BIOQUIMICA DR.JOSE VILLAFAN.

Bioqumica: Ciencia que estudia la composicin qumica de los seres vivos. Especialmente de estructuras que se encuentran en ellos: Lpidos, carbohidratos, protenas y acidos nucleicos. Se divides en tres reas: 1.-B.-Estructural: Estudia la composicin de los seres vivos, la conformacin, la configuracin de la estructura de la materia viva. Las estudia en el contexto de su funcin bioqumica. 2.-B. Metablica o metabolismo: transformaciones, reacciones qumicas que ocurren con las molculas de la materia viva. -Anabolismo: formacin de estructuras. -Catabolismo: Degradacin de compuestos o descomposicin de molculas. 3.B. Especializada: Estudia las condiciones bioqumicas particulares del organismo humano, tales como el agua, y los electrolitos, revisando el papel que juegan en el equilibrio acido bsico. El estudio de la sangre con todas sus caractersticas, fsicas, qumicas y biolgicas, el movimiento de los gases por la sangre, el intercambio de los mismos a nivel pulmonar y de los tejidos. La bioqumica molecular est en los procesos y molculas implicados en la transmisin y almacenamiento de la gentica. Estudia como el DNA se replica. 4.-B. Dinmica: Estudia a: -Los cidos nucleicos y sus alteraciones como enfermedades genticas, labio y paladar hendido, mutaciones de material gentico. -Protenas y alteraciones como anemias de clulas falciformes (interfiere en la cicatrizacin, alteraciones en la membrana dela clula. -Lpidos y sus alteraciones como arterosclerosis que se asocia a dislipidemia. -Carbohidratos y sus alteraciones como: alteraciones en el metabolismo de carbohidratos, diabticos, los cuales tienen problemas periodontales, disminucin de vitamina C: escorbuto. Atomos: 1 nm Lpidos y protenas de 1 a 10 nm Virus y ribosomas de 10 a 100 nm Mitocondria, nucleo y bacterias de 1 a 10 um. Clulas eucarioticas de 10 a 100 um.

Estudiamos elementos: Primarios: Son los mas abundantes: C,H,O,N,P,S ( carbono, hidrogeno, oxigeno, fosforo y azufre) Secundarios: calcio, sodio potasio C, NA, K,Zn (Calcio, sodio, potasio,zinc y cloro) Oligoelementos: Fluor, polibdeno, argn, iodo, selenio, paladio. Estos elementos forman bioelementos, las molculas pueden ser a.- simples: Como el oxgeno molecular: O2, b.- compuestas: las dividimos en orgnicas e inorgnicas. Orgnicas estn compuestas con CHON. Inorgnicas: por minelares. El agua es la molecula mas abundante e n los seres vivos,. En las sales minerales como el carbonato de calcio, o el cloruro de sodio. Los cromosomas estn en el ncleo. En la membrana hay fosfolpidos, protenas, las cuales son canales, otras son perifricas. Las protenas estn formadas por aminocidos, tambin en la membrana hay glucoproteinas. Celula: unidad estructural y funcional del organismo. Las clulas seas son parecidas a los odontoblastos.

Electronegatividad: Propiedad de los elementos de atraer electrones. El atomo mas electroonegativo es el fluor. Cloro, nitrgeno tambin son altamente electronegativos. Los menos son: sodio, potasio, magnesio. En base a esto se forman otros compuestos. A mayor diferencia de electronegatividad mayor fuerza del enlace. La atraccin entre un atomo y otro es muy fuerte. De manera que un dbil siempre va a ser atrado por uno fuerte.

Hay enlaces diferentes: Covalente, inico, de hidrogeno. El mas fuerte es el enlace covalente, despus el ionico. Del covalente hay dos, polar y no polar 1.-Covalente: Es el ms fuerte. Formado por el compartimiento de uno o ms pares de electrones. Requieren mucha fuerza para separarlos, 100 kc por molcula. a.- C. No polar: Los electrones estn compartidos igualmente por los dos atomos que forman el enlace. Los electrones estn en un tomo la mitad del tiempo y la otra mitad en el otro tomo. b.- C. Polar: los elecrones no estn compartidos por igual entro los dos tomos, sino que la probabilidad de encontrar los electrones compartidos es mayor en la vecinidad de uno de los tomos. Los atomos los encontramos mayormente en un lado. 2.-Ionico o electrocovalente: Es el resultado de la transferencia de electrones entre tomos de diferentes elementos.Los tomos de uno de los elementos pierde uno o mas electrones y se convierte en iones positivos( cationes). Se explica en base a la atraccin electrosttica entre iones de cargas opuestas. Un atomo pierde y otro gana. 5 a 10 k cal por mol se necesitan para separlos. Ejemple cloruro de sodio. 3.-Enlaces de hidrgeno ( puentes de hidrgeno): H-O, O-H, C-O. Son atracciones dbiles en el que participan atomos de hidrogeno con carga elctrica parcial. Son dbiles de forman y deshacen con facilidad. Son los causantes de que el agua sea un lquido a temperatura ambiente en lugar de gas. Es un enlace entre atomos neutros y molculas. Pasa mucho en el agua. Cuando hay muchas molculas de agua se forman enlaces tipo puente de hidrogeno. Por eso es difcil que el agua a temperatura ambiente se evapore o se congele. 5 kcal/ mol. a.- Intermolecular: se establece entre dos molculas de la misma o diferente especie. Por ejemplo el agua o acido fluorhdrico. b.-Intramolecular: se establece entre dos elementos electronegativos de la misma molecula 4.-Enlaces Van del Walls: Son los ms dbiles, pero los mas universales. Su accin resulta importante para explicar interacciones entre molculas y atomos con orbitales saturados donde no es probable la unin covalente.Ayudan a estabilizar a las protenas. En su estructura terciaria, cuaternaria o secundaria. 1 kcal/ mol 5.-Enlace hidrfobo: Atraccion entre compuestos hidrocarbonados de naturaleza no polar. Cuando se unen atomos o elementos forman grupos funcionales, por ejemplo un enlace entre un azufre y un azufre, no es muy fuerte, pero tiene gran cantidad de energa, son algunos aminocidos unidpor por puentes disulfuro. En algunos casos hay enlaces de acidos carboxlicos, los encontramos en las proteinas, las cuales tienen un grupo amino y otro un acido carboxilico

GRUPOS FUNCIONALES ( ver hoja a parte) 1.-Ester: COO 2.-Carboxilo ( acido carboxlico): COOH 3.-Amina: primaria: NH, secundaria: NH2, 4.-Amida: amino mas carboxilo. 5.-Eter: O 6.-Aldehido ( carbonilo): CHO 7.-Cetona: CO 8.-Hidroxilo ( Alcohol) 9.-Metilo: CH3 10. Fenil: C6H3

Acetil coenzima A: se requiere en el ciclo de Krebs

ESTRUCTURA DE LAS MACROMOLECULAS: HIDRATOS DE CARBONO Compuestos organicos que contienen en su estructura C H O, algunos contienen N, P y S ( P: fosforo, S azufre).. FUNCION: 1.- Dan estructura. 2.-se unen a lpidos: glucolipidos, 3.- S unen a a protenas: glucoprotenas: dan la caracterstica sangunea 4.- Aportan fibra a la dieta. 5.-peristalsis 6.- volumen a heces. 7.- Dan particularidades a los tejidos: tipo de sangre 8.- Actuan en el reconocimiento celular.

Clasificacin: a.- Por el nmero de monmeros que contienen: 1.- monosacridos una molecula de glucosa. Glucosa, frustosa y galactosa son los importantes 2.- oligosacridos: varios. 3.- polisacridos: si hay mas de cinco o mas de 10 b.-Por el numero de carbonos en: triosas, pentosas,, hexosas ( son los mas importantes) c.- Por el grupo funcional: aldosas, ( CHO O ) o cetosas d.-Por su grado de complejidad: simples y complejos Aplicacin: evite hidratos de carbono simples como fructuosa, porque las bacterias las metabolizas mas rpido) La mayoria de carbohidratos tienen una configuracin D. d ribosa, La ribosa en importante para los acidos nucleicos. Terminacin ULOSA: HIDRATO DE CARBONO CON GRUPO FUNCIONAL CETONA. De las cetohexosas la mas importante es la hexosa. RIBOSA es una aldopentosa. MONOSACARIDOS: No Pueden ser hidrolizados ( descompuestos) en molculas mas sencillas. Son los mas sencillos tres atomos de carbono ( triosas). Monosacridos de importancia fisiolgica: GLUCOSA.: Es la hexosa ( tiene 6 carbonos) mas importante. Es fundamental para la vida porque es el azcar principal que ls celilas utilizan de manera directa para producir energa.es aldohexosa. Hay rganos que dependen exclusivamente de ella: cerebro y eritrocito. FRUCTOSA: En frutas. Es el ms dulce de los azucares, jugo de frutas, miel. GALACTOSA: SE obtiene de la hidrolisis de la lactosa. Aldohexosa. DISACARICOS. Se forman por dos molculas de monosascaridos a.Sacarosa. Glucosa mas fructosa. De la caa: glucosa mas fructosa. Se utiliza para tratar heridas abiertas. b.Lactosa. EN LA LECHE, en el menos dulce de los hidratos de carbono, formado por glucosa y glactosa c.Maltosa. La unin de muchas maltosas forman el almidn. Glucosa mas glucosa. No existe libre en la naturaleza. POLISACARIDOS: Hay dos que nos interesan: Almidon y glucgeno. Homopolisacaridos: formados por un tipo de monosacrido. Heteropolisacaridos: formado por diferentes tipos de monosacridos.

Almidon: formado por puras unidades de glucosa, una red grande. Se encuentra en especies vegetales. En granos, cereales, harina. Glucogeno. Es la manera de almacenar energa. Para ser utilizados en casos de estrs o cuando estamos ayunando. Es una estructura mucho mas ramificada. Consta de una cadena con enlaces a ( 1 -4) y a (1- 6) en los puntos de ramificacin. Se encuentra en hgado y msculos. Se

LIPIDOS: Hay varios tipos: 1.-cidos grasos: tienen un grupo metilo y otro carboxilo. Si se juntan tres y se unen a glicerol forman los triglicridos. Son cadenas con numero par de carbonos. Hay de cadena larga, media y corta. Los principales en el humano son de cadena larga, de 16, 18, 20, 22 y 24. Se encuentran en forma CIS y forma Trans. Si quedan los radicales arriba son cis. Si un radical queda arriba y otro abajo son trans, que producen alteracin endotelial, son malos la debe pasar del 1% de grasas trans. 2.-Colesterol: molcula que forma anillos heterocclicos. Anillos de 5. 3.-Esteroides: hormonas esteroideas se derivan del colesterol, Andrgenos y estrgenos son esteroides ( estradiol) 4.-Estanoles: Lpidos que se encuentran en plantas. 5.-Fosfolipidos: en la membrana celular hay una bicapa de fosfolpidos. Los cidos grasos pueden ser saturados o insaturados. Saturados: No tienen ningn doble enlace. Los importantes en el de 16 carbonos: al acido palmtico( en los cocos de la palma) 18 carbonos ( acido esterico, y el araquidico: 20 carbonos. Triglicridos: un glicerol con tres cidos grasos. Insaturados: tienen un doble enlace. Se clasifican en: Monoinsaturados: Tene un doble enlace Los Poliinsaturados: Tienen dos o mas dobles enlaces. Como omega 3.

PROTEINAS : amino, carboxilo, carbono quiral, hidrogeno,, cadena lateral. Aminoacidos: Formados por CHON . Son los precursores de las protenas. Algunos aminocidos son precursores de biomoleculas no proteicas con actividad biolgica importante. GABA, principal neurotransmisor en el cerebro., es inhibitorio gracias a eso no convulsionamos. El glutamato es exitatorio, desencadena las crisis convulsivas. Se ha descrito ms de 300 aminocidos, pero solo 20 se encuentran en los seres vivos, estos son los ms importantes, ya que no estn modificados en el DNA. Tienen un grupo amino, otro carboxilo que estn unidos a un carbono quiral o asimtrico( tiene 4 sustituyentes), cadena lateral, a dems tiene un hidrogeno El nico aminocido que no tiene 4 sustituyentes en el carbono quiral es la glicina. Hay forma D y forma L: dependiendo donde este el grupo amino. La mayora de los aminocidos son forma D. Clasificacion de aminocidos: En base a las propiedades de su cadena lateral: 1.- No polares neutros:. No hay carga en su cadena lateral. No son muy solubles en agua: fenilalanina 2.- Polares neutros: Son mas solubles en agua. Tienen grupos funcionales que pueden interaccionar con el agua. Ejemplo: glutamina, importante para la memoria. 3.- Aminoacidos acidos: donan protones o hidrogenioines. Acido asprtico, glutamato. 4.-Aminocidos bsicos: aceptan protones o hidrogeniones

Acido: donador de protones o hidrogenioines Base; aceptor de protones o hidrogenin.

Los escenciales no los podemos sintetizar, debemos consumirlos en los alimentos. Los no escenciales si los producimos. Forma de denominarlos: aprender una sola letra y de tres letras. La mayora de los aminocidos son alfa. Cis -Cistena His-Histeidina Iso-Isoleucina Met-Metionina Ser-Serina Via-Vialina Ala-Alanina Gli-Glicina Leu-Leucina Pro-Prolina treonina

Aveces los amonoacidos se unen a otras molculas, el caso de la hemoglobina tiene un anillo hem , que permite el transporte de oxigeno. Los aminocidos se unen por medio de enlace peptdico para formar polipeptidos. Si hay cuatro aminocidos se llama tetrapeptido. Los pptidos tienen actividad biolgica, por ejemplo hay un tetrapeptido capaz de regular la secrecin de no seq ue.. Las protenas tambin pueden ser descompuestas en aminocidos: a ese proceso se le llama hidrolisis. El agua juega un papel importante Peptido; tiene entre dos y siete amonoacidos Poli: tiene entre 8 a 100 Protenas; tienen mas de 100 aminoacidos. FUNCIONES: Ayuda a transporta hormonas en la sangre Forma rganos y tejidos Pueden transportat molculas en la sangre Regula funciones celulalres Regula funciones del sistema inmuneLas podemos encontrar como estructuras: Primaria: secuencia de aminocidos: secuencia lineal de aminocidos Secundaria: cuando los aminocidos forman estructuras secundarias en forma de espiral, lamina beta, pliegues o deblez beta. Estas estructuras se dan gracias a los puentes de hidrgenos. Terciaria: Estructura secundaria de un polipeptido al plegado sobre si misma originando una conformacin globular. Los dominios son las unidades estructurales funcionales y tridimiensionales bsicas de un polioetido. Las cadenas polipetidicas tieen mas de 200 aminoacidos. Los enlaces disulfuro tambin ayudan a formar esta estructura. Cuaternaria:Muchas protenas consisten en una sola cadena polipetidica y se definen como protenas monomericas. Otras consisten en dos o mas cadenas de estructura idntica o diferente. La distribucin de estas subunidades es lo que se ha llamado estructura cuaternaria. Chaperonina: entran en l interaccion con el polipetido en diversis etapas durante el procedo de plegadura. Algunas chaperoninas son importantes para conservar la protena desdoblada. Hormonas: oxitocinas: tiene ocho aminocidos, responsable de expulsar la leche, y de contracciones en trabajao de parto Glutatin: neutraliza radicales libres Colisistoquinina; polip de 30 amonoacidos, contrae la vesicula viliar, liberamos bilis para poder catabolizar las grasas. Encefalinas: Ayudan a regular el dolor, ejemplo: Metaencefalinas: ayudan a regular el dolor, son liberadas en las terminales nerviosas para controlar el dolor. Por eso cuando nos pegamos empieza doler y luego se inhibe. Las protenas se clasifican de acuerdo a su funcin en: Transportadoras

Enzimas, De almacenamiento, Contrctiles, Defensa ( inmunoglobulinas), Hormonales ( determinan caracteres sexuales secundarios), factores trficos ( factores de crecimiento, mantienen la masa muscular, ), Receptoras ( estn en la membrana y reciben seales, Cromosmicas( se unen al DNA, Toxinas( las bacterias producen bacterias toxicas) La estructura esta determinada por el DNA. Procesos que dan origen a la protena Transcripcin: Formacion de RNA mensajero Traduccion:sntesis de la protena a travs del RNA Las protenas se pueden desmineralizar, se desorganzacion de la estructura secundaria y terciaria de una protena, sin llegar a hidolizar los enlaces peptdicos. Hay tanto sntesis como degradacin.. Con calor se desnaturaliza, pero si lo quito se puede volver a naturalizar.

METABOLISMO: Consta de anabolismo y catabolismo. Se requiere de mucha energa Catabolismo: degradacin, produce e energa Anabolismo: sntesis, requiere energa. CLICLO DE KREBS o cliclo del acido ctrico. Acetil coenzima a: se unan a una molecula , se libera bixido de carbono, obtenemos ATP Las protenas aportan 4 kc por gramo El alcohol: 7 kg por gramo. La energa es como dinero que mueve un sistema. El catabolismo involucra vas de biodegradacin. En este proceso ocurren muchas reacciones de oxidacin, tenemos atp dorecto, pero tambin tenemos intermediarios como NADP, NAD. Resutado final del catabolismo: ATP, agua,oxigeno, bixido de carbono, calor. Integracin de las vas del metabolismo energtico: Glucosa y fructosa se absorben, entonces, esa glucosa yo la capto en las clulas, dentro de la celula en el citosol lo transformo en piruvato, para eso se requieren de 10 reacciones, Glucolisis : vas de degradacin de la glucosa en piruvato. Son diez reacciones, se divide en dos fases: 1era fase: de 1 a 5 se conoce como inversion de energa. Se invierten dos ATP 2da fase: de la 6 a la 10: se conoce como Generacion de energa: gano 4 ATP. Por cada molecula de glucosa gano 2 ATP. La siguiente via metabolica es la conversin de piruvato a acetil coenzima a. para que esto ocurra se requieren de muchas reacciones conocido como :Complejo piruvato desidrogenasa: Descarboxilacion,: proceso mediante el cual se pierde bixido de carbono, esto lo hace un complejo enzimtico. Que es una enzima:? molecula que acelera la velocidad de una reacccion, cataliza. Necesita de cofactores que ayudan a la enzima, pero la diferencia entre el cofactor y la coenzima es que el cofactor es una molecula NO organica. Cofactores ejemplares son manganeso, hierro, cobre, metales mas que nada. COENZIMA: ORGANICA COFACROR: NO ORGANICO es una molecula orgnica. ( c,h,o y mximo nitrgeno). El NAD Y EL nadp SON COENZIMAS. Muchas vitaminas son coenzimas, ej vit K, B3, B2 o riboflavina.

Todas las reacciones metablicas estn catabolizadas por enzimas, particpa agua, coenzimas, cofactores, y algunas requieren de energa. Reacciones: a.- favorables: se pueden llevar a cabo porque hay energa b.- NO favorables: no se pueden llevar a cabo sin energa. Reaccin expontanea: es favorable, se puede llevar a cabo por si misma. El organismo acopla reacciones, una favorable la acopla con una no favorable. Despus de que se forma la A Co A, es un compuiesto de convergencia de l metabolismo de las grasas, glucosa , aminocidos, todos pueden formarla. El acetoacetato es un cuerpo cetonico que pued formar a co A. Alagunos aminocidos tambin son sustrato para producir energa. El cliclo de Krebs es una via metabolica. Solo se usa el grupo acetilo NAD, NADp: SON OXIDADOS Nadh, nadph: son reducidos : son coenzimas. Son equivalentes energticos. No es energa, pero vale como energa. La A co A, se usa en la mitocondria con la finalidad de convertir mas energa. Se logra formando intermediatrios como fumarato, malato, etc GTP: es energa directo FAD: flavina, adenina, donucleotido: Tanto el nad como el fad se usan en la mitocondria para producir energa. El A co tiene dos carbonos, Del ciclo de Krebs se obtiene, oxigeno, bixido de carbono, atp y agua. LA VIAS DE LAS HEXOSAS MONOFOSFATO: se le llama asi porque la idea es producir hexosas fosforiladas. Se usan la glucosa, seis fosfato. Utiliza esta via la glucosa seis fosfato para formar ribosa 5 fosfato y__gliceraldehido 3 fosfato y produce tambin NADPH ( energa) Glucosa es necesaria para formar acidos nucleicos, glucgeno. A la formacionde glucgeno a partir de glucosa se le llama: glucognesis. CLICLO DE LA UREA: ES LA ULTIMA via del catabolismo . a mayor proteina que consume mayor urea que voy a excretar por el rion. GLUCOLISIS: la glucosa se descompone en piruvato La gluconeognesis implica la conversin del piruvato en glucosa, ( o glucgeno) tambin son diez reacciones. Se lleva a cabo en hgado y en rion. El 2 % en el rion, el 98 % en el hgado. Principal rgano que provee de energa. A travs de 8 horas de ayuno empiezo a producir glucosa, a partir de precursores que no son hidratos de carbono. El hgado usa de todo para producir glucosa El glucagn actua sobre el glucogeno que esta en el hgado, aumenta la gluconeognesis. Se produce en el pancreas Glucogenolisis destruccin de glucgeno en hgado y musculo. Se lleva a cabo despus de comer. Glucolisis: se lleva a cabo en todo el cuerpo, todo el tiempo. Cuando comemos los acidos grasos se convierten en triglicridos, cualquier alimento, ya sea carbohidrato, proteina, no solo lpidos, se convierten en triglicridos.. Sintesis de triglicridos, sntesis de acidos grasos son vas anablicas. Otras vas anablicas involucran las sintesis te protenas. Esquema: Rojo: vas catablicas Niveles normales de glucosa: 60-100 Se forma musculo despus de comer, se tomasn los aminocidos y se incorporan al musculo. El cerebro tiene como nico susutrato la glucosa y aveces cuerpos cetonicos. Pncreas: libera glucagn ( estimula la degradacin de glucgeno y formacin de glucosa) o insulina El musculo en situacin de ayudo aporta protenas, se degradan hasta alanina y la alanina contribuye a la formacin de glucosa. Finalmente todas las biomoleculas contribuyen a la formacin de glucosa. Todos los rganos participan para mantener la homeostasis del organismo. Una buena nutricin empieza con una buena masticacin de los alimentos. El exceso de glucosa se almacena en forma de glucgeno.

ACIDOS NUCELICOS Compuestos por C H O N. Son dos tipos: ADN y ARN Adn: se encuentra almacenada la informacin gentica ARN varios tipos: 1.-ribosomal:se utiliza para la sintesisi de prtoeinas 2.-mensajero: tiene la funcoin de llevar la informacin necesariia para formar una proteina, info del nucleo al ribosoma. Es una copia del pfracgmento de ADn, se ah se obtiene la info para sintetizar la proteina. 3.-transferencia: lleva al ribosoma los aminocidos necesarios apra formar la proteina. arn pequeos: Transcripcin es un proceso por medio del cual se copia. Se forma RNA Traduccin: sntesis de proteina. El rna sale del nucle y sintetiza la proteina. Replicacin: procedo de replicaciond el material gentico, cuando se forman molculas que requerimos, se reponen las biomeleculas Los acidos nucleicos estn formados por nucletidos que son: Adenina,- timina: dos puentes de hidrogeno Citosina guanina: tres puentes de hidrogeno Uracilo- guanina: si es rna Las cadenas de DNA se unen por puentes de hidrogeno Se les llama purinas a adenina y guanina. Tienen dos anillos Las piridininas son citosina, tiamina y uracilo. : tienen un anillo

Rna adems tiene uracilo. La diferencia en adn y arn. El adn pierde un oxigeno, por eso es desoxirribonucleico, Los nucletidos son iguales pero tienen un OH. Enlaces fosfodiester o betaglucosidico ( entre la ribosa y otra ribosa). La doble hlice del DNA forma un surco mayor y un surco menor. Gira en sentido levogiro; a la derecha. Hay formas A b y z. Propiedades del DNA: una hebra es complementaria de la otra. Con calor se desnaturaliza, si se quita el calor se renaluraliza. El DNA. Unas protenas para envolverlas y forman nucleosomas: es la forma escencial de almacenamiento de cromatina. Muchos nucleosomas forman estructuras mas complejas. La cromatina es DNA mas cromatinas se encuentran en el nucleo. Dna mide 2 nm de anchor Nucleosomas 8 nm Unidad fundamental de la cromatina Cromatina: 700 nm : Conjunto de ADB, histonas y proteinas no histonicas que estn en el nucleo de la celula. Cromosoma: 1400 nm U nucletido mide 1-2 nm 1 nm = a la -9 El DNa de una celula si lo estiramos son 10 km de longitud