Entdecken Sie eBooks
Kategorien
Entdecken Sie Hörbücher
Kategorien
Entdecken Sie Zeitschriften
Kategorien
Entdecken Sie Dokumente
Kategorien
Klassische Genetik
Molekulare Genetik
Populationsgenetik
Entwicklungsgenetik
Quantitative Genetik
o Polygenische Merkmale: Mehrere Genotypen spielen zusammen um ein Merkmal
auszuprägen
o QLT-Mapping: Kartierung von quantitativen trait loci)
Identifikation von trait loci: Chromosomenregion mit einem oder mehreren Genen
die zu einem Merkmal beitragen
Humangenetische Diagnostik:
o Erkennen und Nachweisen von Erbkrankheiten
o Entwicklung von Nachweisverfahren
o Erfassen von genetischen Risikofaktoren
Genomanalyse: Analyse von Genomen durch Sequenzanalyse
o Vorhersage der Genregulation
Genom-wide association studies
o Erfassen von polygener Erbgänge
o Wechselspiel allelischer Varianten
o Erkennen der Risikofaktoren genetischer Erbkrankheiten
Anforderungen an Modellorganismen:
Der S Stamm ist virulent und führt zur Infektion (weil er eine Polysaccharidkapsel die Virulenz und glatte
Oberfläche verursacht trägt), der R Stamm hingegen ist nicht pathogen!
Verschiedene Arten von Polysaccharid Hüllen führen zu verschiedenen S Hüllen S I, S II, S III
Mutiert ein S II Stamm in einen R Stamm, so kann dieser nur wieder zu einem S II Stamm revidieren.
Die Injektion von lebenden S Bakterien führt zum Tod. Mischen von lebenden RII Stämmen mit
hitzeinaktivierten IIIS-Stämmen führt scheinbar zur Transformation lebender IIR Bakterien in lebende IIIS
Bakterien. (genetisches Material wurde von den toten IIIS auf die lebenden IIR Bakterien übertragen) Griffith
hielt dieses genetische Material für Proteine, führte aber den Begriff der Transformation ein.
S Stämme wurden lysiert und verschiedenen Bestandteile enzymatisch zerstört, nach Verdauung mit DNAsen
war keine Transformation mehr möglich.
THE HERSHEY AND CHASE EXPERIMENT
Verwenden den T2 Bakteriophagen um Bakterien zu infizieren. Viren leben nicht und sind bei der Vermehrung
auf Wirtszellen angewiesen. Viren sind Vehikel für genetische Information.
Hypothese:
Genetisches Material ist die DNA
Möglicher Test:
Wird DNA oder Proteine von einer Generation auf die nächste weitergegeben?
Die radioaktiv markierten Phagen (Protein oder Nukleinsäure) werden für die Infektion neuer Bakterien und die
Erzeugung neuer Phagen verwendet. Nur die 32P-markierten Phagen hinterlassen Spuren in den Bakterien und
führen zur Produktion neuer Phagen, welche wiederum radioaktiv sind
BESTANDTEILE DES GENETISCHEN MATERIALS
RNA kann komplexe Faltungen eingehen und so enzymatische Aktivität erlangen (Ribozyme)
DNA und RNA sind Polymere welche über Phosphodiesterbrücken verbunden sind.
Chargaff Regel:
Die DNA besteht aus zwei Polynukleotidketten welche sich rechtsdrehend umeinanderwinden
Die zwei Polynukleotidketten verlaufen antiparallel
Das Zucker-Phosphat Rückgrat befindet sich auf der Aussenseite der Helix,während die Basen in deren
Inneren übereinander gestapelt liegen.
Die Basen der zwei Ketten sind durch schwache Wasserstoffbrücken miteinander verbunden. A-T
Basenpaare und G-C Basenpaare passen in die Dimension der Doppelhelix. Dies führt zur
Komplementarität der zwei Helices
Einzelne Basenpaare in der Helix sind 0,34 nm voneinander entfernt. Eine Drehung der Helix nimmt
10bp oder 3,4 nm ein. Die Helix ist 2nm im Durchmesser.
Das Rückgrat der DNA wird durch eine Phospho-desoxy-Ribose Kette aufgebaut, welche die Helix
asymetrisch umwinden. Dies führt zur Bildung der Minor und Major Groove (Grosse und kleine
Furche).
Wasserstoffbrücken stellen schwache Bindungen dar, welche durch Erhitzen leicht gelöst werden können. D.h.
Erhitzen denaturiert die DNA.
Basenkomplementarität ermöglicht die Herstellung zweier exakter Kopien bei der Replikation.
Bakterielle DNA ist stärker gepackt durch Supercoiling Wird einer der beiden Stränge eines Supercoils
gebrochen, entsteht ein open circle
Supercoiling kann positiv (mehr Windungen) oder negativ (weniger Windungen) sein.
Supercoiling wird durch Topoisomerase herbeigeführt. Topoisomerasen spalten DNA winden oder entwinden
sie und verknüpfen sie wieder. Sie sind für alle Arten von DAN Kompaktierung essentiell.
Bsp: Topoisomerase I: schneidet einen Strang der Helix und führt den zweiten durch den geschnittenen Strang.
Zusätzlich sind bakterielle Chromosomen in loops organisiert.
Der C-Wert:
bezeichnet den haploiden, nicht replizierten DNA Gehalt einer Zelle in pg oder bp.
DNA REPLIKATION
Die Zentromere der Chromosomen stellen die Punkte des Spindelansatzes in der Mitose dar.
DNA Replikation ist semikonservativ. Meselson und Stahl Experiment Verschiedene Dichte der DNA
Stränge (Stickstoff , N14, N15)
Die Energie für die Neusynthese stammt aus der Hydrolyse eines dNTPs (desoxyncleotide-triphsophate) in ein
dNMP (…monophosphate).
Eine Helikase (entwindet die DNA) wird durch ein Ladeprotein DnaC auf die DNA geladen. DNA wird partiell
entwunden. An dieser Stelle kann Replikation beginnen.
Proteine und Faktoren welche an der DNA Replikation beteiligt sind:
Da DNA Polymerase keine de novo DNA Synthese beginnen können bedarf es immer einer Primase, welche ein
kleines RNA Fragment zur Verfügung stellt (und somit ein 3’ OH Ende)
Das 3’ OH Ende des RNA Primers wird durch DNA Pol III verlängert.
Einer der beiden Stränge kann kontinuierlich verlängert werden (leading strand). Der andere Strang wird
diskontinuierlich verlängert (lagging strand): Hier müssen ständig neue RNA Primer und kurze DNA Fragmente
(Okazaki Fragmente) erzeugt werden, welche anschließend miteinander verknüpf werden (Ligiert).
Um den RNA-Primer der DNA Synthese wieder zu entfernen wird DNA Poll III durch DNA Poll I (welche 5 – 3
Exonuclease Aktivität besitzt) ersetzt.
Eukaryoten besitzen mehrere Replikons (Startpunkte der DNA Synthese) welche durch ARS (Autonomous
Replicating Sequences - ist eine Nukleotidsequenz auf der DNA, die als Replikationsursprung zur Einleitung der
Replikation dient.) definiert sind. ARSs werden durch ORCs (Origin Recognition Complexes – Protein Komplexe)
erkannt.
Der Arzt Archibald Garrod studierte 1902 Alkaptononurie Patienten. Er zeigte, dass Alkaptonurie eine rezessive
Erbkrankheit darstellt. Garrod zeigte, dass Alkaptonurie Patienten Homogentisinsäure ausscheiden. Er
postulierte daher, dass Alkaptonurie Patienten Homogentisinsäure nicht metabolisch abbauen können. Er
schloss, dass eine Blockade in einem metabolischen Prozess zur Anhäufung von Schadstoffen eines
Stoffwechselintermediats führt.
AUXOTROPHE MUTANTEN
Neurospora – (Gattung von Schimmelpilzen) verwendet man um Mutanten zu isolieren, welche in bestimmten
Stoffwechselwegen defekt sind.
Auxotrophe Mutanten sind auf zugegebene Aminosäuren angewiesen, da bestimmte Gene ausgefallen sind und
der Prozess nicht mehr funktioniert.
TRANSKRIPTION
Bei der Transkription wird ein DNA Strang in RNA umgeschrieben. Da RNA (wie DNA) nur in 5’ –> 3’ Richtung
synthetisiert werden kann, muss die DNA in 3’ – 5’ Richtung gelesen werden. D.h. der 3’-5’ Strang ist der
Template Strang! Der 5’-3’ Strang ist dem RNA Strang nahezu ident (Coding strand). Die Synthese neuer RNA
wird durch eine RNA Polymerase katalysiert. Um den Startpunkt der RNA Synthese zu definieren, werden
regulatorische Sequenzen benötigt.
TRANSKRIPTION IN BAKTERIEN
Transkription in Bakterien erfordert Initiation, Elongation und Termination der Transkription erfordert einen
Promoter. Der Promotor bestimmt ORT und RICHTUNG der RNA-Neusynthese. Der Promotor und die
kodierende Sequenz sind Teil eines Gens, d.h. bilden eine funktionelle Einheit. Promotor, Elongation und
Terminator bilden ein Gen!
Bestimmte Nukleotide kommen an bestimmten Positionen eines Genes (Pos. -10 und -35) auffällig häufig vor.
Grund dafür ist ein Faktor, welcher der Polymerase hilf den Start (Initiation) einzuleiten (Sigmafaktor ist eine
Proteingruppe). Er entwindet dieses RNA Stück.
Nach dem Entwinden der DNA fällt der Sigma Faktor herunter und die RNA Polymerase kann Transkription
beginnen. Während der Elongation verändert die Polymerase Ihre Form (wird kompakter). Bakterielle RNA
Polymerase hat eine eigene entwindungs Aktivität und kann den Strang im vortlauf selbst entwinden.
Rho (=Helikase) abhängige Termination: Eine C Reiche Sequenz in der RNA erlaubt das Binden von Rho.
Rho ist eine Helikase und folgt der RNA Polymerase. Durch ATP-abhängiges Entwinden der RNA
dissoziiert (fällt herunter) die RNA.
Durch terminale Hairpins (Haarnadeln) reguliert. Einzelner RNA Strang möchte mit Basen paaren
und so entsteht diese Struktur eines Hairpins. Die Struktur verlangsamt die RNA Pol. Die folgenden U-
reichen Sequenzen destabilisieren die RNA Interaktion mit dem Template Strang und die Polymerase
dissoziiert (fällt herunter).
TRANSKRIPTION IN EUKARYOTEN
Ribosomale RNA (rRNA) macht den Großteil der zellulären RNA aus. Aus rRNA werden Ribosomen
gebildet. rRNA wird durch RNA-Polymerase Isynthetisiert.
Messenger RNA (mRNA) kodiert für Proteine. Enthält die Information, die am Ribosom in ein Protein
übersetzt wird. mRNA wird von RNAPolymerase II synthetisiert.
Kleine nicht kodierende RNAs (snRNAs, tRNAs, snoRNAs) haben regulatorische oder katalytische
Funktion. Werden von RNA-Polymerase III synthetisiert.
Regulation der Proteinkodierenden Gene:
Beginn der eukaryotischen Transkription ist bei der TATA-Box . Pol II wird an die TATA- Box Stelle
gebracht. Zusätzlich braucht Pol II Promotoren und Enhancer- Sequenzen ( sind aber weiter weg
auf dem RNA Strang).
TBP und TFIIs (Transkriptionsfaktor) assemblieren (= vereinigen, versammeln) an der TATA Box.
An die RNA Pol II lagern sich Schritt für Schritt immer mehr Transkriptionsfaktoren an. Zum Schluss
ist 1 Molekül dabei welches die Ladung des Phosphorrests der Pol II verändert, und ganz stark
negativ macht. Und dies führt dazu das die Polymerase von diesen Komplex losgelöst wird und mit
ihrer Transkription beginnen kann.
Wichtig ist der TFII H: Er hat sowohl Helikase und Kinase Aktivität (= hängt Phosphate dran). Die
Helikase entwindet die DNA. Die Kinase Phosphoryliert den C-Terminus von Pol II.
Transkribierte RNA besteht aus der proteinkodierten Sequenz und daneben hat man eine 3`untranslatierte und
eine 5`untranslatierte Region. 5’ und 3’ Untranslatierte Region bestimmen die Stabilität und Translatierbarkeit
einer RNA.
Wenn ein Stück RNA synthetisiert worden ist, wird ein methyl-Guanosin (= auch Cap genannt) an ein 5`Ende
gebunden. Bewerkstelligt wird das Ganze von dem „capping-Enzym. Jedes RNA Stück das dieses Cap hat, wird in
weiterer Folge in Proteine übersetzt.
Am 3´Ende werden Pol II Transkripte auch nochmal modifiziert. Ein langes Stück welches lauter As enthält wird
drangehängt. Wenn ein Transkript ins finish geht, gibt es Erkennungsproteine welche an die Sequenz binden
und einen Schnitt machen (RNA wird gespalten). Dann wir von PAP (Poly A Polymerase ) am 3`Ende viele A
Nukleotide drangehängt (=Polyadenylation).
Eukaryotische Gene sind immer von nicht kodierenden Sequenzen (Introns) unterbrochen. Diese Introns
werden durch prä-mRNA Spleissen entfernt. Exon = kodierene Sequenz.
Alternatives Spleissen ist eine Möglichkeit aus einem Gen mehrere verschiedene Proteine zu erzeugen.
TRANSLATION
Der Code ist redundant: Für eine bestimmte Aminosäure gibt es mehrere verschiedene Tripletts. Diese
unterscheiden sich meist in der dritten Base. Dies ist nur möglich, weil von den insgesamt 64 Kombinationen
nur 23 benötigt werden und 41 überzählig wären.
Wenn eine Base hinzugefügt wird, wird nach zwei Falschproduktionen wieder die richtige Aminosäure gebildet.
Durch das Hinzufügen von 3x je einer Base an benachbarten Positionen kann die Proteinfunktion wieder
hergestellt werden.
WOBBLE BASEPAIRING
Eine ungenaue Basenpaarung,
welche zur Diversität der AS
führt.
Das Anticodon der tRNA basenpaart mit dem Codon der mRNA.
Alle tRNAs haben eine CCA Sequenz an deren 3’ Ende. Diese Sequenz wird post-
transkriptionell angefügt. Ermöglicht das Anhängen an das Ribosom durch
Aminoacyl-tRNA Synthethase (belädt tRNAs unter ATP Verbrauch) Die
Carboxylgruppe der As bindet an das 3`oder 2`Oh der tRNA.
tRNA ist mit AS beladen und mach sich auf dem Weg zum Ribosom. Dort
angekommen bindet Anticodon der tRNA mit mRNA Code. An P Side wird
Polypeptidkette ausgebildet. Leere tRNA wird durch E Side herausgeschleust.
Erfordert eIFs
Benötigt keine Shine Dalgarno Sequenz weil Caps vorhanden sind
mRNA muss ein Cap tragen (wenn RNA fertig synthetisiert wurde bekommt sie durch ein Capping-
Enzym ein Cap)
1. eIFs und eine mit met-tRNA beladene kleine Untereinheit der Ribosomen, scannt das 5‘ Ende der RNA
bis zum ersten AUG (Start).
2. Nach Erkennen des AUGs bindet die große Einheit des Ribosoms an die kleine Untereinheit und die
eIFs werden bis auf das eIF4E entlassen. Dieser erkennt die Cap Struktur.
3. Ef-TU (Elongationsfaktor) wird benötigt damit tRNA an die a-site binden kann (1. Station)
4. tRNA mit Aminosäure ist in a-site die Peptidkette aus der p-Stelle wird an die neue AS von tRNA in
a-stelle geknüpf und alle tRNAs rutschen um eine Stelle weiter Richtung Exit.
5. Leere tRNA wird durch e-site herausgeschleust
6. Nächste tRNA mit Aminosäure kommt ins Ribosom, gibt AS wieder an p-site ab und p-site verknüpf AS
(Peptidyl-transferase Aktivität) durch Peptidbindung aneinander (Wiederholungsprozess)
7. Bis das tRNA Stopp Kodon gelesen wiederholt sich dieser Vorgang immer wieder
Sobald das Risosom einige codons vom Start-Codon entfernt ist, kommt es zu einer neuen Translationsinitiation.
Dieser Prozess wiederholt sich immer wieder, sodass ein Polysome (mRNA mit vielen Ribosomen) entsteht.
Der Vorgnag endet wenn Stopp-Kodon UAA, UGA, UAG) in mRNA erscheint. Es gibt keine tRNAs die an diese
Kodons andocken können. Statt einer tRNA bindet ein Releasefaktor (RF1 erknnet Stopp-Kodon) an Stopp-
Kodon. Daher zerfällt das Ribosom wieder in seine Einzelteile und die Peptidkette wird freigegeben. RF 3 initiiert
Termination/Zerfall des Ribosoms)
REGULATION DER GENEXPRESSION IN BAKTERIEN UND PHAGEN
Genexpression: Wie der Genotyp eines Organismus oder einer Zelle als Phänotyp ausgeprägt wird.
Inducers und Repressors kontrollieren die Genexpression. Inducers sind of kleine Moleküle (z.B. Metabolite).
Diese kleinen Moleküle werden of von DNA-bindenden Proteinen erkannt, welche als Aktivatoren oder
Repressoren der Transkription wirken.
Operon-Modell: Abschnitt der DNA Sequenz besteht aus Regulator und Operon (Operator, Gene und
Promotor)
Einfachste Form der Energiegewinnung für eine Zelle ist der Abbau von Glucose. Wenn Glucose nicht vorhanden
ist wird Lac-Operon angeschalten.
Lac-Operon ist ein Genabschnitt der für einige Gene kodiert um Energie zu gewinnen indem Laktose abgebaut
wird. Dieses kodiert für ß-Galactosidase (lacZ), Lactose permease (lacY), ß-Galactoside transacetylase (lacA).
Ist Laktose vorhanden, bindet sich das Laktose Molekül an den Repressor. (Schlüssel-Schloss-Prinzip) Deshalb
kann der Repressor nicht mehr an dem Gen binden. Aus diesem Grund setzt Polymerase fort und es werden
Enzyme zum Abbau von Laktose hergestellt. Ist keine Laktose vorhanden ist der Repressor wieder aktiv, bindet
am Gen und stoppt die Produktion.
SUBSTRATINDUKTION: Kontrolle zum Abbau von Stoffen (Wenn Substrat (z.B.: Laktose) vorhanden ist,
wird der Form des passenden Repressor verändert und er kann nicht mehr binden. Danach werden Enzyme zum
Abbau des vorhandenen Substarts hergestellt.
Wenn keine Glukose aber Laktose vorhanden ist wird Laktose durch ß-Galactosidase in Allolaktose
umgewandelt. Die Anwesenheit von Lactose und die Abwesenheit von Glukose induziert die Expression dieser
Gene 1000x. Die RNA ist instabil. Abwesenheit von Lactose schaltet diese Gene sofort ab. ABER: Die Zelle
entscheidet sich immer zuerst für den Abbau von Glucose (wenn Glucose vorhanden ist), Lactose wird nur im
„Notfall“ abgebaut.
Ausgangslage: 2 Gensequenzen; bei einer Sequenz wurde ein Gen und der Operator mutiert
Ausgangslage: 2 Gensequenzen, bei einer Sequenz wurde ein Gen und der Operator mutiert und anschließend
ein Inducer (Allaktose) hinzugefügt
Ausgangslage: 2 Gensequenzen, bei einer Sequenz wurde ein Gen und der Repressor mutiert, sodass er nicht an
Operator binden kann
Ausgangslage: 2 Gensequenzen, bei einer Sequenz wurde ein Gen und der Repressor mutiert, sodass er nicht an
Operator binden kann und anschließend ein Inducer (Allaktose) hinzugefügt
Ausgangslage: 2 Gensequenzen, bei einer Sequenz der Repressor mutiert, aber er kann an Operator binden,
anschließend wurde ein Inducer (Allaktose) hinzugefügt
Transkriptionskontrolle
Regulation des RNA- Processing (Herausschneiden der Introns)
RNA Stabilität (Poly A Tail – wird an RNA angefügt um zu
stabilisieren)
Translationskontrolle
Proteinstabilität (Unterschiedliche Halbwertszeiten)
Protein Modifikation (Reste werden angesetzt um die Faltung eines
Proteins zu beeinflussen)
Es ist einfach ein bereits fertiges Protein zu modifizieren als eine ganz
neue Transkription für ein neues Protein zu starten schnellere
Reaktion auf Umwelteinflüsse
TRANSKRIPTIONSKONTROLLE
Aktivatoren bzw. Repressoren arbeiten nach demselben Schema wie bei Prokaryoten
GLOBALE REGULATION
Histon Modifikationen können Transkription regulieren Chromatin
wird gelockert um Transkription zu starten
Bei Eukaryoten werden teilweise die Basen der DNA selbst modifiziert.
Cytosin wird Methylgruppe angehängt Führt zur dichteren Verpackung der DNA, dadurch kann Transkription
inhibiert werden.
Chromosomale Mutation: Betreffen ganze Chromosomen oder deren Teile. Führt so zum Fehlen
mehrerer Gene.
Punktmutationen: Betreffen einzelne Gene
Mutation durch transportable Elemente: Mobile DNA
Mutationen können, müssen aber nicht zur Veränderung eines Genprodukts führen.
Somatische (Zelle betreffende) Mutationen betreffen nur das Soma. Sind nicht vererbbar
Keimbahn Mutation Betreffe alle nachfolgenden Generationen (bringen aber für den Träger keine Veränderung
mit sich.)
PUNKTMUTATIONEN
Supressor Mutation können dies wieder kompensieren Sie können intra- oder extragenisch
aufreten (im selben oder in einem anderen Gen)
5) Neutrale (AS Charakter bleibt gleich)
Es kommt zum Einbau einer ähnlichen AS
Desaminierung ist die häufigste Mutation (Cytosin wird durch Deamination zu Uracil)
UV-Strahlung führt zur Bildung von Nucleotid-Dimeren (aus zwei gleichen Molekülen aufgebaute chemische
Verbindung). Häufig bilden Thymine Thymin-Dimer aus, welche über kovalente Bindungen (teilen sich ein
Elektronenpaar) zusammenhalten.
Ionisierende Strahlung (Röntgen) oder Radioaktivität erzeugt Punktmutationen in niedriger Konzentration, hohe
Konzentrationen erzeugen Chromosomenbrüche.
CHEMIKALIEN UND DEREN MUTAGENE WIRKUNG:
AMES TEST
Test auf mutagene Wirkung chemischer Komponenten. Nicht toxische Komponenten werden of erst durch
deren metabolische Veränderung toxisch.
Toxisches Mittel wird mit Rattenleber-Extrakt vermengt und danach wird untersucht ob die Substanz mutagene
Eigenschafen hat.
MISMATCH REPAIR
In Bakterien:
Falsche Base wurde eingebaut. Enzym erkennt Mismatch (MutS). Alter Strang wird erkannt durch
Metyhlierungsreste am Adenin. MutH und MutL unterscheiden den methylierten vom unmethylierten Strang
und entscheiden welcher der neue ist welcher korrigiert werden muss. Exonuklease entfernt die falsch
eingebauten Nukleotide. Pol III repariert den Strang.
In Eukaryoten:
keine Methylierung am Strang. Vier Gene MSH2, MLH1, PMS1, PMS2 werden für mismatch repair benötigt.
MENDELSCHE GENETIK
Merkmale (traits) werden durch Gene und Umwelteinflüsse beeinflusst und ergeben so den Phänotyp!
Uniformitätsregel:
Werden reinerbige Linien, welche sich in einem Merkmal unterscheiden,
miteinander gekreuzt, so sind alle Nachkommen dieser Kreuzung in Bezug auf
dieses Merkmal uniform. (=reziprok, unabhängig welches Elternteil vererbt)
Spaltungsregel:
Wird die Monohybride F1 mit sich selbst gekreuzt (bei zweigeschlechtlichen
Organismen ge-selfed) so spaltet sich das Merkmal in der F2 in einem bestimmten
Verhältnis auf. Hier: 3:1 Da glatt über runzelig dominant ist.
Unabhängigkeitsregel:
MITOSE
In der Mitose werden homologe Chromatiden voneinander
getrennt und auf zwei Tochterzellen aufgeteilt.
Meiose I
Meiose II
Rekombination kann gekoppelte Gene neu kombinieren. Die Rekombinationshäufigkeit steigt mit der
Entfernung am Chromosom.
Durch Bestimmen der Rekombinationsraten (in einer großen Nachkommenschaft) kann die Anordnung und
Distanz von Genen am Chromosom bestimmt werden.
Restriktions-Endonukleasen (sind Waffen der Bakterien, die fremdes DNA Material abwehren) sind meist
Prokaryotische Enzyme, welche Palindrome („regallager“) Sequenzen (DNA-Sequenzen) zerschneiden.
In der Mikrobiologie werden diese Enzyme dazu verwendet um DNA Sequenzen in weiterverwertbare
Sequenzen zu zerschneiden/zerkleinern. Diese Enzyme können eine ganz bestimmte Abfolge von Nucleotiden
der Sequenz erkennen. Für bestimmte DNA-Abschnitte gibt es spezifische Enzyme (Scheren) zum zerschneiden.
RE können blunt (gerade) oder sticky (klebrige) Enden Erzeugen. Nur sticky Ends mit gleichen Überhängen
können wieder verknüpf werden.
Ampizillin
Resistenz
vorhanden
–
BAC (Bacterial Artificial Chromosom) Artifizielle Chromosomen erlauben das Klonieren großer (300kB)
Fragmente.
YAC (Yeast Artificial Chromosom) Erlauben die Klonierung von bis zu 2 Mb an DNA.
DANN-SEQUENZIERUNG
Pyrosequencing:
Reaktion an der man die Synthese der Nukleotide beobachtet und misst.
Nachteil: kurze Sequenzen, teuer pro Lauf
Vorteil: Millionen an Sequenzen gleichzeitig, billig pro Base
Man hat DNA wo man die Sequenz ermitteln möchte
Illumnia Sequencing:
auch NGS
Man beobachtet auch hier den Einbau von fluresszierenden Nuklotiden.
Polymerasen wurden so optimiert das sie sehr strikt nur ein Nukleotid einbauen.
1) Library Preparation: DNA wird in kleine Fragmente zerstückelt und an Enden werden Adaptoren
drangehängt und Adapotoren tragen bekannte Sequenzen.
2) Cluster Generation: Reaktionen finden auf einem Objektträger statt. Und auf der Oberfläche gibt es
Primer die zu den DNA Stücken dazu passen und basenpaaren. Es kommt zu Bridgeaplifikation
(Brückenschlag). Man hat Molekül wo man Sequenz bestimmen möchte welches durch Adaptar an
Primer hybridisiert. Durch den Primer wird nächster Strang synthetisiert. Der erste Strang ist nicht
verankert und verliert man und so kommt es zu dem
Brückenschlag, weil der Strang an den nächsten Adapter bindet.
3) Sequencing: Einbau von fluoreszierenden Molekülen. So kann Nukleotidabfolge von diesem DNA
Stück ermitteln.
4) Date analysis
Variationen in Genomen können mit Signale nucleotide polymorphismus (SNPs) identifiziert werden.
SNP-maps können mittels Microarrays identifiziert werden. Auf einem Objektträger sind Oligonukleotide,
welche das gesamte Genom abdecken aufgebracht. An dieseSequenzen können markierte Sequenze
hybridisiert werden. SNP Variationen in einer isolierten Population(zBIsland) können gut zur Identifikation von
genetischen Risikofaktoren und Prädispositionen herangezogen werden.
Voraussetzung für die erfolgreiche Anwendung der PCR war die Isolierung von thermostabilen DNA-
Polymerasen. Diese wurden in Thermophilen Prokaryoten gefunden (leben in
heißen Quellen).
Rekombinante Mäuse:
Um rekombinante Mäuse zu generieren, wird das Zielgen in Embryonalen
Stammzellen (ES) Zellen durch homologe Rekombination zerstört.
Rekombinante ES Zellen werden in Blastozysten injiziert, wo diese zum sich
entwickelnden Embryo beitragen. Die Blastozysten werden in scheinschwanger
Mäuse injiziert. Ist die Injektion erfolgreich entsteht eine chimäre Maus.
Haben die transgenen Zellen zur Keimbahn beigetragen, kann eine
heterozygote Maus entstehen, die anschließend homozygotisiert wird.