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Los cocodrilos descienden del psuedosuchians , que caminaba sobre sus patas
traseras, y vivió durante el periodo Triásico tardío. El cráneo del cocodrilo todavía
se asemeja en muchos aspectos, al de los primitivos arcosaurios. Sus cuerpos, sin
embargo, evolucionaron hacia el aspecto externo del phytosaurs, debido a su estilo
de vida acuático.
Aunque los cocodrilos modernos caminan en cuatro patas, sus ancestros lo hacían
en dos patas, sus patas traseras eran más largas que las delanteras, y se inclinaban
hacia adelante cuando se levantan. El cráneo del cocodrilo aún tiene básicamente la
forma del archosaurean. Son largos, con cráneo puntiagudos, especialmente en los
tipos de cocodrilos que consumen pescado.
El cambio más importante en la evolución del cocodrilo, desde sus primeros días,
fue el paladar. El paladar es la parte plana del hueso en la parte superior de la boca.
En el phytosaurs, los orificios de las fosas nasales se encontraban en la parte de
atrás de su hocico, sin embargo, en los cocodrilos modernos, los orificios nasales
están situados en la parte delantera del hocico.
Esto le causaba al cocodrilo la filtración del agua por las vías nasales. Millones de
años de evolución en el cocodrilo resolvieron este problema, un segundo paladar se
formo, ayudando a canalizar el aire hasta las vías respiratorias, con una válvula
especial que podía cerrarse y abrirse.
A partir del período Jurásico, los cocodrilos ocuparon rápidamente la brecha del
extinto phytosaurs, convirtiéndose en grandes reptiles totalmente acuáticos.