Marcadores moleculares de nueva generación.

Marcadores de ADN

Los marcadores de ADN constituyen la nueva generación de marcadores

moleculares y solucionaron el problema de la carencia de marcadores que tenían
las isoenzimas, pues son capaces de generar una cantidad virtualmente infinita
de marcadores. Existen varias técnicas para identificar marcadores de ADN, las
que se pueden agrupar en tres categorías: las de hibridación tipo Southern, las
de reacción de polimerización en cadena (PCR) y las que combinan PCR o sus
productos de ADN con la hibridación tipo Southern.

La hibridación consiste en la formación de una molécula de doble cadena

mediante el apareamiento o unión de bases complementarias de dos moléculas
de una sola cadena. La hibridación tipo Southern explora las variaciones en la
longitud o tamaño de los fragmentos de ADN ocasionadas por la restricción del
genoma mediada por una enzima particular (endonucleasa). Esta técnica
comprende las siguientes etapas: primero se extrae el ADN del material que
deseamos estudiar; luego se le adicionan enzimas de restricción
(endonucleasas), las cuales cortan el ADN en fragmentos de diferente longitud;
estos fragmentos son separados en geles de agarosa, para después realizar por
capilaridad o al vacío la transferencia de los fragmentos a una membrana de papel
de nitrocelulosa o de nylon (transferencia tipo Southern). Finalmente, se
hibridizan los fragmentos de la membrana con sondas marcadas (radiactiva o no
radiactivamente) para visualizar y detectar las bandas hibridadas.

Dentro de esta técnica se encuentran los marcadores RFLP (polimorfismo de la

longitud de los fragmentos de restricción) y los VNTR (secuencias adyacentes
que se repi ten en número variable).

La técnica de PCR, o reacción en cadena de la polimerasa, es una tecnología

utilizada para multiplicar (sintetizar) in vitro fragmentos específicos de ADN con
la finalidad de detectar una secuencia o gen de interés en el genoma del individuo
en estudio. Se basa en la amplificación de fragmentos de ADN a partir de
secuencias de nucleótidos denominadas “cebador” (primer), que son capaces de
reconocer una secuencia blanco para la cual es complementaria.
En forma general, los principales pasos del PCR son los siguientes: se extrae el
ADN del material a analizar, se separa la molécula del ADN en dos hebras
(desnaturalización), se induce el alineamiento o reconocimiento del cebador con
las secuencias blanco complementarias o molde del ADN, y por medio de la
enzima Taq polimerasa se lleva a cabo la extensión o alargamiento de la molécula
iniciadora (cebador). Este proceso se realiza en un termociclador, que se encarga
de realizar los cambios de temperatura necesarios para que se desarrollen las
etapas o ciclos anteriormente mencionados. Los ciclos se repiten la cantidad de
veces que sea necesario, hasta obtener la cantidad de copias de ADN que se
requieran.

Dentro de esta metodología se encuentran los marcadores llamados RAPD (ADN

polimórfico amplificado al azar), PCR iniciada con microsatélites (MP-PCR), AFLP
(polimorfismo de longitud de fragmentos amplificados) y DAF (amplificación de
huellas del ADN), entre otros.

Finalmente, dentro de las metodologías que combinan la PCR o sus productos

de ADN más la hibridación tipo Southern, están los RAHM y RAMPO
(amplificación aleatoria del polimorfismo de microsatélites).
Ventajas y aplicaciones de los marcadores de ADN

Son muy ventajosos los marcadores de ADN ya que no son afectados por el
ambiente, están presentes en cualquier estadio del individuo, permiten una
detección temprana, son universales, muy abundantes, se requiere poca cantidad
de ADN para los análisis y el ADN es muy estable y específico para cada individuo
(huella génica). Sin embargo, son relativamente costosos, necesitan personal
entrenado, equipos sofisticados y un estricto control de la contaminación.

El uso de marcadores moleculares en los análisis genéticos y en el mejoramiento

de las plantas ha tenido una difusión extremadamente rápida. Las principales
aplicaciones incluyen la obtención de “huellas genéticas” (fingerprinting)
genómicas de individuos, variedades y poblaciones; el análisis de la estructura y
diversidad genética en poblaciones naturales y de mejoramiento y bancos de
germoplasma; el establecimiento de relaciones filogenéticas entre diferentes
individuos y especies; la construcción de mapas genéticos de alta cobertura
genómica y la localización de genes de interés económico, mapeo de
características de herencia cuantitativa QTL (Quantitative Trait Loci ) y selección
MAS auxiliada por marcadores (Marker Asisted Selection).

¿Qué marcador utilizar?

La selección de la metodología para obtener los marcadores moleculares no es

cosa de moda; depende más bien de los objetivos y necesidades del trabajo. Por
ejemplo, para determinar la variación de una población, quizás con un simple
análisis de isoenzimas se pueda obtener la información necesaria, por lo que no
es recomendable emplear una técnica más costosa o complicada. No obstante,
si se requiere elaborar el mapa genético de una especie, la cantidad y precisión
de la información requerida es mayor, por lo que necesariamente se debe recurrir
a los marcadores de ADN.

También se debe considerar el costo en sí de la técnica que se va ha desarrollar,

la necesidad de personal capacitado, el equipo, los reactivos y las instalaciones
de laboratorio y condiciones de seguridad que requiere cada técnica (por ejemplo,
en el caso de RFLP se necesita un depósito de desechos radiactivos). Es siempre
recomendable analizar qué tanto trabajo previo es necesario para llevar a cabo
una técnica (por ejemplo, las sondas en los RFLP). Finalmente, aunque no
siempre es bueno limitarse, se debe ser realista y desarrollar las técnicas
moleculares más adecuadas para nuestro estudio, que además se puedan
realizar bajo las condiciones del laboratorio que disponemos.

*Laboratorio de Biotecnología y Ecología Aplicada de la Universidad

Veracruzana, Apartado Postal 250, 91001 Xalapa, Ver., México. Correo
electrónico: catleyasp@hotmail.com y aandrade@uv.mx.

Para el lector interesado

Nuez, F. y Carrillo, J.M. (2000). Los marcadores genéticos en la mejora vegetal.

Valencia: Universidad Politécnica de Valencia.
Valadez, E. y Günter, K. (2000). Huellas de ADN en genomas de plantas (teoría
y protocolos de laboratorio) . México: Universidad Autónoma de Chapingo/Mundi
Prensa.