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3.1 Konstitution von DNA

3.1 Konstitution von DNA
3.1 Konstitution von DNA Nature 1953, 171 , 346 "It has not escaped our notice that
Nature 1953, 171 , 346
Nature 1953, 171 , 346
3.1 Konstitution von DNA Nature 1953, 171 , 346 "It has not escaped our notice that

"It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material"

Nature 1953, 171 , 737

3.1 Konstitution von DNA

3.1 Konstitution von DNA
Zucker-Phosphat Rückgrat Wasserstoff- Base brücken
Zucker-Phosphat
Rückgrat
Wasserstoff-
Base
brücken

• 2 Polynucleotidketten laufen in entgegengesetzten Richtungen (antiparallele Doppelhelix)

• Beide Stänge winden sich um eine gemeinsame Achse

• Basen befinden sich im Inneren der Helix, Zucker/Phosphat-reste außen

• Neben Wasserstoffbrücken weitere Stabilisierung durch Basenstapel- wechselwirkungen innerhalb des gleichen Stranges

3.1 Konstitution von DNA

3.1 Konstitution von DNA
3.1 Konstitution von DNA
3.1 Konstitution von DNA

3.2

Basenpaarung

3.2 Basenpaarung

Watson-Crick-Basenpaarung

H

N H C N N O H N O G H N N N R
N
H
C
N
N
O
H
N
O
G
H
N
N
N
R
H

G•C

R

H H N N A N N
H
H
N
N
A
N
N

R

O T H O
O
T
H
O

A • T

R

3.3

Konformation von DNA

3.3 Konformation von DNA

DNA Doppelhelix kann in unterschiedlichen Strukturen vorliegen Übliche Form unter physiologischen Bedingungen:

B-Typ-Doppelhelix (B-DNA)

phys iologischen Bedingungen: B-Typ-Doppelhelix (B-DNA) - Rechtsgängige Helix aus antiparallelen Strängen -

- Rechtsgängige Helix aus antiparallelen Strängen

- Basenebenen senkrecht zur Helix-Achse

- Eine Helixwindung entspricht 10.5 Basenpaaren

- Basenpaarabstand: 3.4 Å

- Enthält große und kleine Furche, beide von außen gut zugänglich

- Wassergehalt: 95 %

- Konformation der Zucker: C2‘-endo (S)

- Nucleobasen mit anti -Konformation verknüpft

3.3

Konformation von DNA

3.3 Konformation von DNA
kleine Furche große Furche
kleine
Furche
große
Furche
H N H C N N O R N H N O G H N
H
N
H
C
N
N
O
R
N
H
N
O
G
H
N
N
N
R H
O T H H N N N H R N O N A N N
O
T
H
H
N
N
N
H
R
N
O
N
A
N
N
R

3.3

Konformation von DNA

3.3 Konformation von DNA

Hoogsteen-Basenpaarung

3.3 Konformation von DNA Hoogsteen-Basenpaarung T O R H H N H N N A N

T

O

R

H

H

3.3 Konformation von DNA Hoogsteen-Basenpaarung T O R H H N H N N A N

N

3.3 Konformation von DNA Hoogsteen-Basenpaarung T O R H H N H N N A N

H

N

N

A

von DNA Hoogsteen-Basenpaarung T O R H H N H N N A N Hoogsteen R

N

Hoogsteen

R

O T N N H R O Watson-Crick
O
T
N
N
H
R
O
Watson-Crick

dT • d(A/T)

C

H

N
N

H

R

H

N C N
N
C N
H H
H
H
H R O Watson-Crick dT • d(A/T) C H N H R H N C N
N H N
N
H
N

O

H

O

Hoogsteen

O

R

Watson-Crick

N G N
N
G
N
dT • d(A/T) C H N H R H N C N H H N H

N

R

dT • d(A/T) C H N H R H N C N H H N H

N

H

dC(H) + • d(G/C)

3.3

Konformation von DNA/RNA

3.3 Konformation von DNA/RNA

Torsionswinkel χ in Nucleosiden

Konformation von DNA/RNA Torsionswinkel χ in Nucleosiden Definition von χ Purine: O4‘-C1‘-N9-C4 Pyrimidine:

Definition von χ

Purine:

O4‘-C1‘-N9-C4

Pyrimidine:

O4‘-C1‘-N1-C2

Pseudorotationscyclus

Pseudorotationscyclus
Pseudorotationscyclus
Pseudorotationscyclus

3.3

Konformation von DNA/RNA

3.3 Konformation von DNA/RNA

Ribosekonformation

C2‘-endo und C3‘-endo bezeichnet die Lage des Atoms im Ribosering, das sich oberhalb der Ebene C4’-O-C1’ befindet.

voet 766
voet 766

N

S

Zuckerfaltung bestimmt relative Lage der Phosphatsubstituenten bezüglich der Ribose

3.3

Konformation von DNA/RNA

3.3 Konformation von DNA/RNA

Eigenschaften von A-DNA/A-RNA

- Vorkommen bei RNA-RNA- und RNA-DNA-Hybriden

- Rechtsgängige Helix aus antiparallelen Strängen

- Neigung der Basen zur Helixachse (20°), bei B-DNA: 0°

- Ribosekonformation: C3‘-endo (N) mit wenig

- Abweichung (starrere Konformation als in B-DNA)

- Kompaktere (gestauchte) Struktur

- Ganghöhe: ca. 28 Å

- Eine Helixwindung entspricht 11-12 Basenpaaren

- Große Furche tief und schmal (schwer zugänglich)

- Kleine Furche flach (leicht zugänglich)

- Dehydratisierte Doppelhelix (75 % Wasser), Überführung von B-DNA in A-DNA durch Zugabe von Alkohol

- Hohlraum um die Helixachse

- Nucleobasen mit anti-Konformation verknüpft

von B-DNA in A-DNA durch Zugabe von Alkohol - Hohlraum um die Helixachse - Nucleobasen mit

3.3

Konformation von DNA

3.3 Konformation von DNA

Eigenschaften von Z-DNA

Zum Beispiel bei d(CGCGCG) 2 (A. Rich 1979)

- Typisch für alternierende Pyrimidin-Purin-Sequenzen

- Linksgängige Helix

- Gestreckte Struktur (Ganghöhe: 45 Å)

- Zick-Zack-Anordnung des Phosphatrückgrats

- Kleine Furche tief und schmal

- Praktisch keine (sehr flache) große Furche

- Purine liegen in syn- und C3‘-endo-Konformation vor

- Pyrimidine liegen in anti- und C2‘-endo-Konformation vor

- Pyrimidine liegen in anti - und C2‘-endo - Konformation vor Biologische Rolle ist noch weitgehendst

Biologische Rolle ist noch weitgehendst ungeklärt!

- Pyrimidine liegen in anti - und C2‘-endo - Konformation vor Biologische Rolle ist noch weitgehendst

3.3

Konformation von DNA

3.3 Konformation von DNA
kl. Furche gr. tief Furche
kl.
Furche
gr.
tief
Furche

flach

A-DNA

B-DNA

Z-DNA

Vergleich

Vergleich
Vergleich

DNA-Synthese: Triestermethode

DNA-Synthese: Triestermethode
DMTrO SG DMTrO SG B B DMTrO SG O O B O HO SG B
DMTrO
SG
DMTrO
SG
B
B
DMTrO
SG
O
O
B
O
HO
SG
B
N
O
NH
N
2% I 2
CCl 3 CO 2 H
N O
O
O
O <1 min
P
O
B SG
H 2 O
O
P
O
B SG
1 min
P
O O
O
CN
pyridine
O
N O
(2:98)
CN
1-2 min
O
O
CN
β-Cyanoethyl-
phosphoramidit
nächster Synthesezyklus
HO
B SG
O
konz. NH 3 , 55 °C
Abspaltung von der Festphase
und Entschützung der Nucleobasen
O
B SG
NC

Synthese von Oligonucleotiden >100 bp möglich