APPENDIX I.

PARAMETERS IN THE ORIGINAL MODEL

Parameters for entities:

Name Variable Initial concentration
FasL:Fas m3 0
procaspase-8 m5 39.039
DISC m6 60.961
FasL:Fas:DISC m7 0
caspase-8 m8 0
BID m11 100
BID C terminal m13 0
cytochrome c m16 0
Apaf-1 m17 39.039
dATP m18 39.039
complex A m20 0
procaspase-9 m21 100
complex B m22 0
caspase-9 m23 0
procaspase-3 m25 100
DFF m30 100
DFF40 m32 0
DFF45 fragment m33 0
n19 m34 0
n20 m35 0
oligomer of DFF40 m36 0
DNA m37 100
DNA fragment m39 0
Fas ligand m1 600
Fas ligand trimer m2 0
cas9:pro3 m26 0
caspase-3 m27 0
cas8:DISC m9 0
cas8:pro8 m10 0
cas8:BID m12 0
cas9:pro9 m24 0
cas3:pro3 m28 0
cas8:pro3 m29 0
cas3:DFF m31 0
DFF:DNA m38 0
BID C terminal in mitochondrion m14 0
cytochrome c in mitochondrion m15 0
Apaf1:dATP m19 60.961
FADD m4 39.039
Parameters for transitions:

Name reaction rate n60 m26*10

n100 m25/200 n61 m8/200
n101 m28/200 n62 m8*m5/80000
n102 m29/200 n63 m8*m6/80000
n103 0.5 n64 m10*10
n104 m30/200 n65 m12*10
n105 m31/200 n66 m23*m21/80000
n106 0.5 n67 m27*m25/80000
n107 m37/200 n68 m29*10
n108 m38/200 n69 m27*m30/2500
n109 m14/10 n70 m36/200
n110 m15/200 n71 m36*m37/2500
n111 m15/25 n72 m27/200
n112 m14/200 n73 m23/200
n113 m17*m18/5000 n74 m1/200
n114 m19/200 n75 m2/200
n115 m32/200 n76 m5/200
n116 0.5 n77 m4/200
n39 m3*m6/10000 n78 m3/200
n40 m4*m5/5000 n79 m6/200
n41 m7*10 n80 m7/200
n42 m9*10 n81 m9/200
n43 m8*m11/2500 n82 m10/200
n44 m13/25 n83 m11/200
n45 m16*m19/10000 n84 m12/200
n46 m20*m21/10000 n85 0.5
n47 m22*10 n86 0.5
n48 m24*10 n87 m13/200
n49 m23*m25/2500 n88 0.5
n50 m28*10 n89 0.5
n51 m31*10 n90 m16/200
n52 m33/200 n91 m17/200
n53 m34/200 n92 m18/200
n54 m35/200 n93 m20/200
n55 m32/20 n94 m22/200
n56 m38*10 n95 m24/200
n57 and n96 m21/200
n58 m2/10 n97 0.5
n59 m8*m25/2500 n98 m26/200
n99 0.5
Parameters for arcs:
Name rate of the corresponding species threshold
a125 a125 a125
a124 a124 0.000001
a123 a123 0.000001
a122 a122 a122
a120 a120 1
a121 a121 1
a119 a119 0.000001
a118 a118 a118
a117 a117 0.000001
a116 a116 0.000001
a115 a115 a115
a114 a114 0.000001
a113 a113 0.000001
a112 a112 0.000001
a111 a111 a111
a110 a110 0.000001
a109 a109 0.000001
a108 a108 a108
a107 a107 0.000001
a106 a106 0.000001
a105 a105 0.000001
a104 a104 a104
a103 a103 0.000001
a102 a102 a102
a101 a101 0.000001
a100 a100 0.000001
a99 a99 0.000001
a98 a98 0.000001
a97 a97 0.000001
a96 a96 0.000001
a95 a95 0.000001
a94 a94 a94
a93 a93 a93
a92 a92 0.000001
a91 a91 a91
a90 a90 a90
a89 a89 0.000001
a88 a88 0.000001
a87 a87 0.000001
a86 a86 0.000001
a85 a85 0.000001
a84 a84 0.000001
a83 a83 0.000001
a82 a82 0.000001
a81 a81 0.000001
a80 a80 0.000001
a79 a79 0.000001
a78 a78 0.000001
a77 a77 0.000001
a76 a76 a76
a74 a74 0.000001
a75 a75 1
a73 a73 0.000001
a72 a72 a72
a70 a70 0.000001
a71 a71 1
a69 a69 a69
a68 a68 0.000001
a67 a67 a67
a65 a65 0.000001
a66 a66 1
a64 a64 a64
a62 a62 0.000001
a63 a63 1
a61 a61 a61
a60 a60 0.000001
a59 a59 a59
a58 a58 0.000001
a57 a57 a57
a55 a55 1
a56 a56 0.000001
a54 a54 a54
a52 a52 1
a53 a53 0.000001
a51 a51 0.000001
a50 a50 a50
a49 a49 0.000001
a48 a48 a48
a46 a46 0
a47 a47 0.000001
a45 a45 a45
a44 a44 0.000001
a43 m1 0.000001
a42 3.0*m1 0.000001
a41 a41 a41
a40 a40 0.000001
a39 a39 a39
a38 a38 10
a37 a37 0.000001
a36 a36 0.000001
a35 a35 0.000001
a31 a31 a31
a32 a32 a32
a33 a33 a33
a34 a34 a34
a30 a30 0.000001
a29 a29 a29
a28 a28 0.000001
a27 a27 a27
a25 a25 0.000001
a26 a26 1
a24 a24 a24
a23 a23 0.000001
a22 a22 a22
a21 a21 0.000001
a20 a20 a20
a18 a18 10
a19 a19 0.000001
a17 a17 a17
a15 a15 10
a16 a16 10
a14 a14 a14
a13 a13 1
a12 a12 a12
a10 a10 1
a11 a11 0.000001
a9 a9 a9
a8 a8 0.000001
a7 a7 a7
a6 a6 0.000001
a5 a5 a5
a4 a4 0.000001
a3 a3 0.000001
a2 a2 a2
a0 a0 10
a1 a1 0.000001
Overview of the model structure