Chapitre 1 LE MTABOLISME NERGTIQUE Le Mtabolisme INTRODUCTION

F. LAURO

Pour assurer sa survie et ses rles physiologiques, la cellule doit effectuer 4 fonctions spcifiques : Extraire lnergie chimique du milieu ambiant * Soit en capturant lnergie solaire. * Soit en dgradant les substances nutritives riches en nergie contenues dans lenvironnement. Transformer les aliments exognes en matriaux de construction ou en prcurseurs des composants macromolculaires de la cellule. Polymriser les prcurseurs monomriques en protines, acides nucliques, lipides, polysaccharides, et autres composants cellulaires. Synthtiser ou dgrader les biomolcules ncessaires aux fonctions spcialises de la cellule.

Le mtabolisme peut tre considr comme une activit de la cellule lui permettant daccomplir les quatre fonctions ci-dessus. Cette activit est fortement coordonne et dirige et de nombreux systmes multienzymatiques interviennent. De manire plus simplifie, on peut considrer le mtabolisme comme lensemble des transformations des molcules organiques des cellules vivantes, catalyses par des enzymes. Cest galement la somme du catabolisme et de l'anabolisme.

I.

CATABOLISME ET ANABOLISME

A. LE CATABOLISME Le catabolisme est la phase du mtabolisme au cours de laquelle les molcules nutritives organiques (glucides, lipides et protines) sont dgrades et transformes en produits plus petits et plus simples (par exemple, acide lactique, CO2, NH3). Les voies cataboliques librent de lnergie libre dont une partie est conserve par la formation dATP et de transporteurs dlectrons rduits (NADH et NADPH). B. LANABOLISME Lors de lanabolisme, galement appel biosynthse, des prcurseurs simples et de petites tailles sont associs pour former des molcules plus grandes et plus complexes, notamment les protines, acides nucliques, lipides, polysaccharides. Les ractions de lanabolisme ncessitent un apport dnergie libre, fournie par lhydrolyse de lATP ou par le pouvoir rducteur du NADH ou du NADPH.

II.

LES DIFFRENTS TYPES TROPHIQUES

A. CLASSIFICATION SELON LA SOURCE DE CARBONE UTILISE Les cellules peuvent tre divises en deux grands groupes suivant la source de carbone quelles utilisent. Les cellules autotrophes (qui se nourrissent elles-mmes) utilisent du dioxyde de carbone comme unique source de carbone et laborent partir de lui leur biomolcules carbones. Les cellules htrotrophes ( qui tirent leur nourriture des autres ), ne peuvent pas utiliser le dioxyde de carbone et utilisent donc le carbone sous une forme relativement complexe : C organique, comme par exemple le glucose.
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B. CLASSIFICATION SELON LA SOURCE DNERGIE UTILISE Les cellules peuvent aussi tre classes selon un second critre : la source dnergie utilise. Les cellules phototrophes : utilisent la lumire comme source dnergie.

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Les cellules chimiotrophes : utilisent les ractions doxydorduction comme source dnergie. Dans ce cas, les lectrons ncessaires ces ractions sont fournis la cellule : - Soit par des molcules organiques : on parle de (chimio)-organotrophes. - Soit par des molcules minrales : on parle de (chimio)-lithotrophes. (lithos en grec = pierre).

III.

NOTIONS DE BIONERGTIQUE

A. LES DIFFRENTES FORMES DNERGIE DANS LA CELLULE Lnergie cellulaire peut se manifester sous diffrentes formes : Energie calorifique = production de chaleur Energie chimique contenue dans les molcules Energie mcanique = mouvements des muscles Energie osmotique = gradient de concentration Energie lectrique = gradient ionique (Na + / K +) B. NERGIE LIBRE DUNE RACTION Soit une raction : A B Etat initial Etat final Chacun de ces tats se caractrise par une nergie interne H, qui est fonction de la temprature, de la pression, de la concentration en molcules. Au cours de la raction, on va passer dune valeur dnergie HA une valeur HB. Il apparat donc une variation dnergie, qui est par convention: H = HB - HA appele enthalpie

Lenthalpie dun compos chimique peut tre dtermine par combustion complte de ce compos dans un calorimtre, pression constante. H nest pas utilisable en totalit pour fournir un travail (mcanique, lectrique ), car il y a toujours de pertes, notamment en chaleur. La fraction utilisable la ralisation dun travail est donc infrieure H. Cette fraction est appele nergie libre et est note G. Lnergie libre est donc lnergie capable de fournir un travail dans des conditions de temprature constante et de pression constante ; elle est donne par lquation : [B] G = G0 + RT Ln [A]
R = constante des gaz parfaits = 8,31 J/mol/K T = t exprime en degrs Kelvin = t C + 273

G0 reprsente la variation dnergie libre de cette raction dans des conditions dites standards, arbitrairement dfinies. On lappelle la variation dnergie libre standard. En chimie : mesure ralise quand P = 1 atm. [A] = [B] = 1 mol/L.. t = 25 C pH = 0 ( [H+] = 1 mol/L ).
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En biochimie : mesure ralise quand P = 1 atm. [A] = [B] = 1 mol/L.. t = 25 C pH = 7 ( [H+] = 10-7 mol/L ). Variation dnergie libre standard est G 0

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Lorsque lquilibre de la raction A B est atteint, il ny a plus dchange dnergie et G = 0 Donc, lquilibre, et dans des conditions biochimiques proches de celles du milieu cellulaire : [B]eq 0 = G0 + RT Ln [A]eq Avec [B]eq = K eq, constante dquilibre de la raction. [A]eq Donc G0 = - RT Ln Keq

C. RACTIONS EXERGONIQUES ET ENDERGONIQUES G0 est une constante pour une raction biochimique donne dans des conditions prcises de temprature, pression et concentration. Le signe de G0 ne permettra donc de dterminer si la raction est spontanment possible ou non, que dans ces conditions prcises.

G, en revanche est la valeur de lnergie libre relle de la raction biochimique. Donc une raction spontane dans les conditions standards peut ne pas ltre dans les conditions relles, et inversement. La connaissance de la valeur, mais surtout celle du signe de G, permettra alors de faire la diffrence entre une raction exergonique et une raction endergonique. Soit la raction A B, caractrise par les nergies libres GA et GB .

Si G = GB - GA > 0, alors GB > GA : la raction demande de lnergie au milieu : elle est endergonique et nest pas spontanment possible de A vers B. Si G = GB - GA < 0, alors GB < GA : la raction fournit de lnergie au milieu : elle est exergonique et sera spontanment possible de A vers B. Voir Exo N1. CAS DES RACTIONS DOXYDO-RDUCTIONS 1. Rappels sur les ractions doxydorductions Dans les ractions doxydorduction, on dfinit des couples redox. Une substance oxydante accepte des lectrons, alors quune substance rductrice cde des lectrons. Ox1 + neRed2 Red1 : REDUCTION Ox2 + ne- : OXYDATION D.

Ox1 + Red2 Ox2 + Red1 : OXYDOREDUCTION Une oxydation est une perte dlectrons (ou de H+) alors quune rduction est un gain dlectrons.
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2. Potentiel redox et loi de Nernst Un procd lectrochimique permet de quantifier avec quelle force un rducteur tend perdre ses lectrons (ou un oxydant capter ses lectrons). Il suffit de deux mlanges de couples redox relis par des lectrodes, dans un systme semblable celui des piles. Le potentiel redox E dun systme redox est la tension en V que lon mesure entre le systme H+/H2 (dans lequel plonge une lame de platine, ce qui constitue llectrode de rfrence), et un autre systme contenant un mlange dun oxydant et de son conjugu rduit.

Le potentiel redox dun couple est dtermin par la loi de Nernst : RT E = E0 + nF Ln [Red] [Ox]
n = nombre dlectrons F = cste de Faraday = 96.500 J.V-1.mol-1

E0 reprsente le potentiel du couple (Ox/Red), mesur dans des conditions dites standards, arbitrairement dfinies, par rapport llectrode de rfrence. On lappelle potentiel standard doxydorduction. En chimie : mesure ralise quand P [H2]= 1 atm. [Ox] = [Red] = 1 mol/L.. t = 25 C pH = 0 ([H+] = 1 mol/L). En biochimie : mesure ralise quand P = 1 atm [Ox] = [Red] = 1 mol/L.. t = 25 C pH = 7 ([H+] = 10-7 mol/L). Le potentiel du couple (Ox/Red) est alors E0

Quand on met 2 couples redox en prsence, il y a raction doxydorduction : Ox1 + Red2 Ox2 + Red1

La diffrence de potentiel produite par cette raction est gale : E = E(ox1/Red1) - E(ox2/Red2) La loi de Nernst donne alors : RT E = E0 + nF Ln [Red1].[Ox2]
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[Ox1].[Red2]

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Par analogie avec la variation dnergie libre, on peut dire que lorsque E = 0, alors : RT E0 =

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[Ox1].[Red2] Ln
Sassimile G0

nF Donc, E0 = - G0 / nF, do

[Red1].[Ox2]

G0 = - nF E0 On peut donc alors prvoir le sens de la raction et sa spontanit. Si E0< 0, alors G0 > 0 : la raction nest pas spontanment possible. Si E0> 0, alors G0 < 0 : la raction est spontanment possible. On remarque donc quune raction doxydorduction Ox1 + Red2 sens quand E0(ox1/Red1) > E0(ox2/Red2). Ox2 + Red1 se droule dans ce

EN EFFET, LES LECTRONS SE DPLACENT SPONTANMENT DU COUPLE AU POTENTIEL LE PLUS FAIBLE VERS LE COUPLE AU POTENTIEL LE PLUS FORT.
Le rducteur est celui du couple qui a le potentiel le plus bas.

CE DPLACEMENT EST ACCOMPAGN DUNE LIBRATION DNERGIE.

On peut utiliser aussi la rgle du Gamma : Echelle des E0 Ox 1 Red 1

Soit Ox1 + Red2

Ox2 + Red1

Ox 2 Voir Exos N 2 et 3.

Red 2

IV.

LE COUPLAGE NERGTIQUE

Les ractions danabolisme sont endergoniques, elles ont donc besoin dnergie pour se raliser ; ce sont les ractions du catabolisme (exergoniques) qui vont leur fournir cette nergie. Mais dans la plupart des cas, les ractions endergoniques et exergoniques ne se passent pas au mme endroit. La cellule dispose de formes chimiques capables de capter lnergie, de la vhiculer et de la restituer; ce sont des composs haut potentiel nergtique. La forme chimique la plus frquente est lATP.

Cela reprsente un double avantage: Lnergie libre provenant de ractions trs diverses se retrouve sous une forme unique (utilisable par un trs grand nombre denzymes).
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Quel que soit le lieu o elle est forme, lnergie est aisment transporte travers la cellule sous forme dune molcule qui peut facilement diffuser. On parle de couplage lorsque 2 ractions chimiques se suivent de telle faon que lun des produits de la premire raction constitue le substrat de la deuxime raction. A+B C+D

D+E

F+G

Le compos D qui ralise le lien est lintermdiaire de couplage. Dans la cellule presque toutes les ractions procdent de la sorte. Pour que lnergie soit transfre par un tel procd il faut quelle soit contenue dans D. Cest par ce mcanisme que lATP rcupre lnergie des ractions chimiques, mais cest aussi par ce mcanisme quil la restitue aux ractions qui ncessitent de lnergie. On parle de couplage nergtique. Ex : synthse du saccharose Glucose + Fructose Saccharose + H2O

G0 = 23 kJ / mol G0 = - 7 kJ / mol G0 = 0 kJ / mol

Comment se fait lapport des 23 kJ / mol ? Il y a couplage entre deux ractions : Glucose + ATP Glucose-1-P + Fructose Glucose-1-P + ADP Saccharose + Pi

Le Glucose-1-P est ici lintermdiaire de couplage.

V.

LES COMPOSS A HAUT POTENTIEL NERGTIQUE

Dfinition : on appelle compos haut potentiel nergtique, un compos dont la variation dnergie libre standard dhydrolyse est infrieure -20 kJ / mol. La liaison concerne est dite haut potentiel nergtique. EXEMPLES DE COMPOSS RICHES EN NERGIE 1. LATP Rappel de la structure : Adnine

A.

Ribose

Liaison ester Liaisons anhydrides Hydrolyse de lATP : La molcule dATP possde trois liaisons susceptibles de shydrolyser: les deux liaisons anhydrides et la liaison ester. Seulement les deux liaisons anhydrides sont frquemment rompues. ATP + H2O ADP + H2O ATP + H2O ADP + Pi ADP + Pi AMP + PPi G0 = -30 kJ / mol G0 = -30 kJ / mol G0 = -30 kJ / mol

Dans la cellule, la premire est la plus frquente.

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2. Autres composs haut potentiel nergtique Voir document N1.

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3. Position de lATP parmi les composs phosphoryls Dautres composs dans la cellule sont phosphoryls, mais ne sont pas des composs haut potentiel nergtique. Ex. : Le glucose-6-phosphate. Glucose-6-phosphate + H2O

Glucose + HPO42-

G0 = - 13.8 kJ / mol

On peut classer ainsi les composs phosphoryls suivant leur Gdhydrolyse. Voir document N2. Il apparat que lATP occupe une position centrale parmi ces composs phosphoryls. Ceci met bien en vidence le rle central de lATP dans les changes dnergie. En effet, dans la cellule, des composs tels que le phosphonolpyruvate (PEP) form spontanment au cours de ractions doxydorduction, restituent lnergie emmagasine lATP. Par contre des composs tels le glucose-1-phosphate ne peuvent tre synthtiss que lors dapport dnergie par lATP. LATP, grce cette position intermdiaire dans lchelle des G dhydrolyse, joue le rle daccepteur ou de donneur dnergie dans la cellule. 4. Exemple : change dnergie entre ATP et cratine phosphate Dans la cellule musculaire, la cratine permet de stocker de lnergie partir dATP selon la raction: Cratine + Pi cratine-P + H2O G = + 44 kJ / mol G = - 30 kJ / mol G = + 14 kJ / mol

ATP + H2O ADP + Pi _________________________________________ cratine + ATP cratine-P + ADP

La raction de formation de la cratine phosphate partir dATP est une raction endergonique. Cependant dans certaines conditions, elle est nanmoins possible dans la cellule. En effet daprs la relation : [ ADP ] [ Cratine Ph ] G = G0 + RT Ln

[ ATP ] [ Cratine ] Quand la cellule musculaire a besoin dnergie, la concentration en ATP diminue et celle dADP augmente. Donc Keq augmente, et G augmente jusqu devenir positif, la raction se fera dans le sens de formation de cratine ; le muscle utilise ses rserves de cratine phosphate. Inversement, si la cellule musculaire na pas besoin dnergie, la concentration en ATP est leve, donc Keq diminue, do G deviendra ngatif ; le muscle fait des rserves de cratine phosphate (rserves nergtiques) lorsque le muscle est au repos.

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B. MCANISMES DE FORMATION DATP Deux mcanismes sont employs par la cellule pour permettre lATP de rcuprer lnergie des molcules organiques. phosphorylation au niveau du substrat phosphorylation oxydative

1. Phosphorylation au niveau du substrat Au cours de loxydation des substrats cellulaires, il apparat des substances haut potentiel nergtique (HPE) qui vont fournir lnergie lATP suivant un mcanisme bien prcis. Exemple voir document N3. 2. Couplage chimio-osmotique LATP peut tre form au niveau de la chane respiratoire, au cours de la phosphorylation oxydative. Ce mcanisme sera vu en dtail dans le chapitre 2 du mtabolisme. C. EXEMPLE DUTILISATION DE LATP Dans la membrane plasmique il existe une pompe sodium/potassium qui permet de maintenir la diffrence de concentration entre lintrieur et lextrieur de la cellule. Les ions K sont intracellulaires: en forte concentration dans la cellule Les ions Na sont extracellulaires: en forte concentration lextrieur de la cellule Cette pompe fonctionne en expulsant le Na vers lextrieur de la cellule et en faisant rentrer le K . Le dplacement de ces ions se fait contre le gradient lectrochimique donc ncessite de lATP. Voir documents N4 et 5. Le maintien de ce gradient par la pompe sodium/potassium responsable du potentiel de la membrane reprsente presque un tiers des besoins nergtiques de la cellule. Dans la cellule nerveuse lectriquement active, o la propagation de linflux nerveux est due une variation brutale de ce gradient, le besoin nergtique slve mme 2/3. CONCLUSION : LATP fournit de lnergie de nombreux systmes. Vue densemble de lutilisation de lATP dans le mtabolisme Voir document 6.
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