Covid-19 : les données épidémiologiques

Catherine Hill

Nous disposons de beaucoup de données sur l’épidémie de Covid19 en cours, ce qui permet de faire
le point sur la situation à la date du 27 mars 2020 notamment en matière de contagiosité,
d’immunité collective et de nombre de cas attendus.

1. Contagiosité du SRAS-Cov2, le virus du Covid19

La contagiosité d’un virus c’est le nombre moyen de personnes contaminées directement par une
personne infectée. On estime que la contagiosité du SRAS-Cov2 est environ 2,5, ce qui veut dire
qu’on pense qu’en moyenne chaque personne en contamine 2,5. Le paramètre évaluant la
contagiosité, que l’on appelle R0, a été estimé avant les mesures de confinement. Quand on prend
des mesures pour réduire la contagion, ce paramètre diminue.

Le paramètre de contagiosité R0 est essentiel car il détermine la proportion de la population qui doit
être immunisée pour stopper naturellement l’épidémie. La figure 1 montre que si R 0 est égal à 3,
l’épidémie d’arrête quand les deux tiers de la population est immunisée. En règle générale,
l’épidémie s’arrête quand la proportion de personnes immunisées est au moins égale à (R 0-1)/R0.

Figure 1 : Définition du paramètre de contagiosité R 0

Si R0=3, et si toute la population est
susceptible, chaque cas contamine ses
3 cas contacts et chacun de ces 3 cas en
contamine 3 autres
Si R0=3, et si plus des deux tiers de la population est
immunisée, l’épidémie cesse d’augmenter, car si deux
tiers de la population est immunisée chaque cas ne
peut contaminer qu’un seul de ses 3 contacts

Personne susceptible Personne immunisée

Dans la population française, avec un R0 estimé à 2,5, si on laissait l’épidémie suivre son cours naturel
l’infection se propagerait jusqu’à ce que (2,5-1)/2,5 =60% de la population soit infectée. Cette
proportion de population infectée correspond à ce qu’on appelle l’immunité collective. Elle serait
atteinte quand 40 millions de personnes (60% * 65 millions) sont infectées.
 2 Surveillance de l’épidémie

On surveille l’épidémie à partir du nombre cumulé de cas connus et du nombre cumulé de décès. Les
données mondiales sont mises en ligne chaque jour, notamment par l’université américaine Johns
Hopkins1 et sur le site worldometer2. La figure 2 montre les nombres de cas et les nombres de décès
dans une sélection de régions ou pays ainsi que les dates de confinement.

Figure 2 : Evolution des nombres cumulés de cas et de décès dans un certain nombre de pays ou
régions. Les échelles verticales sont différentes pour les cas et pour les décès.
Nombre de personnes contaminées Nombre de décès
100 000 Italie
Italie 8 000
Espagne
Contaminations connues

80 000
2 semaines Hubei
6 000 2 semaines Hubei
60 000 Espagne

Décès
Iran
Allemagne
40 000
4 000
France
Iran
France 2 000 Allemagne
20 000
Corée du Sud Corée du Sud
0 0
22/1/20 19/2/20 18/3/20 "Confinement"
22/1/20 19/2/20 18/3/20
Ces pays et la province chinoise de Hubei dans laquelle l’épidémie a commencé ont des populations
d’un ordre de grandeur voisin (entre 46 millions en Espagne et 83 millions en Allemagne). A partir de
ces données on peut calculer le rapport entre le nombre cumulé de décès et le nombre cumulé de
cas connus.

Le tableau 1 présente ces données à la date du 27 mars 2020 pour les pays ayant un nombre cumulé
de cas connus supérieur à 3 000. Le rapport entre le nombre cumulé de décès et le nombre cumulé
de cas connus varie de 10,6% en Italie à 0,4% en Israël. Une partie de cette variabilité provient du
dénominateur qui, dans certains pays ou régions inclut la plupart des cas, et dans d’autres pays ou
régions n’inclut probablement que les cas les plus graves, n’intégrant pas les cas qui ne sont pas
assez malades pour avoir été dénombrés et les cas qui ne sont pas malades. Le taux de mortalité
observée dépend donc notamment du nombre de tests rapporté à la population. Par ailleurs le
nombre de décès peut aussi être sous-estimé, notamment en n’attribuant pas au SARS-Cov2 les
décès quand une infection est détectée seulement post-mortem, ou comme en France, en ne
comptant que les décès à l’hôpital.

1
https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data
2
https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

2
Figure 1 : Représentation schématique des données connues et inconnues

On connait à peu près les décès mais

pas le total des infections
France 27 mars
Décès 1 995

Cas connus 32 964

Infectieux ?

Mortalité de 1,5% ?
l’infection

Mortalité
des cas connus 6,1%

Tableau 1 : Mortalité déclarée dans les pays ayant déclaré au moins 3 000 cas le 27 mars

Total % décès Total des

% décès Pays Pays
des cas cas
10,6% 86 498 Italie 1,8% 12 928 Suisse
7,8% 65 719 Espagne 1,8% 4 268 Portugal
7,4% 32 332 Iran 1,6% 5 698 Turquie
6,3% 8 603 Hollande 1,6% 101 657 Etats-Unis
6,1% 32 964 France 1,5% 9 332 Corée du Sud
5,2% 14 543 Royaume-Uni 0,8% 7 657 Autriche
4,7% 67 801 Hubei 0,7% 50 871 Allemagne
4,0% 7 284 Belgique 0,5% 3 755 Norvège
3,4% 3 069 Suède 0,4% 3 035 Israël
2,7% 3 417 Brésil

La figure 3 montre le nombre de tests réalisés dans un certain nombre de pays, rapportés à l’effectif
de leur population.

3
L’intensité des tests a donc été très variable d’un pays à l’autre. Ainsi, en Corée du Sud, à la date du
20 mars, on avait testé 6 habitants sur 1000, 10 fois plus qu’en France où 6 habitant sur 10 000 avait
été testé. En conséquence, les nombres de cas rapportés dans chaque pays ne sont pas comparables.

3 Estimation de la mortalité, et conséquence pour le nombre total de personnes contaminées

Il convient alors d’identifier les meilleures estimations de la mortalité. Sur le Diamond Princess,
bateau de croisière immobilisé dans le port de Yokohama, tout le monde a été testé et 10 des 712
personnes contaminées sont décédées, la mortalité est donc de 1,4% (10/712). En Corée du Sud,
pays dont la population a été largement testée, l’épidémie a été rapidement contrôlée et la mortalité
observée à la fin de l’épidémie est de 1,5% (en rouge dans le tableau 1).

Sur la base de ces deux estimations, on peut supposer que la mortalité rapportée au nombre de cas
réel est aussi égale à 1,5% en France. Le 27 mars 2020, le nombre cumulé de décès était de 1 995,
ceci correspond à un nombre réel de cas égal à 134 000 (1 995/134 000=1,5%), au lieu des 32 964 cas
connus à cette date.

Comme il y a un décalage entre l’apparition des cas et la mortalité, cette estimation reflète le
nombre de cas au moment de la contamination et non au moment du dénombrement des décès. La
contamination a lieu en moyenne 14 à 22 jours avant le décès selon les estimations. En choisissant le
nombre moyen de 20 jours, les 1 995 décès cumulés jusqu’au 27 mars correspondent donc
approximativement à 134 000 cas contaminés 20 jours avant le 27 donc le 7 mars.

Le nombre de cas double en France tous les 4 jours. Si on a 134 000 cas contaminés le 7 mars et si le
nombre de cas contaminés double tous les 4 jours, on a 268 000 cas le 11 mars, 536 000 cas le 15
mars,… et finalement 134 000x2x2x2x2x2 = 4,3 millions de cas le 27 mars. Parmi ces 4,3 millions de
cas, un grand nombre vont guérir ou sont déjà guéris.

A la date du 27 mars, la France est encore très éloignée de l’immunité collective que nous avons
définie dans le premier paragraphe et qui correspond à 40 millions de personnes immunisées.

4
Ces estimations sont rustiques, on peut certainement les améliorer, mais elles ont le mérite
d’indiquer l’ordre de grandeur de la partie immergée de l’iceberg.

Si la contamination s’arrêtait complètement le 27 mars, le nombre de décès attendus serait alors de

64 000 (1,5% x 4,3 millions). Mais la contamination ne va s’arrêter du jour au lendemain avec le
confinement. En effet les 4,3 millions de personnes déjà contaminées rencontrent d’autres
personnes qu’elles risquent de contaminer. Ces rencontres se font à leur domicile si elles sont
strictement confinées, mais aussi dans les EHPAD, les prisons, les hôpitaux psychiatriques, les
maisons de retraite, les casernes, etc. Il faudrait donc tester en priorité les résidents de ces structures
et plus généralement les personnes qui ont les contacts les plus nombreux avec des personnes
différentes : le personnel soignant mais aussi les pompiers, les aides à domicile, les livreurs…

Conclusion

Cette épidémie représente un test de notre capacité à comprendre et à réagir. Les autorités
commencent à mesurer les enjeux de la lutte contre le coronavirus. Le chemin qui reste à parcourir
ne va pas être facile.