Universit de la Mditerrane Biologie molculaire de la cellule 1

Facult des Sciences de Luminy Janvier 2005

LICENCE "SCIENCES DE LA VIE" (BIOCHIMIE, BIOLOGIE CELLULAIRE) Premire anne L1 Examen de Biologie molculaire de la cellule 1 Premire session 2004/2005 (Janvier 2005)

Le contrle des connaissances sur les enseignements de "Biologie molculaire de la cellule" est not sur 20 points qui se dcomposent ainsi: - contrle sur les travaux pratiques: 3 points (contrle continu, note dj acquise), - contrle sur les cours: 10 points (voir questionnaire ci-joint, sujet 1), - contrle sur les travaux dirigs: 7 points (voir sujet 2 ci-joint). Vous remettrez obligatoirement l'issue de cette preuve : - les feuilles agraphes concernant le sujet n1 (cours) (aprs avoir dtach la page 1 que vous lisez) et sur lesquelles vous aurez rpondu aux questions. - une copie d'examen sur laquelle vous aurez rpondu aux questions du sujet 2 (TD).

N'oubliez pas d'inscire vos noms, prnoms et date de naissance sur les feuilles et copies d'examen que vous remettez.

La dure de l'preuve est de 2 heures

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LICENCE "SCIENCES DE LA VIE" (BIOCHIMIE, BIOLOGIE CELLULAIRE) Premire anne L1 Examen de Biologie molculaire de la cellule 1 Premire session 2004/2005 (Janvier 2005)

SUJET 1 (COURS) (Pas de documents autoriss)

Nom (en lettres capitales): Date de naissance (obligatoire):

Prnoms: N carte d'tudiant:

(Ecrire s'il vous plat trs lisiblement)

Note/50 = ......

Note/10 = .......

Cocher d'une croix (X) la case correspondant la rponse exacte. Ne pas utiliser de crayon papier. Il y a une seule bonne rponse par question. Notation: bonne rponse = plus 1 point; rponse inexacte = moins 0,5 point; pas de rponse = 0 point. Total des points : 50, ramens 10) 1 - Les membranes biologiques sont constitues d'une bicouche lipidique dans laquelle s'insrent des protines. L'ensemble est maintenu par des interactions covalentes Vrai Faux 2 - Parmi les phospholipides rencontrs dans les membranes biologique la phosphatidylsrine a une charge nette ngative qui contribue fortement l'asymtrie des membranes plasmiques. Vrai Faux 3 - Les glycolipides de type gangliosides comportent dans leur structure plusieurs residus glycosyle. Vrai Faux 4 - Les dtergents ioniques sont en gnral utiliss pour tudier la fonction des protines. Vrai Faux 5 - La loi de Fick indique que le flux d'une molcule travers une bicouche lipidique est inversement proportionnel sa concentration. Vrai Faux

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6 - La diffusion facilite des molcules a travers la membrane plasmique.permet une vitesse de transport plus leve que dans le phnomne de diffusion simple.Ce processus est spcifique et saturable. Vrai Faux 7 - Les bicouches lipidiques sont impermables aux ions minraux. Le coefficient de permabilit des ions est de 10-12 M. Vrai Faux 8 - Dans les phnomnes d'osmose le mouvement de l'eau travers la membrane plasmisque se fait toujours du milieu le plus concentr vers le milieu le plus dilu en substances dissoutes. Vrai Faux 9 - Le mcanisme de transport actif secondaire utilise l'energie potentielle lie au gradient d'un ion 1 pour transporter une molcule 2 ou un ion 2 contre gradient. Vrai Faux 10 - Les mcanismes d'endocytose dpendant de la clathrine ncessitent que la membrane plasmique possde des rcepteurs spcifiques aux molcules endocyter. Vrai Faux 11 - Le temps de formation d'une vsicule mantele est de 1 minute. Vrai Faux 12 - Les particules de LDL sont formes de cholestrol, d'ester de cholestrol, de phospholipides et d'apoprotine rcepteurs se fait par l'intermdiaires des lipides. Vrai Faux 13 - L'tude de la squence des rcepteurs membranaires impliqus dans le mcanisme d'endocytose dpendant de la clathrine a permis d'identifier deux squences consensus permettant la liaison des rcepteurs aux adaptateurs. Parmi les trois squences proposes cidessous cocher la case correspondant l'une de ces squences consensus . YXXZ XYZX XNYX 14 - Dans les hypercholestrolmies gntiques l'anomalie mtabolique peut provenir de : l'absence, sur le rcepteur, du site de reconnaissance des LDL l'absence, dans la particule de LDL, de l'apoprotine 15 - L'accumulation d'ions Calcium dans le reticulum lisse des cellules musculaires relve d'un transport actif secondaire. Vrai Faux 16 - Pour q'une protine naissante soit transloque, il faut que la particule de reconnaissance du signal (SRP) se lie la squence signal et soit ensuite reconnue par la ribophorine. Vrai Faux

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17 - La glycosyltransfrase qui permet l'ajout de l'acide sialique (NANA) sur le chanon oligosaccharidique d'une glycoprotine en cours de maturation est localise dans les saccules cis-golgiennes. Vrai Faux 18 - Les mitochondries peuvent mesurer jusqu 10 microns de long. Vrai Faux 19 - LADN mitochondrial est situ dans lespace inter-membranaire. Vrai Faux 20 - Les cellules pithliales contiennent moins de mitochondries que les cellules cardiaques. Vrai Faux 21 - LATP synthase utilise un gradient de proton pour maintenir son activit enzymatique. Vrai Faux 22 - Les chloroplastes sont des organites semi-autonomes avec un gnome ADN. Combien y a-t-il de gnes dans le gnome chloroplastique? 10 120 550 1500 23 - Pourquoi les compartiments luminal et stromatique du chloroplaste ont-ils des volumes trs diffrents? - car il y a peu de protines dans le lumen - pour optimiser lefficacit de formation dun gradient transmembranaire de protons - pour minimiser lemploi des lipides membranaires dont la synthse ncessite beaucoup dnergie - pour maximiser la diffusion de la lumire travers le compartiment stromatique plus externe 24 - Pourquoi les gnes chloroplastiques ne sont-ils pas diffusibles dans lenvironnement? - se sont des gnes trs rares - les gnes chloroplastiques se rpliquent avec difficult - il ny a pas de plastes dans le pollen 25 - Combien y a-t-il de copies de chaque gne chloroplastique dans une cellule vgtale? 1 2 6 120 1200 10000 26 - Les histones nuclosomiques sont des protines charges ngativement Vrai Faux

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27 - Les nuclosomes sont des octomres d'histones (H). Ils sont constitus de deux molcules de H2A, deux molcules de H2B, deux molcules de H3, deux molcules de H4 Vrai Faux 28 - Toutes les cellules eucaryotes, sans exception, ont des histones nuclaires Vrai Faux 29 - Dans les chromosomes mtaphasiques l'ADN centromrique est situ au niveau des kintochores Vrai Faux 30 - Les "puffs" ou "anneaux de Balbiani" observs dans les chromosomes gants des glandes salivaires de la drosophile tmoignent d'une intense rplication de l'ADN Vrai Faux 31 - Dans les bactries la traduction est co-transcriptionnelle Vrai Faux 32 - L'ARN prribosomique 45S est coup en fragments correspondants 3 ARNr (ARNr 18S, ARNr 5,8S, et ARNr 28S). Ces coupures font intervenir les splicosomes (ou particules d'pissage) Vrai Faux 33 - L'ARN prribosomique 45S est synthtis dans le nuclole par l'ARN polymrase I Vrai Faux 34 - Le corpuscule de Barr est, dans l'espce humaine, un chromosome Y inactiv (c'est dire condens). Vrai Faux 35 - Dans les cellules eucaryotes, la molcule d'ADN de chaque chromosome possde une seule et unique origine de rplication Vrai Faux 36 - Le gnome d'Escherichia coli est de 4 700 000 paires de bases Vrai Faux 37 - Le gnome haplode humain contient 3.10 9 paires de bases Vrai Faux 38 - Pendant l'interphase les cellules eucaryotes passent chronologiquement par les phase suivantes: G1, G2 puis S Vrai Faux

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39 - Les molcules de lamine B sont ancres dans la membrane nuclaire interne par une chane hydrocarbone, hydrophobe, lie l'une de leurs extrmits Vrai Faux 40 - Le rcepteur de la lamine B est une protine de la membrane nuclaire interne Vrai Faux 41 - Les protines rsidentes du noyau contiennent toutes une mme squence dite "squence de localisation nuclaire" Vrai Faux 42 - Le densit des pores nuclares est une caractristique de chaque type cellulaire et ne varie pas Vrai Faux 43 - La prophase mitotique prend fin avec l'achvement de la rplication de l'ADN Vrai Faux 44 - Dans certaines endomitoses le fuseau mitotique est intranucliare Vrai Faux 45 - En prophase de la premire division miotique l'appariemment des chromosomes homologues dbutent au stade diplotne Vrai Faux 46 - Les chromosomes plumeux sont caractristiques du stade diplotne de la prophase I miotique Vrai Faux 47 - En mtaphase de la premire division miotique chaque chromosome (ou "bivalent") contient quatre molcules d'ADN Vrai Faux 48 - Les nodules de recombaison apparaissent dans le complexe synaptonmal au stade pachytne Vrai Faux 49 - Dans l'interphase qui spare les deux divisions miotiques successives la phase S est caractrise par son extrme brivet Vrai Faux 50 - Une spermatogonie 2n = 8 chromosomes donne, en fin de spermatogense, 4 spermatozodes dont les garnitures chromosomiques ont t alatoirement retenues parmi 16 garnitures potentielles Vrai Faux
Les croix faites au crayon papier entranent un zro aux questions correspondantes

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SUJET 2 (TD) (Pas de documents autoriss)

Le cholestrol est un lipide essentiel pour le mtabolisme et larchitecture membranaire des cellules animales. Dans lorganisme, le cholestrol est vhicul jusquaux cellules sous forme de particules, nommes LDL (Low Density Lipoproteins), dans lesquelles le cholestrol est associ dautres lipides, ainsi qu une protine appele apolipoprotine. Les LDL sont produits par le foie, et librs dans le sang pour tre dlivrs aux cellules de lorganisme. Les cellules qui ont besoin de cholestrol internalisent alors les LDL pour en extraire les lipides. Lexercice suivant illustre comment les cellules internalisent les LDL, et rgulent ce processus en fonction de leurs besoins en cholestrol. Notes : 1) Certaines questions peuvent tre traites indpendamment les unes des autres. 2) Certaines questions peuvent paratre trs faciles : dans ce cas, ne cherchez pas de complications ! 3) Rpondez de manire PRECISE ET COURTE. Une rponse inutilement longue peut vous pnaliser. 1. On cherche tout dabord dterminer par quelle voie les LDL sont internaliss. Sur des cellules en culture, on ralise une immunofluorescence indirecte, en utilisant les anticorps primaires et secondaires suivants : - un anticorps de lapin dirig contre lapolipoprotine - un anticorps de souris dirig contre la transferrine. - un anticorps de chvre, dirig contre les immunoglobulines G de lapin, coupl la fluorescine - un anticorps de chvre, dirig contre les immunoglobulines G de souris, coupl la rhodamine. a) Faites un schma simple illustrant le principe de la dtection de la transferrine et de lapolipoprotine, lors de cette exprience dimmunofluorescence. b) On observe, en microscopie confocale fluorescence, que les signaux mis par la fluorescine et la rhodamine se recouvrent. Que dduisez-vous de cette observation, sachant que la transferrine est une protine prsente dans des endosomes et internalise par endocytose dpendante de clathrine ? 2. On cherche ensuite prciser le mcanisme dendocytose des LDL. Des cellules en culture sont incubes 4C pendant 5 heures, en prsence de LDL dont lapolipoprotine a t marque la radioactivit. Aprs diffrents temps dincubation, le milieu de culture est retir, le tapis cellulaire est lav, et la radioactivit des cellules est mesure (figure 1, courbe A). La mme exprience est ralise en augmentant la quantit de LDL radioactifs lors de lincubation (courbe B), ou en traitant le tapis cellulaire avec une protase avant la mesure de sa radioactivit (courbe C).

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Figure 1

10

radioactivit (units arbitraires)

8 6 4 2 0 0 1 2 3 4 5

A B C

temps (heures)

a) Quel est, de manire gnrale, leffet dune basse temprature (4C) sur linternalisation par endocytose ? b) Quindiquent les courbes A et B quant au mcanisme dendocytose des LDL ? A quoi correspond le plateau de ces courbes ? c) La courbe C confirme-t-elle votre interprtation ? (justifiez brivement votre rponse) 3. Les cellules rgulent leur taux dinternalisation des LDL en fonction de leurs besoins en cholestrol. On cherche comprendre comment cette rgulation est ralise. On analyse par Northern blot lexpression du gne codant le rcepteur aux LDL (LDLR), dans des cellules cultives soit en prsence, soit en absence de LDL. Rappelons que la technique de Northern blot permet dvaluer la quantit dun ARNm donn, en mesurant lpaisseur de la bande correspondant cet ARNm aprs migration sur un gel. Les rsultats de cette analyse sont prsents au niveau des lignes 1 et 2 de la figure 2. Les cellules tudies sont notes wt (wild type = cellules normales). La ligne 1 prsente la quantit dARNm LDLR dans des cellules cultives en prsence de LDL (+), et la ligne 2, dans des cellules cultives en absence de LDL (-).

type cellulaire : wt LDL dans le milieu : + 1

wt

+
3

4 ARNm LDLR

Figure 2 + indique que des LDL ont t ajouts dans le milieu de culture des cellules - indique labsence de LDL dans le milieu de culture

a) Quindiquent les rsultats des lignes 1 et 2 ? b) Daprs ce rsultat, expliquez comment une cellule peut augmenter son approvisionnement en LDL, en cas de besoin en cholestrol. 4. On sintresse maintenant une protine appele SREBP.

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a) On dispose de cellules (notes m sur la figure 2) dans lesquelles la protine SREBP est mute. On tudie par Northern blot lexpression du gne LDLR dans ces cellules m, soit en prsence, soit en absence de LDL. Les rsultats sont prsents au niveau des lignes 3 et 4 de la figure 2. Que montrent ces rsultats ? b) SREBP est un facteur de transcription. On remarque que dans des cellules wt, SREBP est localis au niveau de la membrane plasmique lorsque les cellules sont cultives en prsence de LDL, et est transloqu dans le noyau lorsque le milieu de culture ne contient pas de LDL. Formulez une hypothse expliquant comment SREBP peut intervenir dans la rgulation de linternalisation des LDL.