Comunicao e Redes

Prof. Dra. Itana Stiubiener

Comunicao de informao biolgica atravs das molculas DNA e RNA.

Alunos
Giovanna Gonalves de Misquita e Silva Guilherme Frizzi Galdino da Silva Kamila da Silva Falco

Smrio

Resumo Introduo Desenvolvimento Concluso

01 01 02 06

Resumo
Aps a era genmica a quantidade de dados relacionados as redes de interaes entre as unidades que compem uma clula se tornou imensa, em geral esses dados podem ser representados por redes complexas. Apresentaremos uma introduo s redes complexas em biologia, verificando que muitos processos biolgicos, como a atividades exercidas pelo DNA, RNA e protenas, que podem ser representados por grafos, pela composio das redes celulares.

Introduo
Uma rede composta pela ligao de dois ou mais indivduos (objetos, pessoas, clulas, etc.) interligadas uns aos outros. Uma rede permite assim, circular elementos materiais, ou no, entre cada um destes indivduos, de acordo com regras definidas. Um exemplo de relao de individuo e rede a comunicao de informaes biolgicas atravs dos sistemas da molcula de DNA e RNA. As molculas de DNA possuem as instrues que coordenam o

desenvolvimento e o funcionamento dos seres vivos, e responsvel pela transmisso das caractersticas hereditrias de cada ser vivo. Funcionam como se fossem redes interligadas que so organizadas e seguem um sistema padro que modulam o sistema como um todo. As molculas de RNA so responsveis pela sntese de protenas das clulas, ela funciona como um sistema (rede) ligando o RNA mensageiro ,transportador e ribossmico Atualmente temos uma grande quantidade de informaes relacionada com as redes que compem uma clula e o seu sistema geral. Esse sistema pode ser relacionado com uma rede complexa. Redes complexas so definida como aquela cuja estrutura no segue um padro regular, que modulam sistemas grandes , como o que ser apresentado nesse trabalho.

Desenvolvimento
Aps as pesquisas sobre o genoma humano, surgiram uma imensa quantidade de dados relacionadas a transcrio da informao gentica e s redes de interao que compe esse tipo de processo. O processo biolgico por si s, um processo complexo, e para a se modelar de maneira correta esse tipo de problema, utilizamos o auxilio de grafos e de teorias de redes complexas, j que a informao vem com erros e muitas vezes incompletas Estamos cercados de coisas que consideramos vivas, e que portanto possuem um ciclo de vida complexo, que envolve a traduo e transcrio de informao gentica. Essas informaes e interaes podem ser representadas na forma de grafo, compondo redes celulares e so essas redes que representam a maquinaria que executa as informaes contidas no genoma transformando-as em atividade biolgica da qual a vida surge. O mecanismo de regulao do ciclo celular um sistema formado por sinais que atuam em momentos especficos, muitas vezes atravs do processo de retroalimentao. Esses sinais controlam a atividade celular principalmente por meio de sua ao reguladores de padres de expresso gnica. As protenas produzidas como conseqncia de expresso gnica formam complexos que so uteis para o controle celular. Eles interagem com outros complexos, ou seja, com outras redes, controlando assim as vias metabolicas e enviando sinais de realimentao para os nveis de transcrio e traduo, que iro controlar a fabricao de novas protenas.

Figura 1. Esquema simplificado de processo gnico.

Esse tipo de dependncia entre os genes e a dinmica atravs do tempo, permite modelar essa complexa rede de interaes como um sistema dinmico.

As redes presentes em uma clula se ligam em outras redes que funcionam em conjunto, formando uma estrutura hierrquica que compe todo o nosso organismo. As informaes contidas no organismo possibilitam a formao de protenas que so a base da execuo de funes biolgicas. Para ser possvel a formao de um processo biolgico, temos que os genes podem ser ativados ou inibidos de acordo com fatores de transcrio ou inibio. Esse tipo de regulao pode ser representado por um esquema de ns e arestas, onde os ns representam os genes e as ligaes representam ativao ou inibio do gene. Por exemplo, se temos uma ligao indo do ponto 1 ao ponto 2, a ligao entre eles pode significar no contexto, a protena transcrita a partir do gene 1 que atua como fator de ativao ou inibio para o gene 2. 1 2

figura 2: Componente complexa da rede de transcrio gentica.

Embora o genoma humano esteja todo traduzido e dessa forma ns tenhamos todo o mapa biolgico de redes regulatrias que controlam os processos biolgicos, a nica questo que nos resta como capturar essas informaes e traduzi-las em termos de processos lgicos e computacionais. Dessa forma, fazemos vrios tratamentos. Podemos analisar, por exemplo a estrutura da rede em relao as funes executadas pela rede biolgica de maneira modular, onde existem grupos de ns altamente conectados entre si e pouco conectados com outros grupos, e nesse caso se explica a correlao entre eles.

As informaes necessrias para a execuo de atividades biolgicas esto armazenadas na biblioteca conhecida como genoma, essas informaes esto codificadas atravs de um cdigo qumico linear contido na molcula de DNA, composta de nucleotdeos. O DNA traduzido e utilizado para construir as protenas. A codificao da informao do DNA apresenta uma srie de aspectos positivos assim clulas no precisam manter um estoque de todas as protenas, portanto elas so produzidas s quando necessrias. No caso da codificao, traduo e erro do DNA temos uma grande diferena de outros casos por se tratar de sistemas vivos. As interaes necessrias entre essas protenas e outras molculas podem ser representadas atravs de grafos, essas redes de representaes de informaes genticas esto submetidas evoluo. A molcula de mRNA o resultado da transcrio e a mediadora da propagao das mensagens e essa traduzida em aes pelas protenas associadas a cada uma das mensagens, logo esse fluxo de informao unidirecional, e pode ser representada por um grafo direcional. Esse tipo de regulao gnica composta pela interao entre os diversos tipos de RNA. A modelagem de redes desse tipo tem importncia no entendimento da situao quando se altera a disponibilidade dos metabolitos ou algum gene para de funcionar. Aps analise dos princpios bsicos de regulao e transcrio gnica, percebemos que necessria a considerao das interaes no lineares, realimentao positiva e negativa e interao entre diferentes vias metablicas. Um outro modelo possvel, alm de grafos, para se modelar redes genticas o modo com lgebra booleana, onde a rede mais simples. Esse modelo consiste de n ns, cada um representando um gene, que pode estar expresso ou no e a dinmica da rede determinada por n funes booleanas. Cada funo booleana recebe K ns de entrada que determinam atravs de regras lgicas e o estado seguinte deste n depende do estado dos ns de entrada. Esse modelo pode representar uma rede gnica, pois a expresso gnica tende a ter um comportamento mais continuo que binrio, mas por muitos genes terem comportamento biestvel, o modelo binrio d uma boa aproximao. A partir da determinao do tipo de redes que utilizaremos, podemos

determinar um tipo de rede probabilstica, de forma que temos a probabilidade do evento futuro, dada a historia passada. Ou seja, se temos dois estados, sendo X o estado antes da transcrio e Y o estado depois da transcrio, podemos caracterizar uma distribuio de probabilidade de um vetor aleatrio aparecer relacionando os dois momentos, lembrando que estamos trabalhando com uma quantidade enorme de genes, e os eventos possveis so muitos. J com a rede determinada, podemos tambm montar um esquema matemtico de como escolher os melhores preditores para cada gene alvo da rede e assim identificar as dependncias dinmicas entre os genes. Tambm podemos realizar clculos para mtodos de erros das estatsticas e de excluso de alguns fatores da amostra, a fim de deixar a rede mais sucinta.

Concluso
No trabalho apresentado, temos uma explanao da importncia do conceito de multidisciplinaridade no processo de aprendizagem. A aplicao das redes genticas importante tanto na rea de cincia da computao, estatstica, bioinformtica e biologia. Na rea de estatstica, podemos utilizar as redes complexas no reconhecimento de padres, onde a partir de um conjunto, reconhecemos subconjuntos caractersticos com o menor custo associado. Na rea de biologia, esse tipo de analise foi importante para se ter uma explicao lgica modelada na forma de grafos para a melhor visualizao da situao. Na rea de bioinformtica, foi descrito um mtodo abrangente para a modelagem de redes genticas utilizando como entrada o mtodo de grafos e lgebra booleana. Dessa forma, foi mostrado de maneira muito mais clara o intuito de se utilizar a modelagem de sistemas complexos para a aplicao de problemas na rea de cincia e da tecnologia.