

EM = promedio aritméCco
ponderado (Em)
Ei Ei

Ei

Ei
Ei

P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Estado Termodinámico en Equilibrio

(Sin perturbaciones)

Frecuencia?

Ei Ei

Ei

Ei
Ei

P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

Estado Termodinámico en Equilibrio

(Sin perturbaciones)

Frecuencia ≈ Probabilidad

Ei Ei

Ei
Termodinámica EstadísCca

Ei
Ei

P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Termodinámica EstadísCca

•  Probabilidad de microestados en base a sus

propiedades energéJcas/termodinámicas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Termodinámica EstadísCca
Frecuencia

Frecuencia
Ei Ei Ei Ei Ei Ei Ei Ei Energía (E) Ei Ei Ei Ei Ei Ei Ei Ei Energía (E)





Distribuciones de energía
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Macroestados

Termodinámica EstadísCca

Microestados
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Macroestados

Termodinámica Clásica
Termodinámica EstadísCca

Microestados

Termodinámica EstadísCca
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismo Termodinámico-EstadísCco de
Macromoléculas Biológicas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Parte 3

Modelamiento teórico de la interacción

proteína-ligando
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Tipos de Unión:

•  Llave cerradura

•  Encaje Inducido
•  Selección Conformacional
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Modelo “Llave-Cerradura”

•  Propuesto por Emil Fisher (1894)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Modelo “Llave-Cerradura”

•  Propuesto por Emil Fisher (1894)

¿Qué problema Cene el modelo “Llave-Cerradura?

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Encaje Inducido

•  Propuesto por Daniel Koshland (1958)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Encaje Inducido

•  Modelo clásico (catálisis

enzimáJca)
•  Modelo dominante por años
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Encaje Inducido

L
T TL RL
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Encaje Inducido

•  Propuesto por Daniel Koshland (1958)

•  Orientación precisa de grupos catalíJcos
•  El sustrato ocasiona cambios tridimensionales
significaJvos de los aminoácidos del siJo acJvo
•  El sustrato induce cambios conformacionales
que orientan los grupos catalíJcos para catálisis
eficiente
•  Se manJene la idea de encaje de la teoría llave-
cerradura, pero se propone que el encaje
ocurre después de los cambios
conformacionales inducidos por el sustrato
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Revisión a la teoría del Encaje Inducido

?
A B
“Paisaje de Energía”
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Revisión a la teoría del Encaje Inducido

Ei Ei

Ei

Ei
Ei

ΣEi + Productos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Revisión a la teoría del Encaje Inducido

¿Exis?rá la conformación “inducida” dentro del ensamble conformacional?

Ei Ei

Ei

Ei
Ei

ΣEi + Productos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Selección Conformacional

T R L

RL
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Selección Conformacional

•  La conformación de encaje
es pre-existente en el
ensamble conformacional
de la proteína
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Selección Conformacional

•  La conformación de encaje
es pre-existente en el
ensamble conformacional
de la proteína
•  La unión del ligando (L)
modifica el paisaje de
energía del sistema,
estabilizando la
conformación unida
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Selección Conformacional

•  La conformación de encaje
es pre-existente en el
ensamble conformacional
de la proteína
•  La unión del ligando (L)
modifica el paisaje de
energía del sistema,
estabilizando la
conformación unida

¿Por qué?
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Encaje Inducido versus Selección Conformacional

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Encaje Inducido (EI) versus Selección

Conformacional (SC)

•  Aspecto debaJdo en bioquímica

•  Evidencia experimental a favor de SC
aumenta cada vez más
•  Dificultad de comprobar
experimentalmente los ensambles
conformacionales
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Encaje Inducido (EI) versus

Selección Conformacional (SC)

•  Dificultad de comprobar
Ei
experimentalmente los Ei
ensambles
conformacionales Ei

•  Energía (probabilidad) de las Ei

diferentes conformaciones Ei
•  Velocidad de intercambio entre
los estados
? P P1 …
P ΣPi
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Encaje Inducido (EI) versus Selección

Conformacional (SC)

•  Dificultad de comprobar
experimentalmente los ensambles
conformacionales
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Encaje Inducido (EI) versus Selección

Conformacional (SC)

•  SC se ha observado en reconocimiento
de enzimas y anJcuerpos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Encaje Inducido (EI) versus Selección

Conformacional (SC)

•  Mecanismos Combinados (EI + SC)

T R L

RL SL
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Encaje Inducido (EI) versus Selección Conformacional (SC)

•  Mecanismos Combinados (EI + SC): Proteínas

intrínsecamente desordenadas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

Encaje Inducido (EI) versus Selección Conformacional (SC)

•  Mecanismos Combinados (EI + SC): Proteínas

intrínsecamente desordenadas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

•  Mecanismos Combinados (EI + SC):

Proteínas intrínsecamente desordenadas

T R L2

L1 RL2 SL2
TL1

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

•  Caso Especial de Catálisis

S
E ES EP E + P
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

•  Caso Especial de Catálisis

S
E ES EP E + P

Koshland (Encaje Inducido):

•  El sustrato induce cambios
conformacionales que orientan los grupos
catalíCcos para catálisis eficiente
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

•  Caso Especial de Catálisis: Encaje Inducido

S
E ES EP E + P

S
E1 E1S E2S E2P E1 + P
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

•  Caso Especial de Catálisis: Encaje Inducido

S
E1 E1S E2S E2P E1 + P
Energía

Estados
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

•  Caso Especial de Catálisis: Selección Conformacional

S
E1 E2 E2S E2P E1 + P
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

•  Caso Especial de Catálisis: Selección Conformacional

S
E1 E2 E2S E2P E1 + P
Energía

Estados
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

•  Caso Especial de Catálisis: EI versus SC

S
E1 E1S E2S E2P E1 + P

S
E1 E2 E2S E2P E1 + P
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Unión de Ligando

•  Caso Especial de Catálisis: EI versus SC

S
E1 E1S E2S E2P E1 + P

S
E1 E2 E2S E2P E1 + P
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Termodinámica de Unión de Ligando

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Simulación de Selección Conformacional

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Parte 4

Plegamiento y estabilidad de proteínas I.

Aspectos termodinámicos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Aspectos Relevantes

•  Interacciones •  Termodinámica
•  Fuerzas •  CinéJca
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Aspectos Relevantes

•  Interacciones •  Termodinámica
•  Fuerzas •  CinéJca
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Proteína
desplegada

Ribosoma
Proteína
plegada
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Ribonucleasa

- 8 puentes disulfuro
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Agente Reductor
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Agente Reductor
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Hipótesis Termodinámica


La información necesaria para plegar una proteína se encuentra en
su estructura primaria (secuencia)

La estructura na?va de la proteína es determinada por su secuencia
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Hipótesis Termodinámica


La información necesaria para plegar una proteína se encuentra en
su estructura primaria (secuencia)

La estructura na?va de la proteína es determinada por su secuencia

“El proceso de plegamiento es conducido exclusivamente

por la energía libre ganada en la dirección de la
estructura naCva”
C. Anfinsen, Science, 1973
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Hipótesis Termodinámica


La información necesaria para plegar una proteína se encuentra en
su estructura primaria (secuencia)

La estructura na?va de la proteína es determinada por su secuencia

Aspectos del Dogma

•  Unicidad
•  Estabilidad
•  Accesibilidad
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Aspectos del Dogma

•  Unicidad Mínimo energéCco único

•  Estabilidad Conformación naCva estable

•  Accesibilidad Camino simple al estado naCvo
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

U F
U = Estado desplegado o “Unfolded”
ET F = Estado plegado o “Folded”
G
GU

U
GF

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

U F

¿Qué falta en este equilibrio?

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

U F

¿Qué falta en este equilibrio?

ΣUi ΣFi

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi

ET
G
GU

U
GF

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Ensamble del Estado Desplegado

ΣUi

¿Homogéneo o heterogéneo ?
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Ensamble del Estado Desplegado

ΣUi
•  Muchos grados de libertad
conformacionales
•  Energías altas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Ensamble del Estado NaCvo

ΣFi
•  Ensamble conformacional
acotado
•  Energías pequeñas o
mínimas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Paisaje de Energía de una Proteína

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Aspectos del Dogma Paisaje de Energía de una Proteína

•  Unicidad
•  Estabilidad
•  Accesibilidad
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Paisaje de Energía de una Proteína

ΣUi ΣFi

ΔG° = -RT ln(Keq)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi
Equilibrio

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Tipos de Plegamiento

•  Dos Estados
•  Tres o más estados
•  Dominio-dependiente

ΣUi ΣFi

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Plegamiento de dos Estados

ΣUi ΣFi
ET
G
GU

U
GF

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Plegamiento de dos Estados

ΣUi ΣFi

Aspectos

•  Proteínas simples y de bajo PM
•  CooperaJvidad
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

CooperaCvidad

ΣUi ΣFi

ΣUi

ΔE dE 0

ΣFi

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

CooperaCvidad

ΣUi ΣFi

ΣUi
E
ΔE dE 0
•  Cambios quasi-infintesimales
de estado
•  Transformaciones sucesivas
(paso i+1 dependiente de
paso i)
ΣFi

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Plegamiento de tres o más Estados

ΣUi ΣIi ΣFi

Presencia de un/varios Estado(s) Intermediario(s) (I)

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Plegamiento de tres o más Estados

ΣUi ΣIi ΣFi

ET1

ET2
G
GI GU

U
I
GF

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Plegamiento de tres o más Estados

ΣUi ΣIi ΣFi

Aspectos

•  Proteínas complejas y alto PM
•  CooperaJvidad entre estados
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Plegamiento en Proteínas con dominios

Proteína con dos dominios

Alfa-cristalina
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Plegamiento Dominio-Dependiente

Proteína con dos dominios

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

•  Estado Plegado

•  Estados
Parcialmente
Plegados

•  Estado Desplegado
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Plegamiento Dominio-Dependiente

Proteína con dos dominios

ΣI1i
ΣUi ΣFi
ΣI2i
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

Plegamiento Dominio-Dependiente

Proteína con dos dominios

•  Energía de interacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

¿Cómo estudiamos la “reacción” de plegamiento de

proteínas?
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
¿Cómo estudiamos la “reacción” de plegamiento de

proteínas?

Equilibrio Equilibrio

?
ΣUi ΣFi

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

?
ΣUi ΣFi

ΔObsExp = 0

Observable Experimental
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi

?
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi
Equilibrio

Perturbación
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi
Equilibrio

Perturbación

ΔObsExp ≠ 0
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi

Perturbación
Desnaturación

•  Para poder estudiar el plegamiento tenemos que desnaturar la proteína

(perturbar el estado na?vo)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi

Tipos de Perturbación

•  Desnaturación Física
•  Desnaturación Química
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi



•  Temperatura
•  Desnaturación Física
•  Presión


 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi

Desnaturación Física por Temperatura

•  Grupos hidrofóbicos se hacen mas
hidrosolubles
•  Parámetros energéJcos se alteran

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi

Desnaturación Física por Presión

•  Defectos de empaquetamiento del
estado naJvo

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi


•  Desnaturación Química •  Agentes Desnaturantes


 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi


•  Afectan la estructura
primaria de la proteína (HCl,
•  Agentes Desnaturantes NaOH, proteases, etc..)

•  Afectan solo la estructura

secundaria o terciaria




 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi


•  Afectan la estructura
primaria de la proteína (HCl,
•  Agentes Desnaturantes NaOH, proteases, etc..)

•  Afectan sólo la estructura

secundaria o terciaria




 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi


Afectan sólo la estructura
•  Agentes Desnaturantes
secundaria o terciaria


Urea Cloruro de Guanidinio
(GdmCl)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi

Urea Alteran el diagrama de energía de
la proteína, estabilizando el
Cloruro de Guanidinio estado desnaturado en función de
(GdmCl) la concentración de desnaturante

ΣUi ΣFi ΣUi ΣFi

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi

Urea F U L
Cloruro de Guanidinio
(GdmCl)
UL

L : Agente Desnaturante (D)

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi

Urea F U D
Cloruro de Guanidinio
(GdmCl)
UD D
•  “D” no interactúa en un si?o específico D

UDn UD2
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Termodinámica del Desplegamiento

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Simulación del Plegamiento

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Plegamiento de Proteínas

ΣUi ΣFi

Urea F U L

Cloruro de Guanidinio
(GdmCl)
UL L
L

ULn UL2
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

El Observable Experimental

?
A B

Observable Experimental
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Parte 5

CinéCca del Plegamiento

(Intro)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

CinéCca del Plegamiento

ΣUi ΣFi

ET
GTS
G
GU

U
GF

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Conceptos Básicos en CinéCca

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

CinéCca del Plegamiento

ΣAi ΣBi

Orden de la Reacción: Indice del parámetro
“concentración” en la ecuación de velocidad

1er Orden: k[A]

2do Orden: k[A]2

3er Orden: k[A]3

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

CinéCca del Plegamiento

ΣUi ΣFi

Reacción de Plegamiento: Primer Orden

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

CinéCca del Plegamiento

ΣUi ΣFi

k1

k2
G
GU
GF

Tiempo
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

CinéCca del Plegamiento

Frecuencia
ki ki

ki ki ki ki ki ki ki Ki ki Energía (E)



ki
ki
k = promedio aritméCco


ponderado

ΣUi ΣFi

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Simulación simple de Sub-poblaciones

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

CinéCca EnzimáCca
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

CinéCca EnzimáCca

R P

ET
GTS
G
GR

R
GP

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

CinéCca EnzimáCca

E
R P
GTS ET
GTS’ < GTS
GTS’
GR
G

R
GP

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Formalismos

E
R P

Camino Diferente!
Energía

R
P

Coordinada de la reacción
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Parte 6

Plegamiento III. Fenómenos de Agregación y

Patologías Asociadas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

ΣUi

Situación Inicial (Cempo cero)

ΣUi ΣFi
Situación final
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Antecedente 1:

ΣUi ΣFi

La heterogeneidad conformacional del estado desplegado da

origen a múlCples caminos hacia el estado naCvo
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Antecedente 1:

ΣUi

ΣFi

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Antecedente 2:

ΣUi
•  El estado desplegado puede parCcipar
en interacciones inespecíficas
intermoleculares

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Antecedente 2:

ΣUi
•  El estado desplegado puede parCcipar
en interacciones inespecíficas
intermoleculares

Situación inicial
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

¿Qué pasa si la concentración de una proteína es muy alta?

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

¿Qué pasa si la concentración de una proteína es muy alta?

ΣUi ΣFi

ΔG° = -RT ln(Keq)

ΔG° = -RT ln([Feq]/[Ueq])

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Antecedente 2:

1 uM ΣUi 1 mM ΣUi

VS

Situación inicial
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

1 mM ΣUi 1 mM ΣUi

Situación inicial Situación final

(alternaCva)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

•  Un agregado proteíco es un conglomerado de

cadenas polipeptdicas estabilizado por
interacciones intermoleculares

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

•  Un agregado proteíco es un conglomerado de

cadenas polipeptdicas estabilizado por
interacciones intermoleculares

•  La agregación de proteínas es dependiente de la

secuencia y de la concentración

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

•  La agregación de proteínas es dependiente de la

secuencia y de la concentración

Secuencia:

-  Composición de aminoácidos: Propensión a interacciones no
específicas o “No Na?vas”
-  Mayor PM (largo), mayor probabilidad de interacciones No
Na?vas
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

•  La agregación de proteínas es dependiente de la

secuencia y de la concentración

Concentración:

-  A mayor concentración, mayor probabilidad de “choques”
intermoleculares (efecto ciné?co)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

U F
U

U Un : Agregado
U 2

U3 Un
U
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

ΔG° = -RT ln(Keq)

U F
U
ΔG° = -RT ln([Feq]/[Ueq])

U
U 2 A menor ΔG° (estado na?vo más estable),
menor la concentración de “U” en
equilibrio, y menor probabilidad de
agregación

U3 Un
U
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregación de Intermediarios

U I F
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregación de Intermediarios

U I F
I

In : Agregado
I I2

I3 In
I
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Clasificación Estructural de Agregados Proteicos:

•  Amorfos

•  Estructurados
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Clasificación Estructural de Agregados Proteicos:

•  Amorfos

•  Estructurados
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

U F Un : Agregado
U Amorfo

U
U 2

U3 Un
U
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Clasificación Estructural de Agregados Proteicos:

Funcionales
•  Amorfos

•  Estructurados Inocuos

No Funcionales

Disfunción
(enfermedad)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Clasificación Estructural de Agregados Proteicos:

Funcionales •  Microtúbulos
•  Amorfos •  Colágeno
•  Fibronec?na
•  Microfilamentos
•  Estructurados
(ac?na)
•  Etc…
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregados Funcionales

U F F

Fn : Agregado
F2 F

F3 Fn
F
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregados Funcionales

U F F, P2

Fn : Agregado
F2 F, P2

F3 Fn
F, P2
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregados Funcionales

U F F, P2, NTP

F2 F, P2, NTP
Fn : Agregado

F3 Fn
F, P2, NTP
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Clasificación Estructural de Agregados Proteicos:

Funcionales
•  Amorfos

•  Estructurados Inocuos

No Funcionales

Disfunción
(enfermedad)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Clasificación Estructural de Agregados Proteicos:

Funcionales
•  Amorfos

•  Estructurados Inocuos?

No Funcionales

Disfunción
(enfermedad)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Clasificación Estructural de Agregados Proteicos:

Funcionales
•  Amorfos

•  Estructurados Inocuos

No Funcionales

Disfunción
(enfermedad)
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregados Tóxicos

U I F
I

In : Agregado
I I2

I3 In
I
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregados Tóxicos

F R R

R2 R
Rn : Agregado

R3 Rn
R
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregados Tóxicos

U I F F R R
I

? R2
I I2 R

I3 In R3 Rn

I R
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregados Tóxicos

U I F F R R
I
Tipo de Disfunción

I2 •  Falta de Función R2 R
I
•  Ganancia de Función

•  Malfuncionamiento
I3 In R3 Rn

I R
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

¿Cómo es la estructura y energéCca de los agregados tóxicos?

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregados Tóxicos

U I F F R R
I

I2 R2 R
I

I3 In R3 Rn

I R
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Agregados Tóxicos

U I F F R R
I

I2 R2 R
I

I3 In R3 Rn

I R
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Hartl FU et al, Nat Struct Mol, 2009

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Estructura de Agregados Tóxicos

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Estructura de Agregados Tóxicos

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Estructura de Agregados Tóxicos

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Ejemplos de Agregados Tóxicos

•  Beta amiloide (Abeta)

•  Parkinson (parkinina)

•  Enfermedad de las vacas

locas (priones)

•  Etc..
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

U I F I
I

I I2

I3 In
I
I
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

U I F
I

I I2

I3 In
I
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

U I F
I I

I I2

I3 In
I

I
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

U I F
I

Crecimiento Exponencial

I I2

I3 In
I
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

U I F
I

Proceso AutocatalíCco

I I2 (Priones)

I3 In
I
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

Ejemplos
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Auto-replicación y toxicidad

Auto-catálisis conformacional
E
S SE EE E + E

E = Prion
S = PrPC
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular
Auto-replicación y toxicidad

Auto-catálisis conformacional
E
S SE EE E + E

D
E = Prion
S = PrPC
ED + ED
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

•  Plegamiento
rela6vamente
complejo
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Agregación de Proteínas

•  Puede haber
reac6vidad?
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Resumen

U I F
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Resumen

U I F R L

R2 L

R3 Rn
L
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Resumen

U U I F R L
I

U
U 2 I2 R2 L
I

Un In R3 Rn
L
 Dr. Rodrigo Díaz
Bio.sica Molecular

Rodrigo Díaz
(rodiaze@gmail.com; rodrigo.diaz.e@u.uchile.cl)