Los zumos pueden sufrir alteraciones en el color de la bebida,
tendiendo al marrón debido al deterioro enzimático de la polifenoloxidasa. Esto es debido en parte a la presencia de oxígeno en el líquido, esta es la razón por la que los zumos y los néctares suelen ser liberados del aire antes de entrar en el proceso de pasteurización. De la misma forma la pérdida de vitamina C y de caroteno se ve disminuida por la aireación previa. Investigaciones recientes Se ha podido encontrar que en particular el organismo Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP), causante de la enfermedad de Johne en los animales de sacrificio y se sospecha que también en la enfermedad de Crohn en humanos, ha sido descubierta como sobreviviente tras pasteurizaciones de ciertos alimentos lácteos en EEUU, Reino Unido, Grecia y República Checa. La autoridades encargadas de vigilar la calidad de los aliemntos en Reino Unido decidieron re- evaluar los estándares de pasteurización a la vista de la supervivencia de ciertas especies como el MAP. Un método actual es la pasteurización flash que implica menores tiempos de exposición a altas temperaturas y parece ser un método adecuado en la conserva de las propiedades organolépticas de los alimentos, llegando a conservar mejor el sabor y la textura de los mismos. La pasteurización fría es empleada a veces como sinónimo de radiación ionizante (véase irradiación de alimentos) u otros significados (como químicos) para reducir las poblaciones de bacterias en los alimentos. La irradiación de alimentos se denomina a veces también como "pasteurización electrónica". Se han investigado la posibilidad de extender la pasterización a alimentos no fluidos como la carne de ternera. Un avance en la pasteurización no-intrusiva que soluciona muchos problemas de la industria conservera es la denominada pasteurización electromagnética de alimentos líquidos, que emplea microondas a 2.45 GHz de frecuencia para activar los procesos térmicos, este método ha demostrado su eficiencia el la pasteurización del agua. Existen estudios orientados al Tercer Mundo en los que es posible realizar lo que se denomina Pasteurización solar, la idea está fundamentada en la idea de la cocina solar y que no es necesario llevar los líquidos a ebullición para lograr la pasteurización. Con esta medida se intenta prevenir la causa de enfermedades causadas por la ingesta de aguas contaminadas, pudiendo pasturizar con este método con temperaturas sobre los 56º C. El método es conocido como "Pasturización del agua" en el que se han desarrollado ciertos elementos capaces de indicar el estado de pasteurización del agua y su capacidad de ingesta segura, uno de los más empleados es el "Water pasteurization indicator" (WAPI). La pasteurización solar requiere quese exponga el agua en recipientes durante seis horas el programa que se aplicó en ciertas regiones de África se denominó SODIS http://www.bedri.es/Comer_y_beber/Conservas_caseras/Pasteurizacion.htm#Ef ectosdelapasteurizacionenzumos