GUIA DE TRABAJOS PRACTICOS TEMA

PROTEINAS

Asignatura Bioqumica Facultad de Economa y Administracin Escuela de Ciencias Agrarias Universidad Catlica de Salta

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2004
Protenas Representan el 50% de peso seco de los tejidos. Desde el punto de vista funcional, su papel es fundamental, no existe proceso biolgico alguno que No dependa de la presencia y / actividad de estas sustancias. Algunos ejemplos de su diversidad funcional, son protenas todas las enzimas, muchas de las hormonas, la hemoglobina, los anticuerpos, los receptores celulares, la actina y miosina, el colgeno etc. Todas contienen C, H, O, y N, y algunas tambin S, son macromolculas, formadas por largas cadenas de aminocidos (polmero de aminocidos), son obligadamente soluciones coloidales. AMINOCIDOS Son compuestos que en su molcula poseen un grupo cido o carboxilo (-COOH) y un grupo bsico, amina (-NH2), unido al C , por ende, son aminocidos y su frmula general es la siguiente: R H2N C H COOH donde, R es la cadena lateral, diferente para cada uno de los veinte aminocidos (aa) que existen, ac observamos tambin que el C es un C asimtrico, por lo que poseen isomera ptica se presentan as dos estereoismeros D y L . Las clulas de los organismos disponen de mecanismos que les permiten diferenciar entre los estereoismeros, en el caso de los aa, slo los de configuracin L pueden ser incorporados a protenas y participar de las reacciones que acontecen en las clulas, por ende nicamente nos referiremos a ellos en lo sucesivo. Clasificacin: Alifticos De acuerdo a su cadena Neutros cidos Bsicos Iminocidos Con cadena no polar Con cadena polar no ionizable

Aromticos Azufrados

Aminocidos alifticos neutros con cadena no polar

Protenas 2
Autor: M.V. Campos Vaca, M.V.

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Glicina Isoleucina

Alanina

Valina

Leucina

Aminocidos alifticos neutros con cadena polar no ionizable

Serina Aminocidos neutros aromticos

Treonina

Fenilalanina Aminocidos azufrados

Tirosina

Triptfano

Cistena Aminocidos cidos

Metionina

Protenas 3
Autor: M.V. Campos Vaca, M.V.

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cido Asprtico

cido Glutmico

La asparragina y glutamina son derivados de aa con una funcin amida en el C distal al C .

Asparragina Aminocidos bsicos

Glutamina

Lisina Iminocidos

Arginina

Histidina

Prolina

Hidroxiprolina

Protenas 4
Autor: M.V. Campos Vaca, M.V.

GUIA DE TRABAJOS PRACTICOS Asignatura: BIOQUMICA Carrera: Mdico Veterinario --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Propiedades Las cadenas de los aa permiten predecir su comportamiento: El grupo sulfhidrilo de la cistena es altamente reactivo y con facilidad se combina con otro similar para forma puentes di-sulfuro (-S-S-), lo que a su vez forma el aminocido cistina. El grupo cido adicional de los aa cidos adems de otorgarles carcter cido, da a estos aa la propiedad de formar uniones de tipo salino. Tambin establecen uniones electrostticas los aa di-aminados. La existencia en una misma molcula de los grupos cido y bsico, donde el grupo carboxilo es capaz de ceder protones (acta como un cido), mientras que la amina puede aceptarlos (actuando como base). En soluciones acuosas, estos compuestos se encuentran disociados, creando en una misma molcula dos polos, uno positivo y uno negativo. Por esto se denominan sustancias bipolares, iones bipolares, anflitos o anfteros. R + H3N -C H COOIn dipolar En soluciones cidas fuertes, el in dipolar capta un H a nivel de su carboxilo, mientras que en solucin alcalina, el protn extra del grupo amina reacciona con los grupos OH para formar agua y el aa queda cargado negativamente. Hay un valor de pH, caracterstico para cada aa, en el cual la disociacin de cargas positivas y negativas se iguala y, por lo tanto la carga total del aa es cero. A este calor de pH en el cual las cargas del aa es nula, se le denomina punto isoelctrico (pI) Los aa pueden participar en muchas reacciones qumicas, algunas de ellas comprenden al grupo carboxilo, otras al grupo amina, hay reacciones especificas de determinadas cadenas laterales y sirven para identificar en una muestra la existencia de un aa particular. Una de las reacciones ms utilizadas es la reaccin de la ninhidrina, donde el grupo amina reacciona con esta sustancia dando un compuesto de intenso color prpura (salvo prolina que da un color amarillo). Unin peptdica: es la unin que se produce entre el grupo carboxilo de un aa y el grupo amina de otro. Esta unin se produce mediante prdida de una molcula de agua y es de tipo amida.

El producto que se obtiene se denomina dipptido, si seguimos agregando ms unidades aminoacdicas con el mismo tipo de unin formaremos tripptidos, tetrapptidos etc. Cuando poseen ms de diez aa, se llaman polipptidos, y cuando la cadena alcanza ms de 6000 Da (ms de 50 unidades aminoacdicas) la molcula es considerada protena. Por debajo de esta masa se denominan genricamente pptidos. Toda cadena polipeptdica tiene un extremo en el cual queda un aa con el grupo amino libre, en el comienzo de la cadena, ste es el extremo amino terminal o N - terminal, la otra punta, posee libre el grupo carboxilo, es el extremo final, carboxilo terminal o C terminal. Se nombran siguiendo el orden de los restos aa integrantes a partir del que posee el grupo amina libre, cada uno se indica por la raz del nombre del aa seguida del sufijo il, por ejemplo un pptido formado por Tirosina, lisina, alanina, cido asprtico, cistena y serina se llamar tirosil-lisil-alanil-aspartil-cisteinil-serina, que se abrevia tyr-lys-ala-asp-cys-ser.

Protenas 5
Autor: M.V. Campos Vaca, M.V.

GUIA DE TRABAJOS PRACTICOS Asignatura: BIOQUMICA Carrera: Mdico Veterinario --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Propiedades generales: Propiedades cido-base, como se vio anteriormente en pptidos, en una cadena polipeptdica, los grupos carboxilo y amina que participan en la unin peptdica no se disocian, nicamente lo hacen los de los extremos, es decir el grupo amina del extremo Nterminal y el grupo carboxilo del extremo C-terminal, como es obvio, solo esos dos grupos funcionales en una macromolcula no tendran gran incidencia en la determinacin de las propiedades cido-base, entonces la carga elctrica que manifiesta una protena depende de la ionizacin de los grupos libre disociables existentes en las cadenas laterales de los restos de aa que los forman. De esta manera, la presencia en la molcula de aa bsicos le otorga carcter bsico, en cambio si predominan restos de cido asprtico y glutmico en una protena, sta adquiere propiedades cidas. Al igual que los aa, las protenas a determinado punto de pH tienen una carga nula, punto conocido como punto isoelctrico. Electroforesis, si se somete a una protena a la accin de un campo elctrico en un medio de pH que sea cido con respecto al pI de la protena, su carga elctrica positiva determinar que se desplace hacia el ctodo (polo negativo), en cambio si el pH est por encima del pI, la carga de la protena ser negativa, por ende se desplazar hacia el nodo. Si el pH coincide con el pI, la protena no desplazar en el campo elctrico. La migracin de protenas por accin de un campo elctrico se denomina electroforesis. Solubilidad, la mayor parte de las protenas son solubles en agua o en soluciones acuosas, esta solubilidad vara con el pH, la temperatura y la presencia de sales en el medio o solventes polares. El pH es un factor importante en la solubilidad, ya que de l depende la carga elctrica de una protena, efecto de las sales, a bajas concentraciones, las sales favorecen la solubilidad de muchas protenas, sin embargo a medida que se aumenta la concentracin la solubilidad decrece, y cuando la concentracin alcanza cierto valor haciendo que la protena precipite. Efecto de solventes poco polares, el agregado de solventes poco polares como etanol, acetona, etc., a soluciones de protenas disminuye su solubilidad y produce precipitacin cuando la concentracin del solventes alcanza ciertos valores, variables segn la protena de que se trate. La precipitacin se acompaa de alteracin de la protena (desnaturalizacin) a menos que se trabaje a temperaturas muy bajas. Dilisis, en un sistema biolgico con soluciones complejas que contienen macromolculas con solutos de bajo peso molecular, es posible separar el soluto de bajo peso mediante un proceso llamado dilisis, usando para ello una membrana porosa (membrana semipermeable), que permite el paso del agua y molculas pequeas y retiene las macromolculas. Forma molecular Cada protena tiene en estado natural, una forma caracterstica. De acuerdo a eso, puede clasificarse en dos categoras: globulares y fibrosas. Globulares: son aquellas en las cuales la cadena de aa se pliega sobre s misma para formar un conjunto compacto que asemeja un esferoide, en general, son protenas de gran actividad funcional, como las enzimas, anticuerpos, hemoglobina, etc., son solubles en medios acuosos. Fibrilares: en estas las cadenas de aa se ordenan paralelamente, formando fibras o lminas extendidas, en las cuales el eje longitudinal predomina notoriamente sobre los transversales, en general son insolubles o poco solubles en agua y participan en la formacin de las estructuras de sostn, como las fibras de tejido conectivo y formaciones titulares de gran resistencia fsica. Estructura molecular La estructura de las protenas es muy compleja, razn por la cual para su descripcin conviene describirla considerando distintos niveles de organizacin: Estructura primaria: se refiere al nmero, identidad y secuencia de los aa que componen las protenas en cadena lineal, ya que la unin peptdica no admite ramificaciones. Esta secuencia de aminocidos es el principal determinante de su conformacin, propiedades y funciones. Estructura secundaria: es la disposicin espacial, regular que puede adoptar la estructura primaria, mantenida por puentes de H. Estudios de difraccin de rayos X confirmaron dos

Protenas 6
Autor: M.V. Campos Vaca, M.V.

GUIA DE TRABAJOS PRACTICOS Asignatura: BIOQUMICA Carrera: Mdico Veterinario --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------modelos tericos propuestos por Pauling y Corey, la hlice y la hoja plegada o lmina (las letras y solo indican el orden en el cual ambas estructuras fueron propuestas por estos investigadores).

Hlice : la disposicin de la cadena determina su enrollamiento sobre un eje central, como si estuviese envolviendo un cilindro, el giro se hace en el sentido de las agujas del reloj (hlice dextrgira). Este tipo de unin se mantiene por puentes de H. Lmina : la cadena polipeptdica se encuentra ms extendida que en la hlice , cuando dos o ms cadenas se aparean, se establecen entre ellas puentes H que mantienen unidas las cadenas entre s originando una estructura laminar con plegamiento en zigzag, muchas veces la cadena hace un giro sobre s misma, formando una horquilla. Al azar: esto no significa que la cadena siga cualquier orientacin imprevisible, ya que tiende a adoptar al disposicin termodinmica ms favorable, es que la cadena proteica no posee una estructura regular (no es hlice ni lamina ). Pueden encontrarse los diferentes tipos de estructuras secundarias en la misma molcula de protena, muchas protenas (las globulares por ejemplo) poseen un segmento en hlice, al azar y en lmina plegada, mientras que las protenas fibrosas presentan exclusivamente estructuras en hlice o en lmina .
Estructura terciaria: la arquitectura total de una molcula proteica determina una conformacin tridimensional caracterstica para cada una de ellas, conformacin que no es fortuita, se mantiene gracias a uniones e interacciones que se establecen entre las cadenas laterales de los residuos aminoacdicos existentes en el polipptido. Las fuerzas que contribuyen a mantener la estructura terciaria son fuerzas de atraccin o repulsin electrostticas (entre grupos con carga elctrica como el NH3+ de lisina y arginina, que se enfrenta con grupos del signo opuesto como los COO- de cidos asprtico y glutmico, formando enlaces inicos. Si los grupos tienen igual signo, el efecto ser de repulsin y alejamiento); enlaces de H (el O del carbonilo de un carboxilo libre de cidos asprtico y glutmico, o el N del ncleo imidazlico de histidina, pueden atraer el H de los grupos OH de serina, Treonina o Tirosina, establecindose puentes de H); presencia de cadenas hidrofbicas o hidroflicas (las cadenas laterales apolares tienden a alejarse del contacto con el agua, provocando plegamientos que terminan agrupando los restos hidrfobos en el interior de la molcula, por otro lado, las cadenas laterales con grupos hidrfilos (-COO -, -NH3, -OH) tienden a disponerse hacia el exterior de la molcula en contacto con el solvente polar); puentes disulfuro (el enfrentamiento de los grupos sulfhidrilo de dos cistenas puede determinar, por oxidacin, el establecimiento de una unin covalente (-S-S-) o puente disulfuro. Estructura cuaternaria: hasta aqu tratamos estructuras proteicas formadas por una sola cadena polipeptdica, la estructura cuaternaria se refiere a las protenas llamadas oligomricas (formadas por ms de una cadena), y a la disposicin espacial que las subunidades polipeptdicas adoptan para formar molculas compuestas. Las fuerzas que mantienen en posicin a las diferentes subunidades son puentes H, atracciones electrostticas, interacciones hidrofbicas, puentes disulfuro, etc. Desnaturalizacin: el cumplimiento de su funcin, por parte de una protena depende del mantenimiento de una conformacin adecuada, lo cual exige que las estructuras (primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria) no sufran alteraciones. Cuando las protenas son sometidas a la accin de agentes fsicos (calor, radiaciones, congelamiento repetido, grandes presiones, etc.) o qumicos (cidos o lcalis concentrados, solventes orgnicos, soluciones concentradas de urea, etc.) pueden sufrir alteraciones en su conformacin al afectar las fuerzas que las mantienen. La desorganizacin en la estructura molecular lleva a la prdida de las propiedades y funciones naturales de la protena, por eso se llama a este proceso desnaturalizacin. Involucra la ruptura de las estructuras secundaria, terciaria y cuaternaria. Los agentes desnaturalizantes no atacan las uniones peptdicas, por lo que se conserva la estructura primaria (que se afecta por el proceso denominado hidrlisis).

Protenas 7
Autor: M.V. Campos Vaca, M.V.

GUIA DE TRABAJOS PRACTICOS Asignatura: BIOQUMICA Carrera: Mdico Veterinario --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Es un proceso irreversible. Clasificacin Las protenas se clasifican en dos grandes grupos Protenas simples Protenas conjugadas Protenas simples: son aquellas que por hidrlisis solo dan origen a aa. Pueden estar formadas por ms de una cadena polipeptdica, por ejemplo albminas, globulinas, histonas, glutelinas, escleroprotenas como queratina, colgeno, elastinas. Protenas conjugadas: formadas por asociacin de una protena simple y una porcin no proteica integrando una unidad molecular. Corrientemente se llama apoprotena a la porcin proteica, mientras que la otra porcin se denomina grupo prosttico. Cromoprotenas, formadas por una protena simple unida a un grupo prosttico coloreado, por ejemplo citocromos, hemoglobina, etc. Glicoprotenas, unidas a carbohidratos, muy frecuentemente heteropolisacridos, como algunas globulinas plasmticas. Fosfoprotenas, protenas conjugadas con restos de cido fosfrico, como la casena de la leche y vitelina de yema de huevo. Lipoprotenas, el grupo prosttico est representado por lpidos de diverso origen (HDL, LDL) Metaloprotenas, numerosas protenas usan de grupo prosttico a elementos metlicos (Fe, Cu, Zn, Mg, Mn) esenciales para la estructura y funcin de esas molculas.

Protenas 8
Autor: M.V. Campos Vaca, M.V.