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Fachschaft Medizin

Mikrobiologie

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Erstellt von der F M: Version 1999/2000.

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Mikrobiologie

Inhaltsverzeichnis 1 Einleitung....................................................................4
1.1 1.2 1.3 2.1 2.2 2.3 Vergleich zwischen Prokaryonten und Eukaryonten....................4 Ursprung der Eukaryontenzelle....................................................5 Die Rolle der Mikroorganismen in der Biosphre.........................6 Form und Zusammensetzung von Bakterienzellen......................6 Der Bakterienkern ........................................................................7 Das Bakterienzytoplasma ............................................................7

2 Morphologie und Struktur der Prokaryonten ..............6

2.3.1 Die lsliche Fraktion .........................................................................................7 2.3.2 Fraktion der Partikel..........................................................................................7 2.3.3 Die replikations-, transkriptions- und translationsspezifischen Antibiotika........9 2.3.3.1 Antibiotika mit Wirkung auf die Replikation, Translation und Transkription ..9 2.3.4 Speicherstoffe und Einschlsse........................................................................9

2.4

Zellwand.....................................................................................10
Die Gramfrbung ............................................................................................10 Die Zellwand Gram-positiver Bakterien ..........................................................11 Die Zellwand Gram-negativer Bakterien.........................................................11 Die Wirkung von Lysosym und Penicillin ........................................................11 Bakterien ohne Wand ( = Mycoplasmen)........................................................12

2.4.1 2.4.2 2.4.3 2.4.4 2.4.5

2.5 2.6 2.7 2.8

Kapseln und Schleime ...............................................................12 Flagellen (Geisseln) ...................................................................13 Pili ..............................................................................................14 Sporen .......................................................................................14

2.8.1 Allgemeines ....................................................................................................14 2.8.2 Endosporen ....................................................................................................15 2.8.2.1 Morphologie und Ultrastruktur.....................................................................15 2.8.2.2 Bildung ........................................................................................................15 2.8.2.3 Physiologische Eigenschaften der Spore ...................................................15

3 Ernhrung der Mikroorganismen..............................16


3.1 Exogene Nahrungsquellen.........................................................16 3.2 Exogene Elektronenquellen .......................................................16 3.3 Exogene Quellen fr Stoffe, die in die Zusammensetzung der Zellmaterie einbezogen werden ..........................................................16
3.3.1 Kohlenstoffquelle ............................................................................................16 3.3.2 Prototrophe und auxotrophe ...........................................................................16 3.3.3 Stickstoffernhrung.........................................................................................17 3.3.3.1 Fixierung von molekularem Stickstoff .........................................................17 3.3.3.2 NO32- ...........................................................................................................17 3.3.3.3 Stickstoff von Ammoniak.............................................................................17 3.3.3.4 Organischer Stickstoff.................................................................................17 3.3.4 Andere Elemente ............................................................................................17

3.4

Die trophischen Haupttypen.......................................................17

3.4.1 Die chemoorganoheterotrophen Bakterien.....................................................17 3.4.1.1 Die Grung..................................................................................................17 3.4.1.2 Die Atmungen .............................................................................................18 3.4.2 Die Autotrophie: Kohlenstofffixierung .............................................................18 Erstellt von der F M: Version 1999/2000. 2

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3.4.3 Die photolithoautotrophen Bakterien ..............................................................18 3.4.3.1 Die anoxygene Photosynthese ...................................................................18 3.4.3.2 Die Cyanobakterien und die oxygene Photosynthese ................................19 3.4.4 Die chemolithoautotrophen Bakterien.............................................................19

3.5 3.6

Die Mixotrophie ..........................................................................19 Zusammensetzung eines Kulturmilieus .....................................20

3.6.1 Synthetische und komplexe Milieus................................................................20 3.6.1.1 Synthetisches Milieu ...................................................................................20 3.6.1.2 Komplexes Milieu........................................................................................20 3.6.2 Elektives Milieu und Anreicherungsmilieu ......................................................20 3.6.3 Selektives Milieu .............................................................................................20 3.6.4 Externe, physiochemische Bedingungen........................................................20 3.6.4.1 Der pH ........................................................................................................20 3.6.4.2 Temperatur .................................................................................................20 3.6.4.3 Osmotischer Druck .....................................................................................21

3.7

Ernhrungsweisen der Bakterien ...............................................21


extrazellulre Verdauung................................................................................21 Moleklabsorption...........................................................................................21

3.7.1 3.7.2

4 Einfhrung in die Systematik....................................21


4.1 Annherungen der Charakterisierung der Prokaryonten ...........21
4.1.1 Einleitung ........................................................................................................21 4.1.2 Numerische Taxonomie..................................................................................21 4.1.3 Genotypische Nherung an die Taxonomie ...................................................22 4.1.3.1 %(G +C) / Bruttoanalyse der DNA ..............................................................22 4.1.3.2 Hybridisierung von DNA..............................................................................22 4.1.3.3 Untersuchung der ribosomalen RNA ..........................................................22

4.2 4.3

Phylogenie bei Prokaryonten .....................................................23 Identifikationsstrategie ...............................................................23

4.3.1 Serologische Technik .....................................................................................23 4.3.2 Antibiogramme................................................................................................23 4.3.3 Moderne molekulare Identifikationsmethoden ................................................23 4.3.3.1 Restriktionsprofile durch Elektrophorese ....................................................23 4.3.3.2 Ribosomensonde ........................................................................................23 4.3.3.3 PCR (Polymerase Chain Reaction) ............................................................23

4.4

Basismethoden zur Bakterienuntersuchung ..............................24


Sterilisationstechnik ........................................................................................24

4.4.1

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1 Einleitung
1.1 Vergleich zwischen Prokaryonten und Eukaryonten
Prokaryonten Kern nicht von einer Membran umgeben Ein einziges Chromosom (Gruppe von Genverbindungen) Immer haploid (ausser bei Rekombinationsphnomenen: partielle Diploidie) Weder Meiose noch Mitose Zellwand im Allgemeinen vorhanden: enthlt einen Glykopeptidkomplex (Murein, ein Peptidoglykan), der DAminosuren und Diaminosuren enthlt. Die Spaltung von Murein erfolgt durch Lysosym, seine Synthese wird durch Penicillin gehemmt Zellmembran (Plasmalemma), die in spezialisierten Bakteriengruppen (photo-trophe, methylotrophe, nitrifizierende) durch Einstlpungen innere Membran- strukturen darstellen kann Meistens keine Steroide in der Membran. Die Mycoplasmen (Bakterien ohne Zellwand) zeigen steroidreiche Zellmembran, aber die Steroide werden nicht durch das Bakterium synthetisiert, sondern von der Umgebung aufgenommen. Bewegungsorgane, falls vorhanden, sind durch ein einziges Filament, zusammengesetzt aus globulren Proteinen, gebildet Nie amboide Bewegungen Atmungsfunktion (Komponenten der Atmungskette), falls vorhanden, in der Zellmembran lokalisiert Photosynthese, falls vorhanden, erfolgt in den durch die Zellmembran gebildeten Formationen
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Eukaryonten Kern durch eine Doppelmembran begrenzt Mehrere Chromosomen Wenn eine sexuelle Fortpflanzung besteht, Abwechseln von haploidem und diploidem Zustand Teilung durch Mitose, Reduktion durch Meiose Zellwand abwesend (Tiere) oder anwesend (Pflanzen, Pilze). Die Zellwand der Pflanzen ist hauptschlich durch Zellulose gebildet, die der Pilze durch Chitin (selten durch Zellulose). Kein Murein, kein Lysosymeffekt und keine Wirkung von Penicillin. Neben der Zellmembran verschiedene innere Zellmembranen: -Kernmembran -Vakuolenmembran -Golgi-Apparat (Dictyosomen) -Membran der Mitochondrien und Plasten Steroide in allen Membranen

Komplexe Bewegungsorgane, die sich aus einem zentralen Filamentpaar und 9 peripheren zusammensetzen Amboide Bewegung knnen vorhanden sein oder auch nicht Atmungsfunktionen in den Membranen spezieller autonomer Organellen (Chloroplasten) ohne Verbindung zur Zellmembran Photosynthese (Pflanzen, Algen) erfolgt in spezialisierten autonomen Organellen (Chloroplasten) ohne
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(Chromatophoren: Ventrikel, Sacculi, Tubuli) Kleine Ribosomen (70S) Hydrolyse unlslicher Nhrstoffe immer extrazellulr

Verbindung zur Zellmembran Grssere Ribosomen (80S) Bestimmte Zellen haben die Fhigkeit zur Phagozytose und Pinozytose, die die interne Verdauung von Makromoleklen oder Partikeln ermglicht Grssere Zellen (10-100m). Gewisse Gruppen zeigen eine hohe morphologische Differenzierung. Protisten und plurizellulre Organismen mit morphologischer und physiologischer Differenzierung

Zellen blicherweise klein (0.5-10m)

Funktionelle Eigenschaften, die nur bei bestimmten Prokaryonten vorhanden sind:


-

Stickstoff-Fixation Photosynthese ohne Sauerstoff, mit Elektronenquelle ( kein H20) Chimiolithotrophie (Produktion von biologisch nutzbarer Energie aufgrund von Oxidation reduzierter, anorganischer Substrate) Anaerobe Atmung (Nitrat, Eisen, Sulfat, Schwefel,) Methanogenese (nur bei bestimmten Archaea) Leben ber 63C

Die Prokaryonten werden in zwei unterschiedliche Gruppen unterteilt: Unterteilung der Lebewesen: 3 Domnen Bacteria Eucarya Pflanzen Tiere Pilze Archaea
Bemerkung: Archaea sind sehr alt und leben unter extremen Bedingungen (+90C, sehr salziges Wasser, pH<2). Sie sind verantwortlich fr die Produktion von Biogas.

1.2 Ursprung der Eukaryontenzelle


Endosymbionten-Theorie:
Man nimmt an, dass gewisse Zellorganellen ehemalige einverleibte Bakterien mit spezifischen Funktionen sind, z.B. Photosynthese (Chloroplasten) und Atmung (Mitochondrien). Mitochondrien und Chloroplasten wren demnach mit anderen Zellen eine Endosymbiose eingegangen. Diese Endosymbiose wurde derart intensiv, dass die Mitochondrien und Chloroplasten einige ihrer Eigenschaften verloren, dafr eine neue Funktion in der Zelle bernommen haben. Diese Hypothese scheint sehr wahrscheinlich und sttzt sich auf zahlreiche Fakten ab:

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Die Ribosomen der Mitochondrien und Chloroplasten haben die Grsse von 70S. Mitochondrien und Chloroplasten haben eine eigene DNA, die von der DNA des Kerns vllig verschieden ist. Die RNA Sequenz der Ribosomen gleicht mehr derjenigen der Bakterien als der der Zelle. Mitochondrien u. Chloroplasten vermehren sich wie Bakterien (durch Teilung).

1.3 Die Rolle der Mikroorganismen in der Biosphre


Mineralisation: bearbeiten der Abflle in der Biosphre, Abbau der organischen Elemente in anorganische Elemente. Viele vom Mensch produzierte Substanzen stammen von Elementen, die in der Natur nicht vorkommen (=Xenobiotika: knnen nicht oder nur teilweise abgebaut werden). Anfang der Nahrungskette Bioelementzyklus. Bakterien haben die Fhigkeit, chemische Reaktionen durchzufhren: Redox, Lslichkeit Geochemie Quelle fr Wachstumsfaktoren, wichtige Substanzen zur Entwicklung anderer Organismen Gewisse Mikroorganismen knnen Antibiotika, d.h. inhibitorische Substanzen, herstellen Symbionten Bsp.: Bakterien leben von Zuckern, die von Pflanzen produziert werden. Dafr fixieren sie fr die Pflanzen den Stickstoff.

2 Morphologie und Struktur der Prokaryonten


2.1 Form und Zusammensetzung von Bakterienzellen
Form: Beispiele:

Streptokokke

Diplokokke

Sarcine

Streptomycet

Cyanobakterie (Blaualge)

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Fachschaft Medizin Zusammensetzung: Kern Cytoplasma Zellwand Kapseln/Schleime, Geisseln, Pili, Sporen Die Zellmasse besteht zu 70 80% aus Wasser.

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Grsse: Schwankt zwischen 0,1m (Mycoplasma) bis zu 3m Durchmesser (Thiospirilium fenense)

2.2 Der Bakterienkern


Die Beobachtung ist dank einer spezifischen DNA Frbemethode mglich. Die BakterienDNA liegt als ringfrmig geschlossener Strang vor, welcher smtliche genetischen Informationen enthlt. Wenn er ausgerollt ist, ist er 1000 mal grsser als die Zelle. Das Bakterienchromosom ist an die Plasmamembran angeheftet. Nachdem eine Bakterienzelle ihr Chromosom im Vorfeld der Zellteilung verdoppelt hat, bleiben die Kopien an benachbarten Stellen an die Membran gebunden. Zwischen den Anheftungsstellen wchst die Membran, wodurch die beiden Kopien des Chromosoms weiter auseinander-rcken. Wenn die Bakterienzelle ungefhr das Doppelte ihrer ursprnglichen Grsse erreicht hat, schnrt sich die Plasmamembran nach innen ein und zwischen den Chromosomen bildet sich eine Zellwand aus. So entstehen 2 Tochterzellen mit einem jeweils vollstndigen Genom. N.B: bis jetzt liess sich keine Kernmembran nachweisen.

2.3 Das Bakterienzytoplasma


Das Cytoplasma wird durch die Cytoplasmamembran zur Zellwand hin abgeschlossen. In ihm sind Zelleinschlsse (Vesikel, Granula) und Kern eingebettet. Durch Zentrifugation trennt man Partikel (Ribosomen, Membranen) und lsliche Fraktionen: 2.3.1 Die lsliche Fraktion Enzyme: katalysieren viele Abbau-und Synthesereaktionen: Glycolyse Zyklus von Krebs oder Tricarboxylzelle oxidiert das Endprodukt der Glycolyse um Elektronen zu produzieren (=Energie) Autotropher (CO2 Fixation) Calvin Zyklus oder andere Wege Biosynthese der Aminosuren, Zucker, Lipide... RNA: tRNA mRNA Pool der Monomere (kleine organische Molekle, die aus der Degradation der Polymere, z.B. aus Aminosuren und Zucker, entstehen). Elektrolyte: Kationen und Anionen (K+, Ca2+, Mg 2-...) osmotische Konzentration relativ hoch (10 15%). Die Zelle erfhrt einen relativ hohen Druck durch den Fluss von Wasser ins Innere der Zelle. Dank der rigiden Zellwand platzt die Zelle aber nicht. 2.3.2 Fraktion der Partikel Membran, Einschlsse (Strkereserven), Ribosomen und eventuell andere Organellen.

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Die Zellmembran
Reich an Phospholipiden (Glyceride mit Fettsuren). Diese bilden eine Lipiddoppelschicht, wobei die hydrophoben Enden nach innen und die hydrophile Enden nach aussen gerichtet sind. In der Membrandoppelschicht sind Proteine eingelagert (integrale Membranproteine). Andere Proteine sind an die Membran geheftet (periphere Membranproteine). Proteine sind als Enzyme (=Biokatalysatoren) an den wichtigsten Zellprozessen beteiligt Die Zytoplasmamembran ist die osmotische Schranke und kontrolliert den Eintritt sowie den Austritt aus der Zelle Sie ist Sitz der Systeme des aktiven (unter Energieverbrauch) und passiven Transports und der substratspezifischen Permease-Systeme. Der Transport von Substraten in die Zelle (Influx) und aus ihr heraus (Eflux) wird von den integralen Membranproteinen bewltigt (ein einziges Membranprotein verantwortlich fr ein spezifisches Substrat) Biosynthese von Lipiden der Membran und der Zellwandbestandteile. Komponenten der Atmungskette erlauben die Konvertierung der Differenz des Elektronenpotentials: Energiegewinnung durch ATP. (Bei Eukaryonten Mitochondrien) Komponenten des Photosynthese Apparates (bei Pflanzen Chloroplasten) DH Succinat Anheftungsstellen der DNA, Zentrum der DNA-Replikation Durch hydrophobe Wechselwirkung zwischen Fettsureresten und Lipiden sowie durch elektrostatische Wechselwirkungen zwischen den hydrophilen Kpfen wird die Membran stabilisiert Die Bakterien besitzen keine autonomen Membransysteme. Wenn ntig gibt es fr spezielle Funktionen Einstlpungen der Membran.

Ribosomen: Ort der Proteinsynthese


Polymerisation der Aminosuren Kleiner als diejenigen der Eukaryonten Getrennt von anderen Organellen Eine Bakterienzelle enthlt 5000-50000 Ribosomen. Die Anzahl ist umso hher, je schneller die Zelle wchst. Einteilung der Ribosomen aufgrund ihrer Sedimentationsgeschwindigkeit (Einheit S= Svedberg)

50S Untereinheiten, gebildet durch 23S RNA 34S Proteine 70S 30S Untereinheiten, gebildet durch 16S RNA ungefhr 21S Proteine Ribosom: 2/3 RNA, 1/3 Protein RNA hat hier Strukturaufgaben (Struktur-RNA)

Die Unterschiede zwischen den Ribosomen der Bakterie (70S) und derjenigen der Eukaryonten (80S) sind sehr wichtig bei der Bekmpfung von Infektionskrankheiten: einige Antibiotika beeintrchtigen die Proteinsynthese an 70S-Ribosomen und lassen die Funktion der 80S intakt. Erstellt von der F M: Version 1999/2000. 8

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2.3.3 Die replikations-, transkriptions- und translationsspezifischen Antibiotika Antibiotika sind Substanzen, die die Proteinsynthese und somit die Zellwandbildung spezifisch bei Prokaryonten hemmen. Angriffspunkt sind die 70SRibosomen. Sie verhindern Wachstum und Aktivitt des Mikroorganismus (biostatisch) oder knnen die Zelle abtten (biozid) Unterschied Antibiotika-Desinfektionsmittel: Das Desinfektionsmittel ttet die ganze Zelle ab (sehr hohe Konzentration), whrend ein Antibiotikum nur eine spezifische Aufgabe erfllt und nur in spezifischen Teilen der Zelle ttet (schwache Konzentration). . 2.3.3.1 Antibiotika mit Wirkung auf die Replikation, Translation und Transkription Wirkung auf: a) Replikation DNA DNA Mitomycin b) Transkription DNA RNA Actinomycin D: bildet mit dem DNA-Doppelstrang Komplexe, indem es sich an das Guanin anlagert alle 3 Typen der Ribonucleinsure werden nicht mehr synthetisiert. Die DNA-Reduplikation luft jedoch weiter. Rifamycin: verhindert Synthese der mRNA in Bakterien Gleiches Ziel aber 2 verschiedene Zielscheiben c) Translation mRNA Protein ribosomenspezifische Antibiotika :Um sicherzugehen, die zu zerstrenden Bakterien zu erfassen und den Organismus nicht zu schdigen, lsst man die Antibiotika vor allem die Ribosomen der Bakterien angreifen (klare Unterschiede zwischen Bakterien und Eukaryonten). Ein Antibiotikum, das auf die Ribosomen eines Bakteriums wirkt, greift diejenigen eines Eukaryonten nicht an. Streptomycin: hemmt den Beginn der Synthese; hat diese schon begonnen, provoziert es Lesefehler Tetracyclin: hemmt die Komplexbildung von tRNA Aminosure mit dem Ribosom Chlorphenicol: hemmt die Peptid Transferase (erlaubt die Bindung der Aminosuren) Cyclohexinamid: gleicher Effekt wie oben, aber wirkt gegen Eukaryonten Erythromycin: hemmt die Verschiebung, hindert das Ribosom daran, sich zur nachfolgenden Sequenz zu begeben. Puromycin: wirkt nicht direkt auf das Ribosom. Nimmt den Platz der mRNA ein und stoppt die Kette, weil es keine Aminosure bringt. Wirkt ebenfalls auf Eukaryonten.

2.3.4 Speicherstoffe und Einschlsse Bei vielen Mikroorganismen werden unter bestimmten Milieubedingungen intrazellulr Substanzen abgelagert, die als Speicher- oder Reservestoffe dienen: Polysaccharide, Fette, Polyphosphate und Schwefel. Diese Stoffe werden angehuft, wenn entsprechende Ausgangssubstanzen in der Nhrlsung vorhanden sind, aber nicht gebraucht werden knnen. Bei Bedarf, unter gnstigen Wachstumsbedingungen, werden diese Stoffe wieder in den Stoffwechsel einbezogen. Sie dienen als Kohlenstoff- und Energiequellen und knnen somit bei Abwesenheit usserer Energiequellen die Lebensdauer der Zellen verlngern. Speicherstoffe: 1) Polysaccharide: -Speicherpolysaccharide leiten sich von der -D-Glucose ab. -Das als Tierische Strke bekannte Glykogen kommt auch bei Bakterien hufiger vor als Strke (Speicherstoff in Pflanzen) 2) Polyphosphate: -Phosphorsure wird in Form von langkettigen Polyphosphat-Granula (=aneinandergekettete Phosphat-Reste) gespeichert. Bedeutung der PP-Reserven: gespeichert fr schlechte Zeiten

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jedes Hinzufgen von P erfordert Energie. Durch Synthese von PPKetten kann ATP-Ueberschuss abgebaut und mangelndes ADP aufgebaut werden. PP als Energiespeicher: es gibt Bakterien, die Rckwandlung zustande bringen, d.h.durch Abbau der PP-Ketten ATP bilden

N.B: Die Zelle speichert keine Buttersure, da diese den pH-Wert senkt. Glucose wird ebenfalls nicht gespeichert, da diese die osmotische Konzentration erhht. Ist diese Konzentration zu hoch, sind enzymatische Vorgnge nicht mehr mglich nur PP geeignet als Reservestoff, da praktisch ohne negative Nebenwirkungen!

2.4 Zellwand
Bei den meisten Bakterien vorhanden Ist der Membran nach aussen angelagert Sie garantiert die Beweglichkeit der Zelle Sie ist semipermeabel und kontrolliert den Ein- und Austritt gelster Substanzen

2.4.1 Die Gramfrbung Die Gramfrbung ermglicht die Erkennung von 2 verschieden Zellwandtypen: Gram + und Gram . Erste Unterscheidung: Man stellt einen Ausstrich auf einem Objekttrger her, frbt diesen mit Kristallviolett (basischer Farbstoff) und fgt KI3 hinzu. Die Zellen, die den Komplex nach dem Auswaschen mit Alkohol zurckbehalten, erscheinen violett (+) und die Zellen, in denen der Komplex durch den Alkohol zerstrt wurde, sind nicht gefrbt (-). Zweite Unterscheidung: Man macht eine Gegenfrbung (Safralin rosa). Gram- erscheinen rosa, Gram+ bleiben violett.

Bakterienzellwand allgemein Das Sttzskelett der Bakterienzellwand besteht aus einem einheitlichen Polymer, dem Peptidoglykan Murein. Dieses Makromolekl ist ein Heteropolymer. Durch Peptidbindungen sind die heteropolymeren Ketten miteinander zu einem sackfrmigen Riesenmolekl, dem Murein-Sacculus, verbunden. Diese heteropolymeren Ketten haben eine Lnge, die nur etwa einem Zehntel des Bakterienumfangs entspricht. Man nimmt an, dass Ketten, bestehend aus 50 bis 500 Disacchariden, durch Peptidbindungen zusammengehalten werden. Der an die Cytoplasmamembran anschliessende Raum (periplasmatischer Raum) hat gelartige Konsistenz. In der Zellwand gibt es Aminosuren, welche bei Tieren und Pflanzen nicht vorhanden sind: -M-Diaminopimelinsure -D-Formen des Alanins und der Glutaminsure Die Zellwand ist die Achillesferse der Bakterien. Therapeutika, die spezifisch nur die Zellwand der Bakterien und ihre Synthese angreifen, sind fr hhere Wirtsorganismen unschdlich.

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2.4.2 Die Zellwand Gram-positiver Bakterien Bei Gram-positiven Bakterien ist das Mureinnetz zu 30-70% an der Trockenmasse der Zellwand beteiligt (40 Schichten dick). Bei bestimmten Bakterien sind die Tetrapeptidseitenketten der Mureinsure durch Interpeptidketten miteinander verbunden. Der Proteingehalt in Gram-positiven Bakterien ist gering. Charakteristisch ist das Vorhandensein von Teichonsuren, d.h. Ketten von 8-50 Glycerin- und Ribitmoleklen, die ber Phosphatbrcken miteinander verestert sind.

2.4.3 Die Zellwand Gram-negativer Bakterien Bei Gram-negativen Bakterien ist das Mureinschicht zweidimensional und zu weniger als 10% an der Trockenmasse der Zellwand beteiligt. Im Gegensatz zu den Gram-positiven Bakterien enthlt sie keine Teichoide. Ihre Aussenmembran wird durchquert von Proteinen mit einem Loch in der Mitte (Porine). Sie dienen als Filter und hindern grosse Molekle am Eintritt. Sie enthlt zudem hydrophobe Lipopolysaccharide. Zur Erhaltung der Stabilitt der Lipopolysaccharidschicht ist Ca2+ ntig. Um bei Gram-negativen Bakterien die Mureinschicht aufzulsen, mssen zuerst durch EDTA Ca2+-Ionen entfernt werden, so dass das mureinauflsende Enzym Lysosym wirken kann. Die Lipide sind sehr toxisch, wenn sie freigesetzt werden und ins Blut von Tier oder Mensch gelangen (Endotoxine). Damit die Lipide freigesetzt werden, muss die Zelle zerstrt werden. Die von der lebenden Bakterie abgegebene Substanzen bezeichnet man als Exotoxine. Bemerkung: im Fall von Blutvergiftung (allgemeine Infektion im Blut durch pathogene Bakterien) besteht die Gefahr eines septischen Schocks, wenn durch Abttung der Bakterien deren Lipide ins Blut freisetzt werden. 2.4.4 Die Wirkung von Lysosym und Penicillin Lysosym: -spaltet die glykosidische Bindung des Mureins. -Findet man im Eiweiss von Eukaryonten, z.B. Mensch (Trnen, Sekrete der Mukosa). -Es ist eine erste Barriere, die sich den Bakterien entgegenstellt: -Es ist konstitutiv, d.h. dem Organismus immer prsent, unabhngig davon, ob Bakterien vorhanden sind oder nicht. Vllige Auflsung der Bakterienzelle lsst sich unterbinden, wenn man den Prozess in isotonischer oder schwach hypertonischer (0.1-0.2 molarer) Saccharoselsung ablaufen lsst. Es entstehen aus den Zellen die osmotisch sehr empfindlichen, abgerundeten Protoplasten (= abgerundete Zellen, die keine Zellwandreste enthalten). Diese sind in hypertonischen und isotonischen Medien stabil, in hypotonischen platzen sie. Durch die Auflsung der Zellwand wird der Stoffwechsel nicht beeintrchtigt. Protoplasten atmen wie intakte Zellen, adsorbieren aber keine Phagen. Penicillin: Verhindert den letzten Schritt der Zellwandbildung. Es wirkt hauptschlich auf Gram positive Bakterien, aber auch auf viele Gram negative Bakterien abttend. Die bakterizide Wirkung des Penicillin erstreckt sich nur auf wachsende Bakterien, nicht wachsende, ruhende Zellen bleiben verschont. Die gleichzeitige Behandlung mit mehreren Antibiotika erlaubt eine Verminderung der Dosen und vergrssert den Effekt durch Zusammenwirkung. Gleichzeitige Verabreichung von Penicillin und bakteriostatischem Antibiotikum ist nicht sinnvoll, denn letzteres stoppt das Wachstum der Zelle und das Penicillin kann nicht mehr wirken, da es nur wachsende Bakterien beeinflusst.

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Penicillin-Resistenz: bermssige Anwendung von Penicillin fhrt zu einer Resistenz. Durch Penicillase (=Enzym, welches das Antibiotikum angreift) kann der aktive Ring des Antibiotikums zerstrt werden, bevor er reagieren konnte. Die Gene fr die Penicillase werden auf einem unabhngigen Genom codiert, den Plasmiden (DNA - Ausstlpungen) des Hauptgenoms der Bakterien. Diese Plasmiden sind sehr mobil und knnen leicht von einem Bakterium ans andere bertragen werden. Dadurch kann die Resistenz an benachbarte Organismen weitergegeben werden. Durch zu hufige Behandlung mit Penicillin wird die Resistenz gefrdert. Eine Mglichkeit gegen die Resistenz vorzugehen, besteht darin, im natrlichen Penicillin Seitenketten zu entfernen und chemisch modifizierte Ketten anzuheften.

2.4.5

Bakterien ohne Wand ( = Mycoplasmen) Viele sind Parasiten Mycoplasma hat die gleichen Eigenschaften wie bei tierischen Zellen, d.h. die Membran ist ebenfalls durch Steroide verstrkt. Da diese Bakterien die Steroide nicht selbst herstellen knnen, mssen sie sie ihrem interzellulren Habitat entziehen, damit sie ihre Membran stabilisieren knnen. Ihre osmotische Konzentration ist relativ hoch, aber nicht so hoch wie diejenige der Bakterien mit Zellwand. Es sind die kleinsten Bakterien. Sie wurden leicht mit Viren verwechselt, hat dann aber festgestellt, dass sie lebende Organismen sind. Da sie eher eine kleine Zellwand haben, wirkt Penicillin nicht. Es werden andere Antibiotika benutzt, die die ribosomalen Funktionen stren.

2.5 Kapseln und Schleime


Den Zellwnden vieler Bakterien sind Schichten stark wasserhaltigen Materials angelagert: Kapseln und Schleimhllen. Diese Hllen sind fr Bakterien nicht lebenswichtig, der Besitz der Kapsel macht aber pathogene Bakterien resistent gegen Phagocytose. Kapseln: Nachweis:

nach Zusatz von Farbstoffen, die nicht in die Kapsel eindringen, ist der Nachweis lichtmikroskopisch mglich. Die Kapseln erscheinen hell auf dunklem Hintergrund.

Zusammensetzung: die meisten Kapseln bestehen aus Polysacchariden. Diese Polysaccharide enthalten ausser Glucose Aminozucker, organische Suren, u.a. Die Kapseln einiger Bakterienarten bestehen aus Polypeptiden, in erster Linie Polyglutamin-Sure. Schleime: Zusammensetzung: Schleime bestehen meist aus wenig lslichen Polysacchariden , welche von der Bakterie ausserhalb der Zelle gesammelt werden. Funktion: Viele Kapselsubstanzen werden als Schleime in die Umgebung der Zelle abgegeben, z.B. scheiden die Karies verursachenden Streptokokken einen aus Polysacchariden bestehenden Schleim aus, wo sich die sauren Produkte der Streptokokkengrung (v.a.Milchsure) anhufen knnen. Gut lsliche Polysaccharide ermglichen den Bakterien, an einer Oberflche zu bleiben, z.B. auf dem Gerll eines Flusses. Eine polar ausgerichtete Schleimausscheidung in Form eines Stiels ermglicht einigen Bakterien sogar eine bescheidene 12

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Mikrobiologie Lngenvernderung. Ausserdem werden durch Schleime Einzelzellen zu Zellverbnden zusammengehalten.

diese Kapseln und Schleime sind sehr resistent gegenber Enzymen und bleiben sehr lange erhalten. Sie haben daher eine Schutzfunktion gegenber externen Einflssen (d.h. weniger sensibel gegenber Phagozytose). Die Prsenz einer Kapsel bei pathogenen Bakterien kann ein Virulenzfaktor sein. Man findet aber nicht immer solche Kapseln, weil ihr Aufbau sehr energieaufwendig ist. Einige dieser Bakterien verwendet man in Klranlagen. Mit dem Schmutz bilden die Bakterien Schleime, welche in Form von Flocken ausfllen und vom Wasser abgetrennt werden knnen.

2.6 Flagellen (Geisseln)


Die Beweglichkeit der Bakterien kann auf verschiedene Weisen bewirkt werden. Bei den meisten aktiv beweglichen, schwimmenden Bakterien wird Bewegung durch Rotation von Geisseln (Flagellen) verursacht. sie sind fein 10-20nm und bestehen aus globulren Proteinen

Man unterscheidet nach Anordnung der Flagellen polare und peritriche:

polar

peritrich

Funktion der Geisseln: Bei den meisten polar begeisselten Bakterien wirkt die Geissel als Schubgeissel (wie Schiffsschraube) und drckt die Zelle durch das Medium. Geisseln sind helical gewundene Fden, die durch einen in der Cytoplasmamembran lokalisierten Rotationsmotor angetrieben werden. Die Geissel rotiert mit ca. 3000 Umdrehungen pro Minute. Durch die Geisselrotation rotiert der Zellkrper des Bakteriums mit ca. 1/3 dieser Geschwindigkeit im entgegengesetzten Drehsinn. Geisseln knnen ihren Drehsinn spontan oder auf einen usseren Reiz hin umkehren. Bei einigen polar begeisselten Bakterien hat die Umkehr des Drehsinns eine Umkehr der Bewegungsrichtung zur Folge. Die Geschwindigkeit der begeisselten Bakterien kann sehr hoch sein: 1.6 -12 mm/min, was dem 300 bis 3000fachen der Krperlnge pro Min. entspricht. Das transmembranre Potential wird genutzt, um die Flagellen zum Drehen zu bringen. 1. Chemotaxis: Bakterien reagieren auf ein chemisches Signal, in dem sie sich auf das Signal zu bewegen, oder sich von ihm entfernen. 2. Phototaxis: das Bakterium bewegt sich auf Licht zu, es braucht Wrme 3. Aerotaxis: (+)aerobe, bewegen sich auf sauerstoffreiche Gebiete zu (-)aerobe, bewegen sich von sauerstoffreichen Gebieten weg

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Mikrobiologie (+/-) bewegen sich je nach ihrem Bedrfnis auf den Sauerstoff zu oder von ihm weg.

Feinbau der Geisseln: Geisseln bestehen aus 3 Abschnitten: 1. helicale Geisselfilamente (spezifisches Protein: Flagellin), welche helical gewunden sind 2. Geisselhaken 3. Basalkrper Geisseln verschiedener Bakterien unterscheiden sich in: -Dicke -Lnge -Lnge u. Dicke der Schraubenlinie Der Basalkrper besteht aus einem zentralen Stift, der bei Gram-negativen Bakterien 2 Paare von Ringen trgt. Bei Gram-positiven Bakterien fehlt dieses ussere Ringpaar (zum Antrieb ist nur das innere Ringpaar ntig). O-und H-Antigene: -H-Antigene: die Bakterien haben eine starke Beweglichkeit. Die Zellen breiten sich sich wie ein Hauch aus (H-Form). Die Geissel-Antigene bezeichnet man als H-Antigene. -O-Antigene: Manche Stmme breiten sich ohne Hauch (O-Form) aus. Es sind unbewegliche Stmme ohne Geisseln. Die Antigene der Zelloberflche oder des Zellleibes heissen O-Antigene.

2.7 Pili
Die Oberflche mancher Bakterien ist von einer grossen Zahl (10 bis mehrere 1000) langer, dnner, gerader Fden bedeckt, die als Pili bezeichnet werden. Pili kommen bei unbegeisselten und begeisselten Arten vor. Sie ermglichen die Kontaktaufnahme zwischen zwei Zellen und/oder den Austausch von genetischem Material. Sexpilus Dieser Pilus ist lnger als alle anderen und einzigartig. Er ermglicht die Konjugation mit einem anderen Bakterium, mit dem Ziel einer genetischen Rekombination durch Anastomose.

Sobald der Pilus einer Bakterie mit einer anderen Bakterie in Kontakt getreten ist, kontraktiert sich der Pilus und nhert die beiden Bakterien einander. Durch den Uebertritt des Piluskodierenden DNA-Abschnitts von einer Zelle in die andere kommt es zur genetischen Rekombination. Ist das Genom bertragen, trennen sich die Bakterien wieder.

2.8 Sporen
2.8.1 Allgemeines Zur Bildung von (Endo-)sporen ist nur eine kleine Gruppe von Bakterien fhig. Endosporen halten sehr hohe Temperaturen aus. Alle brigen Bakterien und vegetativen Zellen der Erstellt von der F M: Version 1999/2000. 14

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Sporenbildner werden durch 10 Minuten langes Erhitzen bei 80C abgettet (pasteurisiert). Fr die Abttung von Endosporen greift man zur Sterilisation. Sie ist aber sehr arbeits- und kostenaufwendig. Bis auf eine Ausnahme sind die endosporenbildenden Bakterien stbchenfrmige, Grampositive Bakterien. Die meisten sind durch peritrich inserierte Geisseln beweglich. Als Spore befindet sich die Zelle in einem Schlafzustand, d.h. sie ist inaktiv und verbraucht sehr wenig von ihren Reserven. 2.8.2 Endosporen die resistentesten Zellen 2.8.2.1 Morphologie und Ultrastruktur - Die Form und Anordnung der Endospore ist charakteristisch fr jedes Bakterium. - Dicke Wand, bestehend aus 2 Schichten: Die dickere, innen gelegene Cortex besteht aus Murein und erscheint eher durchsichtig; Die zweite, aussen gelegene Hlle ist von Protein-natur und reich an Aminosuren (v.a. Cystein). Durch die Ausbildung von Disulfatbrcken erscheint sie dichter und weniger durchsichtig. Eine dritte Schicht, das sog. Exosporium, ist nicht immer vorhanden. - Im Cytoplasma der Spore findet man Stoffe, die es sonst nirgendwo gibt, z.B. Dipicholinsure, welche im Zytoplasma in hoher Konzentration und in Form von dichtem Gel vorhanden ist. Ihre Funktion ist das Erhalten der Zelle in einem inaktiven Zustand.

Sporenbildende Bakterien

2.8.2.2 Bildung Sporenbildung wird ausgelst, wenn Nhrstoffe fehlen oder sich Stoffwechselprodukte anhufen. Die Sporenbildung beginnt im Innern der Bakterie mit der Ansammlung von proteinhaltigem Material. Unter Verwendung von vorhandenen Speicherstoffen erfolgen zahlreiche Stoffumwandlungen. Nach Zugabe des fehlenden Nhrstoffes nach einer gewissen Zeit wird die Sporenbildung wieder unterdrckt. 2.8.2.3 Physiologische Eigenschaften der Spore Das Cytoplasma ist stark dehydratisiert 5% (Normalsituation des Bakteriums 70% - 80%). Eine derartige Dehydratisierung wrde die Organismen denaturieren, wenn es keine Dipicolinsure in Form von dichtem Gel gbe. Seine Aufgabe ist es, die Spore in einem Zustand von fast 0 Aktivitt zu konservieren, aber immer bereit, aktiviert zu werden (Quantitt an Dipicolinsure = Ca++ Quantitt). In flssigem Zustand wre die Sure fatal fr die Zelle. Reife Sporen haben keine erkennbare Stoffwechselaktivitt Resistenz: Gegenber erhhter Temperaturen Die Hitzeresistenz wird auf den extrem geringen Wasserhaushalt zurckgefhrt. Erstellt von der F M: Version 1999/2000. 15

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Gegenber Chemikalien (externe Membran hydrophob) Gegenber Strahlung Die Strahlenresistenz der Sporen ist hher als die der vegetativen Zellen

Eine gebildete Spore in gnstigen Bedingungen wird unter Temperaturschock nicht aktiviert werden Schwachpunkt. Lebensdauer der Sporen: in Form von Sporen knnen Bakterien lange Zeit im Zustand latenten Lebens berdauern. Technik der Tyndalisation Stunde auf 100C erhitzen, Aktivierung whrend 24 Stunden lassen, von neuem erhitzen. Ist das Bakterium einmal aktiviert, ist es nicht mehr hitzeresistent. Das Vorgehen muss 3 mal nacheinander wiederholt werden.

3 Ernhrung der Mikroorganismen


3.1 Exogene Nahrungsquellen
1. Phototrophe Organismen: ermglichen die Umwandlung von Licht in chemische Energie = Elektronenreduktoren. Das Licht wird von der Zelle durch Pigmente absorbiert. 2. Chemotrophe Organismen: chemische Energie Energie aus dem Oxidationspotential Freigesetzte Energie aus der Transformation eines Stoffes

3.2 Exogene Elektronenquellen


1. Lithotrophe Organismen: Verwendung von anorganischen Wasserstoffdonatoren (H2, NH3, etc.) 2. Organotrophe Organismen: Verwenden organischer Verbindungen als Wasserstoffdonatoren Oligo Elemente: C (Basis), H, N, O, S, P; Fe, Ca, Mg, K....

3.3 Exogene Quellen fr Stoffe, die in die Zusammensetzung der Zellmaterie einbezogen werden
3.3.1 Kohlenstoffquelle Anorganische Substanzen (CO2, HCO3) autotroph Organische Substanzen heterotroph Escheria coli ist heterotroph. Ausgehend von Glucose (C- Quelle) und mit Mineralsalzen, kann sie alle Komponenten ihres Organismus und alle von ihr bentigten Stoffe synthetisieren (z.B. Enzyme). 3.3.2 Prototrophe und auxotrophe Prototroph: ausgehend von einer einfachen Karbonverbindung (Glucose, Acetat) kann ganzes, lebendes Material synthetisiert werden. Auxotroph: Viele Organismen bentigen zur Ernhrung, zustzlich zu Mineralien, Kohlenstoff- und Energiequellen noch einige Ergnzungsstoffe (=Wachstumsfaktoren) zur Synthese von Nukleinsuren, z.B. Aminosuren und Lipide. Das sind Stoffe, die zum Grundbestand der Zelle gehren und von einigen Organen nicht aus den einfachen Bausteinen synthetisiert werden knnen.

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3.3.3 Stickstoffernhrung 3.3.3.1 Fixierung von molekularem Stickstoff Nur Prokaryonten knnen auf das Stickstoffreservoir der Atmosphre zurckgreifen und molekularen Stickstoff binden. Freilebend oder in Symbiose mit hheren Pflanzen fhren sie den reaktionstrgen Stickstoff in organische Verbindungen ber und verleiben ihn direkt oder ber Pflanzensubstanz dem Bodenprotein ein. Es gibt Bakterien, die Stickstoff fixieren, indem sie gengend Energie mobilisieren, um Ammoniak zu synthetisieren. Viele Bakterien, die Stickstoff fixieren, benutzen dafr Licht: Cyanobakterien verwenden das Licht direkt Rhizobium verwendet Licht indirekt. Er lebt in Endosymbiose in Wurzeln von Leguminos und bedient sich der durch Photosynthese gewonnen Energie, um Stickstoff zu fixieren. 3.3.3.2 NO32Um Nitrat nutzen zu knnen, muss es vom Organismus reduziert werden assimilative Reduktion bei bestimmten Bakterien und bei Pflanzen. 3.3.3.3 Stickstoff von Ammoniak NH4+ NH3 + H+, die am hufigsten genutzte Quelle; Reduktion nicht ntig, sondern Kombination. 3.3.3.4 Organischer Stickstoff Gewisse Bakterien knnen den Stickstoff nur verwenden, wenn er bereits in einer Kohlenstoffkette eingebunden ist (z.B. in Aminosuren). 3.3.4 Andere Elemente Schwefel: dient den anaeroben, Schwefelwasserstoff oxidierenden Bakterien als Energiequelle; nur in geringen Mengen ntig. Grsste Quelle: S04- Assimilationsreduktion ntig H2S ist direkt assimilierbar; kann aber nur von anaeroben Bakterien verwendet werden, da es im Atmungssystem toxisch wirkt. S in organischen Verbindungen S-heterotrophe Bakterien Phosphor: bildet die RNA und DNA Ketten, die Nucleotide, Enzyme. Quellen: P ist hufig, aber nicht verfgbar. Es kommt vor allem in Form von schwerlslichen Salzen (HPO42-, H2PO4- ) vor.

3.4 Die trophischen Haupttypen


ENERGIEQUELLE Licht chemisch chemisch ELEKTRONEN anorganisch anorganisch organisch KOHLENSTOFF anorganisch anorganisch organisch TROPHISCHER TYP
(Art der Energiegewinnung)

Photolithoautotroph Chemolithoautotroph Chemoorganoheterotroph (Mensch)

3.4.1 Die chemoorganoheterotrophen Bakterien Es gibt bei chemotrophen Bakterien 2 Arten der Energiegewinnung: Grung und Atmung. 3.4.1.1 Die Grung Grung: Zuckermetabolismus Aminosuren

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Um die Zucker zu verwerten mssen sie durch die Glycolyse in Pyruvatsure umgewandelt werden. Nur durch Glycolyse allein wre das NAD- schnell aufgebraucht und NADH angesammelt, was eine Autoblockierung und somit einen Reaktionsstopp zur Folge htte. Daher muss NADH durch Grung oxidiert werden, damit ein Kreislauf entsteht. Milchsuregrung: kein Gas, aber Sure Andere Grungen: Heterolactische (Alkohol, CO2, Sure) Buttersuregrung Propionische Gemischte Suren (E. Coli) u.a. 3.4.1.2 Die Atmungen Ein Prozess, in welchem ein Elektronentransfer statt findet, ausgehend von einem Donator mit einem tiefen Redoxpotential bis zu einem Akzeptor, dessen Potential erhht ist. Elektronentransporter: Flavo Proteine (H+), Fe-S- Proteine (e-), Cytochrome (e-). Die Atmung ist eine exergone Reaktion, das heisst es wird Energie frei.

Der Energiegewinn betrgt bei der -Grung 2ATP / ml Glucose -Atmung 38 ATP / ml Glucose (aerob)

Bei den Eukaryonten ist der Akzeptor immer O2, ohne O2 gibt es Grung. Bei Prokaryonten gibt es mehrere Mglichkeiten: Die anaerobe Atmung - Nitrat NO3 N2 (Die Atmung mit Nitrat ist eine Ersatzatmung bei Mangel an Sauerstoff) - Eisen kann dort als Akzeptor von Elektronen dienen, wo kein Sauerstoff hingelangt, z.B. bei unterirdischen Bakterien. nur anaerob: Sulfat: SO4 wird von jenen Bakterien, die sich in Gegenwart von Sauerstoff nicht entwickeln knnen, zu H2S reduziert. Schwefel S H2S Kohlenstoff : CO2 CH4 , d.h. bestimmte Bakterien (Archaea) knnen durch Methanogenese Sumpfgas gewinnen. 3.4.2 Die Autotrophie: Kohlenstofffixierung Die meisten Organismen, die mit Kohlendioxid als einziger Kohlenstoffquelle zu wachsen vermgen, fixieren diesen im Calvin-Cyclus. Solche Organismen sind: Aerobe chemolithoautotrophe Bakterien Phototrophe Bakterien Cyanobakterien Grne Pflanzen 3.4.3 Die photolithoautotrophen Bakterien 3.4.3.1 Die anoxygene Photosynthese Das Licht wird mit einer molekularen Antenne, die durch Pigmente gebildet ist, gefangen (z.B.Chlorophyll, Carotenoid, Phycobilin). Durch ein Gemisch dieser Pigmente kann die Zelle ein breites Spektrum an Licht nutzen. Erstellt von der F M: Version 1999/2000. 18

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Das photochemische Reaktionszentrum wird durch ein Chlorophyll und Proteine gebildet. Das Chlorophyll wird durch das Photon System (PS) reduziert, welches die Lichtenergie fngt und ein Elektron freisetzt, das dadurch eine Elektronenturbine antreibt. Durch Hydrolyse von ATP wird Energie gebildet. Der Zyklus schliesst sich, indem das Elektron zum ursprnglich oxidierten Chlorophyll zurckkehrt. 1. zyklischer Elektronenfluss Das Elektron mit tiefem Potential, das vom Chlorophyll geliefert wird, kann von anderen Substanzen gefangen werden, z.B. CO2, das Elektron tritt also aus dem System aus. Dem System muss also ein anderes Elektron beigefgt werden, vom H2S, das einer Oxidation unterliegt. Das Elektron trifft danach wieder auf das Chlorophyll. 2. unilateraler Fluss Dieses Photosystem ist anoxygen, weil es keinen Sauerstoff produziert ( der oxidierte Donator ist Schwefel).

3.4.3.2 Die Cyanobakterien und die oxygene Photosynthese Als Energiequelle dient Wasser anstelle von H2S. Das auf diese Weise generierte Potential ist zu hoch um in die Turbine einzutreten. Deshalb ist ein zweites PS notwendig. Durch Annahme eines zweiten Photons wird das Elektron auf ein akzeptables Potential gebracht. Die Cyanobakterien, welche diese Photosynthese genutzt haben, spielen eine wichtige Rolle im Erscheinen des Sauerstoffs. In der Urzeit entwickelten sich Organismen in anoxygener Umgebung. Beim Erscheinen des Sauerstoffs reagierten Zellbestandteile mit einem Molekl, das ein sehr hohes Potential aufwies und die Organismen zerstrte (Sauerstoff ist sehr toxisch). Um der Vergiftung zu entgehen, haben sich gewisse Bakterien in anoxygene Umgebungen zurckgezogen oder Schutzvorrichtungen gebildet. Trotzdem bringt das Erscheinen von Sauerstoff einen grossen Vorteil: die grssere Potentialdifferenz ( mehr Energie) und eine erheblich erhhte Atmungsleistung. 3.4.4 Die chemolithoautotrophen Bakterien Energiegewinnung durch Oxidation anorganischer Substanzen. Diese anorganischen Substanzen sind auch Elektronen-Donatoren. Jede Bakterie hat einen spezifischen Elektronen-Donator: I. Hydrogenobakterien: Elektronenquelle ist molekularer Wasserstoff. Sie sind in der Lage, auch andere Systeme zu nutzen, wenn sich die Bedingungen ndern. Nitrifizierende Bakterien: Die Oxidation von Ammoniak erlaubt den Pflanzen die Nutzung von Nitrat. Sulfo-oxidierende Bakterien Ferro-oxidierende Bakterien: Gallinella ferruginea. Das Bakterium oxidiert Fe2+ zu Fe3+. Damit es nicht von Eisenniederschlag umgeben ist, fhrt es diesen im Schleim, den es aus Polysaccharid herstellt, ab.

II. III. IV.

3.5 Die Mixotrophie


Mixotropie = gleichzeitiger Ablauf von Sauerstoffoxidation, Kohlendioxidfixation und Fixation anderer organischer Substrate.

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3.6 Zusammensetzung eines Kulturmilieus


Um ein gnstiges Kulturmilieu zu haben, braucht es Nhrstoffe und eine gnstige Umgebung. Es gibt kein universelles Milieu, das fr alle Bakterien gnstig ist. Das ausgewhlte Kulturmilieu ist direkt von demjenigen Bakterium abhngig, das man isolieren will.

3.6.1 Synthetische und komplexe Milieus 3.6.1.1 Synthetisches Milieu Im synthetischen Milieu ist die ganze Zusammensetzung bekannt (Quantitt und Reinheit der Komponenten). Man versucht dadurch fr jeden Mikroorganismus die minimalen Nhrstoffansprche zu ermitteln und ein Minimalmedium zu entwickeln, das nur die zum Wachstum ntigen Bestandteile enthlt: - Basen von Mineralsalzen (K, Ca, Mg, SO4+, PO4-, Fe), sowie Mn, Co, Cu, N... (wichtig fr Enzyme) - Kohlenstoff- , Stickstoff- und Elektronenquelle - Wachstumsfaktoren fr auxotrophe Bakterien 3.6.1.2 Komplexes Milieu Das Komplexe Milieu ist aus natrlichen Komponenten zusammengesetzt, die nicht vollstndig bekannt und kontrolliert sind (z.B. Bouillon, Hefe). Dieses Milieu ermglicht ein relativ breites Spektrum an Bakterien heranzuziehen.

3.6.2 Elektives Milieu und Anreicherungsmilieu Das elektive Milieu erlaubt nur einem einzigen funktionellen Bakterientyp, sich zu entwickeln. Aus einem Bakteriengemisch knnen sich bestimmte Bakterien aufgrund der Kulturbedingungen besser entwickeln als andere. Das elektive Milieu kann als Anreicherungsmilieu betrachtet werden, d.h. man erhlt mehr von den gewnschten Bakterien. 3.6.3 Selektives Milieu Das selektive Milieu dient zur Isolation von meistens pathogenen Organismen, die fhig sind, sich trotz Abwehr durchzusetzen. Der Nhrboden enthlt eine fr die meisten Bakterien hemmende Substanz. Nur diejenigen, welche untersucht werden sollen, pflanzen sich fort.

3.6.4

Externe, physiochemische Bedingungen

3.6.4.1 Der pH Die neutrophilen Bakterien leben in einem Milieu mit pH 7. Durch ihre metabolische Aktivitt versuern sie stndig das Milieu, was zu einem Wachstumsstopp fhrt (Prinzip der Konservierung von Yoghurt). Damit sie weiter wachsen knnen, muss man dem Nhrboden einen Puffer hinzufgen (z.B. Phosphat). Die acidophilen Bakterien (z.B. Pilze) bilden aus H2S H2SO4. Diese Bakterien versuern ihr Milieu noch strker. pH opt 2, pHmax 4, pH min 1,5 Alcalophile Bakterien sind sehr selten (pH 11 12). 3.6.4.2 Temperatur Psychrophile (Klte liebend): Topt 10 - 15C; Tmax > 20C, hhere Temperaturen sind tdlich. Mesophile, z.B. E. Coli: Brauchen eine Temperatur zwischen 20 - 40C. Thermophile: Ihre Topt liegt in der Regel zwischen 40-70C. Bei extrem thermophilen Bakterien (z.B. Pyrodictum) ist Topt 105C und Tmax zwischen 110-112C.

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3.6.4.3 Osmotischer Druck Bakterien sind diesbezglich flexibel (unterschiedliche Toleranzen). Die meisten Bakterien brauchen eine Salzkonzentration von 1% - 2% (Rein maritime: mindestens 3% NaCl) Archaea (Halobacterium, Halococcus) entwickeln sich in Salzsttten mit der optimalen Konzentration von 25%. In extrem salzigen Gebieten findet man auch Krustentiere.

3.7 Ernhrungsweisen der Bakterien


3.7.1 extrazellulre Verdauung Die Verdauungsenzyme werden ausserhalb der Zelle gebildet und ins Kulturmilieu freigesetzt. Diese Enzyme zerschneiden die Bindungen in den Makromoleklen in Monomere und Dimere, die anschliessend die Membran passieren knnen. Kommensalismus: Bakterien profitieren von Enzymprodukten, die von anderen produziert werden. 3.7.2 Moleklabsorption 1. Passive Diffusion: Molekle passieren die Membran unspezifisch aufgrund eines Konzentrationsgradienten Die Diffusion ist langsam, aber sie bentigt keine Energie. 2. Erleichterte Diffusion: nutzt immer den Konzentrationsgradienten. Es hat zustzlich spezifische Eintrittsporen (= Permeasen), die eine bestimmte Substanz eintreten lassen. 3. Aktiver Transport: die Absorption ist unabhngig vom Konzentrationsgradienten, verbraucht aber Energie. Diese Methode wird hufig von Bakterien genutzt, die in einem kargen Milieu leben, wo die Konzentration einer Substanz ausserhalb kleiner ist als in der Zelle.

4 Einfhrung in die Systematik


4.1 Annherungen der Charakterisierung der Prokaryonten
4.1.1 Einleitung Cuvier: die Tier- und Pflanzenarten knnen nach ihrer hnlichkeit eingeteilt werden. Biologen sttzen sich dabei vor allem auf physiologische und biochemische Eigenschaften der Zellen. 4.1.2 Numerische Taxonomie

Grundlage: alle erfassbaren Merkmale haben das gleiche Gewicht Verfahren: zur zahlenmssigen Auswertung so viele Merkmale wie mglich feststellen. Diese sollen so beschaffen sein, dass sie durch Alternativentscheidung (+ oder -) ausgedrckt werden knnen. Auswertung: jedes Merkmal von jedem Stamm mit jedem Merkmal aller anderen Stmme vergleichen. Die Aehnlichkeit zwischen 2 untersuchten Stmmen ist umso grsser, je grsser das Verhltnis der bereinstimmenden Merkmale zu den total erfassten Merkmalen ist.

Zahl der gemeinsamen Merkmale bei i und j Zahl der untersuchten Merkmale Erstellt von der F M: Version 1999/2000.

= Sij (hnlichkeitskoeffizient) 21

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Wenn S = 1 100% Aehnlichkeit Wenn S < 0.002 vllige Verschiedenheit

4.1.3 Genotypische Nherung an die Taxonomie Durch Erforschung des Genotyps genaue Unterteilung der Bakterien Es gibt verschiedene Arten der Untersuchung: 4.1.3.1 %(G +C) / Bruttoanalyse der DNA Zahl der Purine = Zahl der Pyrimidine %(G + C) schwankt zwischen 25 - 75% bei Bakterien grosse Variabilitt sind %(G + C) zweier Bakterien gleich, ist es mglich, dass die Bakterien eng miteinander verwandt sind. Das ist aber nicht zwingend der Fall! 4.1.3.2 Hybridisierung von DNA DNAtotal wird in einer Pufferlsung auf eine hhere Temperatur gebracht. So werden die DNA - Strnge getrennt. Der DNA Einzelstrang A wird mit dem DNA Einzelstrang B in Kontakt gebracht. Wenn die beiden Bakterien identische DNA haben, hat man eine gute Verbindung, also 100% Homologie. Wenn sich die Bakterien teilweise unterscheiden, hat man eine langsame Wiederverbindung, die zudem unvollstndig und weniger stabil ist. Gibt es viele Unterschiede zwischen den beiden Bakterien, werden sich die beiden Einzelstrnge nicht erkennen (Keine Verbindung 0% Homologie). Diese Technik erlaubt es, herauszufinden, ob zwei Bakterien der gleichen Gattung angehren Taxonomie auf tiefem Niveau: bei 70% Homologie: Tiere gehren zur selben Spezies (d.h. sind identisch) 20 70% : gleiche Art weniger: lsst keine Aussage zu Bedingungen fr eine hhere Taxonomie: Benutzen von Genen mit homologen Sequenzen Homologie: homologe Teile des Genoms bei allen untersuchten Organismen und gemeinsamer evolutiver Ursprung. Die Sequenzen mssen sich langsam entwickelt und eine tiefe Mutationsfrequenz haben (konservative Entwicklung whrend Evolution). Das erlaubt entfernte Organismen zu vergleichen. Leicht analysierbare Sequenz: viele Organismen knnen untersucht werden.

4.1.3.3 Untersuchung der ribosomalen RNA Vorteile der ribosomalen RNA: - sie ist bei allen Lebewesen vorhanden - Ribosomen sind konservierte Strukturen. Die Vernderungen in der Evolution sind sehr gering (es gibt keine Mutation, die nicht letal wre). - sie ist gengend gross (reich an Informationen 1650 Basen) und klein (begrenzt, erleichtert Vergleiche).

Hypothesen: Die ribosomalen Gene haben die Evolution der Organismen, die sie tragen, immer begleitet Je nher die Sequenzen benachbart sind, desto nher ist der Teilungspunkt zeitlich gesehen.

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4.2 Phylogenie bei Prokaryonten


Phylogenie = Analyse hochkonservativer Merkmalstrger (Ribosomen) und ihr Vergleich. > 20% Homologie DNA : DNA: gleiche Gattung > 60 % Homologie DNA : DNA: gleiche Art

4.3 Identifikationsstrategie
4.3.1 Serologische Technik Bestimmen der Herkunft eines bestimmten Bakterienstammes: Serologie: Das Oberflchenantigen (agglutiniert die Bakterienzellen): O LPS Lipopolisaccharide H Flagellin Fr einen gegebenen Stamm identifiziert man 5 bis 6 typische Antigene, man bildet so den Serotyp, d.h. einen Katalog von Antigenen, welche man auf der Bakterienoberflche findet. Dieser kann, je nach Bakterienart, stark variieren: bei Salmonella beispielsweise existieren mehr als 2000 Serotypen fr die 2000 verschiedenen Salmonella! Um herauszufinden, welches Antibiotikum einem Patienten zu verabreichen ist, muss man die Resistenz der jeweiligen Bakterie kennen Antibiogramm 4.3.2 Antibiogramme Man zchtet einen Bakterienstamm auf Gel, welchen man anschliessend mit einem dnnen Film von 3 Punkten Antibiotika, die man testen mchte, bedeckt. Der Konzentrationsgradient der Antibiotika beginnt sich auszubreiten. Je grsser der Hemmradius ist, desto weniger resistent ist das Bakterium gegenber dem Antibiotikum.

4.3.3 Moderne molekulare Identifikationsmethoden 4.3.3.1 Restriktionsprofile durch Elektrophorese Ziel: Gesamtcharakterisierung der DNA Man schneidet die DNA an einem ganz bestimmten Ort mit einem Restriktionsenzym. Die anschliessende Elektrophorese erlaubt, die geschnittenen Fragmente zu trennen. Die Lngen sind fr jedes Bakterium typisch, da jedes Bakterium an bestimmten Stellen durch sein Restriktionsenzym geschnitten wird. Nach der Elektrophorese ist die Identifikation der Bakterien mglich. 4.3.3.2 Ribosomensonde Ribosomen : tragen RNA Knstliche Herstellung von komplementren DNA-Abschnitten (nur von denjenigen, die bei der gesuchten Bakterien-Art vorkommen). Diese DNA-Abschnitte werden mit einem fluoreszierenden Farbstoff versehen. Wenn die Bakterie zu der gesuchten Art gehrt, wird sie fluoreszierend. Damit lassen sich die Bakterien identifizieren, ohne dass man eine Kultur anlegen muss. Sondenmischung: indem man verschiedene Farbfilter benutzt, kann man die Bakterien sehen, die die Sonden fixiert haben.

4.3.3.3 PCR (Polymerase Chain Reaction) in vitro Replikation bestimmter DNA Segmente Erstellt von der F M: Version 1999/2000. 23

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4.4 Basismethoden zur Bakterienuntersuchung


4.4.1 Sterilisationstechnik
Das Ziel der Sterilisation ist die Elimination aller Gene, um eine reine Kultur zu erhalten. Das Milieu, die Luft und alle Utensilien mssen keimfrei sein. 1. Hitzesterilisation Leicht anzuwenden und nicht toxisch. Gewisse Bakterienstrukturen sind bei erhhter Temperatur leicht degradierbar. Die resistentesten Bakterien sind Endobakterien. Trockene Hitze: 2 Stunden bei 150C, fr Utensilien aus Glas und Metall, aber nicht aus Plastik. Nicht sehr wirksam, weil Luft die Zellen weniger leicht durchdringt als Dampf. Feuchte Hitze: Benutzen des Autoklaven, 15 20 Minuten bei 120C unter hohem Druck. Fr Kulturmilieu, Wasser, Polypropylen. Pasteurisierung (nicht sporicid): thermische Behandlung 71,5 74C whrend 20 Sekunden Uperisation (sporicid): Dampfbehandlung bei 135 150C whrend 1-2 Sekunden. 2.Filtration Technik, die fr Flssigkeiten und (temperatur-)empfindliche Substanzen wie Vitamine, angewendet wird. Die zu filtrierende Flssigkeit geht durch eine Membran mit extrem feinen Poren (0.2m), die die Bakterien zurckhlt. Um die Flssigkeit durchlaufen zu lassen, braucht es Druck. 3. Chemische Substanzen Die chemische Sterilisation (weniger gebruchlich in den Laboratorien, aber vor allem in der Industrie) geschieht durch eine Behandlung mit toxischen, flchtigen Substanzen oder Gasen: Ethylen Oxid: hergestellt durch eine bestimmte Quantitt Wasser (5-15%), in einer Atmosphre von N + CO2 in speziellen Dampfbdern, die anschliessend die Evakuation des toxischen Gases erlauben. Diese Sterilisation wird fr Material angewendet, das nur einmal gebraucht wird. Hg Chlorid: zur Desinfektion von Oberflchen. Nachteil: es bleiben immer Spuren zurck. Kulturmittel Flssiges Milieu: fr grosse Kulturen Festes Milieu: Petrischale, Gelrohr Gefestigtes Milieu: Bouillon, Mineralsalze + andere Substanzen. Es braucht ein Gel, welches die Eigenschaften des Milieus nicht modifiziert (pH, Ionen...). Das Gel muss stabil sein, d.h. unzerstrbar durch die Bakterien. Das erste Produkt ist Gelatine, ein Proteinderivat des Kollagens. Nachteile:

Wird leicht flssig bei hoher Temperatur (>25C). Man kann also keine Bakterien, die ber dieser Temperatur leben, kultivieren. Viele Enzyme knnen die Bindungen hydrolysieren. Gelatinen haben einen Nhrwert und modifizieren die Kultur.

Das zweite Produkt ist Gelose (= Polysaccharid), das aus Rotalgen gewonnen wird (Agar Agar). Vorteil von Gelose: Da nur wenige Enzyme die Rotalge kennen (stammt aus dem

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Pazifik), wird sie kaum hydrolysiert. Agar hat keine funktionellen Gruppen, um Ionen freizusetzen, was das Milieu neutral hlt. Man breitet die Proben in gengendem Abstand aus, damit die Bakterien gut voneinander unterscheidbare Kolonien bilden knnen. Wenn es Schleim hat, bleiben die Bakterien agglutiniert und man muss den Prozess mehrmals wiederholen. Bestimmte Bakterien leben in Symbiose, d.h. in enger Raumgemeinschaft. Daher ist es unmglich, sie zu isolieren (brauchen andere Bakterien um zu berleben).

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