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Die zwei Hauptklassen der Proteingestalt

1.) Fibrilläre Proteine:


(historische Einteilung)
faserbildende Proteine („gestreckte Gestalt“)
 bestehen meistens hauptsächlich aus einem Typ Sekundärstruktur, und
haben eine relativ einfache Tertiärstruktur
 sind meistens strukturelle Proteine, die z. B. in Geweben von
Wirbeltieren Stützfunktion, formgebende Funktion und Schutzfunktion (vor
äußeren Einflüssen) haben
2.) Globuläre Proteine:
globuläre / kompakte Gestalt („kugelförmig“)
 bestehen meistens aus mehreren Typen Sekundärstruktur
 die meisten Enzyme + regulatorischen Proteine sind globuläre Proteine
 globuläre Proteine falten sich zu kompakten Strukturen, wobei das Innere
des Proteins fast ausschließlich von Aminosäureresten mit hydrophoben
Seitenketten gebildet wird:
Abgestufte Größen an hydrophoben
Seitenketten ermöglichen eine
dichte Packung im Proteinkern 
Abb. 5.23
Müller-Esterl Biochemie, 3. Auflage
2018 Springer-Verlag Berlin
Beispiele für fibrilläre
Proteine: Keratine
a-Keratine (Intermediärfilament-
Proteine des Cytoskeletts):
• kommen (nur) in Säugetieren vor
• Hauptbestandteil von Haaren,
Nägeln, Hörnern, äußere Hautschicht
• Grundeinheit: Coiled coil
(linksgängig) aus zwei parallelen a-
Helices (rechtsgängig) = Dimer
(Quartärstruktur)
• die Festigkeit wird zusätzlich durch
Disulfidbrücken verstärkt (z. B. Rhino-
zeros-Horn: bis zu 18 % der
Aminosäurereste der a-Keratine sind
Cysteine!)
Figure 4-11
Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition 2
2017 W. H. Freeman and Company
Beispiele für fibrilläre Proteine: Kollagen
Kollagen (Strukturprotein der extrazellulären Matrix bei vielzelligen Tieren):
• häufigstes Protein in Vertebraten (Mensch: ca. 25 % an Gesamtprotein-
masse)
• wichtigster faserförmiger Bestandteil von Haut, Knochen, Sehnen,
Bändern, Knorpel, Gefäßen, Zähnen (Dentin unterhalb des Zahnschmelz)
• einzigartige Sekundärstruktur:
- helikale Polypeptidketten mit sich wiederholenden Gly-X-Y-
Sequenzen (X = häufig Prolin, Y = häufig 4-Hydroxyprolin)
- wegen der vielen Prolin-Reste: formt keine a-Helix
- 3 Aminosäurereste / Umdrehung, linksgängig
- Prolin wird nach der Proteinsynthese in 4-Hydroxyprolin umgewandelt
 enzymatische Umwandlung durch Prolyl-Hydroxylase  benötigt
Vitamin C zur Enzymaktivität (Fe2+ im aktiven
Zentrum muss im reduzierten Zustand gehalten
werden)  bei Vitamin-C-Mangel: Skorbut
(keine Fibrillenbildung von neusynthetisiertem
Kollagen  Hautverletzungen, brüchige Blut-
gefäße, verzögerte Wundheilung)
3
Quartärstruktur (Homo- oder Heterotrimere):
- 3 Helices bilden einen Superhelixstrang, rechtsgängig Kollagen
- jeder dritte Aminosäurerest befindet sich im Inneren des dicht besetzten
Dreifachhelixstrangs: nur Glycin mit seiner kleinen Seitenkette hat dort Platz
- Seitenketten sind versetzt, so dass Gly, X und Y von je einer Kette an
derselben Position vorkommen
- keine Wasserstoffbrücken innerhalb einer Helix
- Wasserstoffbrücken zwischen NH-Gruppen
der Peptidbindungen von Glycin mit den CO-
Gruppen von X (Prolin) auf Nachbarhelices
- OH-Gruppen der Hydroxyprolinreste sind
ebenfalls an der Bildung von H-Brücken
beteiligt
- Prolin- und 4-Hydroxyprolin-Reste:
scharfes Abknicken der Kollagenhelix
 dichte Verdrillung der 3 Polypeptidketten
 sehr hohe Zugfestigkeit
- zusätzliche Festigkeit durch kovalente
Bindungen zwischen den einzelnen
Helices (zwischen Lysin und Lysin/Histidin; Figure 4-12
4
also keine Disulfidbrücken; Ausnahme!) Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
2017 W. H. Freeman and Company
Kollagenbiosynthese

Abb. 8.3
Müller-Esterl Biochemie, 3. Auflage
2018 Springer-Verlag Berlin

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Kollagen

Struktur von Kollagen-Fibrillen:


- verschiedene Typen Kollagen
assemblieren zu lockeren
Netzwerken oder zu dicken
Fibrillen
- Fibrillen: versetzte Anordnung
der Kollagen-Dreifachhelix-
stränge; stabilisiert durch
hydrophobe Interaktionen
- alterndes Bindegewebe wird
zunehmend steif und brüchig
durch die Akkumulation
kovalenter Querverbindungen
innerhalb der Kollagen-Fibrillen
Figure 4-13
Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
2017 W. H. Freeman and Company
6
Die Anordnung von Kollagen-Fibrillen in
verschiedenen Geweben

Table 8-3
Voet Biochemistry, 4th edition
2011 John Wiley & Sons, Inc.

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Weiteres Beispiel für fibrilläre Proteine:
Myosin
Myosin (Muskelprotein) = Motorprotein, das an Aktinfilamenten entlang
wandert  Muskelkontraktion
Figure 5-29
Skelettmuskel: Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
2017 W. H. Freeman and Company

Sarkomer: ~2 µm lang; Muskelfaser von 10 cm Länge: ~50.000 Sarkomere)


Muskelkontraktion

Figure 5-30
Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
2017 W. H. Freeman and Company
9
Muskel-
kontraktion

Abb. 9.2
Müller-Esterl Biochemie, 3. Auflage
2018 Springer-Verlag Berlin

Abb. 9.3
Müller-Esterl Biochemie, 3. Auflage 10
2018 Springer-Verlag Berlin
Hauptkomponenten des Muskels
 Dickes Filament

Figure 5-28
Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
2017 W. H. Freeman and Company


Dünnes Filament

Kalottenmodell

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Myosin II

Figure 5-27
Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
2017 W. H. Freeman and Company

Bänderdarstellung eines
(globulären) Myosinkopfs.
Grau: schwere Kette; blau:
die zwei leichten Ketten  12
Zwei Typen von Motorproteinen der
Mikrotubuli: Kinesine und Dyneine
- Dyneine: wandern an Mikrotubuli entlang von + nach -, also von der
Zellperipherie in Richtung Kern  u. a. Transport von Organellen;
beteiligt am Cilien- und Flagellenschlag
- Kinesine: wandern an Mikrotubuli entlang von - nach +, also vom Kern
in Richtung Zellperipherie  u. a. Transport von Organellen; beteiligt an
der Spindelbildung und an der Chromosomentrennung während der
Zellteilung Abb. 16-56a
Alberts et al.
Molekularbiologie der Zelle, 6. Auflage
2017 Wiley-VCH

Dyneine: eine bis drei


schwere Ketten
Abb. 35.23a
Stryer Biochemie, 8. Auflage
13
2018 Springer-Verlag Berlin
Beispiel für ein fibrilläres Protein mit
überwiegend b-Faltblatt-Konformation

Fibroin (Protein der Seide und von Spinnennetzen):


- wird von Insekten und Spinnen hergestellt (z. B. von Seidenraupen =
Larven des Seidenspinners)
- bildet b-Faltblätter
- enthält viele Alanin- und Glycin-Reste
 ermöglicht dichte Packung der b-Faltblätter (in Schichten)
 Optimierung der Van-der-Waals-Wechselwirkungen zwischen den
Schichten

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Fibroin

Figure 4-14
Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
2017 W. H. Freeman and Company

Spinndrüsen einer Spinne: Spinnfäden


aus Fibroin werden zu Fasern gesponnen

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Hydrophober Effekt
Hydrophobe Wechselwirkungen beruhen nicht auf der Van-der-Waals-
Anziehung zwischen temporären Dipolen von unpolaren Molekülen /
Molekülseitenketten in wässrigen Systemen, sondern beruhen auf der
Verringerung von Kontaktflächen zwischen Wasser und lipophilen
Grenzflächen:
 unpolare Moleküle in Wasser schränken die umgebenden
Wassermoleküle in ihrer Beweglichkeit ein da keine Wasserstoff-
brückenbindungen zu dem unpolaren Molekül gebildet werden können
 Wassermoleküle bilden bei Kontakt mit den unpolaren Molekülen
„Käfige“ um diese Moleküle herum
 diese Wassermoleküle nehmen also eine höhere Ordnung an als in
freier Lösung
 nach Freisetzung von Wassermolekülen durch Zusammenlagerung von
unpolaren Molekülen (Verkleinerung der Oberfläche der unpolaren
Moleküle): können mit dem übrigen Wasser frei in Wechselwirkung treten
(Entropie steigt)
 der hydrophobe Effekt (= Zusammenlagerung von unpolaren Mole-
külen im polaren Medium) basiert also auf polaren WW zwischen H2O 16
Hydrophober Effekt
bei der Proteinfaltung
Der hydrophobe Effekt ist bei der Proteinfaltung (hydrophober Kern)
sehr wichtig:

 obwohl die Entropie des Proteins durch dessen Faltung stark abnimmt,
überwiegt der Entropiegewinn im umgebenden wässrigen Medium

 somit findet die Faltung ohne


weitere Energiezufuhr statt

Hydrophober Effekt:
Minimierung der
hydrophoben
Oberfläche im
wässrigen Milieu 

Abb. 5.21
Müller-Esterl Biochemie, 3. Auflage
2018 Springer-Verlag Berlin
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Proteine falten sich schrittweise
in ihre native Konformation

• Proteine benötigen für ihre Faltung meist nur Millisekunden bis


Sekunden
• die Proteinfaltung kann kein Prozess sein, der nach dem Versuch-
und Irrtum-Prinzip verläuft, denn dann würde die Faltung eines
Polypeptids mit z. B. 100 Aminosäuren Länge viele Milliarden Jahre
dauern!
• es scheint aber auch keinen einzigen vorgegebenen Weg der
Proteinfaltung zu geben, wie früher oft angenommen wurde

Zwei Modellvorstellungen des Faltungsprozesses:


a) Hierarchische Faltung
b) Hydrophober Kollaps

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Erste Modellvorstellung:
Hierarchische Faltung

- Zuerst bilden sich Sekundärstrukturen (lokale gefaltete Abschnitte)


(z. B. a-Helices, b-Faltblätter)
 sind diese stabil, also energetisch günstiger als das ungefaltete
Polypeptid, „überleben“ sie und können sich weiterfalten
- als nächstes können sich übergreifende Motive / Supersekundär-
strukturen ausbilden, z. B. zwischen zwei a-Helices. Die zuerst
gebildeten lokalen Strukturen dienen gewissermaßen als
Kristallisationskeime (Faltungsnuclei), um die herum sich die weitere
Proteinstruktur aufbaut
- der Prozess geht weiter über die Ausbildung der einzelnen
Proteindomänen bis zum fertig gefalteten Polypeptid (jede Domäne
eines Multidomänenproteins faltet sich unabhängig von den anderen
Domänen)

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Zweite Modellvorstellung:
Hydrophober Kollaps

- Die Faltung beginnt mit einem spontanen Kollaps des Polypeptids


in einen kompakteren Zustand, bedingt durch hydrophobe
Interaktionen zwischen unpolaren Seitenketten (hydrophober Effekt)
 dieser Zustand („molten globule“  „geschmolzenes Kügelchen“ /
„Proteinschmelze“) kann einen hohen Anteil Sekundärstruktur haben,
aber viele Seitenketten sind noch nicht vollständig fixiert
- ausgehend von diesem konformationell bereits sehr
eingeschränkten Zustand „sucht“ sich das Protein dann seine
endgültige Struktur

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Die zwei Modellvorstellungen des
Protein-Faltungsprozesses
a) Hierarchische Faltung Die Faltung der meisten Proteine vereint
b) Hydrophober Kollaps vermutlich Aspekte beider Modelle.
Abb. 5.28
Müller-Esterl Biochemie, 3. Auflage
2018 Springer-Verlag Berlin

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Thermodynamik der Proteinfaltung,
dargestellt als Trichter für Freie Enthalpie
Ungefaltetes Polypeptid: Zahl möglicher
Konformationen, somit auch Konformations-
Entropie, ist groß; freie Enthalpie ist relativ
hoch.
Ungefaltete Polypeptide können sich über eine
Vielzahl von Pfaden in Richtung der korrekten
Tertiärstruktur bewegen.
Fortschreitender Faltungsprozess:
(Freie Enthalpie)

Zahl konformationeller Zustände nimmt ab


(Entropie nimmt ab); freie Enthalpie nimmt ab.
Auf diesen Wegen liegen oft transient stabile
Intermediate (lokale Energieminima;
Einbuchtungen auf der Seite des Trichters), die
Lehninger Principles of Biochemistry, 5th edition

den Faltungsprozess verlangsamen können.


Mitunter liegen auf diesem Weg auch „Fallen“,
2008 W. H. Freeman and Company

in denen das Protein in einem fehlgefalteten


Zustand verharrt.
Schließlich reduziert sich eine Anzahl an
Figure 4-28

Faltungsintermediaten zur einen nativen


Konformation.
Proteinfaltung:
modellierte dreidimensionale
Thermodynamik-Trichter

Figure 4-29
Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
2017 W. H. Freeman and Company

23
Proteinfaltung

Die native Konformation


eines Proteins entspricht
dem Zustand der niedrigsten
Freien Enthalpie (Gibbs‘sche
Energie).

Die Primärstruktur alleine


bestimmt die 3-D-Struktur
 „Proteine sind
selbstorganisierende
Nanostrukturen“

Computer-modellierter
hierarchischer Faltungsweg
eines kleinen Proteins
Figure 4-28
(bestehend aus 56
Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
Aminosäureresten). 24
2017 W. H. Freeman and Company
Proteinfaltung in vivo
Die meisten Experimente zur Proteinfaltung wurden in vitro an isolierten
Polypeptiden untersucht. Dabei wird die Tertiärstruktur zunächst gezielt
zerstört (mit chaotropen Substanzen), um dann die Rückfaltung zum
nativen Zustand beobachten zu können.
Die Proteinfaltung in vivo ist noch komplizierter: Proteine werden an
den Ribosomen vom N- zum C-Terminus synthetisiert. Die bereits
gebildeten Teile eines wachsenden Polypeptids beginnen sich zu falten,
lange bevor die im Vergleich langsame Synthese der Polypeptidkette
(4 - 20 Aminosäuren pro Sekunde) abgeschlossen ist. Diesen
Polypeptidketten steht somit zunächst nicht die gesamte notwendige
Faltungsinformation zur Verfügung.
Außerdem liegen im Cytosol Proteine, Nukleinsäuren und Organellen
wie Ribosomen dicht gedrängt vor (> 100 gl-1), im Gegensatz zu
in-vitro-Experimenten, die in stark verdünnten Lösungen erfolgen
(≤ 1 gl-1 Protein). In diesem Milieu ist die Gefahr der Aggregation der
elongierenden Polypeptidketten und Faltungsintermediate durch die
exponierten hydrophoben Aminosäureseitenketten entsprechend hoch.
25
Chaperone =
Faltungshelfer
(I) Hsp70-
Proteinfamilie

Eukaryoten:
Hsp70 und Hsp40

 Bakterien:
DnaK und DnaJ

Grün, orange, gelb:


verschiedene
Domänen;
NEF: „nucleotide-
Figure 4-30
Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
exchange factor“ 26
2017 W. H. Freeman and Company
Chaperone =
Faltungshelfer
(II) Chaperonin-
Proteinfamilie
Bakterien:
GroEL/GroES-System
 Eukaryoten: Hsp60-System

Innerhalb der GroEL-Kammer: ein


Protein hat ca. 10 s Zeit zur Faltung –
so lange benötigt das gebundene ATP
zur Hydrolyse.
Schätzung: 10 % - 15 % der zellulären
Proteine von E. coli benötigen das
Chaperonin-System zur korrekten
Faltung (bei Hitze-Stress bis zu 30 %).

Figure 4-31
Lehninger Principles of Biochemistry, 7th edition
2017 W. H. Freeman and Company
Proteinfaltung in vitro
Gezielte Zerstörung der Tertiärstruktur eines Proteins:
Dies geschieht meist durch Zugabe einer chaotropen Substanz
(griech.: chaos „Unordnung“ und tropos „Art und Weise“ (Entropie-
Zunahme!)) wie Harnstoff oder Guanidinium-HCl:

 zerstört die Wasserstruktur indem sie die Wasserstoffbrücken-


bindungen zwischen Wassermolekülen aufbricht
 vermindert dadurch den hydrophoben Effekt
 erhöht die Löslichkeit hydrophober Gruppen in Wasser und
begünstigt so die Auffaltung globulärer Proteine, d. h. wirkt
denaturierend auf Proteine
Denaturierung: Protein nimmt Zufallskonformation eines ungefalteten
Proteins an = Zufallsknäuel (random coil).
Exkurs:
Präzipitation / Fällung von Proteinen
Fällung durch Aussalzen mit kosmotropen (antichaotropen) Salzen: ist
die am häufigsten benutzte Methode.
Abb. 2.3
Lottspeich, Engels
Hofmeister-Reihe (1888): Bioanalytik, 2. Auflage
2006 Elsevier GmbH

präzipitieren/ solubilisieren/
stabilisieren destabilisieren
Proteine Proteine

 Kosmotrope (antichaotrope) Salze: Proteine werden stabilisiert (bleiben


gefaltet), aber durch die Bindung von H2O durch die kosmotropen Salze
 Entzug der Protein-Hydrathülle  Zusammenlagerung der Proteine
durch hydrophobe Wechselwirkungen (auch wasserlösliche Proteine
besitzen hydrophobe Oberflächenbereiche)
 Ammoniumsulfat ((NH4)2SO4) ist das am häufigsten verwendete Salz
 Fraktionierung möglich, da verschiedene Proteine bei unterschiedlicher
Ammoniumsulfat-Konzentration ausfallen 29