La forme la plus ancienne se trouve chez César : Sequana, Ier siècle av. J.-C.

4 ; le grec Strabon

au Ier siècle écrit : Sēkouanós4 ; Sēkoánas au IIe siècle chez Ptolémée5 ; Sequana en 5586 ;
Segona, Sigona au VIe siècle (Grégoire de Tours)6 ; Sequana au XIIIe siècle7 ; Secana vers
1350 (Pouillé)8.

La plupart des spécialistes considèrent l’origine du nom Sequana comme incertaine et

obscure. Certains[Qui ?] y voient une erreur de transcription d'un ou de plusieurs mots celtiques
différents. D'autres[Qui ?] un hydronyme préceltique, au motif que le groupe [kʷ] n'existe pas en
celtique gaulois (et brittonique), où il a évolué en [p] (exemple : pinp[etos] « cinq[uième] » en
gaulois9, pimp en gallois, pemp en breton, par contre irlandais cinc, latin quinque > cinq, etc.
Ils procèdent tous de l'indo-européen *pénkʷe). Cependant, cette évolution a pu se produire
postérieurement à l'attribution du nom Sequana par les premiers arrivants celtes : ceux-ci
semblent en effet avoir parlé un « proto-celtique » où la mutation /kʷ/ > /p/ n'était pas encore
réalisée, comme l'attestent certaines inscriptions celtibères retrouvées en Espagne.

Mais rien n'empêche une réinterprétation du nom en *se-ku-ana10. L'élément -ana est fréquent
par ailleurs en hydronymie et en toponymie. Il apparaît sous la forme à l'accusatif anam dans
le glossaire d'Endlicher11 ; il y est traduit par le latin paludem12 (accusatif de palus, -udis
« étang, marais »). Le nom de l'Yonne contiendrait plutôt l'élément -onno (cf. onno donné
pour flumen « cours d’eau, rivière, fleuve », lui aussi répandu, dans ce même glossaire). On
peut douter de la celticité de ces deux termes, notamment du mot onno, utilisés pourtant en
gaulois, semble-t-il12.

Pour expliquer Sequana, Ernest Nègre a proposé un hypothétique thème préceltique *seikw
« verser, couler, ruisseler » suivi du suffixe gaulois -ana13. Une racine indo-européenne
*seikʷ- de même signification a été conjecturée14,15.

Jacques Lacroix le fait dériver d'un radical (S)Ico- « eau »[pas clair]16. Albert Dauzat propose une
racine hydronomique pré-celtique *sēc-(cf. Secalonia > Sologne peut-être de *sec-
"marécage")), dont des variantes figureraient dans d'autres hydronymes *seg-, *sac-/*sag-,
*sic-/*sig-17.