Murray_2013_Biochimie de Harper 17/04/13 11:20 Page1

Murray I Bender I Botham

I I

Botham
Weil
Murray Bender Botham
Kennelly I Rodwell I Weil
Kennelly I Rodwell Weil I

I Rodwell
I
Biochimie de Harper

Bender
Pour une compréhension claire des principes Les nouveautés de cette 5e édition française
de biochimie et de biologie moléculaire en u Des nouveaux chapitres sur le vieillissement, le cancer
Biochimie

I
relation avec la médecine moderne et la chimie clinique.

de Harper

I
Kennelly
Un ouvrage clair et actualisé u Chaque chapitre a été mis à jour pour rendre compte

Claire, concise et illustrée tout en couleur, la Biochimie
de Harper, n’a pas son équivalent pour clarifier le lien
entre la biochimie et les bases moléculaires des ma-
ladies. En combinant d’excellentes illustrations en
couleur à un exposé intégré des maladies biochimiques
et des données cliniques, cette édition présente une
organisation et un équilibre harmonieux de détails et de
concision qui fait défaut à tous les autres ouvrages trai-
Murray
des derniers progrès des connaissances et de la tech-
nologie.
u Chaque chapitre débute à présent par une liste des
objectifs, suivie d’un bref exposé sur l’importance
biomédicale des sujets traités dans le chapitre.
u 250 questions à choix multiples pour tester vos con- Traduction de Lionel Domenjoud
naissances et votre compréhension.
u Un nombre accru de tableaux, qui résument les infor- 5 e édition

Biochimie de Harper
tant de ce sujet. mations importantes, comme par exemple les besoins
en vitamines ou en sels minéraux.

Traduction de la 29e édition américaine

Lionel Domenjoud est Maître de conférences à l’Université
de Nancy 1, traducteur des ouvrages Biochimie (Voet), Précis
de génomique (Gibson) et Principes de génie génétique
a Plus de 600 illustrations en couleur (Primrose) pour les éditions De Boeck Supérieur.
a Une liste des objectifs au début de chaque chapitre
a Des focus qui font le lien entre le sujet étudié et
l’application biomédicale
a 250 questions à choix multiples
a Un résumé et des références bibliographiques
à la fin de chaque chapitre
a Une liste actuelle des sites internet de biochimie
Conception graphique : Primo&Primo

ISBN : 978-2-8041-7561-0

www.deboeck.com
image : D.R.

HARPER
Biochimie
de Harper
 Chez le même éditeur 

Extrait du catalogue

Chimie et biochimie

Atkins P.W. et Jones L., Principes de chimie, 2e éd.

Depovere P., La classification périodique des éléments. La merveille fondamentale de l’Univers.
Depovere P., Chimie générale, 3e éd.
Depovere P., Chimie organique, 2e éd.
Kotz J.C., Treichel Jr P.M., Chimie générale
Kotz J.C., Treichel Jr P.M., Chimie des solutions
McQuarrie D.A., Gallogly E.B., Rock P.A., Chimie générale, 3e éd.
Morgan D.O., Le cycle cellulaire
Moussard C., Biochimie structurale et métabolique, 3e éd.
Moussard C., Biologie moléculaire. Biochimie des communications cellulaires
Silverstein R.M., Webster F.X., Kiemle D.J., Identification spectrométrique de composés organiques, 2e éd.
Voet D., Voet J.G., Biochimie, 2e éd.
Vollhardt K.P.C., Schore N.E., Traité de chimie organique, 5e éd.
Murray | Bender | Botham | Kennelly | Rodwell | Weil

Biochimie
de Harper
5e édition

Traduction de la 29e édition américaine

par Lionel Domenjoud
Ouvrage original
Original edition copyright 2012 by McGraw-Hill Companies Inc., as set forth in copyright notice
of Proprietor’s edition. All rights reserved. French edition copyright 2013 by De Boeck.

Pour toute information sur notre fonds et les nouveautés dans votre domaine de
spécialisation, consultez notre site web: www.deboeck.com

© De Boeck Supérieur s.a., 2013

Rue des Minimes, 39 B-1000 Bruxelles

Tous droits réservés pour tous pays.

Il est interdit, sauf accord préalable et écrit de l’éditeur, de reproduire (notamment par photocopie) partiellement
ou totalement le présent ouvrage, de le stocker dans une banque de données ou de le communiquer au public,
sous quelque forme et de quelque manière que ce soit.

Imprimé en Italie

Dépôt légal:
Bibliothèque nationale, Paris: mai 2013
Bibliothèque royale Albert 1er, Bruxelles: 2013/0074/173 ISBN 978-2-8041-7561-0
Co-auteurs
Daryl K. Granner, MD Peter A. Mayes, PhD, DSc
Professeur Émérite de Physiologie Moléculaire, Professeur Émérite de Biochimie Vétérinaire
de Biophysique et de Médecine Royal Veterinary College
Vanderbilt University University of London
Nashville, Tennessee London, United Kingdom

Peter L. Gross, MD, MSc, FRCP(C) Margaret L. Rand, PhD

Professeur Associé Directrice de Recherche Associée
Department of Medicine Hospital for Sick Children
McMaster University Toronto, et Professeur
Hamilton, Ontario Departments of Laboratory
Medicine and Pathobiology and Biochemistry
Molly Jacob, MB BS, MD, PhD University of Toronto
Professeur titulaire de chaire Toronto Ontario
Department of Biochemistry
Christian Medical College Joe Varghese, MB BS, MD
Vellore, Tamil Nadu Maître de Conférences
Department of Biochemistry
Frederick W. Keeley, PhD Christian Medical College
Directeur Associé et Directeur de Recherche Vellore, Tamil Nadu
Research Institute, Hospital for Sick Children
Toronto, et Professeur de Biochimie
Department of Biochemistry
University of Toronto
Toronto Ontario
Caractéristiques essentielles
de la 29e édition de la Biochimie de Harper
Aucun autre livre ne montre aussi clairement que la 29e édition
de la Biochimie de Harper, le lien entre la biochimie
et les bases moléculaires des maladies
Les principales caractéristiques

• Mise à jour de chaque chapitre pour rendre compte des derniers progrès des connaissances et
de la technologie
• Seize études de cas de patients ajoutant une dimension clinique à l’ouvrage
• Un bon équilibre entre précision et concision que n’offre aucun autre livre traitant de ces sujets
• De nouveaux chapitres sur le vieillissement, le cancer et la chimie clinique
• De nouvelles questions à choix multiples pour tester ses connaissances et sa compréhension
• Chaque chapitre débute par une liste de ses objectifs pédagogiques, suivie d’un bref exposé des
sujets qui y seront abordés
• Davantage de tableaux contenant des informations importantes comme par exemple les
besoins en vitamines ou en sels minéraux
• Une étude plus détaillée des ARN, de la

15
réparation de l’ADN et des maladies C h a p I T R E

humaines, des rôles des miARN et des

nouvelles puissantes méthodes d’analyse Lipides importants
permettant de suivre et de caractériser la sur le plan physiologique
transcription à l’échelle du génome Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc

• Une étude plus approfondie

de la physiologie et de la pathologie O B J E C T i f s ■ De définir ce que sont les lipides simples ou complexes et d’identifier les classes

du métabolisme du fer L’étude de ce chapitre

vous permettra :
■
de lipides de chaque groupe.
De préciser la structure des acides gras saturés et insaturés et d’expliquer
comment la longueur de la chaîne et son degré d’insaturation influencent

• Des figures polychromes de haute qualité ■

la température de fusion, en donnant des exemples et en expliquant
la nomenclature.
De comprendre la différence entre doubles liaisons entre atomes de carbone,

pour illustrer de façon intégrée les bases ■

de type cis ou trans.
De décrire le mode de formation des eicosanoïdes par modification de la
structure des acides gras insaturés, et d’identifier les différentes classes
biochimiques des maladies ■
d’eicosanoïdes en précisant leurs fonctions.
De décrire la structure générale des triacylglycérols et de préciser leur fonction.

et les connaissances médicales

■ De décrire la structure générale des phospholipides et des glycosphingolipides
et de préciser les fonctions des différentes classes.
■ De comprendre l’importance du cholestérol comme précurseur de nombreux
stéroïdes d’importance biologique, notamment les hormones stéroïdes, les
acides biliaires et la vitamine D.
■ De reconnaître le noyau cyclique commun à tous les stéroïdes et d’expliquer la
différence entre les formes « chaise » et « bateau » des cycles à six atomes de
carbone, ainsi que le fait que ces cycles peuvent être en relation cis ou trans
entre eux, faisant que de nombreux stéréoisomères sont possibles.
■ D’expliquer pourquoi les radicaux libres sont délétères pour les tissus et
d’identifier les trois stades de la réaction en chaîne de la peroxydation lipidique
qui les produit en continu.

En-tête de chapitre présentant

■ De comprendre comment les antioxydants protègent les lipides de la
peroxydation, soit en inhibant le démarrage de la chaîne soit en
l’interrompant, et de donner des exemples physiologiques ou non.

la liste des objectifs ■ De comprendre que de nombreuses molécules lipidiques sont amphiphiles,
avec des groupes hydrophobes et hydrophiles dans leur structure, et
d’expliquer comment cela influence leur comportement en milieu aqueux en
permettant à certaines classes, dont les phospholipides, les sphingolipides et le
cholestérol, de former la structure de base des membranes biologiques.
 Questions d’examen
partie iii
1. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est PAS
CORRECTE :
A. La sélénocystéine est présente au site actif de certaines
enzymes humaines.
B. La sélénocystéine est insérée dans les protéines par un
processus post-traductionnel.
C. La transamination d’α-cétoacides d’origine alimentaire
peut compenser la carence de leucine, d’isoleucine et de
valine, des acides aminés essentiels du point de vue nutri-
tionnel
D. La conversion de peptidylproline en peptidyl 4-hydroxy-
proline s’accompagne d’incorporation d’oxygène dans le
succinate.
E. Il y a interconversion de la sérine et de la glycine lors
d’une réaction unique impliquant des dérivés du tétrahy-
drofolate.
2. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est PAS
CORRECTE :
A. Le Δ1-pyrroline-5-carboxylate est un intermédiaire aussi
bien de l’anabolisme que du catabolisme de la l-proline.
B. Les tissus humains peuvent fabriquer des acides aminés
non essentiels du point de vue nutritionnel à partir d’in-
termédiaires amphiboliques ou d’acides aminés essentiels
du point de vue nutritionnel.
C. Le tissu hépatique humain peut fabriquer la sérine à par-
tir du 3-phosphoglycérate, un intermédiaire de la glyco-
lyse.
D. La phénylalanine hydroxylase catalyse une réaction d’in-
terconversion de la phénylalanine en tyrosine.
E. Le pouvoir réducteur de la tétrahydrobioptérine provient
en fait du NADPH.
3. Identifier parmi les molécules suivantes le métabolite NE
SERVANT PAS de précurseur à un acide aminé essentiel du
point de vue nutritionnel :
A. L’α-cétoglutarate.
B. Le 3-phosphoglycérate.
C. Le glutamate.
D. L’aspartate.
E. L’histamine.
4. Sélectionner la réponse CORRECTE. La première réaction de
dégradation de la majorité des acides aminés courants néces-
site la participation des substances suivantes :
A. Le NAD+
B. Le phosphate de pyridoxal.
C. Le pyrophosphate de thiamine (TPP).
D. Le FAD.
E. Le NAD+ et le TPP.
660 PARTIE VI Sujets spéciaux
L’apotransferrine (apo-Tf)
se dissocie de son récepteur
Holotransferrine (Tf-Fe)
Récepteur de
la transferrine (TfR1)
Fe3+
Endosome Fe3+
précoce
DMT-1
Fe2+ Fe2+
Endosome
Cytosol
tardif
FIGURE 50-6 Le cycle de la transferrine. L’holotransferrine (Tf-Fe) se lie au récepteur de la transferrine (TfR1) présent dans les puits
recouverts de clathrine de la surface cellulaire. Le complexe TfR1–TF–Fe subit l’endocytose et les vésicules d’endocytose fusionnent pour former des
endosomes précoces. Les endosomes précoces subissent une maturation en endosomes tardifs, qui ont un pH interne acide. Le pH bas provoque la
libération du fer de ses sites de liaisons sur la transferrine. L’apotransferrine (apo-Tf ) reste liée à TfR1. Le fer ferrique est converti en fer ferreux par la
ferriréductase, Steap 3. Le fer ferreux est ensuite transporté dans le cytosol via DMT1. Le complexe TfR1–apo-Tf est recyclé vers la surface cellulaire.
À la surface de la cellule, apo-Tf est libéré de TfR1. TfR1 se lie alors à un nouveau complexe Tf-Fe. Le cycle de la transferrine est ainsi bouclé. (D’après
la Figure 17-48 de Lodish H et al : Molecular Cell Biology, 6th ed. WH Freeman, 2008).
Le fer des érythrocytes sénescents est recyclé
par les macrophages
Les érythrocytes ont une durée de vie normale d’environ 120
jours. Les érythrocytes sénescents ou endommagés sont phago-
cytés par les macrophages du système réticuloendothélial présent
dans la rate et le foie. Environ 200 milliards d’érythrocytes (dans
environ 40mL de sang) sont ainsi catabolisés chaque jour. Au
sein des macrophages, l’hème provenant de l’hémoglobine est
dégradé par l’hème oxygénase, qui le convertit en biliverdine. Du
monoxyde de carbone et du fer sont libérés comme produits
secondaires. Le fer libéré de l’hème est exporté hors de la vésicule
de phagocytose du macrophage par NRAMP1 (protéine 1 de
macrophage associée à une résistance naturelle), un transporteur
homologue à DMT1. Il est ensuite exporté dans la circulation via
la ferroportine de la membrane plasmique du macrophage
(Figure 50-7). La ferroportine joue donc un rôle central, non
seulement dans l’absorption intestinale du fer, mais aussi dans sa
libération par les macrophages. La ceruloplasmine (voir plus loin)
est une protéine plasmatique contenant du cuivre, synthétisée
5. Identifiez l’acide aminé qui a la plus forte contribution à la
néoglucogenèse hépatique :
A. L’alanine.
B. La glutamine.
C. La glycine.
D. La lysine.
Plus de 250 questions
E. L’ornithine.
6. Sélectionnez parmi les assertions suivantes celle qui n’est PAS
CORRECTE :
A. La vitesse de néoglucogenèse hépatique à partir de glu-
tamine est de loin supérieure à celle pour tout autre acide
aminé.
à choix multiples
B. Le syndrome d’Angelman est associé à un défaut d’une E3
ubiquitine ligase.
C. Après un repas riche en protéines, les tissus splanchni-
ques libèrent principalement des acides aminés ramifiés,
qui sont capturés par les tissus musculaires périphériques.
D. La conversion catalytique par la l-α-amino oxydase d’un
acide α-aminé en son α-cétoacide correspondant s’ac-
compagne de la libération de NH4+.
E. Des signes et des symptômes similaires, voire identiques
peuvent être associés à différentes mutations du gène
codant une enzyme donnée.
7. Sélectionner parmi les assertions suivantes celle qui n’est PAS
CORRECTE :
A. Les séquences PEST destinent certaines protéines à une
dégradation rapide. 698 PARTIE VI Sujets spéciaux
B. L’ATP et l’ubiquitine participent généralement à la dégra-
dation des protéines associées aux membranes et aux
protéines à demi-vie longue. TABLEAU 52-9 Résumé des principales caractéristiques globalement une augmentation de la perméabilité vasculaire,
C. Les molécules d’ubiquitine sont attachées à leurs protéi- avec formation d’un œdème tissulaire (Tableau 52-11).
biochimiques des neutrophiles
nes cibles par des liaisons non α-peptidiques. Lors d’une inflammation aiguë, les neutrophiles sont recrutés
D. La découverte du mécanisme de dégradation des protéi- •  Glycolyse active à partir du courant sanguin en direction des tissus pour aider à
nes par le protéasome a valu le prix Nobel à ses auteurs. éliminer les envahisseurs étrangers. Les neutrophiles sont attirés
•  Voie des pentoses phosphates active
E. La dégradation des protéines portant une étiquette d’ubi- dans les tissus par des facteurs chimiotactiques, dont : le frag-
quitine a lieu dans le protéasome, qui est une macromo- •  Phosphorylation oxydative modérée
ment C5a du complément, des petits peptides dérivés des bacté-
lécule à nombreuses sous-unités présente chez tous les •  Riches en lysosomes et en leurs enzymes de dégradation ries (telle que. la N-formyl-méthionyl-leucyl-phénylalanine) et
eucaryotes. un certain nombre de leucotriènes. Pour atteindre les tissus, les
•   Renferment certaines enzymes propres (comme la myéloperoxydase 
et la NADPH oxydase) et des protéines spécifiques neutrophiles circulants doivent passer au travers des capillaires.
8. Concernant les troubles métaboliques du cycle de l’urée, Pour y arriver, ils se déplacent le long des parois vasculaires et
laquelle des assertions suivantes n’est-elle PAS CORRECTE : •  Renferment les intégrines CD11/CD18 dans leur membrane plasmique
adhèrent ensuite aux cellules endothéliales (du revêtement inté-
A. L’intoxication par l’ammoniaque est plus grave quand le rieur) des capillaires.
blocage métabolique a lieu avant la réaction 3 du cycle de
l’urée, catalysée par l’argininosuccinate synthase.
B. Les symptômes cliniques comportent un retard mental et mées les fonctions de quelques protéines qui se trouvent presque Les intégrines servent d’intermédiaires
exclusivement dans les neutrophiles.
nécessitent d’éviter les repas riches en protéines. dans l’adhérence des neutrophiles
C. Les symptômes cliniques comportent une hyperammo-
aux cellules endothéliales
niémie et une acidose respiratoire. Les neutrophiles jouent un rôle clé
D. L’aspartate fournit le deuxième atome d’azote de l’argini- L’ adhérence des neutrophiles aux cellules endothéliales nécessite
nosuccinate.
dans la défense de l’organisme des protéines adhésives (intégrines) localisées à leur surface, ainsi
E. Le traitement diététique est centré sur l’absorption fré- contre les infections bactériennes que des récepteurs protéiques spécifiques au niveau des cellules
quente de petits repas pauvres en protéines. Les neutrophiles sont des cellules phagocytaires mobiles du sys- endothéliales. (voir aussi la discussion sur les sélectines dans le
tème immunitaire inné, qui jouent un rôle clé dans l’inflammation Chapitre 47).
aiguë. Lorsque des bactéries entrent dans les tissus, il se produit Les intégrines sont une superfamille de protéines de surface
un certain nombre de phénomènes que l’on regroupe sous le terme présentes dans un grand nombre de cellules. Elles interviennent
de « réponse inflammatoire aiguë ». Ce sont : (1) l’augmentation dans l’adhérence des cellules entre elles ou avec des composants
de la perméabilité vasculaire, (2) l’entrée de neutrophiles activés spécifiques de la matrice extracellulaire. Ce sont des hétérodimè-
dans les tissus, (3) l’activation des plaquettes et (4) la régression res formés d’une sous-unité α et d’une sous-unité β, reliées de
spontanée (résolution) si les microorganismes envahisseurs ont façon non covalente. Ces sous-unités renferment des segments
été traités avec succès. extracellulaires, transmembranaires et intracellulaires. Les seg-
Lors d’une inflammation aiguë, diverses molécules sont libé- ments extracellulaires se lient à différents ligands, tels que cer-
rées par les cellules et les protéines plasmatiques. Il en résulte taines protéines spécifiques de la matrice extracellulaire et de la
Davantage TABLEAU 52-10 Quelques enzymes et protéines importantes des neutrophiles1
de tableaux
Enzyme ou protéine Réaction catalysée ou fonction Commentaire
Myéloperoxydase (MPO) H2O2 + X– (halogénure) + H+  HOX +H2O (où X– = Cl–,  Responsable de la couleur verte du pus
HOX=acide hypochloreux) Le déficit génétique peut provoquer des infections récurrentes
—
NADPH oxydase 2O2 + NADPH  2O2∙  + NADP + H+ Composant clé de la flambée respiratoire
Déficiente dans la granulomatose chronique
Lysozyme Hydrolyse la liaison entre l’acide N-acétylmuramique et la  Abondant dans les macrophages
N-acétyl-d-glucosamine des parois de certaines bactéries
Défensines Peptides antibiotiques basiques de 20 à 33 acides aminés Détruisent apparemment les bactéries en provoquant des 
lésions membranaires
Lactoferrine  Protéine de liaison du fer Peut inhiber la croissance de certaines bactéries en se liant au 
fer et elle est peut-être impliquée dans la régulation de la 
prolifération des cellules myéloïdes
CD11a/CD18, CD11b/CD18,  Molécules adhésives (membres de la famille des intégrines) Déficientes dans le défaut d’adhérence des leucocytes, de 
CD11c/CD182 type I (OMIM 116920)
Récepteurs pour les fragments Fc  Se lient aux fragments Fc des molécules IgG Dirigent les complexes antigène-anticorps vers les cellules 
des IgG myéloïdes et lymphoïdes, aboutissant à la phagocytose et 
à d’autres réponses
pH extérieur ~ 7 1
 L’expression de plusieurs de ces molécules a été étudiée à différents stades de la différenciation des neutrophiles normaux et aussi dans les cellules leucémiques correspondantes, par 
à pH neutre
des techniques de biologie moléculaire (comme le dosage de leurs ARNm spécifiques). Pour la plupart d’entre elles, les ADNc ont été isolés et séquencés, les séquences en acides 
aminés déduites, leurs gènes localisés sur les chromosomes et les séquences d’introns et d’exons sont connues. Certaines protéases importantes des neutrophiles sont énumérées dans 
le Tableau 52-13.
2
 CD = groupes de différenciation. Se réfère à un système uniforme de nomenclature qui a été adopté pour nommer les marqueurs de surface des leucocytes. Une protéine de surface 
spécifique (marqueur) qui identifie une lignée particulière ou un stade de différenciation des leucocytes et qui est reconnue par un groupe d’anticorps monoclonaux est dite appartenir 
à un groupe de différenciation. Le système est particulièrement utile pour la sous-classification des lymphocytes. De nombreux antigènes CD interviennent dans les interactions entre 
cellules, dans l’adhérence et dans la signalisation transmembranaire.
Clathrine
pH ~ 6 Fe3+
L’apotransferrine (apo-Tf) est
recyclée vers la surface de la cellule
Steap 3 Fe3+
Le pH bas dans l’endosome
pH ~ 5 tardif provoque la libération de
Fe3+ par la transferrine
Apotransferrine (apo-Tf)
Des centaines
par le foie. Elle a une activité ferroxydase, elle est requise pour
l’oxydation de Fe2+ en Fe3+. Fe3+ se lie ensuite à la transferrine dans
d’illustrations polychromes
le sang. Le fer libéré ainsi par les macrophages (environ 25 mg
par jour) est recyclé et constitue la principale source de fer de
l’organisme. Par comparaison, l’absorption intestinale du fer
n’apporte qu’1 à 2 mg des besoins quotidiens en fer de l’orga-
nisme.
La ferritine stocke le fer dans les cellules
Dans des conditions normales, la ferritine stocke le fer en excès
des différents tissus, cela constitue environ 1 g du contenu total
en fer de l’organisme. La ferritine a une masse moléculaire approxi-
mative de 440 kDa, elle comporte 24 sous-unités qui entourent
3000 à 4500 atomes ferriques. Les unités peuvent être de type H
(heavy, lourd) ou de type L (léger, light). La sous-unité H possède
une activité ferroxydase nécessaire pour charger le fer sur la fer-
ritine. La fonction de la sous-unité L n’est pas bien comprise mais
elle jouerait un rôle dans la nucléation de la ferritine et dans sa
stabilité. La quantité normale de ferritine plasmatique chez l’être
Sommaire
Avant-propos  XII
1. Biochimie et médecine  1
Robert K. Murray, MD, PhD
2. Eau et pH 7
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
P A R T I E
Structures et fonctions
I des protéines
et des enzymes  17
3. Les acides aminés et les peptides  17
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
4. Les protéines : détermination
de la structure primaire  25
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
5. Les protéines : structures d’ordre
supérieur  36
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
6. Protéines : myoglobine et hémoglobine  49
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
7. Enzymes : mécanismes d’action  58
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
8. Enzymes : cinétiques  71
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
9. Enzymes : régulation des activités  86
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
10. Bioinformatique et modélisation biologique
assistée par ordinateur  96
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD
P A R T I E
Bioénergétique et
II métabolisme des glucides
et des lipides  113
11. Bioénergétique : rôle de l’ATP  113
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
12. Oxydation biologique  120
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
13. Chaîne respiratoire et phosphorylation
oxydative  126
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
14. Glucides importants sur le plan
physiologique  137
David A. Bender, PhD
15. Lipides importants sur le plan
physiologique  146
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
16. Vue d’ensemble du métabolisme et
de l’approvisionnement en carburants
métaboliques  157
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc
17. Cycle de l’acide citrique : catabolisme
de l’acétyl-CoA  170
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc
18. Glycolyse et oxydation du pyruvate  177
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc
19. Métabolisme du glycogène  186
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc
20. Néoglucogenèse et contrôle de la
glycémie  195
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc
VIII Sommaire

21. Voie des pentoses phosphates P A R T I E

et autres voies métaboliques  205 Structure, fonction et
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc

22. Oxydation des acides gras :

IV réplication des macro­-
molécules de l’information  333

cétogenèse  216
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
32. Les nucléotides  333
Victor W. Rodwell, PhD

23. Biosynthèse des acides gras  225

Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
33. Métabolisme des nucléotides puriques
et pyrimidiques  341
Victor W. Rodwell, PhD
24. Métabolisme des acylglycérols
et des sphingolipides  238
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
34. Structure et fonction des acides
nucléiques  353
P. Anthony Weil, PhD
25. Transport et stockage des lipides  246
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
35. Organisation, réplication et réparation
26. Synthèse, transport et excrétion de l’ADN  364
P. Anthony Weil, PhD
du cholestérol  260
Kathleen M. Botham, PhD, DSc et Peter A. Mayes, PhD, DSc
36. Synthèse, maturation et métabolisme
de l’ARN  388
P. Anthony Weil, PhD
P A R T I E
Métabolisme des protéines
III et des acides aminés  275
37. Synthèse protéique et code génétique  407
P. Anthony Weil, PhD

38. Régulation de l’expression des gènes  423

27. Biosynthèse des acides aminés non P. Anthony Weil, PhD
indispensables dans l’alimentation  275
Victor W. Rodwell, PhD 39. Génétique moléculaire, technologies de
l’ADN recombinant et de génomique  447
28. Catabolisme des protéines et de l’azote P. Anthony Weil, PhD
des acides aminés  281
Victor W. Rodwell, PhD

P A R T I E
29. Catabolisme du squelette carboné Biochimie de la communication
des acides aminés  291
Victor W. Rodwell, PhD V extracellulaire et
intracellulaire  473

30. Transformation des acides aminés en produits

40. Membranes : structure et fonction  473
spécialisés  307 Robert K. Murray, MD, PhD et Daryl K. Granner, MD
Victor W. Rodwell, PhD

41. Diversité du système endocrinien  493

31. Porphyrines et pigments biliaires  317 P. Anthony Weil, PhD
Robert K. Murray, MD, PhD
 Sommaire IX

42. Mode d’action des hormones et 50. Protéines plasmatiques et

transduction du signal  513 immunoglobulines  653
P. Anthony Weil, PhD Robert K. Murray, MD, PhD, Molly Jacob, MB BS, MD, PhD,
& Joe Varghese, MB BS, MD

P A R T I E
51. Hémostase et thrombose  675
Peter L. Gross, MD, MSc, FRCP(C), Robert K. Murray, MD,

VI Sujets spéciaux  533 PhD & Margaret L. Rand, PhD

52. Érythrocytes et leucocytes  686

Robert K. Murray, MD, PhD
43. Nutrition, digestion et absorption  533
David A. Bender, PhD et Peter A. Mayes, PhD, DSc 53. Métabolisme des xénobiotiques  703
Robert K. Murray, MD, PhD
44. Micronutriments : vitamines
et minéraux  542 54. La biochimie du vieillissement  711
David A. Bender, PhD Peter J. Kennelly, PhD

45. Radicaux libres et aliments 55. Le Cancer : vue d’ensemble  724

antioxydants  561 David A. Bender, PhD
David A. Bender, PhD
56. Biochimie clinique  748
46. Trafic intracellulaire et routage Joe Varghese, MB BS, MD, Molly Jacob, MB BS, MD, PhD,
des protéines  567 et Robert K. Murray, MD, PhD
Robert K. Murray, MD, PhD
57. Études de cas cliniques  758
47. Les glycoprotéines  588 Robert K. Murray, MD, PhD
Robert K. Murray, MD, PhD et Peter L. Gross, MD, MSc, FRCP (C)

48. La matrice extracellulaire  610 Annexe  801

Robert K. Murray, MD, PhD et Frederick W. Keeley, PhD Les réponses aux questions  805
Index  809
49. Muscle et cytosquelette  630
Robert K. Murray, MD, PhD
Avant-propos
Les auteurs et l’éditeur sont heureux de présenter la vingt-
neuvième édition de Biochimie de Harper. La première édition de
cet ouvrage, appelée Biochimie de Harper, a été publiée en 1939
avec pour seul auteur le Dr Harold Harper, de l’Université de
Californie à San Francisco. Par la suite divers auteurs ont contri-
bué à cet ouvrage.
Changements dans la vingt-neuvième édition
Pour être fidèles à notre objectif de fournir aux étudiants un
ouvrage qui décrive et illustre la biochimie de façon pertinente en
médecine, actuelle et complète tout en restant assez concise, nous
avons mis à jour chaque chapitre et de plus intégré des nouveaux
éléments importants à cette édition.
Chaque chapitre débute à présent par un bref relevé de ses
objectifs, suivi d’une brève explication de son importance biomé-
dicale. Un ajout majeur consiste en plus de 250 questions d’examen
à choix multiples dont les réponses figurent dans une annexe.
Les principaux autres changements
concernent trois chapitres totalement
nouveaux
« Biochimie du Vieillissement »
« Biochimie du Cancer »
« Biochimie clinique »
Les autres changements importants portent
sur les points suivants :
• Des aspects épidémiologiques ont été inclus dans le chapitre
« Bioinformatique et Modélisation Biologique assistée par
Ordinateur ».
• Des nouvelles figures illustrent des approches clés pour l’iden-
tification de sites actifs potentiels, de sites de liaison de ligands
et d’autres sites d’interaction (Partie I), et divers aspects du
métabolisme (Partie II).
• Des nouveaux tableaux résument des aspects des maladies
métaboliques, incluant celles du métabolisme des purines,
des pyrimidines et des acides aminés (Partie III).
• Les sujets suivants sont abordés de façon plus approfondie :
les ARN non codants, les maladies humaines liées à la répa-
ration des altérations de l’ADN, les facteurs épigénétiques qui
contrôlent l’expression des gènes eucaryotes, les activités des
miARN et la puissance des nouvelles méthodes permettant
de suivre et de caractériser la transcription à l’échelle du
génome (Partie IV).
• Des nouveaux tableaux ont été ajoutés sur les besoins en vita-
mines et en sels minéraux, ainsi qu’une discussion détaillée
sur le métabolisme physiologique et pathologique du fer
(Partie VI).
Organisation de l’ouvrage
Après deux chapitres d’introduction, l’ouvrage est divisé en six
grandes parties. Toutes les parties et tous les chapitres mettent en
relief l’importance de la biochimie en médecine.
La première partie traite les structures et les fonctions des
protéines et des enzymes. Cette partie contient aussi un chapitre
sur la bioinformatique et la biologie assistée par ordinateur, con­
formément à l’importance croissante de ces sujets dans la biochi-
mie moderne, la biologie et la médecine.
La deuxième partie, explique comment les diverses réactions
cellulaires utilisent ou libèrent de l’énergie et cette partie trace les
voies de synthèse et de dégradation des glucides et des lipides. Les
nombreuses fonctions de ces deux classes de molécules sont éga-
lement décrites.
La troisième partie concerne les acides aminés, leurs devenirs
métaboliques, certains aspects clés du catabolisme des protéines
ainsi que la biochimie des porphyrines et des pigments biliaires.
La quatrième partie décrit les structures et les fonctions des
nucléotides et des acides nucléiques, elle inclut des sujets comme
la réplication et la réparation de l’ADN, la synthèse des ARN et
leurs modifications, la synthèse protéique, les principes des tech-
nologies de l’ADN recombinant, et les nouvelles connaissances
sur la régulation de l’expression des gènes.
La cinquième partie, traite des aspects de la communication
extra- et intracellulaire. Les sujets traités concernent la structure
et la fonction des membranes, les bases moléculaires des actions
des hormones et le domaine de la transduction des signaux.
La sixième partie aborde quinze sujets particuliers : la nutri-
tion, la digestion et l’absorption ; les vitamines et les sels miné-
raux ; les radicaux libres et les antioxydants ; le trafic intracellulaire
et le tri des protéines ; les glycoprotéines ; la matrice extracellulaire ;
le muscle et le cytosquelette ; les protéines plasmatiques et les
immunoglobulines ; l’hémostase et la coagulation sanguine ; les
globules rouges et blancs ; le métabolisme des xénobiotiques ; La
biochimie du vieillissement ; la biochimie du cancer ; la biochi-
mie clinique et ; l’étude de 16 cas cliniques à base biochimique. Le
dernier chapitre se termine par un bref épilogue concernant quel­
ques enjeux majeurs de la médecine pour lesquels la biochimie et
les disciplines apparentées vont jouer un rôle important dans la
découverte de solutions.
L’Annexe contient une liste de sites web utiles et une liste de
revues de biochimie ou de revues où les aspects biochimiques
occupent une part importante.
XII Avant-propos

Remerciements Fred Keeley pour ses nombreuses contributions au Chapitre 48,

Peter Gross comme co-auteur des Chapitres 51 et 57, et Margaret
Les auteurs remercient Michael Weitz pour son rôle dans la con­
Rand comme co-auteur du Chapitre 51. Les remerciements spé-
ception de cette édition et Brian Kearns pour son rôle clé dans la
ciaux vont aussi à Reinhart Reithmeier, Alan Volchuk et David
finalisation de cette édition pour sa publication. Nous remer-
Williams pour leur travail de relecture et leurs précieuses sugges-
cions également Mala Arora et ses collègues de Thomson Digital
tions pour la révision des Chapitres 40 et 46.
pour leur travail d’édition, de typographie et de reproduction.
Nous remercions également Calvin « Nic » Steussy de l’Université Robert K. Murray
Purdue pour son aide à l’élaboration de la couverture. David A. Bender
Les suggestions faites par divers étudiants et collègues de par Kathleen M. Botham
le monde ont été des plus utiles pour la réalisation de cette édi- Peter J. Kennelly
tion. Nous restons dans l’attente de contributions similaires dans Victor W. Rodwell
le futur. P. Anthony Weil
Rob Murray remercie tout spécialement Joe Varghese et
Molly Jacob en tant que co-auteurs des Chapitres 50, 55 et 56,
 1
C h a p I T R E

Biochimie et médecine
Robert K. Murray, MD, PhD

O B J E C T i f s ■ D’expliquer l’objet de la biochimie et son rôle central dans les sciences de la vie.
■ De comprendre le lien entre la biochimie, la physiologie, la pathologie
L’étude de ce chapitre et la médecine.
vous permettra : ■ De mesurer comment le Projet Génome Humain a donné naissance à de
nombreuses disciplines ou a stimulé l’intérêt pour celles-ci, lesquelles éclairent
d’ores et déjà de nombreuses questions en biologie et en médecine.
2 CHAPTre 1  Biochimie et médecine
INTRODUCTION
La biochimie peut être définie comme la science des bases
chimiques de la vie (en grec bios = vie). La cellule est l’unité
structurale des systèmes vivants. On peut donc également définir
la biochimie comme la science qui étudie les constituants
chimiques des cellules vivantes ainsi que les réactions et
transformations qu’ils subissent. D’après cette définition,
la biochimie englobe de vastes domaines de la biologie cellulaire,
de la biologie moléculaire et de la génétique moléculaire.
La biochimie a pour but de décrire et
d’expliquer, en termes moléculaires, tous
les processus chimiques des cellules vivantes
L’ objectif premier de la biochimie est la compréhension com-
plète, à l’échelle moléculaire, de tous les processus chimiques
associés aux cellules vivantes. Pour atteindre cet objectif, les
biochimistes ont cherché à isoler les nombreuses molécules cellu-
laires, à déterminer leurs structures et à analyser leurs fonctions.
Le Tableau 1-1 énumère quelques-unes des nombreuses techni-
ques utilisées pour atteindre ces objectifs.
D’autres objectifs de la biochimie sont d’aider à comprendre
les origines de la vie sur terre et d’intégrer les connaissances bio-
chimiques dans les efforts de maintien de la santé, de compré-
hension des maladies ainsi que de leur traitement approprié.
Toutes les sciences de la vie nécessitent
des connaissances en biochimie
La biochimie des acides nucléiques est au cœur de la génétique ;
en contrepartie, l’utilisation d’approches génétiques a permis
d’éclairer de nombreux domaines en biochimie. La biologie cel-
lulaire a des liens très étroits avec la biochimie. Le domaine de la
physiologie, qui étudie les fonctions de l’organisme, et celui de la
biochimie se recouvrent presque totalement. L’ immunologie fait
appel à de nombreuses techniques biochimiques et les biochimis-
tes utilisent souvent des approches immunologiques. La pharma-
cologie et les sciences pharmaceutiques reposent sur de solides
connaissances biochimiques et physiologiques ; par exemple, la
plupart des médicaments sont métabolisés grâce à des réactions
catalysées par des enzymes. Les poisons agissent sur des réactions
ou sur des voies biochimiques ; c’est là l’objet principal de la toxi-
cologie. Les approches biochimiques sont de plus en plus utilisées
pour l’étude des aspects fondamentaux de la pathologie (l’étude
des maladies), tels l’inflammation, les lésions cellulaires et le can-
cer. De nombreux chercheurs en microbiologie, en biologie ani-
male et en biologie végétale utilisent presque exclusivement des
approches biochimiques. Ces interconnections n’ont rien de sur-
prenant car la vie, telle que nous la connaissons, dépend de réac-
tions et de transformations biochimiques. En fait, les anciennes
barrières entre les différentes sciences de la vie tombent tandis
que la biochimie devient de plus en plus leur langage commun.
Les interactions entre la biochimie et la
médecine ont suscité des progrès mutuels
Les deux principales préoccupations des chercheurs en sciences
médicales et notamment des médecins, sont la compréhension et
TABLEAU 1-1  Principales méthodes et protocoles utilisés
dans les laboratoires de biochimie
Méthodes de séparation et de purification des molécules biologiques1
Fractionnement salin (par exemple : précipitation des protéines par le sulfate
d’ammonium)
Chromatographie : sur papier ; échangeuse d’ions ; d’affinité ; sur couche
mince ; en phase gazeuse et en phase liquide ; liquide à pression élevée
(HPLC); filtration sur gel.
Électrophorèse: sur papier ; à voltage élevé ; sur gel d’agarose ; sur acétate
de cellulose ; sur gel d’amidon ; sur gel de polyacrylamide ; sur gel
SDS-polyacrylamide.
Ultracentrifugation
Méthodes pour déterminer la structure des biomolécules
Analyse élémentaire
Spectroscopie UV, visible, infrarouge et spectroscopie de résonance
magné­tique nucléaire (RMN)
Utilisation de l’hydrolyse acide ou alcaline pour dégrader la biomolécule
étudiée en ses constituants de base.
Utilisation de toute une panoplie d’enzymes qui coupent à des endroits
spécifiques (comme les protéases, les nucléases, les glycosidases).
Spectrométrie de masse
Méthodes de séquençage spécifiques (pour les protéines et les acides
nucléiques par exemple)
Radiocristallographie
Préparations pour l’étude des réactions biochimiques
Études sur l’animal entier y compris les animaux transgéniques et ceux
pré­sentant une extinction ciblée de gène (knockout).
Organe isolé sous perfusion
Coupes fines de tissus
Cellules entières
Homogénats
Organites cellulaires isolés
Sous-fractionnement d’organites
Métabolites et enzymes purifiés
Gènes isolés (y compris les produits de PCR et de mutagenèse ciblée)
1
La plupart de ces méthodes permettent l’analyse des composants présents dans
les extraits cellulaires et dans d’autres matériaux biologiques. En général, l’utilisation
séquentielle de différentes techniques permet la purification de la plupart des
molécules biologiques. Pour des descriptions plus détaillées le lecteur est invité à se
référer aux ouvrages traitant des aspects techniques en recherche biochimique.
la préservation de la santé ainsi que la compréhension et le trai-
tement efficace des maladies. La biochimie a un impact considé-
rable sur ces deux objectifs fondamentaux de la médecine. En fait,
la relation entre la biochimie et la médecine est une vaste avenue
à double sens. Les études biochimiques ont éclairé de nombreux
aspects physiologiques et pathologiques et réciproquement, l’étude
de différentes situations saines et pathologiques a ouvert de nou-
veaux domaines d’étude en biochimie. La Figure 1-1 présente quel-
ques exemples de ces échanges à double sens. Ainsi, la connaissance
 CHAPITRE 1  Biochimie et médecine 3

de la structure et de la fonction des protéines était nécessaire pour
élucider l’unique différence biochimique entre l’hémoglobine
normale et celle de l’anémie falciforme (drépanocytose). De
son côté, l’analyse de l’hémoglobine drépanocytaire a contribué
de façon significative à notre compréhension de la structure et de
la fonction de l’hémoglobine normale mais aussi de celles d’autres
protéines. Des exemples similaires de bénéfices réciproques entre
la biochimie et la médecine pourraient être cités pour les autres
tandems de la Figure 1-1. Le travail de pionnier d’Archibald Gar-
rod, un médecin anglais du début du vingtième siècle, constitue
un autre exemple de cette relation interdisciplinaire. En étudiant
des patients atteints d’affections relativement rares (alcaptonurie,
albinisme, cystinurie et pentosurie, maladies qui sont décrites
plus loin dans ce livre), il montra que ces affections étaient d’ori-
gine génétique et nomma ces états pathologiques, erreurs innées
du métabolisme. Cette découverte servit de base au développe-
ment de la génétique biochimique humaine. Des efforts plus récents
pour comprendre les bases de la maladie génétique connue sous
le nom d’hypercholestérolémie familiale, qui entraîne une grave
athérosclérose juvénile, ont abouti à des progrès spectaculaires
dans la compréhension des récepteurs cellulaires et dans celle des
mécanismes de capture du cholestérol par les cellules. L’ étude
d’oncogènes et de gènes suppresseurs de tumeur dans les cellu-
les cancéreuses a attiré l’attention sur les mécanismes moléculaires
impliqués dans le contrôle de la croissance de la cellule normale.
Ces exemples et de nombreux autres montrent comment l’étude
du pathologique peut ouvrir des domaines du fonctionnement
cellulaire aux recherches biochimiques fondamentales.
La relation entre médecine et biochimie a d’importantes
implications pour la première. Tant que le traitement médical
repose solidement sur des connaissances de biochimie ou d’autres
sciences fondamentales, la pratique médicale aura une base ration-
nelle pouvant être adaptée pour intégrer de nouvelles connais-
sances. Une telle approche contraste avec des cultes non orthodoxes
voués au maintien en bonne santé, ainsi qu’avec certaines prati-
ques de « médecine alternative » se fondant souvent plutôt sur des
mythes et des croyances, et généralement dénués de toute base
logique.
La biochimie est un domaine scientifique important. Les nom-
breuses raisons de l’importance de la science pour les médecins
(ainsi que pour les autres personnes travaillant dans le domaine
de la santé ou en biologie, que cela concerne l’être humain ou les
animaux) ont été bien spécifiées dans un article de Cooke (2010).
La science (i) offre une compréhension fondamentale sur laquelle
le travail de chacun doit s’appuyer, (ii) elle stimule la curiosité et
permet d’acquérir les comportements scientifiques essentiels à la
poursuite de l’acquisition de connaissances tout au long d’une
carrière (iii) elle explique la façon dont nos connaissances actuel-
les ont été acquises et (iv) elle met l’accent sur l’immensité de ce
qui reste encore inconnu. Il est bien sûr crucial que l’utilisation de
la science pour aider un patient se fasse avec humanité et selon les
critères éthiques les plus exigeants.
LES PROCESSUS BIOCHIMIQUES
NORMAUX SONT LA BASE
DE LA SANTÉ
L’ organisation mondiale de la santé (OMS) définit la santé
comme un état de « bien-être physique, mental et social complet
et pas seulement comme l’absence de maladie ou d’infirmité ».
D’un point de vue strictement biochimique, la santé peut être con­
sidérée comme une situation où l’ensemble des milliers de réac-
tions extra- et intracellulaires ayant lieu dans l’organisme, s’effectue
à des vitesses compatibles avec sa viabilité optimale dans des
conditions physiologiques. Il s’agit cependant d’un point de vue
extrêmement réductionniste, il est évident que pour s’occuper de
la santé des patients, une connaissance des principes de biologie
doit être complétée par des principes psychologiques et sociaux.
La recherche en biochimie a des retombées
sur la nutrition et la médecine préventive
L’ une des principales conditions préalables au maintien de la santé
est l’apport alimentaire optimal d’un certain nombre de substan-
ces chimiques dont les plus importantes sont les vitamines, cer-
tains acides aminés, certains acides gras, divers minéraux et l’eau.
Biochimie et nutrition étant toutes deux largement concernées
par l’étude des divers aspects de ces substances chimiques, il existe
une relation étroite entre ces deux sciences. De plus, la tendance
actuelle est de systématiquement préserver la santé et de prévenir
les maladies, en pratiquant une médecine préventive. Ainsi, les

Biochimie

Acides
nucléiques Protéines Lipides Glucides

Maladies Drépanocytose Athéro- Diabète

génétiques sclérose sucré

Médecine

FIGURE 1-1  Exemples de relations entre la biochimie et la médecine. La

connaissance des composants biochimiques représentés dans la partie supérieure du
diagramme a aidé à la compréhension de maladies figurant dans la partie inférieure.
Réciproquement, l’étude des maladies qui figurent en bas du schéma a fait progresser
de nombreux domaines en biochimie. Notez que la drépanocytose est une maladie
génétique et que l’athérosclérose et le diabète sucré ont tous deux des composantes
génétiques.
4 CHAPTre 1  Biochimie et médecine
approches nutritionnelles pour prévenir, par exemple, l’athéros-
clérose et le cancer sont l’objet d’une attention croissante. La
compréhension de la nutrition dépend en grande partie d’une
connaissance de la biochimie.
La plupart des maladies, sinon toutes,
ont une base biochimique
Nous croyons que la plupart des maladies, sinon toutes, sont des
manifestations d’anomalies de molécules, de réactions chimiques
ou de processus biochimiques. Les principaux facteurs respon-
sables de maladies chez l’animal et chez l’homme sont énumérés
dans le Tableau 1-2. Tous modifient une ou plusieurs réactions
chimiques ou bien des molécules de l’organisme. De nombreux
exemples des bases biochimiques de maladies sont traités dans ce
livre. Dans la plupart des pathologies, les études biochimiques
contribuent au diagnostic et à la thérapie. Le Tableau 56-1 présente
une liste de quelques applications essentielles des investigations
biochimiques et des tests de laboratoire en rapport avec des
maladies. Le Chapitre 56 décrit de nombreux aspects concernant
la biochimie clinique, qui consiste essentiellement à se servir de
tests biochimiques comme aide au diagnostic des maladies ainsi
qu’à la prise en charge globale de patients présentant diverses
pathologies. Le Chapitre 57 illustre encore davantage la relation
entre biochimie et maladie et traite de façon plus approfondie les
aspects biochimiques de 16 pathologies.
Quelques-uns des défis majeurs auxquels la médecine et les
sciences biologiques apparentées sont confrontées sont égale-
ment rapidement esquissés à la fin du Chapitre 57. Pour s’attaquer
à ces problèmes, les études biochimiques continueront, comme
elles le sont déjà, d’être intimement liées aux études de diverses
autres disciplines comme : la génétique, la biologie cellulaire,
l’immunologie, la nutrition, la pathologie et la pharmacologie. De
nombreux biochimistes se passionnent pour apporter une contri-
bution à la résolution de problèmes clés tels que la survie de l’es-
pèce humaine, mais aussi l’éducation du public pour qu’il apporte
TABLEAU 1-2  Les principales causes des maladies1
1.  Agents physiques : traumatisme mécanique, températures extrêmes,
varia­­tions brusques de la pression atmosphérique, radiations, choc
électrique.
2. Agents chimiques, y compris certains composés toxiques,
des médica­ments, etc.
3.  Agents biologiques : virus, bactéries, champignons, formes supérieures
de parasites.
4. Manque d’oxygène : insuffisance d’apport sanguin, baisse de la capacité de
fixation de l’oxygène par le sang, empoisonnement des enzymes oxydatives.
5.  Maladies génétiques : congénitales, moléculaires.
6.  Réactions immunologiques : anaphylaxie, maladies autoimmunes.
7.  Déséquilibres nutritionnels : déficits, excès.
8.  Déséquilibres endocriniens : déficit ou hyperproduction d’hormones.
Source : Adapté avec autorisation d’après Robbins SL, Cotram RS, Kumar V, The
Pathologic Basis of Disease, 3rd ed. Saunders, 1984. Copyright © 1984 Elsevier Inc.
Recopié avec l’autorisation de Elsevier.
1
  Note Toutes les causes énumérées agissent en influant sur divers mécanismes
biochimiques de la cellule ou de l’organisme.
son soutien à l’utilisation de la démarche scientifique pour résou-
dre les problèmes majeurs (environnementaux et autres par ex.)
auxquels nous sommes confrontés.
L’ impact du Projet Génome Humain
(PGH ou HGP) en biochimie, en biologie
et en médecine
Des progrès remarquables ont été accomplis à la fin des années
1990 dans le séquençage du génome humain grâce au projet HGP.
Le point d’orgue a été juillet 2000 avec l’annonce par les chefs des
deux groupes impliqués dans cette entreprise (International
Human Genome Sequencing Consortium et Celera Genomics,
une compagnie privée) du séquençage du génome à plus de 90 %.
Des ébauches de travail de la séquence ont été publiées au début de
2001. À l’exception de quelques lacunes, la séquence du génome
humain a été complétée en 2003, 50 ans après la description de la
double hélice d’ADN par Watson et Crick.
Les conséquences de ce travail pour la biochimie, la biologie,
la médecine et les sciences apparentées sont énormes et nous ne
ferons état ici que de quelques points. Il est maintenant possible
d’isoler n’importe quel gène et en général, de déterminer sa
structure et sa fonction (par exemple par des expériences de
séquençage et d’invalidation ou knockout). De nombreux gènes
encore inconnus ont été découverts, leurs produits sont déjà iden-
tifiés ou en cours d’étude. L’ évolution de l’être humain est appa-
rue sous un jour nouveau et les méthodes de recherche des gènes
responsables de maladies se sont énormément améliorées. Il
sera fait référence au Projet Génome Humain dans de nombreux
chapitres de ce livre.
Du fait de la multiplication des ramifications du projet HGP,
il est essentiel que le lecteur comprenne les apports majeurs à la
compréhension de la physiologie normale et de la pathologie
humaines qui sont déjà réalisés ou en cours, grâce aux études des
génomes d’organismes modèles, notamment Drosophila mela-
nogaster (la mouche du vinaigre) et Caenorhabditis elegans (un
ver nématode). Cela a été clairement précisé par Bruce Alberts
(2010) qui s’est fait l’écho des impressionnants progrès récents
accomplis dans le déchiffrement des génomes de ces deux orga-
nismes. Du fait de la possibilité de manipuler expérimentalement
ces organismes et de leurs temps de génération courts, il est pos-
sible de progresser relativement rapidement dans la compréhen-
sion de la fonction normale de leurs gènes, et aussi de comprendre
comment des anomalies de leurs gènes entraînent des maladies.
On espère que ces progrès puissent se traduire par des approches
bénéfiques pour l’être humain. Selon Alberts, « aussi invraisem-
blable que cela puisse paraître, les recherches futures sur les droso-
philes et les vers nous fourniront souvent la voie la plus courte et
la plus efficace pour soigner les maladies humaines ». Cela s’appli-
que à des pathologies aussi différentes que le cancer et la maladie
d’Alzheimer.
La Figure 1-2 montre les domaines actuellement en pointe
qui se sont développés directement à partir des progrès du séquen-
çage du génome humain, et ceux qui ont bénéficié de ces progrès.
De nombreux domaines qualifiés d’omiques ont émergé directe-
ment du projet génome humain ; ce sont des études globales des
structures et des fonctions des molécules concernées par chacune
de ces disciplines. Les définitions de ces disciplines dont la liste
figure ci-après sont données dans le glossaire de ce chapitre. Les
techniques de transcriptomique et de protéomique permettent
d’étudier les produits des gènes (molécules d’ARN et protéines).
 CHAPITRE 1  Biochimie et médecine 5

Transcriptomique Protéomique Glycomique Lipidomique

Métabolomique Nutrigénomique

Pharmacogénomique Bioinformatique
PGH
(Génomique)
Bioingénierie Biotechnologies

Biophysique Bioéthique

Biologie des Thérapie génique

cellules souches
Nanotechnologies
Diagnostics Biologie des Biologie synthétique
moléculaires systèmes

FIGURE 1-2  Le Projet Génome Humain (PGH ou HGP) a eu un impact sur bien des
disciplines et des domaines de recherche. La biochimie en tant que telle n’est pas indiquée
dans cette figure, du fait qu’elle a une existence bien antérieure au démarrage du projet HGP.
Par contre, plusieurs des disciplines indiquées (par ex. la bioinformatique, la génomique, la
glycomique, la lipidomique, la métabolomique, les diagnostics moléculaires, la protéomique et
la transcriptomique) sont des domaines de recherche très actifs des biochimistes.

Un exemple spectaculaire de la vitesse des progrès en transcrip- RÉSUMÉ

tomique est l’explosion des connaissances sur les molécules des
petits ARN comme régulateurs de l’activité des gènes. D’autres
disciplines de type omiques sont la glycomique, la lipidomique,
la métabolomique, la nutrigénomique et la pharmacogénomi-
que. La bioinformatique a concentré beaucoup d’efforts pour
permettre de tenir le rythme du flux d’informations générées
D’autres secteurs voisins auquel le dynamisme du projet HGP a
donné un coup de fouet sont les biotechnologies, la bioingénierie,
la biophysique et la bioéthique. Les nanotechnologies sont un
domaine actif, elles peuvent, par exemple, offrir de nouvelles
méthodes de diagnostic et de traitement des cancers et d’autres
maladies. La biologie des cellules souches est actuellement au
centre de recherches intenses. La thérapie génique doit encore
tenir ses promesses mais il semble probable que cela arrivera tôt
ou tard. De nombreux nouveaux tests de diagnostic moléculaire
se sont développés en génétique, en microbiologie et en immuno-
logie par exemple, que ce soit pour la recherche ou pour le dia-
gnostic. La biologie des systèmes est aussi en plein essor. La
biologie synthétique est peut-être la plus fascinante de toutes.
Elle doit permettre de créer des organismes vivants (tout d’abord
de petites bactéries par exemple) à partir de matériel génétique in
vitro. Il devrait être possible de concevoir ces organismes pour
accomplir certaines tâches spécifiques (par exemple l’élimination
de pollutions pétrolières). Tout comme dans le cas des cellules sou-
ches, ce domaine retiendra tout particulièrement l’attention des
spécialistes de bioéthique, entre autres. Beaucoup des sujets qui
viennent d’être évoqués seront repris plus loin dans ce livre.
Tous ces sujets rendent l’époque actuelle extrêmement pas-
sionnante, que ce soit pour les étudiants ou pour ceux qui tra-
vaillent dans les domaines biologiques et médicaux. Les résultats
de la recherche dans tous les domaines précités auront des retom-
bées extraordinaires en biologie, en médecine et dans les sciences
de la santé.
n La biochimie est la science qui étudie les différentes molécules
se trouvant dans les cellules et les organismes vivants, ainsi que
leurs réactions chimiques. Comme la vie dépend de réactions
biochimiques, la biochimie est devenue le langage commun de
toutes les sciences biologiques.
n La biochimie s’intéresse à toutes les formes de vie, allant des
plus simples d’entre elles comme les virus et les bactéries,
jusqu’à la complexité des êtres humains.
n La biochimie, la médecine et les autres sciences du domaine de
la santé sont intimement liées. La santé dépend pour toutes les
espèces, d’un équilibre harmonieux des réactions biochimiques
de l’organisme et les maladies sont le reflet d’anomalies de
molécules biologiques, de réactions biochimiques ou de
processus biochimiques.
n Les progrès en biochimie ont éclairé de nombreux domaines
de la médecine. Réciproquement, l’étude des maladies a
souvent révélé des aspects insoupçonnés de la biochimie. Les
approches biochimiques sont souvent fondamentales pour
comprendre les causes des maladies et élaborer des traitements
appropriés.
n L’ utilisation judicieuse de divers examens biochimiques en
laboratoire fait partie intégrante du diagnostic et du suivi du
traitement.
n De solides connaissances de biochimie et d’autres sciences
fondamentales apparentées, sont indispensables à une pratique
rationnelle de la médecine et des sciences biomédicales.
n Les résultats du Projet Génome Humain et de la recherche
dans les disciplines connexes auront un impact profond sur
l’avenir de la biologie, sur la médecine et les autres sciences du
domaine de la santé. L’accent est mis sur l’importance de la
recherche génomique sur des organismes modèles comme
D. melanogaster et C. elegans dans la compréhension
des maladies humaines.
6 CHAPTre 1  Biochimie et médecine
RÉFÉRENCES
Alberts B : Model organisms and human health. Science 2010 ; 330 :
1724.
Alberts B : Lessons for genomics, Science 2011 ; 331 : 511 (Dans ce
numéro de Science et les suivants en février 2011, divers
scientifiques s’expriment sur l’importance du dixième
anniversaire de la publication de la séquence du génome
humain).
Cammack R, Attwood T, Campbell P et al (editors) : Oxford
Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology. 2nd ed.
Oxford University Press. 2006.
Cooke M. Science for Physicians. Science 2010 ; 329 ; 1573.
Feero WG, Guttmacher AE, Collins FS : Genomic medicine-an
updated primer. N. Eng J Med 2010 ; 362 ; 2001.
Fruton JS : Proteins, Enzymes, Genes : The Interplay of Chemistry and
Biology. Yale University Press, 1999. (Retrace l’historique de
l’essentiel de la recherche biochimique contemporaine).
Garrod AE : Inborn errors of metabolism. (Croonian Lectures.)
Lancet 1908 ; 2 : 1, 73, 142, 214.
Gibson DG, Glass JI, Lartigue C, et al. Creation of a bacterial cell
controlled by a chemically synthesized genome. Science 2010 ;
329 : 52.
Kornberg A : Basic research : The lifeline of medicine. FASEB J 1992 ;
6 : 3143.
Kornberg A : Centenary of the birth of modern biochemistry.
FASEB J 1997 ; 11 : 1209.
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) : Center for Medical
Genetics, Johns Hopkins University and National Center for
Biotechnology Information, National Library of Medicine, 1997.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/ (Les numéros attribués aux
références dans OMIM seront cités dans les chapitres concernés
de ce livre. La consultation de cette collection extensive de
maladies ainsi que d’autres articles pertinents (sur des protéines
spécifiques, des enzymes, etc.) augmenteront grandement les
connaissances du lecteur et sa compréhension des divers sujets
évoqués et traités dans cet ouvrage. La version en ligne de
OMIM est mise à jour presque quotidiennement.
Scriver CR, Beaudet AL, Valle D, et al (editors) : The Metabolic and
Molecular Bases of Inherited Disease, 8th ed. McGraw-Hill, 2001
(Ce texte est maintenant disponible en ligne et mis à jour en tant
que The Online Metabolic & Molecular Bases of Inherited Disease à
l’adresse www.ommbid.com. La souscription d’un abonnement est
nécessaire, mais il est possible d’y accéder via une bibliothèque
universitaire, celle d’un hôpital ou par d’autres sources).
Scherer S : A Short Guide to the Human Genome. CSHL Press, 2008.
Weatherall DJ : Systems biology and red cells. N Engl J Med 2011 ;
364 ; 376.
GLOSSAIRE
Bioéthique : Domaine de l’éthique s’intéressant à l’application de
principes moraux et éthiques en biologie et en médecine.
Bioinformatique : Cette discipline aborde la collecte, le stockage et
l’analyse des données biologiques, principalement celles des
séquences d’ADN et de protéines (voir le Chapitre 10).
Bioingénierie : Applications d’ingénierie en biologie et en
médecine.
Biologie des cellules souches : Une cellule souche est une cellule
indifférenciée capable d’autorenouvellement et de différenciation
en n’importe quelle cellule adulte de l’organisme. La biologie des
cellules souches s’intéresse à la biologie de ces cellules mais aussi
à leur utilisation dans différents contextes pathologiques.
Biologie des systèmes : Cette discipline étudie les systèmes
biologiques complexes dans leur globalité (s’opposant en cela à
l’approche réductionniste, par exemple celle de la biochimie
traditionnelle).
Biologie synthétique : Ce domaine combine les techniques de
biologie moléculaire à des approches d’ingénierie pour
construire de nouvelles fonctions et de nouveaux systèmes
biologiques.
Biophysique : Elle applique la physique et ses techniques à la
biologie et à la médecine.
Biotechnologies : Ce domaine combine des approches de biochimie
et d’ingénierie, entre autres, pour élaborer des produits biologiques
utiles en médecine ou pour des applications industrielles.
Diagnostic moléculaire : Il utilise des approches moléculaires (par
exemple, des sondes d’ADN) comme aide au diagnostic de
diverses pathologies biochimiques, génétiques, immunologiques,
microbiologiques et d’autres.
Génomique : Le génome est l’ensemble des gènes d’un organisme
(par exemple, le génome humain), la génomique est l’étude
approfondie des structures et des fonctions des génomes (voir au
Chapitre 10 notamment mais ailleurs également).
Glycomique : Le glycome est l’ensemble des glucides simples et
complexes d’un organisme. La glycomique est l’étude
systématique des structures et des fonctions des glycomes (par
exemple, le glycome humain abordé au Chapitre 47).
Lipidomique : Le lipidome est l’ensemble des lipides d’un
organisme. La lipidomique est l’étude approfondie des structures
et des fonctions de tous les composants du lipidome et de leurs
interactions, dans l’état normal ou pathologique.
Métabolomique : Le métabolome est l’ensemble des métabolites (les
petites molécules participant au métabolisme) d’un organisme.
La métabolomique est l’étude approfondie de leurs structures, de
leurs fonctions et de leurs changements dans différentes
conditions métaboliques.
Nanotechnologies : Développement et utilisation en médecine et
dans d’autres domaines d’appareils (comme des nanocapsules,
voir le glossaire du Chapitre 55) qui ont une taille de seulement
quelques nanomètres (10–9m = 1 nm).
Nutrigénomique : C’est l’étude systématique des effets des aliments
sur l’expression génétique mais aussi des effets de la variabilité
génétique sur l’utilisation des aliments.
Pharmacogénomique : Elle utilise l’information et les techniques
de la génomique pour optimiser la découverte et le
développement de cibles pharmacologiques et de médicaments
(voir au Chapitre 54).
Protéomique : Le protéome est l’ensemble des protéines d’un
organisme. La protéomique est l’étude systématique des
structures et des fonctions des protéomes, y compris de leurs
variations physiologiques et pathologiques (voir au Chapitre 4).
Thérapie génique : Elle consiste à utiliser des gènes modifiés par
génie génétique dans le traitement de diverses maladies (voir au
Chapitre 39).
Transcriptomique : Le transcriptome est l’ensemble des ARN
transcrits à partir du génome à un instant donné. La
transcriptomique est l’étude exhaustive de l’expression génique
au niveau de l’ARN (voir notamment le Chapitre 36, mais
d’autres également).
 2
C h a p I T R E

Eau et pH
Peter J. Kennely, PhD et Victor W. Rodwell, PhD

O B J E C T i f s ■ De décrire les propriétés de l’eau responsables de sa tension superficielle, de

sa viscosité, de son état liquide à température ambiante et de son pouvoir de
L’étude de ce chapitre solvant.
vous permettra : ■ D’utiliser des formules structurales pour représenter différents composés
organiques servant de donneurs ou d’accepteurs de liaisons hydrogène.
■ D’expliquer le rôle de l’entropie dans l’orientation, dans un environnement
aqueux, des régions polaires et non polaires des macromolécules.
■ D’indiquer les contributions quantitatives des ponts salins, des interactions
hydrophobes et des forces de van der Waals dans la stabilité des
macromolécules.
■ D’expliquer la relation du pH avec l’acidité, l’alcalinité et les déterminants
quantitatifs qui caractérisent les acides faibles ou forts.
■ De calculer la variation de pH consécutive à l’addition d’une quantité donnée
d’un acide ou d’une base dans une solution tamponnée.
■ De décrire ce que font les tampons, leur mode d’action et les conditions dans
lesquelles un tampon est le plus efficace, que ces conditions soient
physiologiques ou non.
■ D’illustrer comment l’équation d’Henderson-Hasselbalch peut servir à calculer
la charge nette d’un polyélectrolyte à un pH donné.
8 CHAPITRE 2  Eau et pH
IMPORTANCE BIOMÉDICALE
L’ eau est le composant chimique prédominant des organismes
vivants. Ses propriétés physiques uniques, dont la capacité de solu­
biliser une large gamme de molécules organiques et inorganiques
découlent de sa structure dipolaire et de son exceptionnelle capa­
cité à former des liaisons hydrogène. La façon dont l’eau interagit
avec une biomolécule solubilisée influence leur structure à toutes
deux. En tant qu’excellent nucléophile, l’eau est un réactif ou un
produit de beaucoup de réactions métaboliques. La régulation de
l’équilibre hydrique dépend des mécanismes hypothalamiques con­
trôlant la soif, de l’hormone antidiurétique (ADH), de la rétention
ou de l’excrétion de l’eau par les reins et des pertes par évaporation.
Le diabète insipide néphrogène, impliquant une incapacité à
con­centrer les urines ou à répondre à des changements subtils de
l’osmolarité du liquide extracellulaire, résulte d’une incapacité des
récepteurs osmorégulateurs des tubules rénaux à répondre à la
présence d’ADH.
L’eau a une légère tendance à se dissocier en ions hydroxyles
et en protons. La concentration en protons, ou acidité des solu­
tions aqueuses est en général exprimée à l’aide d’une échelle loga­
rithmique de pH. Le bicarbonate et d’autres systèmes tampons
maintiennent normalement le pH des fluides extracellulaires
entre 7,35 et 7,45. Les perturbations éventuelles de l’équilibre
acido-basique sont confirmées par mesure du pH du sang artériel
et la teneur en CO2 du sang veineux. Parmi les causes d’acidose
(pH sanguin < 7,35) se trouvent l’acidocétose diabétique et l’aci­
dose lactique. L’ alcalose (pH > 7,45) peut, par exemple, être con­
sécutive au vomissement du contenu acide de l’estomac.
L’ EAU EST un SOLVANT
BIOLOGIQUE IDÉAL
Les molécules d’eau forment des dipôles
La molécule d’eau est un tétraèdre irrégulier, légèrement déporté,
ayant un atome d’oxygène en son centre (Figure 2-1). Les deux
atomes d’hydrogène et les électrons non partagés sur les deux
orbitales sp3 hybridées occupent les sommets du tétraèdre. L’ angle
de 105 degrés entre les deux atomes d’hydrogène est légèrement
inférieur à l’angle tétraédrique parfait de 109,5 degrés. L’ ammo­
niac est également tétraédrique avec un angle de 107 degrés entre
ses atomes d’hydrogène. L’ atome d’oxygène, fortement électroné­
gatif dans l’eau, attire les électrons des noyaux d’hydrogène, leur
conférant une charge positive partielle tandis que ses deux paires
d’électrons non partagées constituent une région de charge néga­
tive locale.
2e
2e
H
105°
H molécules d’eau liées par des liaisons hydrogène. Notons qu’une
FIGURE 2-1  Structure tétraédrique de la molécule d’eau.
Une molécule avec des charges électriques distribuées de
façon asymétrique autour de sa structure est qualifiée de dipôle.
L’ eau fortement dipolaire a une constante diélectrique élevée.
Selon la description quantitative par la loi de Coulomb, la force
d’interaction F entre des particules de charges opposées est inverse­
ment proportionnelle à la constante diélectrique ε du milieu envi­
ronnant. La constante diélectrique dans le vide vaut 1, elle vaut 1,9
pour l’hexane, 24,3 pour l’éthanol et 78,5 pour l’eau. L’ eau diminue
donc fortement les forces d’attraction entre les entités chargées et
polaires par comparaison à des milieux anhydres ayant des con­
stantes diélectriques inférieures. Son fort caractère dipolaire et sa
constante diélectrique élevée permettent à l’eau de dissoudre de
grandes quantités de composés chargés comme les sels.
Les molécules d’eau forment
des liaisons hydrogène
Un noyau d’hydrogène relativement non protégé en raison de sa
liaison covalente à un atome d’oxygène ou d’azote qui attire son
électron, peut interagir avec une paire d’électrons non partagés
d’un autre atome d’oxygène ou d’azote pour former une liaison
hydrogène. Les molécules d’eau présentant ces deux propriétés,
les liaisons hydrogène favorisent l’auto-association des molécules
d’eau en rangs ordonnés (Figure 2-2). Les liaisons hydrogène influ­
encent profondément les propriétés physiques de l’eau et expli­
quent sa viscosité, sa tension superficielle et son point d’ébullition
exceptionnellement élevés. En moyenne, chaque molécule d’eau
liquide est associée à 3,5 autres par des liaisons hydrogène. Ces
liaisons sont en même temps assez faibles et transitoires, avec une
demi-vie de quelques nanosecondes ou moins. La rupture d’une
liaison hydrogène d’eau liquide demande environ 4,5 kcal/mol, soit
moins de 5  % de l’énergie nécessaire pour rompre une liaison
covalente O—H.
Les liaisons hydrogène permettent à l’eau de dissoudre de nom­
breuses biomolécules organiques contenant des groupements fonc­
tionnels capables de participer à des liaisons hydrogène. Les atomes
d’oxygène des aldéhydes, des cétones et des amides fournissent ainsi
des paires d’électrons pouvant servir d’accepteurs d’hydrogène.
Les alcools, les acides carboxyliques et les amines peuvent servir
à la fois d’accepteurs et de donneurs d’atomes d’hydrogène rela­
tivement non protégés pour la formation de liaisons hydrogène
(Figure 2-3).
H H H H
O O H
H H H O
O H O
H O H H
H O
H
FIGURE 2-2  À gauche : Association de deux molécules d’eau par
une liaison hydrogène (ligne pointillée). À droite : Groupe de quatre
molécule d’eau peut servir en même temps de donneur et d’accepteur
d’hydrogène.
 CHAPITRE 2  Eau et pH 9

H TABLEAU 2-1  Énergies de liaison d’atomes d’importance

CH3 CH2 O H O biologique
H
Type Énergie Type de Énergie
de liaison (kcal/mol) liaison (kcal/mol)
H

CH3 CH2 O H O O—O 34 O==O   96

CH2 CH3 S—S 51 C—H   99

C—N 70 C==S 108

R R II
C O H N S—H 81 O—H 110
I III
R R C—C 82 C==C 147

FIGURE 2-3  D’autres groupements polaires participent à la C—O 84 C==N 147

formation de liaisons hydrogène. Formation de liaisons hydrogène
N—H 94 C==O 164
entre un alcool et l’eau, entre deux molécules d’éthanol ainsi qu’entre
l’oxygène d’un groupement carbonyle d’une liaison peptidique
et l’hydrogène d’un groupement amine d’une liaison peptidique
provenant d’un acide aminé adjacent.

Les interactions hydrophobes

L’ INTERACTION AVEC L’ EAU
INFLUENCE LA STRUCTURE
DES BIOMOLÉCULES
Les liaisons, covalentes ou non, stabilisent
les molécules biologiques
La liaison covalente est la plus puissante des forces qui maintien­
nent les molécules ensemble (Tableau 2-1). Les forces non cova­
lentes, bien que d’une magnitude inférieure, contribuent de façon
significative à la structure, la stabilité et à la compétence des
macromolécules dans les cellules vivantes. Ces forces, qu’elles
soient attractives ou répulsives, comprennent des interactions au
sein des biomolécules et avec l’eau qui est le principal composant
du milieu environnant.
Le repliement des biomolécules place
les groupements polaires et chargés
en surface
La plupart des biomolécules sont amphipathiques ou amphiphi-
les, c’est-à-dire qu’elles possèdent des régions riches en groupe­
ments chargés ou polaires et des régions à caractère hydrophobe.
Les protéines ont tendance à se replier avec le groupe R des acides
aminés à chaîne latérale hydrophobe vers l’intérieur. Les acides
aminés à chaîne latérale chargée ou polaire (par exemple : l’arginine,
le glutamate et la sérine) se trouvent généralement en surface, en
contact avec l’eau. Une disposition similaire se retrouve dans les
bicouches phospholipidiques, où les têtes chargées de phosphati­
dyl-sérine ou de phosphatidyl-éthanolamine sont au contact de
l’eau tandis que les chaînes hydrophobes acyles gras se regroupent
en excluant l’eau. Cette disposition optimise les possibilités de for­
mer des interactions de liaison énergétiquement favorables de type
charge-dipôle, dipôle-dipôle et hydrogène entre les groupements
polaires de la biomolécule et l’eau. Cette disposition minimise éga­
lement les contacts défavorables, du point de vue énergétique,
entre l’eau et les groupements hydrophobes.
Le terme d’« interactions hydrophobes » se réfère à la tendance à
l’auto-association de composés non-polaires dans un environne­
ment aqueux. Cette auto-association n’est due ni à l’attraction
mutuelle ni à ce qu’on appelle parfois incorrectement des « liai­
sons hydrophobes ». L’ auto-association minimise l’interruption
des interactions favorables du point de vue énergétique entre les
molécules d’eau environnantes.
Alors que les atomes d’hydrogène de groupements non polai­
res comme les groupements méthylènes des hydrocarbures ne for­
ment pas de liaisons hydrogène, ils affectent la structure de l’eau
qui les entoure. Les molécules d’eau situées à côté d’un groupement
hydrophobe sont restreintes dans le nombre d’orientations (degrés
de liberté) leur permettant d’établir un nombre maximum de
liaisons hydrogène favorables du point de vue énergétique. La
formation optimale de liaisons hydrogène multiples, qui assure
une enthalpie maximale, ne peut être maintenue qu’en augmen­
tant l’ordre des molécules d’eau adjacentes, ce qui s’accompagne
d’une diminution de l’entropie.
Selon la deuxième loi de la thermodynamique, l’énergie libre
optimale d’un mélange eau-hydrocarbure est une fonction du
maximum d’enthalpie (par liaisons hydrogène) et du minimum
d’entropie (degrés maximum de liberté). Aussi, les molécules non
polaires tendent-elles à former des gouttelettes avec un minimum
de surface exposée pour réduire le nombre de molécules d’eau
dont la liberté de mouvement est affectée. Pour la même raison,
dans le milieu aqueux des cellules vivantes, les parties hydro­
phobes des biopolymères ont tendance à se trouver enfouies au
sein de la structure de la molécule ou dans une bicouche lipidique
pour minimiser le contact avec l’eau.
Les interactions électrostatiques
Les interactions entre groupements chargés contribuent à la
forme des biomolécules. Les interactions électrostatiques entre
des groupements de charges opposées au sein d’une biomolécule
ou entre deux d’entre elles sont appelées ponts salins ou liaisons
salines. Les ponts salins ont une force comparable à celle des liai­
sons hydrogène mais sont capables d’agir à plus longue distance.
C’est pourquoi ils facilitent souvent la liaison de molécules chargées
et d’ions, aux protéines et aux acides nucléiques.
10 CHAPITRE 2  Eau et pH

0,50 dits électrophiles. Les nucléophiles et les électrophiles ne possè­

Énergie d’interaction (kcal ∙ mol–1) dent pas forcément une charge formelle négative ou positive.
0,25 L’ eau, avec ses deux paires d’électrons sp3 disponibles, qui renfer­
ment une charge négative partielle (Figure 2-1), est un excellent
0
nucléophile. Parmi les autres nucléophiles importants du point de
vue biologique, citons : les atomes d’oxygène des phosphates, des
A alcools et des acides carboxyliques, le soufre des thiols, l’azote des
–0,25
amines et le cycle imidazole de l’histidine. Les électrophiles cou­
rants comprennent les atomes de carbone des groupements car­
–0,50
bonyles des amides, des esters, des aldéhydes et des cétones, et les
3,0 4,0 5,0 6,0 7,0 8,0 atomes de phosphore des phosphoesters.
R (Å) L’ attaque nucléophile par l’eau entraîne généralement le cli­
vage de liaisons amides, glycosidiques ou esters qui assurent la
FIGURE 2-4  La force des interactions de van der Waals varie cohésion des biopolymères. Il s’agit d’une réaction d’hydrolyse.
avec la distance, R, entre les espèces en interaction. La force de
Inversement, quand des unités monomériques sont assemblées
l’interaction entre les espèces augmente lorsque la distance entre elles
diminue, jusqu’à ce qu’elle atteigne la distance de contact de van der
pour former un biopolymère comme une protéine ou du glycogène,
Waals (flèche annotée d’un A). La répulsion due à l’interaction entre il y a production d’eau comme cela est illustré ci-dessous dans le
les électrons de chacun des atomes de la molécule intervient alors. cas d’une liaison peptidique entre deux acides aminés.
Bien que les interactions de van der Waals prises isolément soient
extrêmement faibles, leur effet cumulé est néanmoins important pour
des macromolécules comme l’ADN et les protéines où de nombreux
atomes sont en contact étroit.

Les forces de van der Waals

Elles résultent de l’attraction entre des dipôles transitoires générés
par le mouvement rapide des électrons au niveau de tous les atomes
neutres. Elles sont significativement plus faibles que les liaisons
hydrogène mais potentiellement extrêmement nombreuses. Elles
décroissent comme la puissance six de la distance entre les
atomes (Figure 2-4). Elles agissent donc à très faible distance, en
général de l’ordre de 2 à 4 Å.

De nombreuses forces stabilisent

les macromolécules biologiques
La double hélice d’ADN illustre la contribution des diverses forces
à la structure des macromolécules biologiques. Alors que les ato­
mes de chaque brin d’ADN sont assemblés par des liaisons cova­
lentes, les deux brins tiennent ensemble uniquement grâce à
des  interactions non covalentes. Ces dernières comportent des
liaisons hydrogène entre les bases des nucléotides (appariements
de bases Watson-Crick) et des interactions de van der Waals entre
les bases puriques et pyrimidiques empilées. La double hélice
expose les groupements phosphates chargés et les groupements
hydroxyles polaires des molécules de riboses de son squelette, au
contact de l’eau alors que les bases relativement hydrophobes des
nucléotides sont enfouies à l’intérieur. L’ étirement du squelette
augmente au maximum la distance entre les charges négatives des
phosphates, minimisant ainsi les inter­actions électrostatiques
défavorables.
L’ EAU EST UN EXCELLENT
NUCLÉOPHILE
Les réactions métaboliques impliquent souvent l’attaque de paires
d’électrons disponibles situées sur des molécules riches en élec­
trons, dites nucléophiles, sur des atomes pauvres en électrons
Bien que l’hydrolyse soit une réaction thermodynamiquement
favorable, les liaisons amide et phosphoester des polypeptides et
des oligonucléotides sont stables dans le milieu aqueux cellulaire.
Ce paradoxe apparent reflète le fait que les règles thermodynami­
ques qui régissent l’équilibre d’une réaction n’influencent pas la
vitesse de celle-ci. Dans la cellule, des protéines catalyseurs, les
enzymes, augmentent la vitesse des réactions d’hydrolyse quand
c’est nécessaire. Les protéases catalysent l’hydrolyse des protéines
en leurs composants élémentaires, les acides aminés, tandis que
les nucléases catalysent l’hydrolyse les liaisons phosphoesters de
l’ADN ou de l’ARN. Un contrôle strict de l’activité de ces enzymes
est nécessaire pour qu’elles n’agissent que sur des cibles moléculai­
res appropriées et au bon moment.
De nombreuses réactions métaboliques
impliquent le transfert d’un groupement
Dans de nombreuses réactions enzymatiques de synthèse ou de
dégradation de biomolécules, il y a transfert d’un groupement G,
d’un donneur D à un accepteur A, pour aboutir à la formation
d’un complexe accepteur A-G :
D−G + a  a −G + D

L’hydrolyse et la phosphorolyse du glycogène, par exemple,
impliquent le transfert de groupements glycosyles sur une molé­
cule d’eau ou d’orthophosphate. La constante d’équilibre des réac­
tions d’hydrolyse de liaisons covalentes favorise fortement la
formation des produits de scission. Inversement, dans de nom­
breux cas, les réactions de transfert de groupements lors de la
biosynthèse de macromolécules impliquent la formation de liai­
sons covalentes, défavorable du point de vue thermodynamique.
Les catalyseurs enzymatiques jouent un rôle critique pour franchir
cette barrière, par leur capacité de couplage entre deux réactions
normalement distinctes. Le couplage d’une réaction de transfert
de groupe défavorable du point de vue énergétique à une réaction
thermodynamiquement favorable, comme l’hydrolyse d’ATP, génère
une nouvelle réaction couplée dont la variation globale d’énergie
libre est en faveur de la synthèse du biopolymère.
Étant donné le caractère nucléophile de l’eau, et sa forte con­
centration dans les cellules, comment expliquer la relative stabi­
lité des biopolymères comme les protéines et l’ADN, et comment
leur synthèse peut-elle s’effectuer en milieu aqueux, apparem­
ment favorable à l’hydrolyse ? Les propriétés des enzymes sont la
clef de l’énigme. En l’absence de catalyse enzymatique, même les
réactions fortement favorables, d’un point de vue thermodyna­
mique, ne se produisent pas forcément rapidement. Un contrôle
précis et différentiel de l’activité des enzymes ainsi que leur
séquestration dans des organites spécifiques déterminent les con­
ditions physiologiques dans lesquelles un biopolymère donné sera
synthétisé ou dégradé. Les polymères nouvellement synthétisés ne
sont pas immédiatement hydrolysés, grâce au fait que les sites actifs
des enzymes biosynthétiques séquestrent leurs substrats dans un
environnement dont l’eau peut être exclue.
Les molécules d’eau ont une légère tendance,
physiologiquement importante, à se dissocier
La capacité d’ionisation de l’eau, bien que faible, est d’une impor­
tance biologique capitale. Comme l’eau peut agir à la fois comme
acide et comme base, son ionisation peut être représentée par le
transfert intermoléculaire d’un proton, pour former un ion
hydronium (H3O+) et un ion hydroxyle (OH–) :
H2O + H2O  H3O + + OH−
Le proton transféré est en réalité associé à un groupe de molécules
d’eau. Les protons se trouvent en solution non seulement sous
forme de H3O+, mais aussi sous forme de molécules multimé­ri­
ques de type H5O2+ ou H7O3+. On a pourtant l’habitude de représen­
ter ce proton par « H+ », bien qu’il soit en fait fortement hydraté.
Comme les ions hydronium et hydroxyle se réassocient con­
tinuellement pour former des molécules d’eau, on ne peut affirmer
si un atome individuel d’hydrogène ou d’oxygène est présent sous
forme d’ion ou bien s’il fait partie d’une molécule d’eau. À un
instant donné, il existe sous forme d’ion et l’instant d’après il fait
partie d’une molécule d’eau. Aussi ne considère-t-on pas des ions
ou des molécules individuelles. On considère en fait la probabilité
qu’à un instant donné un atome d’hydrogène donné soit présent
sous forme d’ion ou intégré à une molécule d’eau. Puisqu’un
gramme d’eau contient 3,46 × 1022 molécules, l’ionisation de l’eau
peut être décrite en termes statistiques. Dire que la probabilité qu’a
un atome d’hydrogène d’exister sous forme d’ion est de 0,01 signi­
fie qu’un atome d’hydrogène a une chance sur 100 d’être un ion et
99 chances sur 100 de se retrouver dans une molécule d’eau. La
CHAPITRE 2  Eau et pH 11
probabilité réelle qu’a un atome d’hydrogène dans l’eau pure
d’exister sous forme d’ion est approximativement de 1,8  ×  10–9.
Par conséquent, la probabilité qu’il a de faire partie d’une molécule
est donc proche de 1. Ceci peut s’énoncer d’une autre façon : pour
chaque ion hydrogène et pour chaque ion hydroxyle dans l’eau
pure, il y a 1,8 milliards, soit 1,8  ×  109, molécules d’eau. Néan­
moins, les ions hydrogène et hydroxyle contribuent de façon sig­
nificative aux propriétés de l’eau.
La dissociation de l’eau s’exprime ainsi :
⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣OH− ⎤⎦
K =
[H2O]
où les termes entre crochets représentent les concentrations
molaires (plus exactement les activités molaires) et K, la cons­tante
de dissociation. Comme une mole (mol) d’eau pèse 18 g. Un litre
(L), soit 1000 g d’eau, contient donc, 1000/18 = 55,56 moles. Par
con­séquent, la concentration molaire de l’eau pure est de 55,56.
Comme la probabilité qu’un hydrogène existe dans l’eau pure sous
forme d’ion H+ est de 1,8 × 10–9, la concentration molaire des ions
H+ (ou des ions OH–) dans l’eau pure se calcule en multipliant la
pro­babi­lité, 1,8  ×  10–9, par la concentration molaire de l’eau,
55,56 mol/L. Le résultat est de 1,0 × 10–7 mol/L.
Nous pouvons maintenant calculer la valeur de K pour l’eau
pure
⎡⎣H + ⎤⎦ ⎡⎣OH − ⎤⎦ ⎡⎣10 −7 ⎤⎦ ⎡⎣10 −7 ⎤⎦
K = =
[H 2O ] [55.56]
= 0.018 × 10 −14 = 1.8 × 10 −16 mol/L
La concentration molaire de l’eau (55,56  mol/L) est trop forte
pour être significativement modifiée par la dissociation. Par
conséquent, il est pratique de la considérer comme une constante.
Cette constante peut donc être intégrée à la constante de dissocia­
tion, K, donnant ainsi une nouvelle constante, Kw, appelée pro-
duit ionique de l’eau. La relation entre Kw et K est la suivante :
⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣OH− ⎤⎦
K = = 1.8 × 10 −16 mol/L
[H2O]
K w = (K ) [H2O ] = ⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣OH− ⎤⎦
( )
= 1.8 × 10 −16 mol/L (55.56 mol/L )
2
= 1.00 × 10 −14 (mol/L )
On notera que K est exprimée en moles par litre alors que Kw est
en moles2 par litre2. Comme son nom l’indique, le produit ioni­
que Kw est numériquement égal au produit des concentrations
molaires d’H+ et d’OH– :
K w = ⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣OH− ⎤⎦
À 25 °C, Kw =  (10–7)2, c’est-à-dire 10–14 (mol/L)2. Aux températu­
res inférieures à 25 °C, la valeur de Kw  est légèrement plus petite
que 10–14, et aux températures supérieures à 25 °C, elle est légère­
ment plus grande que 10–14. Si l’on néglige ces effets de la tempé­
rature, Kw  =  10–14 (mol/L)2 pour toutes les solutions aqueuses,
même celles qui contiennent des acides ou des bases. Nous utili­
serons cette constante Kw dans le calcul des valeurs du pH des
solutions acides ou basiques.
12 CHAPITRE 2  Eau et pH
LE pH EST LE LOG NÉGATIF
DE LA CONCENTRATION EN IONS
HYDROGÈNE
En 1909, Sörensen a introduit la dénomination de pH, qu’il défi­
nit comme la valeur négative du logarithme de la concentration
en ions hydrogène :
pH = − log ⎡⎣H+ ⎤⎦
Cette définition, bien que non rigoureuse, est suffisante pour la
plupart des usages en biochimie. Ainsi, pour calculer le pH d’une
solution :
1. Calculer la concentration des ions hydrogène, [H+].
2. Calculer le logarithme en base 10 de [H+].
3. Le pH est la valeur négative de celle trouvée à l’étape 2.
Par exemple, pour l’eau pure à 25 °C,
pH = – log [H+] = – log 10–7 = -(-7) = 7,0
Cette valeur est également appelée power (en anglais), puissance
(en français) ou potenz (en allemand) de l’exposant, d’où l’utilisa­
tion du symbole « p ».
Des valeurs de pH faibles correspondent à des concentrations
élevées en H+ et les valeurs de pH élevées à des concentrations
faibles en H+.
Les acides sont des donneurs de protons et les bases sont des
accepteurs de protons. Les acides forts (par exemple : HCl, H2SO4)
se dissocient totalement en anions et en cations, même dans des
solutions fortement acides (à pH faible). Les acides faibles ne se
dissocient que partiellement dans des solutions acides. De même,
les bases fortes (par exemple KOH, NaOH) au contraire des bases
faibles (par exemple : Ca[OH]2), sont totalement dissociées même
à pH élevé. De nombreux composés biochimiques sont des acides
faibles. Parmi les exceptions, notons les intermédiaires phospho­
rylés dont le groupement phosphoryle possède deux protons
dissociables, dont le premier est fortement acide.
Les exemples suivants illustrent la façon de calculer le pH des
solutions acides et des solutions basiques.
Exemple 1 : Quel est le pH d’une solution dont la concentra­
tion en ions hydrogène est de 3,2 × 10–4 mol/L ?
pH = – log [H+]
= – log (3,2 × 10–4)
= – log (3,2) – log(10–4)
= – 0,5 + 4,0
= 3,5
Exemple 2 : Quel est le pH d’une solution dont la concentra­
tion en ions hydroxyles est de 4,0 × 10–4 mol/L ? Pour aborder ce
problème, il faut d’abord définir une quantité, pOH, qui est égale
à –log[OH–] et qui peut être dérivée de la définition de Kw :
Kw = [H+][OH–] = 10–14
Donc :
log [H+] + log [OH–] = log 10-14
Ou encore
pH + pOH = 14
Pour résoudre le problème par cette approche, on calcule pOH :
[OH–] = 4,0 × 10–4
pOH = – log [OH–]
= – log (4,0 × 10–4)
= – log (4,0) – log (10–4)
= – 0,60 + 4,0
= 3,4
Donc :
pH = 14 – pOH = 14 – 3,4
= 10,6
Les exemples ci-dessus illustrent comment l’échelle loga­
rithmique de pH facilite la notation et la comparaison des con­
centrations en ions hydrogène différant de plusieurs ordres de
grandeurs, à savoir 0,00032 M (à pH 3,5) contre 0,000000000025 M
(à pH 10,6).
Exemple 3 : Quelles sont les valeurs de pH de (a) KOH à
2,0 × 10–2 mol/L et de (b) KOH à 2,0 × 10–6 mol/L ? Les OH– pro­
viennent de deux sources distinctes : KOH et l’eau. Comme le pH
est déterminé par la concentration [H+] totale (et le pOH par la
concentration [OH–] totale), il faut tenir compte des deux sour­
ces. Dans le premier cas (a), la contribution de l’eau à [OH–] totale
est négligeable. On ne peut pas en dire autant dans le deuxième
cas (b) :
Concentration (mol/L)
(a) (b)
  Molarite de KOH 2.0 × 10–2 2.0 × 10–6
  [OH–] due à KOH 2.0 × 10–2 2.0 × 10–6
  [OH–] due à l’eau 1.0 × 10–7 1.0 × 10–7
  [OH–] totale 2.00001 × 10–2 2.1 × 10–6
Dès qu’une décision est retenue quant à l’importance de la contri­
bution de l’eau, le pH peut être calculé comme ci-dessus.
Dans les exemples précédents, on a fait l’hypothèse que la
base forte KOH est complètement dissociée en solution et que la
concentration molaire des ions OH– est alors égale à la concentra­
tion molaire de KOH augmentée de la concentration [OH–] ini­
tialement présente dans l’eau. Cette hypothèse est valable pour les
solutions relativement diluées de bases fortes ou d’acides forts,
mais pas pour les solutions de bases faibles ou d’acides faibles.
Comme ces électrolytes faibles se dissocient peu en solution, il
faut d’abord calculer, en utilisant la constante de dissociation, la
concentration [H+] (ou [OH–]) obtenue pour un acide (ou une
base) à une certaine molarité, avant de calculer la valeur de [H+]
totale (ou celle de [OH–] totale), et par la suite le pH.
Les groupements fonctionnels
qui correspondent à des acides faibles
ont une grande signification physiologique
De nombreux composés biochimiques possèdent des groupe­
ments fonctionnels qui sont des acides faibles ou des bases faibles.
Les groupes carboxyles, amino, ou esters de phosphate, dont le
 CHAPITRE 2  Eau et pH 13

phosphate secondaire se dissocie à pH physiologique, sont pré­ À partir des équations précédentes qui relient Ka à [H+] et aux
sents dans les protéines et les acides nucléiques, ainsi que dans la concentrations de l’acide non dissocié et de sa base conjuguée,
plupart des coenzymes et des métabolites intermédiaires. La notons que lorsque
connaissance du comportement de dissociation des acides et des
bases faibles est donc essentielle à la compréhension de l’influence ⎡⎣R ⎯ COO − ⎤⎦ = [R ⎯ COOH]
du pH intracellulaire sur la structure et sur l’activité biologique de
ces composés. Leur séparation par électrophorèse et chromato­ ou quand
graphie d’échange d’ions est basée sur leur charge et se comprend
donc mieux en la rapportant au comportement de dissociation de [R ⎯ NH2 ] = ⎡⎣R ⎯ NH3+ ⎤⎦
leurs groupements fonctionnels alors
Nous appelons acide la forme protonée d’un acide (par exem­
ple HA ou R—NH3+), et la forme non protonée (comme A– ou Ka = [H+]
R—NH2) est sa base conjuguée. De la même façon, nous pou­
En d’autres termes, quand les espèces associée (protonée) et dis­
vons parler d’une base (comme A– ou R—NH2) et de son acide
sociée (base conjuguée) sont présentes en concentrations égales,
conjugué (HA ou R—NH3+, par exemple). Ci-dessous figurent
la concentration de l’ion hydrogène [H+] est numériquement
quelques acides faibles représentatifs (à gauche), leurs bases
égale à la constante de dissociation Ka. Si on prend le logarithme
conjuguées (au centre), et les valeurs de pKa (à droite) :
des deux membres de l’équation présentée ci-dessus et qu’on les
multiplie par –1, alors les expressions deviennent :
R ⎯ CH2 ⎯ COOH R ⎯ CH2 ⎯ COO − pK a = 4 − 5
+
R ⎯ CH2 ⎯ NH3 R ⎯ CH2 ⎯ NH2 pK a = 9 − 10
H2CO3 HCO 3 −
p K a = 6 ,4 K a = ⎡⎣H+ ⎤⎦

H2PO 4 − HPO 4 − 2 pK a = 7, 2 − log K a = − log ⎡⎣H+ ⎤⎦

La force relative des acides et des bases faibles est exprimée quan­ Puisque, par définition, –log Ka est appelé pKa et que –log [H+] est
titativement par leurs constantes de dissociation. Les expressions le pH, l’équation peut s’écrire sous la forme suivante :
des constantes de dissociation acide (Ka) sont montrées ci-dessous
pour deux acides faibles représentatifs R—COOH et R—NH3+. pKa = pH

R ⎯ COOH � R ⎯ COO − + H+ c’est-à-dire que le pKa d’un groupement acide est le pH pour
lequel les formes protonée et déprotonée sont présentes en
⎡⎣R ⎯ COO − ⎤⎦ ⎡⎣H+ ⎤⎦ concentration égale. Le pKa d’un acide peut être déterminé expé­
Ka =
[R ⎯ COOH] rimentalement par l’addition de 0,5 équivalent de base par équi­
valent d’acide. Le pH obtenu correspond au pKa de cet acide.
R ⎯ΝΗ 3 + � R ⎯ΝΗ 2 + H+
[R ⎯ΝΗ 2 ] ⎡⎣H+ ⎤⎦
Ka = Le comportement des acides faibles
⎡⎣R ⎯ΝΗ 3 + ⎤⎦
et des tampons est décrit par l’équation
Comme les valeurs numériques de Ka pour les acides faibles sont d’Henderson-Hasselbalch
des nombres exponentiels négatifs, il est justifié d’exprimer Ka La dérivée de l’équation d’Henderson-Hasselbalch est donnée
sous forme de pKa, où ci-dessous.
Un acide faible s’ionise comme suit :
pKa = – log Ka
HA � H+ + A −
Notons que le pKa est relié à Ka de la même façon que le pH est relié
à [H+]. Plus l’acide est fort, plus la valeur de son pKa est faible. La constante d’équilibre de cette dissociation s’écrit :
Le pKa sert à exprimer la force relative, aussi bien des acides ⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣A − ⎤⎦
que des bases. Chaque acide faible, possède une base forte conju­ Ka =
guée. De même, chaque base forte a un acide faible conjugué. La [HA ]
force relative des bases est exprimée par le pKa de leurs acides Par produits croisés on obtient
conjugués. Dans le cas de composés polyprotiques, qui contien­
nent plusieurs protons dissociables, on assigne un indice numéri­ ⎡⎣H+ ⎤⎦ ⎡⎣A − ⎤⎦ = K a [HA ]
que à chacun, cet indice correspond à l’ordre décroissant d’acidité.
Pour une dissociation du type : On divise des deux côtés par [A–] :

R ⎯ NH3+ → R ⎯ NH2 + H+ [HA ]

⎡⎣H+ ⎤⎦ = K a −
le pKa est le pH auquel la concentration de l’acide R—NH3+ est ⎡⎣A ⎤⎦
égale à celle de la base R—NH2.
14 CHAPITRE 2  Eau et pH

On prend le log des deux côtés : 1,0 1,0

mEq d’alcali ajouté par mEq d’acide

⎛ [HA ] ⎞ 0,8 0,8
log ⎡⎣H+ ⎤⎦ = log ⎜ K a − ⎟

Charge nette
⎝ ⎡⎣A ⎤⎦ ⎠ 0,6 0,6

[HA ] 0,4 0,4

= log K a + log
⎡⎣A − ⎤⎦
0,2 0,2
On multiplie les deux côtés par –1 :
0 0
[HA ] 2 3 4 5 6 7 8
− log ⎡⎣H+ ⎤⎦ = − log K a − log
⎡⎣A − ⎤⎦ pH

En substituant –  log[H+] par pH et – logKa par pKa, on obtient FIGURE 2-5  Courbe de titrage d’un acide de type HA. Le gros
alors : point au centre de la courbe indique un pKa de 5,0.

[HA ]
pH = pK a − log
⎡⎣A − ⎤⎦
Puis, pour enlever le signe négatif, il faut inverser le dernier sévère. Le maintien d’un pH constant fait appel à des tampons
terme, ce qui donne l’équation d’Henderson-Hasselbalch : comme les phosphates, le bicarbonate, et les protéines, qui
acceptent ou libèrent des protons pour résister à des changements
⎡⎣ A − ⎤⎦ de pH. Lors d’expériences utilisant des extraits tissulaires ou des
pH = pK a + log enzymes, le pH est maintenu constant par l’ajout de tampons
[HA ] comme le MES (acide [2-N-morpholino]éthane sulfonique,
L’ équation d’Henderson-Hasselbalch est d’une grande valeur pré­ pKa  6,1), le phosphate secondaire de l’orthophosphate inorga­
dictive dans les équilibres protoniques. Par exemple, nique (pKa2 7,2), l’HEPES (acide N-hydroxyéthyl-pipérazine-N’-
2-éthane sulfonique, pKa 6,8) ou le Tris (tris[hydroxyméthyl]
1. À l’exacte demi neutralisation d’un acide, [A–] = [HA]. Dans ces
aminométhane, pKa 8,3). Le principal critère de choix du tampon
conditions,
est la valeur du pKa par rapport au pH désiré.
⎡⎣A − ⎤⎦ 1 On peut observer l’effet tampon en utilisant un pH mètre lors
pH = pK a + log = pK a + log = pK a + 0 du titrage d’un acide ou d’une base faible (Figure 2-5). On peut
[HA ] 1
aussi calculer le déplacement de pH accompagnant l’addition
Par conséquent, à mi-neutralisation, pH = pKa. d’acide ou de base dans une solution tamponnée. Dans l’exemple
choisi, le pH de la solution tampon (un acide faible de pKa = 5,0
2. Quand le rapport [A–]/[HA] est de 100 : 1, et sa base conjuguée) présente une des quatre valeurs ci-dessous.
Nous allons calculer le déplacement de pH résultant de l’addition
⎡⎣A − ⎤⎦ de 0,1 meq de KOH à 1 meq de chacune des solutions :
pH = pK a + log
[HA ]
pH = pK a + log 100 / 1 = pK a + 2 pH initial 5,00 5,37   5,60    5,86

[A–]initial 0,50 0,70   0,80    0,88

3. Quand le rapport [A–]/[HA] = 1 : 10,
[HA]initial 0,50 0,30   0,20    0,12
pH = pK a + log 1/ 1 0 = pK a + ( −1)
([A ]/[HA])initial
–
1,00 2,33   4,00    7,33
Si on calcule l’équation pour plusieurs valeurs du rapport effet de l’addition de 0,1 meq de KOH
[A–]/[HA], situées entre 103 et 10–3, et que l’on trace le graphe des
valeurs de pH calculées, on obtient la courbe de titrage d’un acide [A–]final 0,60     0,80   0,90    0,98
faible (Figure 2-5). [HA]final 0,40     0,20   0,10    0,02

([A–]/[HA])final 1,50     4,00   9,00 49,0

Les solutions d’acides faibles   log ([A ]/[HA])final
–
0,18     0,60   0,95    1,69
et leurs sels tamponnent les variations de pH
pH final 5,18     5,60   5,95    6,69
Les solutions d’acides ou de bases faibles et leurs conjugués agis­
sent comme des tampons, c’est-à-dire qu’ils ont la capacité de ∆pH 0,18 0,60  0,95    1,69
résister à un changement de pH, après addition d’un acide fort ou
d’une base forte. Comme de nombreuses réactions métaboliques
s’accompagnent de la libération ou de la capture de protons, la Nous observons que le changement de pH par milliéquivalent
plupart des réactions intracellulaires sont tamponnées. Le méta­ d’OH– ajouté dépend de la valeur initiale du pH. La solution
bolisme oxydatif produit du CO2, la forme anhydre de l’acide résiste mieux aux changements de pH aux valeurs de pH voisines
carbonique qui, s’il n’était pas tamponné, produirait une acidose du pKa. L’ efficacité tampon d’une solution d’acide faible et de sa
 CHAPITRE 2  Eau et pH 15

TABLEAU 2-2   Forces relatives d’acides choisis, Les valeurs de pKa dépendent des propriétés
d’importance biologique1 du milieu
Acides monoprotiques Le pKa d’un groupement fonctionnel est également grandement
influencé par le milieu environnant. Le milieu peut augmenter ou
  Formique pK 3,75 diminuer le pKa selon que l’acide non dissocié ou sa base conju­
  Lactique pK 3,86 guée constitue l’espèce chargée. L’ effet de la constante diélectrique
sur le pKa peut être observé en ajoutant de l’éthanol dans de l’eau.
 Acétique pK 4,76 Le pKa d’un acide carboxylique augmente tandis que celui d’une
  Ion ammonium pK 9,25 amine diminue, parce que l’éthanol diminue la capacité de l’eau à
dissoudre une espèce chargée. Les valeurs de pKa des groupements
Acides diprotiques dissociables situés à l’intérieur des protéines sont ainsi profondé­
  Carbonique pK1 6,37 ment affectées par leur environnement local, notamment par la
présence ou l’absence d’eau.
pK2 10,25

  Succinique pK1 4,21

pK2 5,64
RÉSUMÉ
n L’ eau forme des amas reliés par des liaisons hydrogène entre
  Glutarique pK1 4,34 molécules d’eau ou avec des donneurs ou des accepteurs de
pK2 5,41 protons. Les liaisons hydrogène sont responsables de la tension
superficielle, de la viscosité, de l’état liquide à température
Acides triprotiques ambiante et des propriétés de solvant de l’eau.
 Phosphorique pK1 2,15 n Les composés qui contiennent des atomes O ou N peuvent
servir aussi bien de donneurs que d’accepteurs de liaison
pK2 6,82 hydrogène.
pK3 12,38 n Les macromolécules remplacent leurs liaisons hydrogène
intramoléculaires de surface par des liaisons hydrogène avec
  Citrique pK1 3,08 l’eau. Les forces d’entropie font que les macromolécules en
pK2 4,74 solution exposent leurs régions polaires au contact de l’eau et
enfouissent les régions non polaires.
pK3 5,40
n Les ponts salins, les interactions hydrophobes et les forces de
1
Note : Les valeurs du tableau sont les valeurs de pKa (-log de la constante de van der Waals aident à maintenir la structure des molécules.
dissociation) d’acides mono-, di- et tri-protiques.
n Le pH est la valeur négative du logarithme de [H+]. Un pH
faible est caractéristique d’une solution acide et un pH élevé
base conjuguée est maximale dans une gamme de pH corres- d’une solution basique.
pondant à pKa ± 1,0 unité de pH. n La force des acides faibles s’exprime à l’aide du pKa, qui est la
La Figure 2-5 illustre également l’évolution de la charge nette valeur négative du logarithme de la constante de dissociation
sur une molécule d’acide en fonction du pH. Une charge de – 0,5 de l’acide. Les acides forts ont des valeurs de pKa faibles tandis
ne signifie pas qu’une molécule donnée porte une charge par­ que les acides faibles ont des valeurs de pKa élevées.
tielle, mais que la probabilité statistique qu’une molécule donnée n Les tampons s’opposent à un changement de pH lors de la
porte une charge négative unitaire est de 0,5. La prise en compte production ou de la consommation de protons. La capacité
de la charge nette des macromolécules en fonction du pH est à la tampon maximale se situe à une unité de pH de part et d’autre
base des techniques de séparation comme la chromatographie du pKa. Le bicarbonate, l’orthophosphate et les protéines font
d’échange d’ions et l’électrophorèse. partie des tampons biologiques.

La force des acides dépend

de leur structure moléculaire
De nombreux acides biologiquement intéressants possèdent plus
qu’un groupement dissociable. La présence d’une charge négative
au voisinage d’un groupement gêne la libération d’un proton et
augmente le pKa de ce groupement. Cela est illustré par les
valeurs de pKa des trois groupements dissociables de l’acide phos­
phorique et de l’acide citrique (Tableau 2-2). Les effets des char­
ges voisines diminuent avec la distance. Le second pKa de l’acide
succinique, qui possède deux groupements méthylènes entre ses
groupements carboxyles, est de 5,6, alors que le second pKa de
l’acide glutarique, qui possède un groupement méthylène de plus,
vaut 5,4.
RÉFÉRENCES
Reese KM : Whence came the symbol pH. Chem & Eng News 2004 ;
82 : 64.
Segel IM : Biochemical Calculations. Wiley, 1968.
Skinner JL : Following the motions of water molecules in aqueous
solutions. Science 2010 ; 328 : 985.
Stillinger FH : Water revisited. Science 1980 ; 209 : 451.
Suresh SJ, Naik VM : Hydrogen bond thermodynamic properties
of water from dielectric constant data. J Chem Phys 2000 ; 113 :
9727.
Wiggins PM : Role of water in some biological processes. Microbiol
Rev 1990 ; 54 : 432.
 p a r t i e
STRUCTURES ET

I fonctions DES PROTÉINES

ET DES ENZYMES

3
C h a p I T R E

Les acides aminés

et les peptides
Peter J. Kennely, PhD et Victor W. Rodwell, PhD

O B J E C T i f s ■ De nommer les 20 acides aminés présents dans les protéines et de dessiner

leurs structures
L’étude de ce chapitre ■ D’écrire les symboles à trois lettres et à une lettre de chacun des acides aminés
vous permettra : courants
■ De donner la liste des groupements ionisables des acides aminés courants
ainsi que leurs valeurs de pKa.
■ De calculer le pH d’une solution aqueuse non tamponnée d’un acide aminé
polyfonctionnel et la variation de pH consécutive à l’addition d’une quantité
donnée d’acide fort ou de base forte.
■ De définir le pI et sa relation avec la charge nette d’un électrolyte polyfonctionnel.
■ D’expliquer comment on peut utiliser le pH, le pKa et le pI pour prédire la
mobilité d’un polyélectrolyte, comme un acide aminé, dans un champ
électrique dû à un courant continu.
■ De décrire la contribution de chaque type de groupe R des acides aminés
courants à leurs propriétés chimiques.
■ De décrire la polarité, la nomenclature et la structure des peptides.
■ D’identifier la liaison dans un peptide qui présente un caractère partiel de
double liaison et ses conséquences sur la conformation dans un peptide.
■ D’identifier dans la chaîne principale d’un peptide, les liaisons capables de
rotation libre et les lettres grecques utilisées pour les désigner.
18 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes
IMPORTANCE BIOMÉDICALE
Outre leur fonction de fournir les unités monomériques à partir
desquelles les longues chaînes polypeptidiques de protéines sont
construites, les acides aminés α-l et leurs dérivés participent à des
fonctions cellulaires aussi variées que la transmission nerveuse, et
la biosynthèse des porphyrines, des purines, des pyrimidines et
de l’ urée. De petits polymères d’ acides aminés, appelés peptides,
ont des rôles importants dans le système neuroendocrinien, comme
hormones, facteurs de libération des hormones, neuromodula-
teurs ou neurotransmetteurs. L’ être humain, ainsi que d’ autres
animaux supérieurs sont incapables de synthétiser 10 des 20 acides
aminés courants de série α-l en quantité suffisante pour permet-
tre la croissance juvénile ou pour maintenir l’ adulte en bonne
santé. L’ alimentation humaine doit donc contenir des quantités
appropriées de ces acides aminés essentiels du point de vue nutri-
tionnel. Alors que les protéines ne contiennent que des acides
aminés α-l, les micro-organismes utilisent abondamment des aci-
des aminés α-d. Bacillus subtilis, par exemple, sécrète un mélange
de d-méthionine, de d-tyrosine, de d-leucine et de d-tryptophane
pour déclencher le désassemblage du biofilm, et Vibrio cholerae
incorpore de la d-leucine et de la d-méthionine dans le composant
polypeptidique de sa couche de peptidoglycanne. De nombreuses
bactéries élaborent des peptides qui contiennent des acides ami-
nés α-d et α-l. Plusieurs de ces peptides ont des propriétés théra-
peutiques d’ antibiotiques comme la bacitracine et la gramicidine A
ou encore d’ agents antitumoraux comme la bléomycine. D’ autres
peptides microbiens sont toxiques. Les peptides de cyanobacté-
ries comme la microcystine et la nodularine sont mortels à haute
dose, tandis que de faibles doses provoquent la formation de
tumeurs hépatiques.
PROPRIÉTÉS DES ACIDES AMINÉS
Le code génétique spécifie 20 acides aminés α-l
Sur plus de 300 acides aminés rencontrés dans la nature, seuls 20
d’ entre eux constituent les unités monomériques prépondérantes
des protéines. En principe, un code génétique à 3 lettres non
redondant pourrait coder bien plus que 20 acides aminés, plu-
sieurs acides aminés sont spécifiés par plusieurs codons (voir
Tableau 37-1). La redondance du code génétique universel limite
les codons disponibles aux 20 acides aminés α-L dont la liste est
donnée dans le Tableau 3-1. Deux séries d’ abréviations compor-
tant une ou trois lettres pour chaque acide aminé sont utilisées
pour symboliser les acides aminés des peptides et des protéines
(Tableau 3-1). Certaines protéines contiennent des acides aminés
supplémentaires obtenus par modification d’ un acide aminé déjà
intégré dans un peptide. On peut citer la conversion de peptidyl-
proline ou -lysine en 4-hydroxyproline et en 5-hydroxylysine,
la  con­version du peptidyl-glutamate en γ-carboxyglutamate ou
encore la méthylation, la formylation, l’ acétylation, la prénylation
ou la phosphorylation de certains résidus aminoacyles. Ces modi-
fications augmentent la diversité biologique des protéines en
modifiant leur solubilité, leur stabilité et les interactions avec
d’ autres protéines.
La sélénocystéine, le 21e acide aminé
de série α-l ?
La sélénocystéine est un acide aminé α-l présent dans des protéi-
nes de tous les domaines du monde vivant. Les êtres humains
possèdent environ deux dizaines de sélénoprotéines, parmi les-
quelles, certaines peroxydases et réductases, la sélénoprotéine P
qui circule dans le plasma, et les iodothyronine désiodases res-
ponsables de la conversion de la thyroxine (T4) une prohormone,
en hormone thyroïdienne, la 3,3’5-triiodothyronine (T3) (Chapi-
tre 41). Comme le nom l’ indique, un atome de sélénium remplace
le soufre de son analogue structural, la cystéine. Le pK3 de la sélé-
nocystéine vaut 5,2 et se situe 3 unités en dessous de celui de la
cystéine. Au contraire d’ autres acides aminés non usuels, la séléno-
cystéine n’ est pas produite par une modification post-traduction-
nelle. Elle est au contraire insérée directement dans les chaînes
polypeptidiques en croissance au moment de leur traduction, on
a l’ habitude de la qualifier de « 21e acide aminé ». Cependant, con­
trairement aux 20 autres acides aminés spécifiés par le code géné-
tique, la sélénocystéine est spécifiée par un élément génétique bien
plus grand et plus complexe qu’ un simple codon de trois lettres
(voir le Chapitre 27).
Seuls les acides aminés α- l
sont rencontrés dans les protéines
À l’exception de celui de la glycine, le carbone α des acides aminés
est chiral. Bien que les acides aminés de certaines protéines soient
dextrogyres et d’autres lévogyres, tous ont la configuration absolue
du l-glycéraldéhyde et sont donc ainsi définis comme des acides
aminés α-l. Plusieurs acides aminés α-l libres jouent des rôles
importants dans des processus métaboliques. On peut citer l’orni-
thine, la citrulline et l’arginosuccinate qui participent à la synthèse
de l’urée, la tyrosine impliquée dans la formation des hormones
thyroïdiennes et le glutamate permettant la synthèse de neuro-
transmetteurs. Les acides aminés de série d présents naturellement
comportent de la d-sérine et du d-aspartate dans le tissu cérébral,
de la d-alanine et du d-glutamate dans la paroi de bactéries gram-
positives. On trouve également des acides aminés de série d dans
certains peptides et antibiotiques produits par des bactéries, des
fungi, des reptiles et d’autres espèces non-mammaliennes.
Les acides aminés peuvent avoir une charge
nette positive, négative ou nulle
Les formes chargée et non-chargée des groupements d’acides
faibles ionisables —COOH et —NH3+ existent en solution sous
forme d’un équilibre protonique :
R ⎯ COOH  R ⎯ COO − + H+
R ⎯ NH3+  R ⎯ NH2 + H+
Bien que R—COOH et R—NH3+ soient tous deux des acides fai-
bles, R—COOH est un acide bien plus fort que R—NH3+. Au pH
physiologique (pH 7,4), les groupements carboxyles sont prati-
quement entièrement sous forme R—COO– et les groupements
amines sont essentiellement sous forme R—NH3+. La Figure 3-1
illustre l’effet du pH sur l’état de charge de l’acide aspartique.
 CHAPITRE 3  Les acides aminés et les peptides 19

TABLEAU 3-1  Les acides aminés α-l présents dans les protéines
Nom Symbole Structure pK1 pK2 pK3

À chaînes latérales aliphatiques α-COOH α-NH3+ Groupe R

Glycine Gly [G] H CH COO
— 2.4 9.8
+
NH3

Alanine Ala [A] 2.4 9.9

CH3 CH COO—

NH3+

Valine Val [V] H3C 2.2 9.7

CH CH COO—
H3C +
NH3

Leucine Leu [L] H3C 2.3 9.7

CH CH2 CH COO—
H3C +
NH3

Isoleucine Ile [I] CH3 2.3 9.8

CH2
CH CH COO—
CH3 +
NH3

À chaînes latérales hydroxylées (contenant un groupe OH)

Serine Ser [S] CH2 CH COO— 2.2 9.2 environ 13

+
OH NH3

Thréonine Thr [T] CH33 CH CH COO— — 2.1 9.1 environ 13

CH3 CH CH COO—
OH NH33+ +
OH NH3
Tyrosine Tyr [Y] Voir ci-dessous
Voir ci-dessous

À chaînes latérales contenant des atomes de soufre

Cystéine Cys [C] CH2 CH COO— 1.9 10.8 8.3
+
SH NH3

Méthionine Met [M] CH2 CH2 CH COO

— 2.1 9.3
+
S CH3 NH3

À chaînes latérales contenant des groupements acides ou leurs amides

Acide aspartique Asp [D] —

OOC CH2 CH COO— 2.1 9.9 3.9
+
NH3

Asparagine Asn [N] H2N C CH2 CH COO— 2.1 8.8

+
O NH3

Acide glutamique Glu [E] —

OOC CH2 CH2 CH COO— 2.1 9.5 4.1
+
NH3

Glutamine Gln [Q] H2N C CH2 CH2 CH COO— 2.2 9.1

+
O NH3

(suite)
20 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

TABLEAU 3-1  Les acides aminés α-l présents dans les protéines (suite)
Nom Symbole Structure pK1 pK2 pK3

À chaînes latérales basiques α-COOH α-NH3 +

Groupe R

Arginine Arg [R] H N CH2 CH2 CH2 CH COO— 1.8 9.0 12.5

C NH2+ NH3
+

NH2

Lysine Lys [K] CH2 CH2 CH2 CH2 CH COO— 2.2 9.2 10.8

NH3+ NH3+

Histidine His [H] CH2 CH COO— 1.8 9.3 6.0

HN N NH3+

À chaînes latérales contenant des cycles aromatiques

Histidine His [H] voir plus haut

voir plus haut
Phénylalanine Phe [F] 2.2 9.2
CH2 CH COO— —
CH2 CH COO
NH3+ +
NH3

Tyrosine Tyrosine 2.2 9.1 10.1

HO CH2 CH COO—

NH3+

Tryptophane Trp [W] 2.4 9.4

CH2 CH COO—

NH3+
N

Acide iminé

Proline Pro [P] 2.0 10.6

+
N COO—
H2

Les espèces moléculaires qui contiennent un nombre égal de
groupements ionisables de charges opposées, et qui n’ont donc
pas de charge nette, sont dénommées zwitterions. Les acides ami-
nés dans le sang et dans la plupart des tissus devraient donc être
représentés comme en A, ci-dessous.
NH3+ NH2
O– OH
R R
O O
A B
La structure B ne peut pas exister en solution aqueuse, puisqu’à
n’importe quel pH assez bas pour protoner le groupement car-
boxyle, le groupement amine sera également protoné. De même,
à tout pH suffisamment élevé pour permettre la prédominance d’un
groupement amine non chargé, un groupement carboxyle se pré-
sentera sous la forme R—COO–. La représentation B (ci-dessus)
non chargée est néanmoins couramment utilisée pour écrire des
réactions n’impliquant pas d’équilibre protonique.
Les valeurs de pKa expriment la force
des acides faibles
La force relative des acides faibles est exprimée par leur pKa. Pour
les molécules comportant de nombreux protons dissociables, on
désigne le pKa de chaque groupe acide en remplaçant l’indice « a »
par un nombre (Tableau 3-1). Les groupements imidazole de
l’histidine et guanidino de l’arginine existent tous deux sous forme
d’hybrides de résonance avec la charge positive distribuée entre
les deux atomes d’azote de l’histidine ou les trois atomes d’azote de
l’arginine (Figure 3-2). La charge nette d’un acide aminé (la
somme algébrique des groupements qui sont chargés positivement
et négativement) dépend des valeurs de pKa de ses groupements
fonctionnels et du pH du milieu environnant. La capacité de modi-
fier la charge d’un acide aminé ou de ses dérivés en faisant varier
le pH facilite la séparation physique des acides aminés, des pepti-
des et des protéines (voir Chapitre 4).
 CHAPITRE 3  Les acides aminés et les peptides 21

O H+ O H+ O H+ O
OH OH O– O–

pK1 = 2.09 pK2 = 3.86 pK3 = 9.82

NH3+ (α-COOH) NH3+ (β-COOH) NH3+ (— NH3+) NH2
– – –
HO O O O
O O O O

A B C D
Dans un acide fort Autour de pH 3 ; Autour de pH 6–8 ; Dans une base forte
(en dessous de pH 1) ; charge nette = 0 charge nette = –1 (au-dessus de pH 11) ;
charge nette = +1 charge nette = –2

FIGURE 3-1  Équilibres protoniques de l’acide aspartique.

À son pH isoélectrique (pI), un acide aminé
ne porte pas de charge nette
Les zwitterions sont un exemple d’espèces isoélectriques, la forme
d’une molécule qui possède un nombre égal de charges positives
et négatives et qui est donc électriquement neutre. Le pH isoélec-
trique, également appelé pI, est le pH à mi-chemin entre les
valeurs des pKa pour les ionisations situées de part et d’autre de
l’état isoélectrique. Pour un acide aminé comme l’alanine, qui n’a
que deux groupements dissociables, il n’y a pas d’ambiguïté. Le
premier pKa (R—COOH) vaut 2,35 et le second pKa (R—NH3+)
vaut 9,69. Le pH isoélectrique (pI) de l’alaline vaut donc :
pK 1 + pK 2 2,35 + 9,69
pI = = = 6,02
2 2
Pour les acides à plusieurs fonctions acides, le pI est aussi le pH à
mi-chemin entre les valeurs des pKa qui encadrent la forme isoio-
nique. Par exemple, le pI de l’acide aspartique est :
pK 1 + pK 2 2,09 + 3,96
pI = = = 3,02
2 2
Pour la lysine, on calcule le pI de la façon suivante :
pK 2 + pK 3
pI =
2
Les mêmes considérations s’appliquent à tous les acides polypro-
tiques (notamment les protéines), indépendamment du nombre
R R
N H
de groupes dissociables présents. En laboratoire d’analyse, la con­
naissance du pI guide le choix des conditions de séparation électro-
phorétique. Par exemple, l’électrophorèse à pH 7,0 sera capable de
séparer des molécules avec des pI de 6,0 et 8,0 respectivement,
parce que la molécule avec un pI égal à 6 aura une charge nette
positive à pH 7,0 et que celle avec un pI égal à 8 aura une charge
nette négative. Des considérations analogues s’appliquent à la
compréhension des séparations chromatographiques sur des sup-
ports ioniques comme la diéthylaminoéthyl (DEAE) cellulose
(voir Chapitre 4).
Les valeurs de pKa varient en fonction
de l’environnement
L’ environnement d’un groupement dissociable affecte son pKa.
Les valeurs de pKa des groupements R des acides aminés libres en
solution aqueuse (Tableau 3-1) ne fournissent donc qu’une idée
approximative du pKa des mêmes acides aminés au sein de pro-
téines. Un environnement polaire favorise la forme chargée
(R—COO– ou R—NH3+) tandis qu’un environnement non polaire
privilégie la forme non chargée (R—COOH ou R—NH2). Un envi-
ronnement non polaire augmente donc le pKa d’un groupement
carboxyle (qui devient un acide plus faible) tandis qu’il abaisse
celui d’une amine (qui devient un acide plus fort). La présence de
groupements chargés adjacents peut renforcer, ou contrecarrer,
les effets du solvant. Le pKa d’un groupement fonctionnel dépendra
donc de sa localisation au sein d’une protéine donnée. Ces varia-
tions de pKa peuvent atteindre plusieurs unités de pH (Tableau 3-2).
On peut couramment trouver des valeurs de pKa divergeant de
ces valeurs de référence de jusqu’à 3 unités de pH aux sites actifs
d’enzymes. Un exemple extrême est celui d’un acide aspartique
enfoui dans la thiorédoxine dont le pKa, au-dessus de 9, repré-
sente un déplacement de plus de 6 unités de pH !
N H

N N La solubilité des acides aminés reflète

H H leur caractère ionique
Les groupements fonctionnels chargés des acides aminés leur
R R R confèrent une bonne solubilité dans les solvants polaires comme
NH NH NH l’eau et l’éthanol alors qu’ils sont insolubles dans les solvants non
polaires comme le benzène, l’hexane ou l’éther.
C NH2 C NH2 C NH2
Les acides aminés n’absorbent pas dans la partie visible du
NH2 NH2 NH2 spectre lumineux et sont donc incolores. Cependant, la tyrosine,
la phénylalanine et surtout le tryptophane absorbent la lumière
FIGURE 3-2  Hybrides de résonance des formes protonées ultraviolette de longueur d’onde élevée (250-290 nm). Du fait
des groupes R de l’histidine et de l’arginine. qu’il absorbe la lumière ultraviolette environ dix fois plus effica-
22 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

TABLEAU 3-2  Intervalles de valeurs de pKa de groupes ques. Les groupements acides carboxyliques peuvent former des
ionisables dans les protéines esters, des amides et des anhydrides acides. Les groupements
amines peuvent effectuer l’acylation, l’amidation et l’estérification.
Groupe dissociant Valeur de pKa Les groupements —OH et —SH, effectuent l’oxydation et l’estéri-
fication. La réaction la plus importante des acides aminés est la
α-Carboxyle 3,5–4,0
formation de la liaison peptidique (ombrée sur le schéma).
COOH non-α de : Asp ou Glu 4,0–4,8

Imidazole de His 6,5–7,4 +

H 3N O
H
N O–
SH de Cys 8,5–9,0 N
H
O O
OH de Tyr 9,5–10,5
SH
α-Amino 8,0–9,0
Alanyl Cystéinyl Valine
ε-Amino de Lys 9,8–10,4

Guanidinium de Arg ~12,0

cement que la tyrosine ou la phénylalanine, le tryptophane est
responsable de la plus grande partie de l’absorption de lumière
par la plupart des protéines autour de 280 nm.
LES GROUPEMENTS α-R DÉTERMINENT
LES PROPRIÉTÉS DE CHACUN
DES ACIDES AMINÉS
Comme la glycine, le plus petit des acides aminés, peut se loger
dans des régions inaccessibles aux autres acides aminés, on la
trouve souvent dans des régions de forte courbure des peptides.
Les groupements R hydrophobes de l’alanine, de la valine, de la
leucine et de l’isoleucine, et les groupements R aromatiques de la
phénylalanine, de la tyrosine et du tryptophane se trouvent cou-
ramment à l’intérieur des protéines cytosoliques. Les groupe-
ments R chargés des acides aminés basiques ou acides, stabilisent
des conformations spécifiques des protéines via des interactions
ioniques ou des ponts salins. Ces interactions fonctionnent aussi
comme systèmes de « relais de charge » au cours de la catalyse
enzymatique et dans le transport des électrons lors de la respira-
tion mitochondriale. L’ histidine joue un rôle particulier dans la
catalyse enzymatique. Le pKa de son proton imidazolique lui per-
met de fonctionner comme catalyseur basique ou acide à pH
neutre, sans nécessiter aucune modification induite par l’ environ­
nement. Les groupements alcool primaire de la sérine et thioal-
cool primaire (—SH) de la cystéine, sont d’excellents nucléophiles
La séquence des acides aminés détermine
la structure primaire des polypeptides
Le nombre et l’ordre des résidus d’acides aminés d’un polypeptide
constituent sa structure primaire. On appelle résidus aminoacyles,
les acides aminés présents dans un peptide et on remplace le suf-
fixe -ate ou -ine du nom de l’acide aminé libre par –yl (par exemple,
alanyl, aspartyl, tyrosyl). Les peptides sont désignés comme des
dérivés aminoacyles des résidus carboxy terminaux. Par exemple
le tétrapeptide Lys-Leu-Tyr-Gln est appelé lysyl-leucyl-tyrosyl-
glutamine. Le suffixe -ine à la fin de glutamine indique que son
groupement α-carboxyle n’est pas impliqué dans la formation
d’une liaison peptidique.
Les structures peptidiques sont faciles
à représenter
Les préfixes de type tri- ou octa- correspondent à des peptides avec
respectivement trois et huit résidus. Par convention, les peptides
sont écrits avec leur résidu possédant le groupement amine-α libre,
sur la gauche. Pour dessiner un peptide, on utilise une ligne bri-
sée (en zigzag) qui représente la chaîne principale ou squelette.
On ajoute les atomes de la chaîne principale en séquence périodi-
que : l’azote α, le carbone α, et le carbone du groupement carbo-
nyle. On ajoute ensuite un hydrogène à chaque carbone α et à
chacun des azotes de la chaîne, puis un atome d’oxygène à chaque
carbone carbonylique. Enfin, on ajoute les groupements R appro-
priés (ombrés sur le dessin) sur chaque carbone α.
N C Cα N C

et peuvent fonctionner comme tels durant la catalyse enzymati- Cα N C Cα

que. Pourtant, alors que le groupement alcool secondaire de la

O HC H
thréonine est aussi un bon nucléophile, on ne lui connaît pas ce 3
H
rôle dans la catalyse. De plus, les groupements —OH de la sérine, +H N
3 C C N COO–
de la tyrosine et de la thréonine participent également à la régu- C N C C
H H H CH2
lation de l’activité de certaines enzymes dont l’activité catalytique CH2 O
dépend de l’état de phosphorylation de ces mêmes résidus. –
OOC OH

LES GROUPEMENTS FONCTIONNELS Les abréviations de trois lettres reliées par des tirets représentent
sans ambiguïté une structure primaire. Quand on utilise les sym-
DÉTERMINENT LES RÉACTIONS boles à une seule lettre, on omet les tirets.
CHIMIQUES DES ACIDES AMINÉS
Glu - Ala - Lys - Gly - Tyr - Ala
Chaque groupement fonctionnel d’un acide aminé peut partici-
per à chacune des réactions chimiques qui lui sont caractéristi- E A K G Y A
 Mur029_Fig_03-03
Ver # 2
15-09-11
CHAPITRE 3  Les acides aminés et les peptides 23
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Certains peptides contiennent SH

des acides aminés inhabituels O CH2 H
Chez les mammifères, les hormones peptidiques ne renferment
en général que les 20 acides aminés α codés par le code génétique, C CH N
reliés entre eux par des liaisons peptidiques typiques. D’autres CH2 N C CH2
peptides peuvent cependant contenir des acides aminés différents H O COO–
CH2
de ceux des protéines, qui peuvent dériver de ceux des protéines,
ou des acides aminés liés par une liaison peptidique atypique. Par H C NH3+
exemple, le glutamate amino-terminal du glutathion, un tripep-
COO–
tide qui participe au repliement des protéines et au métabolisme
des xénobiotiques (Chapitre 53), est lié à la cystéine par une FIGURE 3-3  Structure du glutathion (γ-glutamyl-cystéinyl-
liaison qui n’est pas de type α-peptidique (Figure 3-3). Le gluta- glycine). Notez la liaison non α-peptidique qui relie Glu à Cys.
mate amino-terminal de l’hor­mone de libération de la thyrotro-
pine (TRH) est cyclisé en acide pyroglutamique et le groupement
carboxyle du résidu prolyle carboxy-terminal est amidé. La tyro- Les forces non-covalentes sont une contrainte
cidine et la gramicidine S sont des antibiotiques peptidiques
cycliques contenant des acides aminés non protéiques, la d-phé- pour la conformation des peptides
nylalanine et l’ornithine. Deux heptapeptides opiacés, la dermo- Le repliement d’un peptide a probablement lieu lors de sa biosyn-
phine et la deltophorine, trouvés dans la peau de grenouilles thèse (voir Chapitre 37). La conformation physiologiquement
arboricoles d’Amérique du sud, contiennent quant à eux de la active reflète les contributions collectives de la séquence d’acides
d-tyrosine et de la d-alanine. aminés, de l’encombrement stérique et des interactions non cova-
lentes (par exemple : les liaisons hydrogène ou des interactions
hydrophobes) entre les résidus. Les conformations courantes ren-
Les peptides sont des polyélectrolytes ferment des hélices α et des feuillets plissés β (voir Chapitre 5).
La liaison peptidique n’est pas chargée, quel que soit le pH phy-
siologique considéré. La formation de peptides à partir d’acides
aminés s’accompagne donc de la perte nette d’une charge positive ANALYSE DU CONTENU EN ACIDES
et d’une charge négative par liaison peptidique formée. Les pepti-
des sont cependant des molécules chargées à pH physiologique
AMINÉS DE MATÉRIELS BIOLOGIQUES
du fait de leurs groupements carboxyle et amine terminaux et, le
La détermination de l’ identité et des quantités de chaque acide
cas échéant, des groupements acides et basiques des groupes R
aminé dans une protéine nécessite l’ hydrolyse préalable des liaisons
des chaînes latérales. Comme pour les acides aminés, la charge
peptidiques par un traitement par l’ acide chlorhydrique, HCl,
nette sur un peptide dépend du pH de son environnement et des
chaud. Il existe différentes méthodes de séparation et d’ identifica-
valeurs de pKa des groupements dissociables.

La liaison peptidique possède un caractère

partiel de double liaison O R′ H H O

0.123 nm
Bien que les peptides soient représentés comme si une liaison sim-
ple reliait l’atome carboxyle α à l’atome d’azote α dans la liaison
121° 122° 0.
peptidique, cette liaison présente en fait un caractère partiel de C C N C 13
2
nm
120°
double liaison : 117°
0.
14 nm
110° 7 53
N C nm C 0.
1 N
120° 120°
–
O O
0.1 nm

C C +
N N H O H R′′ H

H H 0.36 nm

FIGURE 3-4  Paramètres d’une chaîne polypeptidique

Il n’y a donc pas rotation libre autour de la liaison qui relie le
carbone du carbonyle et l’azote d’une liaison peptidique. Par
conséquent, les quatre atomes O, C, N et H d’une liaison peptidi-
que sont dans le même plan. La semi-rigidité imposée de la liaison
peptidique a des conséquences importantes sur la façon dont les
peptides et les protéines se replient pour former des structures
d’ordre supérieur. Les flèches brunes circulaires (Figure 3-4) indi-
quent qu’ il y a rotation libre autour des autres liaisons du sque-
lette du polypeptide.
entièrement étendue. Les quatre atomes de la liaison peptidique sont
coplanaires. Il y a rotation libre possible autour des liaisons reliant le
carbone α avec l’azote α, et avec le carbone α-carbonylique (flèches
brunes). La chaîne polypeptidique étendue est donc une structure
semi-rigide dont les 2/3 des atomes constitutifs de son squelette se
maintiennent dans une relation planaire fixe les uns par rapport aux
autres. La distance entre deux atomes de carbone α consécutifs est de
0,36 nm (3,6 Å). Les distances interatomiques et les angles de liaisons
de valence non équivalents sont aussi indiqués. (Redessiné et reproduit
avec autorisation, d’après Pauling L., Corey L. P., Branson H. R. : « The
structure of proteins : Two hydrogen-bonded helical configurations of
the polypeptide chain ». Proc Natl. Acad Sci. USA 1951 ; 37 :205.)
24 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes
tion des acides aminés provenant d’ un hydrolysat de protéine,
d’ urine ou d’ autres liquides biologiques. L’ une de ces approches
consiste à traiter les acides aminés avec le 6-amino-N-hydroxy-
succinimidyl carbamate, qui forme des dérivés fluorescents pou-
vant être séparés et identifiés en utilisant la chromatographie
liquide à haute pression (voir Chapitre 4). Une autre approche,
qui ne nécessite qu’ un équipement minimum, utilise la chroma-
tographie de partage sur support solide, en général une feuille de
papier filtre (papier chromatographique) ou une fine couche de
cellulose en poudre ou de gel de silice sur un support inerte
(chromatographie en couche mince, ou CCM). Les acides aminés
présents sont séparés par une phase mobile qui contient un
mélange de composés miscibles, polaires et non polaires (par ex.
du n-butanol, de l’ acide formique et de l’ eau). Lors du mouve-
ment ascendant de la phase mobile dans la feuille, ses composés
polaires s’ associent avec les groupements polaires du support. Le
solvant devient ainsi progressivement moins polaire en migrant
vers le haut de la feuille. Les acides aminés se partagent donc entre
une phase stationnaire polaire et une phase mobile moins polaire
(« chromatographie de partage »). Les acides aminés non polaires
(par ex. Leu, Ile) migrent le plus loin car ils sont le plus souvent
dans la phase mobile. Les acides aminés polaires (par ex. Glu, Lys)
parcourent la distance la plus faible à partir du point de dépôt car
ils passent une grande partie du temps dans la phase stationnaire
constituée d’ une couche de molécules de solvant polaire immobi-
lisées du fait de leur association avec le support de cellulose ou de
silice. Après avoir éliminé le solvant par séchage à l’ air, les acides
aminés sont visualisés grâce à la ninhydrine, qui forme des pro-
duits violets avec les acides α-aminés et un adduit jaune avec les
groupements imines de la proline et de l’ hydroxyproline.
RÉSUMÉ
n Seuls les acides aminés l-α sont trouvés dans les protéines,
bien que les acides aminés d et non-α soient aussi présents
dans la nature.
n Tous les acides aminés possèdent au moins deux groupements
fonctionnels faiblement acides, R—NH3+ et R—COOH.
Beaucoup d’autres possèdent également des groupements
fonctionnels faiblement acides supplémentaires (par ex. —OH,
—SH, guanidino ou imidazole).
n Les valeurs des pKa de tous les groupements fonctionnels d’un
acide aminé conditionnent sa charge nette à un pH donné. Le
pI est le pH auquel un acide aminé ne porte pas de charge
nette et ne se déplace donc pas sous l’effet d’un champ
électrique continu.
n Parmi les réactions biochimiques impliquant des acides aminés,
la plus importante est la formation des liaisons peptidiques.
n Les groupes R des acides aminés déterminent leurs fonctions
biochimiques propres. Les propriétés de ces groupes R
permettent une classification en acides aminés : basiques,
acides, aromatiques, aliphatiques ou soufrés.
n Le nom d’un peptide est dérivé de celui du résidu de son
extrémité carboxyle et indique le nombre d’acides aminés qui
le constituent. La structure primaire d’un peptide est sa
séquence en acides aminés en commençant par le résidu
amino-terminal.
n Dans un peptide, le caractère de double liaison partielle de la
liaison entre l’atome de carbone du groupement carbonyle et
l’atome d’azote, place les quatre atomes de la liaison peptidique
dans un même plan et restreint le nombre de conformations
peptidiques possibles.
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Nokihara K, Gerhardt J : Development of an improved automated
gas-chromatographic chiral analysis system : application to
nonnatural amino acids and natural protein hydrolysates.
Chirality 2001 ; 13 : 431.
Papp LV : From selenium to selenoproteins : synthesis, identity,
and their role in human health. Antioxydants Redox Signal
2007 ; 9 ; 775.
Sanger F : Sequences, sequences, and sequences. Annu Rev Biochem
1988 ; 57 : 1.
Stadtman TC : Selenocysteine. Annu Rev Biochem 1996 ; 65 : 83.
Wilson NA, Barbar E, Fuchs JA, et al : Aspartic acid 26 in reduced
Escherichia coli thioredoxin has a pKa greater than 9.
Biochemistry 1995 ; 34 : 8931.
 4
C h a p I T R E

Les protéines :
détermination
de la structure primaire
Peter J. Kennely, PhD et Victor W. Rodwell, PhD

O B J E C T i f s ■ De décrire les nombreuses méthodes de chromatographie couramment

utilisées pour isoler des protéines à partir de matériels biologiques.
L’étude de ce chapitre ■ D’expliquer comment les scientifiques analysent la séquence ou la structure
vous permettra : d’une protéine pour se faire une idée de sa fonction physiologique potentielle.
■ D’énumérer certaines des modifications post-traductionnelles que subissent
les protéines au cours de leur existence et l’influence de telles modifications
sur la fonction et le devenir d’une protéine.
■ De décrire les bases chimiques de la méthode d’Edman de détermination de la
structure primaire
■ De donner trois raisons expliquant que la spectrométrie de masse (MS) ait
largement supplanté les méthodes chimiques de détermination de la structure
primaire des protéines et de détection des modifications post-traductionnelles.
■ D’expliquer pourquoi la spectrométrie de masse permet de détecter des
modifications post-traductionnelles qui ne peuvent pas l’être par séquençage
d’Edman ou par séquençage de l’ADN.
■ De décrire en quoi le clonage de l’ADN et la biologie moléculaire ont rendu la
détermination de la structure primaire des protéines beaucoup plus rapide et
efficace.
■ D’expliquer ce qu’on entend par « protéome » et de citer des exemples de son
importance fondamentale potentielle.
26 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

IMPORTANCE BIOMÉDICALE tant de la médecine moléculaire consiste à identifier des biomar­

Les protéines sont des macromolécules complexes du point de
vue physique et fonctionnel, qui jouent de nombreux rôles essen­
tiels. Ainsi, un réseau de protéines internes, le cytosquelette (Cha­
pi­tre 49), maintient la forme de la cellule et son intégrité physique.
Les filaments d’actine et de myosine forment la machinerie con­
tractile du muscle (Chapitre 49). L’ hémoglobine transporte
l’oxy­gène (Cha­pitre 6), tandis que les anticorps circulants nous
défendent contre les envahisseurs étrangers (Chapitre 50). Les
enzymes catalysent les réactions génératrices d’énergie, synthéti­
sent et dégradent les biomolécules, répliquent et transcrivent les
gènes, effectuent la maturation des ARNm, etc. (Chapitre 7). Des
récepteurs permettent aux cellules de reconnaître les hormones et
d’autres signaux de l’environnement et d’y répondre (Chapitres 41
et 42). Les protéines subissent des changements physiques et
fonctionnels qui reflètent le cycle vital des organismes qui les
contiennent. Une protéine typique prend « naissance » par traduc­
tion (Chapitre 37), elle peut subir différents événements de matu­
ration post-traductionnelle, à savoir : une protéolyse partielle
(Chapitre 9 et 37), des modifications réversibles entre un état actif
et un état inactif grâce à l’intervention de facteurs de régulation
(Chapitre 9), un vieillissement dû à une oxydation, une désami­
dation, etc. (Chapitre 52) jus­­qu’à sa « mort » lorsqu’elle est dégradée
en ses acides aminés cons­titutifs (Chapitre 29). Un objectif impor­
queurs comme des protéines et/ou des modifications de protéines
dont la présence, l’absence ou un défaut est associé à un état phy­
siologique ou pathologique particulier (Figure 4-1).
LES PROTÉINES ET LES PEPTIDES
DOIVENT ÊTRE PURIFIÉS
AVANT ANALYSE
Il est essentiel que la protéine soit hautement purifiée pour pou­
voir étudier en détails ses propriétés physiques et fonctionnelles.
Les cellules contiennent des milliers de protéines différentes, dans
des proportions extrêmement variables de l’une à l’autre. L’ isole­
ment de l’une d’entre elles en quantité suffisante pour l’analyser
représente donc un enjeu difficile qui peut nécessiter l’usage suc­
cessif de nombreuses techniques de purification. La précipitation
sélective exploite les différences de solubilité relative des différen­
tes protéines en fonction du pH (précipitation isoélectrique), de la
polarité (précipitation à l’éthanol ou à l’acétone) ou de la concen­
tration en sels (précipitation en présence de sulfate d’ammonium).
Les séparations chromatographiques séparent les protéines en
fonction de leurs différences : de taille (chromatographie d’exclu­
sion de taille), de charge (chromatographie d’échange d’ions), d’hy­

3' AAAAA 2 Repliement 3 Maturation

5' SH S
mRNA SH S
Val Val
Gln Gln
Phe Ribosome Phe +
2H 2e
−
Asp Asp
Met Met Met-Asp-Phe-Gln-Val
1 Synthèse
4 Modification covalente
(comme, l’acylation des
Trp Phe acides gras)
Gly His
Glu S
Pro Lys Ala
Asn S
lle Thr Cys 8 « Vieillissement »
Produits Substrats
(comme, oxydation,
Ub désamidation,
10 Dégradation dénaturation) 7 Catalyse 5 Translocation
Ub
Ub
Ub 6 Activation
S 9 Ubiquitination S S
S S
S S S

Membrane

FIGURE 4-1  Représentation schématique du cycle de vie d’une protéine hypothétique. (1) Le cycle
commence avec la synthèse sur un ribosome d’une chaîne polypeptidique, dont la structure primaire est dictée
par un ARNm. (2) En cours de synthèse, le polypeptide commence à se replier selon sa conformation native (en
bleu). (3) Le repliement peut s’accompagner d’événements de maturation tels que la coupure protéolytique d’une
séquence additionnelle N-terminale (Met-Asp-Phe-Gln-Val) ou la formation de ponts disulfure (S—S). (4) Des
modifications covalentes ultérieures peuvent consister, par exemple, à attacher une molécule d’acide gras (en
jaune) permettant (5) la translocation du peptide modifié vers une membrane. (6) La fixation d’un effecteur
allostérique (rouge) peut entraîner (7) l’adoption d’une conformation à activité catalytique. (8) À la longue, les
protéines sont endommagées par des attaques chimiques, par désamidation ou par dénaturation, elles peuvent
alors (9) être « étiquetées » par l’attachement covalent de plusieurs molécules d’ubiquitine (Ub). (10) La protéine
ubiquitinylée est ensuite dégradée en ses acides aminés constitutifs, qui seront disponibles pour synthétiser de
nouvelles protéines.
 CHAPITRE 4  Les protéines : détermination de la structure primaire 27

drophobie (chromatographie d’interactions hydrophobes), ou selon
leurs capacités à se fixer à un ligand spécifique (chromatographie
d’affinité).
Chromatographie sur colonne
La chromatographie sur colonne utilise comme matrice de phase
stationnaire, de petites billes contenues dans un récipient cylin­
drique¸ ou colonne, en verre, en plastique ou en acier. Un filtre
perméable retient les billes dans la colonne tandis que la phase
liquide mobile coule ou percole à travers la colonne. Les billes de
la phase stationnaire peuvent être modifiées chimiquement pour
recouvrir leur surface de groupes acides, basiques, hydrophobes
ou semblables à un ligand requis pour la chromatographie
d’échange d’ions, d’interaction hydrophobe ou d’affinité. Le liquide
de la phase mobile est collecté par petites portions appelées frac­
tions au fur et à mesure de leur sortie de la colonne. La Figure 4-2
décrit l’agencement de base d’un système de chromatographie de
paillasse simple.
Chromatographie liquide à haute pression,
HPLC
Les matrices de chromatographie sur colonne de première géné­
ration étaient constituées de longs polymères oligosaccharidiques
entrecroisés et sous forme de billes sphériques d’environ un
dixième de millimètre de diamètre. Malheureusement, leur taille
relativement grande perturbait le flux de la phase mobile et limi­
tait l’aire de la surface accessible. La réduction de taille des parti­
cules a permis de grandement augmenter la résolution. Cependant,
la résistance engendrée par la matrice plus compacte a nécessité
l’utilisation de pressions très élevées qui auraient écrasé les billes
molles et spongieuses de polysaccharides et de matériaux similai­
res, par ex. l’acrylamide. Finalement des méthodes ont été déve­
loppées permettant de fabriquer des particules de silicone de la
taille et de la forme requises, de modifier leur surface en y ajoutant
divers groupes fonctionnels, et de les tasser dans des colonnes en
acier inoxydable capable de résister à des pressions de plusieurs
milliers de psi. Du fait de leur pouvoir résolutif accru, les systè­
mes de chromatographie liquide à haute pression ont largement
remplacé les anciennes colonnes en verre courantes dans les labo­
ratoires de purification des protéines.
Chromatographie d’exclusion stérique
La chromatographie d’exclusion stérique, ou filtration sur gel
sépare les protéines en fonction de leur rayon de Stokes, qui est
le diamètre de la sphère qu’occupe une protéine non sphérique en
tournoyant dans la solution. Le diamètre de Stokes dépend de la
masse moléculaire et de la forme. Une protéine allongée occupe

1 M 2
C

R1 R2

FIGURE 4-2  Composants d’un appareil de chromatographie en phase liquide classique.

R1 et R2 : Réservoirs de liquide de la phase mobile. P : Système de pompage programmable
avec deux pompes, 1 et 2 et une chambre de mixage, M. Le système peut être réglé de façon
à pomper le liquide issu d’un seul des réservoirs, ou pour changer de réservoir à des moments
prédéterminés afin de générer un gradient par paliers ou pour mélanger les liquides des deux
réservoirs dans des proportions variables pour créer un gradient continu. C : Colonne en verre,
en métal ou en plastique contenant la phase stationnaire. F : Collecteur de fractions pour la
collecte dans des tubes séparés, de fractions aliquotes du liquide élué de la colonne.
28 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

A B C

FIGURE 4-3  Chromatographie d’exclusion stérique. A : Un mélange de grosses molécules

(carrés bruns) et de petites molécules (ronds rouges) est déposé au sommet d’une colonne de
filtration sur gel. B : En entrant dans la colonne, les petites molécules pénètrent dans les pores de la
matrice de la phase stationnaire (en gris) alors que les grosses molécules en sont exclues. C : Tandis
que la phase mobile (en bleu) s’écoule à travers la colonne, elle entraîne avec elle les grosses
molécules exclues, tandis que les petites molécules, temporairement à l’abri du flux à l’intérieur des
pores, sont de plus en plus retardées.

un volume plus grand en tournoyant qu’une protéine sphérique de
la même masse. La chromatographie d’exclusion stérique utilise
des billes poreuses (Figure 4-3). Les pores peuvent se comparer
aux criques des berges d’une rivière. Parmi les objets qui descen­
dent le courant, ceux qui entrent dans une crique, sont retardés tant
qu’ils n’ont pas rejoint le courant principal. De même, les pro­
téines ayant des rayons de Stokes trop grands pour entrer dans les
pores (les protéines exclues), restent dans le flux de la phase mobile
et ressortent de la colonne avant les protéines capables d’entrer
dans les pores (les protéines incluses). Les protéines ressortent donc
d’une colonne de filtration sur gel dans l’ordre de taille décrois­
sante de leurs rayons de Stokes.
Chromatographie d’échange d’ions
Dans la chromatographie d’échange d’ions, les protéines intera­
gissent avec la phase stationnaire par interactions de charges. Les
protéines ayant une charge nette positive à un pH donné adhèrent
fermement aux billes porteuses de groupements fonctionnels char­
gés négativement comme les carboxylates ou les sulfates (échan­
geurs de cations). De même, les protéines à charge nette négative
adhèrent aux billes porteuses de groupements fonctionnels posi­
tivement chargés qui sont en général des amines tertiaires ou
quaternaires (échangeuses d’anions). Les protéines qui n’adhèrent
pas passent à travers la matrice et sont entraînées par le flux. Les
protéines fixées sont ensuite sélectivement détachées en augmen­
tant graduellement la force ionique de la phase mobile, diminuant
ainsi les interactions entre charges. Les protéines sont éluées de
façon inversement proportionnelle à leur force d’interaction avec
la phase stationnaire.
Chromatographie d’interactions hydrophobes
La chromatographie d’interactions hydrophobes sépare les pro­
téines selon leur tendance à s’associer avec une matrice de phase
stationnaire recouverte de groupements hydrophobes (tels que
phényl Sépharose, octyl Séphadex). Les protéines présentant des
surfaces hydrophobes adhèrent à la matrice par des interactions
hydrophobes qui sont augmentées en présence d’une phase mobile
de grande force ionique. Les protéines incapables d’adhérer sont
éluées par lavage. La polarité de la phase mobile est alors progres­
sivement diminuée en abaissant sa concentration en sels. Lorsque
l’interaction entre une protéine et la phase stationnaire est parti­
culièrement forte, on peut ajouter de l’éthanol ou du glycérol à la
phase mobile afin de diminuer sa polarité et d’affaiblir davantage
les interactions hydrophobes.
Chromatographie d’affinité
La chromatographie d’affinité exploite la haute sélectivité de la
plupart des protéines pour leurs ligands. Il est possible de purifier
les enzymes par chromatographie d’affinité à l’aide de leurs subs­
trats, de leurs produits, de leurs co-enzymes ou de leurs inhibiteurs
que l’on a fixés sur un support. En théorie, seules les protéines
capables d’interagir avec le ligand immobilisé vont adhérer. Les
protéines fixées sont ensuite éluées, soit par compétition avec un
ligand soluble, soit, de façon moins sélective, en interrompant les
interactions protéine-ligand à l’aide d’urée, d’hydrochlorure de
guanidine, d’un pH faiblement acide ou de fortes concentrations
en sels. Les matrices de phase stationnaire commercialisées, con­
tienn­ent des ligands tels que NAD+ ou des analogues de l’ATP.
La  purification de protéines recombinantes exprimées en génie
génétique est souvent facilitée en modifiant le gène cloné pour y
ajouter un nouveau domaine de fusion conçu pour interagir avec
un ligand particulier fixé à une matrice (Chapitre 7).
 CHAPITRE 4  Les protéines : détermination de la structure primaire 29

Vérification de la pureté d’une protéine NH

par électrophorèse en gel de polyacrylamide O
H
HN

(PAGE)
La méthode SDS-PAGE est la plus utilisée pour apprécier la pureté
d’une protéine, c’est une électrophorèse en gel de polyacrylamide
(PAGE) en présence d’un détergent anionique, le dodécylsulfate
de sodium (SDS). L’ électrophorèse sépare les biomolécules char­
gées en fonction de la vitesse à laquelle elles migrent quand on leur
applique un champ électrique. Dans le cas de la SDS-PAGE,
l’acrylamide est polymérisé et réticulé par liaisons covalentes pour
former une matrice poreuse. Le SDS se fixe aux protéines dans un
rapport d’une molécule de SDS pour deux liaisons peptidiques
provoquant le dépliement ou dénaturation des protéines. Lorsqu’on
l’utilise conjointement au 2-mercaptoéthanol ou au dithiothréitol
pour réduire et casser les ponts disulfures (Figure 4-4), la SDS-
PAGE sépare les composants polypeptidiques des protéines mul­
timériques. Le grand nombre de molécules anioniques de SDS,
portant chacune une charge négative de -1, sur les différents poly­
peptides rend négligeable les contributions de charge des groupe­
ments fonctionnels des acides aminés. Du fait que les rapports
entre la charge et la masse pour tous les complexes SDS-polypep­
tide sont à peu près égaux, c’est la résistance physique rencontrée
par chaque polypeptide lors de son déplacement à travers la
matrice d’acrylamide qui détermine sa vitesse de migration. Les
grands complexes rencontrant plus de résistance, les polypeptides
se séparent selon leurs masses moléculaires respectives (Mr). Les
dif­férents polypeptides piégés dans le gel d’acrylamide sont visua­
lisés après électrophorèse, par coloration avec des colorants comme
le bleu brillant de Coomassie (Figure 4-5).
L’ isoélectrofocalisation (IEF)
Des tampons ioniques, appelés ampholines, peuvent servir, quand
on leur applique un champ électrique, à générer un gradient de
pH au sein d’une matrice de polyacrylamide. Les protéines dépo­
sées sur cette dernière migrent jusqu’à une région de la matrice
où le pH correspond à leur point isoélectrique (pI), auquel la
charge nette de la molécule vaut zéro. L’ IEF est utilisée en asso­
ciation avec la technique SDS-PAGE pour les électrophorèses
bidimensionnelles, servant à séparer les polypeptides, en fonction
de leur pI dans une dimension, et selon leur valeur de Mr dans la
seconde dimension (Figure 4-6). L’ électrophorèse bidimension­
nelle est particulièrement appropriée pour séparer les composants
de mélanges complexes de protéines.
SANGER A ÉTÉ LE PREMIER
À DÉTERMINER LA SÉQUENCE
D’UN POLYPEPTIDE
L’ insuline mature comporte une chaîne A de 21 résidus et une
chaîne B de 30 résidus reliées par des ponts disulfures. Frederick
Sanger a réduit ces ponts disulfures (Figure 4-4), séparé les chaî­
nes A et B et coupé chacune des chaînes en peptides plus petits à
l’aide de trypsine, de chymotrypsine et de pepsine. Les peptides
obtenus ont été ensuite isolés et traités par un acide pour hydro­
lyser une partie des liaisons peptidiques et générer des peptides ne
comportant plus que deux ou trois acides aminés. Chaque peptide
a été traité par le 1-fluoro-2,4-dinitrobenzène (réactif de Sanger),
S O
HN S
H
O NH
O
O SH
HCOOH C2H5
OH
NH
O
H
SO2−
HN
HN O
O HS H
NH
O
FIGURE 4-4  Clivage oxydatif de chaînes polypeptidiques
adjacentes reliées entre elles par un pont disulfure (ombré en bleu)
à l’aide de l’acide performique (à gauche), ou par clivage à l’aide
d’un réducteur, le β-mercaptoéthanol (à droite), pour former deux
peptides qui renferment alors respectivement des résidus d’acide
cystéique ou des résidus cystéinyles.
qui réagit avec les groupements α-aminés accessibles des résidus
de l’extrémité amino-terminale. Le contenu en acides aminés de
chaque peptide a pu être alors déterminé et l’acide aminé amino-
terminal identifié. Même si le groupement ε-aminé de la lysine
réagit également avec le réactif de Sanger, les lysines amino-ter­
minales peuvent être distinguées de celles occupant d’autres
positions puisqu’elles réagissent avec deux molécules de réactif de
Sanger. En appliquant la méthode de façon récursive à des di-, des
tripeptides et des fragments de plus en plus grands, Sanger a pu
déterminer la séquence complète de l’insuline, travail pour lequel
il a reçu un Prix Nobel en 1958.
LA RÉACTION D’EDMAN PERMET
LA DÉTERMINATION DE LA SÉQUENCE
DES PEPTIDES ET DES PROTÉINES
Pehr Edman a introduit l’utilisation du phénylisothiocyanate (réac­
tif d’Edman) pour le marquage sélectif du résidu amino-terminal
d’un peptide. Contrairement au réactif de Sanger, le dérivé de type
phénylthiohydantoïne (PTH) peut être détaché dans des condi­
tions de réaction douces en laissant un nouveau résidu amino-
terminal (Figure 4-7). Des cycles successifs de modification avec
le réactif d’Edman peuvent donc servir à séquencer de nombreux
résidus du même échantillon peptidique. Même ainsi, la détermi­
nation de la séquence complète d’une protéine par des méthodes
chimiques reste à ce jour un processus long et laborieux.
Les propriétés chimiques hétérogènes des acides aminés font
que chaque étape du procédé représente un compromis entre
l’efficacité pour un acide aminé donné ou un ensemble d’acides
30 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes
FIGURE 4-5  Utilisation du système SDS-PAGE pour suivre
la purification progressive d’une protéine recombinante. Le gel
a été coloré avec le bleu de Coomassie. On observe les marqueurs
de taille protéiques (dépôt S) dont les masses sont indiquées en kDa,
l’extrait cellulaire brut (E), le cytosol (C), le liquide surnageant après
centrifugation à haute vitesse (H) et une fraction éluée d’une colonne
de DEAE-Sépharose (D). La protéine recombinante a une masse
approximative de 45 kDa.
pH = 3 pH = 10
IEF
SDS
PAGE
FIGURE 4-6  Électrophorèse bidimensionnelle IEF-SDS-PAGE.
Le gel a été coloré avec le bleu de Coomassie. Un extrait bactérien brut
a d’abord été soumis à une isoélectrofocalisation (IEF) sur un gradient
de pH de 3 à 10. Le gel IEF a ensuite été placé horizontalement en haut
d’un gel au SDS, pour effectuer une séparation supplémentaire des
protéines en système SDS-PAGE. Notons la nette amélioration de la
résolution des différents peptides en comparaison d’un gel SDS-PAGE
ordinaire (Figure 4-5).
aminés et la flexibilité nécessaire pour convenir aux 20 acides
aminés différents. Par conséquent, chaque étape du processus a
une efficacité inférieure à 100 %, cela entraîne l’accumulation de
fragments polypeptidiques avec différentes extrémités N-termi­
nales. Il finit par être impossible de distinguer entre le dérivé
PTH-acide aminé correct à cette position, et les contaminants. De
ce fait, la longueur de lecture d’un séquençage d’Edman varie de
5 à 30 résidus d’acides aminés selon la quantité de peptide et sa
pureté.
Pour déterminer la séquence complète d’un polypeptide de
plusieurs centaines de résidus de long, la protéine doit d’abord être
découpée en peptides plus petits en utilisant une protéase ou un
réactif comme le bromure de cyanogène. Après purification de ces
peptides par chromatographie liquide en phase inverse à haute
pression (HPLC), ils sont analysés par séquençage d’Edman. Pour
pouvoir assembler les séquences de ces petits peptides afin de
reconstituer la séquence complète du polypeptide intact, il est
nécessaire d’analyser des peptides dont les séquences se recou­
vrent partiellement. On y arrive en produisant plusieurs jeux de
peptides à l’aide de plusieurs méthodes de clivage. Les grandes
quantités de protéines purifiées nécessaires pour tester plusieurs
conditions de fragmentation protéique et de purification des pep­
tides constituent le second obstacle majeur des techniques de
séquençage chimique direct des protéines.
LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE A
ReVOLUTIONNÉ LA DÉTERMINATION
DE LA SÉQUENCE PRIMAIRE
Les réactions de modification séquentielle et de clivage des déri­
vés de type PTH-acide aminé à partir de l’extrémité N-terminale
d’un peptide sont en général effectuées dans un séquenceur auto­
matique. Le séquençage de l’ADN est par opposition à celui des
peptides à la fois beaucoup plus rapide et plus économique. Les
techniques de l’ADN recombinant permettent aux chercheurs de
produire une quantité théoriquement infinie d’ADN à partir d’un
échantillon de départ servant de matrice (Chapitre 39). Les métho­
des de séquençage de l’ADN dont la chimie a aussi été mise au
point par Sanger, permettent de déterminer en routine en une
seule analyse des séquences de polydésoxyribonucléotides de
quelques centaines de résidus de long, tandis que les séquenceurs
automatisés peuvent « lire » des séquences d’une longueur de plu­
sieurs milliers de nucléotides. La connaissance du code génétique
permet de déterminer la séquence du polypeptide codé par simple
traduction de la séquence polynucléotidique de son gène. À l’in­
verse, les premiers biologistes moléculaires concevaient des son­
des oligonucléotidiques complémentaires de l’ADN d’un gène
pour identifier le clone d’ADN contenant le gène d’intérêt, ils se
servaient pour cela d’un segment de séquence d’acides aminés
déterminée chimiquement comme matrice pour concevoir, par
traduction inverse, leurs sondes oligonucléotidiques. L’avènement
du clonage de l’ADN a donc débouché sur l’utilisation généralisée
d’une méthode hybride où le séquençage d’Edman a été utilisé
pour séquencer une petite partie de la protéine, cette information
étant alors exploitée pour déterminer le reste de la séquence par
clonage et séquençage d’ADN.
 CHAPITRE 4  Les protéines : détermination de la structure primaire 31

cheurs scientifiques, la séquence de la protéine sur laquelle ils tra­

S
vaillent a déjà été déterminée et les attend dans une banque de
C données en accès libre comme Genbank (Chapitre 10). Tout ce
N
dont les chercheurs ont besoin est d’acquérir une information
O
+ NH2
suffisante en terme de séquence d’acides aminés à partir d’une pro­
H téine, une quantité aussi faible que cinq à six acides aminés consé­
N
N R cutifs peut être suffisante, pour permettre une identification sans
H Rʹ
O équivoque. Alors que l’information en termes d’acides aminés
peut être obtenue par la technique d’Edman, aujourd’hui, la spec­
Phénylisothiocyanate (réactif d’Edman) trométrie de masse (MS) est devenue la méthode de choix pour
et un peptide identifier les protéines.

LA SPECTROMÉTRIE DE MASSE peut

S
détecter LES MODIFICATIONS
N NH COVALENTES
H
O Du fait de sa supériorité en termes de sensibilité, de rapidité et de
H
N
souplesse, la spectrométrie de masse (MS) a remplacé le séquen­
N R çage d’Edman en tant que méthode principale de détermination
H O des séquences des peptides et des protéines. Elle est significative­
Rʹ
ment plus sensible et tolère mieux les variations de qualités des
Un acide phénylthiohydantoïque
échantillons. De plus, comme la masse et la charge sont des pro­
priétés courantes d’une large gamme de biomolécules, on peut uti­
H+, nitro- H2 O
méthane liser la spectrométrie de masse pour l’analyse de métabolites, de
glucides, et pour les modifications post-traductionnelles comme
S O la phosphorylation ou l’hydroxylation qui entraînent des augmen­
NH2 tations de masse d’une protéine faciles à identifier (Tableau 4-1).
N NH + N
H
Ces modifications sont difficiles à détecter par la technique d’Ed­
R man et indétectables dans la séquence d’acides aminés obtenue à
O R partir de la séquence de l’ADN.
Une phénylthiohydantoïne et un peptide
raccourci d’un résidu

FIGURE 4-7  La réaction d’Edman. Le phénylisothiocyanate LA SPECTROMÉTRIE DE MASSE

permet de former un dérivé acide phénylthiohydantoïque de résidu
amino terminal d’un peptide. Le traitement par l’acide dans un solvant
non hydroxylique permet de libérer d’une part la phénylthio­hydantoïne,
qui est ensuite identifiée grâce à sa mobilité chromatographique,
d’autre part un peptide raccourci d’un résidu. Ce processus peut alors
être répété.
SE PRÉSENTE SOUS PLUSIEURS
CONFIGURATIONS
Dans un spectromètre de masse simple, à un seul quadripôle, un
échantillon dans le vide est vaporisé en présence d’un donneur de
proton qui transfère une charge positive. Un champ électrique
propulse alors les cations vers un tube de vol courbe où ils ren­

La génomique permet
l’identification des protéines TABLEAU 4-1   Augmentation de masse résultant
de modifications post-traductionnelles courantes
à partir de données
de séquence fragmentaires Modification Augmentation de masse (Da)

Phosphorylation 80
Aujourd’hui, le nombre d’organismes pour lesquels la séquence
complète du génome a été déterminée et mise à la disposition de Hydroxylation 16
la communauté scientifique se chiffre par centaines (voir Chapi­
tre 10). Ces séquences englobent presque tous les « organismes Méthylation 14
modèles » communément utilisés dans les laboratoires de recher­ Acétylation 42
che biomédicale, à savoir : Homo sapiens, la souris, le rat, Esche-
rischia coli, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, la Myristylation 210
levure, etc., ainsi que de nombreux pathogènes. Entre-temps, sur
toute la planète, des batteries de séquenceurs automatisés conti­ Palmitylation 238
nuent de générer des données de séquences génomiques toujours Glycosylation 162
plus rapidement et à moindre coût. Ainsi, pour la plupart des cher­
32 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

Plaques de l’accélérateur
Échantillon
à analyser

Tube analyseur

Chambre d’injection d’échantillons

Électroaimant

Générateur
de puissance
variable

Détecteur

Pompe à vide

Enregistre-
ment

Voltage

FIGURE 4-8  Composants élémentaires d’un spectromètre de masse simple. Un mélange de molécules,
représenté par un cercle rouge, un triangle vert et un losange bleu, est vaporisé sous forme ionisée dans la chambre
d’injection d’échantillons. Ces molécules sont alors accélérées lors de leur descente dans le tube analyseur (de vol) par
un potentiel électrique appliqué à la grille de l’accélérateur (en jaune orange). Un électroaimant réglable exerce un
champ magnétique qui dévie la trajectoire des ions dans leur vol vers le détecteur. La force du champ magnétique
nécessaire pour focaliser un ion sur le détecteur augmente en fonction de sa masse.

contrent un champ magnétique qui les dévie à angle droit par
rapport à leur direction de vol initiale (Figure 4-8). Le courant
qui alimente l’électroaimant est graduellement augmenté jusqu’à
ce que la trajectoire de chaque ion soit suffisamment courbe pour
qu’il frappe un détecteur situé au bout du tube de vol. Pour des
ions de charge nette identique, la force nécessaire pour courber
leurs trajectoires de la même façon est proportionnelle à leurs
masses.
Le tube de vol d’un spectromètre de masse TOF (temps de vol
« time of flight » en anglais) est linéaire. Après vaporisation de
l’échantillon en présence d’un donneur de protons, l’application
brève d’un champ électrique accélère les ions en direction d’un
détecteur situé à l’extrémité du tube de vol. Pour les molécules de
charge identique, la vitesse à laquelle elles sont accélérées, et donc
le temps nécessaire pour atteindre le détecteur, sera inversement
proportionnel à leur masse.
Les spectromètres de masse à quadripôle sont en général uti­
lisés pour déterminer les masses de molécules de 4000  Da ou
moins, alors que les spectromètres de masse à temps de vol servent
à déterminer les grandes masses des protéines entières. Diverses
combinaisons de quadripôles multiples, ou encore la réflexion des
ions vers le tube linéaire d’un spectromètre de masse TOF situé
en aval, permettent de créer des instruments plus sophistiqués.
L’ionisation des peptides à analyser peut
se faire par électrovaporisation ou
par désorption assistée par une matrice
L’ analyse de peptides et de protéines par spectrométrie de masse
a été gênée au départ par la difficulté à vaporiser les grandes
molécules organiques. Alors que les petites molécules organiques
pouvaient être facilement vaporisées par chauffage dans le vide
(Figure 4-9) les protéines, les oligonucléotides, etc., étaient
détruits dans ces conditions. Ce n’est qu’avec la mise au point de
techniques fiables de dispersion des peptides, des protéines et des
autres grandes biomolécules en phase gazeuse, que la spectromé­

Chaleur
FIGURE 4-9  Trois méthodes courantes de
vaporisation de molécules dans la chambre source
d’un spectromètre de masse.
trie de masse a pu être appliquée à leur analyse structurale et à la
détermination de leur séquence. La dispersion en phase gazeuse
est effectuée par ionisation par électrovaporisation et par désorp-
tion et ionisation au laser favorisée par la matrice ou MALDI
(« matrix-assisted laser desorption » en anglais). Lors de l’ionisa­
tion par électrovaporisation les molécules à analyser sont dissou­
tes dans un solvant volatile et introduites en très petites quantités
à l’aide d’un capillaire dans la chambre source (Figure 4-9). Lors
de l’émergence d’une gouttelette dans la chambre source, le solvant
se disperse rapidement, et la macromolécule reste en suspension
dans la phase gazeuse. La charge préalable des gouttelettes par un
courant électrique permet l’ionisation de l’échantillon. L’ionisation
par électrovaporisation sert fréquemment à l’analyse de peptides
et de protéines élués d’une colonne de HPLC ou d’un autre type
de colonne chromatographique, l’échantillon étant déjà en solu­
tion dans un solvant volatile. Dans la technique MALDI, l’échan­
tillon est mélangé avec une matrice liquide contenant un colorant
qui absorbe la lumière, et une source de protons. Le mélange est
excité dans la chambre source par un faisceau laser, cela provoque
la dispersion si rapide de la matrice environnante dans la phase
gazeuse qu’il n’y a pas échauffement des peptides et des protéines
qu’elle renferme (Figure 4-9).
Les peptides à l’intérieur du spectromètre de masse peuvent
être cassés en sous-unités plus petites par collisions avec des atomes
neutres d’hélium ou d’argon (dissociation induite par les collisions),
les masses des différents fragments peuvent alors être déterminées.
Comme les liaisons peptidiques sont bien plus labiles que celles
entre deux atomes de carbone, les fragments les plus abondants
diffèreront les uns des autres d’unités équivalentes à un ou deux
acides aminés. Puisqu’à l’exception (1) de la leucine et de l’isoleu­
cine, et (2) de la glutamine et de la lysine, chaque acide aminé à
une masse moléculaire qui lui est propre, la séquence du peptide
peut être reconstituée à partir des masses de ses fragments.
La spectrométrie de masse en tandem
Des mélanges peptidiques complexes peuvent aujourd’hui être
analysés sans purification préalable, par la spectrométrie de masse
CHAPITRE 4  Les protéines : détermination de la structure primaire 33
Ionisation par MALDI
électrovaporisation
Laser
Alimentation par un système
chromatographique
en tandem, qui fait appel à l’équivalent de deux spectromètres de
masse montés en série. De ce fait, ces instruments en tandem sont
souvent appelés MS–MS. Le premier spectromètre de masse
sépare les différents peptides selon leurs différences de masse. En
ajustant la force de champ du premier aimant, il est possible de
diriger un peptide particulier vers le second spectromètre où il
est fragmenté en morceaux dont les masses sont déterminées. Ils
peuvent alternativement être retenus dans un piège à ions placé
entre les deux quadripoles, et sélectivement transmis au deuxième
quadripole au lieu d’être perdus lorsque le premier quadripole est
réglé pour sélectionner des ions d’une masse différente.
La spectrométrie de masse en tandem permet
la détection d’anomalies métaboliques
La spectrométrie de masse en tandem peut servir au criblage
d’échantillons sanguins de nouveaux nés pour déterminer la pré­
sence et la concentration d’acides aminés, d’acides gras et d’autres
métabolites. Des anomalies de concentration d’un métabolite peu­
vent constituer des indicateurs dans le diagnostic de différentes
maladies comme la phénylcétonurie, l’encéphalopathie éthylma­
lonique et l’acidémie glutarique de type 1.
LA PROTÉOMIQUE ET LE PROTÉOME
La protéomique a pour but d’identifier
l’ensemble des protéines pouvant être
fabriquées par une cellule dans diverses
conditions
Bien que la séquence du génome humain soit connue, l’image
fournie par la génomique seule est à la fois statique et incomplète.
La protéomique a pour but d’identifier la totalité des protéines
fabriquées par une cellule dans diverses situations. Selon que les
gènes sont dans un état inactif ou actif, des protéines sont synthé­
tisées dans les différents types cellulaires à des moments particu­
34 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes
liers de la croissance ou de la différenciation ou en réponse à des
stimuli externes. Les cellules musculaires expriment des protéines
absentes des cellules nerveuses, et les types de sous-unités présentes
dans le tétramère de l’hémoglobine changent entre la période pré
et postnatale. De nombreuses protéines subissent des modifications
post-traductionnelles lors de leur maturation en formes actives
ou afin de réguler leurs propriétés. La connaissance du génome
humain ne représente donc que le début du travail de description
des organismes vivants au niveau moléculaire et de la compré­
hension des processus dynamiques comme la croissance, le vieillis­
sement et les maladies. Le corps humain contenant des milliers de
types cellulaires, qui contiennent chacun des milliers de protéines,
le protéome, qui est l’ensemble des protéines exprimées par une
cellule donnée à un moment donné, est un objectif en constante
évolution d’une dimension formidable.
L’ électrophorèse bidimensionnelle
et les puces de réseaux de sondes géniques
servent à suivre l’expression protéique
L’ un des buts de la protéomique est d’identifier les protéines dont
les niveaux d’expression sont corrélés avec des événements signi­
ficatifs du point de vue médical. Le postulat est que les protéines
dont l’apparition et la disparition sont corrélées à une situation
physiologique ou pathologique particulière, sont liées soit directe­
ment, soit indirectement à sa cause profonde et à ses mécanismes.
La détermination des caractéristiques du protéome de chaque type
cellulaire requiert une efficacité extrême de l’isolement et de l’iden­
tification de chacune des protéines. L’ approche actuelle, pour
résoudre les protéines cellulaires, consiste à utiliser d’une part des
machines automates pour accélérer la préparation des échantil­
lons et d’autre part de grands gels bidimensionnels pour séparer
les protéines cellulaires. Les différents polypeptides sont ensuite
extraits et analysés par séquençage d’Edman ou par spectrométrie
de masse. Même s’il n’est possible de résoudre que 1000 protéines
sur un gel, l’électrophorèse bidimensionnelle présente l’énorme
avantage d’étudier directement les protéines.
Une approche alternative appelée MudPIT pour « Multidimen­
sional Protein Identification Technology » utilise des cycles suc­
cessifs de chromatographie pour résoudre les peptides produits
par la digestion d’un échantillon biologique complexe en différen­
tes fractions plus simples susceptibles d’être analysées séparément
par spectrométrie de masse. Des alignements de sondes de gènes
en réseau parfois appelés puces à ADN (« DNA chips ») pour
détecter l’expression des ARNm qui codent les protéines, consti­
tuent une approche complémentaire de la protéomique. Bien que
les changements d’expression de l’ARNm codant une protéine ne
reflètent pas forcément des changements comparables du niveau
de la protéine correspondante, les puces à ADN sont plus sensibles
que les gels bidimensionnels, surtout en ce qui concerne les pro­
téines peu abondantes et permettent donc d’examiner davantage
de produits géniques.
La bioinformatique aide à déterminer
la fonction des protéines
La fonction d’une grande partie des protéines codées par le
génome humain reste actuellement inconnue. Le développement
des alignements de protéines, ou puces, afin de tester directement
à grande échelle les fonctions potentielles des protéines en est
encore à ses balbutiements. Quoi qu’il en soit, les progrès récents
de la bioinformatique permettent aux chercheurs de comparer les
séquences d’acides aminés pour y découvrir des pistes quant aux
fonctions présomptives, aux rôles physiologiques et aux mécanis­
mes d’action des protéines. Des algorithmes exploitent la tendance
de la nature à utiliser des variations sur un même thème structural
afin d’accomplir des fonctions similaires dans différentes protéi­
nes [par exemple le pli de Rossman de fixation aux nucléotides,
fixant le NAD(P)H, les séquences signal d’adressage nucléaire et
les « mains EF » pour fixer les ions Ca2+]. Ces domaines sont en
général détectés dans la structure primaire grâce à la conserva­
tion d’acides aminés particuliers à des positions clés. La compré­
hension des propriétés et du rôle physiologique d’une protéine
nouvellement découverte peut donc être déduite de la comparai­
son de sa structure primaire avec celles de protéines déjà connues.
RÉSUMÉ
n Les longs polymères d’acides aminés appelés polypeptides
constituent l’unité structurale de base des protéines. La
structure d’une protéine fournit des indications sur la façon
dont elle accomplit ses fonctions.
n Les protéines subissent des modifications post-traductionnelles
au cours de leur existence, celles-ci influencent leur fonction et
conditionnent leur devenir.
n La méthode d’Edman a été en grande partie remplacée par la
spectrométrie de masse, MS, un outil sensible et souple
d’utilisation permettant de déterminer la structure primaire,
d’identifier les modifications post-traductionnelles et de
détecter les anomalies métaboliques.
n Le clonage de l’ADN et la biologie moléculaire, couplés à la
chimie des protéines permettent une approche mixte qui
accélère grandement et rend bien plus efficace la détermination
de la structure primaire des protéines.
n La génomique, ou analyse de la séquence nucléotidique
complète du matériel génétique d’un organisme, a permis de
nouveaux progrès.
n Les programmes informatiques facilitent l’identification des
phases ouvertes de lecture (ORF) codant une protéine donnée,
en se basant sur des séquences partielles et les profils de masse
peptidiques, lors de recherches dans des banques de données
de séquence.
n Les scientifiques essayent à présent de déterminer la séquence
primaire et le rôle fonctionnel de toutes les protéines
exprimées dans une cellule vivante, c’est-à-dire son protéome.
n Un objectif essentiel est d’identifier les protéines et leurs
modifications post-traductionnelles dont l’apparition ou la
disparition est corrélée à des phénomènes physiologiques, au
vieillissement ou à des maladies particulières.

RÉFÉRENCES
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84 : 17.
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 5
C h a p I T R E

Les protéines : structures

d’ordre supérieur
Peter J. Kennelly, PhD et Victor W. Rodwell, PhD

O B J E C T i f s ■ De décrire les avantages et les inconvénients de quelques approches de

classification des protéines.
L’étude de ce chapitre ■ D’expliquer et d’illustrer les structures, primaire, secondaire, tertiaire et
vous permettra : quaternaire des protéines.
■ D’identifier les principaux types connus de structures secondaires et d’expliquer
les motifs de structure supersecondaires.
■ De décrire la nature et la force relative des forces qui stabilisent chaque ordre
de structure protéique.
■ De décrire l’information résumée dans une représentation de Ramachandran.
■ D’indiquer l’état actuel des connaissances concernant le processus par étapes
par lequel on pense que les protéines atteignent leur conformation native.
■ D’identifier les rôles physiologiques des chaperons, de la disulfure isomérase et
de la peptidylproline cis-trans-isomérase dans la maturation des protéines.
■ De décrire les principales techniques biophysiques servant à étudier la
structure tertiaire et quaternaire des protéines.
■ D’expliquer comment les maladies génétiques et nutritionnelles de maturation
du collagène illustrent le lien étroit entre la structure et la fonction des protéines.
■ Dans le cas des maladies à prions, d’esquisser les événements généraux de leur
pathologie moléculaire et de nommer les formes de vie que chacune affecte.

IMPORTANCE BIOMÉDICALE
Dans la nature, la forme dicte la fonction. Pour qu’un polypeptide
nouvellement synthétisé devienne une protéine biologiquement
fonctionnelle capable de catalyser une réaction métabolique, de
promouvoir le mouvement cellulaire ou de former des structures
macromoléculaires en forme de tiges ou de fibres qui donnent
leur forme finale aux cheveux, aux os, aux tendons et aux dents,
il doit se replier selon un arrangement tridimensionnel spécifique,
appelé conformation. De plus, au cours de sa maturation, des
modifications post-traductionnelles peuvent ajouter de nou-
veaux groupements chimiques ou éliminer des segments pep-
tidiques dont la nécessité était transitoire. Les défauts génétiques
ou nutritionnels qui gênent la maturation des protéines sont préju-
diciables à la santé. Parmi les premiers, on peut citer : la maladie
de Creutzfeldt-Jakob, la tremblante, la maladie d’Alzheimer et
l’encéphalopathie spongiforme bovine (« maladie de la vache
folle »). Le scorbut correspond à une carence nutritionnelle qui
gêne la maturation de protéines.
CONFORMATION ET CONFIGURATION
Les termes configuration et conformation sont souvent confondus.
La configuration se rapporte aux relations géométriques établies
entre un ensemble donné d’atomes, par exemple ceux qui font la
distinction entre un acide aminé de série l ou d. L’ interconversion
entre des formes de configuration différente nécessite la rupture
(et la reformation) de liaisons covalentes. Le terme de conforma-
tion se réfère aux relations spatiales entre tous les atomes consti-
tutifs d’une molécule. L’ interconversion de conformères s’effectue
sans rupture de liaisons covalentes ni changement de configura-
tion, en général par rotation autour de l’axe de liaisons simples.
LA CLASSIFICATION INITIALE
DES PROTÉINES REPOSAIT SUR LEURS
CARACTÉRISTIQUES GROSSIÈRES
Les scientifiques ont au départ envisagé les relations structure-
fonction des protéines en les séparant en classes selon leurs pro-
priétés de solubilité, de forme, ou la présence de groupements non
protéiques. Par exemple, les protéines solubles sont celles que l’on
peut extraire des cellules avec des solutions aqueuses de pH et de
force ionique physiologiques. L’ extraction de protéines membra-
naires intrinsèques nécessite de dissoudre la membrane avec des
détergents. Les protéines globulaires sont des molécules com-
pactes, grossièrement sphériques ayant des rapports axiaux, rap-
port entre la dimension la plus petite et la plus grande, ne
dépassant pas la valeur 3. La plupart des enzymes sont des pro-
téines globulaires. Au contraire, beaucoup de protéines de struc-
ture adoptent des conformations très allongées. Ces protéines
fibreuses ont des rapports axiaux d’une valeur égale ou supérieure
à 10.
Les lipoprotéines et les glycoprotéines contiennent respec-
tivement des lipides et des glucides liés à elles de façon covalente.
La myoglobine, l’hémoglobine, les cytochromes et bien d’autres
métalloprotéines contiennent des ions métalliques auxquels elles
CHAPITRE 5  Les protéines : structures d’ordre supérieur 37
sont fortement liées. Des systèmes de classification plus précis
basés sur les similarités, ou homologies, de séquence d’acides
aminés et de structure tridimensionnelle ont vu le jour. Pourtant,
de nombreux termes de classification primitive sont restés en
usage.
LES PROTÉINES SONT CONSTRUITES
SELON DES PRINCIPES MODULAIRES
Les protéines effectuent des fonctions physiques et catalytiques
complexes en positionnant des groupements chimiques parti­
culiers selon un agencement tridimensionnel précis. L’ échafaudage
polypeptidique qui contient ces groupements doit adopter une
conformation à la fois efficace du point de vue fonctionnel et
solide du point de vue physique. À première vue, la biosynthèse
des polypeptides mettant en jeu des dizaines de milliers d’atomes
apparaît comme un énorme défi. Si l’on considère qu’un polypep-
tide peut en moyenne adopter plus de 1050 conformations différen-
tes, son repliement selon la conformation correcte par rapport à sa
fonction biologique semble encore plus problématique. Comme
cela a été décrit dans les Chapitres 3 et 4, la synthèse du squelette
polypeptidique des protéines n’utilise qu’un petit nombre de bri-
ques ou modules communs, les acides aminés, tous reliés par une
même liaison, la liaison peptidique. Un assemblage modulaire
par étapes simplifie le repliement et la maturation des polypepti-
des nouvellement synthétisés en protéines matures.
LES QUATRE NIVEAUX
DE LA STRUCTURE DES PROTÉINES
La nature modulaire de la synthèse et du repliement des protéines
est implicite dans le concept des différents niveaux de leur struc-
ture. La structure primaire est la séquence des acides aminés dans
une chaîne polypeptidique. La structure secondaire est le replie-
ment de petits segments contigus de 3 à 30 résidus du polypeptide
en unités géométriquement ordonnées. La structure tertiaire est
l’assemblage des unités de structure secondaire en unités fonc-
tionnelles de plus grande taille telles qu’un polypeptide mature
avec ses domaines constitutifs. La structure quaternaire fait réfé-
rence au nombre et aux types d’unités polypeptidiques des protéi-
nes oligomériques, ainsi qu’à leur agencement spatial.
LA STRUCTURE SECONDAIRE
Les liaisons peptidiques limitent le nombre
de conformations secondaires possibles
La libre rotation n’est possible qu’autour de deux des trois liaisons
covalentes du squelette des polypeptides ; celle qui relie le carbone
α (Cα) à l’atome de carbone carbonylique (Co) et celle entre le
carbone Cα et l’azote α (Figure 3-4). Le caractère partiellement
double de la liaison peptidique reliant le carbone carbonylique
Co à l’atome d’azote α impose que le carbone carbonylique et
l’oxygène du groupement carbonyle ainsi que l’azote α restent
dans un même plan, il ne peut donc pas y avoir de rotation. L’ angle
de rotation autour de la liaison Cα—N est appelé angle phi (F),
celui autour de la liaison Co—Cα, angle psi (y). Pour les acides
aminés autres que la glycine, la plupart des combinaisons d’angles
38 PARTIE I  Structures et fonctions des protéines et des enzymes

phi et psi sont interdites par encombrement stérique (Figure 5-1).

Les possibilités de conformation de la proline sont encore plus
réduites à cause de l’absence de libre rotation autour de la liaison
N—Cα.
Les régions de structure secondaire ordonnée s’observent 90
lorsqu’une série de résidus d’acides aminés adopte des valeurs
d’angles phi et psi similaires. Dans les segments dépliés des poly-
peptides (par exemple les boucles), on peut observer des valeurs
variables pour ces deux angles. Les angles qui définissent les deux ψ 0
types les plus répandus de structure secondaire, l’hélice α et le
feuillet β, se situent respectivement dans le quart inférieur gau-
che et dans le quart supérieur gauche du diagramme de Rama-
chandran (Figure 5-1). – 90

L’ hélice α
La torsion du squelette du polypeptide d’une hélice α est la même
autour de chaque carbone α avec un angle phi d’environ – 57 degrés – 90 0 90
et un angle psi d’environ –  47 degrés. Un tour complet d’hélice φ
contient en moyenne 3,6 résidus aminoacyles et le pas de l’hélice,
son élévation par tour (« pitch » en anglais), est de 0,54  nm FIGURE 5-1  Représentation, selon Ramachandran, des angles
(Figure 5-2). Les groupes R de chaque résidu aminoacyle d’une phi (Φ) et psi (ψ) de la chaîne principale pour environ 1000 résidus
hélice α sont dirigés vers l’extérieur (Figure 5-3). Les protéines ne autres que la glycine dans huit protéines dont la structure a pu
contiennent que des acides aminés de série l, pour lesquels une être déterminée avec une haute résolution. Les points représentent
hélice α dextrogyre (droite, de pas à droite) est de loin la plus les combinaisons possibles et on voit les zones des combinaisons
impossibles des valeurs d’angles phi et psi. (D’après Richardson JS : The
stable, on ne trouve d’ailleurs que celles-ci dans les protéines. Dans
anatomy and taxonomy of protein structures. Adv Protein Chem 1981 ;
les représentations schématiques des protéines, les hélices α figu- 34 : 167. Copyright © 1981. Reproduit avec l’autorisation d’Elsevier).
rent sous la forme de spirales ou de cylindres.
La stabilité d’une hélice α est principalement due aux liaisons
hydrogène entre les atomes d’oxygène du carbonyle d’une liaison
peptidique et l’atome d’hydrogène de l’azote de la liaison peptidi-
que du résidu situé en quatrième position plus loin dans la chaîne N
peptidique (Figure 5-4). La faculté de former un maximum de C
liaisons hydrogène et l’addition des interactions de van der Waals C
N
au cœur de cette structure compacte, sont le moteur thermodyna- C
mique pour former une hélice α. Dans le cas de la proline, l’atome C
N
d’azote engagé dans la liaison peptidique ne possède pas d’atome
C
d’hydrogène permettant d’établir une liaison hydrogène, la pro- C
N
line ne peut donc être présente de façon stable que dans le pre- C
mier tour d’une hélice α. Quand elle se trouve ailleurs, la proline
C
interrompt la conformation de l’hélice en produisant un coude.
Du fait de sa petite taille, la glycine induit également souvent des N
C
coudes dans les hélices α. C
Dans beaucoup d’hélices α les groupes R hydrophobes prédo- N
C
minent d’un côté de l’axe de l’hélice et les groupes hydrophiles de
l’autre coté. Ces hélices amphipathiques ou amphiphiles sont C
N
bien adaptées à la formation d’interfaces entre des régions polai- C
C
res et non polaires comme le centre hydrophobe d’une protéine et N
son environnement aqueux. Des groupes d’hélices amphiphiles C
peuvent créer un canal ou pore, permettant à des molécules C
Pas de l’hélice
polaires spécifiques de passer à travers les membranes cellulaires (3,6 résidus) = 0,54 nm N
hydrophobes. C
C
N
C
Le feuillet β C
0,15 nm
N
La seconde (d’où son nom « beta ») structure secondaire régulière C
reconnaissable dans les protéines est le feuillet β. Les résidus
d’acides aminés d’un feuillet β, quand on le regarde par la tranche,
forment un zigzag ou un motif plissé dans lequel les groupes R des
résidus contigus pointent dans des directions opposées. Con­ FIGURE 5-2  Orientation des atomes de la chaîne principale
trairement au squelette compact de l’hélice α, le squelette peptidi- d’un peptide autour de l’axe d’une hélice α.
 CHAPITRE 5  Les protéines : structures d’ordre supérieur 39

R
mes d’hydrogène des fonctions amides des liaisons peptidiques.
R
Pourtant, contrairement à l’hélice α, ces liaisons se font entre des
segments contigus du feuillet β (Figure 5-5).
R
R Les interactions dans les feuillets β peuvent former un feuil­
let β parallèle, dans lequel les segments côte à côte de la chaîne
polypeptidique ont la même polarité du point de vue des liaisons
amino-carboxyle, ou former un feuillet β antiparallèle lorsque
R les polarités sont inverses (Figure 5-5). Ces configurations per-
mettent toutes deux un nombre maximum de liaisons hydrogène
R entre les segments ou brins du feuillet. La plupart des feuillets β
R
ne sont pas parfaitement plats mais ont tendance à s’enrouler sur
la droite. Des groupes de brins courbés de feuillets β forment le
cœur de nombreuses protéines globulaires (Figure 5-6). Les repré-
R
R sentations schématiques figurent les feuillets β comme des flèches
pointant dans l’orientation amino vers carboxy-terminale.
FIGURE 5-3  Vue axiale plongeante d’une hélice α. Les chaînes
latérales (R) sont à l’extérieur de l’hélice. Les rayons de van der Waals
des atomes sont plus grands que ce qui est figuré ici ; de ce fait il n’y a Les boucles et les coudes
pratiquement pas d’espace libre à l’intérieur de l’hélice. (Légèrement En gros, la moitié des résidus d’une protéine globulaire « typique »
modifié et reproduit avec autorisation d’après Stryer L : Biochemistry, se trouvent sous forme d’hélices α et de feuillets β, l’autre moitié
3rd ed. Freeman, 1988. Copyright © 1988, W.H. Freeman and Company). adoptant des conformations en boucles, tours, coudes et d’autres

que du feuillet β est très déplié. Mais, comme pour l’hélice α, la

stabilité des feuillets β vient pour l’essentiel des liaisons hydrogène
entre les atomes d’oxygène des groupements carbonyles et les ato-

N
C
C R
N
C R
C
N
R C
C
N
R C
C
N
C R
C
N
C R
C
N O
R C
C
N
R C
C
N
C R
C
N
C R FIGURE 5-5  Espacements et angles de liaison des liaisons
C hydrogène de feuillets β plissés antiparallèles et parallèles. Les
N flèches indiquent l’orientation de chaque brin. Les liaisons hydrogène
R C
C sont indiquées en lignes pointillées. Les atomes d’azote α (donneurs
d’hydrogène) et les atomes d’oxygène (accepteurs d’hydrogène) sont
indiqués en bleu et en rouge respectivement. Les atomes de carbone
du squelette figurent en noir. Pour la clarté de la représentation, les
groupes R et les atomes d’hydrogène ont été omis. En haut : feuillet β
FIGURE 5-4  Liaisons hydrogène (lignes en pointillés) formées antiparallèle. Il y a une alternance de liaisons hydrogène proches ou
entre les atomes H et O qui stabilisent un polypeptide dans sa nettement séparées, elles sont orientées approximativement
conformation en hélice α. (D’après Haggis G.H. et al. (1964), perpendiculairement au squelette polypeptidique. En bas : feuillet β
« Introduction to Molecular Biology ». Science 146 ; 1455-1456. Reproduit parallèle. Les liaisons hydrogène ont un espacement régulier mais
avec l’autorisation de AAAS). pointent dans des directions alternées.
Index
Note  : Les numéros de page suivis d’un f se rapportent à une figure, ceux suivis d’un t, à un tableau.
A r égulation de la pyruvate déshydrogénase, 182,
A, substance de groupe sanguin, 696
A1, peptide, de l’entérotoxine de V. cholerae, 763
AAH. Voir Aromatiques, hydroxylases des hydrocar-
bures,
AAV. Voir Adénovirus, virus associé à l’, virus
ABC-1. Voir ATP, transporteur-1 à cassette de liaison
à l’
Abêtalipoprotéinémie, 247, 269t
ABO, groupes sanguins, sucres aminés des, 239
ABO, système
importance en transfusion sanguine, 696
substances ABO et, 696
Absorption par pinocytose, 489
Absorption, 534
Absorption, spectres d’, des porphyrines, 322, 322f
ACAT (acyl-CoA :cholestérol acyltransférase), 265
Accélératrice (Ac-), globuline (facteur V), 678t
Accepteur (A/aminoacyl, site, liaison des aminoacyl-
ARNt dans la synthèse protéique, 404, 405f
Accepteur, bras, de l’ARNt, 361, 361f, 410, 410f
ACE. Voir Angiotensine, inhibiteurs de l’enzyme de
conversion de l’
Acellulaires, systèmes, étude de vésicules dans des,
581
Acéruloplasminémie, 666
Acétaldéhyde déshydrogénase, 771
Acétaldéhyde, 771, 772f
Acétique, acide, 148t
valeur de pK/pKa, 14t
Acétoacétate, 219, 220f
dans le catabolisme de la tyrosine, 299f
Acétoacétyl-CoA synthétase, dans la synthèse du
mévalonate, 261, 261f
Acétone, 222
Acétyl (acyl)-malonyl, enzyme, 226f, 226
Acétyl transacylase, 227f, 228f
Acétyl-CoA carboxylase, 222
dans la régulation de la lipogenèse, 227f, 229-230,
230f
Acétyl-CoA, 159, 159f, 164
catabolisme, 171f, 172f. Voir aussi Citrique, cycle
de l’acide
dans la synthèse du facteur d’activation plaquet-
taire, 241f
et régulation de la lipogenèse, 229-230
lipogenèse et, 227-228, 227f, 229f
comme précurseur des acides gras, 228
métabolisme des glucides, 158, 158f
oxydation des acides gras en, 158, 159f, 218f
oxydation du pyruvate en, 174, 175f, 181-182, 175f,
183f, 184t
183f, 231
synthèse du cholestérol et, 261-263, 261f, 263f
2-Acétylaminofluorène, structure, 727f
Acétylation, 707
comme modification covalente, 31t
des histones, 737
Acétylcholine, inhibition de la libération d’, 584
N-Acétylgalactosamine, liaison à la sérine, 594f
N-Acétylglutamate et biosynthèse de l’urée, 287f
N-Acétyllactosamine, unités de, 595
N-Acétylneuraminique, acide, 213f, 145f, 145t
dans les gangliosides, 243, 243f
dans les glycoprotéines, 211, 213f, 590t
dans les mucines, 525, 526f
Acholurique, jaunisse, 329
Achondroplasie, 491t, 628f
Acide conjugué, 13
Acide gras, système de l’élongase des, 229, 232f
dans la synthèse des acides gras polyinsaturés, 232,
232f
Acide rétinoïque tout trans, 743t
Acidémie isovalérique, 294t, 306
Acides
conjugués, 12
polyfonctionnels, ex des nucléotides, 336
comme donneurs de protons, 11
forts, 11
faibles, 14. Voir aussi Acides faibles
structure moléculaire modifiant leur force, 14, 14t
Acides alpha aminés. Voir aussi Acides aminés
dans les protéines, 17, 19t
spécification par le code génétique, 18, 18t-19t
l, acides aminés de série, dans les protéines, 18
Acides aminés libres, absorption des, 537
Acides aminés, 3, 19-24, 19t-20t. Voir aussi Peptides
à chaîne ramifiée, catabolisme, 302-303, 304f
maladies du, 303
absorption, 535-536
analyse/identification, 23
besoins, 540
biosynthèse, 277
carences, 275, 540
cétogéniques, 164
charge nette, 20-21, 20f
conservation lors de la catalyse, 64, 64t
dans la néoglucogenèse, 173, 174f
dans le cycle de l’acide citrique, 164
dans les peptides, 17, 22, 22f
dans les protéines, 18, 19
dégradation protéique et, 282, 282f
désamination. Voir Désamination
échange entre organes et maintien du taux circu-
lant, 282-283
élimination d’ammoniaque à partir des, 284f, 285
enchaînement dans la structure primaire, 22
essentiels du point de vue nutritionnel, 159, 276
excitateurs. Voir Aspartate ; Glutamate
glucogéniques, 164
glycémie et, 200
hydrolyse des liaisons peptidiques, 712-713
interconversion, 158
intermédiaires cataboliques pour la biosynthèse de
glucides et de lipides, 292
métabolisme, 158f, 159, 160f. Voir aussi Acides
aminés, squelettes carbonés des ; Acides aminés,
azote des,
phosphate de pyridoxal dans le, 553
non essentiels du point de vue nutritionnel, 159,
276,
synthèse, 277-280
produits dérivés, 307-315. Voir aussi les produits
spécifiques
propriétés, 18-21
réactions chimiques, dictées par les groupements
fonctionnels, 22-23
remplacement par des acides cétoniques dans l’ali-
mentation, 279
solubilité, 21
substitutions, dues à des mutations faux sens, 310,
411f
synthèse, 276-280
dans le métabolisme des glucides, 158
et cycle de l’acide citrique, 173, 174f
systèmes de transport, effet des hormones, 483
transamination. Voir Transamination
valeurs de pK/pKa, 18t-19t, 20, 20f
effet de l’environnement, 21
Acides aminés, azote des
catabolisme de l’, 281-289
dans le catabolisme du squelette carboné des acides
aminés, 292-293, 292f, 293f, 295f
dans le métabolisme de l’azote, 284-286, 284f
produits terminaux, 283
dont l’urée, 286-288, 287f
rôle de la L-aminoacide oxydase, 121
rôle de la L-glutamate déshydrogénase, 284-286,
285f
transamination, 284, 284f
Acides aminés, catabolisme du squelette carboné des,
292
à chaîne ramifiée, 302-303, 304f
maladies, 211
formation d’acétyl-CoA et, 298f, 299f, 304f, 305f
formation du pyruvate et, 293f, 295, 297f
transamination et amorçage, 292-293, 292f
Acides aminés, maladies du métabolisme des, 294t
810 Index
Acides aminés, séquençage. Voir aussi Protéines,
séquen­çage des
détermination de la structure primaire, 22
Acides aminés, squelette carboné des, 280, 283, 288
devenir, 292t
Acides faibles, 14
comportement décrit par l’équation de Henderson-
Hasselbach, 13
constantes de dissociation, 12-13
importance physiologique, 12-13
pouvoir tampon, 13-14
valeurs de pK/pKa, 14
Acides forts, 12
Acides gras, 3, 143
activation, 217, 218f
dans les membranes, 475
effet sur l’absorption du calcium, 537
essentiels, 225, 231, 231f, 232
déficit en, 232
métabolisme anormal des, 235
production de prostaglandine, 233
insaturés. Voir Insaturés, acides gras
interconversion, 143
la carnitine dans le transport des, 217, 218f
libres. Voir Acides gras libres,
métabolisme, 158, 159f
nomenclature, 147, 147f
non-estérifiés (libres). Voir acides gras libres
oxydation, 217-219. Voir aussi Cétogenèse
aspects cliniques de l’, 223-224
dysfonctionnements causes d’hypoglycémie,
223
libération de l’acétyl-CoA et, 158, 159f, 217-219,
218f
propriétés physiques/physiologiques, 149
saturés, 147, 148t, 149
source d’écosanoïdes, 233, 234f
synthèse, 225-228, 226f, 227f. Voir aussi Lipoge-
nèse
cycle de l’acide citrique et, 168-175, 175f
dans les mitochondries, 217, 218f
extramitochondriale, 228
métabolisme des glucides et, 158
trans, 149, 232-233
triacylglycérols (triglycérides) comme forme de
stockage, 150, 150f
Acides gras libres, 147, 217, 248, 248t
dans la cirrhose, 253
effet de l’insuline, 256
effet du métabolisme du glucose, 256
effet sur la lipogenèse, 229, 230f
métabolisme, 248-249
jeûne et, 166f, 166t, 167
régulation de la cétogenèse et, 221-222, 222f
Acides gras, complexe de la synthase des, 226-228,
227f, 228f, 231
Acides gras, élongation de la chaîne des, 229, 232f
Acides gras, glucides et synthèse des, 162
Acides gras, oxydase des, 218
Acides gras, protéine de liaison aux, 217, 248
Acides gras, protéine membranaire de transport des,
248
Acides gras, synthase des, 79 226-228
Acido-basique, équilibre, 286
Acidose
lactique. Voir Lactique, acidose
métabolique et ammoniaque, 286
Acidurie
dicarboxylique, 224
méthylmalonique, 197
orotique, 350
urocanique, 293
Aconitase (hydratase de l’aconitate), 172
ACP. Voir Acyles, protéines transporteuses d’,
Acrosomique, réaction, 603
ACTH. Voir Adrénocorticotrope, hormone,
Actine F, 632-633
Actine-G, 632
Actine, 631, 694t, 695
actine F, 632, 634
actine G, 632
contrôle du muscle strié et, 636
dans la contraction musculaire, 632, 634-637, 637
décoration de l’, 634, 634f
structure, 632
Actine, filaments (fins) d’, 584, 631, 633f
Actine, filaments d’, 695
Activateur tissulaire du plasminogène, (alteplase/t-PA),
67, 681, 682f
Activateurs
et régulation de l’expression génique, 423-444, 424.
Voir aussi Amplificateurs, Enhancers/Éléments
enhancers
Activation, énergie d’, 73, 74
Activation, enzyme d’, dans l’ubiquitinylation, 579
Activation, enzymes modifiant la barrière d’énergie d’,
75
Actomyosine, 631
Acyl-CoA déshydrogénase des acides gras à chaîne
moyenne, déficit en, 218
Acyl-CoA déshydrogénase, 122, 218, 218f
dans l’activation des acides gras, 218f, 219
dans la synthèse de triacylglycérol, 239, 255, 255f
des chaînes-moyennes, déficit en, 224
Acyl-CoA :cholestérol acyltransférase (ACAT), 265
Acylcarnitine 217, 217f
Acyles, protéine de transport des, (ACP), 226, 227f
synthèse à partir de l’acide pantothénique, 226,
557
Acylglycérol, 239
aspects cliniques, 243-244
catabolisme, 238-239
métabolisme, 238-242
synthèse, 239-242, 239f
dans le réticulum endoplasmique, 162, 162f
ADA bovine conjuguée au polyéthylène glycol, 759
ADA. Voir Adénosine désaminase
Adduits, 716
Adénine, 335t, 338t
Adénomateux, polypes, 765
Adénosine, 335t
appariement de bases dans l’ADN, 354, 355f
conformères syn et anti, 335f
dans la formation de l’acide urique, 348, 349f
Adénosine 3’-phosphate-5’-phosphosulfate, 337f, 337
Adénosine désaminase
déficit en, (ADA) 349
étude de cas, 758-759
Adénosine monophosphate. Voir AMP
Adénosine triphosphate. Voir ATP
Adénovirus, virus associé à l’, 451
Adénylate cyclase, 517, 517t, 518, 763
dans la lipolyse, 256, 257f
production d’AMPc, 189
Adénylate kinase (myokinase), 118
comme source d’ATP dans le muscle, 645
dans la régulation de la néoglucogenèse, 199
Adényliques, transporteur de nucléotides, 134f, 134
Adhérence cellulaire
molécules, 739, 739t
rôle des glycosphingolipides, 243
Adipeux, tissu, 147, 158, 255-256, 255f
brun, 257-258, 258f
capture de l’énergie libre catabolique, 114, 132
capture du glucose, 164
énergie lbre d’hydrolyse, 115
lors du jeûne, 166, 167
métabolisme, 165f, 167t, 255-256, 255f
Adipocytes, 257
renouvellement, 713t
ADN, 354, 365-387, 381f
à bouts francs, 449, 450
ADP-ribosylation et réparation, 552
altérations, 383f, 384, 384t
réparation des, 383-384, 384t
appariement des bases, 9, 353-355, 355f
complémentarité pour la renaturation, 355-356
technique de l’ADN recombinant et, 447-455
chromosomique, 366f, 369t, 370f
complémentarité, 356, 357f, 452
contrôle de l’intégrité, 384-385
dans la chromatine, 366f, 367-368, 367t, 368f
dans la synthèse de l’ARN, 377-381
dans les nucléosomes, 365, 365f, 366, 367, 368f
dépurination, réparation par excision de base et,
383
double-brin, 354-355, 356, 356f, 357
forme relaché, 356
information génétique, 353-356
mitochondrial, 372, 372f, 372t
mutations, 364, 372-375. Voir aussi Mutations
réarrangements permettant la diversité des anti-
corps, 374
recombinant. Voir Recombinant ADN/technologie
de l’ ADN recombinant
régions codantes, 370, 370f
relation avec l’ARNm, 370f
renaturation, appariement des bases et, 355-356
réparation des lésions double brins, 383-384, 384t,
385f
réparation des mésappariements, 383, 383f, 383t,
384t
réparation par excision de bases, 383, 383f, 384t
réparation par excision de nucléotides, 383, 383f,
384t
réparation, 383-384, 384t, 579
réplication/synthèse, 356, 357f, 375-385, 375t, 376f,
382t
amorce de l’ADN, 376f
bulle de réplication, formation, 379-380, 380f,
381f
dans la phase S du cycle cellulaire, 380-383,
382f
fourche de réplication, formation, 376, 376f
initiation (amorçage), 378f
origine, 375
reconstitution de la structure de la chromatine
et, 380
réduction des ribonucléosides diphosphates,
346
réparation au cours de la, 383-384, 384t
rôle du complexe de l’ADN polymérase, 377t
semi-conservative, 357, 357f
semi-discontinue, 376f, 378f, 379
séquençage, 441f
séquences répétitives, 371
séquences uniques (non répétitives), 371
sillons, 355f, 356
stabilisation, 9
structure, 343-346, 344f, 345f
dénaturation pour l’analyser, 355
en double-hélice, 9, 354-355, 355f
surenroulé (superenroulé), 356, 380, 382f
transcription, 356-357
transposition, 373-374
ADN hélicase, 376f
 Index 811

ADN ligase et technologie de l’ADN recombinant, ALA synthase érythrocytaire (ALAS2), 321 Allostériques, enzymes, 90-91, 164
449, 450t, 451f dans la porphyrie, 323t aspartate transcarbamylase un modèle d’, 90
ADN méthylase à spécificité de site, 448 ALA synthase hépatique, (ALAS1), 321 Allostériques, propriétés, de l’hémoglobine, 52
ADN polymérases, 375, 376f, 377, 456f dans la porphyrie, 323t, 324 ALP. Voir, Phosphatase alcaline
en génie génétique, 449t ALA synthase, 320 Alpha thalassémies, 57, 687t
ADN primase, 376f ALA. Voir Aminolévulinate Alpha-adrénergique, récepteurs, dans la glycogéno-
ADN sauteur, 374 Alanine, 19t, 283, 308 lyse, 192
ADN topoisomérases, 356, 381, 377f, 377t α-Alanine, 295 Alpha-aminé, azote.Voir Acides Aminés, azote des,
ADN-PK. Voir ADN, protéine kinase dépendant de l’ β-Alanine, 312-313 Alpha-cétoglutarate, 295
ADN-protéine, interactions, modèle du bactériophage dans la formation du pyruvate, 295 dans le catabolisme du squelette carboné des acides
lambda, 428-430, 428f pI, 20-21 aminés, 292f
ADN, combinaisons d’éléments d’, 438f synthèse, 277, 277f Alpha-fœtoprotéine,
ADN, altération Alanine aminotransférase, 67 comme biomarqueur tumoral, 741, 741t
par des agents environnementaux, 726 dans la synthèse de l’urée, 284, 284f alpha-Linolénique, acide, contre la carence en acides
par des rayons, 726 et jaunisse, 751 gras essentiels, 232
ADN, amplification de séquences et séquençage des valeur diagnostique, 66t Alpha-lipoprotéines. Voir aussi Lipoprotéines de
protéines, 31 valeurs de référence, 756t haute densité,
ADN, ARN polymérases dépendantes de l’, 389 Alanine transaminase. Voir Alanine aminotransférase déficit héréditaire en, 269t
ADN, élément de l’, modifiant l’expression génique, ALAS1 (ALA synthase hépatique), 321 Alpha-R, groupement, propriétés des acides aminés
424 et porphyrie, 323t, 324 modifiées par leur, 21-22
ADN, éléments régulateurs, 436f Albumine, 584, 617, 654, 655 656 alpha-SNAP, 582
ADN, fingerprinting, (empreinte), 465 combinaison avec les acides gras libres, 216, 247t, alpha-Thalassémies, 687t
ADN, footprinting (empreinte à la DNase), 465 248-249, 656 Alpha-tocophérol. Voir Tocophérol
ADN, lésions, 718 liaison de la bilirubine conjuguée, 329 alpha-Tubuline, 649
ADN, motifs de liaison à l’, et facteurs de transcrip- liaison du cuivre, 664 Alpha, anomères, 139
tion, 439t valeurs de référence, 756t Alpha, hélice, 38-39
ADN, protéine kinase dépendante de l’, 384 Albumine/globuline, rapport (rapport A/G), 753 alpha2-Macroglobuline, 656
ADN, sondes, pour diagnostiquer une porphyrie, 323 Albuminurie, 617 Alport, syndrome d’, 614
ADN, transfection d’, endocytose lors de la, 488 Alcalose métabolique, ammoniac dans l’, 286 ALT. Voir Alanine aminotransférase
ADN, virus à, 728 Alcalose, rôle de l’ammoniaque, 286 Altéplase (activateur tissulaire du plasminogène/t-PA),
ADNc, banque d’, 452 Alcaptonurie, 300 681, 677f
séquençage d’, pour l’analyse des glycoprotéines, 522t Alcool déshydrogénase, 771, 772f Altitude, adaptation à la haute, 55
ADNc, de l’érythropoïétine humaine, 689 dans la stéatose hépatique, 254 Alu, famille, 371, 374
ADNdb. Voir ADN double brin Alcool éthylique. Voir Éthanol Alzheimer, base génétique sporadique de la maladie
ADP-chaperon, complexe, 578. Voir aussi Chaperons Alcoolisme d’, 762
ADP-ribose, NAD comme source d’, 553 et cirrhose, 253 Alzheimer, maladie d’, perturbations affectives et
ADP-ribosylation, 553, 763, 763f, 764f et glycosylation de la transferrine, 659 comportementales, 762
ADP, 335f et stéatose hépatique, 254 Alzheimer, plaques amyloïdes et maladie d’, 668t, 760,
dans le contrôle respiratoire, 153 Aldéhyde déshydrogénase, 122 761f
myosine, contraction musculaire et, 568, 568f dans la stéatose hépatique, 255 anamnèse et examen clinique, 760
ADPase, 684, 684t Aldolases causes, 759-760
Adrénaline, 496. Voir aussi Catécholamines aldolase B, 209, 211f étude de cas, 759-762, 761f
biosynthèse, 504, 504f déficit, 213 traitement, 760
dans la régulation de la lipogenèse, 230 dans la glycolyse, 178, 179f Amadori, produits d’, 718
dans la régulation de la néoglucogenèse, 198 déficit en aldolase A, 183 Amadori, réarrangement d’, 602
effet sur la glycémie, 202 Aldose réductase, 211, 211f, 214 Amaigrissement, 158
synthèse, 311, 314f Aldoses, 138, 138t, 140f Ames, test d’, 728f
Adrénergiques, récepteurs, dans la glycogénolyse, structure cyclique, 138f Amidon, 142, 141f
192 Alignement de séquences multiple, 102 hydrolyse, 534
Adrénocorticotrope, hormone (ACTH) 755 Alimentation normale, état d’, et carburants alimen- indice glycémique, 534
et hypercortisolisme, 754, 754t taires, 158, 164-167, 166t Aminoacyl-ARNt synthétases, 409, 410f
Adrénoleucodystrophie néonatale, 573, 574t Alimentation, thermogenèse induite par l’, 257 Aminoacyl-ARNt, dans la synthèse protéique, 410
Aérobie, glycolyse, 697 Alimentation. Voir aussi Nutrition Aminoacyle (A/accepteur), site, liaison de l’aminoa-
comme source d’ATP musculaire, 646-647 effet sur le taux de cholestérol, 268, 269 cyl-ARNt, 418, 419f
taux dans les cellules cancéreuses, 740 régulation de la glycémie et, 200 Aminoacyles, résidus, 18, 22
Aérobie, métabolisme, 780 riche en graisse et stéatose hépatique, 253 et sructure peptidique, 22
Aérobie, respiration, cycle de l’acide citrique et, 172 sécrétion des VLDL hépatiques et, 253, 254f l-α-Aminoadipate, 300f
Aérobies, conditions, 184 très pauvre en glucides entrainant l’amaigrisse- l-α-Aminoadipate-δ-semialdéhyde, 300f
et formation d’ATP musculaire, 645-646 ment, 203 Aminolévulinate déshydratase, 320, 319f
AFP. Voir Alpha-fœtoprotéine, Aliments solides, 763 dans la porphyrie, 323, 323t
Agammaglobulinémie, 672 Allergiques, réactions, dues à l’absorption de peptides, Aminolévulinate synthase, 320, 321, 319f
AGE. Voir Glycation, produits avancés de 534 dans la porphyrie, 322f, 323, 323t
Agrécane, 625 Allopurinol, 340, 338f, 348, 351, 772 Aminolévulinate, 320, 319f
Agrégation, prévention de l’, 579 Allostérique, régulation, de la catalyse enzymatique, dans la porphyrie, 333
Agrégats, formation, 45 89-90, 90f, 164f Aminopeptidases, 537
Agrégées, protéines, effets toxiques, 718 régulation de la néoglucogenèse et, 198-199 Aminophospholipides et asymétrie membranaire,
AHG. Voir Antihémophilique Facteur A/globuline Allostérique, site, 90 478
Aiguë, protéines de la phase, 540, 656, 657t Allostériques, activateurs, 198 Aminotransférases (transaminases), 175, 174 f
la vitamine A comme régulateur négatif, 542, 545 Allostériques, effecteurs/modificateurs, 43f, 164 dans la biosynthèse de l’urée, 284, 284f
AINS. Voir Non stéroïdiens, médicaments antiinflam- et régulation de la néoglucogenèse, 198-199 signification diagnostique, 66t
matoires négatifs, 89. Voir aussi Rétroinhibition Aminotransférases érythrocytaires, (transaminases),
Ajustement induit, modèle de l’, 62, 62f seconds messagers en tant qu’, 90-91 pour déterminer le statut en vitamine B6, 551
812 Index

Ammoniaque Analogues de substrat dans l’inhibition compétitive, Anti-TSH récepteur, anticorps, 755
dans l’équilibre acido-basique, 286 80 Antiamariles, médicaments, inhibiteurs du folate,
détoxification, 285 Anaphylaxie et substance à réaction lente, Voir 556
élimination de l’azote sous forme d’, 284f, 285 SRS-A Antibiotiques
excès, 283 Anaphylaxie, substance à réaction lente de l’, 237 de type inhibiteurs de folate, 555
fixation par la glutamine synthase, 285, 285f Anaplérotiques, réactions, dans le cycle de l’acide effets sur la synthèse protéique bactérienne, 421
intoxication par l’, 285 citrique, 174 sucres aminés dans les, 141
Ammoniaque, taux sanguin et défaillance hépatique, Ancrage moléculaire, (docking), programme de, 44, traitement par, 759, 765, 777
752 103 Anticancéreux, agents, 743, 743t
Ammonium, ion, valeurs de valeurs de pK/pKa, 15t Ancre, 578 cibles, 742f
Amobarbital, effet sur la phosphorylation oxydative, Andersen, maladie d’, 190t effets secondaires, 742
127 Androgènes Anticancéreux, médicaments, effet sur la différencia-
AMP cyclique, 190, 191f, 337, 337f, 338t aromatisation périphérique, 500 tion, 743t
comme second messager, 189 synthèse, 499-500, 499f Anticancéreux, médicaments, effet sur les modifica-
dans la néoglucogenèse, 198, 199, 199f, 202 Anémies, 56 tions épigénétiques, 743t
dans la régulation du métabolisme du glycogène, carence en fer, 537, 556, 662 Antichymotrypsine, 652t
190-192, 191f, 192f causes, 686, 687t Anticoagulants (coumarine), 680
effet sur la contraction du muscle lisse, 643-644 définition, 686 Anticodon, région, de l’ARNt, 408, 410f
phosphoprotéines phosphatases et, 519 de Fanconi, 343 Anticonformères, 336, 335f
protéines kinases et, 518, 519 falciforme. Voir Anémie falciforme Anticorps, 651, 654. Voir aussi Immunoglobulines
rôle de l’adénylate cyclase, 189, 517, 517t, 518 hémolytique, 177, 183 diversité, 670-671
AMP cyclique, protéine de liaison à l’élément de due à des carences, 205, 211-212 monoclonaux, production par hybridomes, 672
réponse à l’, (CREB), 518 et hyperbilirubinémie/jaunisse, 328, 329t Antifolate, médicaments, affectant la synthèse des
AMP cyclique, protéine kinase dépendante de l’, 42f. et peroxydase, 209, 209f nucléotides puriques, 344, 351
Voir aussi Protéine kinases niveaux d’haptoglobine associés, 657 Antigènes, 594
AMP cyclique, protéine régulatrice dépendante de l’, mégaloblastique Antigénicité, altération par les xénobiotiques et lésion
(protéine activatrice de gène régulée par les cataboli- par carence en folate, 556 cellulaire, 768, 709f
tes), 426 par carence en vitamine B12, 556 Antigénique, déterminant, (épitope), 41
AMP, 335f, 335t, 336f 343f pernicieuse, 547t Antihémophilique, facteur A/globuline, 678t
coenzymes dérivés, 338t prévalence, 686 déficit, 680
comme régulateur de la PRPP glutamyl amido- Anémie falciforme, 687t Antihémophilique, facteur B (facteur IX), 678t
transférase, 344, 345 analyse de familles, 458f
déficit, 680
conversion de l’IMP en, 342, 344f Anémie pernicieuse, 543
effet des médicaments coumariniques, 680
cyclique. Voir AMP cyclique Anémies hémolytiques, 178, 184, 212
Antihormonaux, agents, effet, 743t
énergie libre d’hydrolyse, 116 analyses de laboratoire, 692t
Antimicrosomiques, anticorps, (anti peroxydase thy-
rétrorégulation, 344-346, 345f causes, 692f
roïdienne), 754
structure, 336f dues à un déficit en glucose-6-phosphate déshy-
Antimycine A, effets sur la chaîne respiratoire, 132
AMPc, 763, 763f, 764f. Voir aussi AMP cyclique drogénase, 205, 211-212, 691
Antioxydantes, propriétés, de l’acide urique, 772
Amphiboliques, voies/processus, 158 évènement en chaîne possible, 691f
Antioxydants, 125, 154
et cycle de l’acide citrique, 173 et peroxydase, 209, 209f, 211
aliments, 561-564
Amphiphiles, hélices, 38 hyperbilirunémie/jaunisse dans les, 328, 329t
rétinoïdes et caroténoïdes, 153, 543, 549
Amphiphiles, lipides, 155, 155f niveaux d’haptoglobulines dans les, 657
Aneuploïdie, 726, 726f vitamine C, 154
dans les lipoprotéines, 248, 248f
dans les membranes, 154, 155f, 475-476, 475f Angelman, syndrome d’, 283 vitamine E, 125, 154, 545,
Amphiphiles, repliement et molécules, 9 Angiogenèse, stimulation par les cellules cancéreuses, Antiparallèles, boucles, des ARNm et ARNt, 410
Ampicilline (Amp), gènes de résistance à l’, 451 738 Antiparallèles, brins, de l’ADN, 355, 355f
Ampicilline, 451 Angiotensine Antiparallèles, feuillets β-plissés, 39, 39f
Amplificateur, (enhancer) enzyme de conversion, 507 Antiport, systèmes, 483, 483f, 591
éléments de répone, 436f inhibiteurs de l’enzyme de conversion, 509 α1-Antiprotéase, dans l’emphysème et l’hépatite, 701
enhancer/élément enhancer, 434 Angiotensine II Antiprotéase, inhibiteur, 701
insertion, 728, 728t biosynthèse, 507 Antiprotéases, 701, 702
propriétés, 436f formation et métabolisme, 508f Antithrombine/antithrombine III, 657t, 680
protéines de liaison, 436 Angiotensinogène, 508 liaison de l’héparine, 680
Amylases, 59 Anhydride d’acides, liaisons, 337 α1-Antitrypsine dans l’emphysème, 666
dans l’hydrolyse de l’amidon, 534 Anhydrides d’acides, potentiel de transfert de groupe α1-Antitrypsine dans l’hépatite, 666
Amyloïde A sérique (SAA), 667 des, 337 α1-Antitrypsine, dans l’emphysème et maladie hépati-
Amyloïde, hypothèse de la cascade, 761 Anionique, trou, 756 que, 666-667
Amyloïde, peptide β (Aβ42), 760-761, 7611f valeurs de référence, 755t Aorte, 615
agrégation, 761 Anions, protéine échangeuse d’, (bande 3), 689 APC. Voir C, Protéine, activée
Amyloïde, protéines précurseurs, 46, 760, 761f Ankyrine, 694t, 695 Apicales, protéines, 584
dans la maladie d’Alzheimer, 46 Anomérique, atome de carbone, 134-135 Apo A-I, 248t, 248
Amyloïdose familiale, 667 Ansérine, 309, 310f, 312 déficits en, 269t
Amyloïdose primaire, 667 Antérograde, transport, (COPII), 581, 583f Apo A-II, 247, 248t
Amyloïdose secondaire, 667 Anthracycline iodée, 668 action sur la lipoprotéine lipase, 251
Amyloïdose, 653 Anti-angiogéniques, agents, 743t Apo A-IV, 248t, 248
Amylopectine, 142, 143f, 534 Anti-apoptotiques, gènes, surexpression, 737 Apo B-100, 248t, 247
Amylopectinose, 190t Anti-peroxydase thyroïdienne (antimicrosomiques), dans le métabolisme des LDL, 250f, 251
Amylose, 142, 143f anticorps, 776 régulation, 265
Anaboliques, voies/anabolisme, 114, 158. Voir aussi Anti-thyroïdiens, autoanticorps, 755 Apo B-100, récepteurs de, dans le métabolisme des
Endergonique, réaction ; Métabolisme Anti-thyroperoxydase, anticorps, 776 LDL, 251
Anaérobies, conditions, 648 Anti-TPO, anticorps. Voir Anti-thyroperoxydase, Apo B-48, 248t, 247
Analbuminémie, 657 anticorps Apo C-I, 248t, 247

Apo C-II, 248t, 247
dans l’activité de la lipoprotéine lipase, 251
Apo C-III, 248t, 247
action sur la lipoprotéine lipase, 251
Apo D, 248t, 248
Apo E, 248t, 247, 251
Apo E, récepteurs d’,
dans la capture des résidus de chylomicrons, 250f,
251
dans le métabolisme des LDL, 251, 253, 254f
Apo-transcétolase, activation de l’, pour mesurer le
statut nutritionnel en thiamine, 552
Apolipoprotéines/apoprotéines, 247
distribution, 247t, 248
oxygénation de l’hémoglobine et, 51
Apomyoglobine, et encombrement stérique pour le
fer héminique, 51
Apoprotéines. Voir Apolipoprotéines/apoprotéines
Apoptose, 242, 243, 716, 761
aspects microscopiques, 735
définition, 735
et p54, 384
modes d’évasion des cellules cancéreiuses, 71, 735
principales caractéristiques, 737t
schématisation, 736f
versus nécrose, 735
Apoptotiques, programme de mort des cellules, 717
APP. Voir Amyloïde, protéines précurseurs de l’,
Appariement flottant (Wobble), 410
Aquaporines, 480
Arabinosyl cytosine (cytarabine), 338, 339f
Arachidonique, acide, arachidonate, 149, 149f, 232,
231f
formation des eicosanoïdes, 233, 233f, 234f, 235f
rôle dans la carence en acides gras essentiels, 232
Arachnodactylie rétractile congénitale, 615
Argentaffinome (carcinoïdes), sérotonine et, 310
Arginase, 287t
dans la synthèse de l’urée, 295f
maladies la concernant, 289
Arginine, 20t, 308
catabolisme, 293, 295f
dans la synthèse de l’urée, 293
métabolisme, 308f
Argininosuccinicacidurie, 289
Arginosuccinate lyase
dans la synthèse de l’urée, 286, 287f
déficit, 289
Arginosuccinate synthase, 289
déficit, 289
Arginosuccinate, dans la synthèse de l’urée, 288-289,
287f
Armature, « scaffold », 613
ARN amorce dans la synthèse d’ADN, 378f
ARN nucléaire, maturation, 442
ARN polymérases, 433
dépendantes de l’ADN et synthèse d’ARN, 390
ARN-ARN hybrides, 362
ARN-ARN, duplex imparfaits, 362
ARN, 354 358-363, 389-390
dans la chromatine, 365
classes/types, 359-362, 388
complémentarité, 358, 358f, 360
hétérogène nucléaire (hnARN), 362
messager (ARNm), 359, 359f, 360f, 388, 389t, 407
épissage alternatif, 402
signification des codons, 408t, 409
séquence nucléotidique, 408
polycistronique, 425
micro (mi) et petit interférant (si), 362
 utations dues à son changement, 410f, 411-412,
m Aspartate19t, dans la catalyse covalente, 62
412f, 425
et technologie de l’ADN recombinant, 456
maturations, 400
et synthèse protéique, 358-359, 359t
relation avec l’ADN chromosomique, 370f
ribosomique (ARNr), 360-361, 887, 389t
activité peptidyltransférase, 417, 417t
extinction, 463
petits, 361-362
petit, nucléaire (snARN), 359t, 361, 388, 389t, 465
épissage, 401-402
structure, 357-362, 358f, 360f, 361f
synthèse, 354, 388-389
initiation/élongation/terminaison, 389
de transfert (ARNt), 359-360, 361f, 388, 389t, 409-
410, 409f
aminoacyl, dans la synthèse protéique, 416
région anticodon, 408
maturation et modifications, 400
ARN, édition, 405
ARN, maturation alternative, 444-445
ARN, profilage des transcrits, et des protéines, 463
ARN, virus à, 728
ARNr. Voir Ribosomique, ARN
ARNt, bras supplémentaire, 361, 361f
ARNt, Voir Transfert, ARN de
Aromatiques, hydrocarbures, hydroxylases des, 706
Arrêt de transfert, signal d’, 577
Arrêt/ transfert, signal d’, 577
Arrimage (docking), dans l’importation nucléaire.
Voir Docking
Arrimage (docking), protéine de,. Voir Docking
Arrimage moléculaire (docking), programme de. Voir
Docking
ARS (séquences de réplication autonome), 376, 465
Arseniate, effet sur l’oxydation et la phosphorylation,
180
Arsénite, effet sur l’oxydation et la phosphorylation,
184
Artériel, analyse gazeuse du sang, valeurs de référence,
756t
Artérielle, paroi, 623
Arthrite goutteuse, 349
Arthrite rhumatoïde, 606, 609
Arthropathie de l’hémochromatose, 774
Ascorbate, 209, 210f, 558
Ascorbique, acide (vitamine C), 206, 548
carence, 557
effets sur le collagène, 48, 576
comme antioxydant, 160
dans la synthèse du collagène, 48, 576
Asialoglycoprotéines, récepteurs des, dans l’insertion
cotraductionnelle, 577f, 577
Asparaginase dans le catabolisme de l’azote des acides
aminés, 292-293, 293f
Asparagine synthétase, 277, 278f
Asparagine, 19t
dans le catabolisme de l’azote des acides aminés,
292, 293
synthèse, 277, 277f
Aspartate
catabolisme, 292, 292f, 293
dans la synthèse de l’urée, 286
synthèse, 277, 277f
Aspartate aminotransférase (AST/SGOT)
signification diagnostique, 66t, 67
valeurs de référence, 756t
Aspartate transaminase. Voir Aspartate aminotransfé-
rase
Aspartate transcarbamylase, 90
dans la synthèse des pyrimidines, 347f, 348
Index 813
Aspartique, acide, 19t
pI, 20-21
Aspartique, famille des protéases à acide, dans la cata-
lyse acido-basique, 62
Aspirine,
action sur la cyclooxygénase, 233
action sur la synthèse des prostaglandines, 225
actions antiplaquettaires, 682-684
AST. Voir Aspartate aminotransférase (transaminase)
Asthme, leucotriènes et, 149
Asymétrie
dans les membranes, 478
de la liaison de l’importine, 584
des lipides et des protéines dans l’assemblage de la
membrane, 584, 585f
intérieur-extérieur, 478
Asymétries régionales membranaires, 478
Asymétrique, substitution, dans les porphyrines, 318,
318f
Ataxie télangiectasique, 384
ATCase. Voir Aspartate transcarbamylase
Athérosclérose, 247, 684, 780
cholestérol et, 152, 260, 268
concentration plasmatique des LDL et, 252
facteurs de risque, 779
HDL et, 251
hyperhomocystéinémie et suppléments d’acide
folique pour sa prévention, 556
lysophosphatidylcholine et, 151
Atlas de séquences et de structures protéiques, 99
Atorvastatine, 269
ATP, 115-116, 335f, 337, 572, 573
à partir de l’énergie libre du catabolisme, 132
contrôle respiratoire et maintien de l’apport de,
175
dans la synthèse des purines, 342, 342f
dans la synthèse et l’importation des protéines
mitochondriales, 578
dans le couplage, 115
dans le cycle de l’acide citrique, 171f, 173, 183,
184t,
dans le transfert d’énergie libre de processus exer-
goniques à endergoniques, 115, 117f
dans le transport actif, 486-487, 487f
énergie libre de son hydrolyse, 115, 116
et contraction musculaire, 631-632, 634, 637
sources multiples, 646f
et dégradation des protéines, 282
hydrolyse
lors de la contraction musculaire, 634, 646
par NSF, 583
issu du contrôle respiratoire, 132t, 133
phosphorylation oxydative, 645
production de pyrophosphate inorganique, 117
production par l’oxydation des acides gras, 217,
218, 219
ATP synthase, 127, 127f, 128f
ATP-citrate lyase, 175, 175f
et acétyl-CoA pour la lipogenèse, 228
ATP, transporteur-1 à cassette de liaison à l’, 252, 252f
ATPase, 487, 487f
dans le transport actif, 502, 502f
mutations dans le gène de celle de type P fixant le
cuivre
responsable de la maladie de Menkes, 665
responsable de la maladie deWilson, 665
protéines chaperons à activité ATPase, 598
Atractyloside, effet sur la chaîne respiratoire, 132,
133f
Auto association par interactions hydrophobes, 9
814 Index

Auto-assemblage dans la synthèse des bicouches lipi- Bénigne, tumeur, 765 Biochimiques, analyses médicales. Voir aussi Labora-
diques, 477 Benzo(a)pyrène, structure, 727f toires, analyses de
Auto-oxydation. Voir Peroxydation Bériberi, 543 utilité, 749
Autoanticorps, dans la myasthénie, 776 Béribéri, de Soshin, 552 valeurs de références, 755-756t
Autoimmune, maladies, 555 bêta Thalassémies, 57, 687t Biocytine, 557
Autoradiographie, définition de l’, 465 beta-Alanyl dipeptides, 312 Bioénergétique, 114. Voir aussi ATP
Autosomique récessive, maladie, 759, 766, 774, 786 beta-Alanyl imidazole, 313 Bioéthique, 5
Autotrophes, organismes, 115 beta-Aminoisobutyrate, 312 Bioinformatique, 5, 97-98, 464
Avidine, cause de déficit en biotine, 557 bêta-Globine, groupe des gènes de, représentation biologie assistée par ordinateur, 101
Axiaux, rapports, 37 schématique, 457f cellules virtuelles, 104-105
Axonémale, dynéines, 650 béta-Hydroxybutyrique, acide, 342, 351f conception de médicaments assistée par ordina-
5- ou 6-Aza-uridine, 338 bêta-Lipoprotéines, 247. Voir aussi Lipoprotéines de teur, 103-104
5- ou 6-Azacytidine, 338 faible densité définition, 5, 97-98
5’-Azadésoxycytidine, 738, 743t bêta-Oxydation, des acides gras, 217-219, 218f fonction protéique et, 33-34
8-Azaguanine, 338, 338f et régulation de la cétogenèse, 221-222, 222f génomes et médecine, 97
Azathioprine, 339, 339f modifiée, 218f, 219 identification de « protéines inconnues », 102
Azote uréique, taux sanguin, valeurs de référence, bêta-Thalassémie, 458, 687t identification de protéines, 101
753t altérations structurales, 457t Projet Génome Humain, 97
Azoté, équilibre, 540 bêta-Tubuline, 649 ressource génomique en, 99
Aβ42. Voir Amyloïde β, peptide bêta, Anomères, 139 Bioingénierie, 5
bêta, Feuillets, 39 Biologie assistée par ordinateur, 101-104
de Aβ42, 761 définition, 101
B génomes et médecine, 97
bêta, Sous-unités, de l’hémoglobine et myoglobine, 57
bêta2-Microglobuline, 662 Projet Génome Humain, 97
B, gène, codant la Gal transférase, 697 ressources génomiques, 101
Bevacizumab, 743t
b, sous-unité de la SRP-R, 575 Biologie moléculaire, 30. Voir aussi recombinant,
BglII, 449t
B, sous-unité de SRP-R, 575 ADN ; Technologie de l’ADN recombinant
BHA. Voir Hydroxyanisole butylée
B, substance, groupe sanguin, 696, 697f, 697 Biologie, 4
BHT. Voir Hydroxytoluène butylé
B, vitamines. Voir Vitamines B, complexe Biomarqueurs, 656
Bi Bi, réactions, 82
B, vitamines. Voir Vitaminique, complexe, B Biomolécules. Voir aussi rubriques spécifiques
BAC, vecteurs. Voir Bactérien, chromosome artificiel, et cinétique de Michaelis-Menten, 82
modification structurale par l’eau, 7-8, 8-9
(vecteur BAC) Bicarbonate, 768
réaction avec les espèces réactives de l’oxygène, 715f
Bactérien, chromosome artificiel, (vecteur BAC), 450 dans le liquide extra- et intra-cellulaire, 474t
stabilisation, 9
Bactérienne, ARN-polymérase, ADN-dépendante, 393 Bicouches, épaisseur des, 586
Biophysique, 5
Bactériens, plasmides, 450 Bicouches, lipidiques, 475-476, 476f
Biotechnologie, 5
Bactériens, promoteurs, dans la transcription, 392f et protéines membranaires, 477-478
Biotine, 557
Bactéries Bile, sécrétion de bilirubine dans la, 325, 325f
carence, 556-557
cycle de transcription des, 390 Biliaire, hyperbilirubinémie/jaunisse par obstruction
comme groupement prosthétique, 59
intestinales et déconjugaison de la bilirubine, 326- de l’arbre, 327, 327t
dans la synthèse du malonyl-CoA, 226, 226f
327 Biliaires acides (sels), 267-268
BiP. Voir Immunoglobulines, protéine de liaison de la
Bactériophage, définition, 465 dans la digestion et l’absorption des lipides, 535
chaîne lourde des
BAL. Voir Dimercaprol recirculation entérohépatique, 268
2,3-Bisphosphoglycérate (BPG) stabilisation de la
BAL31, nucléase, et génie génétique, 450t secondaires, 267, 267f structure T de l’hémoglobine par, 55
Balance azotée négative, 540 synthèse, 266-268, 267f Bisphosphoglycérate mutase, dans la glycolyse
Balance azotée positive, 540 régulation, 267f, 268 érythrocytaire, 180, 180f
BamH1, 448, 449 Biliaires, pigments, 327. Voir aussi Bilirubine 2,3-Bisphosphoglycérate phosphatase érythrocytaire,
Bandelettes tests jetables, 753 Bilirubine 180, 181f
Bandes A, 631 accumulation (hyperbilirubinémie), 327-330, 327t Blanc d’œuf cru, carence en biotine due au, 557
Banque, 465 capture par le foie, 325-327, 326f BLAST, 102
Barbiturates, effets sur la chaîne respiratoire, 132, conjugaison, 326, 326f blastn, 101
133f conjuguée bastp, 101
Basal, taux métabolique, 538 liaison à l’albumine et, 329 blastx, 102
Basales, lames, 612 réduction en urobilinogène, 326-327 BMI. Voir IMC
Bascule (flip-flop), des phospholipides, asymétrie des fécale, dans la jaunisse, 329t BMR. Voir Basal, taux métabolique
membranes et, 464 glucuronidation, 706 Bohr, effet, 54
Bases maladie de la forme non conjuguée, 328 dans la méthémoglobine, 55
comme accepteurs de protons, 11 production par catabolisme de l’hème, 324-325, Bordure en brosse, enzymes de la, 534
conjuguées, 12 325f Botanique, 1
faibles, 12 sécrétion dans la bile, 326, 326f Botulinique, toxine B, 584
fortes, 12 urinaire, dans la jaunisse, 329, 329t Boucles, (conformation des protéines), 38-39
Base conjuguée, 13 valeurs normales, 329t Boucles, domaines en, de la chromatine, 367f, 369
Bases de données, 98 Bilirubine non conjuguée, cause de maladies, 328 Bourgeonnement des vésicules, 581, 586
Bases faibles, 12 Biliverdine réductase, 325 BPG. Voir 2,3-Bisphospho-glycérate
Bases fortes, 12 Biliverdine, 325, 325f Branchement, point de, 187
Bases, appariement des, de l’ADN, 10, 355-356, 355f Bimoléculaire, couche membranaire, 476. Voir aussi Bréfeldine A, 584
conforme pour la renaturation, 355-356 Bicouche lipidique Brin direct/précoce, dans la réplication de l’ADN,
Bases, réparation de l’ADN par excision de, 383f, 384t, Biochimie, 2-6 376f, 377
384 approches expérimentales et méthodes, 2t Brin retardé (rétrograde), dans la réplication de
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), 102 base de la physio-pathologie, 2-5 l’ADN, 376f, 377
Basolatérales, protéines, 584 définition, 1 Burkitt, lymphome de, translocation réciproque impli­
Becker, myopathie de, 639 770 et projet Génome Humain, 4-5, 4f quée, 730f
Bence Jones, protéine de, 672 relations avec la médecine, 1-2, 2, 3 Butyrique, acide, 148t
 Index 815

C Canalisation, dans le cycle de l’acide citrique, 164 Carbamates de l’hémoglobine, 54

Canalopathies, 641 Carbamyl phosphate
C-réactive, protéine, 656, 657t, 750, 780 Canaux aqueux, 486 dans la synthèse de l’urée, 286, 287f
C-terminal, domaine de liaison, 39 Canaux ioniques contrôlés mécaniquement, 642t énergie libre d’hydrolyse, 116t
C20, acides polyinsaturés à l’origine des eicosanoïdes, Canaux ioniques dépendant d’un facteur, 479 excès de, 350
233, 234f, 237 Cancer, 557 Carbamyl phosphate synthétase
Ca2+-Na+ échangeur, 640 agents anticancéreux, 741-742, 741t carbamyl phosphate synthétase I, 286
CADD. Voir Médicaments, conception assistée par aspects immunologiques, 743 carbamyl phosphate synthétase II, dans la synthèse
ordinateur causes, 726 des pyrimidines, 346, 347f
Caféine, 336, 337f et métastases, 738-740 dans la synthèse de l’urée, 286, 287f
gènes oncogènes et suppresseurs de tumeur, 728- déficit, 288
et régulation hormonale de la lipolyse, 256
731 Carbone, dioxyde de,
Cage, substrat en cage, 44
implication des mitochondries, 740-741, 741f production par le cycle de l’acide citrique, 170-171,
Calbindine, 537
invasion, 738 172f
Calcidiol (25-hydroxycholecalciférol), dans le méta-
mécanismes épigénétiques, 737 transport par l’hémoglobine, 53
bolisme de la vitamine D, 550f
origine clonale, 725 Carbone, monoxyde de
Calciférol. Voir Vitamine D
prédisposition héréditaire, 734 effet sur la chaîne respiratoire, 132, 133f
Calcineurine, 639
prévalence, 724 effet sur la phosphorylation oxydative, 127
Calcinose, 549
prévention par les facteurs de risques modifiables, production par catabolisme de l’hème, 324
Calciques, canaux, dans le muscle cardiaque, 640
732, 732t Carbonique, acide, valeurs de pK/pKa, 13
Calcitonine, comme biomarqueur tumoral, 742, 742t
relation avec les facteurs de croissance polypeptidi- Carbonique, anhydrase, II (CAII), 624
Calcitriol-(l,25(OH)2-D3), 546, 547
ques, 732 Carboxybiotine, 557
biosynthèse
rôle des cellules souches, 737 Carboxylases, la biotine comme coenzyme des, 557
cutanée, 502, 503
types, 724 Carboxypeptidases, 537
hépatique, 503
Cancer colorectal héréditaire non polyposique Carcinoembryonnaire, antigène, 742, 742t, 750, 764
rénale, 503
(NPCC), 765 Carcinoïde (argentaffinome), effet de la sérotonine,
comme biomarqueur tumoral, 741, 741t 310
gènes de réparation des mésappariement et, 384t
et régulation de la concentration du calcium, 548 Cancer Genome Atlas, 101 Carcinoïde, syndrome, 553
Calcium, 549, 765 Cancer hormonodépendant et carence en vitamine Carcinome épidermoïde, 785
absorption, 537 B6, 554 Cardiaque, insuffisance, 151, 631
et métabolisme de la vitamine D, 537, 551 Cancer, cachexie du, 165, 181, 539 en cas de manque de thiamine, 551
dans l’activation plaquettaire, 682, 683f Cancer, chimiothérapie du Cardiaque, muscle, 631
dans l’hyperthermie maligne, 637 analogues synthétiques de nucléotides utilisés, 32è- Cardiaques, défauts de développement, 643
dans l’os, 556 338, 338f, 339f Cardiaques, glycosides, 140
dans la coagulation sanguine, 676, 676f, 678t inhibiteurs du folate, 555 Cardiaques, hypothèse du nombre de battements,
dans le liquide extracellulaire, 474, 474t neutropénie provoquée par la, 616 720
dans le liquide intracellulaire, 474, 474t Cancer, porphyrines dans la photothérapie du, 322 Cardiaques, troponines, 67
effet sur l’absorption du fer, 538 Cancer/cellules cancéreuses, 601, 605 Cardiolipine, 151f, 151
et contraction musculaire, 638 analyses par puces à ADN, 741 synthèse, 239, 239f, 241f
activation de la phosphorylase, 190 aneuploïdie, 733 Cardiomyocytes, vitesse de renouvellement, 713t
et réticulum sarcoplasmique, 640 anomalies de l’apoptose Cardiomyopathie dilatée, 639
dans le muscle lisse, 63 anomalies du cycle cellulaire, 733-734 Cardiomyopathie hypertrophique familiale, 642-643
et métabolisme de la vitamine D, 547 anomalies membranaires et, 491t Cardiomyopathies, 631, 641, 770
médiateur d’actions hormonales, 520, 521 biochimie, 740 Cardiovasculaire, système, 714
métabolisme, 520 colorectal, 763-765 Carence, maladie de. Voir aussi les différentes mala-
Calcium-dépendante, action hormonale, et métabo- cyclines et, 381 dies
lisme des phosphoinositides, 520 effet Warburg, 740 vitaminique, 542
Calcium-sodium, échangeur, 641 élévation de l’activité télomérase, 733 Carences vitaminiques multiples, 543
Calcium, ATPase dépendante du, 637 hormono dépendant et déficit en vitamine B6, 553 Cargo, protéines/molécules, 572
Calcium, protéines de liaison au, vitamine K, carboxy- instabilité génomique, 733 dans l’exportation, 572
lation du glutamate et modification postsynthétique, intérêt du séquençage pangénomique, 734-735 dans l’importation, 571, 572f
550-551 isozymes de la pyruvate kinase et glycolyse, 740f Carnitine
synthèse, 551f mécanisme d’échappement à l’apoptose, 736-737 dans le transport des acides gras, 216, 218f
Calcium/calmoduline, phosphorylase kinase sensible modifications biochimiques et génétiques, 725f déficit, 216, 223
au, dans la glycogénolyse, 192 propriétés métastatiques, 600 Carnitine palmityltransférase-I, 217, 217f
Calculs biliaires, 534 propriétés, 724, 725f dans la régulation de la cétogenèse, 222, 222f
de cholestérol, 267 stimulation de l’angiogenèse, 738 déficit, 223
Calculs rénaux (calculs d’urate), 773 taux de glycolyse aérobie, 740 Carnitine palmityltransférase-II, 217, 217f
Calculs, 773 Cancérigènes chimiques déficit, 223
Caldesmone, 644 directs et indirects, 727f Carnitine palmityltransférase, 217
Calmoduline, 519, 643 et cancers, 726-727 Carnitine-acylcarnitine translocase, 217, 217f
phosphorylase musculaire et, 190, 191f interaction avec l’ADN, 726 Carnitine, système de la, 134
Calmoduline-4Ca2+, dans la contraction du muscle sortes, 726t Carnosinase, déficit en, 313
lisse, 643-644 structures, 727f Carnosine, 312
Calnéxine, 579, 599 Cancérigènes directs, 727f Carnosinurie, 313
Calnéxine, modèle du cycle de la, 599 Cancérogenèse par agents chimiques 727 Carotène dioxygénase, 543
Calories, contrôle des, 765-766, 781-782 étapes, 727 Carotène, 559
Calréticuline, 597 Cancérogenèse, 725 Caroténoïdes, 543. Voir aussi Vitamine A
protéine du RE, 600 Cancers héréditaires, 735t Cartilage, 611, 613, 613f, 612t, 617f
Calséquestrine, 637, 638 CAP. Voir Catabolites, protéine de régulation génique composants, 625-627
CAM (molécules d’adhérence cellulaire), 739, 740t par les maladies métaboliques et génétiques, 625t
CAM. Voir, Adhérence cellulaire, molécules d’ Caproïque, acide, 148t représentation schématique, 626f
816 Index

Cartilage hyalin, principales protéines, 625 effet de la quantité d’enzyme, 88-89 Cérébrohépatorénal, syndrome de Zellweger, 224,
Cartilage nasal bovin, schéma, 627f flux métabolique et, 87, 87f 573, 575t
Caryophérine, 572 processus actifs et passifs impliquées, 87, 87f Cérébrosides, 243
Caryotype, 370f protéolyse dans la 89, 90f Céruloplasmine, 656, 661
Caspase, DNase activée par les, 736 rétro-inhibition (feedback), 89-90, 90f, 164 déficit, 659
Caspases, 736 rétro-régulation, 90, 164 signification diagnostique, 66t, 665
Cataboliques, voies/catabolisme, 114, 158. Voir aussi spécificité, 59 Cerveau, métabolisme du, 168t
Exergonique, réaction ; Métabolisme ; substances spé- Catalytique, constante (kcat), 78 nécessité du glucose, 164
cifiques Catalytique, efficacité, (kca/Km), 78 Cervonique, acide, 148t
énergie capturée à partir de la chaîne respira- Catalytique, site, 90. Voir aussi Actif, site Cétoacidose, 217
toire, 131f, 132 Catalytiques, conservation des résidus, 62f, 62, 64 dans le diabète sucré, 167
Catabolites, protéine activatrice du gène par les, 426 Cataracte diabétique du cristallin, fructose et sorbitol 3-Cétoacyl-CoA synthase, 226, 227f
Catabolites, protéine régulatrice par les, 517 dans la, 214 3-Cétoacyl-CoA thiolase, déficit en, 224
Catalases, 123, 691, 691t Cataractes, diabétiques, 214 Cétoamines, 602
comme antioxydant, 154 Catécholamines, biosynthèse, 504f Cétogenèse, 160f, 162, 220-224. Voir aussi Acides gras,
dans le métabolisme de l’azote, 285, 285f dopa décarboxylase, 504 oxydation des
Catalyse acido-basique, 70 dopamine β hydroxylase, 504 et HMG-CoA, 220, 221f
Catalyse acido/basique générale, 61 PNMT, 504 hauts niveaux d’oxydation des acides gras et, 219-
Catalyse acido/basique spécifique, 61 Catécholamines. Voir aussi rubriques spécifiques 221, 220f, 221f
Catalyse covalente, 60, 75 stockage/sécrétion, 510t régulation, 221-223, 222f
cas de la chymotrypsine, 63, 75 Cathepsines, dans la catalyse acido-basique, 62 Cétogéniques, acides aminés, 165
cas de la fructose-2,6-bisphosphatase, 64 Cation. Voir aussi les différents cations Cétoglutarate, transporteur de, 134, 133f
Catalyse par effet de contrainte, 61 passage des membranes, 134 Cétonémie, 222, 768
Catalyse par effet de proximité, 61 Cavéoles, 480 Cétonique, corps, 159, 160f, 161, 217, 220f
Catalyse/réactions catalytiques (enzymatiques). Voir Cavéoline-1, 480 acides gras libres comme précurseurs, 221
aussi Métabolisme CBG. Voir Corticostéroïdes, protéine de liaison des, en cas de famine, 166f, 166t, 167
acido-basique, 61 CBP, CBP/p300. Voir CREB, protéine de liaison à, lors du jeûne, 167
par la protéase du VIH, 62 CBP/p300 et voies de transduction de signaux, 527f un carburant des tissus extrahépatiques, 220-221,
au site actif, 62-63 CDK. Voir Cyclines, kinases dépendantes des, 222f
Bi-Bi, 82-83 CDKI/ inhibiteur des CDK-cyclines, intégrité de Cétonurie intermittente à chaînes ramifiées, 303
et cinétique de Michaelis-Menten, 82 l’ADN/chromosome et, 383 Cétonurie, 224, 768
cinétique, 74-75 CDR Voir Complémentarité, régions déterminant la des acides aminés à chaîne ramifiée (maladie des
changements d’énergie libre et, 73 CEA. Voir, Carcinoembryonnaire, antigène urines à odeur de sirop d’érable), 303
concentration du substrat et, 76 Cécité nocturne, provoquée par une carence en vita- Cétose 217, 222, 224
énergie d’activation, 72-73 mine A, 543, 548t cause de cétoacidose, 224
équilibre des équations, 71 Cécité, par carence en vitamine A, 545 dans le diabète sucré, 168, 224
et développement de médicaments, 83 Cellulaire, altération, rôle des EROS, 691 du bétail
états de transition et, 79 par des xénobiotiques, 635, 636f lactation et, 224
facteurs affectant la vitesse, 73 Cellulaire, biologie, 2 stéatose hépatique et, 253
inhibition compétitive vs. non compétitive, 79 Cellulaire, glucides et glycolipides de la surface, 152 durant le jeûne, 224
modèles, 77 Cellulaire, immunité à médiation, 654 lors de la lactation, 167
vitesse initiale, 76 Cellulaire, lyse, rôle du complément dans, 673 non pathologique, 224
coenzymes/cofacteurs, 59 Cellulaire, membrane. Voir Plasmique, membrane Cétoses (sucres), 138, 138t
conservation des résidus, 64 Cellulaire, reconnaissance, rôle des sphingolipides, CFTR, régulateur transmembranaire de la mucovisci-
constante d’équilibre et, 74 243 dose, 491, 765, 766, 767t
covalente, 61, 75 Cellulaires, protéines des membranes, 589 dégradation, 579
par la chymotrypsine, 63, 75 Cellule, 2 CFTR. Voir Mucoviscidose, régulation du canal trans-
par la fructose-2,6-bisphosphatase, 63f transport des macromolécules, 488-489, 488f, 490f membranaire de la,
de double transfert, 82 Cellule-cellule, communication, via les junctions Chaîne Ramifée, cétonurie à, (maladie des urines à
déplacement séquentiel, 82 communicantes, 490f odeur de sirop d’érable), 303
effet de la concentration en substrat sur la vitesse, Cellule-cellule, interactions, 474 fonction altérée du complexe de la décarboxylase
76 Cellule, migration, 616 des α-cétoacides, 305t
modèle de Hill, 77 Cellule, mort, 242, 243 Chaîne ramifiée, catabolisme des acides aminés à,
modèle de Michaelis-Menten, 77 Cellules souches 284, 303, 304f
groupements prosthétiques et, 59 définition, 686 maladies, 303
isozymes, 64 potence, 686, 687 Chaîne ramifiée, complexe de la décarboxylase des
mécanismes, 61-62 Cellules souches, 738 α-cétoacides à, 294t
étude par mutagenèse dirigée, 69 Rôle dans le cancer, 737 Chaîne, élongation de la,. Voir Élongation
groupements prosthétiques/cofacteurs/coenzy- Cellules souches, biologie, 5 Chaîne, initiation de la,. Voir aussi Initiation
mes impliqués, 59-60 Cellules souches, facteur des, 689 dans le cycle de la transcription, 390f
oxaloacétate et, 170 Cellules, fusion, 672, 786 Chaîne, terminaison de la,. Voir aussi Terminaison
par contrainte, 61 Cellulose, 142 dans le cycle de la transcription, 401f
par proximité, 61 Cellulose, acétate de, électrophorèse de zone sur, 654, Chaînes latérales des porphyrines, 318, 325f
ping-pong, 82 655f Chaînes légères
pour la détection des enzymes, 64-66 Centromère, 368, 369f gènes de celles des immunoglobulines, 670
régulation, 88-94, 163, 163f Céphaline (phosphatidyléthanolamine), 150f, 150 réarrangement de l’ADN et, 374-375
allostérique, 89-90, 90f, 163f, 164 asymétrie de la membrane et, 478 Chaînes lourdes de myosine, 643f
compartimentation, 87-88 synthèse, 239, 239f Chaînes Moyennes, déficit en acyl-CoA déshydrogé-
constante de Michaelis (Km), et, 87, 87f Céphalorachidien, liquide, (LCR), valeurs de réfé- nase des, 224
covalente, 89, 91, 92f rence, 757t Chaleur, de la chaîne respiratoire, 132
effet de la phosphorylation-déphosphorylation, Céramide, 152, 152f, 243-245, 243f Chaperonines, 45, 579
92f, 93t synthèse, 242-243, 243f Chaperons moléculaires. Voir Chaperons

Chaperons, 45, 570-571, 571t
activité ATPasique, 578
dans le tri des protéines, 568, 585t
des histones, 367, 380
liaison des protéines dépendantes de l’ATP, 570,
579
Charge nette des acides aminés, 20-21, 21f
Charge, (attachement) dans la synthèse protéique,
409, 410f
Chediak-Higashi, maladie de, 580t
Chélation, thérapie de, 774
Chénodésoxycholique, acide, 267, 267f, 268
Chénodésoxycholyl CoA, 267, 267f,
Cheveux crépus, maladie des (maladie de Menkes),
665
Chimérique, approche par gène, ou de fusion, 438
Chimériques, molécules, 448, 449
préparation utilisant des enzymes de restriction et
l’ADN ligase, 452
Chimiosmotique, théorie, 133
dans le contrôle de la respiration, 131f, 133
Chimiothérapie anticancéreuse
analogues synthétiques de nucléotides utilisés,
337-338, 338f, 339f
inhibiteurs du folate et, 555
Chimiothérapie, médicaments classiques, 742
Chitine, 143, 144f
Chloramines 701
Chlore/chlorure
coefficient de perméabilité, 477f
dans les fluides extra- et intra-cellulaires, 474, 474t
Chlorés, production d’oxydants, 701
Chlorophylle, 318
Choc thermique, protéine de, comme chaperons, 44,
570
Cholécalciférol (vitamine D3)
dans le métabolisme de la vitamine D, 546
synthèse cutanée, 546
Choléra
étude de cas, 656-657, 657f
toxine cholérique, 243
transport du glucose dans le traitement du, 487
Choléra, traitement intraveineux, 763
Cholestatique, jaunisse, 329
Cholestérol, 152, 153, 153f, 247, 535, 705
alimentaire, 266
dans la synthèse des acides biliaires, 266-268, 267f
dans la synthèse des hormones, 441-448, 441f,
442f
dans les lipoprotéines, 246, 248f
dans les membranes, 475
modèle de la mosaïque fluide et, 480
dans les tissus, 153, 153f
facteurs modifiant son équilibre, 264-265, 265f
excès de. Voir Hypercholestérolémie
excrétion du, 266-268, 267f
métabolisme, 159, 159f
aspects cliniques, 264-268, 269t
HDL dans le, 251-253, 252f
variations circadiennes, 264
niveaux plasmatiques
athérosclérose et coronaropathies et, 268
effets de changements alimentaires, 268
effets des changements de style de vie, 268
effets des traitements médicamenteux, 269
normaux, 269
synthèse, 261-264, 261f, 262f, 263f
métabolisme des glucides et, 158
régulation par la HMG-CoA réductase, 264,
264f
rôle de l’acétyl-CoA, 158, 159f, 261-263, 261f,
263f
transport, 265-266, 266f
inverse, 252, 252f, 261, 265f, 268
Cholestérol HDL, valeurs de références, 756t
Cholestérol, clivage de la chaîne latérale et structures
de base des hormones stéroïdes, 498f
Cholestérol, dérivés du, 497f
Cholestéryl esters, 153, 243, 261
dans le cœur des lipoprotéines, 248, 248f
Cholestéryl ester hydrolase, 265
Cholestéryl ester, protéine de transfert des, 266, 266f,
269
Choline, 150, 151f
asymétrie membranaire et, 478
dans la synthèse de la glycine, 278, 278f
déficit associé à la cirrhose, 253
Cholinestérase, 760
Cholinestérase, inhibition de son activité, 760
Cholique, acide, 267
Cholurique, jaunisse, 327
Cholyl CoA, dans la synthèse des acides biliaires, 267,
267f
Chondrodysplasie, bases moléculaires, 628
Chondroïtine, sulfates de, 144f, 143, 618-619
Chondronectine, 626
Christmas, facteur de (facteur IX), 677, 678f, 580t,
679t
déficit en, 680
effet des médicaments coumariniques, 680
Chromatides
empaquetage des nucléoprotéines dans les, 368,
369t
sœurs, 368, 369f
échanges entre, 374, 374f
Chromatine, 365-367, 367f, 366t
complexes modificateurs, 435
inactive, 368
niveau supérieur d’organisation/compaction, 367,
368f
reconstitution lors de la réplication de l’ADN, 380
régions actives et inactives de la, 368, 368f
remodelage lors de l’expression génique, 432
remodelage, 737
Chromatides sœurs, 368, 369f
échange de, 374, 374f
Chromatine active, 368, 367f, 432
Chromatographie d’absorption pour purifier les pro-
téines/peptides, 34
Chromatographie d’affinité
pour la purification des peptides/protéines, 28-29
pour la purification des protéines recombinantes
de fusion, 68
Chromatographie d’échange d’ions pour purifier les
protéines/peptides, 27
Chromatographie d’exclusion de taille pour purifier
les protéines/peptides, 26, 27, 28f
Chromatographie de partage pour purifier les protéi-
nes/peptides, 28
Chromatographie en phase inverse à haute pression
pour purifier les protéines/peptides, 30
Chromatographie liquide à haute performance
(HPLC)
à phase inverse, pour purifier les protéines/pepti-
des, 26-27
Chromatographie liquide à haute pression, 27
Chromatographie sur colonne pour purifier les pro-
téines/peptides, 27
Chromatographie. Voir aussi les différents types
d’affinité
pour purifier des protéines chimériques recom-
binantes, 68
pour purifier des protéines/peptides, 28
pour purifier des protéines/peptides, 26-29
Index 817
Chrome, 559t
Chromosome, (walking), promenade sur, 460
Chromosomes, 368-370
interphase, fibres de chromatine durant l’, 367
métaphasiques, 368f, 369, 369t
polytènes, 368, 368f
vérification de leur intégrité, 384-385
Chromosomique, instabilité, 731, 731f
Chromosomique, intégration, 374, 374f
Chromosomique, recombinaison, 373-374, 373f, 374f
Chromosomique, translocation, 729, 730t
Chromosomique, transposition, 374-375
Chyle, 249
Chylomicrons, 161, 165, 247, 248t
apolipoprotéines des, 247t, 248
dans le transport des triacylglycérols, 249, 249f,
250f
métabolisme, 161, 165f, 249-251, 250f
Chylomicrons, résidus de, 248t, 247, 249f
capture par le foie, 251
Chymotrypsine, 537
dans la catalyse covalente, 61-62
dans la digestion, 535
résidus conservées et, 64t
Chymotrypsinogène, 537
cI, protéine répresseur/gène du répresseur cI, 425,
425f
Cibles, cellules
concept, 493-494
déterminants de la concentration des hormones à
leur niveau, 494t
Cinétique enzymatique, 72-84. Voir aussi Catalyse/
Catalytiques, réactions
concentration en substrat, 76-79
modèles de ses effets, 77-79
dans le développement de médicaments, 83
effet de l’énergie d’activation, 72-73
effet des variations d’énergie libre, 72
enzymes à substrats multiples et, 81
équations équilibrées et, 71-72
états de transition et, 72-73
facteurs affectant la vitesse de réaction et, 73-74
inhibition compétitive vs non compétitive et,
79-81
saturation, 78
sigmoïde (équation de Hill), 78
vitesse initiale et, 76
Cinétique, théorie de la collision, 74
Cinétiques sigmoïdes de saturation en substrat, éva-
luation par l’équation de Hill, 79
Circadien, rythme, de la synthèse du cholestérol, 309
Cires, 147
Cirrhose, 771
alcoolisme et, 254-255
de la grossesse, 199
déséquilibre du métabolisme des triacylglycérols
et, 253-254
non alcoolique, 2253
stéatose non alcoolique, 224
Cirrhose aiguë, de la grossesse, 224
Cirrhose du foie, 171, 253, 771, 774
Cisternale, maturation, 584
Cistron, 425
Citrate
dans la régulation de la lipogenèse, 229
dans le cycle de l’acide citrique, 170, 171f
Citrate synthase, 172, 173f
Citrique, acide, cycle de l’, 117, 127, 164, 171-172,
1714f, 173f
dans le métabolisme, 158, 158f, 159f, 161, 162 f,
170, 173-174, 174f
au niveau sub-cellulaire, 162, 162f
818 Index

des acides aminés, 158f, 160f f ormation de fibrine dans la, 676, 676f, 678-679, structure en triple hélice, 46-47, 46f, 610-611
des glucides, 158, 158f, 173, 174f 679f type I, 622
des lipides/acides gras, 158, 160f, 174-175, 175f produits des cellules endothéliales lors de la, 682, type IV, 612, 613
dans les mitochondries, 161, 162, 162f 684t type IX, 613
désamination et, 173-174 prostaglandines dans la, 225 type V, 601
équivalents réducteurs libérés, 171-173, 172f protéines impliquées, 676f, 678t. Voir aussi Coagu- Collisions, dissociation induite par, en spectrométrie
fourniture de substrats de la chaîne respiratoire par lation, facteurs de de masse, 33
le, 170, 171, 171f voie extrinsèque, 676, 676f, 678t Collisions, théorie cinétique des, 74
génération d’ATP par le, 171f, 173, 183, 184t voie intrinsèque, 676, 676f, 677, 678t Colon, cancer du. Voir Colorectal, cancer
libération de dioxyde de carbone par, 170-171, voies, 676f Colonie, facteur de stimulation de croisssance de, 455
172f Coagulation, facteurs de la, 676t. Voir aussi les diffé- Colorectal, cancer
néoglucogenèse et, 173, 174f, 195-198, 196f rents membres à, Facteur développement, 765
régulation, 175 la vitamine K dans leur synthèse, 549-551 changements génétiques associés, 731f
rôle des vitamines, 173 Coagulation, facteurs de, 678t, Voir aussi les différents gènes associés, 731t
transamination et, 174, 174f types à : Facteur rôle des gènes de réparation des mésapparie-
Citrique, acide, valeur de pK/pKa, 15t la vitamine K dans leur synthèse, 549 ments, 383, 383f, 384t
Citrulline, dans la synthèse de l’urée, 286 Cobalamine, 554 rôle des gènes suppresseurs de tumeur et des
Citrullinémie, 289 rôle du facteur intrinsèque dans son absorption, oncogènes, 730, 731, 731f
CK. Voir Créatine kinase 537 étude de cas, 763-765, 765f
Cl. Voir Chlore dans l’acidurie méthylmalonique, 197 Combinatoire, chimie, 65
Clairance des complexes antigène-anticorps, 673 Cobalphiline, 555 Combinatoire, diversité, 669
Clairance, tests de, 754 Cobalt, 554 Combustibles métaboliques. Voir Métaboliques, car-
Classe B, récepteur éboueur B1 de, 252, 252f Cobamide, coenzymes dérivées, 60 burants
Classe, (isotype, commutation de), 672 Codant, brin, de l’ADN, 355 389f Communicantes, jonctions, 490, 490f
Classique, voie, d’activation du complément, 656 dans la synthèse de l’ARN, 388 représentation schématique, 490f
Clathrine, 489f, 489 Codantes, régions, de l’ADN, 370 Commutation de classe (isotype), 671
vésicules libres de (nues), 580 Code épigénétique, Compartimentation, 88
vésicules recouvertes de, 580, 583 effaceurs de, 433 Compétitive, inhibition, et non compétitive, 80-81
Clathrine, vésicules non recouvertes de, 581 lecteurs de, 433 Complément sérique, 486
Clef et serrure, modèle, 61 Code génétique, ambiguités du, 408 Complément, 656
Clinique, médecine. Voir aussi Laboratoire, analyses Codons, 408, 409t dans l’inflammation, 672
de, importance en médecine clinique, 749 non-sens, 408 Complément, maladies de carence du, 673
Cliniques, étude de cas, 759-789 spécification de la séquence en acides aminés d’une Complémentaire, ADN (ADNc), banque d’ADNC,
cancer colorectal, 763-765 protéine, 409 453
cétoacidose diabétique, 767-770 tables de fréquence d’utilisation, 408 Complémentarité
choléra, 762-763 Cœliaque, maladie, 534 de l’ADN, 357f
déficit en adénosine désaminase, 758-759 Coenzymes, 60 de l’ARN, 360, 361f
goutte aiguë, 771-773 dans la catalyse, 60 Complémentarité, régions déterminant la, 673
hémochromatose primaire, 773-775 dérivés de nucléotides, 337, 338t ConA. Voir Concanavaline A
hypothyroïdisme, 775-776 synthèse du coenzyme A, 557 Concanavaline A, 145
infarctus du myocarde, 778-779 Cœur Conformation. Voir aussi les différentes substances
intoxication éthylique aiguë, 770-771 effet d’une carence en thiamine, 542 native, 44
kwashiorkor, malnutrition protéo-énergétique métabolisme, 167t polypeptides/protéines, 26f
(MPE), 776-778 Cofacteurs, 60 Conformationnelles, maladies, 767, 768
maladie d’Alzheimer, 759-762 de la catalyse, 60-61 Conformationnels, troubles, 586
mucoviscidose, 765-767 de la coagulation sanguine, 676, 678t, 680 Congénital, syndrome du long QT, 491t
myopathie de Duchenne, 769-770 de la régulation du cycle de l’acide citrique, 173 Congo, colorant rouge, 668
obésité, 779-782 Cognitives, déclin des fonctions, 760 Conjugaison
ostéoporose primaire (postménopausique), 782-784 Colchicine, 760 avec le glutathion, 706-707
xeroderma pigmentosum, 784-785 Colipase, 535 de la bilirubine, 326, 326f
Clivage Collagène(s), 46-47, 421, 593 Conjugaison, réactions de, et métabolisme des xéno-
de l’ubiquitine, 579 chondrodysplasies, 613, 625, 627 biotiques, 704
de la préproalbumine en proalbumine, 584f classification, 611t acétylation, 707
pour séquencer les protéines, 30 dans l’activation plaquettaire, 682, 683f avec le glutathion, 706-707
Clivage, en vue du séquençage des protéines, 30 dans le cartilage, 625-627, 625t glucuronidation de la bilirubine, 706
Clofibrate, 269 dans le tissu osseux, 622-625 méthylation, 707
Clonage positionnel. Voir Liaison, analyse de différenciation de l’élastine à partir de, 614t sulfatation, 706
Clonage, 448-452 formation de fibrilles, 610-611 Conjugaison, enzyme de, 580
taille de l’insert d’ADN, 451t gènes le codant, 610-611t Conjuguée, bilirubine,. Voir Bilirubine
Clonage, vecteurs de, 450-452, 451, 451t maladies causées par des mutations, 47, 613 Connexine, 490, 490f
Clones, dans la production d’anticorps monoclonaux, glycation, 602 Consensus, séquences, 393, 402f
672 les différents types, 611t de Kozak, 415
CMP-NeuAc, 591 maturation/synthèse du, 47 Conservation de l’énergie, 125
CMP. Voir, Cytidine, monophosphate maladies de la, 47 Conservés, résidus, 64
CO. Voir Carbone, monoxyde de, rôle de l’acide ascorbique (vitamine C), 47, 557 Constant(e)s, régions/segments, 668
CO2. Voir Carbone, dioxyde de, modifications post-traductionnelles, 612-613 de la chaîne légère des immunoglobulines, 375
CoA. Voir Coenzyme A mutations, 613 gènes codant les, 670
Coactivateurs de la transcription, 398, 401 ostéogenèse imparfaite, 624, 625t constituants anormaux, 753, 753t
Coagulation (du sang), 676 protéine abondante du règne animal, 611-614 Constitutive, expression génique, 428
analyses de laboratoire pour son évaluation, 684 représentation schématique des interactions cellu- Contact, sites de, 570
et vitamine K, 549 laires, 616f Contraction musculaire, modèle des filaments coulis-
effets des anticoagulants coumariniques, 680 réticulation, 602, 783 sants avec pontages, 632-633
 Index 819

Contraction/contractilité. Voir Musculaire, contrac- Créatine kinase, 647 Cyclo-oxygénase, voie de la, 233-235, 234f, 235f
tion, signification diagnostique de la, 66, 769 Cycloheximide, 421
Contrôle, point de, (checkpoint), 384 Créatine phosphate, 308f, 312, 314f, 646 Cystathionnine-β-synthase, 294t
Conversion de précurseurs inactifs en produits actifs dans le muscle, 647t Cystéine, 19t, 306
par des protéases avec cascade d’amplification, 673 énergie libre d’hydrolyse, 116t besoins, 539
Coopérative, liaison Créatine phosphate, navette de la, 135, 135f conversion en taurine, 309f
de l’hémoglobine, 52 Créatine, 308, 308f métabolisme, 295-296, 297f
effet Bohr et, 54 Créatinine, 312, 314f anomalies, 295-296, 297f
description par l’équation de Hill, 77 clairance, 752, 753 source de pyruvate, 295, 297f
COPI, vésicules, 578, 581, 582t, 584 marqueur de la fonction rénale, 752 synthèse, 279, 279f
Copies, variation du nombre de, 457, 460, 734 valeurs de référence, 755t Cystine réductase, 296, 297f
COPII, vésicules, 578, 582, 582t, 584 CREB (protéine de liaison à l’élément de réponse à Cystinose (maladie du stockage de la cystine), 297
Coplanaires, atomes, caractère partiel de liaison dou- l’AMPc), 518 Cystinurie (cystine-lysinurie), 296
ble et, 23 CREB, protéine de liaison à, 524 Cytarabine (arabinosyl cytosine), 338, 339f
Coproporphyrines, 319f, 323 Crétinisme, 776 Cytidine monophosphate (CMP), 335t, 591
détection par spectrophotométrie, 321-322 Creutzfeldt-Jakob, maladie de, 46 Cytidine monophosphate N-acétylneuraminique, acide
Coproporphyrinogène I, 320, 320f, 321f Criblage, conditions de, pour les médicaments, dans (CMP-NeuAc), 591, 591t
Coproporphyrinogène III, 320, 320f, 321f les études cinétiques d’enzymes, 84 Cytidine triphosphate (CTP), 334
Coproporphyrinogène oxydase, 320, 321f, 322f Crigler-Najjar, maladie de, et phosphorylation, 117, 118
dans les porphyries, 323t type I (jaunisse congénitale non hémolytique), 328 Cytidine, 335t
Coprostanol, (coprostérol), 267 type II, 328 Cytochrome c oxydase, 127, 128f
Cores centraux, myopathie à, 638 Cristallographie par rayons X, démonstration de la Cytochrome oxydase, 121
Cori, cycle de, 201, 201f structure des protéines par, 48 Cytochrome P450, 504, 658
Cori, maladie de, 190t Cro, protéine, Cytochrome P450, enzyme de clivage de la chaîne
Coronaire (ischémique), maladie cardiaque. Voir aussi gène, 429, 429f, 430f latérale du, (P450scc), 498
Athérosclérose liaison à l’ADN, 431 Cytochrome P450, système du, 121, 124, 125f, 577,
cholestérol et, 268 structure 3D, 441f 691
Coronaire, maladie. Voir aussi Athérosclérose Croisssance, facteurs d’inhibition, 730 caractéres principaux, 705t
cholestérol et, 268 Crossing over (enjambement) inégal, 373, 373f effets sur l’ALA synthase, 320, 324
Coronaire, angioplastie, transluminale percutanée, Crossing-over (enjambements chromosomiques) et formes polymorphes, 705
recombinaison, 373, 373f induction enzymatique et, 324
(ACTP), 780
CRP. Voir c activée, protéine insertion membranaire, 576
Coronaires, maladie des artères, 562
Cryoprécipités, production par la technologie de interaction avec les médicaments, 705
Coronarienne, intervention, transcutanée, (ICT), 779
l’ADN recombinant, 681 isoformes, 704-705
Coronarienne, thrombose, 780
Cryptoxanthine, 543 dans le métabolisme des xénobiotiques, 705
Corrinoïdes, 554. Voir aussi Cobalamine
CSF. Voir Colonie, facteur de stimulation, dans le réticulum endoplasmique du foie
Corticostéroïdes, 784
CT. Voir Calcitonine humain, 704-705
Corticostéroïdes, globuline de liaison des, 511, 657t
CTP. Voir Cytidine triphosphate dans les tissus, 704
Corticotropine. Voir Adrénocorticotrope hormone
Cuivre, 558 lipides présents, 705
Cortisol, synthèse, 500
céruloplasmine dans la liaison du 659 nomenclature, 704
Cos, sites, 450
comme cofacteur, 664 mitochondrial, 124
Cosmides, 450 réactions catalysées, 704
dans la maladie de Menkes, 664
Cothromboplastine (facteur VII) dans la maladie de Wilson, 664 superfamille des enzymes héminiques, 704-705
effet des médicaments coumariniques, 680 dans les oxydases, 121 Cytochrome P450, système microsomal d’oxydation
et amorçage de la coagulation sanguine, 676, 677t enzymes en contenant, 664 de l’éthanol dépendant du, 255
Cotraductionnelle, glycosylation, 576 excès, 664 Cytochromes
Cotraductionnelle, insertion, 576, 576f, 577 Cuivre, mutations dans le gène codant l’ATPase de cytochrome a3, 121
Cotransport, systèmes de, 483f type P se liant au, cytochrome b5, 124, 577, 705
Coulomb, loi de, 8 rôle dans la maladie de Menkes, 665 cytochrome b558, 699
Coumarine, 680 rôle dans la maladie de Wilson, 665 comme déshydrogénases, 122
Couplage, 115, 115f Culture de cellules, 606 Cytokines, 784, 785f
ATP dans le, 115 Cuprique, toxicose, 641. Voir aussi Wilson, maladie dans la cachexie, 166
entre récepteur hormonal et effecteur, 438 de Cytosine, 335t
Couple moteur, 634 Cyanure appariement dans l’ADN, 355, 355f
Courbures dans la conformation des protéines, 39-40, effet sur la chaîne respiratoire, 132, 133f ses désoxyribonucléosides dans la synthèse des
40f effet sur la phosphorylation oxydative, 127 pyrimidines, 347-348, 349f
Covalente, modification Cycle cellulaire Cytosol, 568
dans la maturation des protéines, 46 anomalies dans les cellules cancéreuses, 733-734 glycolyse dans le, 162, 162f, 177
dans la régulation de la catalyse enzymatique, 89, aspects de base, 732 lipogenèse dans le, 225-228, 229f, 230
91, 92f. Voir aussi Phosphorylation ; Protéolyse phase S et synthèse de l’ADN, 380-383, 382f, 382t réactions de la voie des pentoses phosphates dans
flux métabolique et, 93 régulation, 579 le, 205-208
irréversible, 91, 92f Cycle cellulaire eucaryote, flexibilité, 94, 94f synthèse de l’ALA dans le, 318, 320f
régulation de la néoglucogenèse et, 198 Cyclines A, 371, 382f, 382t synthèse des pyrimidines dans le, 346
réversible, 91, 92f, 93t Cyclines B, 382f, 382t Cytosolique, branche, pour le tri des protéines, 570,
détection par spectrométrie de masse, 31-33, 31t, Cyclines D, 382, 382f, 382t 571f, 572
32f et cancer, 381 Cytosquelette
Covalentes, liaisons, Cyclines E, 382, 382f, 382t multiples fonctions cellulaires, 648-649
interaction lipides-protéines membranaires et, 477 Cyclines, 382-383, 382f, 382t protéines, 630
stabilisation des biomolécules par des, 8-9, 8t Cyclines, protéine kinases dépendantes des, 382, 382f, Cytotoxicité (lésion cellulaire), 708, 709f
Coxibs, 234 382t
CPT-I. Voir Carnitine palmityltransférase-I inhibition par les altérations de l’ADN/chromoso-
CRE. Voir AMP cyclique, élément de réponse à l’ mes, 384
820 Index
D Désoxyguanylate, 354
d-, acides aminés, libres, 21
D, bras, de l’ARNt, 361, 410f, 410
DAF, Decay accelerating factor, régulateur du complé-
ment 605
dAMP, 336f
Dantrolène, contre l’hyperthermie maligne, 638
Database of Genotype and Phenotype (dbGAP), 101
dATP, 759
dbGAP. Voir Database of Genotype and Phenotype
Débranchement, enzymes de
absence, 189t
dans la glycogénolyse, 187f, 188
Débrisoquine, 706
Décalage du cadre de lecture, mutations de, 412-413
Décarboxylation de la S-adénosylméthionine, 310
Découplantes, protéines, 132
Découplants/protéines découplantes
de la chaîne respiratoire, 131f, 132-133
sous-alimentation et, 539
Défense de l’organisme contre les infections bacté-
riennes, rôle des neutrophiles, 701
Défensines, 698t
Déficit multiple en sulfatases, 245
Dégénérescence du code génétique, 408
Dégradation des virus, 581
Démence, 761
Demi-vie
des enzymes, 282
des protéines, 282
plasmatiques, 656
Dénaturation,
analyse de la structure de l’ADN et, 355
repliement des protéines et, 44
température et, 75
Déphosphorylation. Voir aussi Phosphorylation des
protéines
comme modification covalente, 93, 93t
Déplacement/transfert, réaction de
double, 82
séquentiel (simple), 82
Dépolarisation, dans la transmission de l’influx ner-
veux, 487
Dépurination de l’ADN et réparation par excision de
base, 383
Dermatane, sulfates de, 619f, 620t, 618
fonctions, 556
Désamination oxydative, 284f
Désamination, 159, 160f
cycle de l’acide citrique et, 173
rôle du foie, 160
Déshydrocholestérol dans le métabolisme de la vita-
mine D, 543
Déshydroépiandrostérone (DHEA), synthèse de la,
500
Déshydrogénases, 121, 121-122, 123f
dans la chaîne respiratoire, 121-122
dépendant de la riboflavine, 122
dépendant du coenzyme nicotinamide, 122, 123f
et détection des enzymes, 66, 67
Desmine, 639
Desmostérol, dans la synthèse de cholestérol, 263,
263f
Désorption au laser assistée par la matrice. Voir
MALDI
Désoxy, sucres, 141, 141f
Désoxyadénylate, 354
Désoxycholique, acide, synthèse, 267
Désoxycytidine, méthylation des résidus, 432
Désoxycytidylate, 354
passive, 481t, 482f, 483f
Désoxyhémoglobine simple, 481t, 482f
fixation des protons, 54 Diffusion simple, 482, 483t, 482f
forme S, « pièce adhésive » et récepteur, 56f Diffusion/transport facilité, système de
Désoxyhémoglobine A, « pièce adhésive » et récepteur, et les transporteurs, 482-483
56, 56f hormones impliquées dans sa régulation, 483
Désoxynojirimycine, 601 modèle « Ping-Pong » du, 483, 484f
Désoxynucléotides, 363 pour la bilirubine, 325
Désoxyribonucléases (DNase)/DNase I, 362 pour le glucose. Voir aussi Glucose, transporteurs
chromatine active et, 367 du,
Désoxyribonucléoside diphosphates (dNDP), réduc- dans la membrane cellulaire des hématies, 617
tion des NDP en, 346, 346f effet de l’insuline, 487
Désoxyribonucléosides, 334 Diffusion/transport passif, 482, 481t, 482, 482f, 483f
dans la synthèse des pyrimidines, 347-348 Digestion, 534-535
Désoxyribose, 138 141 141f Digitaline, 487
3-Désoxyuridine, 338 action sur l’échangeur Ca2+-Na+, 640-641
Désoyribonucléique, acide. Voir ADN effets sur l’ATPase, dépendante de Na+- K+, 487
Destruction ciblée/knockout de gène, 461 Dihydrobioptérine réductase, défaut de la, 300
Détergents, 476, 478 Dihydrobioptérine, défaut de synthèse de la, 300
Détoxification par le système des cytochromes 124, Dihydrofolate/dihydrofolate réductase, effet du
125f méthotrexate sur la, 348, 556
Développement, biologie du, modèles, 721 Dihydrolipoamide déshydrogénase, 305t
Dextrines, 138 Dihydrolipoyl déshydrogénase, 182, 182f
Dextrinose limite, 190t Dihydrolipoyl transacétylase, 182, 182f
Dextrose, 139 Dihydropyridine, récepteur de la, 637
DHA. Voir Docosahexaénoïque, acide Dihydrotestostérone, 500, 501f
DHEA. Voir Déshydroépiandrostérone Dihydroxyacétone phosphate, dans la glycolyse, 239,
DHPR. Voir Dihydropyridine, récepteur de 239f
DHT. Voir Dihydrotestostérone
Dihydroxyacétone, 140f
Diabète bronzé, 774 24,25-Dihydroxyvitamine D3 (24-hydroxycalcidiol),
Diabète insipide néphrogène, 486
dans le métabolisme de la vitamine D, 546
Diabète sucré, 136, 202, 247, 602, 780, 787t Diiodotyrosine, 506
cétose/cétoacidose dans le, 223, 224
Dimercaprol, 132, 133f
cirrhose hépatique (stéatose) et, 253
Dimères
comme maladie métabolique, 157
d’histones, 366
hyperglycémie et, 167-168
de la protéine répresseur de lambda, cI, 429, 429f
lipogenèse dans le, 225, 229
de protéine Cro, 429, 429f
prise en charge des patients, 601
Dimériques, protéines, 41
taux d’acides gras libres dans le, 249
Diméthylallyl diphosphate, dans la synthèse de cho-
transport des lipides et maladie du stockage dans
lestérol, 261, 262f
le, 247
Diméthylaminoadénine, 336f
Diabétique, cataracte, 214
2,4-Dinitrophénol, 132
Diabétique, cétoacidose, étude de cas, 768-769
Diacylglycérol acyltransférase, 239, 239f Dinucléotide, 339
Diacylglycérol, 150, 535 Dioxygénases, 124
dans l’activation plaquettaire, 682, 683f Dipalmityl lécithine, 150
formation, 239f Dipeptidases, 537
Diagnostic moléculaire, tests de, 5 Diphosphatidylglycérol. Voir Cardiolipine
Diagnostique, enzymologie, 66 Diphtérique, toxine, 421, 486
Diagnostique, fenêtre, 67 Dipôles, formation par l’eau de, 8, 8f
Diagnostiques, tests. Voir Laboratoire, analyses de Disaccharidases, 534
Diamond-Blackfan, anémie de, 690 Disaccharides, 138, 141, 142f, 143t Voir aussi rubri-
Diarrhée, 608 ques spécifiques
sèvère, transport du glucose comme thérapie, 487 Dislocation, 579
Dicarboxylique, acidurie, 224 Dissociation, 582
Dicer, nucléase, 404 du faisceau de quatre hélices, 583
Dicoumarol (4-hydroxydicoumarine), 550 Dissociation de l’eau, 11
DICS. Voir Immunodéficience sévère combinée Dissociation, constantes de, 11
Diélectrique, constante, de l’eau, 8 constante de Michaelis (Km)et, 77
Diéthylènetriaminepentaacétate (DTPA), comme dans le calcul du pH, 11
antioxydant préventif, 155 dans les acides faibles, 11
Différenciation tissulaire, rôle de l’acide rétinoïque, Disulfures, liaisons (ponts), repliement des protéines
545 et, 45
Diffusion, DIT. Voir Diiodotyrosine
effets de l’insuline, 487 DIT/MIT, rapport, 505
facilitée, 45, 481, 481t, 482-483, 482f, 484f Divalents, transporteur de métaux, 659
de la bilirubine, 326 Diversité
du glucose. Voir aussi Glucose, transporteurs de combinatoire, 670
membrane des hématies et, 617 des anticorps, 670-671
hormones de régulation, 483 jonctionnelle, 671
modèle « Ping-Pong », 483, 484f Dixon, représentation de, 81
nette, 482f DMT1. Voir Divalents, transporteur de métaux
 Index 821

DNase (désoxyribonucléase)/DNase I, 368 dissociation, 11 Emtricitabine, 83

chromatine active et, 367
et technologie de l’ADN recombinant, 449t
DNase humaine, 766
dNDP. Voir Désoxyribonucléosides diphosphates
Docking (arrimage moléculaire), programme de, 44
Docking (arrimage), 572
dans l’importation nucléaire, 571
Docking (arrimage), protéine de, 562, 563f
Docosahexaénoïque, acide, 233
Dolichol, 154, 154f, 596
dans la synthèse du cholestérol, 262f, 263
structure, 596
Dolichol-P-P-GlcNAc (Dol-P-P-GlcNAc), 596
Dolichol-P-P-oligosaccharide, voie de synthèse, 596f
structure, 597f
Dolicholpyrophosphate-oligosaccharide (Dol-P-P-
oligosaccharide), 595-598
Domaines régulateurs, 41
Domaines. Voir aussi les différents types
de l’albumine, 657
de la chromatine, 366f, 367
de liaison à l’ADN et activation de la transcription,
442f
des protéines, 40
Dopa décarboxylase, 311, 314f
dans la biosynthèse des catécholamines, 504
Dopamine β-hydroxylase (DBH), dans la biosynthèse
des catécholamines, 505
Dopamine. Voir aussi Catécholamines
biosynthèse, 504, 504f
synthèse, 311, 314f
Double déplacement, réactions de, 82
Double hélice, structure de l’ADN en, 10, 355-356,
355f
Double inverse, représentation en, pour évaluer les
inhibiteurs, 80
Double-brin, ADN, 355, 363, 384. Voir aussi ADN
Double-brin, réparation des coupures des, 383t, 384,
383f, 385f
Douleur et prostaglandines, 222
Doxycycline, antibiotique, 762
Drosha-DGCR8, nucléase, 404
DTPA (diéthylènetriaminepentaacétate) comme anti­
oxydant préventif, 155
Dubin-Johnson, syndrome de, 329
Duchenne, myopathie de, 460, 639-640
étude de cas clinique, 769-770
Dynamine dans la pinocytose d’absorption, 489
Dysbêtalipoprotéinémie, familiale, 269t
Dyslipoprotéinémie, 269, 269t
Dysplasie thanatophorique, 628
Dysplasie, 765
Dystrophine, 631, 639-640, 769, 770, 770f
Dystrophine, gène la codant, 769
E Élongase, 229, 230f
E coli, métabolisme du lactose chez, hypothèse de
l’opéron et, 426, 428f
E coli, vecteur (PAC) basé sur le bactériophage P1 de,
450
E-cadhérine, 739
E, site de sortie, dans la synthèse protéique, 410f
E0. Voir Rédox (oxydation-réduction)potentiel d’,
Eact. Voir Activation, énergie d’
Eau, 3, 8-9
coefficient de perméabilité, 477f
comme nucléophile, 10-11
comme solvant biologique, 7, 8f
dans les liaisons hydrogène, 7, 8f
structure biomoléculaire et, 8-9, 8t Émulsions de lipides amphiphiles, 155, 155f
structure, 8f Encéphalopathie
Éboueur, récepteur. Voir Classe B, récepteur éboueur de Wernicke, 551
Échange par des transporteurs, 133-136, 134f due à l’hyperbilirubinémie (ictère nucléaire), 328
Échange par diffusion, systèmes d’, 133 due à un défaut mitochondrial héréditaire, 127
ECL. Voir Extracellulaire, liquide spongiformes (maladies à prions), 45
EcoRI, 448, 449, 451f Encéphalopathie spongiforme bovine, 46
EcoRII, 448t Encéphalopathies spongiformes transmissibles (mala-
Edman, réactif d’, pour le séquençage des protéines dies à prion), 46
(phénylisothiocyanate), 29, 31f ENCODE, projet, 101
Edman, réaction d’, pour le séquençage des protéines, Encombrement de l’environnement du fer héminique,
29, 31f 51
EDRF. Voir Endothélial, facteur relaxant Endergonique, réaction, 114
EDTA (éthylène diamine tétraacétate) comme couplage et, 114
antioxydant préventif, 155 ATP dans le, 115
EDTA, comme antioxydant préventif, 155 Endocrine, système. Voir aussi Hormones
EFA. Voir Acides gras essentiels diversité, 493-511
Effecteurs, 736 régulation neurale, 493
EGF. Voir Récepteur du facteur de croissance épider- Endocytose médiée par un récepteur, 489f, 489
mique, EGFR Endocytose, 488, 489f
Ehlers-Danlos, syndrome d’, 47, 276, 611, 613 médiée par des récepteurs, 488f, 489
Eicosanoïdes, 149, 233, 234f Endoglycosidase F, 592
Eicosapentaénoïque, acide, 231f, 236 Endonucléases, 363, 448
eIF dans la synthèse protéique, 413 apurinique et apyrimidique, dans la réparation par
eIF-4E, complexe, dans la synthèse protéique, 415 excision de base, 384
Élaïdique, acide, 148t, 149, 149f dans la technologie de l’ADN recombinant, 448t,
Élastase, dans la digestion, 537 449, 449t
Élastine, 611 de restriction, 362, 447-448, 448t
Électrogène, effet, 487 Endopeptidases, 537
Électrolytes et autres ions, valeurs de référence, 756t Endosymbiose, 716
Électrons, coenzymes flaviniques comme transpor- Endothélial, dysfonctionnement, 780
teurs d’, 552 Endothélial, facteur relaxant, 645. Voir aussi Nitrique,
oxyde
Électrons, flavoprotéine transférant les, 127, 218
Endothéliales, cellules, 602
Électrons, flux d’, à travers la chaîne respiratoire, 127,
dans la coagulation et la thrombose, 682, 684t
127f
Endotoxine de V. cholerae, sous-unités de l’, 763
Électrons, mouvement des, dans le transport actif,
Énergétique, balance, 539
486
Énergie
Électrophiles, 10
besoins alimentaires en, 538
Électrophorèse
d’activation, 72
pour l’analyse des protéines plasmatiques, 653
transduction dans les membranes, 473
en polyacrylamide pour purifier les protéines/pep-
Énergie libre
tides, 28, 28f d’hydrolyse de l’ATP, 115, 116t
bidimensionnelle, expression protéique et, 34
variations, 114
Électrophorèse bidimensionnelle, expression des pro- couplage et, 114, 114f
téines et, 34 effet des enzymes, 75
Électrophorèse sur gels de polyacrylamide pour la état d’équilibre et, 72
séparation des protéines/peptides, 29, 30f états de transition et, 72-73
Électrostatiques liaisons/interactions, 9, Voir aussi potentiel rédox et, 120, 121t
Salines, liaisons (électrostatiques) sens des réactions chimiques et, 71-72
rupture de la fixation de l’oxygène, effet Bohr, pro- Énergie, capture d’, 117
tons et, 51 Énergie, dépense d’, 538
Électrovaporisation, ionisation par, 33, 33f Énergie, transfert d’, 115
en spectrométrie de masse, 32 Enhancer. Voir Amplificateur
ELISA, enzyme linked immunoassays 65 Énolase, dans la glycolyse, 180, 179f
Elliptocytose héréditaire, 692, 695 Entactine, 617
Entérocytes, absorption du fer, 659
dans la synthèse des acides gras polyinsaturés, 232, Entérohépatique, circulation, 268
232f dans l’absorption lipidique, 535
Élongation Entérohépatique, cycle, de l’urobilinogène, 327
dans la synthèse d’ARN, 390 Entéropeptidase, 537
dans la synthèse protéique, 417f Entérotoxine, 763
Élongation des chaînes Enthalpie, 114
dans la synthèse des acides gras, 229, 230f Entrez Gene, 101
dans le cycle de la transcription, 390, 390f Entropie, 114
Élongation, arrêt d’, 575 Enzymatique, oxydation, des molécules organiques
Élongation, facteurs d’, dans la synthèse protéique, par l’oxygène moléculaire, 713
417, 418, 418f Enzymatiques, mécanismes, et espèces réactives de
facteur 2, 417, 417f l’oxygène (EROS), 718
facteur, EF1A, 416, 417f Enzyme-linked immunoassay. Voir ELISA, 65
Empreinte (footprinting), de l’ADN, 465 Enzyme-substrat (ES), complexe, 61
822 Index

Enzymes, 10 Équivalents réducteurs Exocrines, glandes, 766

activées par un métal, 60 dans la voie des pentoses phosphates, 208 Exocytose, 488, 489, 490
activité catalytique, 64. Voir aussi Catalyse/Cataly- dans le cycle de l’acide citrique, 171-171, 172f Exocytotique (sécrétoire), voie, 568
tiques, réactions (enzymatiques) dans les mitochondries, 127, 128f Exons, 370, 401, 456
cinétique, 75. Voir aussi Cinétique (enzyme) ERAD, dégradation des protéines mal repliées asso- interruption des. Voir Introns
permettant leur détection, 64-66 ciée au réticulum endoplasmique, 579, 586f Exonucléases, 363, 445
analyse comme aide au diagnostic, 66-68 Ercalcitriol, 546 et technologie de l’ADN recombinant, 449t
de l’infarctus du myocarde, 66 Ergocalciférol (vitamine D2), 546 Exopeptidase, 537
cinétique, 74-75. Voir aussi Cinétique (enzymati- Ergostérol, 153, 154f Exportines, 571
que) Erlotinib, 743 Extracellulaire, environnement, maintenance par les
classification, 59 EROS, mécanismes chimiques et espèces réactives de membranes, 474, 474t
concentration, effet sur la capacité catalytique, l’oxygène, 714 Extracellulaire, enzymes lysosomiaux, 606
88-89 Erreurs aléatoires, 751 Extracellulaire, liquide (ECF), 474, 474t
dans la réparation de l’ADN, 383, 384t Erreurs innées du métabolisme, 3, 292 Extramitochondrial, système, synthèse des acides gras
dans le développement de médicaments, 83 Érythrocytaire, unité d’éclosion, 606f, par le, 227
régulation, 88-94, 163f Érythrocytes Extrémités cohésives d’ADN, ligature d’, 449, 449f
spécificité, 59 glycolyse dans les, 181, 181f Extrinsèque, voie, de la coagulation sanguine, 676,
dans le diagnostic/pronostic des maladies, 66 hémolyse et voie des pentoses phosphates/gluta- 677f, 736
de débranchement thion peroxydase 208-209, 209f Ézétimibe, contre l’hypercholestérémie, 269
absence, 189t métabolisme, 167t
dans la glycogénolyse, 187f, 188 nécessité métabolique du glucose, 164
rôle de l’hémoglobine S  « à pièce adhésive », 55 F
de ramification, dans la biosynthèse du glycogène,
187, 187f voie du 2,3-bisphosphoglycérate dans les, 181, 181f
Érythropoïétine et production d’hématies, 689 Fab, région, 668
de restriction. Voir Restriction, endonucléases/enzy­
Érythropoïétine humaine (EPO), 689 Fabry, maladie de, 244t
mes de,
Érythropoïétine recombinante (époïétine alpha/ Facteur I (fibrinogène), 654f, 678, 678t
dégradation, contrôle, 89
EPO), 600, 689 conversion en fibrine, 678-679
des neutrophiles, 697, 697t
Érythropoïétine/érythropoïétine recombinante (époïé­ Facteur II (prothrombine), 678, 678t
dosage, 55
tine alfa/ EPO), 688f effet des médicaments coumariniques, 680
effet des substrats sur leur conformation, 61
clonage, 628 Facteur III (facteur tissulaire), 677, 677f, 678t, 679t
effet sur la vitesse d’hydrolyse, 10 Facteur IV. Voir Calcium
génie génétique pour leur étude, 68 ES, complexe. Voir Enzyme-substrat (ES), complexe
ESB. Voir Encéphalopathie spongiforme bovine Facteur IX (facteur antihémophilique B/facteur
inhibition irréversible (empoisonnement), 73 Christmas/composant plasmatique de la thrombo-
Escherichia coli, métabolisme du lactose chez, hypo-
isostériques, 90 plastine), 677f, 678, 678f, 678t, 679t
thèse de l’opéron et 424, 425f
isozymes, 64 déficit en, 680
Escherichia coli, vecteur (PAC) basé sur le bactério-
mécanismes d’action, 61 effet des médicaments coumariniques, 680
phage P1 de, 448
membranes et localisation des, 473 Facteur tissulaire, (facteur III), 677, 678f
Essentiels, acides aminés,. Voir Nutritionnel, acides
plasmatiques, signification diagnostique, 66 Facteur tissulaire, complexe du, 677
aminés essentiels du point de vue
régulatrices, 162, 163f Facteur tissulaire, inhibiteur de la voie du, 677
Essentiels, acides gras, 226, 231, 232f, 232
réseaux de contrôle, 93 Facteur V (proaccélerine/facteur labile/globuline
carence, 232
sites actifs, 60-61 accélératrice), 678, 678t, 679f, 679t
métabolisme anormal des, 235
spécificité, 59 Facteur V, Leiden, 680
production des prostaglandines et, 233
Enzymes, induction des, 706 EST. Voir Encéphalopathie spongiforme transmissi- Facteur VII (proconvertine/accélérateur sérique de
cytochrome P450 et, 324 ble conversion de la prothrombine/cothromboplastine),
dans la régulation de la néoglucogenèse, 198, 198t Étain, 559t 651, 677f, 678t, 679t
Enzymes, inhibiteurs des, les médicaments en tant qu’, Éthanol, 772f effet des médicaments coumariniques, 607-608
83 absorption du fer et, 538 Facteur VIII (facteur antihémophilique A/globuline
Enzymologie sur molécule isolée, 65 cirrhose et, 254-255 antihémophilique), 677f, 678, 678t, 679t
Enzymopathies, 692 glycosylation de la transferrine en cas d’abus chro- déficit en, 680
Épiderme, 713t nique, 659 Facteur VIII, concentrés de, production par génie
Épidermolyse bulleuse, 614 Éthanol, intoxication aiguë, étude de cas clinique, génétique, 681
Épigénétique, mécanismes 770-771 Facteur X (facteur Stuart-Prower), 677f, 678t, 679t
dans le cancer, 737 Éthers de lipides, biosynthèse des, 241f activation, 676-677, 676f
facteurs impliqués, 737f Étiquette SNP, 101 effet des médicaments coumariniques, 680
Épigénétiques, signaux Eucaryote, ADN, 438 Facteur X, activation de la prothrombine en throm-
cis-trans, 434, 435f Eucaryote, complexe de transcription, 396 bine par, 677f, 678, 679
transmission et propagation, 436f Eucaryote, expression génique, 432-434. Voir aussi Facteur XI (antécédent de la thromboplastine plasma-
Épimérases Génique, expression tique), 677f, 678t, 679t
dans la voie des pentoses phosphates, 207f, 208 interactions ADN/protéines, modèle du bactério- déficit en, 680
dans le métabolisme du galactose, 211, 212f phage lambda, 428-432, 428f Facteur XII (facteur de Hageman), 677f, 678, 678t,
Épimères, 140, 140f Eucaryote, structure de l’ARNm, 444f 679t
Épingle à cheveux, 357, 359f, 465, 578 Eucaryote, transcription et expression génique, 442t Facteur XIII (facteur de stabilisation de la fibrine/
Épithélio-mésenchymateuse, transition, 740 Eucaryotes, promoteurs, dans la transcription, 394 fibrinoligase), 677f, 678t, 679t, 680
Épitope (déterminant antigénique), 41 Euchromatine, 368 Facteurs de croissance polypeptidiques, 732t
EPO (érythropoïétine humaine), 688 Évolution et durée de vie, 723 fonctions, 731
Époxyde hydrolase, 709 Évolution Humaine, 4 relation avec le cancer, 732
Époxydes, 709 Excitation-réponse, couplage, rôle des membranes, FAD. Voir Flavine adénine dinucléotide
Éprodisate, 668 474 FADH2, production par oxydation des acides gras,
Équilibre, constante d’ (Km), 77 Exergonique, réaction, 114 218f
changements d’énergie libre et, 73 couplage et, 114 Farber, maladie de, 244t
dans la catalyse enzymatique, 74 rôle de l’ATP, 115 Farnesoïde X, récepteur de, dans la régulation de la
Equilibrées, réactions chimiques, 72 Exinucléase et réparation de l’ADN, 383f synthèse des acides biliaires, 268

Farnésyl diphosphate dans la synthèse de cholestérol/
polyisoprénoïde, 261, 262f, 263, 264
Fatigue musculaire, 178
Faux sens, mutations, 411, 411f
cause de cardiomyopathie hypertrophique fami-
liale, 641-642
Favisme, 213
Fc, fragment, 668
Fe. Voir Fer
Fécondation, inhibition, 603
Fécondation, les glycoprotéines dans la, 603
Fenton, réaction de, 691, 691t
Fer des porphyrines, 318
Fer-soufre, protéine, dans les complexes de la chaîne
respiratoire, 127, 129f
Fer, 548t
absorption, 537, 657, 657f, 774
dans l’hémochromatose, 537
effets de la vitamine C et de l’éthanol, 537
anémie due à un déficit en, 687t
besoin chez les femmes, 659
capacité de liaison totale, 663
capacité totale de liaison, 764
carence/anémie de carence, 543
élément de réponse au, (IRE), 661
ferreux, dans le transport de l’oxygène, 49-51
hème, 324, 657
absorption, 317, 537
dans la méthémoglobinémie, 55
encombrement stérique de l’, 50-51
incorporation dans la protoporphyrine, 319, 319f
non-héminique, 658
paramètres de l’homéostasie, valeurs de référence,
756t
surcharge en, 537
transport par la transferrine, 657
Fermé, complexe, 393
Ferreux, fer
et transport de l’oxygène, 49-51
incorporation dans la protoporphyrine, 319
Ferrique, fer, 324
dans la méthémoglobinémie, 55
Ferriréductase, 658f
Ferritine, 538, 564, 657-658, 691, 774
effets sur la synthèse protéique, 375, 420
valeurs de référence, 755t
Ferritine, récepteur de la, 659
Ferrochélatase (hème synthase), 321, 323t, 324
dans les porphyries, 323t
Ferroportine, 537, 659
Feuillets plissés β, parallèles, 39
FFA. Voir Acides gras libres
FGFR3 (récepteur 3 du facteur de croissance fibro-
blastique), 627
Fibrine
dans les thrombi, 675
dépôt de, 675
dissolution par la plasmine, 680-681, 681f
fibrilline I, 615
fibrilline II, 615
formation de réseau, 675
rôle de la thrombine, 678-679
formation, 676f, 678
Fibrinogène (facteur I), 654f, 676, 678t
conversion en fibrine, 678-679
Fibrinoligase.(facteur XIII), 677f, 678t, 679t, 680
Fibrinolyse, 684t
Fibrinopeptides A et B, 679f
Fibroblastes, récepteur du facteur de croissance des,
627
Fibroblastes, 599
Fibronectine, 611, 613
représentation schématique, 615f
représentation schématique des interactions cellu-
laires, 616f
Fidélité des tests d’analyses médicales, 750
Figlu. Voir formiminoglutamate
Filaments épais (de myosine), 631, 632
Filaments fins (d’actine), 631, 632
Filtration sur gel pour la séparation des protéines/
peptides, 28f
Fingerprinting de l’ADN, 465
FISH. Voir Hybridation in situ par fluorescence
Flambée respiratoire, 539, 699
Flavine adénine dinucléotide (FAD), 122, 338t, 552
dans le cycle de l’acide citrique, 173
Flavine adénine mononucléotide (FMN), 60, 122,
552
Flavoprotéines
comme oxydases, 121-122, 124f
dans le complexe de la chaîne respiratoire, 122, 127
de transfert des électrons, 122
Flip-flop (bascule), des phospholipides, asymétrie des
membranes et, 478
Fluidité membranaire, 480
Fluor, 559t
dans la glycolyse, 179f
Fluorescence des porphyrines, 322, 322f
1-Fluoro-2,4-dinitrobenzène (réactif de Sanger), pour
le séquençage des polypeptides, 29
Fluoroacétate, 173f
5-Fluorouracile, 338f
Fluvastatine, 269
Flux de masse des protéines membranaires, 584
Flux, réaction génératrice de, 162
FMN. Voir Flavine adénine mononucléotide
Foie
biopsie hépatique, 773
capture de la bilirubine, 325-327, 326f
capture du glucose, 164
cirrhose, 170, 254, 770
fructose 2,6-bisphosphate et régulation, 199, 199f
des lipides, 253, 254f
du glycogène, 187f
glycogène, 186, 187t
glycogénolyse, 188
isoformes du cytochrome P463, 632
lors du jeûne, 166
métabolisme de la vitamine D, 546
métabolisme du, 158, 160f, 161f, 167t, 170
fructose, 209, 210f
glucose, 196f, 199, 200f
oxydation des acides gras, cétogenèse et, 220,
220f, 221f
phosphorylase et son contrôle, 188
production de corps cétoniques, 219, 220f, 221
stéatose
alcoolisme et, 254
déséquilibre du métabolisme des triacylglycé-
rols, 253-254
pendant la grossesse, 224
surcharge en fructose et, 213
synthèse de l’hème, 319
ALA synthase dans sa régulation, 399-321, 322f
synthèse de la vitamine D3, 548f, 549f
synthèse de protéines plasmatiques, 161, 655
Foie, tests fonctionnels et valeurs de référence, 752t
Folate, piège à, 555f
Folate. Voir Folique, acide
Folding. Voir Repliement
Folique, acide, 543, 555
carence, 293
coenzymes dérivés, 60
Index 823
formes alimentaires, 555
inhibiteurs de son métabolisme, 555
suppléments, 556
Fonctionnels, groupements
effet du milieu sur leur pK, 14
effets sur la réactivité chimique des acides aminés,
22-23
effets sur les propriétés des acides aminés, 21-22
signification physiologique, 12-13
Footprinting. Voir Empreinte
Forbes, maladie de, 190t
Forkhead, facteur de transcription, 43f
Formiminoglutamate, dans le catabolisme de l’histi-
dine, 295, 296f
Formique, acide, valeur de pK/pKa, 15t
Formyl-tétrahydrofolate, 556
Fourier, synthèse de, 43
FPA/FPB. Voir Fibrinopeptides A et B
Fractionnement, 27f
d-Fructofuranose, 139f
Fructokinase, 210, 211f
déficit en, 213
d-Fructopyranose, 139f
Fructose
absorption, 534, 534f
dans la cataracte diabétique, 214
effet sur l’absorption du fer, 537
formes pyranose et furanose du, 139f
hépatique
effet sur le métabolisme, 209-214, 211f
hypertriacylglycérolémie/hypercholestérolé-
mie/hyperérucémie et, 212
indice glycémique, 534
métabolisme, 211f
défaut du, 213-214
Fructose 6-phosphate,
dans la glycolyse, 178, 179f
dans la néoglucogenèse, 196f, 206
énergie libre d’hydrolyse, 116t
d-Fructose, 140t
Fructose-1,6-bisphosphatase, 207
dans la glycolyse, 178, 179f
dans la néoglucogenèse, 196f, 206
Fructose-2,6-bisphosphate, 198, 197f
dans la catalyse covalente, 63
Fructose, intolérance héréditaire au, 214
Fructosurie essentielle, 206, 214
Fucosyltransférase/fucosyl (Fuc) transférase, 696
Fumarase (fumarate hydratase), 171f, 172
Fumarate, 171f, 172
dans le catabolisme de la tyrosine, 309f
dans la synthèse de l’urée, 286-287
Fumarylacétoacétate dans le catabolisme de la tyro-
sine, 298, 299f
Fumarylacétoacétate hydrolase, 294t
défaut dans la tyrosinémie, 297
Furanose, formes cycliques, 139, 139f
Furine, 584
Fusion de vésicules, 582
Fusion, protéines de, recombinantes, dans l’étude des
enzymes, 68
Fusion/transition, température de, 356, 480
FXR. Voir Farnésoïde X, récepteur du
G
G-CSF. Voir Granulocyte, facteur stimulant les colo-
nies de
G6PD (glucose 6-phosphate déshydrogénase), 690t, 691
déficience, 687t
et anémie hémolytique, 691, 691f
824 Index

GAG. Voir glycosaminoglycannes Génétique, 1 réticulocytes et synthèse protéique, 689, 690

Gal transférase, 697 Génétique, altérations, causes, 725 transport du glucose, 689
Gal-Gal-Xyl-Ser, trisaccharide, 593 Génétique, code, 354, 408, 409t régulation par production d’érythropoïétine, 688
GAL1, amplificateur (enhancer), 441 caractéristiques, 409, 409t Globuline de liaison aux hormones sexuelles (globu-
Galactokinase, 211, 212f Génétique, consultation, 770 line de liaison à la testostérone, aux-œstrogènes),
défauts héréditaires, 213 Génétique, liaison. Voir Liaison, analyse de 657t
d-Galactosamine (chondrosamine), 141 Génétique, prédisposition, 765 Globulines, 657
Galactosamine, 212 Génétiques, facteurs, influençant l’obésité, 781 Glomérulaire
Galactose 1-phosphate uridyl transférase, 212, 212f Génétiques, maladies. Voir aussi les différentes mala- filtration, 616
Galactose, 138 dies membrane, 616
absorption, 534, 534f diagnostic protéinurie, 753t
d-galactose, 139f, 140t enzymes utilisées, 68 Glomérule rénal, 614
indice glycémique, 534 technologie de l’ADN recombinant et, 456, 458f Glomérulonéphrite, 617
métabolisme, 210-211, 212f thérapie génique, 458 Glucagon, 158, 189, 198
déficits enzymatiques et, 214 Génétiques, syndromes, maladies, 765 durant le jeûne, 166
Galactosémie, 207, 214 Génétiques, tests, 775 et régulation de la néoglucogenèse, 198
Galactosidases, 592 Génétiques, variations, cause de maladies, 457-458 et régulation de la lipogenèse, 230, 230f
Galactosylcéramide, 152, 152f, 243, 244t Génétiques, variations, 656 Glucagon/insuline, rapport, dans la régulation de la
GalCer. Voir Galactosylcéramide Genève, système de, pour la nomenclature des acides cétogenèse, 222
GalNAc transférase, 697 gras, 147 Glucanne transférase dans la glycogénolyse, 188f, 188
GalNAc-Ser(Thr), 592 Génique, expression Glucanne, (glucosanne), 141
Gamma glutamyl transférase (γ GT/GGT), valeurs de constitutive, 425 Glucides, 136-145 Voir aussi Glucose, Sucres ; diffé-
référence, 757t dans la régulation de la synthèse des nucléotides rents types
Gamma-glutamyl phosphate, 277 pyrimidiques, 348 classification, 137, 138t
Gamma-glutamyl transférase (GGT), 707 inhibition par miARN et siARN, 362 dans la synthèse des acides gras, 163
Gamma-hydroxybutyrate, metabolisme, 314 315f régulation, 424 dans les lipoprotéines, 144
gamma-Tubuline, 649 négative vs positive, 424-425, 424t dans les membranes cellulaires, 144
Ganglioside GM, 763 réponses temporelles et, 424-432, 424f digestion et absorption, 534
Gangliosides GM1, 763 rôle de l’acide rétinoïque, 544 interconversion, 164
Gangliosides, 152 transcriptionnelle eucaryote, 428-432 isomérie, 138-139, 138f
acides sialiques des, 141 Génital, tractus, 766 métabolisme, 158, 158f, 159f
sucres aminés des, 140, 213f Génome maladies associées, 137
synthèse, 243, 243f en médecine et bioinformatique, 97 vitamine B1 et, 547f
Gastroentéropathie, déperdition protéique et, 656 invalidation ciblée d’un gène (knockout), 460 régimes amaigrissants très pauvres en, 203
Gaucher, maladie de, 244t redondance du, 370-371 surface cellulaire et glycolipides, 137
GDH. Voir Glutamate déshydrogénase/l-glutamate Génomique, 97 Glucides, protéines de liaison aux, 592
déshydrogénase séquençage des protéines et, 30 Glucidique, complexe. Voir les différents types
GDP, 572 Génomique, banque, 452 Glucocorticoïdes, 515. Voir aussi types spécifiques
GDP. Voir Guanosine diphosphate Génomique, instabilité, des cellules cancéreuses, 734 dans la lipolyse, 256, 257f
GEF. Voir Guanylique, nucléotides, facteur d’échange Génomique, révolution, 98 effet sur la glycémie, 202
Géfinib, 743 Génomique, technologie, 448-466. Voir aussi Recom- régulant l’expression de gènes, 515f
Gemfibrozil, 269 binant, ADN/ Recombinant, technologie de l’ADN synthèse, 499, 499f
Genbank, 100 Génomiques, ressources, 99 transport par la globuline de liaison aux corticosté-
Genbank, UniProt et Protein Database (PDB), 99 Géranyl diphosphate, dans la synthèse du cholestérol, roïdes, 511
Gène 261, 262f d-Glucofuranose, 139f
altérations, 372-375, 374f Géranylgéranyl, dans le recouvrement des vésicules, Glucogéniques, acides aminés, 174
amplification pour réguler l’expression génique, 584 Glucokinase, 197t
383f Gibbs, changements d’énergie libre de, 114.Voir aussi dans la biosynthèse du glycogène, 186, 187f, 198t
de ménage, 425 Energie libre, changements d’, dans la glycolyse, 178, 179f, 198t
des immunoglobulines et réarrangement de l’ADN, Gilbert, syndrome de, 328 dans la régulation de la glycémie, 201, 201f
374-375 GlcCer. Voir glucosylcéramide Gluconolactone hydrolase, 206, 208f
réparation des cassures double brins et, 385 GlcNAc phosphotransférase, 598 d-Glucopyranose, 142f
extinction ( knockout), 460 GlcNAc transférase V, 740 Glucosamine (GlcN), 619
inconnus auparavant, 4 GlcNAc, résidus, 593 Glucosanne (glucanne), 142
inductible, 425 Glibenclamide. Voir Glyburide Glucose 1-phosphate
invalidation ciblée, 460 Globine, 396 dans la néoglucogenèse, 196f, 197
maturé, 374 Globules rouges, 593-599. Voir aussi Érythrocytes énergie libre d’hydrolyse, 116t
Gène A, 697 à partir des cellules souches hématopoïétiques, Glucose 6-phosphate déshydrogénase
Gène, conversion de, 374 686, 687 dans la voie des pentoses phosphates, 205, 206f,
Gène, délétions et duplications, 770 différenciation schématique, 688f 207f
Gène, destruction de/knockout, ciblée, 461 durée de vie, 688 déficit, 205, 211-212
Gène, transcription, base de données GeneCards, 101. fonctions, 687-688 Glucose 6-phosphate déshydrogénase (G6PD) 691t,
du. Voir Transcription leur transporteur de glucose, 689, 690t 691
Gène. amplification de, 730, 729t maladies, 686, 687t déficience, 687t
Gène. Voir aussi Gènes ; Génome membrane, et anémie hémolytique, 691, 691f
Gènes codants, 606 analyse par SDS-¨PAGE, 693, 694f Glucose 6-phosphate, 187
Gènes codés par le génome mitochondrial humain, données biochimiques, 693t dans la biosynthèse du glycogène, 186, 187f
716t protéines cytosquelettiques périphériques, 694t, dans la glycolyse, 178, 179f
Gènes humains, localisation, 457t 695 dans la néoglucogenèse, 201, 202f
Gènes, cartographie des, 373 protéines intrinsèques, 693-694, 694f, 694t énergie libre d’hydrolyse, 121t
Gènes, puces de, et expression protéique, 34 métabolisme, 689t d-Glucose, 139f, 140f, 141t
Génétique inverse, 766 production d’oxydants, 690, 691 l-Glucose, 139f
 Index 825

Glucose, 138-142, 648, 767 Glutathion, 718
absorption, 533-540, 534 et conjugaison, 706-707
capture, 164 Glutathion peroxydase, 123, 209, 209f, 204, 691, 691t
coefficient de perméabilité, 477f Glutathion réductase érythrocytaire
comme précurseur de sucres aminés, 211, 213f statut en riboflavine et, 552
conversion du galactose en, 210, 212f voie des pentoses phosphates et, 208, 209f
dans la biosynthèse du glycogène, 186, 187f Glutathion réductase, 691, 691t
dans le liquide extra- et intra-cellulaire, 474, 474t Glutathion S-transférases, 69f, 707
épimères du, 144, 144f Glyburide (glibenclamide), 224
et sécrétion d’insuline, 200-202 Glycation, hémoglobine glyquée (HbA1c)valeurs de
formes furanose, 138, 139f référence, 756t
formes pyranose, 138, 139f Glycation, produits avancés de, (AGE), 602, 718
indice glycémique, 534 formation, 601, 602f
interconversion, 164 Glycémie,
isomères, 139, 139f à l’état alimenté, 164, 166
nécessité métabolique, 164 effet de l’insuline, 200-202
seuil rénal, 202 et acides gras libres, 255-256
structure, 138, 139f et érythrocytes, 689
transport, 200, 201f, 487-488, 488f, 534 normale, 186
effet de l’insuline, 487 par la voie des pentoses phosphates, 158, 205, 206f,
valeurs de référence, 755t 207f, 209f
Glucose perméase, 690, 690t régulation
Glucose sanguin. Voir Glycémie alimentation/néoglucogenèse/glycogénolyse,
Glucose-alanine, cycle, 201, 201f rôles de, 200-203, 200f, 203f
Glucose, acides gras et synthèse du, 161 aspects cliniques, 202-203, 203f
Glucose, métabolisme du, 158-159, 159f, 178, 178f, effet de l’insuline, 200-202
179f, 198, 199 f Voir aussi Néoglucogenèse ; Glycolyse effet du glucagon, 202
Glucose, tolérance au, 203, 203f glucokinase et, 201, 201f
Glucose, transporteurs, 201, 690, 690t mécanismes métaboliques et hormonaux, 201,
dans la régulation de la glycémie, 193, 194, 248 201t
rôle du glycogène, 188
influence de l’insuline, 487
valeurs limites, 200
Glucoside, 140
Glycémique, indice, 142, 534
Glucosurie, 172, 627
Glycéraldéhyde (glycérose), isomères d et l, 139f
Glucosylcéramide, 152, 243, 244f
Glycéraldéhyde 3-phosphate
Glucosyltransférase, 599
dans la glycolyse, 178, 179f
d-Glucuronate, 209
oxydation, 178, 180f
Glucuronate/acide glucuronique, 209, 210f
Glycérol, 147
conjugaison de la bilirubine avec lui, 326, 326f
coefficient de perméabilité, 477f
Glucuronidation de la bilirubine, 326, 326f
synthèse, 197
Glucuronides, 206, 214
Glycérol éther phospholipides, synthèse des, 239, 242f
GLUT 1-4. Voir Glucose, transporteurs du Glycérol kinase, 239, 240f, 255
GLUT1 (transporteur de glucose), 690, 690t Glycérol-3-phosphate
Glutamate biosynthèse des acylglycérols et, 239, 240f
carboxylation, vitamine K comme cofacteur, 550 énergie libre d’hydrolyse, 116t
catabolisme, 292f, 293 estérification du triacylglycérol et, 255-256, 255f
dans la biosynthèse de l’urée, 283f, 284, 284f transfert d’électrons via le, 128
dans la synthèse de la proline, 278, 278f Glycérol-3-phosphate acyltransférase, 239, 240f
synthèse, 277, 277f Glycérol-3-phosphate déshydrogénase dans la glyco-
transamination et, 283f, 284, 284f lyse, 196, 197f
Glutamate aminotransférase, 332 Glycérol-3-phosphate déshydrogénase, 239, 240f
l-Glutamate décarboxylase, 314, 315f Glycérol, partie, des acylglycérols, 156
Glutamate déshydrogénase/l-glutamate déshydrogé- Glycérophosphate, navette du, 135, 134f
nase, 277, 277f Glycérophosphate, voie du, 240f
dans le métabolisme de l’azote, 284-286, 285f Glycérophospholipides, 147
Glutamate γ-semialdéhyde, 279f Glycérose (glycéraldéhyde), isomères D et L, 139f
Glutamate/aspartate, transporteur de, 135, 135f Glycine N-méthyl-transférase, 294f
Glutaminase, dans la catabolisme de l’azote des acides Glycine, 22, 306
aminés, 286 catabolisme, formation du pyruvate, 295, 296f
Glutaminase, réaction catalysée par la, 278f dans la synthèse de l’hème, 309, 388-321, 320f,
Glutamine synthétase/synthase, 277f, 278, 286, 286f 322f
Glutamine, 19t, 282 synthèse, 277-278, 278f
catabolisme, 293, 293f Glycine, complexe de clivage, 295
dans le catabolisme de l’azote des acides aminés, Glycine, résidus de, 624
285-286 Glycinurie, 296
synthèse, 277, 277f, 285f Glycobiologie, 589
Glutamine, analogues affectant la synthèse des nucléo- Glycocalyx, 144
tides puriques, 344, 346 Glycochénodésoxycholique, acide, synthèse de, 267f
Glutamique, acide, 19t Glycocholique, acide, synthèse, 267f
Glutamyl amidotransférase, PRPP, régulation du, 345, Glycoconjugué, 589
346, 343f étude, 608
Glutarique, acide, valeur de pK/pKa, 14t glycannes, 607-608
Glycoconjugués. Voir les différents types
Glycoformes, 589
Glycogène, 142, 144f
dans le métabolisme des glucides, 158, 263f, 197
glycogène synthase et phosphorylase, 190, 192f
métabolisme. Voir aussi Glycogenèse ; Glycogéno-
lyse
aspects cliniques, 189t, 192
ramification dans le, 187f
musculaire, 164, 187, 187t
ramification, 188
rôle de l’AMP cyclique dans la régulation du méta-
bolisme, 190-192, 191f
stockage des glucides et, 187, 187t
synthèse, 166
Glycogène phosphorylase, 188f, 188-190, 647, 648
phosphate de pyridoxal comme cofacteur, 553
régulation, 190, 192, 192f
Glycogène synthase dans le métabolisme du glyco-
gène, 189, 189f, 199t, 200
glycogène synthase a, 190, 192f
glycogène synthase b, 190, 192f
régulation, 190-191, 192f
Glycogène, maladies du stockage, 138, 187, 190t, 194
Glycogenèse, 160, 193, 193f
régulation
enzymes impliquées, 198t
glycogène synthase et phosphorylase dans la,
190, 192f
rôle de l’AMP cyclique, 190, 191f, 192, 192f
Glycogénine, 187, 188f
Glycogénolyse, 160
AMP cyclique et régulation, 191, 191f, 192f
enzymes de débranchement au cours de la, 187f,
188
indépendante de l’AMP cyclique, 190
régulation de la glycémie et, 200-202, 200f, 201f
régulation par les glycogène synthase et phospho-
rylase, 191, 192f
voie, 186-187, 187f
Glycolipides, 147, 152, 152f, 589
galactose dans la synthèse des, 210-211, 212f
sucres aminés et, 211, 213f
Glycolipides, maladies du stockage des, 239
Glycolyse anaérobie, 178, 178f, 647-648
comme source d’ATP musculaire, 646, 647
Glycolyse, 116, 158, 159f 180-185, 180f
aérobie, 178
anaérobie, 177, 178, 179f
aspects cliniques, 183
ATP généré, 183, 184t
au niveau subcellulaire, 162, 162f
barrières thermodynamiques s’opposant à son
inversion, 195-198
dans les érythrocytes, 181, 181f
oxydation du pyruvate, 173, 175f, 181-183, 182f,
183f, 184t
régulation, 181
enzymes impliquées, 198t
fructose 2,6-bisphosphate et, 199, 199f
néoglucogenèse et 181-183, 197-200, 198t, 199f
utilisation du glucose/néoglucogenèse, 178-181,
179f, 181f, 195-197, 196f. Voir aussi Néoglucoge-
nèse
voies, 178-180, 179f, 180f
Glycolytiques, enzymes, dans les muscles, 631
Glycome, 589
Glycomique, 5
Glycophorines, 145, 593
glycophorines A, B et C, 694, 694t
Glycoprotéine glycosyltransférase, 589
826 Index

Glycoprotéine hydrolases lysosomiales, déficits géné- GMP, 335t Haplotype, 101

tiques, 607 conversion de l’IMP en, 342, 344f Haplotype, carte des, (HapMap), 101
Glycoprotéine IIb-IIIa, dans l’activation plaquettaire, rétro-régulation, 345, 345f, 346 HapMap, base de données, 101
684, 683f cyclique, 337f, 338t Haptoglobine, 657, 657t, 658
Glycoprotéines, 37, 138, 213f, 497f, 589-593, 595-605, comme second messager, 337 Haptoglobine, protéine apparentée à, 658
607-609, 591t, 596, 659. Voir aussi Plasmatiques, pro- régulation de la PRPP glutamyl amidotransférase, Hartnup, maladie de, 302, 553
téines, les différents types 344, 345 Hashimoto, maladie de, 776, 776t
ancrées au glycosylphosphatidylinositol, 592 GMPc (GMP cyclique), 493t HAT, activité. Voir à Histone, activité acétyltransfé-
anomalies de biosynthèse, 604t Golgi, appareil de, 568, 581, 586 rase
chaînes oligosaccharidiques des, 589t, 594 adressage des protéines à sa membrane, 568, 576 Haut débit, criblage à, 65
clairance par les récepteurs des asialoglycoprotéi- dans la formation des VLDL, 249f Haworth, projection de, 138, 139f
nes, 591 dans la glycosylation, 568 HbA (hémoglobine A), P50 de l’, 53
substances des groupes sanguins ABO, 588 dans la synthèse des membranes, 568 HbA1c (hémoglobine glycosylée), 57
classes, 592 dans le tri des protéines, 568, 568f, 569 HbF (hémoglobine fœtale), P50 de l’, 52
complexes, 597 fusion apparente dans le RE, 583 HbM (hémoglobine M), 56, 411
dans la fécondation, 602 lumière, 576 HbS (hémoglobine drépanocytaire), 56, 411
dans la zone pellucide, 602 transport rétrograde à partir de lui, 576, 577 hCG, hormone chorionique gonadotrope humaine,
et asymétrie membranaire et, 478 Goutte aiguë, étude de cas, 771-773 742t
fonctions, 588-589, 589t Goutte chronique, 771-773, 773f HDL. Voir Lipoprotéines de haute densité
galactose dans leur synthèse, 211, 212f Goutte/goutte arthritique, 349, 772 Heinz, corps de, 692
glucides, 140t GPI, protéines liées au GPI, 601 Hélicases, ADN, 376f
glycoprotéines humaines, 590t GPI. Voir Glycosylphosphatidylinositol Hélice
hybrides, 595 GPIIb-IIIa, dans l’activation plaquettaire, 683f, 684 double, de la structure de l’ADN, 9, 354-355, 355f
l’exemple des immunoglobulines, 670 Graisses, 147. Voir aussi Lipides triple, de la structure du collagène, 46, 46f
maladies associées à leurs anomalies, 604-605 régimes riches en, cirrhose et, 261 Hélice-boucle-hélice, motifs, 40
N-liées, 592 Graisseux, tissu. Voir Adipeux, tissu Hélice-tour-hélice, motifs, 439
nature anhydre de la liaison, 591 Granulocytes, facteur de stimulation des colonies de, Helicobacter pylori, 608
O-liées, 594 689 association aux ulcères, 533
pinocytose extracellulaire absorptive, 489 Granulocytes/macrophages, facteur de stimulation cellules épithéliales de l’estomac, 607f
riches en mannose, 595 des colonies de, 689 Hémagglutine, 599
spectroscopie RMN à haute résolution, 589 Granulomateuse, maladie, chronique, 700 Hématopoïétiques, cellules souches, 687, 688
structure et fonction, 591t séquence des évènements responsables, 700f Hématopoïétiques, facteurs de croissance, 689
sucres aminés dans les, 141, 211, 213f Granulomateuse, maladie, chronique, 700, 700f Hématurie, 753t
sucres nucléotidiques, 594 Gratuits, inducteurs, 426 Hème, 47, 50, 50f, 56
sucres présents, 594 Grippe A, virus de la, 607 bilirubine produite par son catabolisme, 324-325,
techniques d’étude, 589-590 Grossesse 325f
utilisation des glycosidases, 591 et besoins en fer, 659 maladies, 323t, 324f
utilisation des lectines, 592 et hypoglycémie, 202 synthèse, 318-321, 320f, 321f, 322f
utilisation des récepteurs des asialoglycoprotéi- et stéatose hépatique, 224 ALA synthase, 319-321
nes, 591 GSH. Voir Glutathion incorporation de fer ferreux dans la protopor-
Glycoprotéines, enzymes de maturation, 611t GSL. Voir Glycosphingolipides phyrine, 319
Glycosaminoglycannes, 140, 144f, 617-620. Voir aussi GST (glutathion-S-transférase) étiquette, pour l’étude Hème oxygénase, système de l’, 324, 325f
les différents types des enzymes, 69f Hème synthase (ferrochélatase), 321, 322f,
fonctions, 622t GTP, 337, 575, 581, 582 dans la porphyrie, 323t
propriétés, 619t dans la phosphorylation, 118 Hème, fixation à l’, 658
structures, 618f protéines de liaison, 263
Hème, métabolisme, maladies génétiques, 318-320
GTP, état lié au, 584
sucres aminés, 141 Hémiacétal, 138
GTPases, 572
Glycosidases, 592 Hémiconnexine, 490f
petites, monomériques, 572, 584
Glycosides, 140 Hémine, 325, 325f
Guanine, 335t
Glycosphingolipides, 147, 152, 152f, 243, 243f, 620, Héminique, fer, 324
oxydation par les EROS, 715f
696 absorption, 538, 657f, 658
Guanosine diphosphate, 591
Glycosylation, 601 encombrement stérique de l’environnement du,
Guanosine monophosphate. Voir GMP
cotraductionnelle, 554 50-51
Guanosine, 334f, 335t
maladie héréditaires de la, 605t, 659 Héminiques, protéines (hémoprotéines), 318, 318t.
appariement de bases dans l’ADN, 354, 355f
modification covalente augmentant la masse, 31t Voir aussi Hémoglobine ; Myoglobine
dans la formation de l’acide urique, 348, 349f
Glycosylation, maladie congénitale de la (CDG), 605, catabolisme de l’hème, 324
Guanyliques, facteur d’échange des nucléotides, 572,
659 Hémochromatose héréditaire, 662
573f
Glycosylée, hémoglobine (HbA1c), 57 étude de cas, 743-745
l-Gulonolactose oxydase, 206
Glycosylphosphatidylinositol (GPI), 584, 593 Hémochromatose, 537
Glycosylphosphatidylinositol, glycoprotéines ancrées arthropathie, 774
au, (ancrées/liées au GPI), 593 H héréditaire, 773-775
Glypiation, 602 pénétrance, 774
GM-CSF, Voir Granulocytes-macrophages, facteur H, bandes, 631, 633f secondaire, 776
stimulant les colonies de, H, chaînes. Voir Chaînes lourdes, Hémodialyse, 771
GM1, ganglioside, 152, 152f H, substance, des groupes sanguins, 697, 697f Hémoglobine, 50-57, 658f
GM3, ganglioside, 152 H2A, histones, 366, 366f affinité pour l’oxygène, 55
GMP cyclique, 337, 337f, 493t H2B, histones, 365, 366f apoprotéine, 53
comme second messager, 337 Haber-Weiss, réaction d’, catalysée par le fer, 714t, courbe de dissociation de l’oxygène, 51
comme signal intracellulaire, 519-520 716 dans le transport de CO2, 54f
formation, 519 Hageman, facteur (facteur XII), 677f, 678, 678t, 679t dans le transport de l’oxygène, 49-51
rôle dans le muscle lisse, 644 Hairpin. Voir Épingle à cheveux dans le transport des protons, 54-55
 Index 827

e xtracorpusculaire, liaison à l’haptoglobine, 656t, Hétérochromatine constitutive, 368 HNCC. Voir Cancer colorectal héréditaire non poly-
657 Hétérochromatine facultative, 368 posique
glycosylée (HbA1c), 55 Hétérochromatine, 368 Holocarboxylase synthétase, biotine comme coen-
Harakiri, 411, 411f Hétérodimère, 41 zyme de, 557
HbA, P51, 51 Hétérotrophes, organismes, 115 Homéostasie
HbF (fœtale), P51, 51 Hexapeptide, dans la synthèse de l’albumine, 657 dans le RE, 578
HbM, 55, 411 Hexokinase, 199t maintien par le sang, 653
HbS, 55-56, 411 dans la biosynthèse du glycogène, 186, 198t Homéostatiques, adaptations, 514
Milwaukee, 410 dans la glycolyse, 178, 179f, 198t Homocarnosine, 309, 310f, 312
mutations, 55-56, 411 comme réaction génératrice de flux, 163 Homocarnosinose, 314
oxygénation et changements conformationnels, 52 et régulation, 181 Homocystéine
propriétés allostériques, 52 dans la régulation de la glycémie, 201, 201f carence fonctionnelle en folate et, 554
stabilisation par le 2,3-bisphosphoglycérate, 52f dans le métabolisme du fructose, 209, 211f dans la synthèse de la cystéine et de l’homosérine,
adaptation à l’altitude et, 55 Hexosamines (sucres aminés), 141, 142f 279, 279f
structure tétramérique, 49 dans les glucosaminoglycannes, 141, 213f Homodimères, 41
changements au cours du développement, 52 dans les sphingoglycolipides, 211, 213f Homogentisate dans le catabolisme de la tyrosine,
synthèse de la bilirubine et, 334, 335f interrelations dans leur métabolisme, 213f 299f, 300
Hémoglobine Chesapeake, 56 le glucose, précurseur des, 211, 213f Homogentisate dioxygénase/oxydase, 124
Hémoglobine fœtale, P50 de l’, 53 Hexoses monophosphates, dérivation des. Voir Pento- Homogentisate oxydase, 294t
Hémoglobinopathies, 55 ses phosphates, voie des, déficit dans l’alcaptonurie, 294t, 297, 299f
Hémoglobinurie nocturne paroxystique, 491t, 602, Hexoses, 138, 138t Homologie, 102
687t dans les glycoprotéines, 135t dans la classification des protéines, 37
Hémoglobinurie, 754t importance physiologique, 139, 140t modélisation par, 44
Hémolyse, 688t métabolisme, 205-211, 206f, 207f, 209f. Voir aussi résidus conservés et, 64
Hémolysines, 692 Pentoses phosphates, voie des, Homopolymérique, extension, 449
Hémopexine, 657t HFE, gène, 774 Homosérine, synthèse, 278, 279f
Hémophilie A, 681 HFE, mutations, dans l’hémochromatose, 664 Hormonale, régulation, de la lipolyse, 255
Hémophilie B, 681 HGP, Projet Génome Humain Hormonale, régulation, des processus cellulaires,
Hémoprotéines, 318t HhaI, 449t 518f
Hémosidérine, 661 HHH, syndrome, Voir Hyperornithinémie, hyperam- Hormone chorionique gonadotrope humaine, hCG,
Hémostase, 676-685 Voir aussi Coagulation (sang), monémie et homocitrullinurie, syndrome 496
tests d’évaluation en laboratoire, 684 Hill, coefficient de, 79 Hormone de croissance, effets sur le transport des aci-
phases, 675 Hill, équation de, 79-80 des aminés, 484
Henderson-Hasselbalch, équation d’, 13 HindIII, 449t Hormone-récepteur, interaction, 509
Héparane, sulfate, effet sur la coagulation/thrombose, Hippurique, acide (hippurate), synthèse, 309, 309f Hormone, unité transcriptionnelle de réponse à une
684 Histamine, 699t hormone, 525f
Héparine, 143, 144f, 613, 622, 680 formation, 309 Hormones du lobe antérieur de l’hypophyse et régula-
effet sur l’activité antithrombine III, 675 Histidase (Histidine ammoniium lyase), 295, 294t tion de la glycémie, 194
effet sur les lipoprotéines et lipases hépatiques, 251 Histidine, 20t, 22, 309, 309f Hormones, 589, 776. Voir aussi les différentes hor­
structure, 619f besoins, 540 mones
Héparine, cofacteur II de l’, comme inhibiteur de la catabolisme, 293, 296f caractéristiques, 496t
thrombine, 680 dans la fixation de l’oxygène, 51f comme second messager, 495, 496t
Héparine/héparane, sulfate, 613 décarboxylation de l’, 309, 309f dans la régulation de la glycémie, 201
Héparines de faible poids moléculaire (LMWH), 680 résidus conservés et, 64t dans le contrôle métabolique, 163f, 164
Hépatique, biosynthèse des purines, 345, 345f Histidine F8 définition, 493
régulation de la formation de l’AMP et du GMP, dans la liaison de l’oxygène, 50 diversité chimique, 496, 497, 497f
345-346 remplacement dans l’hémoglobine M, 55 et régulation de la diffusion facilitée, 483
régulation de la PRPP glutamyl amidotransférase, Histidine 57, dans la catalyse covalente, 63 fixation aux récepteurs de la surface cellulaire, 495,
344, 345 Histidine ammoniium lyase (Histidase), 295, 294t 496t
Hépatique, fructose, Histidine distale (histidine E7) dans la liaison de l’oxy- fixation aux récepteurs intracellulaires, 495, 496t
effet sur le métabolisme, 209-214, 211f gène, 51 hydrosolubles, 495
et hypertriacylglycérolémie/hypercholestérolémie/ Histidine E7, dans la liaison de l’oxygène, 51 lipophiles, 495
hyperuricémie, 212 Histidine proximale, (histidine F8) molécules précurseurs, 496
Hépatite, 171 dans la liaison de l’oxygène, 49 régulation du métabolisme lipidique, 256-257,
jaunisse de l’, 328f, 329t son remplacement dans l’hémoglobine M, 55 257f
Hépatocellulaire, carcinome, 774 Histidinémie, 295, 294t réponse coordonnée à un stimulus, 514-515, 515f
Hépatocytes Histone acétyltransférase, activité, 527 stimulant l’adénylate cyclase, 517t
et synthèse de l’hème, 319 Histones, 365-366, 366f, 366t stockage et secrétion, 510
régulation par l’ALA synthase, 319-321, 322f acétylation, 737 synthèse, 497
Hépatolenticulaire, dégénérescence (maladie de Wil- Histones H1, 365, 366f 1,25(OH)2-D3, 502-503
son), 491t, 664 Histones H3, 365, 366f à partir de la tyrosine, 503-504
et taux de céruloplasmine, 665 Histones H4, 365, 366f angiotensine II, 507-509
et mutation de gènes, 491t, 664 Histones, chaperons des, 366 cholestérol et, 441-448, 441f, 442f
Hepcidine, 538, 661, 775 Histones, code des, 432 diversité chimique, 440-441, 441f
ferroportine, 774, 774f Histones, code épigénétique des, 433 et métabolisme de l’iode, 506
inhibant l’absorption du fer par les entérocytes, Histones, dimère, 365, 366 famille de la POMC, 509
774 Histones, modifications covalentes, 432 insuline, 506
libération de fer par les macrophages, 774 Histones, octamère, 366f, 366 précurseurs peptidiques et, 451-452
Héphaestine, 659 Histones, tétramère, 365, 366 précurseurs peptidiques, 506
Heptoses, 138, 138t HMG-CoA. Voir 3-Hydroxy-3-méthylglutaryl-CoA PTH, 506-507
Hermansky-Pudlak, syndrome de, 580t (HMG-CoA) rôle de la tyrosine, 433, 440, 441f
Hers, maladie de, 190t HMM, Voir Méromyosine lourde spécialisation, 439
828 Index

stéroïdogenèse ovarienne, 500-502 3-Hydroxy-3-méthylglutaryl-CoA (HMG-CoA) Hyperprolinémies de types I et II, 293, 294t, 295f
stéroïdogenèse surrénalienne, 498-500 dans la cétogenèse, 220, 221f Hypersensibles, sites, de la chromatine, 368
stéroïdogenèse testiculaire, 500 dans la synthèse du mévalonate, 261, 262f Hypersplénisme, dans l’anémie hémolytique, 693t
tétraiodothyronine, 504-506 3-Hydroxy-3-méthylglutaryl-CoA (HMG-CoA) lyase Hypertension, 773
triiodothyronine, 504-506 dans la cétogenèse, 220, 221f Hyperthermie maligne, 638, 639f, 642t, 651
transport par des protéines plasmatiques, 510-511 dans la synthèse du mévalonate, 261, 262f Hyperuricémie, 349 773
vitamine D en tant qu’, 544 3-Hydroxy-3-méthylglutaryl-CoA (HMG-CoA) chez les sujets masculins, 772
Hormones, élément de réponse réductase Hypervariables, régions, 669
cartographie, 439f contrôlant la synthèse du cholestérol, 261, 264f Hypoalbuminémie, 778
définition, 525 dans la synthèse du mévalonate, 261, 261f Hypoglycémie, 196, 771
séquence d’ADN, 515, 516t 3-Hydroxy-3-méthylglutaryl-CoA (HMG-CoA) syn- induite par le fructose, 213
Hormones, récepteurs des thase oxydation des acides gras et, 216, 223
classification, 495 dans la cétogenèse, 220, 221f Hypoglycémique, effet, du glucagon, 198
protéiques, 495 dans la synthèse du mévalonate, 261, 261f Hypoglycine, 217, 224
reconnaissance et couplage, 494, 495 l(+)-3-Hydroxyacyl-CoA-déshydrogénase, 218, 218f Hypokaliémique, paralysie périodique, 642t
spécificité et sélectivité, 494, 494f Hydroxyanisole butylée, 154 Hypolipidémiques, médicaments, 269
Hp. Voir Haptoglobine 3-Hydroxyanthranilate dioxygénase/oxygénase, 124 Hypolipoprotéinémie, 243, 269, 269t
HpaI, 449t d-3-Hydroxybutyrate déshydrogénase, 210, 211f Hypothalamus, 776, 782
HPETE. Voir Hydroxyperoxydes, 24-Hydroxycalcidiol (24,25-dihydroxyvitamine D3), Hypothyroïdisme, 151
HPLC. Voir Chromatographie liquide à haute perfor- dans le métabolisme de la vitamine D, 550f congénital, 776
mance 24-Hydroxycholécalciférol (calcidiol), dans le méta- primaire, 777t
HRE. Voir Hormones, éléments de réponse aux, bolisme de la vitamine D, 550f primaire, étude de cas, 775-776
Hsp60/ Hsp70, comme chaperons, 45 4-Hydroxydicoumarine (dicoumarol), 550 secondaire, 776
5 HT (5-hydroxytryptamine). Voir Sérotonine 27-Hydroxylase, stérol, 267 tertiaire, 776
Humain, Projet Génome. Voir Human Genome Pro- Hydroxylase, cycle de l’, 124, 125f Hypouricémie, 349
ject Hydroxylases, 124 Hypoxanthine, 336, 336f
Human gene mutation database, 101 dans la synthèse du cortisol, 499 Hypoxie, 738
Human Genome Project, 4-6 Hydroxylation, 704 Hypoxie, facteur inductible par l’ (HIF-1), 738
domaines actuels d’intérêt, 4f modification covalente augmentant la masse, 31t Hypoxie, production de lactate et, 181
implications, 4 Hydroxylysine, synthèse, 278
Hunter, syndrome de, 621 3-Hydroxyméthylcytosine, 333, 336f
Hurler, syndrome de, 621 4-Hydroxyproline déshydrogénase, défaut de la, dans I
Hyaluronidase, 621 l’hyperhydroxyprolinémie, 293
Hyaluronique, acide, 143, 144f, 617 Hydroxyproline, 611, 614 I, bandes, 631, 632f
Hybridation in situ par fluorescence (FISH), 456 catabolisme, 296-297, 298f I. Voir Iode ; Iodure
Hybridation, 369, 453, 461 synthèse, 279, 279f Ibuprofène, 226, 234
Hybridomes, 672 15-Hydroxyprostaglandine déshydrogénase, 235 IC50, 81
Hydrocortisone. Voir Cortisol Hydroxytoluène butylé, 154 ICF. Voir Intracellulaire, liquide,
Hydrogène, concentration des ions. Voir aussi pH 5-Hydroxytryptamine. Voir Sérotonine Ictère (jaunisse), 327, 329t
effet sur la vitesse des réactions enzymatiques, Hyperalphalipoprotéinémie familiale, 269t Ictère nucléaire, 327
75-76 Hyperargininémie, 289 Idiotypes, 672
Hydrogène, liaisons, 8, 8f Hyperbilirubinémie, 327-319 327t IDL. Voir Lipoprotéines de densité intermédiaire
dans l’ADN, 354, 355, 355f cause de jaunisse, 327 l-Iduronate, 140, 141f
Hydrogène, peroxyde d’, 690, 714 conjuguée, causes, 337-328, 327t IEF. Voir Isoélectrofocalisation
substrat de l’hydroxyperoxydase, 122 de rétention, 327 IgA, 670t, 671f
Hydrogène, sulfure d’, 128f non conjuguée, 327t IgD, 670t
Hydrolases, 60 non conjuguée et conjuguée, causes, 329t IgE, 670t
cholestéryl ester, 264-265 par régurgitation, 327 IgG, 670t
fumarylacétoacétate, défaut des, dans la tyrosiné- taux élevé de bilirubine non conjuguée, 329 IgM, 670t, 671f
mie, 297 toxique, 328 Ileus méconial, (occlusion), 766
gluconolactone, 207, 207f Hypercholestérolémie, 247, 251 Ilôts de Langerhans et production d’insuline, 202
Hydrolyse (réactions hydrolytiques), 10. Voir aussi les causée par une charge du foie en fructose, 212 Imatinib, 743, 743t
différentes réactions Hyperchromicité et dénaturation, 356 IMC, indice de masse corporelle (BMI), 538
dans la glycogénolyse, 187f, 188 Hyperglycémie, 754. Voir aussi Diabète sucré Immunitaire, réponse, commutation de classe/isotype
des triacylglycérols, 238-239 Hyperglycémique, glycosurie, 753t et, 672
du GTP lié en GDP, 581 Hyperhomocystéinémie, supplémentation en acide Immunitaire, système, 778
énergie libre de l’, 115, 116t folique pour la prévenir, 557 Immunité cellulaire et humorale, abolition de l’, 760
Hydropathie, graphe d’, 477 Hyperhydroxyprolinémie, 297 Immunité innée, 668
Hydroperoxydases, 121 Hyperkaliémique, paralysie périodique, 642t Immunodéficience humaine, virus de l’, (VIH-1/HIV-1),
Hydroperoxydes, 234f, 235 Hyperlacticacidémie, 255 608
Hydrophile, portion, de la molécule lipidique, 155, Hyperlipidémie, utilité de la niacine, 554 Immunodéficience sévère combinée (DICS), 759, 760f
155f Hyperlipoprotéinémies, 247, 269, 269t Immunogénicité, atténuation, 672
Hydrophiles, hormones, 511 Hyperlysinémie périodique, 302 Immunoglobulines, 654, 657t, 670, 670t. Voir aussi
Hydrophobe effet, dans l’auto-assemblage des bicou- Hyperlysinémie périodique, 302 rubriques spécifiques à Ig
ches lipidiques, 477 Hypermétabolisme, 178, 540 classes, 669t
Hydrophobe, portion, de la molécule lipidique, 155, Hyperméthioninémie, 310 commutation de classe, 671
155f Hyperornithinémie-hyperammonionémie et homoci- fonctions, 669, 669t
Hydrophobes, chromatographie d’interactions, pour trulinémie, (syndrome HHH), 289 gènes. Voir Immunoglobulines, gènes
purifier les protéines/peptides, 27-28 Hyperornithinémie-hyperammonionémie, syndrome maladies dues à une sur- ou sous-production d’,
Hydrophobes, interactions, 9 d’, 295 671-672
Hydrosolubles, hormones, 516 Hyperoxalurie primaire, 295 production par des hybridomes, 672
Hydrostatique, pression, 655 Hyperphénylalaninémies, 300 structure, 671f

Immunoglobulines, 760
Immunoglobulines, chaînes légères, 671
gènes, 670
réarrangement de l’ADN et, 374-375
Immunoglobulines, gènes des, 671
réarrangements de l’ADN et, 374-375
réparation des cassures double brin et, 383f
Immunoglobulines, protéine de liaison à la chaîne
lourde des, 579
Immunologie, 1
IMP (Inosine monophosphate)
conversion en AMP et en GMP, 342, 343f
rétrorégulation, 345, 345f
synthèse, 342-344, 343f, 344f
Importines, 572, 573f
Inactives, protéines normalement, 673
Inclusions cellulaires, maladie des, 491, 491t, 580t, 599
causes, 606
Indirect, cancérigène, 728f
Indole, coefficient de perméabilité de, 477f
Indométhacine, effet sur les cyclooxygénases, 234
Inducteurs
affectant la synthèse d’enzymes, 88
dans la régulation de la néoglucogenèse, 198
dans la régulation de l’expression génique, 425
gratuits, 426
Inductible, gène, 425
Infection, 777
perte protéique, 539
Infections pulmonaires/insuffisances cardiaques, 766
Infections récurrentes bronchopulmonaires, 766
Infections récurrentes, 606, 668
Inflammation, 226, 673
prostaglandines, 225
protéines de phase aiguë, 656
rôle du complément, 672-673
Inflammation chronique, 744
Inflammatoire aiguë, biomolécules à propriétés vaso­
actives impliquées dans la réponse, 699t
Information biologique, 521
Information, voie/flux de l’, 516f
Ingénierie inverse, modélisation par, 105
Inhibiteur panprotéase, 673
Inhibiteur-1, 189, 191f, 192f, 193
Inhibiteurs à liaison forte, 81
Inhibition
basée sur le mécanisme, 82
compétitive vs, non-compétitive, 79-81
irréversible, 82
par liaison forte, 82
rétroinhibition dans la régulation allostérique,
89-90, 90f
Inhibition basée sur le mécanisme, 83
Initiation (amorçage)
dans la synthèse de l’ADN, 378f, 380f
dans la synthèse des ARN, 389, 390
dans la synthèse protéique, 413, 414f
Initiation, complexe 43S d’, dans la synthèse protéique,
413, 414f
Initiation, complexe 80S d’, dans la synthèse protéique,
414f, 413
Initiation, complexes d’, dans la synthèse protéique,
413, 414f
Initiatrice, séquence, 389, 761
Innées, erreurs, du métabolisme, 3, 292
Inosine monophosphate (IMP)
conversion en AMP et en GMP, 342, 343f
rétro-régulation de la, 345, 345f
synthèse, 342-344, 343f, 344f
Inositol hexaphosphate (acide phytique), altération de
l’absorption du calcium par, 537
Index 829
Inositol triphosphate Intrinsèque, voie, de la coagulation sanguine, 676-678
dans l’activation plaquettaire, 682, 683f 677f
Inr. Voir Initiatrice, séquence Intrinsèques (intégrales), protéines, 37, 479, 479f
Insaturés, acides gras, 149, 149t. Voir aussi Acides gras comme récepteurs, 488
alimentaires, effet sur le taux de cholestérol, 268 de la membrane des hématies, 693-694, 694f, 694t
dans les membranes, 475, 475f, 477f interaction avec les protéines du cytosquelette,
double liaisons cis, 149, 149f 694f
essentiels, 231, 231f Introns (séquences intervenantes), 370, 371f, 374, 401,
anomalies de leur métabolisme, 235 408, 465
déficit, 232-233 excision à partir des transcrits primaires, 401f
et production de prostaglandines, 225 Inuline, 142
métabolisme, 231 clairance, 753
oxydation, 219 Inverti, sucre, 142
sources d’eicosanoïdes, 225, 233, 234f, 235f Iode, métabolisme
structures, 231f dans le follicule thyroïdien, 505f, 506
synthèse, 231-232, 232f synthèse d’hormones, 506
Insertion, séquences d’, non clivées, 578 Iode/iodure, 559t
Insertion, signal transitoire d’. Voir Signal, peptide 5-Iodo-2’-désoxyuridine, 338f
Insuline, 158, 490, 585 Iodopsine, 544
dans la glycolyse, 178, 198 5-Iodouracile, 338
dans la régulation de la glycémie, 200-202 Ionique, produit, 11
dans la régulation de la lipogenèse, 231 Ioniques, canaux, 474, 482-484, 483f, 483t, 482
dans la régulation de la lipolyse, 231, 255f, 256, dans le muscle cardiaque, 641, 641t
257f maladies associées à des désordres des, 641t
dans le transport du glucose, 483 Ionisants, rayons, réparation par excision réparation
déficicit, 202. Voir aussi Diabète sucré des dommages de l’ADN dus aux, 384, 384t
effet sur l’initiation de la synthèse protéique, 416, Ionophores, 134, 486
417f IP3. Voir Inositol triphosphate
effet sur le métabolisme du tissu adipeux, 256 IPTG. Voir Isopropylthiogalactoside
effet sur les acides gras libres, 247, 256 IRES. Voir Ribosomes site d’entrée interne des,
Irréversible, inhibition, des enzymes, 82
effets sur la phosphorylase b, 190
Irréversibles, modifications covalentes, 91, 93f
et réserves de carburant métabolique, 164
Ischémie totale du myocarde, 780
stockage, 510t
Ischémie, 178, 491
synthèse, 506
Isoaspartyle méthyltransférase, 720f
transmission du signal par des kinases, 522, 523f
Isoaspartyle, liaison, dans le squelette polypeptidique,
Insuline, récepteur, 495
720f
Insuline/glucagon, rapport, dans la régulation de la
Isocitrate déshydrogénase (IDH), 172, 173f
cétogenèse, 222
dans la production du NADPH, 228, 229f
Intégration à spécificité de site, 374
mutation, 741
Intégration chromosomique, 374, 374f
Isoélectrique, pH (pI), charge nette d’un acide aminé
Intégrines, et, 21
leucocytes, 698, 698t Isoélectrofocalisation, 29, 30f
neutrophiles, 698, 698t Isoenzymes. Voir Isozymes
plaquettes, 698, 698t Isolants, 439
Interferon β humain, enhancer de son gène, 437f les lipides non polaires, 146
Intérieur-extérieur, asymétrie membranaire, 478 Isoleucine, 19t
Interleukines-1 et 6, 625 besoins, 540
Interleukines, 688 catabolisme, 303, 304f, 305f
Intermédiaires protéiques et molécules cargo, 584 interconversion, 279
Intermembranaire, espace mitochondrial, protéines Isomaltose, 143t
de l’, 570 Isomérases, 59
Interphasiques, chromosomes, fibres chromatinien- Isomérie
nes dans les, 367 des stéroïdes, 152, 152f
Intestin grêle, digestion des monosaccharides, 534 des sucres, 138-139, 138f
Intestinal, épithélium, renouvellement, 713t géométrique, des acides gras insaturés, 149, 149f
Intestinales, bactéries dans le métabolisme de la bili- Isomérie D, 138, 139f
rubine, 327 Isomérie géométrique des acides gras insaturés, 149,
Intracellulaire, environnement, maintien par les 149f
membranes de l’, 474, 474t l-Isomérie, 138, 139f
Intracellulaire, liquide (LIC), 474, 474t Isomorphe, remplacement, 43
Intracellulaire, trafic, 568-570, 573-574. Voir aussi Isopentényle diphosphate, dans la synthèse du choles-
Protéines, tri des térol, 261, 262f
maladies dues à des mutations de gènes impliqués, Isoprène, unités, polyprénoides synthétisés à partir d’,
574t, 585 153, 154f
vésicules de transport et, 580-584 Isoprénoides, synthèse des, 262, 263f
Intracellulaires, membranes, 474 dans la synthèse du cholestérol, 263f
Intracellulaires, signaux, 519 Isopropylthiogalactoside, 426
Intravasation, 739 Isoprostanes (prostanoïdes), 149, 155
Intraveineuse, injection, de sel-dextrose, 771 voie synthétique de la cyclooxygénase, 234-234,
Intrinsèque, facteur, 537, 555 234f
dans l’anémie pernicieuse, 554 Isostériques, enzymes, 90
830 Index
Isothermes, systèmes, exemple des systèmes biologi-
ques, 114
Isotopes. Voir aussi les différents types
dans l’analyse des protéines plasmatiques, 655
Isotypes, 672
Isotypique, commutation, (de classe), 671
Isovalérique, acidémie, 306
Isovaléryl-CoA déshydrogénase, 294t
dans l’acidémie isovalérique, 303
Isozymes, 64
J paramètres modifiant les valeurs, 750
J, chaîne, 671f
Jak-STAT, voie, 523, 523f
Jamaïque, maladie des vomissements de la, 224
Jaunisse (ictère), 327, 327t
Jaunisse néonatale (physiologique), 327t
Jaunisse non hémolytique congénitale, (maladie de
Crigler-Najjar de type I), 328
Jaunisse physiologique (néonatale), 328
Jaunisse posthépatique, 328f
Jaunisse préhépatique, 328f
Jeûne, 114
aspects cliniques, 167
cétose, 224
mobilisation des carburants métaboliques, 166-
167, 166f, 166t
redirection des triacylglycérols, 251
stéatose hépatique, 253
Jeûne, carburants métaboliques pendant le, 161, 167,
167f, 167t
Jonction, gène du segment de, 671
Jonctionnelle, diversité, 671
K Lactation, cétose de la, 167
K. Voir Constante de dissociation, Potassium
k. Voir Constante de vitesse
K+, canal, 484-485
Kartagener, syndrome de, 650
Kcat. Voir Constante catalytique
Kcat/Km.Voir Catalytique, efficacité
Kd. Voir Dissociation, constante de
KDEL, protéines à motif, 568t, 578
Keq. Voir Constante d’équilibre
Kératane, sulfates de, 628
Kératines, 651
Kernictère. Voir Ictère nucléaire
Kinase A, protéines d’ancrage de la, 517
Kinases, protéines Voir Protéine Kinases
Kinésine, 650
Kinétochore, 369, 734f
Kininogène de haut poids moléculaire, 677, 678, 677f
Kinuréninase, 301f, 302
Kinurénine formylase, 301f, 302
Kinurénine-anthranilate, voie de la, dans le catabo-
lisme du tryptophane, 302, 301f
Km. Voir Michaelis, constante de,
Knockout (invalidation) de gènes, 461
knockout/destruction de gène ciblée, 461
Korsakoff, psychose de, 552
Kozak, séquences consensus de, 416
Krabbe, maladie de, 244t
Krebs, cycle de. Voir Citrique, cycle de l’acide
Kw. Voir Ionique, produit
Kwashiorkor (œdémateux), 276, 538, 777
caractéristiques, 777
malnutrition protéino-énergétique (MPE), 776-
778
L LDL oxydés, 780
LDL, cholestérol, valeurs de référence, 756t
L, canal calcique de type, 640 LDL. Voir Lipoprotéines de faible densité
L, chaînes. Voir Chaînes légères LDL/HDL, rapport du cholestérol des, 268
Labile, facteur (Facteur V), 679f, 679t Leader, séquence (de tête). Voir Signal, peptide
Laboratoire, analyses de Lécithine :cholestérol acyltransférase (LCAT), 243,
automatisation, 751 251, 265f, 266
causes de taux anormaux des analytes dosés, 748, déficit familial en, 269t
749t Lécithines (phosphatidylcholines),
importance en médecine clinique, 748 asymétrie membranaire et, 478
interprétation, 751 exemples/commentaires, 592t
synthèse, 239, 240f
tests biochimiques. Voir Biochimiques, analyse de végétales, 592t
laboratoire Lécithines. Voir aussi phosphatidylcholines
métabolisme, 242f
tests fonctionnels d’organes, 751-754, 752t, 753t,
754t Leiden, facteur V de, 680
Leptine, 257
utilisation, 751
valeur prédictive, 750 Lesch-Nyhan, syndrome de, 342, 773
Leucémie myélocytique aiguë, 735
validité des résultats, 748, 749
vérification de la validité, 750 Leucémies, 687
Leucine, 18t
Laboratoire, analyses de, pour diagnostiquer les mala-
dies thyroïdiennes, 754t besoins, 539
catabolisme, 303, 304f
lac A, gène, 425f, 426, 427f
lac I, gène, 426, 425f interconversion, 279
lac, opéron, 425, 425f, 427f Leucine aminomutase, 555
lac, répresseur de, 424, 425f Leucine, motif en fermeture éclair à, 436
Lactase, 540 Leucocyte, déficit d’adhérence de type I, 699
déficit en (intolérance au lactose/lait), 533 Leucocytes, 603
Lactate facteur de croissance régulant la production des,
formation, 770 616
glycolyse anaérobie et, 177, 179f, 180-181 renouvellement, 713t
hypoxie et, 180-181 valeurs de référence, 756t
Lactate déshydrogénase, 41 Leucocytes-cellules endothéliales, interactions, 603t
dans la glycolyse anaérobie, 180 Leucocytes, déficit d’adhérence de type II (LAD), 605
isozymes, 67 Leucocytes. Voir aussi les différents types
signification diagnostique, 66t, 67, 67f et intégrines, 698, 698t
facteurs de croissance régulant leur production,
Lactique, acide, cycle de l’, 201, 201f 689
Lactique, acide, valeur du pK/pKa, 15t Leucodystrophie, métachromatique, 244t
Lactique, acidose, 178 Leucotriènes, 149, 149f, 233, 235, 237
due à des défauts mitochondriaux héréditaires, formation par la voie de la lipoxygénase, 24, 234,
127 234f, 236f
métabolisme du pyruvate et, 183 leucotriène A4, 149f
carence en thiamine et, 551 signification clinique, 234-236, 128f
Lactoferrine, 698t Leucovirine, 556
Lactose, 138, 141f, 142t, 211, 212 Levures, dans l’étude de l’importation mitochondriale
intolérance au, 137, 533, 534 des protéines, 570
le galactose dans la synthèse du, 210, 212f Liaison (à la membrane), 574
métabolisme du, hypothèse de l’opéron et, 425-428, Liaison, analyse de, 736
425f Liaison, constante de, de Michaelis (Km), approxima-
Lactose synthase, 212, 212f tion, 77
Lactulose, 143t Liaison, protéines de, 657t
lacY, gène, 425f, 426 Liaisons. Voir rubriques spécifiques
lacZ, gène, 425f, 426 Libération, facteurs de, (RF1/RF3), dans la terminai-
LAD II (déficit d’adhérence leucocytaire II), 605 son de la synthèse protéique, 406, 406f
Lait (lactose), intolérance au, 138, 534 Ligand-récepteur, complexe, 520-521, 521f
Lambda, répresseur de (cI), protéine/gène, 428-432, Ligand, canaux commandés par un ligand, 492, 642t
428f, 429f Ligand, domaine de liaison au, 530
Laminine, 614 Ligands, 103
représentation schématique des interactions cellu- Ligases, 60, 580
laires, 616f Ligature d’ADN à extrémités franches, 449
Langerhans, îlots de, insuline produite par les, 202 Ligature/ligation, 464
Lanostérol, dans la synthèse du cholestérol, 261, 262, Ligature/ligation, d’extrémités cohésives d’ADN, 449,
263f 449f
Large bande bêta, maladie de la (dys-bêta-lipoprotéi- LINE, définition, 466
némie), 269t LINE. Voir Longues séquence répétées dispersées
Laue, radio cristallographie (rayons x) de, 44 Lineweaver-Burk, représentation de
Laurique, acide, 148t et estimation des Km et Vmax, 77-78
LBD. Voir Ligand, domaine de liaison au et évaluation des inhibiteurs, 80
LCAT. Voir Lécithine cholestérol acyltransférase α-Linoléique, acide, contre le déficit en acides gras
LCR. Voir Locus, régions de contrôle du essentiels, 219
 Index 831

Linoléique, acide/linoléate, 147t, 231, 231f, 232 effet de l’insuline, 231 Lyases, 60
rôle dans le déficit en acides gras essentiels, 232 effet des hormones, 257, 258f Lymphocytes B, 668
synthèse, 232f lipase hormono-sensible dans la, 256-257, 256f et production d’hybridomes, 600, 600f
Lipase gastrique, 539 Lipophiles, hormones, 495 Lymphocytes B pour la production d’hybridomes,
Lipase hépatique, 251 Lipoprotéine (a) excès familial de, 269t 672
dans la capture des résidus de chylomicrons, 250f, Lipoprotéine lipase, 161, 162f, 250f, 252, 255f, 622 Lymphocytes T, 746, 759
251 déficit familial, 269t étude par la technologie de l’ADN recombinant,
déficit en, 269t impliquée dans la capture des résidus de chylomi- 628
Lipase hormonosensible, 255, 256f crons, 251 Lymphoïdes, cellules précurseurs, 438
effet de l’insuline, 256 Lipoprotéines, 37, 145, 161, 247-256, 248t, 249f. Voir Lyse cellulaire, le complément dans la, 673
Lipase linguale, 535 aussi les différents types Lyse, test de, et érythroblastose multinucléaire hérédi-
Lipase pancréatique, 535 classification, 247-248, 247t taire, 605
Lipases dans le transport du cholestérol, 265-266, 266f Lysine hydroxylase, la vitamine C comme coenzyme
dans la digestion, 534, 535 déficit et cirrhose hépatique, 253 de, 588
dans le métabolisme des triacylglycérols, 238, 255, glucides dans les, 144 Lysine, 20t
255f, 534, 535 maladies des, 269-270, 269t besoins, 540
signification diagnostique des, 66t résidus, 247t, 250f, 251 catabolisme, 300, 300f
Lipides, 147-156. Voir aussi les différents types capture hépatique des, 251 pI, 20
acides gras, 147-150 Lipoprotéines de densité intermédiaire, 248t, 251, 266 Lysogène, voie, 428f, 429
amphiphiles, 154, 155f Lipoprotéines de faible densité, 248t, 249, 261, 265 Lysolécithine (lysophosphatidylcholine), 151, 151f,
asymétrie et assemblage membranaire, 584, 585f apolipoprotéines des, 247t, 248 242, 242f
classification, 147 métabolisme, 250f, 251 Lysophosphatidylcholine, 151, 151f
complexes, 147 rapport LDL/HDL et athérosclérose, 268 Lysophospholipase, 242, 242f
dérivés, 147 récepteurs, 251 Lysophospholipides, 151, 151f
digestion et absorption, 534-535 dans la capture des résidus de chylomicrons, Lysosomes, 598
glycolipides, 147, 151-152, 152f 251f, 251 dans l’endocytose, 488
interconversion, 164 pour l’insertion cotraductionnelle, 576, 576f maladies associées à des défauts d’entrée des protéi-
maladies associées à des anomalies des, 490 régulation des, 264-269 nes, 579, 585t
membranaires, 474-478 Lipoprotéines de faible densité, protéine apparentée Lysosomiale, voie de dégradation, défectueuse dans
métabolisme, 158, 159f, 161, 161f. Voir aussi Lipo- au récepteur des, (LRP), 247 les lipidoses, 245
lyse dans la capture des résidus de chylomicrons, 250f, Lysosomiales, enzymes, dans la maladie des inclu-
à l’état alimenté, 166 251 sions cellulaires (I cell disease), 491, 491t
dans le foie, 253, 254f Lipoprotéines de haute densité, 248t, 247 Lysosomiales, protéases, dans la dégradation protéi-
neutres, 147 apolipoprotéines des, 247t, 248 que, 580
peroxydation, 153-154, 154f athérosclérose et, 252, 268 Lysosomiales, protéines, 586
phospholipides, 147, 150-151, 150f cycles, 252 Lysozyme, 40f, 698t
précurseurs, 147 métabolisme, 252-253, 252f Lysyl hydroxylase, 611
ratio des protéines dans les membranes, 474, 475f rapport avec celles de faible densité HDL/LDL, dans la synthèse de l’hydroxylysine, 279
renouvellement (turnover), membranes et, 584- 268 déficit en, 614
585 récepteur, 252, 252f Lysyl oxydase, 611, 613
simples, 147 Lipoprotéines de très faible densité, récepteur des, 247 Lytique, voie, 428f, 429
stéroïdes, 152-154, 152f, 153f Lipoprotéines de très faible densité, 164, 247, 248t, Lytique/lysogène, commutation, 428f
transport et stockage, 247-248 265, 266 d-Lyxose, 140f
aspects cliniques, 253-255 dans l’état alimenté, 166
déficit en acides gras et, 234-236 dans le transport des triacylglycérols, 249f, 250f
en tant que lipoprotéine, 247-248, 247t, 248f métabolisme, 161, 161f, 249-251, 250f M
rôle du foie, 253, 254f sécrétion hépatique selon le statut alimentaire et
tissu adipeux brun et, 257-258, 258f hormonal, 253, 254f Macromolécules, transport cellulaire des, 486, 488,
tissu adipeux et, 255, 255f Liposomes, 479, 480 482f, 483f
triacylglycérols (triglycérides), 150, 150f formation par des lipides amphiphiles, 154, 155f Magnésium, 559t
Lipides neutres, 147 membranes artificielles et, 478-479 dans la chlorophylle, 317
Lipides, maladies du stockage, (lipidoses), 244t, 245 Lipotrope, facteur, 253 dans le liquide extra- et intra- cellulaire, 474, 474t
Lipidique, bicouche, 447-479, 477f Lipoxines, 149, 233, 235 Maillard, réaction de, 601
protéines membranaires et, 477-478 signification clinique, 235-236 Maladie des urines à odeur de sirop d’érable (cétonu-
Lipidique, cœur, des lipoprotéines, 247 voie de la lipoxygénase dans leur formation, 234, rie à chaînes ramifiées), 303
Lipidique, composition, du RE, 576 234f, 236f fonction altérée du complexe de la décarboxylase
Lipidique, peroxydation, 716 5-Lipoxygénase, 235f, 236f des α-cétoacides, 305t
Lipidique, profil, valeurs de référen ce, 756t Lipoxygénase, 235f, 236f Maladie, 1. Voir aussi Cas cliniques ; les différentes
Lipidiques, gouttellettes, 255, 257 espèces réactives produites par elle, 154 maladies
Lipidiques, radeaux, 480, 584, 586 Lipoxygénase, voie de la, 234, 235, 235f, 236f bases chimiques, 3-4
Lipidomique, 5 Lithium, 559t conformationnelles, 579t
Lipogenèse, 160, 164, 226-229, 219f, 253-254 Lithocholique, acide, synthèse d’, 267f principales causes, 3t
acétyl CoA pour la, 228 LMM. Voir Méromyosine légère Projet Génome Humain et, 4-5
e t complexe acide gras synthase, 226-228, 226f, 227f Locus, régions de contrôle du, 439 recherche des gènes, 2, 3
NADPH pour la, 228, 229f Longues séquences répétées dispersée (LINE), 371 Malaria, 608
production de malonyl-CoA, 226, 226f LRP. Voir Lipoprotéines de faible densité, protéine Malate déshydrogénase, 172f, 172
régulation, 229-231, 230f apparentée aux récepteurs des, Malate, 171f, 172
enzymes impliquées, 198t, 226-228, 229-230 LT. Voir Leucotriènes Malate, navette du, 135, 135f
état nutritionnel et, 228 Lubrifiant, 589t MALDI, désorption au laser assistée par la matrice, en
mécanismes à court et long terme, 229-231 Lumière solaire. Voir Ultraviolette, lumière spectrométrie de masse, 33, 33f
Lipolyse, 161, 255-258, 250f, 256f. Voir aussi Lipides Lumière, dans le transport actif, 488 Maléylacétoacétate, dans le catabolisme de la tyrosine,
des triacylglycérols, 238 LX. Voir Lipoxines 298, 299f
832 Index

Malignité/malignes, cellules. Voir Cancer/cancéreuses Médicaments, détoxification/interaction des, cyto- Membranes, mucines associées aux, 593
cellules chromes P450 et, 124, 125f Membraneux, os, 625f
Malique, enzyme, dans la production de NADPH, Médicaments, développement de, Mémoire à court terme, perte de, 760
228f, 228, 229f ARN cible pour le, 362 Ménadiol, 550
Malonate, cinétique enzymatique, mécanisme et inhibition Ménadiol, diacétate de, 550
effet sur la chaîne respiratoire, 132, 133f dans le, 83 Ménadione, 550. Voir aussi Vitamine K
inhibition de la succinate déshydrogénase par le, Médicaments, métabolisme in vivo des, 84 Ménage, gènes de, 425
79 Médicaments, nouveaux, approches de développe- Ménaquinone, 550. Voir aussi Vitamine K
Malonyl CoA, dans la synthèse des acides gras, 226, ment, 709-710, 709f Menkes, maladie de (maladie des cheveux cassants),
227f Médicaments, résistance, 444 665
Malonyl transacylase, 226, 227f, 228f Médicaments, tests enzymatiques appropriés pour le carence en cuivre, 614
Maltase, 534 criblage à haut débit dans la découverte de, 66 Menkes, maladie de, 673
Maltose, 141, 142f, 141t Mégaloblastique, anémie, 687t Menkes, syndrome de, 614
Mammifères, corégulateurs protéiques, 527t par déficit en folate, 554 MEOS. Voir Cytochrome P450, système microsomial
Mammifères, récepteurs des asialoglycoprotéines des, par déficit en vitamine B12, 556 d’oxydation de l’éthanol dépendant du,
593 MELAS, 136 6-Mercaptopurine, 338, 338f
Man 6-P, protéines récepteur du, 606 Mélatonine, biosynthèse et métabolisme, 313f Mercuriques, ions, effet sur le métabolisme du pyru-
Manganèse, 559t Membranaire, fusion, 581 vate, 184
d-Mannosamine, 141 Membranaire, protéine, de transport des acides gras, Méromyosine,
Mannosamine, 212, 213f 248 légère, 633
Mannose 6-phosphate/mannose 6-P, Membranaire, transport, 481t, 482, 483f, 484f, 486f. lourde, 633
dans le flux des protéines, 588t Voir aussi les différents mécanismes Messager, ARN (ARNm), 359, 359f, 360f, 389, 410,
signal, 619 Membranaires, lipides 417f, 448.Voir aussi ARN
d-Mannose, 140f, 141t formation de bicouches, 476-477, 476f, 477f édition, 313
Mannose, protéine de liaison au, déficit en, 607 glycosphingolipides, 475 modification, 404-405
Manteau (Coatamères), protéines de, nature amphiphile, 475-476 molécules, 572
fonction, 581 phospholipides, 474-475 non traduit, 419-420
recrutement, 581, 582f stérols, 475 polycistronique, 425
Manteau, coque de protéines de, (coatamères), 582 Membranaires, protéines, 478-479 491t, 576. Voir relation avec l’ADN chromosomique, 370f
MAP. Voir Microtubules, protéines associées aussi Glycoprotéines séquence nucléotidique, 408
Marasme, 114, 276, 539, 777 association avec la bicouche lipidique, 477 mutations dues à des changements de la, 411-
Marasmique, kwashiorkor, 774 intrinsèques, 36, 478, 479f 412, 412f
Marfan, maladie de, 615 maladies causées par des mutations les affectant, signification des codons, 407, 408t
MAT. Voir Méthionine adénosyltransférase 490-491, 491t site de démarrage de la transcription et, 389
Matrice périphérique, 478, 479f système exportateur, 572
extracellulaire. Voir les différents composants structure, dynamique, 477-478 Métabolique, syndrome, 781
mitochondriale, 127, 171 Membrane mitochondriale externe, 127, 570 Métabolique, théorie, du vieillissement, 720
Matrice extracellulaire, 544-562. Voir aussi Matrice ; et insertion des protéines, 571 Métabolique, voie/flux, 162-163. Voir aussi rubrique
les différents composants Membrane mitochondriale interne, 127, 570 spécifique et Métabolisme
fibronectine, 615-616 insertion des protéines dans la, 569 nature unidirectionnelle, 87
processus de vieillissement, 610 Membrane, assemblage de la, 575 réactions de non-équilibre, 163
protéines structurales, 610 Membrane, polysomes liés à la, 574 réactions génératrices de flux, 163
protéoglycanne, 610 Membranes, 474-492 régulation, 87-88, 87f, 163, 163f
rôle dans le pouvoir métastatique, 739 appareil de Golgi et synthèse, 568 modification covalente dans la, 91
tissu conjonctif, 610 artificielles, 478-479 Métaboliques, carburants, 165-167. Voir aussi Diges-
Matrice, brin d’ADN, 355, 358, 359f asymétrie, 474, 478 tion
transcription pour la synthèse d’ARN, 389-390 bicouche, 476f, 477-478 à l’état alimenté et à jeun, 164-167, 165f, 166f, 166t
Matrice, liaison à la, dans la transcription, 391 association des protéines membranaires et, 477 apports alimentaires, 538
Matrice, peptidase de maturation de la, 570 biogenèse, 585, 585f, 585t aspects cliniques, 166-167
Matricielles, protéines, 570, 573 cholestérol dans les, 475 besoins quotidiens, 157
maladies causées par des défauts d’importation et modèle de la mosaïque fluide 480 chez l’adulte normal, 157
des, 573 dépolarisation dans la transmission de l’influx ner- interconversion, 164-167
Maturation nucléolytique de l’ARN, 404 veux, 431 stocks, 157-168. Voir aussi Métabolisme
MBP. Voir Mannose, protéine de liaison au, effet de la fluidité, 480 Métaboliques, maladies, du métabolisme des acides
McArdle, syndrome de, 190t fonction, 478-491 aminés, 294t
MEC. Voir Matrice extracellulaire glycosphingolipides dans les, 475 Métabolisme, 115, 159-169. Voir aussi rubrique spéci-
Médecine légale intracellulaires, 474 fique ; Catalyse ; Catalytique, réaction (enzymatique) ;
nombre variable de répétitions en tandem (VNTR) lipides. Voir aussi, Membranaires, lipides Métabolique, voie/flux ; types spécifiques
et, 460 amphiphiles, 154, 155f, 475-476, 476f au niveau des tissus et des organes, 159-161, 160f,
polymorphisme de longueur de fragments de res- maladies causées par des mutations les affectant, 167t
triction (RFLP) et, 458 490-491, 491t au niveau subcellulaire, 161-162, 162f
Médecine préventive, impact de la recherche biochi- phospholipides, 150-151, 151f, 474-475, 475f carburants tissulaires et intégration du, 159-162
mique sur la, 3 plasmique. Voir Plasmique, membrane circulation sanguine et, 159-161, 160f, 161f
Médecine, protéines dans les, 477-478, 485t. Voi aussir Mem- compartimentation, 87-88
préventive, recherche biochimique et, 3 branaires, protéines, contrôle de la concentration et, 88-89
relations avec la biochimie, 1-2, 3 rapport protéines/lipides dans les, 474, 475f des médicaments in vivo, 83
Médicamenteuses, interactions, 705 sélectivité des, 480-486, 481t, 482f, 484f, 485f, 485t erreurs innées du, 2, 291
Médicaments stérols dans les, 475 modification covalente et, 89, 91, 92f, 93
comme inhibiteurs d’enzyme, 83 structure, 474-477, 474f réactions de transfert de groupe, 10
doses, 758 asymétrie et, 478 réactions limitantes, 88
Médicaments, conception assistée par ordinateur, modèle de la mosaïque fluide, 479-480, 479f régulation, 87f, 88, 163, 163f
(CADD), 103 Membranes artificielles, 479-480 enzymes intervenant, 163, 163f

mécanismes allostériques et hormonaux, 89-90,
90f, 163-164, 163f
régulation allostérique, 89-90, 90f, 163, 163f
Métabolites, flux des, 87
Métabolomique, 5
Métachromatique, leucodystrophie, 244t
Métal, enzymes activées par un, 60
Métalliques, ions, dans les réactions enzymatiques,
60
Métalloenzymes, 60
Métalloflavoprotéines, 122
Métalloprotéines, 37
Métallothionéines, 665
Métaphasiques, chromosomes, 369, 369t, 370f, 373,
373f
Métastases, 589, 740t
amplification génique, 739
anomalies membranaires et, 491t
et cancers, 738-740
schéma simplifié, 738f
Méthacrylyl-CoA, catabolisme du, 304f
Méthémoglobine, 56, 691
Méthémoglobinémie aiguë massive, 693
Méthémoglobinémie, 56, 687t, 693
Méthionine, 19t, 302, 302f
activée (S-adénosylméthionine), 302, 302f, 309,
310, 310f, 337, 337f, 338t
besoins, 540
catabolisme, 302, 302f, 303f
dans le piège à folate, 554f
Méthionine adénosyltransférase (MAT), 302t, 310f
Méthionine synthase, 555
Méthotrexate, 348, 556
effet sur dihydrofolate/dihydrofolate réductase, 348
Méthyl pentose, dans les glycoprotéines, 145t
Méthyl-tétrahydrofolate, dans le piège à folate, 555,
555f, 556
Méthylation, 707
des résidus de résidus de cytosine, 737
modification covalente augmentant la masse, 31t
5-Méthylcytosine, 336, 336f
Méthylène, tétrahydrofolate de, 556
dans le piège à folate, 556
7-Méthylguanine, 336f
Méthylhistidine dans la maladie de Wilson, 309
Méthylmalonique, acidurie, 198
Méthylmalonyl-CoA isomérase (mutase), dans le
métabolisme du propionate, 196, 198f, 555
Méthylmalonyl-CoA racémase, dans le métabolisme
du propionate, 196, 198f
Méthylmalonyl-CoA, accumulation lors d’une carence
en vitamine B12, 555
Méthylpentose, dans les glycoprotéines, 145t
Mévalonate, synthèse du, 261, 262f
dans la synthèse du cholestérol, 261, 262f
Mg. Voir Magnésium
miARN (micro) et siARN (interférant), 362
Micelles, 476, 476f
dans l’absorption des lipides, 535
formation par des lipides amphiphiles, 154, 155f,
476, 476f
Michaelis-Menten, équation de, 77
effet de la concentration du substrat, 75-79
réaction Bi-Bi et, 82
régulation du flux métabolique et, 87, 87f
Michaelis, constante de (Km), 77
approximation de la constante d’affinité, 78
effet des inhibiteurs, 80
effets allostériques sur la, 90
vitesse de catalyse enzymatique et, 77, 87, 87f
Micro (mi), ARN, 362, 404, 405f
Microalbuminurie, 754
Index 833
Microbiennes, toxines, 486 Molybdène, 559t
Microbiologie, 2 Monoacylglycérol acyltransférase, 239, 240f
Microfibrilles, 615 Monoacylglycérol, voie du, 240f, 241, 535
Microfilaments, 661 2-Monoacylglycérols, 240f
Micronutriments, 543. Voir aussi les différents micro- Monoclonale, immunoglobuline, 742t
nutriments Monoclonaux, anticorps anti VEGF, 738
vitamines. Voir Vitamines, Monoclonaux, anticorps, 743t
Microsatellites (ADN), polymorphisme, 372, 460 466 application thérapeutique humaine, 672
Microsatellites, instabilité des, 372, 734 production par hybridomes, 672, 672f
Microsatellites, séquences répétées, 372, 466 Monoglycosylée, structure, du cœur des glycoprotéi-
Microsomial, cytochrome P450, 771 nes, 599
Microsomial, système de l’élongase, 229, 230f Monoidotyrosine, 506
Microtubules, 584, 649 Monoinsaturés, acides gras, 148, 148t. Voir aussi Aci-
représentation schématique, 649f des gras ; Acides gras insaturés
Microtubules, protéines associées aux, 649 alimentaires affectant le taux de cholestérol, 268
Minéralocorticoïdes, 496, 497, 499f synthèse, 231-232, 232f
Minéraux, 3, 543-546, 548, 559-560 Monomériques, protéines, 44
digestion et absorption, 537 Mononucléotides, 335
MIT. Voir Monoiodotyrosine réactions de « récupération », 343f, 344
Mitchell, théorie chimiosmotique de. Voir Chimiosmo- Monooxygénase, 124. Voir aussi Cytochrome P450,
tique, théorie système du
Mitochondrial (mt), génome, 570 Monosaccharides, 138. Voir aussi les différents types
Mitochondrial, ADN, 372f, 372t et Glucose
Mitochondrial, cytochrome P450, 124, 705. Voir aussi absorption, 533, 534
Cytochrome P450, système du, importance physiologique des, 139, 140t
Mitochondriale, glycérol-3-phosphate déshydrogé- Mort, voie des récepteurs de, 736
nase, 122 Mortalité et vieillissement, 712
Mitochondriale, matrice, 570, 571f Mosaïque fluide, modèle de la, 480, 480f
Mitochondriale, oxydation, des flavines réduites, 564f MPE (malnutrition protéino-énergétique),
Mitochondriale, théorie, du vieillissement, et radicaux primaire, 777
libres, 716 secondaire, 777
Mitochondriales, encéphalopathies, accompagnées
MPO. Voir Myéloperoxydase
d’acidose lactique et d’épisodes d’attaques (MELAS),
MPS. Voir Mucopolysaccharides
136
mRNA. Voir Messager, ARN
Mitochondriales, membranes
MRP-2, dans la sécrétion de la bilirubine, 329
enzymes marqueurs des compartiments séparés
MRP-2, protéine 2 apparentée à la protéine de résis-
par les, 127
tances multiples aux médicaments, dans la sécrétion
insertion des protéines, 576
de la bilirubine, 329
structure, 127, 127f
MstII, 449t
Mitochondriaux, complexes protéiques, dans la chaîne
dans l’anémie falciforme, 458f
respiratoire, 127, 128f
mtADN. Voir Mitochondrial, ADN
Mitochondries
apoptose, 688-689 Mucines, propriétés, 595t
chaîne respiratoire. Voir Respiratoire, chaîne Mucolipidoses, défauts biochimiques et tests diagnos-
cycle de l’acide citrique, 158, 159f, 161-162, 161f, tiques, 621t
162f, 171, 175, 175f Mucopolysaccharides, 143, 144f
exportation de phosphate à haute énergie, 135, Mucopolysaccharidoses, 620, 621
136f caractéristiques, 621t
implication dans le cancer, 740-741, 741f causes, 621f
oxydation des acides gras, 216, 218f défauts biochimiques et tests diagnostiques, 620t
synthèse d’ALA, 318, 319 diagnostic, 621t
synthèse protéique et importation, 568t, 569 Mucoprotéines. Voir Glycoprotéines
transport ionique, 134 Mucoviscidose, 487, 487t, 491, 491t, 534, 608
Mitochondries, altérations redox, 716 étude de cas, 765-767, 767t
ML. Voir mucolipidoses Mucus visqueux, 766
MOAT. Voir Transporteur multispécifique d’anions Mucus, 593
organiques représentation schématique, 594f
Mode de Vie, changement de, effet sur les taux de cho- Multifactorielles, maladies, bioinformatique et, 97
lestérol, 268 Muscle. Voir aussi Cardiaque, muscle ; Muscle sque-
Modélisation moléculaire dans l’analyse de la struc- lettique
ture des protéines, 44 capture du glucose, 164
Modifiables, facteurs de risque, pour le cancer, 733 catabolisme, 777
Modifications covalentes réversibles, 93f, 94, 93t Voir contraction, Voir Musculaire, contraction
aussi Phosphorylation des protéines contrôle par des phosphorylases, 188
Moléculaire, dynamique, 44 dans la transduction de l’énergie, 630-632
Moléculaire, génétique, 2, 448-46 Voir aussi recombi- fibres, 631f
nant, ADN/technologie de l’ADN recombinant glycogène dans le, 163, 164t
Moléculaire, modélisation, pour l’analyse de la struc- lors du jeûne, 166-167
ture des protéines, 44 lors du jeûne, 166-167
Moléculaire, pathologie, 584 métabolisme, 160f, 161, 167t
Moléculaire, remplacement, 44 du glycogène, 186, 188
Moléculaires, commutations, 581 production de lactate, 180
834 Index
protéines. Voir Actine ; Myosine ; Titine
rôle de l’ATP, 630-631, 640
strié, 631
Muscle lisse, 643
contraction,
et phosphorylation de la chaîne légère de myo-
sine, 642
régulation basée sur la myosine, 642
rôle du calcium, 642
interactions actine-myosine, 643
relâchement, rôle du calcium, 642
Muscle squelettique, 640, 646, 651. Voir aussi Muscle ;
Musculaire, contraction
caractéristiques biochimiques, 647t
caractéristiques, 646t
comme réserve protéique, 647-648
fourniture de glycogène, 645
métabolisme, 160f, 161
production de lactate, 180-181
stocks de glycogène, 656-647
Muscle strié, 640f, 643 Voir aussi Muscle ; Cardiaque,
muscle, Muscle squelettique
interactions actine-myosine, 643t
Muscles intercostaux, renouvellement des cellules,
713t
Musculaire, contraction, 631-632, 633, 636-637
dans le muscle lisse, 642, 643-644, 643f
kinase des chaînes légères de la myosine et, 643
et hydrolyse de l’ATP, 634
et monoxyde d’azote, 644-645
modèle de glissement des pontages entre filaments,
631-632
phase de relâchement, 635, 636
régulation
basée sur l’actine, 636
calcium et, 636
réticulum sarcoplasmique et, 636-637
rôle du calcium, 638
activation de la phosphorylase, 190
muscles lisses, 642
réticulum sarcoplasmique, 640
tropomyosine et troponine dans la, 635-636
Musculaire, fatigue, 184
Musculaire, fonte, 580, 778, 778t
Musculaire, phosphorylase
absence, 189t
phase de relaxation,
AMPc et, 191f
calcium/contraction musculaire et, 190
Musculaires, types de fibres, 647t
Mutagenèse ciblée, pour l’étude des enzymes, 69
Mutagenèse ciblée, pour l’étude du mécanisme d’ac-
tion d’enzymes, 69
Mutation constitutive, 425
Mutation par substitution de base, 410f, 411
Mutations géniques, banque humaine de, 101
Mutations ponctuelles, 411, 729
Mutations somatiques, théorie du vieillissement par,
719
Mutations, 55, 370, 372f, 573, 729t, 769
constitutives, 425
conversion de gène et, 374, 761
de l’ADN mitochondrial, 741
de protéines membranaires, maladies causées par
des, 490-491, 491t
décalage du cadre de lecture, 412, 412f
des cyclines et des CDK, 733
échange de chromatides sœurs et, 374, 374f
faux-sens, 410, 411, 411f
cause de cardiomyopathie hypertrophique fami-
liale, 641-642
par changement de la séquence des nucléotides
de l’ARNm, 413f
intégration et, 373, 373f
non-sens, 412-413
par changement de la séquence des nucléotides de
l’ARNm, 408, 408f, 412f
ponctuelles, 413
recombinaison et, 372, 373 373f
spontanées,
substitution de base, 410, 410f
suppresseur, 412
transition, 310, 310f
transposition et, 373-374
transversion, 410, 410f
MYC (oncogène), 731t
Myéline, couches de, 488
Myélome multiple, 672
Myélome, 672
Myélome, hybridomes dérivés de cellules de, 672,
672f
Myéloperoxydase, 691, 691t, 698t
des neutrophiles, 700, 700f
Myocarde, infarctus du, (IM)
cause, 780f
enzymes aidant au diagnostic, 67
étude de cas, 778-779
Myocarde, infarctus du, diagnostic utilisant les isoen-
zymes de la lactate déshydrogénase, 67, 68
Myofibrilles, 642, 643f
Myoglobine, 56
courbe de dissociation de l’oxygène et, 51
stockage de l’oxygène par la, 50
Myoglobinurie, 56
Myokinase (adénylate kinase), 117
dans la régulation de la néoglucogenèse, 199
Myopathie de Duchenne, 639, 651, 766, 769-770
Myopathie mitochondriale infantile fatale, et dysfonc-
tion rénale, 136
Myopathies, dues à des défauts mitochondriaux héré-
ditaires, 136
Myopathies, formes congénitales de, 606, 631
Myophosphorylase, déficit en, 188t
Myosine, 638, 642
dans la contraction musculaire, 631-632, 634-638
structure et fonction, 631
Myosine, chaînes légères, 643
dans la contraction du muscle lisse, 642
Myosine, chaînes lourdes, 642
cardiomyopathie hypertrophique familiale causée
par des mutations dans leurs gènes, 642
Myosine, filaments de, (épais), 631
Myosine, kinase de la chaîne légère de, 643, 644
Myosine, protéine C de liaison à la, 642
Myosine, tête de la, 643, 651
changements de conformation dans la contraction
musculaire, 634
Myotonique, dystrophie (Myotonia congenita), 642t
Myristique, acide, 148t
Myristylation, modification covalente changeant la
masse, 31t
N Néoglucogénique, acide aminé, 284
N- Glycannes, chaînes, 576
N- Glycosides hétérocycliques, 334
N- Glycosidique, liaison, 592
N- Glycosylation des protéines, 596
N-Acétylneuraminique, acide, 609
N-liées, glycoprotéines, 593
N-Méthyl-4-aminoazobenzène, structure, 728f
Na. Voir Sodium
Na+-K+, ATPase, 487, 487f
dans le transport du glucose, 488, 488f
NaCl, haute concentration dans la sueur, 766
NAD(P)+, déshydrogénase dépendantes du, pour la
détection enzymatique, 66
NAD+ (nicotinamide adénine dinucléotide), 122, 553
comme coenzyme, 122, 123f, 338t
dans le cycle de l’acide citrique, 175
de la membrane plasmique, 430
spectre d’absorption, 66, 66f
NADH
dans la régulation de la pyruvate déshydrogénase,
182, 183f
oxydation extramitochondriale, et navettes de
substrats, 134, 135f
production par l’oxydation des acides gras, 218
spectre d’absorption, 66, 66f
NADH déshydrogénase, 122
NADH-Q oxydoréductase, 127, 128, 128f
comme accepteur d’électrons, 127, 128f, 172f
NADP + (nicotinamide adénine dinucléotide phos-
phate), 122, 552f
comme coenzyme, 122, 123f, 338t
dans la voie des pentoses phosphates, 205, 206f,
207f
NADPH
dans les réactions du cytochrome P450, 124f
et transhydrogénases, 134
fourniture d’équivalents réducteurs aux cellules
sanguines, 691
pour la lipogenèse, 228, 229f
voie des pentoses phosphates et, 205, 206f, 211
NADPH-cytochrome P450 réductase, 705
NADPH-oxydase, 698t, 699, 700
composants, 699
dans les phagocytes au repos, 699
mutations des gènes de ses composants, 699, 700
Nanotechnologies, 65
Native, conformation, des protéines, 44
NCBI (National Center for Biotechnology Informa-
tion), 98
NDP. Voir Ribonucléosides diphosphates
Nébuline, 639
Nécrose vs apoptose, 737
NEFA (acides gras non estérifiées). Voir Acides gras
libres
Néoglucogenèse, 158, 159, 196-206, 197f, 771, 772f
coût énergétique, 203
dans la glycolyse, 178-180, 179f, 181f, 196f, 197
régulation, 181-183
régulation selon la glycémie, 200-202, 200f, 201f
régulation, 197-200, 198t, 199f
barrières thermodynamiques entre elle et la gly-
colyse, 195-197, 196f
cycle futiles des substrats, 199-200
fructose 2,6-bisphophate et, 199, 199f
induction et répression enzymatique dans la,
198, 198t
modification allostérique et, 198-199
modification covalente et, 198
rôle du cycle de l’acide citrique, 173-174, 174f, 195-
197, 196f
Néoplasme, 725
Nerveux, influx, 487
Nerveux, système
effet de la carence en thiamine, 551
nécessité métabolique du glucose, 164
NES. Voir Nucléaire, signal d’exportation
NeuAc. Voir N-Acétylneuraminique, acide
Neural, tube, défauts du, compléments préventifs
d’acide folique, 557

Neuraminidases, 592, 607
Neuraminique, acide, 143, 152
Neurodégénératives, maladies, 760
Neurofibrilles, faisceau de, 761, 762f
Neurofilaments, 649t
Neurologiques, désordres, sévères, 573
Neurologiques, maladies, altération de la conforma-
tion protéique et, 46
Neurologiques, signes graves, 666
Neurones, membranes des
canaux ioniques dans les, 484f, 485f
fusion des vésicules synaptiques avec les, 584
influx transmis le long des, 487
Neuropathie sensorielle par excès de vitamine B6, 554
Neurotoxicité, 762, 762f
Neutrophiles
activation, 699
adhérence aux cellules endothéliales, 698
défense de l’organisme contre les infections bacté-
riennes, 698
enzymes et protéines des, 697, 697t
intégrines, 698, 698t
myéloperoxydase, 700, 700f
protéases, 700-701, 700t
sous-familles, 698
Neutrophiles-cellules endothéliales, schéma des inte-
ractions, 604f
Neutrophiles, transmigration, 604
NF-κB, voie
mécanisme d’inhibition, 524, 525
régulation, 523-525, 524f
Niacine, 553 . Voir aussi Nicotinamide. Nicotinique,
acide
carence, 552
excès/toxicité, 553
Nick, translation (déplacement de fenêtre), 466
Nick/Nicks (interruptions), soudure des, dans la répli-
cation de l’ADN, 381, 381f
Nickel, 559t
Nicotinamide, 547t. Voir aussi Niacine
coenzymes dérivés, 60
déshydrogénases et, 122, 123f
excès/toxicité, 552
Nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+), 117, 535
comme coenzyme, 122, 123f, 338t
dans le cycle de l’acide citrique, 173
spectre d’absorption, 66, 66f
Nicotinamide adénine dinucléotide phosphate
(NADP+), 121, 553
comme coenzyme, 122, 123f, 338t
dans la voie des pentoses phosphates, 205, 206f, 207f
Nicotinique, acide, 552. Voir aussi Niacine
comme médicament hypolipémiant, 269
NIDDM. Voir Non insulinodépendant, diabète sucré
Niemann-Pick de type C, protéine 1 apparentée à la
protéine, 269
Niemann-Pick, maladie de, 244t
Nitrique, oxyde (monoxyde d’azote, NO), synthases
de l’, 645
réaction catalysée, 308f
Nitrique, oxyde, 631, 645, 646t, 645t
effet sur la coagulation/thrombose, 682, 684t
Nitroglycérine, 645
NLS. Voir Nucléaire, signal de localisation
NO synthase, 645
NO. Voir Nitrique, oxyde ; Monoxyde d’azote
Nomenclature, 581
Non codant, brin, 367
Non codantes, régions, dans la technologie de l’ADN
recombinant, 457
Non compétitive, inhibition vs compétitive, 80-83
Non covalentes, forces
conformation des peptides et, 23
dans la stabilisation des molécules, 8
Non covalents, assemblages, dans les membranes, 475
Non déterminants, processus, mortalité et vieillisse-
ment, 712
Non équilibre, réactions de, 162
régulation de la glycolyse et, 181-183, 195-197
régulation du cycle de l’acide citrique et, 175
Non estérifiés, acides gras. Voir Acides gras libres
Non héminique, fer, 659
Non histones, protéines, 365
Non insulino dépendant, diabète sucré (NIDDM/
type2), 202
Non œdémateux, marasme Voir Marasme
Non oxydative, phase, de la voie des pentoses phos-
phates, 206
Non stéroïdiens, médicaments anti-inflammatoires
(AINS), 772
affectant la cyclooxygénase, 233
synthèse des prostaglandines et, 225, 233
Non-répété (séquence unique), ADN, 371
Non-sens, codons, 405, 408
Non-sens, mutations, 413
Noradrénaline, 519. Voir aussi Catécholamines
biosynthèse, 504, 505f
dans la thermogenèse, 257, 258f
synthèse, 311, 314f
Northern, transfert de (blot), 356
NPC. Voir Nucléaire, complexes du pore
NSF, facteur sensible à NEM, 582t, 582
Nucléaire, importines et exportines dans le transport,
573f, 572
Nucléaire, résonance magnétique, (RMN), spectros-
copie, 44
Nucléaire, signal de localisation, (NLS), 568t, 572,
573f
Nucléaire, signaux d’exportation (NES), 572
Nucléaires, complexes des pores, 571
Nucléaires, gènes, protéines codées par les, 570
Nucléaires, protéines, 593
Nucléaires, récepteurs, 495
avec des ligands spéciaux, 527t
Nucléaires, récepteurs, corégulateurs protéiques des
mammifères, 526t
et transcription, 526-528
Nucléaires, récepteurs, superfamille des, 526, 526t
caractéristiques structurales, 526
Nucléases, 10, 362
chromatine active et, 368
Nucléiques, acides. Voir aussi ADN ; ARN
bases, 334, 335t
digestion, 362
non essentiels dans l’alimentation, 342
structure et fonction, 353
Nucléophile, l’eau comme, 10-11
Nucléoplasme, 573f
Nucléoprotéines, empaquetage des, 367f, 369t, 369
Nucléosidases (nucléotides phosphorylases), des
purines, déficit en, 349
Nucléosides diphosphates, 334, 334f
Nucléosides diphosphates kinase, 118
Nucléosides triphosphates
analogues non-hydrolysables des, 338, 339f
dans la phosphorylation, 118
dans le transfert de phosphate de haute énergie,
118
potentiel de transfert de groupe, 337, 338t
Nucléosides, 334-340, 335t
Nucléosomes, 365, 366, 365f, 398
Nucléosomes, phase des, 369
Index 835
Nucléotides, 334-340, 336t, 408-412, 409t, 410, dans.
Voir aussi Purines, Pyrimidines/Pyrimidiques, nucléo­
tides
absorption de la lumière ultraviolette, 336-337
adénylate kinase (myokinase) dans l’interconver-
sion des nucléotides, 118
analogues synthétiques en chimiothérapie, 337-
338, 339f
comme acides polyfonctionnels, 336
comme coenzyme, 338t
fonctions physiologiques, 337
métabolisme, 341-351
mutations dues à leurs changements, 410f, 411-
412, 411f, 412, 412f
polynucléotides, 338-339
Nucléotides cycliques 3’,5’, phosphodiestérase des,
dans la lipolyse, 257
Nucléotides, pli de liaison des. Voir Rossmann, pli de
Nucléotides, réparation de l’ADN par excision de,
383f, 362
Nucléotidiques, sucres, 590, 595
Nutrition, 538-543. Voir aussi Alimentation ; Régime
alimentaire
impact de la recherche biochimique, 3
lipogenèse régulée par l’, 229
Nutritionnel, acides aminés essentiels sur le plan, 159,
540. Voir aussi Acides aminés
Nutritionnel, acides aminés non-essentiels sur le plan,
159, 275, 276t, 540
synthèse, 277-280
Nutritionnel, acides gras essentiels sur le plan, 231.
Voir aussi Acides gras
déficit en, 232, 235
métabolisme anormal des, 235
Nutritionnelles, carences, 539
dans le SIDA et le cancer, 538-539
O
O-glycosilation, caractéristiques, 596t
O-glycosidique, liaison, 592, 611
O-liaison, 593f
O, gène, 697
Obésité, 158, 247, 538, 541
étude de cas, 779-782
lipogenèse et, 225
Octamères d’histones, 366, 366f
Oculocérébrorénal, syndrome, 580t
Œdémateux. Voir Kwashiokor
Œdème
concentration des protéines plasmatiques et, 655
dans le kwashiokor, 538
en cas de carence en thiamine, 542
Œil, fructose et sorbitol dans l’, et cataracte diabétique,
214
Œstrogènes
biosynthèse, 502f
étapes d’hydroxylation, 500
par aromatisation périphérique des androgènes,
500
et transport des acides aminés, 483
Œstrone, 502
1,25(OH)2-D3. Voir Calcitriol
Okazaki, fragments d’, 377, 377t, 380f
Oléique, acide, 147, 147f, 148t, 149f
Oligoméres, importation par les peroxysomes, 573
Oligomérisation, 761
Oligomycine, effet sur l’oxydation et la phosphoryla-
tion, 132, 133f
Oligonucléotides
définition, 464
pour déterminer la structure primaire, 31
836 Index

Oligosaccharides, 138 Ostéoclastes, 623 P

liés aux membranes et circulants, 595 Ostéogenèse, imparfaite (osteogenesis imperfecta),
structures, 595f 276, 624 p-Hydroxyphénylpyruvate hydroxylase, 294t
structures de ceux O-liés, 593f Ostéomalacie, 543, 784 p-Hydroxyphénylpyruvate, dans le catabolisme de la
Oligosaccharides, maturation des, 569, 576, 596 Ostéopénie, 784 tyrosine, 298, 299f
et appareil de Golgi, 576 Ostéopétrose (maladie des os de marbre), 624 P, corpuscules, 420f, 418-419
voie schématique, 598f Ostéoporose, 549, 624, 785f P450, cytochrome. Voir Cytochrome P450, système du
Oligosaccharidiques, chaînes, 656 primaire (postménopausique), étude de cas, 782- P50, valeur, de l’affinité de l’hémoglobine pour l’oxy-
Omega-3, acides gras, 760 784 gène, 53
OMIM, Online Mendelian Inheritance in Man, base Ouabaïne, 141, 487 P53 (gène suppresseur de tumeur), 730t
de données, 99 effet sur l’ATPase Na+-K+, 487
p53, gène, 737
OMP (Orotidine monophosphate), 346, 346f Oxaloacétate
P53, protéine, 733
Oncogènes, 3, 765, 765f cycle de l’acide citrique, 162f
P53, protéine/p53, gène, 386
cyclines et, 381 dans la synthèse de l’aspartate, 277, 277f
p97, 579
définition, 728 dans le catabolisme du squelette carboné des acides
PAC, vecteur, (dérivé de P1), 450
et gènes suppresseurs de tumeur, différences, 730 aminés, 292, 292f, 293, 293f
PAF. Voir Plaquettaire, facteur d’activation,
et perte d’activité de gènes suppresseurs de tumeur dans le cycle de l’acide citrique, 162, 170, 171f, 173,
Pagaie chargée, 486, 486f
conduisant les cellules vers la croissance tumorale, 174f, 175
Palindrome, 466
728f Oxydants, 690
Palmitate, 223
mécanismes d’activation, 728, 728t Oxydases à fonction mixte, 124, 704. Voir aussi Cyto-
Palmitique, acide, 148t
propriétés, 730t chrome P450, système du,
Palmitoléique, acide, 148t, 231f
rôle dans le cancer colorectal, 730, 731, 731f Oxydases, 121-122, 121f. Voir aussi les différents types
synthèse, 231
rôle des produits protéiques dans le développement à fonction mixte, 123. Voir aussi Cytochrome P450,
Palmitylation, modification covalente augmentant la
du cancer, 728-729, 729f système du,
masse, 31t
virus tumoraux, 729 la céruloplasmine, 664
Pancréatique, canaux, et obstruction, 766
Oncogènes, virus, 726, 726f le cuivre dans les, 121
les flavoprotéines, 121-122, 121f Pancréatique, insuffisance, lors de carence en vitamine
Oncoprotéines, protéine Rb et, 383
Oncotique (osmotique), pression, 655 Oxydation, 121 B12, 555
Oncovirus et cyclines, 383 définition, 120 Pancréatiques, carcinomes, 735
Opérateur droit, 429f, 441-442 des acides gras, 216-219. Voir aussi Cétogenèse Pancréatiques, îlots, et production d’insuline, 201
Opérateur, locus, 425f, 426 aspects cliniques, 223-224 Pancréatiques, préparation d’enzymes, 766
Opéron, hypothèse de l’opéron, 426-428, 427f dans la mitochondrie, 216, 218f Pantothénique, acide, 226, 558
Optique, activité/isomérie, 139 hypoglycémie en cas d’oxydation, défectueuse, coenzymes dérivés, 60
OR. Voir Opérateur droit 223 dans le cycle de l’acide citrique, 173
ORC. Voir Origine de réplication, complexe de, libération d’acétyl-CoA, 158, 159f, 217-219, Papaïne, digestion des immunoglobulines par la, 668
ORE. Voir Origine de réplication, élément de, 218f PAPS. Voir Adénosine 3’-phosphate-5’- phosphosul-
Organes, tests fonctionnels des, et déshydrogénases, 121-122, 123f fate
hépatiques, 751, 752t hydroperoxydases, 122 Paralysie périodique
rénaux, 751, 752, 752t oxydases, 121, 121f, 123f hyperkaliémique, 641t
Origine de réplication (ori), 376, 376f oxygénases, 123, 124f hypokaliémique, 641t
Origine de réplication, complexe de, 376 potentiel rédox et, 120, 121t Paralysie périodique hyperkaliémique, 642t
Origine de réplication, élément de, 376 toxicité de l’oxygène, 125 Paralysie périodique hypokaliémique, 642t
Ornithine, 308 Oxydative, phase, de la voie des pentoses phosphates, Parasitaires, infections, 692
catabolisme, 293, 295f 206, 207f, 208f Parathormone bovine, 508f
dans la synthèse de l’urée, 286, 287 Oxydo-réduction (redox) potentiel d’, 121, 121t Parathormone, hormone de la parathyroïde (PTH),
métabolisme, 311f Oxydoréductase, 39, 122, 123f 507-508
Ornithine transcarbamylase/l-ornithine transcarba- NADH-Q, 127, 128f biosynthèse, 506-507
mylase comme accepteur d’électrons, 127, 127f, 172f stockage vésiculaire, 510
dans la synthèse de l’urée, 286 Oxydoréductase, 60, 127. Voir aussi les différents Pathologie, 2
déficit en, 289, 350 types. pBR322, 452f, 451
Ornithine-citrulline, déficit en antiporteur, 295 Oxydosqualène :lanostérol cyclase, 262, 263f PCR. Voir Polymérisation en chaîne, réaction de
Ornithine-δ-aminotransférase, 294t Oxygénases, 121, 124 PCU/PKU. Voir Phénylcétonurie
Orotate phosphoribosyltransférase, 347f, 348, 351 Oxygénation de l’hémoglobine PDGF. Voir Plaquettaire, facteur de croissance
Orotidine monophosphate (OMP), 346, 346f adaptation à la haute altitude, 55 PDH. Voir Pyruvate déshydrogénase
Orotidinurie, 351 changements conformationnels l’accompagnant, Peau
Orotique, acidurie, 350 52 effet du déficit en acides gras essentiels, 234-235
Os apoprotéine, 52 et synthèse de la vitamine D3, 548f
maladies métaboliques et génétiques, 624-625, 625t stabilisation par le 2,3-bisphosphoglycérate, 52f Pellagre, 543
protéines principales, 625t hémoglobines mutantes, 55 Pénicillamine, contre la maladie de Wilson, 666
tissu conjonctif minéralisé, 622-623 Oxygène Pentasaccharidique, cœur, 596f
Osmolarité, 768 affinité de l’hémoglobine (P50), 51 Pentoses, 140, 141t
valeurs de référence, 756t dette d’, 180 dans les glycoprotéines, 144t
Osmotique (oncotique), pression, 655 fer ferreux et transport, 49-51 importance physiologique, 139, 140t
Osseuse liaison, 51, 51f. Voir aussi Oxygénation pentosurie essentielle, 205, 212
cellules souches de la moelle, 759 effet Bohr, 54, 54f Pentoses phosphates, voie des, 158, 206-209, 207f,
synthèse de l’hème dans la moelle, 319 rôle des histidines F8 et E7, 50, 50f 208f, 209f
protéine Gla de la matrice, 547t stockage par la myoglobine, 49-51 dysfonctionnement, 211-212
transplantation de moelle, 759 Oxygène, courbe de dissociation, pour la myoglobine enzymes, 198t
Ostéoarthrite, 611, 615 et l’hémoglobine, 51 hémolyse des érythrocytes et, 211-212
Ostéoblastes, 625f Oxygène, toxicité, radical libre superoxyde, 125. Voir localisation cytosolique des réactions, 205-206
et résorption osseuse, 624f aussi Radicaux libres phase non-oxydative, 208
Ostéocalcine, 558 Oxystérols, 155 phase oxydative, 206-208, 206f, 207f
 Index 837

production de NADPH, 205, 206f, 207f catabolisme, 298, 299f, 300 Phosphodiestérases, 339, 519
pour la lipogenèse, 227f, 228, 229f dans la phénylcétonurie, 298, 299f hydrolyse de l’AMPc, 189
production de ribose, 206f, 208 synthèse de tyrosine à partir de, 279, 279f Phosphoénolpyruvate
Pentosurie alimentaire, 214 Phénylalanine hydroxylase, 43f, 294t dans la néoglucogenèse, 173, 174f
Pentosurie essentielle, 206, 213 dans la synthèse de la tyrosine, 279, 279f énergie libre d’hydrolyse, 116t
PEPCK. Voir Phosphoénolpyruvate carboxykinase déficit, 298 Phosphoénolpyruvate carboxykinase (PEPCK), 174,
Pepsine, 537 Phénylcétonurie, 300 174f
dans la catalyse acido-basique, 62 Phényléthanoalanine-N-méthyltransférase (PNMT), dans la régulation de la néoglucogenèse, 173, 174f,
Pepsinogène, 537 dans la biosynthèse des catécholamines, 505 196, 196f
Pepsique, ulcère, 608 Phénylisothiocyanate (réactif d’Edman), pour le Phosphoénolpyruvate carboxylase, 199t
Peptidases, dans la dégradation des protéines, 282 séquençage des protéines, 29, 31f dans la néoglucogenèse, 190t
Peptides, 23, 497f. Voir aussi Acides aminés ; Pro­téines Phi, angle, 37 Phosphofructokinase (phosphofructokinase-1), 199t
comme précurseurs d’hormones, 506 Phlébotomie, 779 dans la glycolyse, 178, 179f, 198t
Peptidiques, liaisons, 23. Voir aussi Peptides Phosphagènes, 117 régulation, 181
caractère partiel de double liaison, 23, 23f Phosphatase acide, signification diagnostique de la, 65 dans la régulation de la néoglucogenèse, 199
et conformation secondaire, 36 Phosphatase alcaline sérique, activité, 752 déficit musculaire en, 183, 189t
formation, 10, 417 Phosphatase alcaline, 623 Phosphoglucomutase, dans la biosynthèse de glyco-
hydrolyse, 712-713 dans la technologie de l’ADN recombinant, 449t gène, 188f, 212f
Peptidiques, récepteur des hormones, 495 isozymes et leur valeur diagnostique, 66t 6-Phosphogluconate déshydrogénase, 207f, 206, 208f
Peptidyl prolyl isomérase, 579 valeurs de référence, 756t 3-Phosphoglycérate
Peptidylglycine hydroxylase, ayant la vitamine C Phosphatases dans la glycolyse, 179f, 181
comme coenzyme, 558 acide, signification diagnostique, 66t dans la synthèse de la sérine, 277, 278f
Peptidyltransférase, 417, 418t alcaline Phosphoglycérate kinase, dans la glycolyse, 180, 179f
Périlipine, 258 dans la technologie de l’ADN recombinant, 449t dans les érythrocytes, 181, 181f
Périoste, 615 isozymes et signification diagnostique, 66t Phosphoglycérate mutase, dans la glycolyse, 180, 179f
Perméabilité, coefficients de, pour les substances tra- Phosphatases, cascade de, 496t Phosphoglycérides, dans les membranes, 475, 475f
versant la bicouche lipidique, 477f Phosphate de haute énergie, 115. Voir aussi ATP Phosphoglycérols
Peroxines, 573 comme « monnaie énergétique » de la cellule, 116, lysophopholipides dans leur métabolisme, 150,
Peroxydases, 123, 234 132 151f
Peroxydation dans la capture et le transfert d’énergie, 115, 116t synthèse, 239, 239f
des lipides insaturés, 715f symbole le représentant, 116 Phosphohexose isomérase dans la glycolyse, 180, 207f
des lipides produisant des radicaux libres, 153-154, Phosphate, transporteurs de, 135, 133f Phospholipase A1, 242, 242f
154f Phosphates de faible énergie, 117 Phospholipase A2, 241f, 242, 242f
Peroxydes, 564 Phosphates/phosphore, 554 dans l’activation plaquettaire, 682, 683f
Peroxysomes, 124, 572 dans le liquide extra et intracellulaire, 474t Phospholipase C, 242, 242f
absence/anomalies, 573, 574t de faible énergie, 115 clivage de PIP2, 521f
dans le syndrome de Zellweger, 224, 573 de haute énergie, 115. Voir aussi ATP dans l’activation et les interactions hormone-récep-
biogenèse, 573 comme « monnaie d’échange énergétique » cel- teur, 521f
dans l’oxydation des acides gras, 218-219 lulaire, 116, 132 Phospholipases
Peroxysomes, séquences d’adressage à leur matrice, dans la capture et le transfert de l’énergie, 115- dans la dégradation et le remodelage du phospho-
(PTS), 568t, 572, 571f 116, 116t glycérol, 241-242, 242f
Peroxysomiques, anomalies, causes de maladies, 574t, symbole les désignant, 116 phospholipase D, 242, 242f
568 énergie libre d’hydrolyse, 115-116, 116t Phospholipides, 150, 247
Peroxysomiques, enzymes, 573 Phosphatidate, 239 240f comme précurseur de second messager, 238
Petites molécules, 762 dans la synthèse des triacylglycérols, 239, 240f dans l’activité de la lipoprotéine lipase, 251
développement, 761 Phosphatidique, acide, 150, 151f, 475, 475f dans la sclérose en plaque, 244
Petits ARN, 362-363 Phosphatidique, acide, voie de l’, 536f dans les membranes, 150-151, 151f, 474-475, 475f,
PFK-1. Voir Phosphofructokinase (phosphofructoki- Phosphatidyl inositol 3-kinase (PI-3 kinase) 477, 584
nase 1) dans la transduction du signal de l’insuline, 465, asymétrie membranaire et, 584
PG. Voir Prostaglandines 465f digestion et absorption, 534-535
PGHS. Voir Prostaglandine H synthase dans la voie Jak/STAT, 466 synthèse des éthers de glycérol, 239-241, 241f
PGI. Voir Prostacyclines Phosphatidylcholines (lécithines), 150, 151f synthèse, 240f
pH, 12-15. Voir aussi Acido-basique, équilibre asymétrie membranaire et, 478 Phosphoprotéine phosphatases, 519
calcul du, 11-12 synthèse, 239, 239f Phosphoprotéines acides, 624
charge nette d’un acide aminé et, 20-21, 21f Phosphatidyléthanolamine (céphaline), 151f, 150 Phosphore. Voir Phosphate
définition, 11 asymétrie membranaire et, 478 Phosphorique, acide, valeur du pK/ pKa, 15t
effet sur la vitesse des réactions catalysées par des synthèse, 239, 240f Phosphorylase
enzymes, 75 Phosphatidylglycérol, 151f, 151 activation et AMPc, 190
effet tampon, 13-14. Voir aussi Tampon, système Phosphatidylinositides, métabolisme et action hor- calcium/contraction musculaire et, 190
isoélectrique, charge nette d’un acide aminé et, 20 monale dépendante du calcium, 516 dans le métabolisme du glycogène, 187f, 190
pH, bas, 660 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP2), 151, 489 régulation, 190, 192f
Phage lambda, 428-429, 428f, 429f dans l’activation plaquettaire, 682, 683f et AMPc, 191f
Phages, dans la technologie de l’ADN recombinant, Phosphatidylinositol bisphosphate, hydrolyse, 699 hépatique, 188
450 Phosphatidylinositol/phosphatidylinositide, 151f, 151 déficit en, 189t
Phagocytaires, cellules, flambée respiratoire des, 699 comme second messager/précurseur de second musculaire, 188
Phagocytose, 489 messager, 150f, 151 absence de, 189t
Pharmacie, 2 synthèse, 239, 239f phosphorylase a, 190, 191f
Pharmacogénomique, 5, 709-710, 709f Phosphatidylinositols, 489 phosphorylase b, 190, 191f
Pharmacologie, 2 Phosphatidylsérine, 151f Phosphorylase hépatique, déficit en, 188t
Phénobarbital, 705 asymétrie membranaire et, 478 Phosphorylase kinase
Phénylalanine, 20t Phosphocréatine, dans le muscle, 631 déficit en, 189t
besoins, 540 Phosphodiester, liaisons 339-340 effet de la protéine phosphatase-1, 190
838 Index
phosphorylase kinase a, 190, 191f
phosphorylase kinase b, 190, 191f
sensible à calcium/calmoduline, dans la glycogéno-
lyse, 190
Phosphorylation au niveau du substrat, 129f, 132
Phosphorylation des protéines,
au niveau du substrat, 131f, 132
comme modification covalente, 91, 92f, 93t
augmentation de masse résultante, 31t
lors de la flambée respiratoire, 627
multisite, dans le métabolisme du glycogène, 192
oxydative. Voir Phosphorylation oxydative
polyvalence, 93, 93t, 94f
Phosphorylation multisite dans le métabolisme du
glycogène, 192
Phosphorylation oxydative, 117, 127, 158, 646 .Voir
aussi Phosphorylation ; Respiratoire, chaîne,
au niveau de la chaîne respiratoire, 130, 184t
enzymes marqueurs des compartiments séparés
par les membranes mitochondriales, 127
production d’ATP, 130
Phosphotriose isomérase, 180
Photosensibilité, dans les porphyries, 323
Photothérapie du cancer, et porphyrines, 322
Phylloquinone, 548t. Voir aussi Vitamine K
Physiologie, 2
Phytanique, acide, maladie de Refsum causée par son
accumulation, 224
Phytase, 537
Phytique, acide (inositol hexaphosphate), affectant
l’absorption du calcium, 537
pI (pH isoélectrique), charge nette des acides aminés
et, 21
PI-phospholipase C (PI-PLC), 594
Pi, 666
dans la contraction musculaire, 636, 646f
PIC. Voir Préinitiation, complexe de,
Pièce adhésive dans l’hémoglobine S, 56
PIG-A, gène, mutations dans l’hémoglobinurie
paroxystique nocturne, 605, 606f
Pilocarpine, iontophorèse, 766
Ping-Pong, mécanisme, dans la diffusion facilitée,
484, 484f
Ping-Pong, réactions, 82-83, 83f
Pinocytose absorptive, particules d’assemblage, 489
Pinocytose absorptive, protéines adaptatrices, 489
Pinocytose, 506f
Pinocytose, ou endocytose fluide, 489f, 489, 490f
PIP2 (phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate), 151
dans l’activation plaquettaire, 682, 683f
dans la pinocytose absorptive, 489
PIR. Voir Protein Information Resource
Pituitaires (hypophysaires), hormones, 427. Voir aussi
les différentes hormones
effet sur la glycémie, 202
pK/ pKa, 21
des acides aminés, 18t-19t, 20, 20f
effet de l’environnement, 21-22, 21t
des acides faibles, 12-13, 20
effet du milieu, 14
Plaque intimale, 780
Plaques séniles, 761
Plaquettaire, facteur d’activation (PAF), 239
synthèse, 239, 239f, 241f
Plaquettes
activation/agrégation, 675, 682, 683f
effet de l’aspirine, 683-684
intégrines, 698, 698t
Plasma, 659
analyse des enzymes plasmatiques, 66
Plasmalogènes, 151, 151f, 239, 239f
biosynthèse, 232f
Plasmatique, antécédent de la thromboplastine, 677f,
685, 678t
déficit en, 677
Plasmatique, composant de la thromboplastine, 676,
677f, 678t
déficit en, 680
effet des médicaments coumariniques, 680
Plasmatique, protéome, 654
Plasmatiques, enzymes. Voir aussi Enzyme
valeur diagnostique des, 66
Plasmatiques, lipoprotéines. Voir Lipoprotéines
Plasmatiques, protéines, 588, 654-669, 671, 673, 674,
657t. Voir aussi rubriques spécifiques et Glycopro­
téines
analyse par électrophorèse, 653, 654
concentration, 659
demi-vie, 656
fonctions, 656, 656t
polymorphisme, 655
synthèse
dans le foie, 161, 655
sur les polysomes, 655
transport, 656t
Plasmides, 450, 451f
Plasmine, dissolution des caillots de fibrine 681, 682f
Plasminogène, 682
activateurs du, 67, 681f, 684t
Plasmique, membrane, 474-475, 477-478, 480-481,
487-494 585. Voir aussi Membranes
glucides, 144
maladies dues à des mutations, 490, 491t
PLC (phospholipase C)
activation et interactions hormone-récepteur, 521f
clivage de PIP2, 521f
Pleckstrine, dans l’activation plaquettaire, 682
Plomb, empoisonnement par le, inhibition de l’ALA
déshydratase et, 320
PLP. Voir Pyridoxal, phosphate de
pOH, dans le calcul du pH, 12
Poisson, maladie des yeux de, 269t
Polaires, métabolites, 704
Polarité de la synthèse des protéines, 413
Poly-N-acétyllactosamine, chaînes, 595
PolyA, queue des ARNm, 360
et initiation de la synthèse protéique
Polyacrylamide, électrophorèse sur gel de, pour puri-
fier les protéines/peptides, 29
Polyamines, synthèse des, 310, 308f
Polyanions, 622
Polycistronique, ARNm, 421
Polycomb, complexe répresseur 2, (PRC2), 433
Polyélectrolytes, les peptides comme, 23
Polyfonctionnels, acides, nucléotides comme, 344
Polyglobulie, 56
Polyinsaturés, acides gras, 149, 148t. Voir aussi Acides
gras : Insaturés, acides gras
alimentaires, effet sur le taux de cholestérol, 268
essentiels, 231, 231f
et formation des eicosanoïdes, 233, 233f, 234f
synthèse, 232, 232f
Polyisoprénoides, dans la synthèse du cholestérol,
261-262, 262f
Polymérases
ADN, 375, 376f, 377
dans la technologie de l’ADN recombinant, 449t
ARN, dépendante de l’ADN, dans la synthèse
d’ARN, 390
Polymérisation en chaîne, réaction de (PCR), 68, 456f
pour détecter les séquences répétées microsatelli-
tes, 371
pour déterminer la structure primaire, 30
Polymorphisme de nucléotide unique. Voir SNP
Polymorphismes
de l’ADN microsatellite, 460
de longueur des fragments de restriction. Voir
RFLP
des microsatellites, 361
des protéines plasmatiques, 655
Polynucléotide kinase, dans la technologie de l’ADN
recombinant, 450t
Polynucléotides, 339-340
modification post-traductionnelle, 339
Polyols (sorbitol), voie des, 214
Polypeptides
séquençage
et clivages, 30
méthode de Sanger, 29
synthèse protéique, 26f
Polyphosphoinositides, voie des, dans l’activation pla-
quettaire, 682
Polypose adénomateuse familiale, 765
Polyprénoïdes, 153, 154f
Polyribosomes libres, synthèse protéique sur, 568 574.
Voir aussi Polysomes
Polyribosomes. Voir Polysomes
Polysaccharides, 138, 142-143, 144f. Voir aussi rubri-
ques spécifiques
Polysomes (polyribosomes), 361, 418-419, 568f
hypothèse du signal de liaison aux, 569f, 574-576,
574t
lieu de synthèse protéique, 568f, 569, 569f, 574
des protéines plasmatiques, 655
Polytènes, chromosomes, 368, 368f
Polyubiquitinée, protéine cible, 580
POMC, famille, 509
POMC, gène, 510
POMC. Voir Pro-opiomélanocortine (POMC), famille
de peptides de la,
Pompes, 482, 483f, 487
et transport actif, 487, 487f
Pompe, maladie de, 190t
Pontages covalents, 611
Pontages, 634, 644
Porcin, syndrome de stress, 638
Porphobilinogène, 319f, 320f, 321f
Porphyries, 318, 322-323, 324f
causes biochimiques des signes et symptômes,
324f
principales données, 323t
Porphyrines réduites, 318
Porphyrines, 318-325, 327-330, 321f
détection par spectrophotométrie, 321-322
et synthèse de l’hème, 318-319, 319f, 321f, 322f
réduites, 319
spectre d’absorption, 321, 322f
Porphyrinogènes, 320
accumulation dans les porphyries, 313
Posttraductionnelle, maturation, 46, 421
et assemblage membranaire, 575
Posttraductionnelle, translocation, 575
Posttraductionnelles, modifications, des histones, 738
Potassium, 559t, 768
coefficient de perméabilité, 477f
dans le liquide intra- et extra-cellulaire, 474, 474t
PPI. Voir Peptidyl prolyl isomérase
PPi. Voir Pyrophosphate
PR. Voir Progestérone
Pravastatine, 269
Préanalytiques, paramètres, 751
Précision des analyses de laboratoire, 750
Prednisone, 770
Prégnénolone, conversion en testostérone, 500
Préinitiation (préamorçage), complexe de, 390
dans la synthèse protéique, 413, 414f
 Index 839

Préinitiation, complexe de, 43s, et synthèse protéique, Prolyl hydroxylase, 611 p rotéine kinase C (PKC) et activation plaquettaire,
413, 414f Prolyl hydroxylase, la vitamine C comme coenzyme, 682, 682f
Prékallikréine, 677f, 677 558 Protéine phosphatase-1, 191f, 192f
Prémenstruel, syndrome, neuropathie sensorielle, Prolyl hydroxylase, réaction catalysée, 279, 280f et glycogène phosphorylase, 190
traitement par la vitamine B6, 554 Promédicaments, 84, 704 Protéine S dans la coagulation sanguine, 679t, 680
Préprocollagène, 612 transformation métabolique, 83 Protéine-ARN, complexes, dans l’initiation, 413, 414f
Préprohormone, 507 Promoteur, insertion, 729, 729t, 729f Protéine-protéine, pontages, et glycation, 718f
Préproprotéine, synthèse de l’albumine sous forme de, Promoteur, site, dans le modèle de l’opéron, 425f, 426 Protéine, disulfure isomérase, et repliement des pro-
657 Promoteur, spécificité de reconnaissance, 390 téines, 45
PréproPTH, 507 Promoteurs dans la transcription, 380, 391f Protéine, phosphorylation des. Voir Phosphorylation
Préprotéines, 570, 655 eucaryote, 394 des protéines
Présentation de petits peptides, 581 Propionate Protéine. Voir aussi les différentes protéines
Préséquence. Voir Signal, peptide dans la néoglucogenèse, 196f, 206 cycle vital, 26f
Préséquences internes, 571 glycémie et, 200 prénylation, 263-264
pri-miARN. Voir Primaire, transcrit métabolisme, 195-197 translocation, 26f
Primaire, structure, 34-37. Voir aussi Protéines, Propionyl-CoA Protéine/ADN, interaction, le bactériophage lambda,
séquençage méthionine et formation de, 303, 304f un paradigme, 428-432, 430f, 431f
apport de la génomique dans son analyse, 33 production par oxydation des acides gras, 218 Protéines. Voir aussi les différents types et Peptides
des polynucléotides, 339 Propionyl-CoA carboxylase, 196, 198f absorption, 535
détermination de la séquence des acides aminés, Proprotéines, 46, 92, 421 Protéases adressage vers la matrice, 619
22 proPTH (Proparathormone), 507 alimentaires
détermination par biologie moléculaire, 30 Propyle, gallate de, comme antioxydant/conservateur besoins, 540
détermination par la technique de Sanger, 29-30 alimentaire, 157 digestion et absorption, 535
protéomique et, 33-34 Prostacyclines, 149 métabolisme à l’état alimenté, 166
réaction d’Edman pour sa détermination, 30, 31 effet sur la coagulation/thrombose, 682, 683f, 684t appareil de Golgi dans la glycosylation et le tri,
Primaire, transcrit (pri-miARN), 389, 401-402 signification clinique, 235 568
Primaquine, 692 Prostaglandines, 149, 149f, 226, 233 catabolisme, 281-289
Primaquine, anémie hémolytique sensible à la, 692 voie de la cyclooxygénase dans leur synthèse, 233- classification, 37
Primases, ADN, 376f 234, 234f, 235f comme polyélectrolytes, 23
Primosome, 466 comme récepteurs, 489
Prostaglandine E2, 148, 148f
Prion, protéine apparentée au, (PrP), 46 configuration, 36
Prostaglandine H, synthase, 233
Prions, 46 conformation, 36
Prostanoïdes, 149
Prions, maladies à (encéphalopathies spongiformes effet des liaisons peptidiques, 22
signification clinique, 226
transmissibles), 46 dans les liquides extracellulaire et intracellulaire,
voie de la cyclooxygénase dans leur synthèse, 233-
Pro-opiomélanocortine (POMC), famille de peptides 474, 474t
234, 234f, 235f
de la, 494. Voir aussi les différents types de fusion, pour l’étude des enzymes, 68
Prostatique, antigène spécifique, 742, 742t
Pro-oxydants, 691. Voir aussi Radicaux libres de phase aiguë, 656, 656t
Prosthétique, groupement, 60
Proaccélérine (facteur V), 678, 678t, 679t négatives, de liaison à la vitamine A par ex,, 545
dans la catalyse, 59-60
Proalbumine, 584 dégradation en acides aminés, 282, 282f
Protamine, 680
Proaminopeptidase, 537 dénaturation
Procaryote, expression génique. Voir aussi Génique, Protéase/protéinases, 10, 537, 594. Voir aussi les diffé-
effet de la température, 76
expression rents types
et repliement protéique, 45
comme modèle d’étude, 425 clivant la synaptobrévine, 542
des neutrophiles, 697, 697t
particularités, 425 dans la dégradation des protéines, 282, 282f, 535 dimériques, 41
Procaspases, 736 rennine, 58 domaines, 41, 42f
Prochymotrypsine, activation, 92, 92f Protéases et acides aminés L, 20
Procollagène aminoprotéase, 613 des neutrophiles, 700-701, 700t et acides aminés, 18, 20, 22
Procollagène carboxyprotéase, 613 et MEC, 739 et asymétrie d’assemblage de la membrane, 584,
Procollagène, 421, 558 Protéasome, 576 585f
Procollagène, glycosylation de molécules d’hydroxyli- dégradation dans le, 579 fibreuses, 46
sine du, 613 Protéasome, couvercles du, 581 ex. collagène, 46
Proconvertine (facteur VII), 676 677f, 678t, 679t Protéasomes et protéines mal repliées, 580 globulaires, 37
effet des médicaments coumariniques, 680 ubiquination, 579-580, 580f identification par homologie, 101-102
Produits, 68 Protein Database (PDB), 99 importation mitochondriale, 569-571, 571t
Proélastase, 537 Protein Information Resource (PIR), 99 inconnues et leur identification, 102-103
Proenzymes, 92 Protéine C activée membranaires, 477-478, 485t. Voir aussi Glycopro-
Profilage protéique, transcrits ARN et, 464 dans la coagulation sanguine, 680 téines, Membranaires, protéines
Progestérone, 497f résistance, 706 proportion par rapport aux lipides, 475f
Prohormones, 421 Protéine C, dans la coagulation sanguine, 679t, 680 modification post-traductionnelle, 46, 420
Proinflammatoires, molécules, 602 Protéine kinase A (PKA), 520 monomériques, 41
Proinsuline, 506 Protéine kinase C (PKC), 682, 683f perte en cas de traumatisme/infection, 539
structure, 507f Protéine kinases, 91 763, 763f phosphorylation, 91, 92f, 93t. Voir aussi Phospho-
Proline cis-trans isomérase, repliement des protéines dans l’initiation de la synthèse protéique, 413 rylation des protéines
et, 45, 45f dans la régulation hormonale de la lipolyse, 256f, principes modulaires de construction, 37
Proline déshydrogénase, blocage du catabolisme de la 257f purification, 26-27
proline à son niveau, 293 dans le métabolisme du glycogène, 190-192, 191f, ratio avec lipides dans les membranes, 474
Proline, 20t 192f réaction avec les EROS, 715f
accumulation, 293, 294t, 295f dépendante de l’ADN pour réparer les cassures rôle de la bioinformatique dans leur identification,
catabolisme, 293 double brin, 384 34-35
hydroxylation, 612 dépendante/indépendante de l’AMPc, 518 séquences ou molécules directrices, 568t
métabolisme, 308f et phosphorylation de protéines, 92f, 93, 94f solubles, 37
synthèse, 278, 278f protéine kinase A (PKA) et AMPc, 518 structure, 37-41
840 Index

altération dans les maladies à prions, 45-46 secondaire, 37-41 effet des médicaments coumariniques, 680
analyse par radiocristallographie de rayons X, 42 effet des liaisons peptidiques, 45 et carence en vitamine K, 549
analyse par spectroscopie de résonance magné- supersecondaire, 39 Prothrombine sérique, accélérateur de la conversion
tique nucléaire, 44 tertiaire, 37 de, 676, 677f, 678t, 679t
d’ordre supérieur, 36-47 facteurs stabilisants, 47 effet des médicaments coumariniques, 680
modélisation moléculaire, 45 Protéines, tri des Prothrombine, activation en thrombine, par le facteur
primaire, 25-35, 37. Voir aussi Primaire, structure appareil de Golgi, 568, 568f, 577 Xa, 684
quaternaire, 37 assemblage membranaire, 569t, 583 Prothrombine, temps de, (PT), 752
repliement et, 44-45 chaperons, 578 Proto-oncogènes, 728
secondaire, 37-41 et mitochondrie, 568, 569f activation par insertion de promoteur, 729f
supersecondaire, 39 hypothèse du signal de liaison du polysome, 569f, Protomotrice, force, 130
tertiaire, 39 574-576, 574t Protons, les acides comme donneurs de, 12
synthèse, 173, 419-434. Voir aussi Protéines, tri des, importines, exportines, 571, 572f Protons, les bases comme accepteurs de, 12
code génétique/ARN et, 358-359, 358t, 408-409. insertion cotraductionnelle, 575f, 576 Protons, pompe à, 130
Voir aussi Génétique, code maladies dues à des mutations de gènes codants, exemple de la chaîne respiratoire, 127
effet des agressions du milieu environnant, 420 585 Protons, transhydrogénases de translocation des, 133
effet des virus, 420f peroxysomes/maladies peroxysomiques et, 571t, Protons, transport par l’hémoglobine, 54-55
élongation, 413, 417f 573 Protoporphyrine III, 318, 319f
en cas d’alimentation suffisante, 166 réponse aux protéines non repliées, 578 Protoporphyrine, 320, 319f
inhibition par des antibiotiques, 421, 421f séquence d’acides aminés KDEL, 568t, 577 incorporation de fer dans la, 319f
initiation (démarrage), 413, 414f, 417f séquences signal, 567, 574f incorporation de fer dans l’hème, 319
maturation post-traductionnelle, 420 transport rétrograde, 577 Protoporphyrinogène III, 320, 321f
mitochondriale, 568, 568t vésicules de transport, 580-584, 581t, 582f Protoporphyrinogène oxydase, 320, 321f, 322f, 323t
polysomes et, 419, 568, 568f Protéino-énergétique, malnutrition, (MPE), 777 Provitamine A, caroténoïdes, 543
principes modulaires, 37 Protéinurie de débordement, 753t PrP. Voir Prion, protéine apparentée au,
reconnaissance et attachement (charge de Protéinurie postrénale, 753t PRPP glutamyl amidotransférase
l’ARNt), 39, 409f Protéinurie, 754 dans la synthèse des purines, 344-346, 345f
sur les ribosomes, 162, 162f Protéique, carence, 779f dans la synthèse des pyrimidines, 346, 347f
terminaison, 418 Protéique, dégradation défauts responsables de la goutte, 348
translocation, 417 ATP et ubiquitine dépendante, 282 PSA. Voir Prostatique, antigène spécifique,
transcription, 443f ATP indépendante, 282 Pseudo-Hurler, polydystrophie, 621
transmembranaires rôle de l’ubiquitine, 579-580, 580f
Pseudogènes, 374, 457
les canaux ioniques, 483-485, 485f, 485t Protéique, repliement, 30f, 44, 767
Pseudouridine, 350, 351f
Protéines (ponction lombaire) valeurs de référence, chaperons et, 570, 578-579, 578t
Psi, angle, 37
757t dégradation, 577, 577f
Pstl, 449t
Protéines additionnelles, dans le muscle, 639 mauvais repliement et, 578
Pstl, site, insertion d’ADN au, 452f
Protéines de chorion, gènes s36 et s38, 443f Protéique, séquençage
Psychiatriques, maladies, 762
Protéines Fibreuses, 46 clivage des polypeptides et, 29
PTA. Voir Plasmatique, antécédent de la thrombo-
exemple du collagène, 41 et biologie moléculaire, 30
plastine
Protéines G, 518t et spectrométrie de masse, 31, 31t, 32f
PTC. Voir Plasmatique, composant de la thrombo-
classes et fonctions, 518t génomique et, 33
Protéines G, récepteurs couplés aux, 520, 521f plastine
méthode de Sanger, 29-30
Protéines globulaires, 37 protéomique et, 34-35 PTCA. Voir Coronaire, angioplastie trancutanée
Protéines mal repliées purification de peptides en vue de, 26-29 transluminale
accumulation dans le réticulum endoplasmique, purification en vue du, 26-29, 29f Ptérylglutamique, acide. Voir Folique, acide
578 réaction d’Edman, 29-30, 30f PTH. Voir Parathormone
dégradation associée au réticulum endoplasmique, Protéique, synthèse PTS. Voir Peroxysomes, séquences d’adressage à la
577f, 579 et acides aminés, 159, 159f matrice des,
ubiquitination, 579, 580f et réticulocytes, 689, 690 PTS1 et PTS2, 572
Protéines mal repliées, accumulation dans le réticu- sur les ribosomes, 26f Pubmed, 98
lum endoplasmique, 579 Protéoglycanne, aggrécane, Puces à ADN pour l’analyse des cancers, 746
Protéines non repliées, réponse aux, 579 microscopie en fond sombre, 617 Puces à ADN, 746
Protéines périphériques du cytosquelette, 694t, 695 représentation schématique, 617f Puces à ADN, réseau de gènes, expression protéique
Protéines périphériques, 479, 479f Protéoglycannes, 143, 589, 611, 626, 628. Voir aussi et, 33
Protéines phosphatases, 93-94, 94f. Voir aussi Phos- Glycosaminoglycannes Puces à ADN, technologie des, 463
phatases fonctions, 622t « Puffs » (renflements), des chromosomes polytènes,
Protéines recombinante, chimériques (de fusion), galactose dans leur synthèse, 211, 212f 368, 368f
pour l’étude des enzymes, 70 sulfate d’héparane, 613 Purification de protéines/peptides, 26-28, 30
Protéines tissulaires, dégradation, 648 Protéolyse, 584 Purine nucléosides phosphorylase, déficit en, 342
Protéines, canal de passage des, (translocon), 575 dans l’activation de la prochymotrypsine, 91-92, Purines/puriques, nucléotides, 334-337, 334f, 336f
Protéines, perte de, lors de gastroentéropathie, 656 92f absorption de la lumière ultraviolette, 336-337
Protéines, profilage des, transcrits ARN et, 464 pour la modification covalente, 91, 92f biosynthèse, 342, 342f, 343f, 344f, 345f
Protéines, remplacement (turnover) des, 89, 282 Protéolytique, coupure, 26f catalyseurs, 342, 343f
effet des membranes, 584-585 Protéolytiques, enzymes, 87 coordination avec la synthèse des pyrimidines,
et vitesse de dégradation enzymatique, 88-87 Protéome des protéines plasmatiques humaines, 654 346
Protéines, réparation des altérations, 719 Protéome, 34 métabolisme, 341-351
Protéines, structure des, 762 Protéome/protéomique, 33-34, 461 la goutte, 348
primaire, 26-29. Voir aussi Primaire, structure du plasma, 585 maladies associées, 348-349
quaternaire, 36, 39, 39f, 40 Protéomique, 4 non essentiels du point de vue alimentaire, 342
de l’hémoglobine, et propriétés allostériques, objectif, 33 Puromycine, 421, 422f
51-55 Prothrombine (facteur II), 676, 678t Putrescine dans la synthèse des polyamines, 308f
facteurs stabilisants, 47 activation, 677 Pyranose, structures cycliques, 139, 139f

Pyridoxal, phosphate de, 62, 554
dans la biosynthèse de l’urée, 284
dans la synthèse de l’hème, 318
Pyridoxine/pyridoxal/pyridoxamine (vitamine B6), 554
carence et excrétion de xanthurénate, 302, 302f
excès/toxicité, 553-554
Pyriméthamine, 556
Pyrimidines, 342
Pyrimidines, analogues de, dans la biosynthèse de
nucléotides pyrimidiques, 347
Pyrimidines/pyrimidiques, nucléotides, 342, 326f
absorption de lumière UV, 336-337
biosynthèse, 334-337, 347f
catalyseurs, 346
coordination avec la synthèse des purines, 348
régulation, 346, 348f
déficit en précurseurs, 350
métabolisme, 341-351, 349f
maladies dues à une surproduction de cataboli-
tes, 350-351
métabolites hydrosolubles et, 349, 351f
non essentiels du point de vue alimentaire, 342
pyrimidiques, nucléotides, biosynthèse, 342
et polypeptides multifonctionnels, 346, 347f
régulation, 348, 348f
voie, 347f
Pyrophosphatase, inorganique
dans l’activation des acides gras, 117, 118, 217
dans la biosynthèse du glycogène, 186, 186f
Pyrophosphate
énergie libre d’hydrolyse du, 116t
inorganique, 117-118
Pyrrole, 50
Pyruvate, 158
et néoglucogenèse, 171
formation lors du catabolisme du squelette carboné
des acides aminés, 293f, 295, 297f
oxydation, 173-174, 175f, 181-182, 182f, 183f, 184t.
Voir aussi Acétyl-CoA ; Glycolyse
aspects cliniques, 183
enzymes impliqués, 198t
et néoglucogenèse, 195, 196f
Pyruvate carboxylase, 174, 174f, 199t, 774
dans la régulation de la néoglucogenèse, 173, 174f,
195, 198t
Pyruvate déshydrogénase, 174, 174, 175f, 182, 182f,
199t
déficit, 183
la thiamine diphosphate comme coenzyme, 551
régulation, 182, 183f
rôle de l’acétyl-CoA, 181-182
rôle de l’acyl-CoA, 183f, 231
Pyruvate déshydrogénase, complexe de la, 182
Pyruvate kinase, 199t
dans la glycolyse, 179f, 180, 198t
régulation, 181-183
déficit, 183, 692
et régulation de la néoglucogenèse, 198
Pyruvate kinase (PK), déficience, 687t
Q Réarrangements de l’ADN, 431f
Q, cycle, 128, 129f, 130
Q, cytochrome c oxydoréductase, 127, 128f
Q10 (coefficient de température), dans les réactions
catalysées par des enzymes, 76
q5, syndrome, 690
QT, intervalle, allongement héréditaire, 491t
Quaternaire, structure, 37
des hémoglobines, liée aux propriétés allostériques,
51-55
facteurs stabilisateurs, 46
Index 841
R Récepteurs, comparaison avec les protéines de trans-
port, 511
R (relâché), état, de l’hémoglobine et oxygénation, 53, Recombinaison chromosomique, 373-374, 373f
Recombinant, ADN/ technologie de l’ADN recombi-
54f
nant
R, groupements, et propriétés des acides aminés, 18,
ADN ligase, 448
19t
clonage, 450-451
pK/pKa, 18
dans l’étude des enzymes, 68
R, groupes, des acides aminés, et propriétés, 21-22,
en hématologie, 701
21t
enzymes de restriction, 448, 448t
Rab, famille des protéines, 584
molécules chimériques, 448-449
Rab, molécules de, 581 technologie, 447-455
Rab, protéines effectrices, 582, 584 Récupération, réactions de,
Rab, protéines, 582 dans la synthèse des purines, 343f, 344, 345f
Rachitisme, 543 dans la synthèse des pyrimidines, 347-348
Radiations, énergie des, Recyclage, 583
altérations de l’ADN, 726t Rédox (oxydation-réduction), potentiel, 121, 121t
et cancer, 726-727 Rédox, état, 219
Radicalaire, théorie, du vieillissement, 716 Réduction, définition, 121
Radicaux libres (espèces réactives de l’oxygène). Voir Référence, valeurs de, 756
aussi Antioxydants Refsum, maladie de, 220, 573, 574t
dans le kwashiorkor, 539 Refsum, maladie infantile de, 224, 573, 574t
et théorie mitochondriale du vieillissement, 716 Régime riche en calories, 765
et toxicité de l’oxygène, 125 Régime très pauvre en glucides et amaigrissement,
hydroperoxydases protégeant contre les, 122 204
issus de la peroxydation des lipides, 153-154, 154f Régions cadres, entre les régions variables, 669
mécanismes de protection contre les altérations, Régulateurs négatifs de l’expression génique, 424,
564 424t, 430
origine de réactions en chaîne autoentretenues, Régulateurs positifs de l’expression génique, 424, 424t,
561 425, 428
responsables d’altérations, 561 Réhydradation orale, solution de, 762
Rein Voir aussi à Rénal
sources multiples d’oxygène radicalaire, 563
durant le jeûne, 167
Ramification (ou branchement), enzymes de
et glycogénolyse, 188
absence, 189t
et métabolisme de la vitamine D, 547
dans la synthèse du glycogène, 187f
Ran, protéines, 572 membrane basale, 622
Rancissement dû à la peroxydation, 154 métabolisme, 167
RAS (oncogène), 731t Rein, tests fonctionnels, 753, 754, 755t
Rayons ionisants induisant la réparation de dégâts de Relaché (R), état de l’hémoglobine, lors de l’oxygéna-
l’ADN par excision de nucléotides, 384, 384t tion, 53, 54f
Rayons X, cristallographie par, de Laue, 44 Relâchement, phase de
Rayons X, diffraction des, et cristallographie pour de la contraction du muscle lisse rôle du calcium,
démontrer la structure des protéines, 43-44 642
RB (gène suppresseur de tumeur), 730t de la contraction du muscle squelettique, 637
Rb, protéine, perte de, 733 Rénale, excrétion, 771
Rb, protéine. Voir Rétinoblastome, protéine de Rénale, glycosurie, 753t
RCPG. Voir Protéines G, récepteur couplé aux, Renaturation de l’ADN par appariement de bases,
356
Réactifs, concentration des, effet sur la vitesse d’une
Rénaux, tests fonctionnels, valeurs de référence, 753t
réaction chimique, 74
Renouvellement cellulaire, 713t
Réactions à déplacement unique, 82
Réparation de l’ADN et contrôle sur épreuve, 719
Réactions de déplacements séquentiels, 82
Répétitions en tandem en nombre variable Voir
Réactives, espèces, de l’oxygène (EROS), 713-714,
VNTR
714f, 715f
Répétitives (répétées), courtes séquences, dispersées
chimiquement prolifiques, 714 (SINE), 371, 466
comme produits secondaires biologiques toxiques,
Répétitives, séquences, de l’ADN, 371
714f Réplication, bulles de, 380, 380f
mécanismes enzymatiques et chimiques d’inter-
Réplication, fourche de, 380f
ception des espèces dommageables, 718 Réplication/synthèse. Voir ADN ; ARN
réactions en chaîne et, 714, 716 Repliement (folding)
après dénaturation, 44
pour la diversité des anticorps, 670-671 des protéines, 26f, 44-45
recA, 430 positionnement des groupements polaires et char-
Récepteur du facteur de croissance épidermique gés et, 9
(EGFR), 43f Repliement anormal de peptide dans la maladie
Récepteur hormonal-protéine G, système effecteur, d’Alzheimer, 730
520, 521f Réponse de Type A, dans l’expression génique, 424,
Récepteur-corépresseur, complexe, 515 425f
Récepteur-effecteur, couplage, 495 Réponse de Type B, dans l’expression génique, 424,
Récepteurs des fragments Fc des IgG, 698t 425f
Récepteurs éboueurs (scavenger) B1, 252, 252f Réponse de Type C, dans l’expression génique, 424,
Récepteurs, 475. Voir aussi les différents types 425f
842 Index

Répresseur dans l’expression des gènes, 424, 425 Rétinaldéhyde, 543 d-Ribulose, 140f, 140t
Répresseur, protéine/gène, du phage lambda (cI), 428- Rétine Richner-Hanart, syndrome de, 298
432, 428f, 429f, 430f atrophie gyrée, 295, 303 Ricine, 422
Répression enzymatique rôle du rétinaldéhyde, 561 Rieske, protéine de, Fe-S, 128
dans le contrôle de la synthèse des enzymes, 90 Retinis pigmentosa, par carence en acides gras essen- Rigidité cadavérique, 636, 638
dans la régulation de la néoglucogenèse, 198 tiels, 233 RMN. Voir Spectroscopie de Résonance Magnétique
Reproduction et prostaglandines, 226 Rétinite pigmentaire. Voir Retinis pigmentosa Nucléaire,
Résidus d’un peptide, 23 Rétinoblastome, protéine de, 383 RNAP (ARNP). Voir ARN polymérases
Résidus des chylomicrons, maladies de leur élimina- Rétinoïdes X, récepteur, 545 RNase. Voir Ribonucléases
tion, 269t Rétinoïdes, 543Voir aussi Rétinol, ROS (espèces réactives de l’oxygène, ERO). Voir Radi-
Respiration, et oxygène, 121 Rétinoïque, acide, 526. Voir aussi Rétinol caux libres
Respiratoire et gastrointestinal, tractus, 766 récepteurs, 544 Rossmann, pli de, 41
Respiratoire, chaîne, 126-136. Voir aussi Phosphoryla- Rétinol, 545. Voir aussi Vitamine A Rotor, syndrome de, 329
tion oxydative Rétinol, protéine de liaison au, 657t RT-PCR, 466
aspects cliniques, 135 Rétrograde, transport, 578, 581 RT-PCR, méthode, 455
capture de l’énergie catabolique, 117, 132, 184t à partir de l’appareil de Golgi, 577 RXR. Voir Rétinoïdes X, récepteurs des,
chaîne protéique moteur de la synthèse d’ATP par des protéines mal repliées, 578 Ryanodine, 637
transport d’électrons, 130, 131f, 131f Rétroinhibition (feedback) dans la régulation allosté- maladies causées par des mutations de son gène,
comme pompe à protons, 137 rique, 90-91, 90f, 164f 636
complexe I et II, 127, 128, 128f Rétroposons/rétrotransposons, 371 Ryanodine, récepteur de la, 637
complexe III (cycle du coenzyme Q), 127, 128, Rétrorégulation RYR. Voir Ryanodine, récepteur de la,
130f dans la régulation allostérique, 90, 164
complexe IV, 127, 128, 130 du niveau de thrombine circulante, 679
complexes protéiques mitochondriaux impliqués, Rétrotranslocation, 579 S
121t, 127, 128f Rétrovirus, transcriptase inverse des, 369
déshydrogénases, 122 Réverse transcriptase(inverse)/transcription, rétro- S-Adénosylhomocystéine hydrolase, 294t
flavoprotéines et protéines à fer-soufre, 127-128 transcription, 369, 374, 466 S-Adénosylméthionine, 310, 310f, 311, 310f, 337, 337f
fourniture de substrats par le cycle de l’acide citri- dans la technologie de l’ADN recombinant, 449t biosynthèse, 310f
que, 170-171, 171f Revêtement (Coating) des vésicules, influence de la S, phase du cycle cellulaire, synthèse d’ADN, 382-385,
inhibition par des poisons, 132-133, 133f bréfeldine A, 582-584 382f, 382t
la NADH-Q oxydoréductase sert d’accepteur Reye, syndrome de, avec acidurie orotique, 350 S1, nucléase, en technologie de l’ADN recombinant,
d’électrons, 127, 128f, 172f RF. Voir Libération, facteurs de 450t
localisation mitochondriale, 128f RFLP. Voir Restriction, polymorphisme de longueur S50, 80, 80f
oxydation d’équivalents réducteurs, 127, 128f des fragments de SAA. Voir Amyloïde A sérique
phosphorylation oxydative, 130, 184t Rhodopsine, 544, 549 Saccharase-isomaltase, complexe de la, 534
théorie chimiosmotique sur le contrôle respiratoire Riboflavine (vitamine B2), 535 Saccharopine dans le catabolisme de la lysine, 300f,
et les agents découplants, 131f, 133 coenzymes dérivés, 60, 552 302
Respiratoire, contrôle, 115, 175 dans le cycle de l’acide citrique, 173 Saccharopine, déshydrogénase, 294t
couverture des besoins en ATP, 132t, 133 dépendence des déshydrogénases, 122 Saccharose, 141, 142f, 143t
théorie chimiosmotique, 131f, 133 Ribonucléases, 362 indice glycémique, 534
Respiratoire, syndrome de détresse, par manque de Ribonucléique, acide. Voir ARN SADDAN, phénotype, 628
surfactant, 150, 244-245 Ribonucléoprotéiques, particules, (RNP), 418, 444
Salines (électrostatiques), liaisons, (ponts salins/pon-
Restriction enzymes. Voir Restriction, endonucléases/ Ribonucléosides diphosphate (NDP), réduction des,
tages), 9
enzymes 346, 346f
rupture par liaison d’oxygène, effet Bohr dû à des
Restriction, carte de, 460 Ribonucléosides, 334, 334f
protons, 54f
Restriction, endonucléases/enzymes de, 68, 363 Ribonucléotide réductase, complexe de la, 346, 346f
Sang, fonctions du, 653, 654t
dans la technologie de l’ADN recombinant, 448, Ribose, 138
Sanger, méthode de, pour le séquençage des polypep-
448t, 449t dans les nucléosides, 334, 334f
tides, 29-30
Restriction, polymorphisme de longueur des frag- production par la voie des pentoses phosphates,
158, 207, 208 Sanger, réactif de, (1-fluoro-2,4-dinitro-benzène), pour
ments de, (RFLP), 68, 459
Réticulocytes pour la synthèse de protéines, 690 Ribose 5-phosphate cétoisomérase, 207f, 209 le séquençage des polypeptides, 29
Réticulum endoplasmique (RE), 418, 587. Ribose 5-phosphate dans la synthèse des purines, 342, Sanguin, plasma. Voir Plasma
accumulation de protéines mal repliées dans le, 343f, 345f, 346f Sanguin, type, 696
578 D-Ribose, 140f, 141t, 334, 339f Sanguine, coagulation 677f. Voir aussi Coagulation
élongation des chaînes d’acides gras dans le, 228, Ribose phosphate, production par la voie des pentoses (sang), Coagulation, facteurs
230f phosphates, 206, 208f Sanguines, cellules, 614-630. Voir aussi Érythrocytes,
hypothèse du signal de liaison des polyribosomes Ribosomes, 361, 361t Neutrophiles, Plaquettes
au, 569f, 574-576, 574t bactériens, 421 importance fonctionnelle, 686
rugueux lieu de synthèse protéique, 26f, 162, 162f provenant des cellules souches hématopoïétiques,
dans le tri des protéines, 574-575, 575f dissociation, 413 686, 687
synthèse des protéines et, 419 Ribosomes, site d’entrée interne des, 420, 421f réactions importantes en relation avec le stress oxy-
voies d’insertion des protéines dans le, 574-575, Ribosomique, ARN (ARNr), 358-359, 389. Voir aussi dant, 690t
575f ARN voies de différenciation, 687, 688f
synthèse d’acylglycérol et, 162, 162f activité peptidyltransférase, 417, 417t Sanguins, groupes
Réticulum endoplasmique rugueux, Ribosomique, dissociation, dans la synthèse des pro- définition, 695
dans le tri des protéines, 55ç, 568f téines, 410 substances, 588
et glycosylation, 569f, 574-576, 574t Ribosomopathies, 690 systèmes, 695
et synthèse des protéines, 419 Ribozymes, 69 358 Santé, 1
mécanismes d’insertion des protéines, 569f, 574- catalyseur enzymatiques, 69 processus biochimiques normaux de base, 2-5
576 monde d’ARN, hypothèse d’un, 69 Sarcolemme, 631, 770
ramification du RE rugueux, 574 ribosome, 69 Sarcomère, 631
Rétinal. Voir Rétinol Ribulose 5-phosphate 3-épimérase, 206f, 207 Sarcoplasme, 631
 Index 843

Sarcoplasmique, réticulum, et taux de calcium dans le résidus conservés, 63, 64
muscle squelettique, 637 zymogènes, dans la coagulation du sang, 676, 678t
Sarcosine (N-Méthylglycine), 312 Sérique, système du complément, 486
Saturation, cinétique de, 79 Sériques, enzyme, et diagnostic clinique, 67t
en substrat, sigmoïde, évaluation par l’équation de Sérotonine, 308, 699t
Hill, 79 biosynthèse et métabolisme, 313f
Saturées, graisses, 765 Serpine, 666
Saturés, acides gras, 147, 148t Seuil rénal du glucose, 203
Scavenger receptors. Voir Récepteurs éboueurs SGLT 1, protéine transporteur, 534
Schiff, bases de, 602 SGOT. Voir Aspartate aminotransférase
Sclérose en plaque, 244 SGPT. Voir Alanine aminotransférase
Scorbut, 276, 279, 543, 614 SHA. Voir Suberylanilide hydroxamique, acide
effet sur le collagène, 46 SHBG (globuline de liaison aux hormones sexuelles),
SDS-PAGE. Voir Sodium dodécyl sulfate-polyacryla- 493
mide, électrophorèse sur gel de, SI, unités (Système International d’Unités), 759
Sec12, protéines, 582 Sialiques, acides, 143, 143f, 152, 212, 213f
dans les gangliosides, 213f, 243, 243f
Sec61p, complexe, 575
dans les glycoprotéines, 144t, 590t, 591, 595f
Secondaire, structure, 37-38
Sialyl-LewisX, 604f
effet des liaisons peptidiques, 45
siARN-miARN, complexes des, 362
supersecondaire, 39
siARN, 362
Seconds messagers, 91, 529, 522f. Voir aussi les diffé- siARN, ARN extincteurs, 466
rents types
siARN, petits ARN interférants, 362
AMPc, 189 Signal, génération, 552
GMPc, 337
Signal, hypothèse du, pour la liaison aux polysomes,
précurseurs de second messager 574f, 574-557
phosphatidylinositol, 150f, 151
Signal, particules de reconnaissance du, 575
phospholipides, 238 Signal, peptidase du, 575, 576f
Secrétée, protéine, 584
Signal, peptide, 568, 574, 575
Sécrétion constitutive, 569 dans le tri des protéines, 568f, 570, 570f, 574, 575f
Sécrétion régulée, 569
de l’albumine, 656
Sécrétion, vésicule de, 569, 569f des protéines destinées à la membrane de l’appareil
Sécrétoire (exocytotique), voie, 568 de Golgi, 568
Sécrétoires, composant des IgA, 671f Signal, séquence, 576, 584. Voir Signal, peptide
Sécrétoires, protéines, 577 Signal, transduction,
Sélectif, avantage, de croissance, 760 dans l’activation des plaquettes, 682, 683f
Sélectif, filtre, 485 messagers intracellulaires. Voir les différents types
l-Sélectine humaine, schéma, 604f Signal, voies de transduction et CBP/p300, 525f
Sélectines, 603 Signal, voies de transduction, 602
Sélectivité, perméabilité sélective des membranes, Signal. Voir aussi Signal, peptide
474-486, 481t, 486t, 486f transmission, 474t. Voir aussi Signal, transduction
Silencieuses, mutations, 411
Sélénium, 562
dans la glutathion peroxydase, 123, 209 Silice, 559t
Sillon majeur, dans l’ADN, 355f, 356
Sélenocystéine, synthèse, 280, 280f
Sélénophosphate synthétase/synthase, 280, 280f modèle de l’opéron et, 425
Sillon mineur de l’ADN, 355f, 356
Sels biliaires, 265-266
circulation entérohépatique, 268 Simble brin, protéine de liaison à l’ADN, (SSB), 376f
Simple brin, ADN, réplication d’, 375. Voir aussi
dans la digestion et l’absorption des lipides, 535
secondaires, 267, 267f ADN
Simple-brin, ADN. Voir ADN
synthèse, 266-268, 267f
Simvastatine, 269
régulation, 267f, 268
SINE, séquences répétitives courtes dispersées, 371,
Sénescence réplicative, 721
466
Sensibilité des analyses de laboratoire, 750
Site A, (accepteur/aminoacyl, liaison des aminoacyl-
Séquençage manuel enzymatique de l’ADN, 454
ARNt dans la synthèse protéique, 417, 417f
Séquence unique, ADN de, (non répétitif), 371
Site actif, 61. Voir aussi Site catalytique
Séquences courtes dispersées. Voir SINE, 371, 466 Site E, de sortie de la synthèse protéique, 417, 417f
Séquences intervenantes. Voir Introns SK. Voir Streptokinase
Sérine, 19t, 22 SNAP, protéines, (facteur soluble d’attachement à
catabolisme et formation de pyruvate, 295, 296f NSF), 583f, 582, 584
dans la synthèse de cystéine et d’homosérine, 279, SNARE, protéines, 582-584, 583f, 565
279f SNAREpins, 582
dans la synthèse de glycine, 278, 278f SnARN, petits ARN nucléaires, 359t, 362, 363, 389,
phosphorylée, 311 389t, 466
résidus conservés et, 64 SNP, polymorphisme de nucléotide unique, 101 457,
synthèse, 277, 278f 459, 466
tétrahydrofolate et, 554 Sodium, 559
Sérine 195, dans la catalyse covalente, 63 coefficient de perméabilité, 477f
Sérine hydroxyméthyltransférase, 296, 296f, 556 dans le liquide extra -et intra -cellulaire, 474, 474t
Sérine, inhibiteur de protéase à, 666 sodium dodécyl sulfate (SDS)-polyacrylamide, élec-
Sérine, protéases à (sérine protéases). Voir aussi les trophorèse sur gel de,
différents types pour purifier les protéines/peptides, 28, 30f
dans la catalyse covalente, 63 protéines membranaires de l’érythrocyte, 693, 694f
Sodium-potassium, pompe (Na+-K+ ATPase), 486-
487, 487f
dans le transport de glucose, 487-488, 488f
Sodium, bicarbonate, 648
Solubilité, point de, des acides aminés, 21
Solubles, protéines, 576
Solutions aqueuses, Kw, 11
Solvant, l’eau comme, 8, 8f
Sommeil, et prostaglandines, 237
Sorbitol
dans la cataracte diabétique, 214
intolérance au, 214
Sorbitol (polyol), voie du, 214
Sorbitol déshydrogénase, 211, 211f
Soret, bande de, 322
Sous-alimentation, 538, 541
Southern, transfert de (blot), technique du, 356, 466
Southwestern blot (technique de transfert), 466
Spartéine, 706
SPCA. Voir Prothrombine sérique, accélérateur de
conversion de la ; préconvertine (facteur VII)
Spécificité des enzymes, 59
Spécificité des tests de laboratoire, 750
Spectrine, 687t, 692
Spectrométrie de masse en tandem, 33
configurations, 32
détection des modifications covalentes, 31
en tandem, 32
établissement du transcriptome, protéome, 460
pour détecter les maladies métaboliques, 289
pour l’analyse des peptides/protéines, 31-32
Spectrométrie de masse, 31-32, 32f
Spectrométrie et détection des modifications covalen-
tes, 31-33, 31t, 32f
Spectrophotométrie
pour les déhydrogénases dépendant de NAD(P)+,
65
pour les porphyrines, 321-322
Spectroscopie de résonance magnétique nucléaire
(RMN), 44
Spermidine, synthèse de la, 310, 308f
Spermine, synthèse de la, 310, 311f
Sphérocytose héréditaire, 491t, 687t, 692
cause, 695, 695f
test de fragilité osmotique, 695
Sphingolipides, 239
dans la sclérose en plaque, 244
métabolisme, 242-243, 243f
aspects cliniques, 243-244, 244t
Sphingolipidoses, 245, 244t
Sphingomyélines, 151, 152f, 243, 243f, 585
dans les membranes, 475, 478
rôle dans l’asymétrie membranaire, 478
Sphingophospholipides, 147
Sphingosine, 147, 152f
Spina bifida, prévention par des compléments d’acide
folique, 557
Spliceosome, 466
Spongiformes, encéphalopathies, transmissibles (mala­
dies à prions), 44
Spontané, assemblage, 613
Spontanées, mutations, 725
Squalène
dans la synthèse du cholestérol, 261-262, 262f
synthèse, 263f
Squalène époxydase, dans la synthèse du cholestérol,
262, 262f
Squelette carboné des acides aminés. Voir Acides ami-
nés, squelettes carbonés des,
Squelettique, système, 622
SR-B1. Voir Récepteurs éboueurs (scavenger) B1
SRP-R, affinité pour la SRP du, 575
844 Index

SRP. Voir Signal, particules de reconnaissance du, Succinate, 172, 171f Système porte hépatique, 201
SRS-A. Substance de réaction lente dans l’anaphy­ Succinique, acide, valeur de pK/pKa, 15t transit de métabolites par, 159, 161f
laxie, 237 Succinyl-CoA synthétase, (succinate thiokinase), 173f, Systèmes, biologie des, 5, 104
ssADN, Voir ADNss, ADN simple brin 172
Stabilisation d’intermédiaires non ou partiellement Succinyl-CoA-acétoacétate-CoA transférase (thio-
repliés, 578 phorase), 172
T
STAR, protéine de régulation stéroïdogénique, 483 Succinyl-CoA, dans la synthèse de l’hème, 319, 319f,
Starling, forces de, 655 322f T (tendu), état, de l’hémoglobine
Statines, médicaments de la classe des, 261, 261f, 269 Sucres aminés (hexosamines), 141, 142f oxygénation et, 52
Stéarique, acide, 148t dans les glycosaminoglycannes, 141, 211, 213f stabilisé par le 2, 3-bisphosphoglycérate, 54f
Stéréochimique (sn-) système de numérotation, 150, dans les glycosphingolipides, 211, 213f t-PA. Voir Activateur tissulaire du plasminogène
150f interrelations dans leur métabolisme, 213f t-SNARE, protéines, 582, 584
Stéréoisomères, 151, 153f. Voir aussi Stéroïdes, isomé- le glucose comme précurseur, 211, 213f T, lymphocytes, 668, 759
rie des Sucres, 141. Voir aussi Glucides T(tendu), état, de l’hémoglobine
Stéréospécificité absolue des enzymes, 59 aminés (hexosamines), 141, 141f effet de l’oxygénation, 53
Stéroïdes gonadiques, transport, 511 classification, 137, 138t stabilisé par le 2,3-bisphosphoglycérate, 54
Stéroïdes hormones, comme molécule précurseur, dans les glycosaminoglycannes, 141, 211, 213f t1/2. Voir Demi-vie
502 dans les glycosphingolipides, 211, 213f T3. Voir Triiodothyronine
Stéroïdes, récepteurs, 495 interrelation dans leur métabolisme, 213f T4. Voir Thyroxine
Stéroïdes. Voir aussi les différents types le glucose, un précurseur, 211, 213f Tabagisme et méthionine, 666
affinité pour les protéines sériques de liaison, 152- désoxy-, 141, 143f TAF. Voir TBP, facteur associé au
154, 152f, 153f, 511t isomérie, 138-139, 138f, 139f Tamoxifène, 743f
stéréoisomères, 153, 153f Sucres, code biologique des, 589 Tampons
stockage/sécrétion, 510t Suicide, enzyme, ex de la cyclooxygénase, 235 comportement décrit par l’équation d’Henderson-
sulfates, 243 Sulfamides, 692, 693 Hasselbach, 13
surrénaliens. Voir aussi Glucocorticoïdes ; Minéra- Sulfatation, 707 exemple des acides faibles et de leur sels, 12
locorticoïdes Sulfate actif, (adénosine 3’-phosphate-5’-phosphosul- Tandem, 460
synthèse, 158, 159f fate), 337f, 337 Tangier, maladie de, 269t
Stéroïdien, noyau, 153, 153f Sulfate, 590 TaqI, 449t
Stéroïdogenèse ovarienne, 502, 502f actif (adénosine 3’-phosphate-5’-phosphosulfate), Tarui, maladie de, 190t
Stéroïdogenèse testiculaire, 500 337, 337f TATA, boîte, dans le contrôle de la transcription et,
Stéroïdogenèse. Voir Stéroïdes Sulfatide, 152 392, 394, 395, 396, 398
Stéroïdogénique, protéine de régulation aiguë, STAR, Sulfo(galacto-)glycérolipides, 243 TATA, protéine de liaison à la boîte, 395
498 Sulfogalactosylcéramide, 243 Taurochénodésoxycholique, acide, synthèse, 267f
Stérol 27-hydroxylase, 267, 267f accumulation, 244 Tay-Sachs, maladie de, 244t
Stérols, 153 Sulfonylurées, classe de médicaments, 224 TBG (globuline de liaison à la Thyroxine), 511
Stérols, 7α-hydroxylase des, 267 Sulfotransférases, 618 tblastn, 102
Stickler, syndrome de, 627 Super-tours, d’ADN, 356, 382f tblastx, 102
Stochastiques, processus, mortalité et vieillissement, Superhélice droite, 611 TBP, facteurs associés à, (TAF), 395
712 Superoxyde dismutase, 124, 155, 690, 691t TBP. Voir TATA, protéine de liaison à la boîte,
Stœchiométrie, 72 Superoxyde, 124, 564, 690, 690t. Voir aussi Radicaux Télomérase, 369, 721
Stokes, rayon de, en chromatographie d’exclusion de libres activité dans les cellules cancéreuses, 733
taille, 27 Supersecondaires, structures, 40 Télomères, 368, 369f
Stop, codon, 418, 419f Supertours négatifs dans l’ADN, 356 composition, 720
Streptokinase, 67, 682 Suppresseur, ARNt, 413 et réplication, 722f
Streptomycine, 141 Suppresseur, mutations, 413 fonctions, 720, 721
Stress oxydant, 726 Suppresseurs de tumeur, gène p53, 384 Température,
réactions dans les cellules sanguines, 690t Supravalvulaire, sténose aortique, 615 dans le modèle en mosaïque fluide de la structure
Strie lipidique, 780 Surfactant pulmonaire, 239 membranaire, 480
Structure/activité, relation, 104 déficit en, 151, 243-244 effet sur la vitesse d’une réaction chimique, 72
Stuart-Prower, facteur, (facteur X), 677f, 678t, 679t Surrénale, stéroïdogenèse, 498-499 effet sur la vitesse d’une réaction enzymatique, 75
activation, 676-677, 676f synthèse des androgènes, 499-500, 500f Température, coefficient de (Q10), dans les réactions
effet des médicaments coumariniques, 680 synthèse des glucocorticoïdes, 499, 499f catalysées par une enzyme, 76
Suberylanilide hydroxamique, acide, 738 synthèse des minéralocorticoïdes, 498, 499, 499f Ténase, complexe de la, 676, 677
Substrat, navettes de, 134, 134f, 135f voies impliquées, 499f Tenase, complexe de la, intrinsèque, 676
exemple des coenzymes, 60 Surrénale, tests fonctionnels, 755, 755t Tendu (T) état de l’hémoglobine Voir T (tendu), état
Substrats, 62 Swainsonine, 601 de l’hémoglobine
changements de conformation d’enzyme causés par Symports, systèmes, 484 Tenofovir disoproxil fumarate, 83
le, 62, 62f Symptomatique, traitement, 770 Terminaison
effet de leur concentration sur la vitesse de réaction Syn, conformères, 334f, 336, 335f de chaîne dans le cycle de transcription, 390
enzymatique, 75-76 Synacthen, test de stimulation au, 755 de la synthèse d’ARN, 389
modèle de Hill, 77-79 Synaptique, fonction, 762 de la synthèse protéique, 418-419, 418f
modèle de Michaelis-Menten, 79 Synaptiques, vésicules, 584 Terminaison, signaux de, 405
inhibiteurs compétitifs les mimants, 79 Synaptobrévine, 584 pour la transcription bactérienne, 397
multiples, 75 Syntaxine, 584 Terminale, transférase, 450t, 449
sous-unité β, 575 Synthétique, biologie, 5 Tertiaire, structure, 47f
Succinate déshydrogénase, 122, 173f, 173 Synthétique, chimie, 590 facteurs stabilisateurs, 41
inhibition, 79 Systématiques, erreurs, 751 Testostérone, 497
Succinate Q réductase, 127, 128, 128f Système majeur d’histocompatibilité de classe I, molé- métabolisme, 500
Succinate semialdéhyde, 314, 315f cules du, 581 produit métabolique, 500
Succinate thiokinase (succinyl-CoA synthétase), 173f, Système nerveux central, nécessité métabolique de voie de biosynthèse, 501f
172 glucose, 165 Tétracycline, 451
 Index 845

Tétraédrique, intermédiaire de transition, dans la Thrombomoduline, dans la coagulation sanguine, Toxicologie, 2

catalyse acido-basique, 62 679t, 680, 684t Toxines microbiennes, 486
Tétrahélicoïdal, faisceau, 582 Thrombopoïétine, 688 Toxophéroxyl, radical libre, 549
Tétrahydrobioptérine, 279f Thrombose, 679-685. Voir aussi Coagulation TpC. Voir Troponine C
Tétrahydrofolate, 555 différents types de thrombus, 675 TpI. Voir Troponine I
Tétraiodothyronine (thyroxine/T4), 498, 505 et taux circulant de thrombine, 679 TpT. Voir Troponine T
plasmatique, 511t étapes, 701 Traduction, 404
stockage, 510t lors d’un déficit en protéine C ou S, 707 Traduction, arrêt de, 362
synthèse, 504 prévention de l’hyperhomocystéinémie et des TRAM ( protéine de translocation de chaîne associée
Tétramères thromboses par des compléments d’acide folique, à la membrane), 576
d’histones, 365-366 575 Trans-golgien, réseau, 570
le modèle de l’hémoglobine, 51 prévention par l’antithrombine III, 680 Trans, acide gras, 149, 233
Tétroses, 138, 138t produits des cellules endothéliales impliqués, 682, Transactivatrices, protéines, 463
Tf. Voir Transferrine 684t Transaldolase, 206
TFIIA, 396 traitement par le t-PA et la streptokinase, 708, 708f Transaminase glutamique pyruvique sérique, 284
TFIIB, 396 Thromboxane A2, 149f Transaminases. Voir Aminotransférases
TFIID, 396, 397, 398 dans l’activation plaquettaire, 682, 683f Transamination, 159, 160f
TFIIE, 395, 396 Thromboxanes, 149, 149f, 233, 236 dans la biosynthèse de l’urée, 283f, 284
TFIIF, 395 formation par la voie de la cyclooxygénase, 233, dans le catabolisme du squelette carboné des acides
TFPI. Voir Facteur Tissulaire, voie d’inhibition du, 234f aminés, 292-293, 292f
TfR. Voir Transferrine, récepteur de la Thrombus, 780, 779f rôle du cycle de l’acide citrique, 173, 174f
TGF-β, facteur transformant β, 732 Thrombus blanc, 676 Transcétolase, 206, 207f
Thalassémies, 57 Thrombus rouge, 679 érythrocytaire, dans la détermination du statut
Théobromine, 336, 337f Thymidine, 355t nutritionnel en thiamine, 551-552
Théophylline, 336, 337f appariement de bases dans l’ADN, 354, 355f thiamine diphosphate dans les réactions l’impli-
Thérapie génique, 5, 461, 586, 766, 768t, 787t Thymidine monophosphate (TMP), 335t quant, 206, 208, 551
de défauts de biosynthèse de l’urée, 289 Thymidylate, 350 Transcétolase érythrocytaire, activation de la, pour
niveau d’expression, 759 Thymine, 335t doser le statut alimentaire en thiamine, 552
Thermodynamique Thymine, dimères de, 786 Transcortine (globuline de liaison des corticostéroï-
biochimique (bioénergétique), 113-116. Voir aussi Thyréostimulante, hormone (thyréostimuline, TSH) des), 511, 657t
dosage, 753, 754, 754f Transcription, 356, 395-396, 452
ATP
valeurs de référence, 766t activateurs et coactivateurs la contrôlant, 399
et réversion de la glycolyse, 195-197
Thyroglobuline, 505 dans la régulation de l’expression génique, 428-432.
lois de la, 113-114
Thyroïde, tests fonctionnels, 754t Voir aussi Gène, expression
interactions hydrophobes et, 9
hormone thyréostimulante, 753 initiation (amorçage), 390
Thermodynamique, lois de la, 114
taux sérique total de thyroxine, 754 inverse dans les rétrovirus, 358, 380
interactions hydrophobes et, 9
Thyroïdes, maladies de la, tests diagnostiques, 755 promoteurs bactériens, 393
Thermogenèse, 257-258, 258f
Thyroïdienne, globuline de liaison aux hormones, promoteurs eucaryotes, 394-396
induite par l’alimentation, 257, 538, 539, 782
657t régulation par l’acide rétinoïque, 549
Thermogénine, 132, 258, 258f
Thyroïdiennes, hormones, dans la lipolyse, 257, 256 synthèse d’ARN, 344, 389-390
Thiamine (vitamine B1),
Thyroïdiennes, hormones, récepteurs, 495 Transcription, complexe de, eucaryote, 395f, 396
coenzymes dérivés, 60
Thyroïdiennes, hormones, régulation de gènes par, Transcription, éléments de contrôle de la, 399t
dans le cycle de l’acide citrique, 173 545 Transcription, facteurs de, 399t
effet sur le métabolisme du pyruvate, 181, 183, 551 Thyrotropine, hormone de libération de la, (TRH), Transcription, unité de, 390
Thiamine diphosphate, 551-552 776 Transcriptome, information du, 461
Thioestérase, 226, 227f, 227 Thyroxine (T4), 449 Transcriptomique, 4
6-Thioguanine, 338, 338f stockage/sécrétion, 454-455, 455t Transcrits, profilage des, 464
Thiokinase (acyl-CoA synthétase) Thyroxine totale, taux sérique, 755 Transcytose, 584
dans l’activation des acides gras, 217, 218f Thyroxine, globuline de liaison à la, 511 Transfection de cellules en culture, 438
dans la synthèse des triacylglycérols, 239, 255f, 258 Thyroxine, valeurs de référence, 757t Transférases, 60
Thiol ester, famille de protéines plasmatiques, 667 Tiglyl-CoA, catabolisme du, 304f Transferrine, 537, 657t, 658, 659
Thiolase, 218, 218f, 220 TIM. Voir Translocase de la membrane interne Transferrine, récepteur de la, 659
dans la synthèse du mévalonate, 261, 261f Timnodonique, acide, 148t Transferrine, saturation de la, 774
Thiophorase (succinyl-CoA-acétoacétate-CoA trans- Tissu adipeux brun, rôle, 257-258, 258f valeurs de référence, 755t
férase), 172, 222 Titine, 639 Transfert capillaire (blot), techniques, 448
Thiorédoxine réductase, 346, 346f Tm. Voir Fusion/transition, température de, Transfert de groupe, potentiel de, 116
Thiorédoxine, 346 TMP (thymidine monophosphate), 336 335f des nucléosides triphosphates, 337, 338t
Thréonine, 19t Tocophérol, 548t. Voir aussi Vitamine E Transfert de groupe, réactions de, 10
besoins, 540 comme antioxydant, 125, 154, 548 Transfert, ARN de, (ARNt), 358-359, 389, 389t, 409,
catabolisme, 296 α-tocophérol, 564 410f. Voir aussi ARN
phosphorylée, 311 Tocotriénol, 549. Voir aussi Vitamine E aminoacyl, dans la synthèse protéique, 416
Thrombine, 676, 677f, 680f TOF, spectrométrie de masse, (temps de vol), 32 maturation et modification, 404-405
activation par le facteur Xa à partir de la prothrom- Tolbutamide, 224 région anticodon, 408
bine, 677, 678 TOM. Voir Translocase de la membrane externe suppresseur, 412-413
dans l’activation plaquettaire, 682, 683f Tonneau, structures en forme de, 579 Transfusion et groupes sanguins ABO, 696
effet de l’antithrombine III, 680 Tophi, 773 Transfusion sanguine et importance du système ABO,
et formation de la fibrine, 678-679, 679f Topogéniques, séquences, 578 696
résidus conservés, 64t Topoisomérases, ADN, 356, 381f, 381 Transgéniques, animaux, 436, 461
taux dans la circulation, contrôle, 679 Toxémie gravidique des brebis (grossesses gémel­ Transglutaminase, dans la coagulation sanguine, 676,
Thrombolyse, laires) 679t, 680f
effet de t-PA et streptokinase, 681, 681f cétose, 224 Transhydrogénase, et translocation de protons, 134
suivie par des analyses de laboratoire, 684 et stéatose hépatique, 253 Transition, analogues de l’état de, 62
846 Index

Transition, états de, 73-74 dans le tissu adipeux, 255-256, 255f catabolisme, 297-298, 299f
Transition, intermédiaire de l’état de, et lipoprotéines de haute densité, 251-253, 252f dans l’hémoglobine M, 55
formation durant une réaction chimique simple, et stéatose hépatique, 253-254, 254f dans la synthèse d’hormones, 503-504
73f hépatique, 253 phosphorylée, 311
tétraédrique dans la catalyse acido-basique, 62 hydrolyse, 238-239 pour la formation d’adrénaline et de noradrénaline,
Transition, mutations par, 411, 410f synthèse, 238-239, 240f 314f
Transition/fusion, température de, Tm, 356, 480 transport, 249, 249f, 250f synthèse, 279, 279f
Translocase de la membrane externe, 570 Triage, décision majeure dans le, 568 Tyrosine aminotransférase, 294t
Translocase de la membrane interne, 570 Tricarboxylate, anions, et systèmes de transport dans défectueuse dans la tyrosinémie, 297
Translocation la régulation de la lipogenèse, 230 Tyrosine hydroxylase, dans la biosynthèse des caté-
dans la lumière, 574 Tricarboxyliques, cycle des acides,. Voir Citrique, cholamines, 504
de protéines, 26f, 570 cycle de l’acide, Tyrosine kinase, inhibiteurs, 738
Translocation de chaîne, protéine de, associée à la Triglycérides (à jeun), valeurs de référence, 756t Tyrosine, dérivés, 497f
membrane, (TRAM), 575 Triglycérides. Voir Triacylglycérols Tyrosinémie néonatale, 298
Translocation, complexes de, 570 Triiodothyronine (T3), 498 Tyrosinémie, 298
Translocation, mécanismes spéciaux de, 572 plasmatique, 511t Tyrosinose, 298
Translocon, 575 stockage, 510t
Transmembranaire, signalisation, 474, 490, 684 synthèse, 504
dans l’activation plaquettaire, 682, 683f Triméthoprime, 556 U
Transmembranaires, protéine à multiples domaines, Trinucléotides, expansions de répétitions de, 372
échangeuse d’anions, 694, 695 Triokinase, 217 Ubiquination, 26f
Transmembranaires, protéines, Trioses phosphates isomérase, 40f des protéines mal repliées, 579, 580f
canaux ioniques, 483-485, 485f, 485t Trioses phosphates, acylation des, 158 Ubiquinone (Q/coenzyme Q), 172
Transmigration (diapédèse) des neutrophiles, 604 Trioses, 138, 138t dans la chaîne respiratoire, 127, 128f, 129f
Transport actif, 481, 481t, 482, 482f, 483f, 483t Triphosphates, nucléosides, 337, 339f dans la synthèse du cholestérol, 262f, 263
dans la sécrétion de la bilirubine, 326, 326f Triple hélice, structure en, du collagène, 47 Ubiquitine et dégradation protéique, 282, 282f, 580-
Transport inverse du cholestérol, 252, 252f, 258, 265f, Triplets, codons, code génétique à, 409t 581, 581f
268 Tropocollagène, 47 UDP-Glc pyrophosphorylase, 591f
Transport, protéines de, 657t Tropoélastine, 614 UDP-glucose. Voir Uridine diphosphate glucose
Transport, systèmes de/transporteurs, 477, 578. Voir Tropomyosine, 631, 634, 636, 694t UDPGal. Voir Uridine diphosphate galactose
aussi les différents types rôle inhibiteur dans le muscle strié, 636 UDPGlc. Voir Uridine diphosphate glucose
actif, 481, 481t, 482, 482f Troponine C, 636 UFA (acides gras non estérifiés). Voir Acides gras
cassette de liaison à l’ATP, 252, 252f Troponine I, 636 libres
comparaison aux canaux ioniques, 483t Troponine T, 636, 779 Ulcères, 534
dans l’insertion cotraductionnelle, 576, 576f valeurs de référence, 756t Ultraviolets, rayons, 717, 717f
diffusion facilitée, 68t, 482, 482f, 483, 484f Troponine, pour le diagnostic de l’infarctus du myo- cancérigènes, 726
du glucose. Voir Glucose, transporteurs carde, 67 Ultraviolette, lumière
gènes les codant, 574t, 585 Troponine/complexe de la troponine, 634f, 636 absorption par les nucléotides, 336-337
implication dans la diffusion facilitée, 482-483 rôle inhibiteur dans le muscle strié, 636 et synthèse de vitamine D, 546
implication dans la diffusion passive, 481-482 Trypsine, 63, 537 UMP (uridine monophosphate), 335t, 336f
implication dans le transport actif, 482-483 dans la digestion, 535 Uniport, système, 483, 483f
membranaires, 482 résidus conservés, 64t UNiProt, 99
Transport, vésicules de, 569, 577, 581-584, 582t, 583f Trypsinogène, 537 Uracile, 335t
dans le trafic intracellulaire, 580 Tryptophane, 20t, 310, 540 Uracilurie-thyminurie, 350, 351
définition, 581 besoins, 540 Urate, comme antioxydant, 154
revêtement des vésicules, 581 catabolisme, 300-302, 301f Urée sérique comme marqueur de la fonction rénale,
Transporteur multispécifique d’anions organiques coefficient de perméabilité, 477f 753
(MOAT), 326 déficit, 552 Urée, 769
Transporteurs, protéines/systèmes, 482 pour la synthèse de niacine, 552 coefficient de perméabilité, 477f
Transposition, 371-374 l-Tryptophane dioxygénase (tryptophane pyrrolase), et métabolisme des acides aminés, 159, 160f
rétroposons/rétrotransposons, 371 124 produit du catabolisme de l’azote, 286-288
Transthyrétine, 667 Tryptophane oxygénase/ l-tryptophane oxygénase synthèse, 283f, 284, 284f
Transverse, asymétrie membranaire, 585 (tryptophane pyrolase), 124, 301f, 302 maladies métaboliques associées, 288-289
Transverse, mouvement, des lipides à travers la mem- TSH, 776. Voir Thyréostimulante, hormone thérapie génique, 289
brane, 478 Tubulaire, protéinémie, 753t Urée, maladies du cycle de l’, 288
Transversions, mutations par, 411, 410f Tumeur, gène suppresseur de Uricosuriques, médicaments, 773
Trastuzumab, 743t et oncogènes, différences, 730t Uridine diphosphate galactose (UDPGal)-4-épimé-
Traumatisme, perte protéique consécutive à un, 540 fonctions, 729, 730 rase, 212, 212f
Tréhalase, 534 propriétés, 730t Uridine diphosphate galactose, 212, 591
Tréhalose, 143t rôle dans le développement du cancer colorectal, Uridine diphosphate glucose (UDP/UDPGlc), 188,
Tremblante, 46 730, 731, 731f 188f, 590
TRH. Hormone de libération de la thyrotropine, thy- Tumeur, promoteur de, 765 dans la biosynthèse du glycogène, 186, 187f
réolibérine, 776 Tumeurs, 721 Uridine diphosphate glucose déshydrogénase, 212f
Triacylglycérols (triglycérides), 150, 150f, 248, 257- immunologie, 743 Uridine diphosphate glucose pyrophosphorylase, 209,
258 pH et pression de l’oxygène, 740 212f
dans le cœur des lipoprotéines, 248, 248f Tumoraux, biomarqueurs, 742, 749t dans la biosynthèse du glycogène, 186, 187f
dans le tissu adipeux, 157 Tumoraux, virus, 728 Uridine diphosphate-glucuronate/glucuronique, acide,
digestion et absorption, 534, 535 oncogènes, 729 209, 212f
interconversion des, 164 Tunicamycine, 601 Uridine monophosphate (UMP), 335t, 336f
médicaments réduisant leur niveau sérique, 268, TX. Voir thromboxanes Uridine triphosphate (UTP), dans la biosynthèse du
269 Tyrosine, 19t, 21, 310, 314f, 495 glycogène, 187, 188f
métabolisme, 158, 159f, 161, 161f besoins, 540 Uridine, 334f, 335t
 Index 847

Uridyl transférase, déficit en, 212 vs longévité, 712 Vitamine B6 (pyridoxine/pyridoxal/pyridoxamine), 559
Urine, 773 vs masse corporelle des mammifères, 721 carence, 553
constituants anormaux, 753, 753t Vie, espérance de excrétion de xanthurénate l’accompagnant, 302,
Urique, acide, 336, 336f calcul, 712 302f
excrétion quotidienne, 772 moyenne, 712t excès/toxicité, 575-576
formé par catabolisme des purines, 348, 349f Vieillissement Vitamine C (acide ascorbique), 206, 559
valeurs de référence, 756t en tant que processus préprogrammé, 719-722 carence, 558
Urobilinogène et mortalité, 712 effet sur le collagène, 47
conjugué de bilirubine réduit en, 326-327 gènes impliqués coenzyme, 557
dans la jaunisse, 329, 329t découverte chez des organismes modèles, 721 comme antioxydant, 154
valeurs normales, 329t facteurs de transcription, 722 dans la synthèse du collagène, 46, 557
Urocanique, acidurie, 295 théorie métabolique, 720 effets bénéfiques, 558
Urokinase, 678, 682f théories par usure, 712-718 et absorption du fer, 537, 557
Uronique, acide, 618 espèces réactives de l’oxygène, 714-716, 714f, Vitamine D, 549
interruption, 212 715f carence, 548
Uronique, acide, voie de l’, 209, 210f glycation des protéines, 717, 718, 718f dans l’absorption du calcium, 537, 547
Uroniques, acides, 143 mitochondries, 716-717 excès/toxicité, 548
Uroporphyrines, 319f radicaux libres, 716 l’ergostérol comme précurseur, 153, 153f
détection spectrophotométrique, 321-322 rayons ultraviolets, 717, 717f métabolisme, 546-548
Uroporphyrinogène décarboxylase, 320, 320f, 321f, réactions hydrolytiques, 712-714, 713f Vitamine D3 (cholécalciférol), 549, 550
322f, 323t Vieillissement, théorie de l’usure associée aux méca- comme antioxydant, 124, 153
dans la porphyrie, 323t nismes de réparation moléculaire formation et hydroxylation, 503f
Uroporphyrinogène I synthase, dans la porphyrie, altération des protéines, 719 Vitamine E, 564, 565, 766
323t mécanismes de relecture et de réparation, 718-719 Vitamine H. Voir Biotine
Uroporphyrinogène I, 320, 321f, 322f mécanismes enzymatiques et chimiques, 718 Vitamine K, 550, 552
Uroporphyrinogène III, 320, 320f, 321f Vieillissement, théorie par usure, 713-718 carence, 550
UTP dans la phosphorylation, 118 espèces réactives de l’oxygène, 714-716, 714f, 715f dans la coagulation, 549
glycation des protéines, 717, 718, 718f et protéines de liaison au calcium, 550, 551
mécanismes de réparation moléculaire et, 718-719 Vitamine K, facteurs de coagulation en dépendant,
V 676
mitochondries, 716-717
effet des anticoagulants coumariniques, 680
v-SNARE, protéines, 582-584 radicaux libres, 716
Vitamine K, hydroquinone, 551, 552f
V, régions/segments. Voir Variable, régions/segments rayons ultraviolets, 717, 717f
Vitamines, 3, 553-559, 545t. Voir aussi les différentes
Vache folle, maladie de la, (encéphalopathie spongi- réactions hydrolytiques, 712-714, 713f
vitamines
forme bovine), 46 VIH/HIV, protéase du, dans la catalyse acido-basique,
dans le cycle de l’acide citrique, 173
Vaisseaux Sanguins, effet du monoxyde d’azote (NO), 62
digestion et absorption, 537
645 Viral, oncogène. Voir Oncogènes
fonctions métaboliques, 543
Valérique, acide, 148t Virale, infection, 580, 768
hydrosolubles, 551-558
Valine, 19t, 22 Virtuelles, cellules, 102
liposolubles (dans les graisses), 543-551, 547t
besoins, 540 Virus
Vitamines, toxicité des, 545
catabolisme, 303, 304f, 305f altération de la synthèse des protéines de la cellule
Vitesse
interconversion, 279 hôte, 420f effet des inhibiteurs, 80
Valinomycine, 134 causes de cancer, 727, 728t initiale, 75
van der Waals, forces de, 10 Virus de la grippe aviaire (H5N1), 607 maximale (Vmax)
Vanadium, 559t représentation schématique, 607 détermination par l’équation de Michaelis-Men-
Variable, région/segment, 668-669 Vision et vitamine A, 544 ten, 77
chaîne légère des immunoglobulines, 668, 670 Vitamine A, 544 effet des inhibiteurs, 77
chaîne lourde des immunoglobulines, 669 carence, 545 effets allostériques, 90
des immunoglobulines, 670 dans la vision, 544 influence de la concentration en substrat, 76
gène les codant, 670 excès/toxicité, 545-546 Vitesse initiale, 76
Vasculaire, système, effet du monoxyde d’azote NO, fonctions, 544 effet des inhibiteurs, 80
631, 645-646, 645f, 645t, 646t Vitamine B, complexe de la,. Voir aussi les différentes Vitesse maximale (Vmax)
Vasodilatateurs, 631 vitamines effets allostériques sur la, 90
monoxyde d’azote NO, 644 coenzymes dérivés, 60 effet des inhibiteurs, 80-81
VDRE. Voir Vitamine D, élément de réponse à la, dans le cycle de l’acide citrique, 173 Vitesse, constante de, 74
Vecteur, de clonage, 451t Vitamine B1 (thiamine), 551 Keq en tant que rapport de, 75
Végétarien, régime, et déficit en vitamine B12, 554 carence, 551 Vitesse, réaction limitante du point de vue de la, régu-
VEGF (facteur de croissance endothélial vasculaire), effet sur le métabolisme du pyruvate, 181, 183, lant le métabolisme, 88
738 551 VLDL. Voir lipoprotéine de très faible densité
Vérouillé, état, 644-645 coenzymes dérivés, 60 Vmax. Voir Vitesse maximale
Vésicules dans le cycle de l’acide citrique, 173 VNTR, répétitions en tandem en nombre variable,
adressage, 580f Vitamine B12 (cobalamine), 554 593
approche génétique de leur étude chez la levure, absorption, 554 en médecine légale, 459
581 facteur intrinsèque, 537 Voltage, canaux dépendants du, 484, 485, 642t
recouvertes, 581, 582f carence, 554-555 von Gierke, maladie de, 190t, 349
effet de la bréfeldine A, 583 dans l’acidurie méthylmalonique, 197 von Hippel-Lindau, syndrome de, 283
sécrétoires, 568, 569f Vitamine B12, enzymes dépendantes de la, 555 von Willebrand, facteur de, 681, 682
transport, 568, 580-584, 580f, 581t Vitamine B2 (riboflavine), 552 dans l’activation plaquettaire, 682
types et fonctions, 581t carence, 552 von Willebrand, maladie de, 681
Vi. Voir Vitesse initiale coenzymes dérivés, 60, 552
Vie, durée de dans le cycle de l’acide citrique, 173
évolution et, 722 déshydrogénases qui en dépendent, 122
848 Index

W déficit associé à l’hypouricémie, 349 l-Xylulose, 141t

Xanthurénate, excrétion lors de carence en vitamine accumulation lors de pentosurie essentielle, 212
Warburg, effet, 741 B6, 302, 302f
Warfarine, 550, 551, 680 Xénobiotiques
définition, 703
Y
effet sur la vitamine K, 549-551
Watson-Crick, appariements de bases, 10, 379, 379f métabolisme, 703
enzymes impliquées, 703 YAC (chromosome artificiel de levure), vecteur, 450
Wernicke-Korsakoff, syndrome de, 548t
Wernicke, encéphalopathie de, 552 phases, 703, 704
Williams-Beuren, syndrome de, 615 pour l’excrétion hors du corps, 703, 704 Z
Wilson, maladie de, 491t, 664 réactions de conjugaison, 705-707
et méthylhistidine, 309 principales classes, 703
Z, ligne, 631, 632f
gènes mutés, 477t, 664 réponse aux
antigénicité, 708 Zellweger, syndrome de, (cérébrohépatorénal), 224,
taux de céruloplasmine observés, 665 573, 574t
Wobble (flottement), 410 carcinogènes, 708
pharmacologie, 707 Zinc, 560
toxicité, 707, 708, 708f Zinc, motif en doigt à, 439, 440
X Xénobiotiques, enzyme les métabolisant, effet de fac- Zone pellucide, 603
teurs, 708 ZP. Voir Zone pellucide
X, chromosome, maladies dégénératives liées au, 769 Xeroderma pigmentosum, étude de cas, 785-786 Zwitterions, 20
X, maladies liées au chromosome, diagnostic par Xérophthalmie, par déficit en vitamine A, 543, 548t Zymogènes, 92, 537
RFLP, 460 XP. Voir Xeroderma pigmentosum dans la coagulation sanguine, 676, 677f
Xanthine, 336, 336f d-Xylose, 140f, 141t et réponse rapide à la demande physiologique, 91
Xanthine oxydase, 122 d-Xylulose, 140f
Murray_2013_Biochimie de Harper 17/04/13 11:20 Page1

Murray I Bender I Botham

I I

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Kennelly I Rodwell Weil I

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Lionel Domenjoud est Maître de conférences à l’Université
de Nancy 1, traducteur des ouvrages Biochimie (Voet), Précis
de génomique (Gibson) et Principes de génie génétique
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a Une liste des objectifs au début de chaque chapitre
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l’application biomédicale
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a Un résumé et des références bibliographiques
à la fin de chaque chapitre
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ISBN : 978-2-8041-7561-0

www.deboeck.com
image : D.R.

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