Chapitre B: Agriculture et

industrie alimentaire

•Processus de fermentation
•Enzymes et antibiotiques
•Polysaccharides et autres
•Intéractions plantes-bactéries
•Insecticides microbiens

1. Fermentation
• En absence de donneurs d’électrons externes,
certains microorganismes sont capables de
produire des réactions d’oxydo-réduction
internes, lesquelles produisent de l’énergie
• L’oxydation dans la réaction de fermentation est
couplée à une réduction du composé organique
généré par catabolisme du substrat initial
fermentiscible
• Production de ATP (adénosine triphosphate: les
nucléotides agissent comme transporteurs
d’énergie chimique) lors de la phosphorylation

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 Catabolisme du glucose
• Catabolisme du glucose par un ferment lactique

C6H12O6 2C3H6O3
glucose acide lactique

• Processus essentiel dans la production de produits laitiers

fermentés comme les fromages
* catabolisme: dégradation de large molécules organiques en
plus petites
* anabolisme: synthèse de matériel organique dans la cellule

Catabolisme du glucose par les

levures (mycètes)
C6H12O6 2C2H5OH + 2 CO2
glucose éthanol

• Les produits de fermentation sont des déchets

produits par les cellules, mais sûrement pas pour les
maitres brasseurs….
• Les levures sont peu affectées par le pH (4-6), mais
si le pH dépasse 5, la souche produit du lactate, de
l’acétate et de l’éthanol.
• La température optimale est de 35 °C

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 Réaction de fermentation bactérienne
Type Réaction Organismes
Alcoolique hexoses = éthanol + CO2 levures
Homolactique hexose = acide lactique Streptococcus
et qq Lactobacillus
Hétérolactique hexose = acide lactique Leuconostoc
éthanol et qq Lactobacillus
CO2
Acides Hexoses = éthanol entérobactérie
mélangés lactate
acétate
Acide hexoses = butyrate, etc. Clostridium
butyrique

Formation de vinaigre
• Implique 2 types de réactions biochimiques
- fermentation alcoolique d’un glucide (jus de fruits)
- oxydation de l’alcool en acide acétique
• Utilisation de levures pour la fermentation alcoolique.
• La concentration de l’alcool est ensuite ajustée à 10-13% et
l’alcool est soumis à l’action des bactéries acétiques
(Acetobacter)
• La fermentation acétique est aérobique
2CH3CH2OH + 2O2 = 2CH3COOH + 2H2O
éthanol acide acétique

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 Fermentation bactérienne
inhabituelle
• Quelques réactions de fermentation sont effectuées par
des bactéries anaérobiques

Acétylène: 2C2H2 + 3H2O = éthanol + acétate + H+

Pelobacter acetylenicus
Glycérol: 4 glycérol + 2 HCO3- = 7 acétate + butyrate + 5H+
Acetobacterium spp
Citrate : citrate + 2H2O = formate + 2 acétate + HCO3- + H+
Bacteroides sp.

Fermenteur
• Petite (lab) à grande échelle (industries)
– Enzymes 1-20 000 L
– Antibiotiques 40-80 000 L
– pénicilline 100-150 000 L
– Amino acides 200 000-500 000 L
• En industrie, ils sont aérobiques ou anaérobiques

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 fermenteur en aérobie
moteur
vapeur Tuyau d’échappement

Joint stérile

Sortie de l’eau de
agitateur refroidissement
Chambre de
refroidissement
Eau de
refroidissement
bulleur

air stérile
vapeur Zone de collection

Convertion de biomasse en sucres

fermentiscibles

Fruits amidon Lignocellulose

Extraction des jus Hydrolyse

Broyage, etc..
par pression enzymatique

2ème étape fermentation

3ème étape :récupération de
l’alcool
Distillation
Déshydratation
Alcool anhydreux

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 Production de vin
• Les levures sont programmées génétiquement pour
fermenter
• Les levures sont des biocatalistes capables de transformer
des éléments nutritifs simples (sucres, azote, vitamines) en
milliers de produits de fermentation secondaires, ce qui
donne au vin sa complexité
• Les vins peuvent être contaminés par d’autres bactéries
– Bactéries produisant de l’acide acétique
– Mycodermes : elles diminuent la saveur et l’arôme
suite à l’oxydation de l’alcool en acide

2A. Les enzymes

• Les enzymes produits par les bactéries sont largement
utilisés dans l’industrie alimentaire pour la production de
fromage, pain, pour clarifier les jus, etc.
• La plupart des enzymes sont extracellulaires, i.e., ils sont
excrétés par les cellules,à l’exception des isomérase et
invertase du glucose
• Il y a environ 50 espèces de bactéries et mycètes qui
produisent des enzymes pour l’industrie alimentaire:
– Les bacilles (bactéries)et les souches Sacharomyces
(levures)

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 Production d’enzymes microbiens
• Identification de souches microbiennes capables de
produire des enzymes
• Une bonne souche industrielle doit produire une grande
quantité d’enzymes de bonne qualité
- Effectué par des manipulations génétiques
• 2 méthodes pour produire des enzymes
– Fermentation à l’état solide (processus koji): milieu
semi-solide
– Fermenteur: toutes les conditions physico-chimiques
sont contrôlées (pH, T, etc.)

Applications à grande écchelle

• “Sweeteners”, savon a lessive, fromages
• Amidon: glucose et fructose
– Le fructose est 2 fois plus sucré que le sucrose
– 1/3 de la production d’amidon est utlisé pour
les textiles et les pâtes et papier et le reste pour
l’industrie alimentaire
– 3 types d’enzymes qui dégradent l’amidon
−α-amylases, glucoamylases, pullulanases

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 Production de glucose et fructose
• Liquéfaction: la conversion de l’amidon en maltodextrine à bas
ED* se fait à pH ~ 7 et à 95-107 °C avec α-amylase de B.
licheniformis
• Saccharification: la conversion de maltodextrine à bas ED* en
glucose se fait avec 2 enzymes (glucoamylase et pullulanase) à
basse T et a pH légèrement acide
• Isomérization: conversion du glucose en fructose avec l’enzyme
Streptomyces
• Avec des réacteurs à écoulement continu et des cellules
immobilisées
ED: équivalent de dextrose, échelle de 0-100. Un échantillon
complètment hydrolysé d’amidon a un DE de 100

Sucres

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 Savon à lessive et enzymes
• Plusieurs millions de kg d’enzymes sont ajoutés aux détergents à
lessive
• Les enzymes dégradent les protéines présentes dans les taches de
nourriture ou de sang en petits peptides
• Les enzymes doivent être capables de subir des conditions
extrêmes, comme la T (< 70°C). Ils doivent aussi résister à la
dénaturation par les détergents pauvres en ions et alcalins (pH 8-
11), ne pas requérir de métaux (les détergents contiennent des
agents chélateurs qui complexent les métaux) et résister aux
agents oxydants (javex)

Enzymes et détergents
• Les enzymes proviennent des souches Bacilllus
– Subtilisine est produit par B. licheniformis
• Les manipulations génétiques ont amélioré l’activité de
subtilisine à haute T et pH. L’activité de l’enzyme décroit
lorsque les groupes fonctionnels tyrosine sont ionisés à
haut pH

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 Les enzymes et les fromages
• Ça prend 10 kg de lait pour produire 1 kg de
fromage
• Le lait caille lors de l’addition de Ca et rennet
Rennet: extrait contenant l’enzyme rennine ou
chymosine
• La Chymosine brise la proteine du lait, la caséine,
en micelles et l’addition de Ca permet aux
micelles de former des aggrégats: coagulation

2B: Les antibiotiques

• Les antibiotiques sont les produits les plus inportants en
terme de $ pour l’industrie biotechnologique, après les
breuvages alcoolisés et les fromages : 16 milliards de $ en
1994
• Utilisés pour les infections chez les humains, par les
vétérinaires et en agriculture.
• La découverte de la pénicilline a été faite par le Dr. A.
Flemming. Ceci a changé le monde de la médecine

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 Classes d’antibiotiques
• Les antibiotiques disponibles sur le marché sont produits par les
mycètes et les bactéries
– Streptomyces (actinomyces) et les souches Bacillus
• Les antibiotiques incluent les agents anti-microbiens, les agents
anti-tumeurs, les inhibiteurs d’enzymes spécifiques, etc.
• Les agents anti-bactériens sont spécifiques aux bactéries Gram +
et Gram -, parce qu’il existe des différences dans la paroi
cellulaire
• La pénicilline G empêche la synthèse de la paroi cellulaire des
bactéries Gram + , mais non les Gram-
• pénicilline, macrolides, ansamycine, tétracycline, etc

3. Les polysaccharides et polyester

• Les polysaccharides sont les composés riches en carbone les plus
abondants de la biosphère
• Les bactéries et mycètes produisent des polysaccharides en
grande quantité (> 50% de leur poids sec)
• Le polyester est exclusivement produit par les bactéries
• Les polysaccharides sont utilisés pour modifier les propriétés
d’écoulement des fluides, pour stabiliser les suspensions, pour
faire floculer les particules, pour encapsuler du matériel et pour
produire des émulsions. Aussi utilisé pour augmenter la
récupération de pétrole
• Les polyesters microbiens sont biodégradables: plastique

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 Les polysaccharides
• L’agar est produit par une algue rouge marine. L’agar est utilisé
comme agent gélifiant
• Le “Xanthane” est produit par Xanthomonas campestris, un
pathogène des plantes.
• L’alginate, le “dextran” et le “gellan” sont aussi produits par les
bactéries
• Quand les polysaccharides demeurent attachés aux cellules, il
sont appelés capsules, gaine, ou fibrilles
• Composés d’une séquence de monosacharides

La gomme Xanthane
• Découverte dans les années 1950
• Utilisée comme agent stabilisateur, fécule, agent gellant dans les
vinaigrettes, sauces, sirops, desserts, crème glacée, fromages ,
etc….
• Aussi utilisé dans les peintures, textiles, colorants et déodorants,
etc.
• Les solutions à base de Xanthane sont stables et ne sont pas
affectées par l’addition de sel et la T.
• La production de xanthane est faite à partir de cellules maintenues
en croissance continue dans un chemostat. La croissance est
limitée par les éléments nutritifs, comme l’azote.

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 Production de Xanthane

25 glucose xanthane
cellule
Conc (g/L)

0
0 Temps (hres) 50

Les polyesters
• Les bactéries accumulent des réserves pendant leur
croissance
• Le type de métabolite dépend du type d’organisme et des
limites imposées lors de la croissance
• Si il y a un rapport C/N élevé ou si N ou O2sont limités, la
bactérie accumule du glycogène et/ou des polyesters
aliphatiques: polyhydroxyalkanoates
• Ils s’accumulent dans le cytoplasme
• Utilisés dans la fabrication de plastiques biodégradables et
en chirurgie

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 4. Les intéractions plantes-bactéries
L’agriculture contribue grandement à l’économie d’un pays
Produit Production par an Valeur estimée
(millions de tonnes) (milliards $)
Céréales 1867 270
Légumes 414 192
Fruits 326 205
Huiles 130 27
Sucre 100 13
non-raffiné
Café 5.2 23
Thé 21 3.9
Oeufs 31 25 FAO, 1986

Amélioration des pratiques

• Avec l’utilisation des microorganismes symbiotiques
ou des pathogènes
– Création de microorganismes qui peuvent vivre “en
harmonie” avec les feuilles ou racines et être
bénéfiques aux plantes
ex: Le Rhizobium améliore la fixation de N
– Production de plantes transgéniques
• Technique de “Recombinant DNA” : sélection de
gènes avec des propriétés bien définies,
production de clones et insertion dans les plantes
• Les gènes peuvent provenir d’espèces différentes
(même des bactéries)

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 Bénéfices
• Amélioration des récoltes car il a augmentation de la fixation de
l’azote
• Amélioration de la qualité du produit
• Amélioration des caractéristiques de la protéine gluténine
présente dans le blé. Amélioration de l’élasticité du pain
• Changement de la composition en amino-acides des protéines
des céréales. Les céréales sont la principale source de protéines
pour la population mondiale, mais elles sont pauvres en
méthionine et lysine
• Plus facile à récolter, plus résistant aux infections, etc.

Exemple 1
• Protection des plantes contre le gel:
- Pseudomonas syringae vit en symbiose avec
plusieurs plantes. Elle se retrouve sur les
feuilles et produit une protéine qui permet la
nucléation de crystaux de glace à une T < 0°C
- Modification du gène responsible de
l’abaissement du point de congélation , i.e., -9°
C. Le gène a été cloné et ré-introduit dans P.
syringae

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 Exemple 2
• Bactéries qui fixent l’azote
– Plusieurs organismes procaryotiques peuvent
fixer l’azote (N2) et NH3
– Le processus est habituellement anaérobique.
Les enzymes sont sensibles à l’oxygène (mais
parfois aérobique)
– Les bactéries comme Clostridium, Klebsiella et
les bactéries vivant en symbiose avec les
plantes comme Rhizobium et la luzerne, les
pois, le trèfle, etc.

5- Les insecticides microbiens

• les infestations d’insectes peuvent causer des pertes
importantes de récoltes
• La protection contre les insectes coûte environ 6 milliards
de $ par année
• les agents chimiques peuvent être dangereux:
– Ils ne ciblent pas les insectes
– Certaines espèces peuvent développer une résistance
– Persistence environnementale (ex. DDT)

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 Les insecticides microbiens
• Les insectes sont sensibles aux infections causées par les
pathogènes (bactéries, mycètes, protozoaires)
• La plupart des agents biologiques sont non toxiques pour
les vertébrés et ciblent seulement un petit nombre
d’individus
• Les agents microbiens représentes moins de 1% du total
des ventes d’insecticides
• Bacillus thuringiensis (Bt) est l’espèce la plus connue et
utilisée
– Découvert en 1901 et 1911

Bacillus thuringiensis (Bt)

• Microorganisme naturel
• Production d’une protéine qui génère une toxine dans le
système digestif des insectes pendant le stade larvaire.
• Le stade larvaire correspond à la période de nutrition la
plus importante chez les insectes
• La toxine paralyse le système digestif de l’insecte,
l’empêchant ainsi de se nourrir.
• Bt est appliqué au feuillage des plantes infestées
• Bt est non toxique et offre peu de résistance

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 Autres insecticides microbiens
– Bacillus sphaericus
– Bacillus popilliae
– Agrobacterium vitus
– Erwinia herbicola
– Metarhizium anisopliae ESF1
– Pseudomonas fluorescens
– Spodoptera exigua
• Bioinsecticides: Foil, Condor, Cutlass, MVPII, M-
Trak, M-Peril, Mattch, Agree, Design

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