Synthèse de Biochimie I – LBIR1250

Partie LARONDELLE
Illustrations extraites de « Principles of Biochemistry », de Albert L. Lehninger
Edition 2019-2020, revue, corrigée et agrémentée

Par François LERNOUX

Université Catholique de Louvain, Faculté des Bioingénieurs
1
Table des matières
CHAPITRE 1 : RAPPEL DE CERTAINS CONCEPTS NECESSAIRES ................. 4
1. MACROMOLECULES .................................................................................................. 4
2. COMPOSITION DE LA MATIERE VIVANTE ................................................... 4
3. A PROPOS DU CARBONE ......................................................................................... 4
4. STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES BIOMOLECULES.................. 5
5. SOURCE D’ENERGIE DANS LES ORGANISMES............................................. 5
6. ENERGIE LIBRE DE GIBBS ........................................................................................ 6
7. ENZYMES ET METABOLISME ............................................................................... 6
8. LES BIOMOLECULES ET L’EAU ............................................................................. 6
9. INTERACTIONS ENTRE BIOMOLECULES ...................................................... 7
10. MELANGES TAMPONS ET SYSTEMES BIOLOGIQUES........................... 7
CHAPITRE 2 : ACIDES AMINES, PEPTIDES ET PROTEINES ............................. 8
1. PREAMBULE ................................................................................................................... 8
2. LES DIFFERENTS ACIDES AMINES ..................................................................... 8
3. ACIDITE DES ACIDES AMINES DANS L’EAU ................................................ 11
4. ACIDES AMINES ET ALIMENTATION ............................................................. 11
5. CHAINES PEPTIDIQUES ......................................................................................... 12
CHAPITRE 3 : STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES PROTEINES ..... 13
1. NOTIONS GENERALES ........................................................................................... 13
2. STRUCTURE ................................................................................................................ 13
3. PROTEINES FIBREUSES ET GLOBULAIRES ................................................... 16
4. L’HEMOGLOBINE ...................................................................................................... 20
5. DENATURATION DES PROTEINES .................................................................. 20
6. LES PROTEINES ET LES LIGANDS .................................................................... 22
7. PROTEINES ALLOSTERIQUES ............................................................................ 26
CHAPITRE 4 : NOTIONS D’ENZYMOLOGIE ....................................................... 28
1. PETITE LECON D’HISTOIRE ET NOTIONS GENERALES ...................... 28
2. CLASSIFICATION INTERNATIONALE DES ENZYMES ........................... 28
3. FONCTIONNEMENT DES ENZYMES .............................................................. 29
4. CINETIQUE ENZYMATIQUE ............................................................................... 30

2
 5. DEVELOPPEMENT MATHEMATIQUE MENANT A L’EQUATION DE
MICHAELIS-MENTEN ..................................................................................................... 33
6. CINETIQUE DES REACTIONS ENZYMATIQUES A DEUX
SUBSTRATS ET DEUX PRODUITS (Bi-Bi) ............................................................... 35
7. INHIBITIONS................................................................................................................ 36
8. ACTIVITE ENZYMATIQUE ................................................................................... 42
9. ENZYMES REGULATRICES ET VOIES METABOLIQUES ........................ 42
CHAPITRE 12 : PRESENTATION DES LIPIDES ................................................... 50
1. CARACTERISTIQUES PRINCIPALES DES LIPIDES ..................................... 50
2. LIPIDES DE RESERVE............................................................................................... 50
3. LIPIDES DE STRUCTURE ....................................................................................... 52
4. LIPIDES A ACTIVITE BIOLOGIQUE PARTICULIERE ................................ 55
CHAPITRE 13 : CATABOLISME DES ACIDES GRAS ........................................... 57
1. GENERALITES ............................................................................................................. 57
2. OXYDATION DES ACIDES GRAS DANS LES CELLULES ANIMALES . 60
3. LA β-OXYDATION DES ACIDES GRAS SATURES ....................................... 61
4. LA β-OXYDATION CHEZ LES VEGETAUX ................................................ 66
5. CORPS CETONIQUES............................................................................................... 69
CHAPITRE 14 : SYNTHESE DES ACIDES GRAS ET DU CHOLESTEROL .... 71
1. RÔLES DES LIPIDES .................................................................................................. 71
2. SYNTHESE DES ACIDES GRAS ............................................................................ 71
3. ACIDES GRAS POLYINSATURES ........................................................................ 82
4. TRIGLYCERIDES ET GLYCEROPHOSPHOLIPIDES ................................... 85
5. CHOLESTEROL ........................................................................................................... 87
CHAPITRE 15 : CATABOLISME AZOTE (évoqué que très rapidement au cours) . 93

3
CHAPITRE 1 : RAPPEL DE CERTAINS CONCEPTS NECESSAIRES

1. MACROMOLECULES

Les macromolécules sont composées de sous-unités appelées monomères. L’agencement

de ces sous-unités détermine la fonction biologique de la macromolécule.
Au sein de la cellule, ces macromolécules s’organisent en complexes moléculaires, qui
eux-mêmes forment la cellule et ses organites.
MONOMERES < MACROMOLECULES < COMPLEXES MOLECULAIRES <
ORGANITES
2. COMPOSITION DE LA MATIERE VIVANTE

Une trentaine d’éléments seulement sont essentiels à la vie. Parmi ceux-là, H, C, N et O

représentent 99% de la masse d’une cellule. Les autres se distinguent en deux groupes :
• Eléments minéraux majeurs : Na, K, Cl, Mg, P, Ca, S
• Eléments minéraux mineurs (ou oligoéléments) : V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn,
Se, I, Mo

3. A PROPOS DU CARBONE

Le carbone est un élément idéal comme base de la biochimie car il peut former facilement
des chaînes ramifiées. Cela est dû à sa tétravalence (il peut former jusqu’à 4 liaisons) et au
fait qu’il peut former des chaînes très stables avec lui-même.

4
 4. STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES BIOMOLECULES

Deux stéréoisomères de la même formule chimique peuvent avoir des propriétés

différentes (exemple des isomères géométriques cis/trans).

Pour passer d’un stéréoisomère à l’autre, on parle de changement de configuration (il

faut briser au moins une liaison chimique). Si une partie de la molécule est déplacée
sans rupture de liaison chimique, on parle de changement de conformation.

5. SOURCE D’ENERGIE DANS LES ORGANISMES

• Organismes photosynthétiques : Réduction du CO2 induite par la lumière.

6CO2 + 6H20 => C6H12O6 + 6O2
Lumière

• Organismes non-photosynthétiques : Oxydation du glucose produits par d’autres

organismes via la photosynthèse.

• Organismes chémolithotrophes : Oxydation de composés inorganiques

5
 6. ENERGIE LIBRE DE GIBBS

L’énergie libre de Gibbs est l’énergie libérée par la rupture des liaisons qui pourra être
utilisée pour effectuer un travail chimique. Le reste sera perdu en chaleur et en désordre.
∆G = ∆H - ∆T.S (si variation de température)
∆G = ∆H - T.S (si température constante)
∆G > 0 : Réaction endergonique
∆G < 0 : Réaction exergonique
En biochimie, l’immense majorité des réactions a un bilan exergonique.

7. ENZYMES ET METABOLISME

Les réactions biochimiques sont généralement lentes (exergonique ≠ rapide).

Heureusement, il existe des enzymes, des catalyseurs biologiques, qui diminuent l’énergie
d’activation nécessaire à la réaction, ce qui l’accélère (parfois jusqu’à un facteur 10 14).
Les cellules organisent les réactions chimiques catalysées en voies métaboliques.

Ces voies métaboliques sont de deux sortes :

• Anabolisme : Complexification des molécules, accompagnée d’une consommation
d’énergie (on crée de nouvelles liaisons).
• Catabolisme : Simplification des molécules, accompagnée d’une libération
d’énergie (on brise des liaisons).
La coordination entre anabolisme et catabolisme est permise grâce aux couples
ATP/ADP et NADPH/NADP+.

8. LES BIOMOLECULES ET L’EAU

Composés hydrophiles : composés chargés ou polaires.

Composés hydrophobes : composés non polaires.

6
Composés amphipathiques : Composés comprenant une partie hydrophobe et une partie
hydrophile. Ces composés en solution aqueuse s’organisent sous forme de micelles (les
parties hydrophobes se rassemblent pour éviter le contact avec l’eau et les parties
hydrophiles se positionnent pour maximiser leurs interactions avec l’eau).

9. INTERACTIONS ENTRE BIOMOLECULES

• Le pont hydrogène est une interaction faible (20 kJ/mole) qui se forme entre un
donneur d’hydrogène et un accepteur d’hydrogène.
• Attractions et répulsions ioniques.
• Interactions hydrophobes.
• Interactions de van der Walls.
Ces 4 types d’interactions faibles s’accumulent et agissent en synergie.

10. MELANGES TAMPONS ET SYSTEMES BIOLOGIQUES

Des tampons d’acide et base faibles stabilisent le pH de certains systèmes biologiques.

Ces tampons peuvent être constitués de couples de protéines, de nucléotides ou d’autres
biomolécules.
Exemple : le pH du sang est stabilisé par le couple H2CO3/HCO3-.

7
CHAPITRE 2 : ACIDES AMINES, PEPTIDES ET PROTEINES

1. PREAMBULE
Les peptides et protéines sont constitués de l’assemblage de 20 acides aminés
« standards », de la forme α-amino acide :

Excepté la glycine, tous les acides aminés ont un carbone α chiral et sont tous « L »
(nomenclature de Fischer).

2. LES DIFFERENTS ACIDES AMINES

• Groupes « R » aliphatique (=non aromatique) non polaires

Interactions hydrophobes avec les groupements « R » (excepté la glycine)

--------------

8
• Groupes « R » aromatiques

Relativement non polaires, interactions hydrophobes

Tyrosine et tryptophane plus polaires car ils contiennent respectivement un -OH et
un atome d’azote
--------------
• Groupes « R » polaires non chargés

Hydrophiles car possibilités de ponts hydrogènes

9
La cystéine peut s’oxyder en cystine, en créant un pont disulfure, très hydrophobe.

--------------
• Groupes « R » chargés positivement

Très hydrophiles.
(pKa)His = 6, pouvoir tampon, donneur et accepteur de H+ dans les réactions
enzymatiques.
--------------
• Groupes « R » chargés négativement

Très hydrophiles, fonction carboxyle

10
 Index d’hydropathie : Mesure l’affinité d’un composé pour l’eau. S’il est négatif, le
composé est hydrophile. S’il est positif, le composé est hydrophobe.

Point isoélectrique : Valeur de pH pour laquelle la charge nette du composé est

nulle.

3. ACIDITE DES ACIDES AMINES DANS L’EAU

Lorsqu’un acide aminé est en solution aqueuse, il porte à la fois des charges positives et
négatives. On parle alors de « zwitterions ».

Ils sont ampholytes. Exemple de la glycine :

Pour calculer le point isoélectrique, on peut utiliser la formule du pH d’une solution tampon :
pI =1/2 * (pk1 + pk2)

4. ACIDES AMINES ET ALIMENTATION

Nos cellules ne sont pas capables de synthétiser tous les acides aminés. Certains sont dits
« essentiels » et doivent être apporté par l’alimentation. Les autres acides aminés peuvent
être synthétisés à partir des acides aminés essentiels s’ils ne sont pas directement
disponibles dans l’alimentation.

11
 5. CHAINES PEPTIDIQUES

Les acides aminés sont liés entre eux par un lien peptidique, formé par une réaction de
condensation :

Extrémité amino-terminale Extrémité carboxyl-terminale

Oligopeptide : Chaîne de quelques acides aminés.

Polypeptide : Chaîne d’un grand nombre d’acides aminés
Protéine : Macromolécule formée d’une chaîne polypeptidique (protéine monomérique)
ou de plusieurs chaînes polypeptidiques (protéine dimérique, trimérique, …
oligomérique).
Protéine simple : Protéine constituée exclusivement d’acides aminés.
Protéine conjuguée : Protéine qui contient des structures chimiques autres que les acides
aminés.
Groupement prosthétique : Partie d’une protéine conjuguée non constituée d’acides
aminés. On s’en sert pour classer les protéines (lipoprotéines, glycoprotéines,
métalloprotéines, …).

12
CHAPITRE 3 : STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES PROTEINES

1. NOTIONS GENERALES

Il existe une quantité immense de différentes conformations possibles pour une protéine,
mais dans les faits, seules quelques-unes se forment naturellement. Ce sont les « formes
natives », celles qui sont le plus stable du point de vue thermodynamique.
Cette stabilité s’explique par a présence de plusieurs types de liaisons :
• Des ponts S-S (liaisons covalentes)
• Des ponts hydrogènes
• Des interactions hydrophobes Interactions faibles
• Des attractions et répulsions ioniques
• Des interactions de van der Waals

En apportant de l’énergie (par une augmentation de température par exemple), on brise

ces liaisons de stabilisation. La configuration native est alors perdue, on parle de
« dénaturation des protéines », ce qui altère la fonction de la protéine.

2. STRUCTURE

La structure d’une protéine s’organise en 4 niveaux :

Structure primaire : séquence d’acides aminés.

Structure secondaire : arrangement régulier des acides aminés dans l’espace, « spirale ».
Structure tertiaire : arrangement d’un polypeptide dans l’espace.
Structure quaternaire : arrangement des polypeptides les uns par rapport aux autres.

13
La liaison C-N du lien peptidique est partiellement double, ce qui empêche la rotation
autour de l’axe de la liaison et forme des plans rigides qui pivotent autour des carbones C-
α.

La configuration trans est donc favorisée.

La structure secondaire peut s’organiser de trois façons :

• L’hélice α

0,54 nm par tour de spire

La plupart du temps à tour droit
Stabilisation par des ponts hydrogènes

• La conformation β

14
 Structure en zigzag
Chaînes juxtaposées en feuilles parallèles ou antiparallèles
Stabilisation par des ponts hydrogènes, groupe « R » sort du feuillet
Possibilité d’entassement si « R » est petit (exemple : fibroïne = toile d’araignée)

• Le tournant β

Lie les feuillets antiparallèles

Ponts hydrogènes
Beaucoup de glycine et de proline

15
 3. PROTEINES FIBREUSES ET GLOBULAIRES

Protéine fibreuse :
• Rôle de résistance ou de flexibilité
• Elles contiennent beaucoup d’acides aminés hydrophobes et sont donc insolubles

16
Exemples :

• l’α-kératine

¨Protéine fibreuse
Hélice- α à tour droit
Superhélice à tour gauche formées de 2 hélices
Protofilament (4 chaînes)
Protofibrille (8 chaînes)
Filament intermédiaire (association d’environ 4 protofibrilles)

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• le collagène

Protéine fibreuse, présente dans les tendons, le cartilage, les os, la cornée, etc
Hélice à tour gauche
Superhélice à tour droit faite de 3 chaînes, appelée tropocollagène (TPC)
TPC organisés en fibrilles

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 la fibroïne

Conformation β, riche en glycine et alanine

Feuillets β entassés
Stabilisée par des liaisons faibles, ne contient pas de liaisons covalentes, ce qui lui assure
une grande flexibilité

• la myoglobine groupement hémique, « capture » l’O2

L’hème capture l’oxygène pour l’amener aux muscles

Formée d’un seul polypeptide de 153 acides aminés

Les molécules cycliques impliquées dans le transport du dioxygène sont appelées des
« porphyrines ». Les porphyrines peuvent s’associer avec des métaux, tels que le fer, le
zinc, le manganèse, le cobalt, le cuivre, et bien d’autres.
Les protéines globulaires ont une grande diversité de structures tertiaires.

19
 4. L’HEMOGLOBINE

Composées de 4 chaînes : 2 chaînes α et 2 chaînes β

Chaque chaîne contient un groupe hémique

5. DENATURATION DES PROTEINES

On parle de dénaturation d’une protéine lorsque les liaisons faibles qui maintenaient la
structure tridimensionnelle sont rompues. La perte de la structure tridimensionnelle
initiale s’accompagne d’une perte de la fonction.

Plusieurs méthodes existent pour dénaturer les protéines :

• Apport de chaleur, pour briser les ponts hydrogènes
• pH extrêmes, altèrent les charges et les interactions entre elles
• Solvants organiques miscibles (alcool, acétone, …)
• Urée, hydrochlorure de guanidine, … Modification des
• Détergents interactions hydrophobes.

La dénaturation est abrupte même si le chauffage est progressif, c’est-à-dire qu’arrivé à

une certaine température, c’est la protéine toute entière qui se dénature en un laps de
temps très court.
Il existe des exemples de protéines « thermostables » qui gèrent très bien les hautes
températures. On les retrouve notamment dans les bactéries thermophiles, qui vivent dans
des milieux où la température peut atteindre 80°C (les geysers par exemple).

20
La dénaturation de certaines protéines est réversible, c’est-à-dire que lorsque les
conditions redeviennent favorables, ces protéines peuvent retrouver leur conformation
native. Ce processus est appelé la « renaturation » et il est une preuve que c’est la
séquence d’acides aminés qui déterminent la structure tridimensionnelle d’une protéine.
Par exemple, la ribonucléase :

Les ponts S-S se brisent et se forment selon les conditions.

Il existe des procédés pour assister la protéine et l’encourager à se mettre en conformation

native (aussi appelé « folding »):
• Heat shock proteins : se lient à des régions hydrophobes de certaines protéines
pas encore conformées pour éviter qu’elles ne s’agrègent de manière non souhaitée.
• Chaperonines : indispensable au folding de certaines protéines incapables de se
conformer de manière autonome.

Lorsque le folding se déroule mal, cela peut mener à des maladies conséquentes. Voyons
l’exemple du prion :

Prion = proteinaceous infectious only

21
 La protéine prion sous forme altérée (PrPSc) par phénomène coopératif encourage le
prion natif (PrPc) à se convertir en forme altérée.

6. LES PROTEINES ET LES LIGANDS

Un ligand est une molécule qui se lie de façon réversible à une protéine globulaire. Un
ligand se lie à un site spécifique (binding site), propre à ce ligand par une
complémentarité de taille, de forme, de charge et d’hydrophobicité.
Lorsqu’un ligand s’attache à la protéine celle-ci change instantanément de conformation,
qui augmente encore plus la complémentarité entre le ligand et le site spécifique (on parle
d’« induced fit »).

On peut modéliser mathématiquement les interactions entre protéines et ligands :

On peut caractériser cet équilibre par une constante d’association :

[𝑃𝐿]
𝐾𝑎 =
[𝑃 ][𝐿]
où on peut approximer [ L ] à une constante, car la quantité de ligands est immense par
rapport à la concentration en binding sites.

On définit également un équilibre de liaison noté

θ = (nombre de sites occupés)/(nombre total de sites)

[𝑃𝐿] 𝐾𝑎 [𝐿][𝑃 ] 𝐾𝑎 [𝐿] [𝐿]

𝜃= = = =
[𝑃𝐿] + [𝑃 ] 𝐾𝑎 [𝐿][𝑃 ] + [𝑃 ] 𝐾𝑎 [𝐿] + 1 [𝐿] + 1
𝐾𝑎

22
 [𝐿]
Equation d’une hyperbole : 𝜃 = 1
[𝐿]+
𝐾𝑎

1
= 𝐾𝑑 = [𝐿]0.5
𝐾𝑎

Exemple : fixation de l’O2 sur la myoglobine.

𝜃 = é𝑞𝑢𝑎𝑡𝑖𝑜𝑛 ℎ𝑦𝑝𝑒𝑟𝑏𝑜𝑙𝑖𝑞𝑢𝑒 𝑑𝑒 [𝑂2 ]

[𝑂2 ]
𝜃=
[𝑂2 ] + 𝐾𝑑

23
 𝑝𝑂2
𝜃=
𝑝𝑂2 + 𝑝50

Exemple : fixation de l’O2 sur l’hémoglobine.

Les sous-unités de l’hémoglobine existent sous 2 conformations différentes :
• Forme T (tense) : plus stable en absence d’O2.
• Forme R (relaxed) : plus stable en présence d’O2.
L’O2 se fixent sur les 2 mais a ne préférence pour la forme R puisque c’est la plus stable.
Toujours par souci de stabilité, lorsque de l’O2 se fixent sur une sous-unité de
conformation T, cela induit un changement de conformation vers la forme R.
Par phénomène coopératif, lorsque qu’une forme T est convertie en forme R, les sous-
unités T adjacentes se convertissent elles aussi. Ainsi, plus il y a d’O2 fixé, plus les
molécules suivantes vont se lier facilement.

Mathématiquement, cela est représenté par une sigmoïde :

Ces interactions ont été l’objet des travaux du physiologiste Archibald Hill.
L’équation générale de la sigmoïde :
[𝐿]𝑛
𝜃=
𝐾𝑑 + [𝐿]𝑛
De là on trouve :

24
 𝜃 [𝐿]𝑛
=
1−𝜃 𝐾𝑑
Enfin, l’équation de Hill :
𝜃
log ( ) = 𝑛 𝑙𝑜𝑔[𝐿] − 𝑙𝑜𝑔𝐾𝑑
1−𝜃
où n est le nombre de Hill, qui quantifie le degré de coopérativité. Sa valeur maximale est
le nombre de liaisons maximales sur la protéine.
S’il n’y a pas de coopérativité, n = 1. Il peut même exister des cas rares de coopérativité
négative, dans ce cas n < 1.

Dans le cas de l’hémoglobine, l’équation devient donc :

𝜃
log ( ) = 𝑛 log 𝑝𝑂2 − log 𝐾𝑑
1−𝜃
avec n maximal = 4.

La coexistence des formes de faible et de forte affinité est essentielle pour la fonction de
l’hémoglobine, qui doit fixer efficacement l’O2 dans les poumons et le relâcher dans les
tissus. Cependant la forme R fixe correctement l’O2 dans les poumons mais n’en libère
pas assez dans les tissus. La forme T quant à elle relâche correctement l’O2 dans les tissus
mais ne le fixe pas assez dans les poumons.
L’hémoglobine résout le problème en rentrant dans un état de transition S, entre R et T,
qui tend de plus en plus vers R au fur et à mesure que l’O 2 est fixé, ou qui tend de plus en
plus vers T au fur et à mesure que l’O2 est relâché. Ce type de protéines sont appelées des
protéines allostériques.

25
 7. PROTEINES ALLOSTERIQUES

Une protéine allostérique est une protéine oligomérique pour laquelle la fixation d’un
ligand sur un site affecte les propriétés de liaison d’un ou de plusieurs autres sites de la
même protéine.
Un tel ligand est appelé modulateur, et provoque des interconversions entre des formes
plus actives et moins actives de la protéine.
Si le modulateur est un substrat (molécule subissant une réaction chimique catalysée par
cette enzyme), on parle d’interaction homotrope, et si le modulateur est une autre
molécule, on parle d’interaction hétérotrope. Ces 2 types d’interactions peuvent coexister
dans une même protéine.

L’interaction du 2,3-bisphosphoglycérate (BPG) avec l’hémoglobine constitue un

exemple de modulation allostérique hétérotrope.

Le BPG est connu pour réduire fortement l’affinité de l’hémoglobine pour l’O2. En effet,
lorsque le BPG se fixe sur l’hémoglobine, il empêche la fixation de l’O 2.
Ainsi, quand une personne qui réside au niveau de la mer part en séjour à la montagne, la
pression en O2 diminue brusquement et la quantité d’O2 distribuée aux tissus est réduite.
Pour pallier à ce problème, la concentration en BPG dans le sang va augmenter,
diminuant l’affinité de l’hémoglobine pour l’O2. Cela n’aura qu’un très petit impact sur la

26
quantité d’O2 captée dans les poumons, mais l’impact sur la quantité d’O 2 relâchée dans
les tissus est considérable.
Par ce processus, la quantité d’O2 libérée dans les tissus reste constante autour de 40% de
la capacité transportable par le sang.

27
CHAPITRE 4 : NOTIONS D’ENZYMOLOGIE

1. PETITE LECON D’HISTOIRE ET NOTIONS GENERALES

En 1897, Edouard Buchner montre que la fermentation des sucres en alcool peut être
réalisée avec des extraits de levure. Il en déduit donc que les molécules présentent dans
ces extraits continuent à agir même en dehors du milieu cellulaire. Ces molécules sont
baptisées « enzymes » par Wilhelm Friedrich Kühne.
On sait aujourd’hui que l’immense majorité des enzymes sont des protéines, et que leur
fonction dépend de leur conformation tridimensionnelle.

Cofacteur : ion inorganique tel que Fe2+, Mg2+, Mn2+, Zn2+, …

Coenzyme : molécule organique ou métallo-organique.
Groupement prosthétique : Coenzyme ou cofacteur lié fortement à la protéine, parfois
même par un ou des liens covalent(s).
Holoenzyme : enzyme dans son entièreté.
Apoenzyme : Partie protéique de l’enzyme, c’est-à-dire sans cofacteur ou coenzyme.

2. CLASSIFICATION INTERNATIONALE DES ENZYMES

Chaque enzyme est classée dans une des six classes, chaque classe facilitant un type de
réaction en particulier.

Ces classes sont elles-mêmes subdivisées en sous-classes

28
Chaque enzyme possède :
• Un nom officiel qui décrit la réaction catalysée
• Un nom courant
• Un numéro de classification à 4 nombres

3. FONCTIONNEMENT DES ENZYMES

Les conditions biologiques ne sont pas très excitantes : faibles pressions, faibles
concentrations, peu d’écarts de température, … Heureusement les enzymes sont là et
créent des micro-environnements plus favorables, appelés « sites actifs ». Ces enzymes
forment un complexe enzyme-substrat :

C’est ainsi que les enzymes modifient les vitesses de réaction, mais sans modification de
l’équilibre.

Les conditions standards en biochimie sont différentes de celles connues en chimie :

25°C, 1 atm, [ S ] = 1 M, pH = 7, [ H 2O ] = 55,5 M

29
Les enzymes accélèrent fortement les réactions et ont une grande spécificité de substrat,
avec lequel elles forment des liens qui peuvent être covalents ou faibles.
L’énergie libérée par ces liens faibles formés apportent la plus grande partie du pouvoir
catalytique de l’enzyme, car ils permettent de stabiliser l’intermédiaire réactionnel, et
donc de diminuer l’énergie nécessaire pour l’atteindre.

Certains groupes fonctionnels peuvent contribuer à la catalyse :

• Catalyse acide – base : les chaînes latérales de plusieurs acides aminés peuvent jouer le
rôle de donneurs ou d’accepteurs temporaires de proton.
• Catalyse covalente : une liaison covalente transitoire peut se former entre l’enzyme
(groupe nucléophile) et le substrat.
• Catalyse impliquant un ion métallique : les ions métalliques peuvent stabiliser des
intermédiaires chargés ou participer directement à des réactions d’oxydoréduction.

Il y a plusieurs approches possibles pour parvenir à comprendre les mécanismes

enzymatiques :
• Détermination de la structure tridimensionnelle
• Mutagenèse dirigée
• Etude de la variation de la vitesse de réaction en fonction de plusieurs facteurs (ce
qu’on appelle la cinétique enzymatique).

4. CINETIQUE ENZYMATIQUE

La vitesse d’une réaction catalysée par une enzyme dépend de la concentration en substrat
(on s’intéresse aux vitesses initiales de réaction, notées V0).

On considère que [ S ] = constante car elle est énorme comparée à [ E ].

30
Les courbes de vitesse suivent des paraboles :

Et la vitesse initiale peut être exprimée sous la forme :

𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝐾𝑚 + [𝑆]
où Km,, la constante de Michaelis, représente la concentration en substrat lorsque la
vitesse deux fois plus petite que la vitesse maximale.

En 1913, Michaelis et Menten comprennent que la première étape est rapide mais que la
deuxième est lente (on parle d’étape limitante de vitesse).

Si la deuxième étape est l’étape limitante de vitesse, on peut approximer la vitesse comme
étant proportionnelle à la concentration en ES.

𝑣0 = 𝑐𝑠𝑡[𝐸𝑆]
De plus, comme on s’intéresse uniquement aux vitesses initiales, on peut approximer la
deuxième étape comme étant une réaction complète.

S’en suit logiquement :

𝑣0 = 𝑘2 [𝐸𝑆]

31
Néanmoins, [ ES ] est difficilement mesuré et il nous faut trouver une alternative pour
l‘exprimer. Pour cela, nous allons utiliser le terme [ E t ], la concentration totale en
enzyme.
Si la concentration en substrat [ S ] est très élevée, alors toutes les enzymes sont liée à une
molécule de substrat et on peut approximer :
[𝐸𝑆]~[𝐸𝑡 ] et donc 𝑉𝑚𝑎𝑥 = 𝑘2 [𝐸𝑡 ]
Si la concentration en substrat [ S ] est très faible, [ ES ] est proportionnel à [ S ], et on
peut exprimer :

𝑣0 = 𝑐𝑠𝑡[𝑆]
La valeur de [ ES ] peut s’exprimer de manière générale comme étant la résultante de la
formation de ES et de sa dégradation :
d[ ES ]
= 𝑘1 [𝐸 ][𝑆] − 𝑘−1 [𝐸𝑆] − 𝑘2 [𝐸𝑆]
dt

Evolution de [ ES ] Formation de Dégradation de Dégradation de

au cours du temps ES ES en E et S ES en E et P
Cette équation peut être simplifiée sous la forme :
d[ ES ]
= 𝑘1 [𝐸 ][𝑆] − (𝑘−1 + 𝑘2 )[𝐸𝑆]
dt

En 1925, Briggs et Haldane émettent l’hypothèse de l’état stationnaire (« steady state ») ;

comme [ ES ] << [ S ], la variation de [ ES ] est infime par rapport à la variation de [P ]
excepté au tout début de la réaction où l’équilibre se met en place. Ce steady state
s’exprime mathématiquement :
𝑑 [𝐸𝑆]
=0
𝑑𝑡

32
5. DEVELOPPEMENT MATHEMATIQUE MENANT A L’EQUATION DE
MICHAELIS-MENTEN

𝑑 [𝐸𝑆]
= 0 = 𝑘1 [𝐸 ][𝑆] − (𝑘−1 + 𝑘2 )[𝐸𝑆]
𝑑𝑡
[𝐸][𝑆] 𝑘−1 + 𝑘2

[𝐸𝑆]
= = 𝐾𝑚
𝑘1

Vu que [Et] = [ E ] + [ ES ], on a [ E ] = [ Et ] - [ ES ]

([𝐸𝑡 ] − [𝐸𝑆])[𝑆]
𝐾𝑚 =
[𝐸𝑆]

[𝐸𝑡 ][𝑆] [𝐸𝑆][𝑆]

𝐾𝑚 = −
[𝐸𝑆] [𝐸𝑆]

[𝐸𝑡 ][𝑆]
𝐾𝑚 + [𝑆] =
[𝐸𝑆]

[𝐸𝑡 ][𝑆]
[𝐸𝑆] =
𝐾𝑚 + [𝑆]

Comme vu précédemment, 𝑣0 = 𝑘2 [𝐸𝑆]

On sait également que 𝑉𝑚𝑎𝑥 = 𝑘2 [𝐸𝑡 ]

𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
Au final, 𝑣0 =
𝐾𝑚 + [𝑆]

33
Cette équation est un très bon modèle pour la réalité. En effet :

𝑉𝑚𝑎𝑥
• Si [ S ] <<< Km, 𝑣0 = [𝑆]
𝐾𝑚

• Si [ S ] >>> Km, 𝑣0 = 𝑉𝑚𝑎𝑥

𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆] 𝑉𝑚𝑎𝑥

• Si [ S ] = Km, 𝑣0 = =
2[𝑆] 2

1. LINEARISATION ET APPLICATIONS

Un moyen de « mettre à plat » la forme hyperbolique de l’équation de Michaelis-Menten

est la linéarisation de Lineweaver-Burk. Elle a cependant quelques inconvénients.

L’équation de Michaelis-Menten ne trouve pas son utilité que dans les mécanismes à
deux étapes, mais modélisent aussi bien les réactions enzymatiques avec plusieurs
intermédiaires.

Toutes les enzymes qui montrent une courbe 𝑣0 = fct [ S ] d’allure hyperbolique suivent
une cinétique de Michaelis-Menten.

34
Une donnée intéressante à connaître sur une enzyme est le « turnover number », qui
quantifie le nombre de molécules de substrat converties par une seule molécule d’enzyme,
lorsque l’enzyme est saturée par son substrat, c’est-à-dire qu’elle est à sa vitesse maximale.
𝑉𝑚𝑎𝑥
Vmax = kcat [ Et ], 𝑘𝑐𝑎𝑡 =
[𝐸𝑡 ]

6. CINETIQUE DES REACTIONS ENZYMATIQUES A DEUX

SUBSTRATS ET DEUX PRODUITS (Bi-Bi)

Plusieurs mécanismes réactionnels sont possibles :

• Le simple déplacement (séquentiel) : les substrats sont fixés et les produits sont
libérés simultanément.

Ce déplacement peut être aléatoire (comme avec les hexokinases par exemple) où
les substrats sont fixés sans ordre de préférence :

Ou alors il peut être de type ordonné (comme la malate déshydrogénase, qui fixe
d’abord le NAD+), où un des substrats doit absolument être fixé avant l’autre :

• Le double déplacement (ping-pong) : un premier substrat est fixé puis libéré dans
un premier temps, et le second substrat n’est fixé et libéré que dans un second
temps :

•
•

35
Des enzymes qui suivent ce processus sont les transaminases :

L’influence du type de déplacement sur la vitesse de la réaction peut être mis en évidence
par la linéarisation de Lineweaver-Burk :

Ces données sont recueillies en variant [ S ] pour une valeur constante de [ S2 ], et en

répétant l’opération pour plusieurs valeurs de [ S2 ]. Des droites sécantes indiquent un
simple déplacement, alors que des droites parallèles trahissent un double déplacement.

7. INHIBITIONS

Les activités enzymatiques peuvent être régulées par des inhibiteurs. Ce phénomène est
appelé inhibition. Elles peuvent être catégorisées comme suit :
• Inhibitions irréversibles
• Inhibitions réversibles
o Compétitives
o Incompétitives
o Non compétitives
▪ Strictes
▪ Mixtes
• À tendance compétitive
• À tendance incompétitive

36
L’inhibition compétitive :
Lors d’une inhibition compétitive, un inhibiteur entre en compétition avec le substrat
pour la fixation sur un site actif d’une enzyme. Lorsque l’inhibiteur est fixé, le substrat ne
peut plus se fixer au site actif à son tour.

L’équation de Michaelis-Menten devient :

𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝛼𝐾𝑚 +[𝑆]

où le terme αKm est souvent appelé le « Km apparent ».

[𝐼] [𝐸][𝐼]
𝛼 =1+ et 𝐾𝐼 = [𝐸𝐼]
𝐾𝐼

Ce n’est pas parce que l’inhibiteur est fixé que l’enzyme devient inopérante. L’inhibiteur
peut se délier de l’enzyme, et la porte est à nouveau ouverte au substrat. Un moyen
simple de favoriser la fixation du substrat sur les sites actifs est d’augmenter la
concentration en substrat.

37
Dans un cas d’inhibition compétitive, la linéarisation de Lineweaver-Burk révèle des
droites qui se croisent sur l’axe des ordonnées.

L’inhibition incompétitive :
Lors de l’inhibition incompétitive, l’inhibiteur se lie au complexe ES à un site distinct de
du site actif du substrat. Lorsque l’inhibiteur s’est fixé au complexe ES, celui-ci ne peut
plus se dégrader en E et P.

38
L’équation de Michaelis-Menten devient :
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝐾𝑚 + 𝛼′[𝑆]

[𝐼] [𝐸𝑆][𝐼]
𝛼′ = 1 + et 𝐾𝐼′ = [𝐸𝑆𝐼]
𝐾𝐼 ′

A de grandes concentrations de substrat, v 0 tend vers Vmax/α’. Un inhibiteur incompétitif

diminue donc la Vmax mesurée. Le Km mesuré (« apparent ») est donc lui aussi diminué,
puisqu’il ne représente plus la concentration de substrat à V max/2 mais à Vmax/2α’.

Dans un cas d’inhibition incompétitive, la linéarisation de Lineweaver-Burk révèle des

droites parallèles.

39
L’inhibition non compétitive :
Lors d’une inhibition non compétitive, l’inhibiteur peut se lier à l’enzyme sur un site
distinct du site actif du substrat, que le substrat soit déjà lié à l’enzyme ou non. Si le
substrat n’était pas fixé sur l’enzyme, son affinité pour le site actif peut avoir été accrue
ou diminuée. Si le substrat s’était déjà fixé à l’enzyme, il ne peut désormais plus s’en
détacher sans que l’inhibiteur ne se détache avant lui.

L’équation de Michaelis-Menten devient :

𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝛼𝐾𝑚 + 𝛼′[𝑆]
(voir cas précédents pour les définitions de α et α’)
Il existe deux cas de figures :
- Ou l’inhibiteur a la même affinité pour l’enzyme seule que pour le complexe ES,
on parle alors d’inhibition non compétitive stricte (et Km apparent = Km initial).
- Ou l’inhibiteur a une préférence pour l’enzyme seule ou pour le complexe ES, on
parle alors d’inhibition con compétitive mixte à tendance compétitive (et Km
apparent > Km initial) ou à tendance incompétitive (et Km apparent < Km initial).

40
Stricte
L’inhibiteur a la même affinité pour l’enzyme seule que pour le complexe ES, donc α’=α.
L’équation de Michaelis-Menten devient donc :
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝛼𝐾𝑚 + 𝛼 [𝑆]
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝛼 (𝐾𝑚 + [𝑆])
Mixte
Vmax apparente < Vmax initiale car une partie du nombre d’enzymes total (dont dépend
Vmax) est consommé par l’inhibiteur.
Le Km apparent lui peut être plus grand ou plus petit que le Km initial selon que l’affinité
de l’inhibiteur soit plus forte pour l’enzyme seule ou pour ES.

GENERALISATION
On peut généraliser la formule de l’inhibition non compétitive à l’ensemble des
inhibitions réversibles :
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 =
𝛼𝐾𝑚 + 𝛼′[𝑆]
où α caractérise l’affinité de l’inhibiteur pour E et α’ caractérise l’affinité de l’inhibiteur
pour le complexe ES.
𝑉𝑚𝑎𝑥
𝑉max 𝑎𝑝𝑝𝑎𝑟𝑒𝑛𝑡𝑒 =
𝛼′
et
𝛼𝐾𝑚
𝐾𝑚 𝑎𝑝𝑝𝑎𝑟𝑒𝑛𝑡 =
𝛼′
Compétitif : α’ = 1
Incompétitif : α = 1
Non compétitif strict : α = α’

41
 8. ACTIVITE ENZYMATIQUE

L’activité d’une enzyme est souvent adaptée à un certain pH, comme c’est le cas pour la
pepsine (dans l’estomac) ou la glucose 6-phosphatase.

9. ENZYMES REGULATRICES ET VOIES METABOLIQUES

Les enzymes régulatrices assurent la gestion des voies métaboliques. Ces voies
métaboliques sont organisées en une série de réactions intermédiaires catalysées par des
enzymes spécifiques. Ainsi, chaque produit intermédiaire est le substrat de l’enzyme
catalysant la réaction suivante.

42
La première étape est souvent la plus lente. Cela permet d’éviter du travail inutile en
gardant la possibilité d’interrompre la réaction si elle s’avérait inutile, et cela relativement
tôt.
On distingue deux grands types d’enzymes régulatrices :
- Enzymes allostériques : régulées par la fixation réversible et non covalente
modulateurs (petits métabolites ou cofacteurs).
- Enzymes modulées par modification covalente réversible : régulées par la fixation
ou le détachement de certaines molécules chimiques.
Néanmoins, les systèmes métaboliques peuvent mettre d’autres moyens en œuvres pour
réguler l’action des enzymes :
- Association à des protéines régulatrices : ces protéines régulatrices se lient aux
enzymes pour stimuler ou inhiber leurs fonctions.
- Clivage protéolytique (irréversible): certaines enzymes sont activées lorsque
certains segments peptidiques leurs sont ôtés.

Un exemple typique d’organisation de voie métabolique est l’inhibition feedback.

Lorsque la concentration en produit final augmente, celui se fixe sur une des enzymes de
la voie (il s’agit souvent de l’enzyme catalysant la première étape), afin d’inhiber ses
fonctions. On peut également parler d’inhibition allostérique hétérotrope (c’est-à-dire
quand le modulateur est une molécule différente du substrat).

43
Propriétés cinétiques des enzymes allostériques :
Les courbes de saturation sont des sigmoïdes :

On ne parle pas de Km mais plutôt de K0.5 ou de [ S ]0.5.

Là où pour une hyperbole nous avions :
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣0 = ,
𝐾𝑚 +[𝑆]

pour la sigmoïde nous avons :

𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]𝑛
𝑣0 = ,
𝐾0.5 +[𝑆]𝑛

où n est différent de 1.
Comme vu précédemment dans le cas de l’hémoglobine, une sigmoïde peut être exprimée
par l’équation de Hill :
𝑣0
log ( ) = 𝑛 𝑙𝑜𝑔[𝑆] − 𝑙𝑜𝑔𝐾0.5
𝑉𝑚𝑎𝑥 − 𝑣0

44
Les enzymes allostériques peuvent être de 2 types :
- Enzymes « K » : un modulateur à effet positif ou négatif fait varier la valeur de
K0.5 mais pas celle de la Vmax.

- Enzymes « V » : moins communes, un modulateur à effet positif ou négatif fait

varier la valeur de la Vmax mais pas celle de K0.5.

45
Modifications covalentes réversibles :
Différents groupes peuvent être fixés :
- Phosphorylation (très fréquent, 50% des protéines eucaryotes sont
phosphorylées)
- Acétylation
- Myristylation
- Ubiquitination
- ADP Ribosylation
- Méthylation
Tous ces groupes sont fixés et enlevés par des enzymes spécifiques.
Les groupes phosphoryls sont attachés par des liaisons phosphoesters à certains acides
aminés par l’action des kinases sur la sérine, la thréonine et la tyrosine.

46
Les phosphorylations ont lieu au niveau de séquences consensus, des motifs dans la
structure des protéines qui sont reconnues par des kinases spécifiques (certaines ont une
préférence pour les contextes basiques, d’autres pour certains substrats, etc).

Des acides aminés éloignés en termes de séquence primaire mais proches d’un point de
vue tridimensionnel peuvent jouer un rôle important dans l’existence d’un site de
phosphorylation.
Les groupes phosphoryls modulent la structure et l’activité catalytique des enzymes en
créant des ponts hydrogène notamment, qui modifient la conformation de l’enzyme et
potentiellement le mécanisme réactionnel au niveau du site actif.

47
Certaines enzymes sont activées (la glycogène phosphorylase par exemple) ou inactivées
(comme la pyruvate kinase) par phosphorylation.

Activation/inactivation de la glycogène phosphorylase (aussi régulée par des effecteurs

allostériques pour permettre une régulation plus précise encore).

48
Pour les chapitres 5 à 11, voir le syllabus de Michel Ghislain.

49
CHAPITRE 12 : PRESENTATION DES LIPIDES

1. CARACTERISTIQUES PRINCIPALES DES LIPIDES

Les lipides forment un groupe de molécules très diverses qui partagent cependant une
caractéristique commune : leur faible solubilité dans l’eau (hydrophobicité).
Ils assurent trois fonctions principales :
- Un rôle de réserve énergétique
- Un rôle de structure
- Interviennent dans certaines activités biologiques particulières

2. LIPIDES DE RESERVE

Les lipides de réserve sont composés d’acides gras (contiennent un groupe acide
carboxylique).
Un acide gras peut contenir de 4 à 36 carbones, même si la plupart du temps ce nombre
ne va pas au-delà de 22 à 24 carbones et est souvent paire. Il peut y avoir des doubles
liaisons mais elles seront la plupart du temps non-conjuguées (alternation de liaisons
simples et doubles) et en configuration cis, bien que certains micro-organismes soient
capables de synthétiser des acides gras trans. Les acides gras peuvent être nommé par la
nomenclature chimique (très peu pratique) et la nomenclature nutritionnelle :
- SFAs (Saturated Fatty Acids) constitués d’une chaîne carbonée complètement
saturée.
- MUFAs (Monounsaturated Fatty Acids) ne contiennent qu’une seule liaison
double dans la chaîne carbonée.
- PUFAs (Polyunsaturated Fatty Acids) contiennent au moins 2 liaisons doubles
dans la chaîne carbonée.
Parmi ces derniers, on peut encore distinguer les oméga-3 (la première double liaison se
situe entre les carbones 3 et 4), les oméga-6 (la première double liaison se situe entre les
carbones 6 et 7) et les oméga-9 (la première double liaison se situe entre les carbones 9 et
10). Ils existent également des oméga-5 et des oméga-7 mais ils sont bien plus rares.
La longueur et le degré d’insaturation des acides gras influencent leur solubilité dans l’eau
ainsi que leur point de fusion. En effet, plus un acide gras est saturé, moins il est soluble,
et plus il contient de doubles liaisons, plus son point de fusion sera élevé.

50
Les triglycérides (encore plus hydrophobes que les acides gras seuls) sont formés par
l’estérification des trois acides gars sur une molécule de glycérol.

Ils sont les principaux constituants des huiles et des graisses de réserve. Ils sont non
polaires et moins denses que l’eau (« flottent »). Ils présentent deux avantages dans le
rôle de réserve énergétique par rapport aux polysaccharides :
- Les carbones qui constituent les triglycérides sont plus réduits (étage d’oxydation
≈ -2) que ceux qui constituent les polysaccharides (étage d’oxydation ≈ 0). Ainsi,
l’oxydation d’un triglycéride libère plus d’énergie.
- Les triglycérides sont hydrophobes et ne se gorgent pas d’eau comme les
polysaccharides, ce qui permet de limiter la masse corporelle car un gramme de
lipides hydratés contient plus de carbone qu’un gramme de polysaccharides
hydratés.
Pour fournir de l’énergie, les triglycérides sont hydrolysés :
- Par des lipases, qui « coupent » les lipides pour libérer des acides gras
- Par hydrolyse basique, aussi appelée saponification, qui forme du savon
- Par hydrolyse acide.

Le plancton utilise une forme particulière de molécule pour le stockage d’énergie : les
cires. Elles sont formées par l’estérification d’un acide gras à longue chaîne avec un alcool
à longue chaîne. Leur point de fusion est élevé (entre 60 et 100°C). Elles sont également
utilisées par les animaux et les plantes dans la peau, les cheveux, les plumes et les feuilles.

51
 3. LIPIDES DE STRUCTURE

Les lipides de structure sont les principaux constituants des membranes cellulaires :

Les lipides qui constituent les membranes sont de plusieurs types :

Il ‘agit de molécules amphipathiques. Il faut ajouter à cela les stérols. Pour le cas
particulier des archae, les constituants des membranes sont des éthers lipides complexes.

52
Glycérophospholipides : très fréquents dans les membranes

Les cellules végétales sont riches en galactolipides et contiennent des sulfolipides.

Les galactolipides constituent 70 à 80% des lipides membranaires des plantes, et sont
surtout présents dans les membranes des thylacoïdes.

Les sulfolipides ont la particularité de porter une charge négative.

53
Sphingolipides :

Les sphingolipides sont constitués d’un alcool aminé, la spingosine, d’un acide gras
attaché par liaison amide et d’une tête hydrophile glucidique, liée par liaison glycosidique
ou phosphodiester).

Stérols :
Les stérols sont des structures planes formées de 4 cycles fusionnés, présentes dans la
plupart des cellules eucaryotes.
Le principal stérol dans le règne animal est le cholestérol, une molécule amphipathique. Il
existe des analogues chez les plantes et les levures, respectivement le stigmastérol et
l’ergostérol. Les bactéries en revanche ne possèdent pas de stérol.

54
 4. LIPIDES A ACTIVITE BIOLOGIQUE PARTICULIERE

Ces lipides ont un rôle bien différent de l’activité « passive » des lipides de réserve ou de
structure. Présents en petites quantités, ils ont un rôle « actif » biologiquement. Par
exemple :
- Dérivés des phosphatidylinositols comme messagers intracellulaires (messagers
secondaires)
- Eicosanoïdes comme messagers intracellulaires
- Hormones stéroïdiennes
- Vitamines liposolubles
-
Les dérivés du phosphatidylinositol 4,5–biphosphate (PIP2) :

Le PIP2 se comporte comme un réservoir à messagers, qui seront libérés à l’intérieur de la

cellule en réponse à des signaux extracellulaires venant des récepteurs de surface.
Un signal venant du récepteur active une phospholipase C (PLC) dans la membrane, qui
hydrolyse le PIP2 en deux messagers intracellulaires : l’inositol 1,4,5-triphosphate (IP3)
qui déclenche la libération de Ca2+ dans le cytosol depuis le réticulum endoplasmique, et
le diacylglycérol. Ce sont le taux élevé de Ca2+ dans le cytosol et la présence de
diacylglycérol dans la membrane qui permettent l’activation de la protéine kinase C.
Le Ca2+ est donc lui aussi un messager secondaire.

55
Eicosanoïdes :
Ce sont des dérivés d’acides gras à 20 carbones (vient du grec eikosi, qui signifie 20)
- Acide eicosatriénoïque C 20:3 (∆ 8, 11, 14) – oméga 6 (20 – 14 = 6)
- Acide arachidonique C 20:4 (∆ 5, 8, 11, 14) – oméga 6 (20 – 14 = 6)
- Acide eicosapentaénoïque C 20:5 (∆ 5, 8, 11, 14, 17) – oméga 3 (20 – 17 = 3)
Ils sont caractérisés par une durée de vie limitée. Ils sont impliqués dans plusieurs
fonctions importantes des cellules animales :
- Fonction reproductrice
- Développement des inflammations
- Fièvre et douleur
- Régulation de la pression sanguine
Il y a trois classe d’eicosanoïdes : les prostaglandines (qui incluent les prostacyclines), les
thromboxanes, et les leucotriènes, toutes issues de l’arachidonate.

La synthèse des eicosanoïdes est dépendante de l’alimentation car elle requiert la

libération d’acides gras à partir de lipides membranaires.

Hormones stéroïdiennes :
Ces dérivés du cholestérol sont des hormones sexuelles et des hormones produites par les
glandes surrénales. Elles sont plu polaires que le cholestérol et sont actives à des
concentrations infimes, de l’ordre du nanomolaire voire moins.

56
CHAPITRE 13 : CATABOLISME DES ACIDES GRAS

1. GENERALITES

L’oxydation des acide gras est une voie centrale de la production d’énergie chez les
animaux, de nombreux protistes et certaines bactéries. Elle fournit des équivalents
réducteurs et de l’acétyl-CoA. Ce dernier peut avoir plusieurs utilités :
- Il peut être oxydé en CO2 dans le cycle de Krebs et fournir des électrons à la
chaine respiratoire dans la mitochondrie
- Il peut être converti en corps cétonique dans le foie (également dans le rumen
chez les ruminants)
- Il peut être utilisé dans d’autres diverses synthèses.
Son oxydation complète libère 38KJ/g.
Ces acides gras peuvent avoir 2 provenances : l’alimentation ou les réserves corporelles.

Alimentation : duodénum

vésicule biliaire,
déverse la bile qui
émulsionne la graisse
dans la phase aqueuse

Les chylomicrons transportent les graisses vers le système lymphatique. Celui-ci fait le
tour de l’organisme et arrive finalement au foie, où une lipase produite par le pancréas
libère les acides gras.

57
Structure d’un chylomicron :

Monocouche

Réserves corporelles :

Protéine kinase A
Protéine qui
recouvre la surface
des gouttelettes
lipidiques pour en
restreindre l’accès et éviter qu’elles ne soient
utilisées si ce n’est pas nécessaire.

Lorsque les hormones envoient le signal, les triglycérides des cellules adipeuses sont
« coupés » par la lipase hormono-sensible, pour libérer des acides gras qui seront
transportés par le sang jusqu’aux tissus, où ils pourront être oxydés afin de produire de
l’énergie.
58
La lipolyse dépend essentiellement de 3 enzymes :
- la lipase hormono-sensible (HSL)
- l’adipose triglycéride lipase (ATGL)
- monoglycéride lipase (MGL)

Le glycérol est inexploitable pour les cellules. Il sera phosphorylé dans le foie pour
intervenir dans la gluconéogenèse et la glycolyse. Il y entrera par diffusion passive et avec
l’aide de l’aquaporine 7.
Les acides gras iront dans les muscles, le foie et le cœur par diffusion passive mais
également avec l’aide de protéines de transport (dont l’albumine)

Les réserves adipeuses corporelles sont formées à partir des acides gras alimentaires
précédemment stockés, mais également à partir des glucides et acides aminés alimentaires
excédentaires.

59
Le glycérol est introduit dans la glycolyse ou la gluconéogenèse grâce à trois enzymes :
- la L-Glycerol-3-phosphate
- la dihydroxyacetone phosphate
- la D-Glyceraldehyde-3-phosphate
(la glycérol kinase n’est présente que dans le foie et les reins)

2. OXYDATION DES ACIDES GRAS DANS LES CELLULES ANIMALES

Dans les cellules animales, l’oxydation des acides gras a lieu dans les mitochondries. Les
acides gras à 12 carbones ou moins peuvent passer la membrane sans transporteur, mais
pour permettre l’entrée des acides gras à 14 carbones ou plus dans la matrice
mitochondriale, un ensemble de réaction est nécessaire.
1 Activation en « dérivé Coenzyme A » dans la membrane mitochondriale externe

2 Trans-estérification en « dérivé Carnitine »

60
3 Trans-estérification inverse en « dérivé Coenzyme A »

3. LA β-OXYDATION DES ACIDES GRAS SATURES

3 étapes : la β-oxydation, oxydation de l’acétyl-CoA dans le cycle de Krebs, et enfin la

phosphorylation de l’ADP en ATP. On ne quitte donc jamais la mitochondrie.

61
Ces 4 étapes sont répétées jusqu’à ce que la chaîne d’acide gras ne contienne plus que 2
carbones.

Devenir des acétyl-CoA et des équivalents réducteurs libérés :

Bilan global de la production d’ATP lors de l’oxydation d’une molécule de palmitoyl-

CoA en CO2 et H2O.

62
- Il faut retirer 2 ATP consommés pour l’activation de l’acide gras en « dérivé
Coenzyme A »
- Dans les conditions réelles de concentration en substrats et produits, la
récupération énergétique est supérieure à 60%.
- Les équivalents réducteurs vont par la suite libérer des quantités importantes
d’eau.

La β-oxydation de l’acide oléique nécessite une enzyme supplémentaire :

63
La β-oxydation de l’acide linoléique nécessite deux enzymes supplémentaires :

64
La β-oxydation des acides gras à nombre impair de carbones (surtout plantes et
organismes marins) donne lieu à la formation finale de propionate, qui entre dans le
cycle de Krebs via le succinyl-CoA.

La vitesse de β-oxydation est contrôlée par l’entrée des acides gras dans la matrice
mitochondriale.

La concentration en malonyl-CoA augmente en réponse à un apport excédentaire de

glucides.

65
 4. LA β-OXYDATION CHEZ LES VEGETAUX

Les plantes ne disposent pas d’enzymes de la β-oxydation dans leurs mitochondries. Elles
utilisent donc une β-oxydation peroxysomiale, pour raccourcir les acides gras très longs,
de plus de 22 carbones. Une fois raccourcis, les acides gras passent dans la mitochondrie.

Le rôle de la β-oxydation des peroxysomes et glyoxysomes de plantes est de fournir des

précurseurs biosynthétiques à partir des graisses stockées, comme dans les graines
oléagineuses par exemple.

Ces graines contiennent des triglycérides, qui constituent à la fois une réserve d’acides
gras pouvant être métabolisés pour former de l’ATP, mais également une réserve de
carbone permettant la croissance de la jeune plantule.

66
Le cycle du glyoxylate (n’existe pas chez les animaux) :

67
Certains organismes, dont les vertébrés, réalisent également une voie mineure : la ω-
oxydation, qui a lieu dans le réticulum endoplasmique et agit essentiellement sur les
acides gras à chaîne moyenne. Les enzymes propres à l’ω-oxydation se trouvent dans le
réticulum endoplasmique des cellules hépatiques et rénales et leur substrats idéaux sont
les acides gras de 10 ou 12 atomes de carbone. Chez les mammifères, cette voie est
mineure mais peut devenir bien plus importante si la β-oxydation ne peut plus avoir lieu
normalement (lors d’une carence en carnitine par exemple).

68
 5. CORPS CETONIQUES

Chez l’homme et la plupart des mammifères, l’acétyl-CoA formé dans les mitochondries
du foie peut soit entrer dans le cycle de Krebs ou être convertit en corps cétonique. Ils
sont au nombre de 3 (acétone, actoacétate et D- β-hydroxybutyrate) et constituent une
source énergétique pour certains organes extra-hépatiques (dont le cerveau en cas je
jeûne), en effet, le foie synthétise les corps cétoniques mais n’est pas capable de les utiliser
(les acides gras sont sa source d’énergie).

La production de ces corps cétoniques est fortement augmentée en cas de diabète et

durant le jeûne.

Dans le cas du diabète non traité, le manque d’insuline empêche l’évacuation du glucose
du sang. Les acides gras pénètrent alors dans la mitochondrie pour être dégradés en

69
acétyl-CoA, qui ne peut plus intervenir dans le cycle de Krebs car les intermédiaires du
cycle ont été consommés pour faire de la gluconéogenèse. L’accumulation d’acétyl-CoA
encourage donc la formation de corps cétoniques, et l’encourage même trop, de sorte que
le foie ne parvient pas à oxyder assez rapidement l’entièreté des corps cétoniques libérés.
L’accumulation de corps cétoniques dans le sang fait donc chuter le pH sanguin, ce qui
nous amène à un cas d’acidose (qui peut mener à la mort dans les cas les plus sévères).

70
CHAPITRE 14 : SYNTHESE DES ACIDES GRAS ET DU CHOLESTEROL

1. RÔLES DES LIPIDES

Ils ont les principales sources d’énergie pour de nombreux organismes, et les constituants
majeurs des membranes cellulaires. Certains possèdent également des fonctions
spécialisées :
- Pigments (rétinal, carotènes)
- Cofacteurs (vitamine K)
- Détergents (sels biliaires)
- Hormones (vitamine D, hormones sexuelles)
- Messagers extracellulaires (eicosanoïdes)
- …

2. SYNTHESE DES ACIDES GRAS

La biosynthèse des acides gras n’est pas l’inverse de la β-oxydation. Les voies
métaboliques et les enzymes sont différentes, ainsi que la localisation cellulaire de la voie
métabolique.

La biosynthèse des acides gras utilise comme intermédiaire principal le malonyl-CoA.

Il est synthétisé à partir d’acétyl-CoA par l’acétyl-CoA carboxylase. Il s’agit d’une enzyme
multifonctionnelle constituée d’un seul polypeptide (chez les animaux). Elle a trois
domaines actifs et utilise la biotine comme groupement prosthétique.

71
Cette synthèse comporte deux étapes :
1. Biotine carboxylase

2. Trans-carboxylase

72
La néosynthèse des acides gras est catalysée par un complexe enzymatique : l’acide gras
synthase. Elle est constituée de 7 polypeptides chez les bactéries et les plantes, alors que
chez les vertébrés, c’est un unique polypeptide qui porte toutes les activités enzymatiques.

La synthèse d’un acide gras se fait

par répétition d’un cycle à 4 étapes :

73
Pour qu’un cycle commence, la chaîne formée doit être transférée sur la cystéine et un
nouveau malonyl-CoA doit se fixer sur l’Acyl-carrier protein (ACP).

Ensuite le processus recommence jusqu’à la formation de l’acide palmitique (C16 :0) :

74
Habituellement le NADPH est le transporteur d’électrons pour les réactions anaboliques
alors que le NAD+ sert dans les réactions cataboliques :

Anabolisme et catabolisme sont possibles en même temps dans le même compartiment

cellulaire grâce à l’utilisation de coenzymes différents.
Ce NADPH dans les cellules animales trouve son origine dans la voie des pentoses-
phosphate ou lors de la formation de pyruvate à partir de malate grâce à l’enzyme
malique.

75
Chez les plantes, la synthèse des acides gras n’a pas lieu dans le cytosol, mais dans le
chloroplaste, car la photosynthèse produit du NADPH pendant la phase claire, ce qui
fait que le rapport [ NADPH ]/[ NADP+ ] est très élevé.

Contrairement aux végétaux, chez les animaux la synthèse des acides gras a lieu dans le
cytosol, car c’est là que se trouve l’acétyl-CoA.

76
L’acétyl-CoA provient essentiellement du catabolisme du glucose via le pyruvate et de la
dégradation des acides aminés. L’acétyl-CoA provenant de la β-oxydation des acides gras
n’est pas utilisé pour la synthèse des acides gras grâce à une régulation réciproque des
deux voies. En effet, l’acétyl-CoA carboxylase est active lorsque des acides gras sont
synthétiser. Or elle augmente la concentration en malonyl-CoA dans le cytosol, qui est
un puissant inhibiteur de la CAT 1 (voir point 3 du chapitre 13).

77
Le jeûne et les exercices physiques réguliers diminuent la glycémie moyenne et modifient
ainsi la balance hormonale du corps :
- Augmentation des niveaux d’enzymes impliquées dans la mobilisation des graisses
- Diminution des niveaux d’enzymes impliquées dans la synthèse et le dépôt des
graisses.

78
Chez les plantes, l’Acétyl-CoA carboxylase (ACC) des chloroplastes n’est pas régulée par
le citrate et la phosphorylation. C’est l’illumination qui engendre des augmentations de
pH et la concentration en magnésium dans le stroma qui l’active.

79
Les acides gras plus longs sont synthétisés à partir du palmitate :

80
Les interconversions entre acides gras insaturés se font uniquement au sein d’une même
famille : ω-9, ω-6, ω-3 :

81
 3. ACIDES GRAS POLYINSATURES

Les acides gras polyinsaturés ont une grande importance biologique :

1. Incorporation dans les membranes cellulaires pour les acides gras en C18, C20 et
C22 Exemple du linoléate qui entre dans la composition des sphingolipides des
membranes des cellules de l’épiderme et est indispensable pour l’imperméabilité de
la peau.
Le DHA par exemple est très important pour le développement cérébral et celui
de la rétine :

C’est également un précurseur des protectines, il a un rôle important dans la

production de sperme et est très présent dans les algues et les poissons des eaux
froides.

2. Ils sont les précurseurs des eicosanoïdes, comme certains PUFA à 20 carbones :

Eicosanoïdes :
Ils ont des effets locaux et limités. Ils ont été découverts par le biais des
prostaglandines contenues dans le sperme humain. Elles sont responsables de :
- La stimulation des contractions utérines
- La diminution de la pression sanguine
Elles sont produites par les vésicules séminales (et non par la prostate comme on l’a
cru au départ). Leurs propriétés ressemblent beaucoup à celles des hormones :
- Effets physiologiques importants à très faible concentration
- Effets souvent médiés par l’AMP cyclique mais à durée de vie très limitée
- Action locale

82
Les eicosanoïdes sont connus pour certains effets :
- Réponse inflammatoire surtout pour les articulations (rhumatisme), la peau
(psoriasis) et les yeux
- Production de fièvre et de douleur
- Régulation de la pression sanguine
- Induction de la coagulation du sang
- Induction du travail avant accouchement
- Régulation du cycle sommeil / réveil
- Sécrétion de mucine de protection de la muqueuse stomacale
- ….

L’aspirine (médicament anti-inflammatoire non stéroïdien) inhibe l’activité

cyclooxygénase de la COX de manière irréversible.

83
Le PGH2 est le précurseur des autres prostaglandines, thromboxanes et prostacyclines.

Voie de synthèse des leucotriènes (eicosanoïdes linéaires)

Les leucotriènes sont des médiateurs des réactions inflammatoires et allergiques. Ils
agissent sur la contraction des muscles lisses et augmentent la sécrétion de mucus. En
trop grande quantité, ils provoquent de l’asthme.

84
 4. TRIGLYCERIDES ET GLYCEROPHOSPHOLIPIDES

La synthèse des triglycérides et des glycérophospholipides se fait à partir de glycérol-3-P

(à ne pas confondre avec du simple glycérol) et d’acyl-CoA. Cette première réaction
forme l’acide phosphatidique.

Cet acide phosphatidique sera utilisé pour former les triglycérides et les
glycérophospholipides.

85
Origine du glycérol-3-P :

Une autre solution est la glycéronéogenèse présente dans les adipocytes et le foie :

86
 5. CHOLESTEROL

Nos cellules synthétisent le cholestérol à partir d’acétate en 4 étapes. Cette synthèse a lieu
en grande partie dans le foie chez les vertébrés.

La synthèse finie, le cholestérol hépatique peut remplir plusieurs fonctions :

- Une petite partie est intégrée dans les membranes des cellules hépatiques
- Une partie est utilisée pour la synthèse des sels biliaires, qui seront récupérés dans
le colon pour retourner au foie (ce qu’on appelle le cycle entéro-hépathique)
- Une partie est sécrétée sous forme de cholestérol libre dans la bile
- Une grande partie est exportée sous forme de cholestéryl-esters cers le tissus
périphériques, pour servir à la synthèse des membranes, des hormones
stéroïdiennes ou de la vitamine D.
On estime le besoin quotidien en cholestérol à environ 1 g/jour.

87
Le cholestérol est véhiculé dans le sang par des lipoprotéines :

Ces lipoprotéines sont classées par leur taille :

HDL (High Density Lipoprotein) < LDL (Low Density Lipoprotein) < VLDL (Very
Low Density Lipoprotein) < Chylomicrons (fabriqués par les cellules épithéliales de l’
et se distinguent également par leur densité et leur composition :

Chaque classe de lipoprotéine a une fonction spécifique déterminée par :

- Son site de synthèse
- Sa composition lipidique
- Sa composition en apoprotéines
Ces apoprotéines sont des signaux pour orienter les lipoprotéines vers les tissus cibles ou
pour activer des enzymes actives sur les lipoprotéines.

88
 Maximum 190mg de cholestérol/dL de sang

High Density Protein :

se charge de cholestérol pour
l’apporter au foie.
La connexion entre la lymphe et le système sanguin se fait au niveau de la veine sous-
clavière gauche.

89
Lorsque les cellules sont chargées en cholestérol, elles cessent logiquement de produire les
récepteurs pour les LDL, qui restent alors en circulation dans le sang, où ils s’oxydent.
Une fois oxydés, les LDL sont alors considérés par les macrophages (une catégorie de
globules blancs) comme des corps étrangers. A leur mort, ces macrophages forment des
plaques d’athéromes, qui en s‘accumulant peuvent former à leur tour des thrombus
(« caillots ») qui peuvent provoquer une thrombose.
Cette problématique existe également chez les sujets diabétiques. En effet, le glucose en
excès dans le sang a tendance à s’associer aux LDL, association que les macrophages
considèrent indésirable. S’ensuit les mêmes conséquences, la formation de plaques
d’athéromes pouvant mener à des pathologies très graves.
Bon ou mauvais cholestérol ?
Il n’y a pas en réalité de bon ou de mauvais cholestérol, il s’agit d’un abus de langage. La
situation idéale est de se retrouver avec peu de cholestérol à destination des tissus extra-
hépatiques (les LDL) et beaucoup de cholestérol qui quitte les tissus extra-hépatiques
pour retourner au foie (les HDL). On considère que tout va bien tant que cette
condition est respectée :
[𝐿𝐷𝐿]
<4
[𝐻𝐷𝐿]
Les sportifs très entrainés peuvent parfois même descendre se rapport en dessous de 1.

90
La biosynthèse du cholestérol est fortement régulée :
- Par la concentration intracellulaire en cholestérol
- Par le glucagon
- Par l’insuline

91
Régulation de la HMG-CoA réductase au niveau de son expression : rôle de la famille
des SREBPs (Sterol-Regulatory Element-Binding Proteins), les facteurs de transcription
qui active le gène activant la production de la HMG-CoA réductase.

La synthèse du cholestérol est fortement régulée. L’accumulation d’un excès de

cholestérol dans les cellules du foie est évitée par :
- La réduction de la vitesse de sa synthèse endogène
1. Le glucagon (forme phosphorylée inactive)
2. L’insuline (forme phosphorylée active)

- L’augmentation de son estérification : si la concentration en cholestérol est trop

importante, l’acyl-CoA cholestérol acyl transférase (ACAT) est activée.
- Réduction de la pénétration cellulaire : si la concentration en cholestérol est trop
importante, le gène du récepteur LDL est moins transcrit.

92
CHAPITRE 15 : CATABOLISME AZOTE (évoqué que très rapidement au
cours)

Dans un organisme, les protéines sont en constant renouvellement (« turn over »), à
moins que l’individu ne soit en croissance ou en gestation par exemple. Le bilan net de
protéines dans l’organisme est presque nul chez un adulte en bonne santé (presque car le
processus de renouvellement n’est pas efficace à 100%, il y a toujours des petites pertes).
Il y a donc des acides aminés en circulation dans le sang, pas uniquement apportés par
l’alimentation, mais également par la dégradation de protéines devenues inopérantes ou
inutiles. On estime que la masse d’acides aminés libres en circulation est 1000 fois
inférieure à la masse totale de protéine dans l’ensemble d’un corps humain.
Pour être recyclé, un acide aminé est clivé en deux parties : d’un côté en NH4+ et de
l’autre le reste du squelette carboné. Le NH4+ va intervenir dans la synthèse de nouveaux
acides aminés et d’autres composés, ou va alors être évacué de l’organisme.
Chez les oiseaux et les reptiles, c’est sous forme d’acide urique (connu pour provoquer la
maladie de la goutte chez l’homme car il forme des cristaux). C’est un composé très peu
soluble et qui est rejeté sous forme solide, mêlé aux matières fécales.
Chez les mammifères, c’est sous forme d’urée (fabriquée dans le foie) :

Le cycle de l’urée est combiné au cycle de Krebs (pas vu dans le détail).

93
Sommaire du catabolisme des acides aminés (pas à retenir) :

Les acides aminés peuvent être glucogènes, c’est-à-dire qu’ils vont pouvoir apporter au
cycle de Krebs les carbones nécessaires à la production de glucose. Il peuvent également
être cétogènes, c’est-à-dire qu’ils vont pouvoir former de l’acétyl-CoA (qui rappelons-le
n’est PAS un intermédiaire du cycle de Krebs) qui va permettre la synthèse de corps
cétoniques.
Deux acides aminés un peu particuliers à retenir : la leucine et la lysine. Se sont les deux
seuls à être exclusivement cétogènes, tous les autres pouvant jouer les deux rôles.

FIN

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