Session 4:

BACTERIA ‐ Generality
Dr. LY Sowath
Institut Pasteur du Cambodge (IPC)

Lecture on Infectious Agents
University of Health Sciences
2020
Dr. LY Sowath Email: lsowath@pasteur‐kh.org

• 2002: Finished medical study (24th promotion, UHS, Cambodia)
• 2005: Master degree in tropical medicine and international health
• 2011: PhD (Microbiology & Infectious Diseases)

• 2005 – Present: Work at the Institut Pasteur du Cambodge (IPC)

– Deputy Head of the Epidemiology and Public Health Unit
– Deputy Director of IPC

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 Objectives of the Session
• Define bacteria and classification
• Understand nomenclature system
• Understand bacterial pathogenesis
• Understand diagnostic methods

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 Types of Microorganisms
PROKARYOTES EUKARYOTES
= in Greek, prenucleus ‐ uni or multi cellular
as genetic material has no envelope ‐ with nucleus enveloped by nuclear 
membrane

Protists (protozoa, algae)
Bacteria (singular:  bacterium)
Fungi (singular:  fungus)
Parasites
Archaea

Plants
Animals
4
 Types of Microorganisms (2)
In 1978, Carl Woese: microorganisms in 3 domains

EUKARYA

Archaea

Bacteria 
(singular:  bacterium)
5
6
 Bacteria

E. coli

7
Prokaryote vs Eukaryote

8
Prokaryote Cell

9
Eukaryote Cell

10
Bacterial Growth

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Requirement for Bacterial Growth
Physical requirements Chemical requirements
• Temperature • Carbon
• pH (acid / alkaline) • Nitrogen, sulfur, and 
• Osmotic pressure phosphorus
• Trace elements
• Oxygen / no oxygen

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Binary Fission in Bacteria

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 Bacterial Growth
Sterile

Bacteria colony

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 Scientific Nomenclature
• Established in 1735 by Carolus Lennaeus
• Scientific names in Latin language
• Underline or italic

Genus + specific epithet 
(plr. genera) (species)
Always capitalized not capitalized
Can be abreviated not abreviated

Example:  Staphylococcus            aureus  S. aureus

Escherichia coli  E. coli
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 Scientific Nomenclature (2)
Scientific Name Source of Genus Name Source of Specific Epithet

Salmonella enterica Honors public health  Found in the intestines

(bacterium) microbiologist (entero‐)
Daniel Salmon

Streptococcus pyogenes Appearance of cells in chains  Forms pus (pyo‐)

(bacterium) (strepto‐)

Saccharomyces cerevisiae Fungus (‐myces) that uses sugar Makes beer (cerevisia)

(yeast) (saccharo‐)

Penicillium chrysogenum Tuftlike or paintbrush (penicill‐) Produces a yellow 

(fungus) appearance microscopically (chryso‐)
Pigment

Trypanosoma cruzi Corkscrew‐ (trypano‐, borer; Honors epidemiologist

(protozoan) soma‐, body) Oswaldo Cruz
16
Example of Enterobacteriales

17
Clinically Important Bacteria 
and 6 characteristics

18
Morphology of Bacteria

Size, Shape, Arrangement

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 Cocci
(a) Division in one plane produces 
diplococci and streptococci

(b) Division in two planes produces tetrads

(c) Division in three planes produces sarcinae

(d) division in multiple planes produces 
staphylococci

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 Cocci (2)
Gram‐positive Gram‐negative
• Streptococcus pneumoniae • Neisseria gonorrhoeae

• Streptococcus pyogenes • Neisseria meningitidis

• Staphylococcus aureus

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 Bacilli
(a) Single bacilli

(b) Diplobacilli

(c) Streptobacilli

(d) Coccobacilli

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 Bacilli (2)
Gram‐positive Gram‐negative
• Bacillus anthracis • Bordetella pertussis

• Corynebacterium diphtheriae • Haemophilus influenzae

• Lactobacillus species • Yersinia pestis

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 Spiral
Bacteria

A doublestranded
helix formed
by Bacillus subtilis.

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 Spiral Bacteria (2)
• Leptospira interrogans
(http://en.wikipedia.org/wiki/Leptospira_interrogans) 

• Treponema pallidum

(https://en.wikipedia.org/wiki/Treponema_pallidum) 

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Relation Human (host)‐Bacteria

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 Normal Microbiota (or flora)
• No harm to human 
in their normal 
habitat
• Beneficial to human 
in some cases

Tortora GJ, Funke BR, Case CL. Bacteriology ‐ an Introduction. 

7th Edition, 2013 
27
Distribution of Normal Flora in 
Human Body
• Skin
• Eye
• Mouth and nose

• Intestinal tract          

• Uro‐genital tract

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Beneficial Functions of Normal Flora
… among others …
• Outnumber the invading pathogens 
(mouth & intestine) 
• Produce antimicrobial substances 
(intestine)
• Provide nutrients (Vit. K), digestion‐
absorption of nutrients (intestine)
• Act as stimulus of immune system in newborn

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 Harmful Effects of Normal Flora
… among others …
• Displacement from normal habitat: skin 
bacterium into the bloodstream  endocarditis
• Diminished population of normal flora  colitis
caused by overgrowth of harmful pathogens
• Conversion of some food substances into 
carcinogenic derivative (bacteria of colon)  e.g. 
bladder carcinogen cyclohexamine
• Immunocompromised host  Overgrowth of 
normal flora become pathogenic
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 Bacterial Pathogenesis
• Pathogenic microorganism: one that is 
capable of causing disease
• Disease: symptomatic infection
• Asymptomatic infection (resolution, 
presence of antibody)
• Latent state (dormant, reactivation may 
happen giving recurrent symptoms)

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Bacterial Pathogenesis (2)

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 Diagnostic of Bacterial 
Infections
• Clinically: patient’s 
symptoms, microbiologic 
epidemiology

• Laboratory diagnostic:  

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Staining for Direct Visualization

Gram staining
34
Staining for Direct Visualization (2)
• Acid‐fast staining
– e.g. Ziehl‐Neelsen stain to 
identify Mycobacterium 
tuberculosis

• India ink preparation
• Potassium hydroxide 
preparation

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 Growing Bacteria
(Bacterial Culture)

• Specimen collection 
(blood, swab, CSF, …)
• Oxygen requirements
• Media for culture

• Various techniques for 
bacteria identification (not 
detailed here)

36
Growing Bacteria
(Bacterial Culture)

37
Susceptibility Testing (Antibiogram)
Disk‐diffusion method

Sensitive?
Resistant?
to 
antibiotics
38
 Susceptibility Testing (Antibiogram)
Minimal Inhibitory Concentration (MIC)

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 Bacterial Vaccines
• Pneumonia (Streptococcus pneumoniae)
• Diphtheria (Corynebacteium diphtheriae)
• Meningitis (Neisseria menigitidis)
• Meningitis (Haemophilus influenzae type b)

• Pertussis (Bordetella pertussis)
(http://en.wikipedia.org/wiki/Pertussis) 

• Tetanus (Clostridium tetani)
(http://www.doomandbloom.net/t
etanus‐in‐times‐of‐trouble/) 
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 Bacterial Vaccines (2)
• Anthrax (Bacillus anthracis)
(http://wwwnc.cdc.gov/eid/ar
ticle/12/3/05‐1407‐f1.htm)

• Cholera (Vibrio cholerae)

(http://www.un.org/apps/news/story.asp?NewsID
=40445&Cr=cholera&Cr1#.U4GnKPmSz4U) 

• Plague (Yersinia pestis)
(http://en.wikipedia.org/wiki/Bubonic_plague) 

• Typhoid fever (Samonella typhi)
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 Objectives of the Session
• Define bacteria and classification
• Understand nomenclature system
• Understand bacterial pathogenesis
• Understand diagnostic methods

42
References

43
 Thank You
for Your Attention!

44