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Name: Seyfarth, Julia Katharina

Course: Bioinformatics 2
Immatriculation Number: 4379600
Date of submission: 01.07.2019
Word count: 462
Supervisor: Prof. Kemena
Title of essay: Analyse einer unbekannten DNA-Sequenz
Abstract
Das H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain gehört zur Klasse-II-Familie der
MHC-Gene (Major Histocompatibility Complex), die für Immunantwort-Antigene (Ia)
kodieren, die bei der T-Zell-abhängigen Immunantwort eine Rolle spielen. Dieses
Familienmitglied hat mehrere Haplotypen, von denen einige zur Produktion einer E-alpha-
Untereinheit führen, die sich mit einer E-beta-Untereinheit verbindet, um einen funktionellen
E-Komplex an der Zelloberfläche zu bilden.

Einleitung
Ziel dieses Reportes ist die Analyse einer unbekannten DNA-Sequenz mit Hilfe von
verschiedensten EDV-gestützten Methoden der Bioinformatik. Mithilfe des Vergleichs bereits
bekannter Sequenzen lassen sich Aussagen über die biologische Funktion treffen.

Methoden
Die unbekannte DNA-Sequenz (Abb. 1) wurde mithilfe von Genescan [1] auf Exon/Intron-
Strukturen untersucht. Mithilfe der vorhergesagte Protein-Sequenz wurde die Struktur
vorhergesagt [2,3] und das Protein identifiziert [4]. Nachdem Erstellen eines multiples
Sequenzalignment mit den homologen und paralogen Strukturen [5], wurde ein Stammbaum
erstellt. Mithilfe von Pymol wurde die Struktur visualisiert. Zum Schluss wurde die reale
Struktur mit der vorhergesagten verglichen.

Abb. 1: Unbekannte DNA-Sequenz


Ergebniss
Genscan [1] ergab, dass nur ein Exon in der Sequenz vorhanden sei und sagte folgende
Protein-Sequenz vorher:

Abb. 2: Vorhergesagte Protein-Sequenz

Unter BLAST [4] wurde eine 100 % Übereinstimmung mit Proteinen in der Maus gefunden
(siehe Abb 3).

Abb. 3: BLAST

Mit Hilfe von clustalW [5] wurde ein multiples Sequenzalignment (Abb. 4) durchgeführt,
zudem wurde ein Stammbaum erstellt.

Abb. 4: links: multiples Sequenzalignment;


oben: Stammbaum

NPS@ [3] ergab, dass das Protein zu 35 % aus Alpha-Helices, zu 24 % aus Beta-Faltblatt und
zu 37 % aus Random coils besteht (Abb. 5).

Abb. 5: Graphische Darstellung der Sekundärstruktur. Alpha-Helices (blau), Bet-


Faltblatt (rot) und Random coils (lila)

Es wurden keine Coiles coins [4] gefunden. Die Struktur unter PDB [6] zeigt Abb. 6.
Abb. 6: 3D Darstellung (rechts) und Sequenzdetails (oben) unter PDB

Diskussion
BLAST lieferte drei Peptidsequenzen, die mit 100 % Wahrscheinlichkeit übereinstimmten,
das H-2 class II histocompatibility antigen, E-D alpha chain (H2-IE-alpha).
Alle Peptidsequenzen kommen sowohl in der Maus (Mus musculus), als auch im Menschen
und im Affen vor. Durch das multiples Sequenzalignment und dem daraus resultierenden
Stammbaum ist zu erkennen, dass sich die Peptidsequenzen nur minimal unterscheiden. Es
kann daher davon ausgegangen werden, dass das Protein schon vor der Artaufspaltung
entstanden sein muss und eine wichtige Funktion einnimmt, da man viele konservierte
Bereiche findet.
Der Vergleich der von NPS@ gemachten Sekundärstrukturvorhersage (Abb. 5) mit der PDR-
Struktur (Abb. 6) ergibt einige Übereinstimmungen, vor allem Alpha-Helices im Bereich von
60-75  und viele Beta-Faltblattstrukturen unterbrochen von Alpha-Helices. Allerdingt sind
keine Alpha-Helices direkt am Anfang der PDB-Struktur zu finden.
Die 3D-Struktur kann trotzdem als Vergleich für das Aussehen des H2-IE-alpha angesehen
werden.
Quellen
[1] http://hollywood.mit.edu/GENSCAN.html
[2] https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_consensus.pl
[3] https://embnet.vital-it.ch/cgi-bin/COILS_form_parser
[4] https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
[5] https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=clustalo-I20190701-
071718-0063-30465105-p1m&analysis=phylotree
[6] http://www.rcsb.org/structure/1IEA