MOL

 214  
Exam  2  
 
April  10,  2014  
 
 
 
 
Your  exam  code  number  is:    
 
Write  this  number  on  each   key  
page  of  your  exam.  
 
 
 
DO  NOT  write  everything  you  know  about  a  topic,  this  will  waste  your  time.    If  you  provide  more  than  one  
answer  for  a  question  only  your  first  answer  will  be  graded.  
 
If  you  need  extra  space,  continue  only  on  the  back  of  the  page  that  the  question  is  written  on.    Clearly  
label  that  you  are  using  the  back  for  your  answer.  
 
Remember  to  write  legibly:  if  we  can’t  read  it,  we  can’t  grade  it!  
 
 
 
 
 
 
I  pledge  my  honor  that  I  have  not  violated  the  honor  code  during  this  
examination.  

 
Signature:  __________________________________  
 
Printed  Name:  ___________________________  
 
 
 
 
 Exam  number:______________________  
 
Part  A.    Multiple  Choice.  
 

Unless  otherwise  indicated,  each  multiple  choice  question  has  1  correct  answer  and  is  worth  3  points.  
 
 
1.   Illustrated  below  are  the  first  seven  codons  of  the  mRNA  encoded  by  the  E.  coli  isoleucyl  tRNA  
synthetase  gene.      

 
  Which  one  of  the  following  mutations  do  you  expect  to  have  the  least  effect  on  the  resulting  protein?  
 

(a) a  substitution  of  C  for  G  at  position  3  

(b) a  deletion  of  the  G  at  position  3  
(c) an  insertion  of  the  sequence  CUAC  after  position  6  
(d) a  substitution  of  A  for  U  at  position  16  
(e) a  deletion  of  the  U  at  position  16  
 
 
2.   Which  of  the  following  best  describes  the  function  of  isoleucyl  tRNA  synthetase?  
 

(a) covalently  attaches  isoleucine  to  specific  tRNAs    

(b) mediates  interaction  of  tRNA  and  ribosome  
(c) allows  the  separation  of  isoleucine  and  its  tRNA  during  translation    
(d) is  itself  charged  with  isoleucine  to  form  isoleucyl  tRNA  
 
 
3.   Which  of  the  following  statements  about  the  CAP  protein  is  false?  
 
(a) The  CAP  protein  binds  upstream  of  the  lac  promoter  when  glucose  is  scarce.  
(b) The  CAP  protein  interacts  directly  with  RNA  polymerase  when  glucose  is  scarce.  
(c) Binding  of  glucose  to  the  CAP  protein  causes  dissociation  of  CAP  from  DNA.  
(d) The  CAP  protein  binds  to  DNA  as  a  dimer.  
(e) The  CAP  protein  is  an  activator.  
(f) If  both  CAP  and  Lac  repressor  are  bound  to  the  lac  operon,  the  activity  of  Lac  repressor  
predominates.  
(g) None  of  these  statements  is  false.  
 
 
4.   Which  of  the  following  statements  about  protein  trafficking  and  processing  is  false?  
 

(a) Nuclear  proteins  carry  a  nuclear  localization  signal  that  has  a  consensus  sequence.  
(b) Proteins  destined  for  secretion  carry  a  hydrophobic  signal  sequence.  
(c) The  signal  sequence  can  be  removed  from  a  protein,  but  only  when  ribosomes  are  
membrane-­‐bound.  
(d) An  internal  signal  sequence  can  become  part  of  the  transmembrane  domain  of  a  mature  
protein.  
(e) None  of  these  statements  is  false.  
 
 

2
 Exam  number:______________________  
 
5.   The  wobble  hypothesis  explains:  
 

(a) why  the  genetic  code  is  unambiguous.  

(b) why  the  genetic  code  is  ambiguous.  
(c) why  the  genetic  code  is  degenerate.  
(d) how  the  anticodon  is  matched  with  the  correct  amino  acid.  
(e) the  function  of  the  start  codon.  
(f) how  ribosomes  are  released  at  stop  codons.  
 
 
6.   The  heatmap  pictured  below  is  a  partial  summary  of  microarray  data  comparing  the  expression  of  
different  microRNAs  between  two  different  prostate  cancer  cell  lines.    MicroRNAs  isolated  from  a  
hormone-­‐sensitive  (S)  cell  line  were  labeled  with  a  yellow  dye,  and  a  hormone-­‐insensitive  (I)  cell  
line  with  a  blue  dye.    
 
log2 ratio
expression (S/I)
3"

0"

#3"
 
 
 
   (a)   There  is  a  gene  that  has  binding  sites  for  both  let7i  and  miR200c  in  its  3′  UTR.    In  which  cells  do  you  
expect  to  see  abundant  expression  of  this  gene?  
 

(a) S  cells  only  

(b) I  cells  only  
(c) both  S  and  I  cells  
(d) neither  S  nor  I  cells  
 
 
     (b)  Which  of  the  following  statements  is  a  correct  conclusion  that  can  be  drawn  from  these  data?  
 

(a) Of  the  miRNAs  shown,  miR200c  is  more  highly  expressed  than  any  of  the  others  in  S  cells.  
(b) I  cells  express  miR200c  at  lower  levels  than  S  cells  do.  
(c) miR200c  is  expressed  at  higher  levels  in  S  cells  than  in  non-­‐cancerous  prostate  cells.  
(d) miR200c  is  not  expressed  in  I  cells.  
(e) miR191,  miR103,  and  miR15b  are  all  expressed  at  low  levels  in  both  S  and  I  cells.  
   

3
 Exam  number:______________________  
 Part  B.    Short  Answer.   Point  values  for  each  question  are  indicated  in  parentheses.  
 
1.   (This  question  continues  from  #6  of  the  multiple  choice  section.)  
You  are  interested  in  the  let7i  homolog  in  C.  elegans  and  want  to  find  out  when  it  is  expressed  
during  development.    Which  of  the  following  techniques  would  provide  that  information  to  you?    
For  techniques  that  would  not  be  suitable,  explain  why  they  wouldn’t  be.  (4  points)  
 
  yes/no?                          if  no,  why  not?  
northern  blot   yes    

western  blot   no   Western  blots  are  for  proteins.  microRNAs  are  not  proteins.  
spectral  
no   Spectral  karyotyping  looks  at  chromosomes  in  a  genome…  
karyotyping  

reporter  assay   yes    

 
 
2.   Why  can't  eukaryotic  mRNAs  be  translated  as  they  are  being  transcribed?    How  do  eukaryotic  
mRNAs  gain  access  to  ribosomes?    (4)  
 
In  eukaryotic  cells,  transcription  and  translation  are  separated  by  the  nuclear  envelope.    Could  also  say  
transcription  and  translation  occur  in  separate  compartments,  no  ribosomes  in  nucleus.    Eukaryotic  
mRNAs  are  transported  from  the  nucleus  to  the  cytoplasm  in  order  to  gain  access  to  ribosomes.  
 
 
 
 
3.     Which  ribosomal  subunit  is  an  enzyme  and  what  reaction  does  it  catalyze?    What  component  of  the  
ribosome  is  responsible  for  its  enzymatic  activity?    (4)  
 
 
The  large  ribosomal  subunit  catalyzes  peptide  bond  formation.    (2  pts)  
RNA  is  responsible  for  its  enzymatic  activity.  (2  pts)    Full  credit  also  for  peptidyl  transferase.  
 
 
 
 
4.     Tetracycline  is  an  antibiotic  that  can  bind  to  the  A  site  of  the  bacterial  ribosome.  Explain  how  this  
would  inhibit  the  function  of  the  ribosome.    (3)  
 
 
The  A  site  is  the  entry  point  for  the  aminoacyl  tRNA  (where  the  new  amino  acyl  tRNA  binds)  –  if  the  A  site  
is  blocked,  the  ribosome  can't  add  the  next  amino  acid  and  translation  cannot  occur.  
2  pts  if  translation  termination  is  mentioned  without  reference  to  tRNAs.  
 
 
 
4
 Exam  number:______________________  
5.       Eukaryotic  cells  can  make  a  "de-­‐capping"  enzyme  that  can  remove  the  cap  structure  from  a  
eukaryotic  mRNA.      
 
   (a)     Explain  why  production  of  this  enzyme  could  provide  a  mechanism  for  regulation  of  translation.  Be  
sure  to  indicate  whether  translation  would  be  positively  or  negatively  regulated  by  this  mechanism  
and  why.    (4)  
 
In  eukaryotes,  translation  is  initiated  by  interaction  of  the  small  ribosomal  subunit  by  proteins  that  bind  
to  the  cap.    Removal  of  the  cap  structure  by  this  enzyme  would  therefore  prevent  initiation  of  translation  
(and  thus  translation  altogether).  (2  pts)    This  is  negative  regulation.  (2  pts)  
 
Good  alternate  answers  included  discusion  of  instability  of  uncapped  mRNAs,  or  inability  to  exit  nucleus.  
 
 
 
   (b)   Could  production  of  a  de-­‐capping  enzyme  be  used  to  regulate  translation  in  bacteria?  Why  or  why  
not?    (2)  
 
 
No,  bacterial  mRNAs  don't  have  cap  structure  and  use  a  different  mechanism  to  initiate  translation.  
 
 
 
 
 
6.   How  do  chaperones  distinguish  between  folded  and  unfolded  proteins?  (2)  
 
 
Chaperones  bind  to  exposed  hydrophobic  patches  on  unfolded  proteins  that  are  otherwise  buried  in  the  
folded  proteins.    1/2  for  talking  about  proteins  that  “have”  hydrophobic  patches.  
 
 
 
 
 
7.   Explain  why  cells  respond  to  heat  stress  (heat  shock)  by  activating  expression  of  chaperones.  (2)  
 
 
 
Increased  temperature  causes  unfolding  (denaturation)  of  proteins,  some  of  which  will  need  chaperones  
to  refold  properly.    1.5/2  for  only  talking  about  newly  synthesized  proteins.  
 
 
 
 
 
 
 
 
5
 Exam  number:______________________  
8.     Translocation  of  protein  into  the  ER  was  demonstrated  in  an  experiment  using  microsomes.      
                   
   (a)   What  was  the  role  of  the  microsomes  in  this  experiment?    (2)  
 
 
They  played  the  role  of  the  ER.  
0.5  for  “membrane”  or  “in  vitro  translation”.  
     
 
(b)   Why  was  it  necessary  to  use  the  drug  puromycin  in  this  experiment?    (3)  
 
 
In  order  to  tell  where  the  protein  ended  up,  it  was  necessary  to  release  the  protein  from  the  ribosomes    
  -­‐1  for  saying  microsome  instead  of  ribosome.  
  -­‐1  for  saying  halted  instead  of  release  
  -­‐1  for  not  mentioning  where  protein  ends  up  
 
 
9.   In  a  pulse-­‐chase  experiment  to  study  the  secretory  pathway,  George  Palade  was  able  to  observe  the  
locations  of  labeled  proteins  in  the  cell  at  different  time  points.    
 
   (a)     Describe  the  basic  findings  of  this  experiment.  (You  don't  need  to  specify  the  actual  times.)    (3)  
 
 
first  observed  in  ER,  then  it  moved  to  the  Golgi,  then  to  secretory  vesicles,  then  to  mature  vesicles/ducts  
(or  secreted  from  cell  is  also  ok)  
  1  point:  started  in  ER,  ended  with  secretion.  
  additional  points  for  the  other  parts  if  everything  is  still  in  the  right  order.  
   
 
 
   
(b)     How  would  the  result  have  differed  if  Palade  had  performed  the  labeling  but  not  the  chase  portion  
of  the  experiment?    Why  would  this  experiment  have  been  less  informative?    (3)  
 
 
He  wouldn't  have  been  able  to  tell  that  the  protein  was  moving  from  one  compartment  to  another.    
 
  -­‐1  for  not  mentioning  movement/sequence  
  -­‐1  if  chase  is  described  as  pushing  protein  instead  of  stopping  labeling  
  no  credit  for  thinking  pulse-­‐chase  was  illustrated  by  the  plumbing  apparatus  analogy.  
 
 
 
 
 
 
 

6
 Exam  number:______________________  
10.   Certain  bacteria  can  make  light  when  they  reach  a  high  concentration.  The  genes  coding  for  
enzymes  that  are  needed  to  generate  light  (luxC,  luxD,  luxA,  luxB,  luxE)  are  organized  in  the  lux  
operon  as  shown  below.  The  operon  is  always  transcribed  at  a  low  level.    Near  the  operon  is  the  
gene  for  a  protein  called  LuxR.  
 

  The  bacteria  secrete  a  small  molecule  called  autoinducer  that  accumulates  in  the  medium.  When  the  
bacteria,  and  thus  autoinducer,  reach  a  high  concentration,  transcription  of  the  operon  increases  
dramatically.    
 

luxR% promoter% promoter% luxC% luxD% luxA% luxB% luxE%

 
 
 

   (a)     If  LuxR  is  deleted,  transcription  of  the  lux  operon  does  not  increase  when  autoinducer  accumulates.  
Propose  a  mechanism  to  account  for  regulation  of  the  lux  operon  by  LuxR  and  autoinducer.  What  
kind  of  a  regulator  is  LuxR?    Use  a  rectangle  to  indicate  where  you  would  expect  LuxR  to  bind  to  the  
operon.  (4)  
 
LuxR  is  an  activator  of  the  lux  operon.    When  there  is  autoinducer  present,  it  binds  to  LuxR  and  LuxR  
bound  to  autoinducer  can  bind  near  the  promoter  (box  indicated)  to  recruit  RNA  polymerase.      
 
Credit  given  for  other  mechanisms  (AI  acting  at  LuxR’s  promoter).  
-­‐1  for  confusing  terms  (enhancer  or  promoter  in  place  of  activator,  RNA  for  DNA,  ribosome  for  pol,  etc.)  
 
LuxR  should  not  overlap  the  promoter  (which  would  be  characteristic  of  a  repressor).    (But!  The  
placement  of  the  box  was  graded  according  to  whether  you  called  LuxR  an  activator  or  repressor.)  
 
   (b)     Expression  of  LuxR  is  also  regulated  according  to  the  concentration  of  bacteria.  At  low  
concentration,  and  thus  low  concentration  of  autoinducer,  LuxR  is  not  expressed;  whereas  at  high  
autoinducer  concentration,  LuxR  is  expressed.  Transcription  of  the  luxR  gene  is  not  affected,  
however.  Propose  a  mechanism  to  explain  how  LuxR  expression  is  regulated  by  autoinducer.  (3)  
 
Regulation  has  to  be  post-­‐transcriptional  but  there  are  many  possible  ways  that  this  could  happen.    Could  
be  negative  regulation  or  positive  regulation  by  sRNA.    Full  credit  for  relief  of  translational  repression  or  
mRNA  degradation  by  any  mechanism.  Half  credit  for  AI  being  a  translation  initiation  factor.  
 
 
(c)   LuxR  has  a  helix-­‐turn-­‐helix  DNA  binding  domain.    The  sequence  of  the  DNA  in  the  region  where  
LuxR  binds  to  the  operon  is  shown  below:    
 
     5'-­‐AGATTACCTGTAGGATCGTACAGGATCATC-­‐3'   partial  credit  for  acknowledgment  of    
       3'-­‐TACAATGGACATCCTAGCATGTCCTAGTCG-­‐5'   palindromes  /  dimer  reqs  (0.5  each)  
 
  Circle  the  bases  that  you  predict  LuxR  recognizes  and  binds  to.    Where  in  the  DNA  helix  would  you  
predict  that  LuxR  binds  to  the  DNA  bases  (4)?    
 
LuxR  should  bind  in  the  major  groove.  (1pt)  
   

7
 Exam  number:______________________  
11.   Temperature-­‐sensitive  mutants  were  crucial  to  identifying  proteins  involved  in  secretion.    
 
   (a)   Would  you  consider  a  temperature  sensitive  mutation  to  be  a  type  of  missense  mutation  or  a  type  of  
nonsense  mutation?    Explain  your  answer.    (3)  
 
 
Ts  mutants  case  a  change  from  one  amino  acid  to  another  so  they  are  missense  mutations.  
  -­‐0.5  for  extra  wrong  info  (e.g.  wrong  definition  of  nonsense  mutation).  
 
     
 
 
 
(b)   What  is  the  special  property  of  proteins  with  temperature  sensitive  mutations  and  why  was  it  so  
useful  for  studying  the  secretory  pathway?    (3)  
 
With  Ts  mutants,  the  protein  is  functional  at  lower  temperature  but  nonfunctional  at  higher  temperature.    
They  could  answer  the  converse  and  it  would  also  be  correct  since  cold  sensitive  mutants  could  also  
considered  to  be  ts  –  they  just  have  to  indicate  that  the  protein  is  functional  at  one  temperature  and  not  
at  another.    (2  pts)  
 
It  was  essential  because  mutations  that  completely  disrupt  the  function  of  proteins  involved  in  secretion  
would  prevent  the  cell  from  growing  (or  would  kill  the  cell)  and  therefore  you  couldn't  grow  cells  to  
study  them.    Using  ts  mutants  allowed  them  to  grow  up  the  cells,  and  then  turn  off  the  protein  function  
and  ask  what  happened  to  secretion.  (1  pt)  
 
 
 
12.   How  does  the  mode  of  action  differ  between  eukaryotic  and  prokaryotic  repressors?  (3)  
 
Prokaryotic  repressors  physically  block  polymerase  (1.5  pts),  while  eukaryotic  repressors  do  not.    1.5  pts  
for  any  example  of  something  eukaryotic  repressors  do  instead  (physically  block  activators,  cause  histone  
deacetylation).  
  Partial  credit  for  confusion  of  pol/ribosome  or  DNA/RNA.  
 
 
 
 
 
13.   Explain  how  histone  acetylation  affects  gene  expression.  (3)  
 
Acetylation  causes  relaxtion  of  histones,  allowing  greater  accessibility  of  the  underlying  DNA  to  RNA  
polymerase.  
 
1  point  for  noncommittal  answer  (e.g.  open/closed  DNA,  increase/decrease  expression)  
 
 
 
 
8
 Exam  number:______________________  
 
14.   Illustrated  to  the  right  is  an  EMSA  performed  with  the  Iron  Response  Element  Binding  Protein    
(IRE-­‐BP),  and  200  bases  of  the  5′  UTR  of  the  ferritin  mRNA  that  is  radioactively  labeled.      
 
   (a)   The  sample  in  Lane  1  is  the  5'UTR  RNA  without  any  protein  added,  and  the  samples  
in  lanes  2  and  3  contain  RNA  plus  IRE-­‐BP,  either  in  the  presence  or  absence  of  iron.    
1 2 3"
Which  lane  had  iron  in  the  sample,  and  which  lane  did  not?    Explain  your  answer  in  
one  sentence.  (2)  
"" ""
 
Lane  3  had  iron,  and  lane  2  did  not.  (1  pt)      
Iron  binding  causes  IRE-­‐BP  to  release  from  the  IRE.  (1  pt)  
 
 
     
(b)   Would  your  result  have  been  different  if  you  had  used  the  3′  UTR  of  the  transferrin  
mRNA?    Explain  your  answer  in  one  sentence.  (2)  
 
Yes,  the  results  would  have  been  the  same  (1  pt)  —  IRE-­‐BP  would  have  the  same  
behavior  with  the  IRE  in  the  3′  UTR  of  transferrin  (1  pt).  
 
 
     
(c)   In  each  case,  does  the  presence  of  iron  result  in  positive  or  negative  regulation?  (2)  
     
In  the  presence  of  iron,  ferritin  is  positively  regulated  and  transferrin  is  negatively  regulated.  
(This  is  the  opposite  of  the  activity  of  IRE-­‐BP  on  these  genes.)  
 
 
 
 
 
15.   Fire  and  Mello  demonstrated  that  double-­‐stranded  RNA  was  much  more  potent  than  single-­‐
stranded  antisense  RNA  in  silencing  genes  by  RNAi,  even  though  it  is  only  the  antisense  RNA  that  
binds  the  target  RNA.    Why  is  double-­‐stranded  RNA  more  effective  at  silencing  gene  expression  than  
antisense  RNA?  (3)  
 
There  could  be  multiple  answers  to  this  question.    dsRNA  dicer  is  incorporated  into  the  RISC  complex,  
which  helps  to  direct  it  to  the  target  RNA  whereas  antisense  RNA  does  not  have  assistance  in  locating  its  
target.    The  RISC  complex  degrades  the  target,  which  is  a  non-­‐reversible  silencing  mechanism.    Antisense  
RNA  probably  blocks  translation  but  this  is  reversible  and  may  not  be  as  effective  as  degrading  the  
transcript.    Another  possibility  would  be  that  single  stranded  RNA  (as  in  antisense)  is  less  stable  than  
double  stranded  RNA.    This  was  not  covered  explicitly  in  class  so  anything  along  these  lines  would  be  fine.  
   

9
 Exam  number:______________________  
16.   The  following  graph  represents  the  data  from  an  
experiment  in  which  pooled  DNA  from  three  sources  
is  fragmented,  heated  to  97oC,  and  then  gradually  
cooled.  During  cooling,  samples  of  the  DNA  solution  
are  removed  and  the  percentage  of  DNA  that  is  
A"
reannealed  is  measured.    Link  each  of  the  following  
types  of  DNA  with  a  labeled  portion  of  the  plot.  Each  
labeled  portion  can  be  used  once,  more  than  once,  or  
not  at  all.  Explain  your  reasoning.  (4)   B"
 
i. Reassociation  of  exon  DNA  (human)    
 
ii. Reassociation  of  DNA  from  a  small  virus    
(40,000  bp)  with  no  repetitive  DNA     C"
 
iii. Reassociation  DNA  from  E.  coli  (5  million  bp)    
with  no  repetitive  DNA  
 
None  of  this  DNA  is  intrinsically  repetitive,  but  there  will  be  more  copies  of  the  viral  DNA  per  unit  
concentration  (since  the  genome  is  so  small).    Same  logic  for  E.  coli  vs.  human  exon  DNA.  
  1  point  for  each  letter  and  1  point  for  explanation.  
We  would  also  accept  cascading  assignment  (ii  =  A+B+C;  iii  =  B+C,  and  i  =  C),  but  only  if  all  correct.  
 
17.   Explain  why  Cut-­‐and-­‐Paste  DNA  transposition  is  associated  with  the  creation  of  direct  repeats.  (2)  
 
 
The  transposon  is  inserted  with  short  staggered  breaks  in  the  host  chromosome.  When  these  are  
repeated  the  result  is  a  direct  repeat.    
 
 
 
 
18.   In  humans,  Alu  transposons  are  associated  with  mutations  in  1  out  of  every  100  to  200  births.  
Explain  how  this  transposition  event  could  produce  a  mutation.    (2)  
 
 
It  will  produce  a  mutation  if  it  transposes  into  an  expressed  or  control  region.  
  1  pt  for  explaining  what  transposition  does;  1  pt  for  where.  
 
 
 
19.   Define  genetic  anticipation  and  explain  how  tandem  repeats  play  a  role  in  some  cases.  (3)  
 
 
The  worsening  of  phenotype  with  successive  generations.    Expressed  as  earlier  onset,  more  severe  
manifestations,  or  both.  (1.5  pts)  Tandem  repeats  may  expand  during  germ  cell  formation.  (1.5)  
 

10