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EquipoKZ
Kontrol Zellen
Reporte de avances Modelo RFP
15 de Julio 2011
Resultados Preliminares
CINVESTAV
Centro de Investigaciones y Estudios Avanzados Unidad Irapuato
Resultados Preliminares
Recuperar Biopartes Purificacin de los fragmentos a ligar Ligacin de los fragmentos T-RD Desarrollo del perfil de temperatura-nivel de fluorescencia Pruebas de crecimiento a diferentes temperaturas
Extraccin de plsmidos
Digestin
Purificacin de banda
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CINVESTAV
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Resultados Preliminares
Tercera Etapa
CINVESTAV
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II Taller de Biologa Sinttica - Proyecto KONTROL ZELLEN II Taller de Biologa Sinttica - Proyecto KONTROL ZELLEN
Recuperar Biopartes
Extraccin de plsmidos
Digestin
Purificacin de banda
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El primer paso fue recuperar los biobricks de los platos, resuspendiendo el DNA en Agua desionizada teida con un colorante rojo
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CINVESTAV
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Resultados Preliminares
Recuperar Biopartes
Purificacin de los fragmentos a ligar Ligacin de los fragmentos T-RD Desarrollo del perfil de temperatura-nivel de fluorescencia Pruebas de crecimiento a diferentes temperaturas
Extraccin de plsmidos
Digestin
Purificacin de banda
CINVESTAV
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4000
1500
La extraccin del plsmido de las clulas se realiz usando un miniprep, y se corri una electroforesis en gel de agarosa al 1% durante una hora
500
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Resultados Preliminares
Recuperar Biopartes
Purificacin de los fragmentos a ligar Ligacin de los fragmentos T-RD Desarrollo del perfil de temperatura-nivel de fluorescencia Pruebas de crecimiento a diferentes temperaturas
Extraccin de plsmidos
Digestin
Purificacin de banda
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Resultados Preliminares
Esquema de la primera etapa de digestiones
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Resultados Preliminares
La primera etapa de digestiones se realiz utilizando una combinacin de buffer-enzimas para cada muestra Promotor C S P S +P RNA termmetro C X X P P 3529 bp 68 bpbp 75
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2170 bp
500
X+P
Resultados Preliminares
X X E E E+X
E+X
Fig. 2b Digestiones de plsmido
C plsmido sin digerir E EcoRI S - SpeI P PstI X - XbaI
Terminador C E X C
RFP
3000 bp
5000
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Resultados Preliminares
Recuperar Biopartes
Purificacin de los fragmentos a ligar Ligacin de los fragmentos T-RD Desarrollo del perfil de temperatura-nivel de fluorescencia Pruebas de crecimiento a diferentes temperaturas
Extraccin de plsmidos
Digestin
Purificacin de banda
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Resultados Preliminares
3189 bp D X+E 681 bp R 3529 bp T X+P 2170 bp P S+P
3000 bp
5000 1500
500
Las bandas obtenidas en la electroforesis fueron cortadas y purificadas con un kit zymo para recuperacin de DNA
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S+E
Resultados Preliminares
Recuperar Biopartes
Purificacin de los fragmentos a ligar Ligacin de los fragmentos T-RD Desarrollo del perfil de temperatura-nivel de fluorescencia Pruebas de crecimiento a diferentes temperaturas
Extraccin de plsmidos
Digestin
Purificacin de banda
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Resultados Preliminares
Las bacterias transformadas no crecieron en el medio con kanamicina, en el gel de la electroforesis de las ligaciones mostr 5 bandas en el mismo canal. Se repiti la reaccin de ligacin a partir de la digestin, esta vez se us un control de ligacin, uno de los plsmidos (termmetro) fue cortado con EcoRI y tratado de la misma manera que las muestras.
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Resultados Preliminares
Recuperar Biopartes
Purificacin de los fragmentos a ligar Ligacin de los fragmentos T-RD Desarrollo del perfil de temperatura-nivel de fluorescencia Pruebas de crecimiento a diferentes temperaturas
Extraccin de plsmidos
Digestin
Purificacin de banda
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Resultados Preliminares
T
5000
1500
500
Se realiz una segunda etapa de miniprep pues las cantidades de termmetro y promotor no fueron ptimas
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Resultados Preliminares
3529 bp T S+P 681 bp R S+E 3189 bp D
Control X
3000 bp
5000
1500
500
Fig 5. Digestiones para obtener biopartes (para purificacin de banda) Control Digestin simple de RNA termmetro con XbaI
En la segunda etapa de purificacin fue posible recuperar las bandas y purificarlas de la misma manera que en la anterior etapa.
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X+E
Resultados Preliminares
3529 bp
T 3000 bp 5000
681 bp
R D
3189 bp
C
1500
500
Fig 6. Purificaciones para iniciar las construcciones Control Digestin simple de RNA termmetro con XbaI
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Resultados Preliminares
R
Kit
P 5000
1500
500
Fue necesaria una tercera etapa de miniprep para garantizar una reserva de los plsmidos en caso de fallar en la ligacin nuevamente
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Resultados Preliminares
Recuperar Biopartes
Purificacin de los fragmentos a ligar Ligacin de los fragmentos T-RD Desarrollo del perfil de temperatura-nivel de fluorescencia Pruebas de crecimiento a diferentes temperaturas
Extraccin de plsmidos
Digestin
Purificacin de banda
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Resultados Preliminares
Para la segunda etapa de ligacin, se realizaron modificaciones a las proporciones plsmido/inserto, esta vez con 1:1, 1:3 y 1:5 y no 1:2 como se haba planteado inicialmente. Posterior a la ligacin, este fragmento fue utilizado para transformar clulas competentes de E. coli Top10 una vez mas.
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Resultados Preliminares
Resultados Preliminares
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Resultados Preliminares
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Resultados Preliminares
5000
1500
500