En 1531 llegó a Perú, que vivía una guerra civil por la sucesión del emperador Inca

Huayna Cápac, muerto por viruela. Había un enfrentamiento entre sus sucesores, los Sapa
Inca Atahualpa y su hermano, Huáscar. Francisco Pizarro fue invitado por el Inca
Atahualpa a encontrarse en Cajamarca, por intermedio de un emisario muy allegado a
él. El emisario se encontró con los españoles en Cajas y además de llevarle regalos (patos
desollados, vasijas en forma de fortaleza, etc.) midió las fuerzas de los españoles y lo
invitó a continuar su marcha por el valle del Chancay, cerca del pueblo de Chongoyape
hasta Cajamarca para entrevistarse con Atahualpa. Pizarro aceptó y le envió una fina
camisa de Holanda y dos copas de vidrio al Inca como regalo. Así, se adentró en territorio
Inca con 168 soldados y 37 caballos, se dirigió a Cajamarca, donde tomó prisionero a
Atahualpa (16 de noviembre de 1532). Tiempo después, a pesar de haber recibido el
rescate más alto de la historia, lo mandó ajusticiar por los delitos de sublevación y por
haber ordenado ejecutar a Huáscar, aunque Pizarro se negó a quemar vivo al Inca.

Pizarro mantuvo una estrecha alianza con la nobleza del Cuzco, partidaria de Huáscar,
lo que le permitió completar la conquista del Perú. Tras nombrar Inca a un hermano de
Atahualpa, Túpac Hualpa, marchó al Cuzco, capital del Imperio inca, que ocupó en
noviembre de 1533. Su hermano Juan fue nombrado regidor de la ciudad. El conquistador
contrajo matrimonio bajo el rito católico con la hija del emperador Inca Huayna Cápac,
Quispe Sisa, bautizada como Inés Huaylas. Con ella tuvo dos hijos: una primera hija que
llamó como su padre, Francisca Pizarro Yupanqui y Gonzalo, que murió joven. Francisco
Pizarro ordenó la ejecución de Atahualpa, a pesar de su aparente cariño por él mientras
estuvo prisionero. El 18 de enero de 1535, fundó en la costa la Ciudad de los Reyes,
pronto conocida como Lima, y Trujillo, con lo que se inició la colonización efectiva de los
territorios conquistados. Mientras tanto, su hermano Hernando, que había partido a
España para entregar el Quinto del Rey a la corona, regresó portando el título de marqués
para su hermano Francisco, y el de adelantado para Almagro, al cual se le habían
concedido 200 leguas al sur del territorio atribuido a Pizarro.

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