El porcentaje de proteínas oscila entre un 20 % en la mielina de las neuronas y un 70 % en
la membrana interna mitocondrial;6 el 80 % son intrínsecas, mientras que el 20 % restantes son extrínsecas. Las proteínas son responsables de las funciones dinámicas de la membrana, por lo que cada membrana tienen una dotación muy específica de proteínas; las membranas intracelulares tienen una elevada proporción de proteínas debido al elevado número de actividades enzimáticas que albergan. En la membrana las proteínas desempeñan diversas funciones: transportadoras, conectoras (conectan la membrana con la matriz extracelular o con el interior), receptoras (encargadas del reconocimiento celular, adhesión) y enzimas. Las proteínas de la membrana plasmática se pueden clasificar según cómo se dispongan en la bicapa lipídica:789
Proteínas integrales. Embebidas en la bicapa lipídica, atraviesan la membrana una o
varias veces, asomando por una o las dos caras (proteínas transmembrana); o bien mediante enlaces covalentes con un lípido o un glúcido de la membrana. Su aislamiento requiere la ruptura de la bicapa. Proteínas periféricas. A un lado u otro de la bicapa lipídica, pueden estar unidas débilmente por enlaces no covalentes. Fácilmente separables de la bicapa, sin provocar su ruptura. Proteína de membrana fijada a lípidos. Se localiza fuera de la bicapa lipídica, ya sea en la superficie extracelular o intracelular, conectada a los lípidos mediante enlaces covalentes. En el componente proteico reside la mayor parte de la funcionalidad de la membrana; las diferentes proteínas realizan funciones específicas:
Proteínas estructurales o de anclaje: estas proteínas hacen de "eslabón clave"
uniéndose al citoesqueleto y la matriz extracelular. Proteínas receptoras: que se encargan de la recepción y transducción de señales químicas. Proteínas de transporte: mantienen un gradiente electroquímico mediante el transporte de membrana de diversos iones. Estas a su vez pueden ser:
Proteínas transportadoras: Son enzimas con centros de reacción que sufren
cambios conformacionales. Proteínas de canal: Dejan un canal hidrofóbico por donde pasan los iones hidrofílicos.