Unter Sekundärstruktur versteht man die Art und Weise der Kettenfaltung, wie sie
durch Ausbildung von Wasserstoffbrücken (H-Brücken) zwischen dem Sauerstoff der
Carbonylgruppe und dem Wasserstoff der Amidgruppe einander gegenüber liegender
Peptidbindungen zustande kommen. Bilden sich die H-Brücken innerhalb einer
Peptidkette aus, kommt es zu einer schraubigen Auffaltung, der Helix (wobei die α-
Helix mit 3,6 Aminosäureresten je Windung die häufgste Form ist). Liegen
intermolekulare Brücken vor, so entsteht die Faltblattstruktur (β-Struktur; Abb. bei
Faltblattstruktur).
Eigenschaften der P. Alle P. haben eine hohe relative Molekülmasse Mr, die von
10 kDa (Dalton) bei kleinen Einketten-P. bis zu mehreren Mio. kDa bei P. mit
mehreren Untereinheiten betragen kann. Entsprechend ihrer Molekülgröße und -
gestalt gehören die P. zu den Kolloiden. Sie dialysieren nicht (Dialyse), bilden keine
echten Lösungen, zeigen den Tyndall-Effekt und haben eine relativ hoheViskosität.
Infolge der großen Anzahl ionisierter Gruppen im Molekül haben P. hohe
Dipolmomente. Besonders charakteristisch ist die Ampholytnatur der P., die auf der
gleichzeitigen Anwesenheit freier saurer und basischer Gruppen im Proteinmolekül
beruht. Die Ampholytnatur ist von entscheidender Bedeutung für ihre Pufferwirkung
in biologischen Systemen. Aufgrund der Hydratation sind die globulären P. in der
Lage, hydrophobe Substanzen einzuschließen und vor Ausflockung zu schützen.
Diese Schutzkolloidfunktion ist für die Stabilisierung von Körperflüssigkeiten wichtig.