El suelo juega un papel central en la descomposición de la materia orgánica muerta y los
residuos, y este proceso de descomposición también vuelve inofensivos muchos patógenos humanos potenciales. La gente genera una tremenda cantidad de residuos, incluyendo basura doméstica, residuos industriales, residuos de la agricultura y silvicultura y desechos cloacales de sus propias poblaciones y las de sus miles de millones de animales domésticos. Afortunadamente, hay una amplia serie de organismos descomponedores — desde los buitres hasta las bacterias — que extraen energía de las moléculas orgánicas grandes y complejas que se encuentran en muchos tipos de basura. Como los obreros en una línea de montaje, las diversas especies microbianas procesan compuestos particulares, cuyos enlaces químicos son capaces de romper, y pasan a otras especies los productos finales de su reacción específica. Los compuestos inorgánicos simples productos de la descomposición natural, vuelven eventualmente a las plantas como nutrientes. Desalinización de los suelos La causa de la salinización del suelo es un aporte de sales mayor que la descarga; normalmente el agua con sales disueltas es lo que aporta estas sales. Ejemplos de suelos salinos naturales se encuentran en las costas marítimas donde los terrenos se inundan desde el mar, donde el viento sopla gotas de agua salina tierra adentro y/o el flujo subterráneo del mar penetra en el acuífero interno. También en los desiertos hay suelos salinos a causa de la alta evaporación del agua aportada históricamente. El agua de lluvia, en algunos lugares del mundo es suficiente para efectuar un lavado del suelo. En terrenos regados donde parte del agua aplicada o parte de la lluvia percola por el suelo y se descarga por un drenaje natural subterráneo, generalmente la exportación de sales es suficiente para evitar la salinización del suelo. Desarrollo / prevención de suelos con sulfato ácido Los efectos negativos de la acidez del suelo se deben a las propiedades físicas y químicas del suelo. Sin embargo, se puede parcialmente compensar si se asegura un alto contenido de materia orgánica en el suelo. Los suelos ácidos sulfatados normalmente se dejan bajo la vegetación natural o para la silvicultura de manglares. Si se manejan bien con agua pueden soportar cultivos de palma de aceite y arroz. Otros cultivos presentes en suelos ácidos por el mundo se incluyen el arroz, la yuca, el mango, el marañón, los cítricos, la piña, los caupís, los arándanos y ciertas hierbas. El manejo de suelos ácido sulfatado es más delicado y requiere un manejo del agua con precaución para prevenir los procesos de oxidación de pirita: es aquí donde entra como actor principal el humedal ya que este trata de limitar la oxidación de pirita mediante la manutención de un nivel freático elevado. Da una condición previa en cuanto a la disponibilidad de agua suficiente.