Biochimie: Structure des glucides et Lipides Acides Amins Proteines

Sommaire
Sommaire Chapitre 1 : Les glucides
1.1 Dfinition 1.2 Importance en Biologie 1.3 Classification des glucides 1.3.1 Les critres de classification des oses 1.3.2 Les osides 1.4 Les oses 1.4.1 Structure linaire des oses 1.4.1.1 Nomenclature 1.4.1.2 Structure du Glycraldhyde 1.4.1.3 Rappels sur le Carbone asymtrique 1.4.2 Filiation chimique des oses selon Fischer 1.4.3 Srie D et L des oses 1.4.4 Principaux oses naturels selon Fischer 1.4.5 Objections la structure linaire des oses 1.4.6 Structure cyclique des oses : structure de Haworth 1.4.7 Intrt de la structure cyclique 1.4.8 Structure cyclique des oses selon Haworth 1.4.8.1 D Glucopyranose 1.4.8.2 D-Galactopyranose 1.4.8.3 D-Mannopyranose 1.4.8.4 D-Fructofuranose 1.4.8.5 D Ribofuranose 1.4.9 Principales proprits des oses 1.4.10 Drivs amines doses biologiques 1.4.11 Drivs acides doses biologiques 1.4.11.1 Acides aldoniques 1.4.11.2 Acides uroniques 1.4.11.3 Acide sialique = Acide N-actylneuraminique (NANA) 1.4.11.4 Acide ascorbique = vitamine C 1.5 Les osides 1.5.1 Dfinition 1.5.2 Mode de liaison des oses 1.5.3 Les principaux diholosides 1.5.4 Les polyosides 1.5.5 Hydrolyse enzymatique des osides et polyosides 1.5.6 Glycosaminoglycanes 1.5.7 Les glycoprotines 1.5.7.1 Dfinition 1.5.7.2 La fraction glucidique 1.5.7.3 Liaison des fractions glucidiques et protiques 1.5.7.4 Rle biologique des fractions glucidiques 1.5.7.5 Les principales glycoprotines

Chapitre 2 : Les lipides

2.1 Dfinition 2.2 Rle biologique 2.3 Les acides gras

2.3.1 Les acides gras saturs [CH3 -(CH2)n - COOH] 2.3.2 Les acides gras monoinsaturs 2.3.3 Les acides gras polyinsaturs 2.3.4 Proprits des acides gras 2.3.5 Classification des lipides 2.4 Les lipides simples : glycrides et strides 2.4.1 Les glycrides 2.4.2 Les strides 2.4.3 La vitamine D3 ou Cholcalcifrol 2.5 Glycerophospholipides 2.5.1 Lacide phosphatidique 2.5.2 Les glycrophospholipides 2.5.3 Les Phosphatidylthanolamines et Phosphatidylsrines 2.5.4 Les Phosphatidylcholines ou LcithinesLes Phosphatidylcholines ou Lcithines 2.5.5 Les Phosphatidylinositols 2.5.6 Proprits des Glycrophospholipides 2.5.7 Hydrolyse des phospholipides par les phospholipases 2.6 Sphingolipides 2.6.1 Acylsphingosine ou Cramide 2.6.2 Les Sphingomylines 2.6.3 Les Glycolipides

Chapitre 3 : Structures des membranes biologiques

3.1 Les constituants membranaires 3.2 Proprits des membranes biologiques

Les glucides
1.1 Dfinition 1. Ce sont des molcules organiques dont les carbones sont porteurs

 de fonctions alcools (alcool secondaire, alcool primaire) dune fonction aldhyde ou ctonique (fonction carbonylique) parfois dune fonction acide ou amine. 2. Au total, il sagit daldhyde ou de ctone polyhydroxyles car un carbone est porteur soit dun aldhyde soit dune ctone, tous les autres tant porteurs de fonctions alcools.

1.2 Importance en Biologie

1. Rle nergtique 40 50 % des calories apportes par lalimentation humaine sont des glucides. Ils ont un rle de rserve nergtique dans le foie et les muscles (glycogne). 2. Rle structural Les glucides interviennent comme : Elments de soutien (cellulose), de protection et de reconnaissance dans la cellule. Elments de rserve des vgtaux et animaux (glycogne, amidon). Constituants de molcules fondamentales : acides nucliques, coenzymes, vitamines, Ils reprsentent un fort pourcentage de la biomasse car la plus grande partie de la matire organique sur la Terre est glucidique. 3. Rle conomique Cellulose : milliards de tonnes / an Amidon, saccharose : millions de tonnes / an. 4. La place du glucose Principal carburant des tissus Seul carburant du foetus Rle fondamental car tous les glucides alimentaires sont absorbs sons forme de glucose ou convertis en glucose dans le foie. Tous les glucides sont synthtiss partir du glucose dans lorganisme.

1.3 Classification des glucides

On distingue les oses et les osides.

1.3.1 Les critres de classification des oses

Ces critres font appel au nombre datomes de carbone de lose et la nature du carboxyle. Le nombre datomes de carbone : 3C (triose) ; 6C (hexose) La nature du carbonyle : Aldhyde Aldose ; Ctone Ctose La combinaison de ces 2 critres caractrise lose : Aldopentose, Aldohexose, Ctopentose, Ctohexose,

1.3.2 Les osides

1. Dfinition Ce sont des molcules dont lhydrolyse fournit 2 ou plusieurs molcules doses. Ces oses sont identiques ou diffrents. On en distingue 2 grands groupes : Holosides et Htrosides. 2. Holosides Liaison de n molcules doses par des liaisons glycosidiques. Selon le nombre doses constitutifs : Di-, Tri, Ttra holosides. Oligosides : jusqu quelques dizaines doses. Polyosides : quelques centaines doses (cellulose, amidon). 3. Htrosides Ils donnent par hydrolyse : oses + aglycone (partie non sucre). Liaison des Protines (glycoprotines), des Lipides (glycolipides), des bases.

1.4 Les oses

4

1.4.1 Structure linaire des oses

1.4.1.1 Nomenclature

1.4.1.2 Structure du Glycraldhyde

1.4.1.3 Rappels sur le Carbone asymtrique

1. Il est porteur de 4 radicaux diffrents (exemple : C2 du glycraldhyde) 2. Isomres optiques ou nantiomres Isomre dextrogyre (+) Isomre lvogyre (-) Mlange quimolculaire des 2 isomres : Racmique (DL) inactif sur la lumire polarise. 3. Une molcule chirale est une molcule optiquement active : Elle renferme au moins 1 C asymtrique Elle na pas de plan de symtrie. 4. Configuration strochimique et pouvoir rotatoiredun ose En dehors du glycraldhyde, il ny a aucune relation entre configuration strochimique de lose et son pouvoir rotatoire. 1.4.2 Filiation chimique des oses selon Fischer 1. Formation partir du D-Glycraldhyde (par addition de C successifs): Triose Ttrose Pentose Hexose 3C 4C 5C 6C Triose Deux Ttroses

Srie D et L des oses

1. Oses de la srie D Ils sont rattachs au D-Glycraldhyde : la configuration spatiale de lhydroxyle port par le C subterminal de lose (ou Carbone n-1) est identique celle du DGlycraldhyde. La plus grande majorit des oses naturels sont de la srie D. 2. Oses de la srie L Ils drivent par voie chimique du L-Glycraldhyde. Triose Ttrose Pentose Hexose 3C 4C 5C 6C

Filiation des oses selon Fischer (srie D) Par addition successive dun carbone, on obtient chaque tape la formation de 2 isomres (1 triose 2 ttroses 4 pentoses 8 hexoses).

Principaux oses naturels selon Fischer

7

Epimres Lpimrisation se fait par voie chimique ou enzymatique (pimrase). Le Galactose est pimre en 4 du Glucose. Labsence dpimrase empche la transformation du Galactose en Glucose et entrane une des formes de la galactosmie congnitale du nouveau-n. Le Mannose est pimre en 2 du Glucose (cest un pimre chimique = pimre vrai).

1.4.5 Objections la structure linaire des oses En solution dans leau, les oses existent sous forme cyclique

 Nous citerons deux objections la structure linaire : 1. Formation dActal Un aldose ou une ctone vrais fixe deux molcules dalcool

Un aldose ou un ctose ne fixent quune seule molcule dalcool Aldose ou Ctose + ROH Hmiactal uniquement 2. Mutarotation (anomres) La valeur du pouvoir rotatoire dun ose (mesure au polarimtre) nest pas fixe immdiatement; elle le devient au bout dun certain temps. Ce phnomne est li lexistence de 2 formes isomriques, lanomre ou lorigine de la mutarotation. Ces 2 anomres diffrent par la position dans lespace du OH hmiactalique. D Glucose + 112 + 527 D Glucose + 187 3. Ces objections permettent de montrer quen solution les oses existent non pas sous forme linaire mais sous forme cyclique. 1.4.6 Structure cyclique des oses: structure de Haworth Le cycle est form par une liaison dans la molcule dose entre la fonction carbonylique (aldhydeou ctone) et un OH alcoolique = liaison hmiactalique.

. La structure est convexe vers lobservateur. Par cette convexit les C1 et C6 sont proches dans lespace. La rotation des valences autour du C5 permet de mettre sur un mme plan les

atomes participant la cyclisation, soit : le C1, le C5 et lOxygne du C5. Le cycle 6 sommets qui en rsulte est appel pyranique car il est issu du pyrane 1.4.7 Intrt de la structure cyclique La structure cyclique explique les objections la structure linaire des oses et les proprits de ceux-ci : 1. La fonction aldhyde ou ctonique de lose, partiellement dissimule (hmiactal), est appele pseudoaldhydique ou pseudoctonique. 2. Il existe un carbone asymtrique (C1 des aldoses; C2 des ctoses) en raison de lhmiactalisation interne qui conduit 2 anomres : et 3. Lanomre a un OH hmiactalique du mme ct que le OH port par le C subterminal qui dtermine la srie. Il a le pouvoir rotatoire le plus lev. Lanomre a les proprits inverses. . 1.4.8 Structure cyclique des oses selon Haworth Deux structures cycliques sont possibles. La forme pyranique correspond un hrrocycle 6 sommets (5 C et 1 O). La forme furanique correspond un htrocycle 5 sommets (4 C et 1 O).

1.4.8.1 D Glucopyranose
Le Glucose naturel (D (+) Glucose) est trs rpandu dans la nature. Cest le principal carburant de lorganisme et le carburant universel du foetus. La polymrisation du Glucose conduit au Glycogne (foie, muscles). La glycmie est la concentration de Glucose ltat libre dans le sang (0,80g/L soit 4,4 mM/L). Le Glucose est rducteur. La Glucose oxydase loxyde en acide aldonique : Glucose oxydase Glucose Coenzyme Son pouvoir rotatoire est dextrogyre. Acide gluconique + H2O

1.4.8.2 D-Galactopyranose
Il intervient dans la composition de : Lactose = D Gal + D Glc Crbrogalactosides du cerveau Certains glycolipides et glycoprotines Son pouvoir rotatoire est dextrogyre.

10

1.4.8.3 D-Mannopyranose
Il est prsent surtout dans les vgtaux. Cest un constituant des glycoprotines chez lhomme. Son pouvoir rotatoire est dextrogyre.

1.4.8.4 D-Fructofuranose On le trouve surtout dans les fruits do son nom. Son pouvoir rotatoire est lvogyre do son nom de Lvulose. Il est prsent dans le liquide spermatique chez lhomme o il participe au mouvement des spermatozodes. Il est prsent sous forme furanique dans le saccharose. La cyclisation se fait entre le C2 (ctone) et le C5.

11

1.4.8.5 D Ribofuranose
La forme furanique est la forme habituelle des pentoses combins dans les acides nucliques (ARN). Le D Ribofuranose est li aux bases puriques et pyrimidiques par une liaison Nosidique (nuclosides, nuclotides). Il intervient dans la structure des coenzymes: NAD, NADP, ATP. La forme biologique est la forme furanique (1 4)

Dans le Dsoxyribose le OH en 2 est remplac par H (ADN).

1.4.9 Principales proprits des oses

1. Certains oses (fructose) ou osides (saccharose) ont un got sucr.

12

2. Les oses sont trs hydrosolubles en raison de leurs nombreuses fonctions alcooliques. 3. Les aldoses sont rducteurs par leur fonction hmiactalique (pseudoaldhydique). Les ctoses sont trs peu rducteurs : 4. La Glucose oxydase oxyde spcifiquement le Glucose en acide gluconique. 5. Les oses se rduisent en polyols par voie chimique ou enzymatique La fonction aldhydique ou ctonique est rduite en alcool Glucose Glucitol (ou Sorbitol) Galactose Mannose Ribose Galactitol (ou Dulcitol) Mannitol Ribitol

Le Fructose donne 2 polyols car la rduction du C= O entrane la formation dun *C asymtrique:

6. Les oses subissent une interconversion et une pimrisation en milieu alcalin. Interconversion

Epimrisation : Epimres en C2 Glc Mannose

Comme nous lavons vu prcdemment, une pimrisation en 4 peut se faire par voie enzymatique grce une pimrase : Glc Galactose

13

7. Les oses sont estrifiables : exemples du Glucose - 6 - Phosphate, du Fructose 1, 6 - bis Phosphate, molcules importantes du mtabolisme nergtique. 1.4.10 Drivs amines doses biologiques: Deux osamines ont un intrt biologique: la Glucosamine et la Galactosamine [-OH en 2 remplac par -NH2] Le -NH2 est souvent actyl pour donner une N-actylglucosamine ou une Nactylgalactosamine Les osamines sont des constituants des glycolipides, des glycosaminoglycanes et des glycoprotines.

1.4.11 Drivs acides doses biologiques 1.4.11.1 Acides aldoniques On les obtient par oxydation de la fonction hmiactalique des aldoses par les halognes (les ctoses ne ragissent pas).

1.4.11.2 Acides uroniques On les obtient par oxydation de la fonction alcool primaire sur le C6. 14

 Ce sont des constituants des Glycosaminoglycanes Leur rle biologique est essentiel dans la dtoxification hpatique. 1.4.11.3 Acide sialique = Acide N-actylneuraminique (NANA) Lacide neuraminique est le produit de condensation de : Acide pyruvique + D mannosamine. Ce sont des constituants des glycoprotines et glycolipides de la paroi des cellules eucaryotes. Lacide sialique est lacide N-actylneuraminique (NANA).

1.4.11.4 Acide ascorbique = vitamine C Les vitamines ne sont pas synthtises par lorganisme et sont ncessaires en faible quantit. La vitamine C est indispensable car elle nest pas synthtise par lorganisme chez lhomme. Sa carence conduit au scorbut. Cest une vitamine hydrosoluble. Seule la forme L est active Cest un monoacide car elle a un seul H mobile. Sa fonction ne-diol est caractristique. Elle possde un pouvoir trs rducteur. Elle est donc facilement oxydable en acide dhydroascorbique qui est aussi biologiquement actif.

15

Rle biologique : cest le coenzyme de la prolylhydroxylase qui intervient dans la synthse dhydroxyproline. Elle intervient aussi dans la synthse des strodes. Sa carence entrane des anomalies de la synthse du collagne, la fragilit des parois vasculaires.

1.5 Les osides

1.5.1 Dfinition Les osides sont des molcules qui donnent par hydrolyse 2 ou plusieurs molcules doses. Ces oses peuvent tre identiques ou diffrents. 1.5.2 Mode de liaison des oses Deux oses sont unis entre eux par une liaison osidique (ou glycosidique) pour donner un diholoside. Selon le mode de liaison des 2 oses le diholoside est non rducteur ou rducteur. 1. Diholoside non rducteur : liaison osido-oside Il y a condensation de la fonction hmiactalique de chaque ose par une liaison osido-oside

2. Diholoside rducteur: liaison osido-ose Il y a condensation dune fonction hmiactalique dun ose avec une fonction alcoolique dunsecond ose par une liaison osido-ose. Il reste donc dans le diholoside un -OH hmiactalique libre responsable du pouvoir rducteur de la molcule.

16

 Lassociation de 2 oses donne un diholoside, de 3 oses donne un triholoside, etc.

1.5.3 Les principaux diholosides

A. Le Maltose Cest un produit dhydrolyse obtenu lors de la digestion des polyosides (amidon et glycogne) par les amylases. Il est form par lunion de 2 molcules de glucose unies en 14. Cest un oside rducteur. Il est hydrolys en 2 molcules de glucose par une enzyme spcifique, la maltase.

B. Le Lactose Il est prsent dans le lait de tous les mammifres. Cest un diholoside rducteur constitu dune molcule de Gal et dune molcule de Glc unies par une liaison 1-4 osidique.

C. Le Saccharose

17

 Cest un diholoside non rducteur, trs rpandu dans les vgtaux. Cest le sucre de table.

Le saccharose a un pouvoir rotatoire dextrogyre. Par hydrolyse il donne naissance un mlange lvogyre. Ceci sexplique car, dans le mlange, le pouvoir rotatoire lvogyre du fructose (- 92) est suprieur au pouvoir rotatoire dextrogyre du glucose (+ 52). Cette proprit a valu au mlange le nom de sucre interverti. Le saccharose est hydrolysable par voie enzymatique avec une glucosidase ou une fructosidase.

1.5.4 Les polyosides

Les polyosides homognes sont constitus dun seul type dose. Ce sont soit des polyosides de rserve(amidon, glycogne) soit des polyosides de structure (cellulose). Contrairement aux protines et aux acides nucliques, le poids molculaire des polyosides nest pas dfini car leur programme de synthse est dtermin par les enzymes. A. LAmidon Cest le polyoside vgtal le plus abondant (rserve glucidique), qui a un rle nutritionnel important chez lhomme et lanimal. Il est synthtis dans les grains damyloplastes des cellules vgtales. Son poids molculaire est variable selon lespce vgtale et peut atteindre plusieurs millions. Il est constitu dune chane principale faite de glucoses unis en 14 et de ramifications(ou branchements) faites de glucoses unis en 16.

18

B. Le Glycogne Cest la forme de stockage du glucose dans le foie et les muscles Cest un polyhoside plus ramifi que lamidon car ses branchements sont plus nombreux (liaisons 1-6) et plus rapprochs. C. La Cellulose Cest un polyoside linaire qui reprsente 50 % du carbone vgtal. Il est form de lunion de 2 Glucoses unis en 1-4 (cellobiose). Il est hydrolys par une glucosidase (cellulase) non prsente dans le tube digestif chez lhomme. La cellulose nest donc pas hydrolyse lors de la digestion chez lhomme.

1.5.5 Hydrolyse enzymatique des osides et polyosides

Cette hydrolyse est ralise par des osidases qui sont spcifiques : de la nature de lose de la configuration anomrique ou de la liaison osidique de la dimension des units attaques dans le polyoside.

19

A. Hydrolyse des polyosides lors de la digestion Lamidon reprsente la moiti des glucides apports par lalimentation chez lhomme. Sa digestion se fait dans le tube digestif grce diffrents enzymes spcifiques. Les amylases (1-4 glucosidases). Elles agissent en nimporte quel point de la chane sur les liaisons 1-4 pour donner des molcules de maltose et des dextrines limites car leur action sarrte au voisinage des liaisons 1-6. Il existe une amylase salivaire, peu active car elle est inactive par le pH acide de lestomac et, surtout, une amylase pancratique trs active. Lenzyme dbranchant ou 1-6 glucosidase Il scinde la liaison 1-6 glucosidique cest--dire les points de branchement. Il est prsent dans la bordure en brosse de lintestin. La maltase Tous les maltoses obtenus prcdemment sont hydrolyss en 2 molcules de glucose par la maltase (1-4 glucosidase). B. Hydrolyse des diholosides La fructosidase (saccharase ou invertine) hydrolyse le saccharose : Saccharose Glucose + Fructose La galactosidase (lactase intestinale du nourrisson) hydrolyse le lactose : Lactose Glucose + Galactose La glucosidase, absente chez lhomme, hydrolyse la cellulose. La maltase est une 1-4 glucosidase spcifique qui hydrolyse le maltose en 2 molcules de glucose.

1.5.6 Glycosaminoglycanes
Ce sont des polyosides htrognes qui rsultent de la polycondensation dosamines et dacides glucuroniques. 1. Lacide hyaluronique Il reprsente une barrire pour les substances trangres. Il est prsent dans lhumeur vitre et dans les articulations o il a un rle de lubrifiant. Cest le plus simple des glycosaminoglycanes. Il est constitu de motifs disaccharidiques rpts n fois : [Acide D glucuronique + N-actyl D glucosamine]n Les liaisons sont : 1-3 dans le motif 1-4 entre les motifs Lacide hyaluronique a un poids molculaire trs lev et de trs nombreuses charges ngatives. Il ny a pas de sulfates. Il est hydrolys par une enzyme de dpolymrisation, la hyaluronidase qui agit entre les chanons, sur les liaisons 1-4. Cette enzyme se retrouve dans les bactries, le venin de serpent, le sperme o elle facilite la pntration du spermatozode dans lovule lors de la fcondation en hydrolysant lenveloppe de lovule.

20

2. Les chondrotines sulfates On les trouve dans le tissu conjonctif et le cartilage. Elles sont constitues de la polycondensation de motifs disaccharidiques : [Acide D glucuronique + N-actyl galactosamine]n Les liaisons sont galement 1-3 dans les motifs et 1-4 entre les motifs. Elles sont trs riches en charges ngatives en raison des groupements sulfates et uronates. Elles fixent donc fortement les cations. Les sulfates sont fixs en C4 ou C6 de la galactosamine. 3. Lhparine Cest un anticoagulant physiologique qui est prsent dans de nombreux tissus (foie, poumon, reins, coeur). Elle est constitue de la polycondensation de : [Acide D glucuronique + D Glucosamine N-Sulfate]n Les liaisons sont 1-4 dans le motif et entre les motifs. Les sulfates sont indispensables lactivit biologique, ils sont fixs sur lazote et lalcool primaire en 6 de la glucosamine mais certaines hparines peuvent en contenir beaucoup plus.

1.5.7 Les glycoprotines

1.5.7.1 Dfinition
Ce sont des htroprotines qui rsultent de lunion dune fraction glucidique (de type oligoside) et protique par des liaisons covalentes. Elles sont trs rpandues dans la nature et ont des fonctions biologiques trs varies. Elles renferment plus de 5 % de glucides.

1.5.7.2 La fraction glucidique

On trouve 4 groupes de glucides : Oses : D mannose D galactose 6-dsoxyhexoses : L fucose (6 dsoxy L galactose) Glucosamine et galactosamine souvent actyles Acide N-actylneuraminique (NANA) souvent terminal qui donne leur caractre acide aux glycoprotines.

21

 Enchanement glucidique souvent ramifi, caractristique (glycosyl-transfrases spcifiques).

1.5.7.3 Liaison des fractions glucidiques et protiques

La liaison se fait entre le groupement rducteur terminal de la fraction glucidique et un acide amin de la protine au niveau : dune fonction alcool dun acide amin alcool (srine, thronine) = liaison O-Glycosidique dune fonction amide de la glutamine ou de lasparagine : liaison N-glycosidique la liaison se fait sur un motif spcifique, dans un environnement appropri de la protine.

1.5.7.4 Rle biologique des fractions glucidiques

Elles permettent la reconnaissance spcifique par dautres protines comme les lectines. Elles interviennent dans linteraction cellule-cellule : contact, transfert dinformation, Elles influencent le repliement des protines. Elles protgent les protines contre les protases. La spcificit des groupes sanguins dpend de la fraction glucidique des glycoprotines des globules rouges.

1.5.7.5 Les principales glycoprotines

Les hormones hypophysaires : LH et FSH. Les glycoprotines du plasma : Orosomucodes, haptoglobine. Les glycoprotines du blanc doeuf : ovalbumine. Les glycoprotines vgtales ou lectines, sont des ractifs utiliss pour leurs proprits dagglutination des globules rouges, leurs proprits mitognes, etc.

22

Chapitre 2

Les lipides

2.1 Dfinition Ce sont des molcules organiques insolubles dans leau (lipos) et solubles dans les solvants organiques apolaires comme benzne, chloroforme, ther, Ils sont caractriss par la prsence dans la molcule dau moins un acide gras ou chane grasse. Sont rattachs aux lipides, en raison de leur insolubilit dans leau, le cholestrol, les strodes, la vitamine D, qui sont des drivs polyisoprniques. 2.2 Rle biologique Les lipides reprsentent environ 20 % du poids du corps. Ils sont une rserve nergtique mobilisable : 1g lipides 9 Kcal Ils ont un rle de prcurseurs : strodes, vitamines, prostaglandines. Deux acides gras polyinsaturs sont des facteurs nutritionnels essentiels car ils ne sont pas synthtiss par lorganisme et doivent lui tre apports par lalimentation. Ce sont des acides gras indispensables : acide linolique et acide linolnique. Les membranes ont une structure lipidique. Les plaques dathrome constitues de dpt lipidique entranent le durcissement des artres (athrosclrose). 2.3 Les acides gras Ils sont monoacides, linaires, nombre pair de carbone, soit saturs, soit insaturs. 2.3.1 Les acides gras saturs [CH3 -(CH2)n - COOH] 4C Acide butyrique 16C Acide palmitique 18C Acide starique 24C Acide lignocrique Le premier carbone est le carboxyle. Exemple : Acide palmitique CH3 - (CH2)14 - COOH

2.3.2 Les acides gras monoinsaturs

Dans les acides gras insaturs, la position de la premire double liaison peut sexprimer : soit en partant du carboxyle (1er carbone) ; le symbole est soit en partant du mthyl (dernier carbone) ; le symbole est omga . En mdecine clinique et en biologie, la dsignation des acides gras insaturs la plus courante est celle qui fait appel au symbole omga (). Lacide olique C18 : 1 9 Lacide olique possde 18C, une double liaison en omga 9 (9) ce qui scrit C18 :1 9.

23

Cest un acide gras trs abondant dans les graisses vgtales et animales. La prsence dune double liaison dans un acide gras entrane une isomrie cis-trans. Les acides gras naturels sont cis :

2.3.3 Les acides gras polyinsaturs

1. Famille linolique (6) Acide linolique C18 : 2 6 Lacide linolique est un acide gras indispensable (besoins quotidiens : 3-4 g). Cest un acide gras en C18 avec 2 doubles liaisons (6, 9)

Il conduit par voie enzymatique lacide arachidonique dans lorganisme. Acide arachidonique C20 : 4 6 Il possde 4 doubles liaisons en 6, 9, 12, 15 Lacide linolique donne naissance dans lorganisme lacide arachidonique 20 C et 4 doubles liaisons. En labsence dacide linolique dans lalimentation, lacide arachidonique devient indispensable.

2. Famille linolnique (3)

24

 Acide linolnique C18 : 3 3 Il possde 3 doubles liaisons en 3, 6, 9

2.3.4 Proprits des acides gras

A. Proprits physiques : 1. Solubilit Lacide butyrique 4C est soluble dans leau, puis la solubilit des acides gras baisse progressivement et ils sont insolubles partir de 10C. Ils sont solubles dans les solvants organiques apolaires : benzne, chloroforme, 2. Le point de fusion augmente avec le nombre de C. diminue quand le nombre de doubles liaisons augmente. Ils sont liquides 20 C si n <10 C solides si n = 10 C B. Proprits chimiques : 1. Oxydation des doubles liaisons Loxydation par loxygne de lair conduit au rancissement des graisses Loxydation enzymatique intracellulaire de lacide arachidonique par la cyclooxygnase (cyclisation + oxydation) conduit aux prostaglandines qui sont des mdiateurs trs actifs, trs rapidement dgrads. Action biologique des prostaglandines. Elles interviennent : dans la contraction des muscles lisses (intestin, utrus, vaisseaux) ; dans la rgulation des mtabolismes ; dans lagrgation plaquettaire. Linhibition de la cyclooxygnase des plaquettes par laspirine est utile en thrapeutique (antiagrgant plaquettaire). 2. Formation de sels de sodium ou potassium Ce sont des savons proprits moussantes, mouillantes et mulsionnantes. Dans leau les savons se dissocient en Na+ + R-COOLanion a 2 ples : R ------- COO Hydrophobe Hydrophile Ces molcules appeles amphiphiles ou amphipathiques, sont tensioactives : elles abaissent la tension superficielle de leau do leurs proprits. 3. Formation dester (avec Glycrol et Cholestrol) et de thioester (avec le Coenzyme A) (voir le mtabolisme). Acide arachidonique Cyclooxygnase Prostaglandine E2 (Eicosanode)

25

R COOHydrophobe Hydrophile

2.3.5 Classification des lipides On distingue :

Les lipides simples : Glycrides et Strides Les lipides complexes : Glycrophospholipides et Sphingolipides 2.4 Les lipides simples : glycrides et strides Ce sont des lipides simples, composs ternaires constitus de C, H, O Ce sont des esters dacides gras + Alcool 3 types dalcool sont estrifis par des acides gras : Glycrol Glycrides Cholestrol Strides Alcool PM lev Crides 2.4.1 Les glycrides Ce sont des esters dAcides Gras et de Glycrol

Si les 3 AG sont identiques, le triglycride est homogne ; sils sont diffrents, il est htrogne. Ce sont les lipides naturels les plus nombreux, prsents dans le tissu adipeux (graisses de rserve) et dans de nombreuses huiles vgtales. Ils reprsentent une rserve nergtique importante chez lhomme. Ils sont solubles dans lactone ce qui les diffrencie des phospholipides (ils sont trs apolaires). Hydrolyse des triglycrides La lipase, enzyme du suc pancratique, hydrolyse les triglycrides alimentaires en monoglycride + 2 acides gras :

26

 Dans le tissu adipeux, lhydrolyse est complte car elle fait intervenir la lipase hormonosensible, puis une monoglycride lipase pour donner Glycrol + 3 AG 2.4.2 Les strides Ce sont des esters du cholestrol. Le cholestrol est une structure compose de 3 cycles hexagonaux + un cycle pentagonal correspondant au cyclopentanoperhydrophnanthne. Il possde une fonction alcool secondaire en C3 et une double liaison en 5. Le stride est form par estrification dun AG sur la fonction alcool en 3 du cholestrol. Le cholestrol est apport dans lalimentation et synthtis par le foie ; il est transport dans le sang dans les lipoprotines.

Le stride est form par estrification dun AG sur la fonction alcool en 3 du cholestrol. Le cholestrol est apport dans lalimentation et synthtis par le foie ; il est transport dans le sang dans les lipoprotines. Cest un constituant des membranes (rle dans la fluidit). Le cholestrol sert dans lorganisme la synthse de 3 groupes de molcules : Les hormones strodes (cortisol, testostrone) La vitamine D3 Les acides biliaires 2.4.3 La vitamine D3 ou Cholcalcifrol

27

Elle est synthtise partir dun prcurseur le 7-dhydrocholestrol, prsent dans la peau, qui se transforme en vitamine D3 (qui est une prohormone), sous leffet des UV. Elle est mtabolise dans le foie o une 25-hydroxylase la transforme en 25-OH-vitamine D3 puis cette dernire est hydroxyle dans le rein par une 1-hydroxylase pour donner la 1,25dihydroxyvitamine D3 ou calcitriol qui est une hormone. Le calcitriol est responsable de toutes les proprits de la vitamine D3. La vitamine D3 est une vitamine liposoluble qui prvient le rachitisme en favorisant la fixation du calcium sur los.

2.5 Glycerophospholipides
2.5.1 Lacide phosphatidique Cest llment de base des glycrophospholipides. Acide phosphatidique = Glycrol + 2 Acides Gras + H3PO4

Les deux acides gras ont une chane longue ( 14C), lacide gras en position 2 est souvent insatur. Lacidit de la molcule provient des 2 H mobiles libres de lacide phosphorique. Au pH sanguin (7,35 - 7,45) les 2 fonctions acides sont ionises. Lacide phosphatidique est un second messager intracellulaire. 2.5.2 Les glycrophospholipides Ils sont constitus dacide phosphatidique + alcool A. Nature de lalcool 28

B. Les diffrentes classes de glycrophospholipides Le lipide se forme par fixation dun alcool sur lacide phosphatidique. Selon lalcool, on obtient des classes diffrentes de lipides. Phosphatidylsrines = Acides Phosphatidiques + Srine Phosphatidylthanolamines = Acides Phosphatidiques + Ethanolamine Phosphatidylcholines = Acides Phosphatidiques + Choline Phosphatidylinositols = Acides Phosphatidiques + Inositol 2.5.3 Les Phosphatidylthanolamines et Phosphatidylsrines

29

Au pH du sang (7,35 - 7,45) les molcules sont ionises.

2.5.4 Les Phosphatidylcholines ou Lcithines:

On les trouve dans le cerveau, le foie, le jaune doeuf.

2.5.5 Les Phosphatidylinositols

1. Structure de linositol Linositol est un hexaalcool cyclique qui a 9 isomres possibles. Le myoinositol est le plus frquent dans les lipides.

Cest un msoinositol inactif sur la lumire polarise. 2. Linositol 1, 4, 5 triphosphate ou IP3 est un second messager 3. Structure du phosphatidylinositol

30

2.5.6 Proprits des Glycrophospholipides: Ce sont des molcules amphipathiques (ou amphiphiles) car elles prsentent 2 ples : lun hydrophobe d aux AG ; lautre hydrophile d lester phosphorique. Elles ont donc des proprits identiques celles des savons (mulsionnants, ). Ce sont des molcules amphotres car elles possdent la fois : une fonction acide apporte par H3PO4 une fonction basique apporte par lAA alcool (srine, thronine) ou par la choline. 2.5.7 Hydrolyse des phospholipides par les phospholipases 1. Il existe 4 phospholipases spcifiques A1, A2, C et D :

Si hydrolyse par la phospholipase A1 : AG satur + Lyso1 phospholipide Si hydrolyse par la phospholipase A2 : AG insatur + Lyso 2 phospholipide

Si hydrolyse du phosphatidylinositol 4, 5 diphosphate par une phospholipase C :

31

 Si hydrolyse par la phospholipase D : Acide phosphatidique + alcool (choline par exemple). 2. Rle des phospholipases Lhydrolyse des phospholipides alimentaires lors de la digestion est ralise par la phospholipase A2 pancratique. Lhydrolyse des phospholipides membranaires permet la synthse de mdiateurs lipidiques : une phospholipase A2 conduit aux prostaglandines, leucotrines, lysophospholipides une phospholipase C conduit aux DAG (Diacylglycrol), IP3 (inositol 1, 4, 5 triphosphate) une phospholipase D conduit lAcide phosphatidique.

2.6 Sphingolipides
Ce sont des amides de la sphingosine qui se forment par liaison du carboxyle de lAG sur le -NH2 de la sphingosine

2.6.1 Acylsphingosine ou Cramide Le plus simple des sphingolipides est le cramide ou acylsphingosine.

32

Lacide gras est satur et longue chane. Le Cramide est un second messager intracellulaire. 2.6.2 Les Sphingomylines Elles sont constitues de lassociation Sphingosine + AG + Phosphorylcholine

Lacide gras le plus frquent est lacide lignocrique (C24:O). Au pH du sang, la molcule est ionise. On les trouve dans le tissu nerveux (graines de myline) et dans les membranes. La dficience en sphingomylinase entrane leur accumulation dans le cerveau, la rate et le foie.

2.6.3 Les Glycolipides A. Crbrogalactosides ou Galactosylcramides:

Ils sont constitus de : Sphingosine + AG + D Galactose

33

 Le galactose est uni lalcool primaire de la sphingosine par une liaison osidique B. Les Crbroglucides ou Glucosylcramides Ils sont constitus de : Sphingosine + AG + D Glucose La liaison est osidique. C. Les Gangliosides ou Oligosylcramides Ils sont constitus de : Sphingosine + AG + chane de plusieurs oses et drivs doses (NANA) (= oligoside) Ils sont abondants dans les ganglions do leur nom. Ces oligosides sont prsents sur la face externe de la membrane plasmique. Ils sont spcifiques, donc reconnus par des protines (toxines bactriennes, lectines). Exemple : antignes des groupes sanguins.

34

Chapitre 3 Structures des membranes biologiques

3.1 Les constituants membranaires A. Les lipides Ils sont tous amphiphiles et organiss en bicouche lipidique. La partie hydrophile (polaire) de la molcule est la tte, la partie hydrophobe (apolaire) est la queue. Les acides gras prsents sont saturs et insaturs. Les lipides prsents dans les diffrentes classes de lipides membranaires sont faits de : Phospholipides (glycrophospholipides et sphingomylines), Cholestrol : lensemble de la structure est apolaire lexception du OH alcoolique qui est polaire. Il participe la fluidit membranaire Glycolipides : les crbroglucosides, crbrogalactosides et ganglios gangliosides sont localiss sur la face externe de la membrane plasmique Lipide Glycrophospholipides Sphingomylines Crbrosides Cholestrol Partie Apolaire = Queue 2 AG + Glycrol (DAG) Cramide (AG + Sph.) Cramide (AG + Sph.) Totalit molcule (Sauf OH) Partie Polaire = Tte Phosphoryl Alcool Phosphoryl Choline Oses - OH en 3

Acides Gras : Saturs Insaturs (cis) responsables Fluidit Membranaires Bicouche lipidique Cholestrol : Fluidit Membrane Phospholipides : Constituants majeurs Sphingomylines : Abondants

B. Les protines Elles sont en nombre trs variables (25 75 % de la masse membranaire) et ont des fonctions spcifiques : protines structurales, enzymes, protines de transport, rcepteurs C. Les glucides sont associs aux protines sous forme de glycoprotines ou aux lipides sous forme de glycolipides.

3.2 Proprits des membranes:

Bien quelles aient des fonctions et des structures diffrentes, les membranes biologiques ont un certain nombre de proprits communes : 1. Ce sont des structures en forme de feuillets 2. Elles sont constitues surtout de lipides, protines et glucides 3. Elles sont asymtriques cest--dire que la composition des faces externe et interne sont diffrentes 35

(glycrophospholipides ; sphingolipides ; protines) 4. Les lipides membranaires sont amphiphiles (amphipathiques) avec une partie hydrophobe (apolaire) et une partie hydrophile (polaire). Ils forment spontanment des bicouches lipidiques, vritables barrires sopposant au flux des molcules polaires 5. Les membranes ont une structure fluide. Cette fluidit est maintenue par la nature des acides gras (insaturs ou non, longeur de la chane hydrocarbone) et le cholestrol.

Chapitre 4 : Les Acides amins et les Protines

Introducton I Les Acdes Amins
Structure Rles

Les protines Les protines sont les molcules les plus complexes et les plus varies des tres vivants. Un tre humain fabriquerait au total quelque chose comme 100 000 sortes diffrentes de protines (un poisson aussi d'ailleurs; les humains ne sont pas tellement plus complexes que les poissons au point de vue chimique). Chaque cellule en fabrique en moyenne 15 000 sortes diffrentes. Prs de 50% du poids sec d'un tre vivant est fait de protines. Une protine, c'est un polymre d'acides amins c'est dire une grande molcule forme de l'union en chane de plus petites, les acides amins. La plupart des protines sont formes de l'union de 100 200 acides amins. Si la protine est un train, l'acide amin en est le wagon.

I -Les Acides Amins :

GNRALITS : Ce terme dfinit une famille de composs dans lesquels on retrouve une fonction amine et une fonction acide carboxylique. La fonction amine peut tre primaire secondaire ou tertiaire et la position relative des deux fonctions peut tre , ... ,un nombre restreint d'acides, tous -amins, sont les constituants de la matire vivante.

36

Les ACIDES

-AMINES NATURELS : du groupe

Les acides naturels sont tous porteurs du groupe amino en carboxyle. Donc de la forme :

Sauf un, la glycine, tous possdent un carbone asymtrique. Tout en ayant des pouvoirs rotatoires diffrents (lvogyre ou dextrogyre), tous appartiennent la srie L. II- Classification

III Principaux acides amins : pKa pKa -COOH -NH3+ pt iso elect 6,06

Nom
glycine ou glycocolle

Formule

Symbole

Gly

2,4

9,8

Alanine

Ala

2,4

9,9

6,1

Valine

Val

2,3

9,7

6,0

Leucine

Leu

2,3

9,7

6,03

Isoleucine

Ile

2,3

9,7

6,04

Srine

Ser

2,2

9,4

5,7

37

Thronine

Thr

2,1

9,1

5,6

Mthionine

Met

2,2

9,3

5,7

Cystine

CySH

1,9

10,3

5,1

Proline

Pro

10,6

6,3

Phnylalanine

Phe

2,6

9,2

5,9

Thyrosine

Tyr

2,2

9,1

5,6

Tryptophane acide

Try

2,4

9,4

5,9

Asp Aspartique acide Glu Glutamique Lysine Lys

2,0

10

2,8

2,1

10

3,2

2,2

9,2

9,6

Arginine

Arg

1,8

9,0

11,2

Histidine

His

1,8

9,2

7,6

Asparagine

Asn

2,0

8,8

38

Glutamine

Gln

2,2

9,1

PROTEINES : Une protine, aussi appele protide (anglicisme) est un assemblage (ou squence) d'acides amins lis par des liaisons peptidiques. On parle de protine lorsque plus de 50 acides amins sont lis au sein d'une chane d'acides amins. Les proprits des acides amins (charge, hydrophobicit...) gouvernent la structure de la protine, globulaire ou fibrillaire, que l'on peut dcrire diffrents niveaux :

la structure primaire, qui est la squence linaire des acides amins dans la protine ; la structure secondaire, qui rend compte de l'organisation de groupes d'acides amins en lments structuraux simples : hlices alpha, feuillets et tours beta, autres structures ; la structure tertiaire, qui correspond au repliement de la protine dans l'espace tridimensionnel (on parle aussi de structure tridimensionnelle dcrite par les coordonnes des atomes dans l'espace). Cette structure rend compte de l'organisation entre eux des lments de structure secondaire ; la structure quaternaire, qui dfinit l'association (multimrisation) entre des protines de structures primaires identiques (homoassociation) ou distinctes (htroassociation).

Les protines ont des fonctions trs diverses : certaines pourront avoir une fonction structurale (elles participent la cohsion structurale des cellules entre elles), enzymatique (elles catalysent les ractions chimiques de la matire vivante) ou encore une fonction de messager (pour les protines impliques dans des processus de signalisation cellulaire).

Les acides amins Les acides amins sont forms d'un carbone auquel sont lis:

Un groupement amine (NH2) Un groupement acide (COOH) Une portion variable d'un acide amin l'autre (indiqu par la lettre R sur la molcule cidessous; R pour radical). Toutes les protines (sauf rares exceptions) sont construites partir de 20 acides amins diffrents.

39

1. Les acides amins hydrophobes groupement R apolaire

Alanine (Ala,A) Valine (Val,V) Leucine (Leu,L) Isoleucine( Ile,I) Mthionine (Met,M) Phnylalanine (Phe,F) Tryptophane (Trp,W) Proline (Pro,P)

2. Les acides amins hydrophiles groupement R polaire

Glycine (Gly,G) Srine (Ser,S) Thronine (Thr,T) Cystne (Cys,C) Tyrosine (Tyr,Y) Asparagine (Asn,N) Glutamine (Gln,Q)

3. Les acides amins groupement R charg ngativement pH neutre (aa Acides)

Acide aspartique (Asp,D) Acide glutamique (Glu,E)

4. Les acides amins groupement R charg positivement pH neutre (aa Basiques)

Lysine (Lys,K) Arginine (Arg,R) Histidine (His,H)

Strochimie des acides -amins Les acides -amins naturels: sont tous chirals (et donc optiquement actifs), lexception de la glycine pour laquelle le substituant latral est un atomedhydrogne sont tous de configuration L selon la convention de Fischer ou S selon la notation de Cahn-Ingold-Prelog, lexception de la cystine qui est de configuration R.

40

Pour chaque acide amin, il existe une valeur spcifique du pH o la charge globale de la molcule est nulle. Cette valeur de pH reprsente le point isolectrique o la concentration du zwitterion de lacide amin est maximale. Au point isolectrique, il ny a pas de migration de lacide amin dans un champ lectrique appliqu. Le point isolectrique (pI) peut tre estim partir de lquation de HendersonHasselbalch: o pKi et pKj sont les constantes de dissociation des tapes impliques.

2 -La liaison peptidique Les acides amins peuvent se lier les uns aux autres par une liaison peptidique. La liaison peptidique se fait entre le groupement acide (COOH) d'un acide amin et le groupement amine (NH2) de l'autre. Au cours de la raction, une molcule d'eau est limine. Il s'agit donc encore une fois d'une raction de condensation.

L'union de plusieurs acides amins forme un polypeptide.

Structure des protines :

Toutes les protines sont formes d'une succession d'acides amins lis les, uns aux

41

aura donc tendance se replier sur elle-mme pour adopter une structure tridimensionnelle prcise. autres dans un ordre prcis. Le lysozyme illustr ci-contre, par exemple est form del'union de 129 acides amins. Le premier est la lysine, le second, la valine, le troisime, la phnylalanine ... et le dernier, le 129e, la leucine. La squence des acides amins d'une protine (quel acide amin est le premier, le second, le troisime, ... , le dernier) constitue ce qu'on appelle la structure primaire de la protine. Les radicaux des acides amins ont des proprits chimiques diffrentes. Certains sont hydrophobes, d'autres hydrophiles, certains s'ionisent ngativement et d'autres positivement. Certains radicaux peuvent former des liaisons chimiques plus ou moins fortes avec d'autres radicaux. Il peut donc y avoir dans une chane d'acides amins des interactions entre les radicaux. Certains se repoussent et d'autres se rapprochent et forment des liens chimiques. La chane d'acides amins

3 -Quatre grands types d'interactions interviennent dans le repliement de la chane:

42

L'effet hydrophobe

Les acides amins dont les radicaux sont hydrophobes ont plus d'affinit entre eux qu'avec les molcules d'eau entourant la protine. La chane a donc tendance se replier de faon les regrouper entre eux au centre de la molcule, sans contact direct avec l'eau. Inversement, les acides amins hydrophiles ont tendance se disposer la priphrie de faon tre en contact avec l'eau.

Les liaisons ioniques

Les radicaux qui s'ionisent positivement forment des liaisons ioniques avec ceux qui s'ionisent ngativement.

Les liaisons hydrogne Les ponts disulfure

Deux des 20 acides amins ont des radicaux contenant un atome de soufre. C'est le cas de la cystine. Deux cystines peuvent former une liaison covalente entre elles par l'intermdiaire de l'atome de soufre de leur radical. Cette liaison covalente peut relier deux cystines loignes l'une de l'autre sur la chane.

Certaines parties de la chanes d'acides amins adoptent une structure rgulire appele structure

secondaire. On reconnat deux grands types de structure secondaire : les hlices et les feuillets plisss rsultent de la formation de

43

ponts hydrogne entre les groupements C=O et N-H du squelette peptidique.

des chanes peptidiques est favoris dans le cas dacides amins portant des petits groupement latraux R non-chargs. Les chanes peptidiques sont maintenues par des ponts hydrogne.

L'hlice alpha

Les groupements latraux R sont orients vers lextrieur, pointant vers lehaut et le bas de chaque feuillet. Les chanes adjacentes peuvent tre alignes, soient dans la mme direction (plis parallle ) ou dans des directions opposes (plis anti-parallle ) .

Cette forme hlicodale rsulte de la formation de ponts hydrogne entre le groupement C=O du nime rsidu daa et le groupement N-H de (n+4)ime rsidu. Chaque tour complet de la spirale est constitu denviron 3.6 rsidus dacide amin pour assurer lalignement des groupements C=O (pointant vers le bas) et N-H (pontant vers le haut). Les groupements latraux R sont orients vers lextrieur, perpendiculairement laxe de la spirale.

La forme finale de la chane d'acides amins, c'est dire la structure tridimensionnelle (3D) finale qu'adopte la chane d'acides amins, constitue la structure tertiaire de la protine. Elle inclut la relation entre les diffrents domaines (hlice et feuillets plisss ) forms par la structure secondaire de la protine et les interactions des groupements latraux R. La structure 3-D est thermodynamiquement stable dans un domaine restreint de temprature, pH et force ionique. Au-del de ce domaine une protine peut se dplier et perdre sont activit biologique (dnaturation).

Le feuillet bta

Dans un feuillet bta, il se forme des liaisons hydrogne entre certains segments de la chane disposs paralllement les uns par rapport aux autres. L'ensemble forme comme une membrane plisse. Dans un feuillet pliss , deux chanes peptidiques sont plies et alignes lune ct de lautre. Le repliement

44

45

46

La forme finale de la chane d'acides amins, c'est dire la structure tridimensionnelle (3D) finale qu'adopte la chane d'acides amins, constitue la structure tertiaire de la protine.Elle inclut la relation entre les diffrents domaines (hlice et feuillets plisss ) forms par la structure secondaire de la protine et les interactions des groupements latraux R. La structure 3-D est thermodynamiquement stable dans un domaine restreint de temprature, pH et force ionique. Au-del de ce domaine une protine peut se dplier et perdre son activit biologique (dnaturation). Structure quaternaire: Une protine peut tre constitue de 2 ou plusieurs chanes polypeptidiques diffrentes lies ensemble. La structure quaternaire dcrit comment les diffrentes chanes et autres constituants sont lis et interagissent ensemble via des ponts hydrogne, attraction lectrostatique et ponts disulfures. Plusieurs protines sont formes de l'assemblage de plusieurs chanes d'acides amins. C'est le cas, par exemple, de l'hmoglobine, la protine des globules rouges qui transporte l'oxygne. L'hmoglobine est forme de deux chanes dites alpha (identiques l'une l'autre) et de deux chanes dites bta. On retrouve aussi, dans l'hmoglobine, quatre groupements organiques, appels hmes, contenant chacun un atome de fer (c'est ce niveau que se lie l'oxygne).

a-La molcule d'hmoglobine.

L'hmoglobine est forme de deux chanes dites alpha de deux chanes dites bta .Les hmes contenant chacun

b-

Structure de lhme:

47
un atome de fer sont reprsents par les disques

Hme : Au cur de la molcule un cycle htrogne porphyrique, l'hme, qui contient un ion fer. Cet ion fer est le site de fixation de l'oxygne. tant donn qu'une sous-unit de l'hmoglobine est forme par un hme enferm dans une protine globulaire le nom est trs logique. Il y a de nombreuses protines contenant un hme, mais l'hmoglobine en est la plus connue. L'lment fer peut exister sous 2 formes dans la molcule :

sous forme ferreuse, ion Fe2+ : seule forme active de l'hmoglobine humaine. On parle d'oxyhmoglobine. (pas d'interactions possibles). sous forme ferrique, ion Fe3+ : on parle de mthmoglobine. (interactions possibles)

On peut parler du pouvoir oxyphorique de l'hmoglobine. Ceci correspond la quantit de dioxygne qu'elle peut fixer. Cette valeur est de 1,34 ml d'O2/g d'Hb.
Chez les vertbrs terrestres, l'hmoglobine du sang fixe le dioxygne de l'air des poumons. Grce la circulation sanguine, l'hmoglobine oxygne va tre transporte vers l'ensemble des autres organes, pour relarguer le dioxygne qui sera consomm par les cellules qui en ont besoin. L'hmoglobine permet au sang de contenir plus de dioxygne qu'il ne pourrait par simple dissolution.

Pourcentage de hmoglobine ayant fix du dioxygne, en fonction de la pression partielle en dioxygne. : On remaque lallure sigmode de la courbe qui taduit leffet coopratif des diffrentes sous units de la protine. Fonctions des protines Les protines sont des molcules trs varies. Notre organisme en fabriquerait quelque chose comme 100 000 diffrentes les unes des autres. Chacune de ces protines a une forme tridimensionnelle et des proprits chimiques qui lui sont propres. Les protines remplissent de nombreux rles dans la cellule. Parmi ces diffrentes fonctions on peut souligner les huit suivantes:

48 1 2 3 4 5 6 7 8 Structure : les fibres protiques Mouvement Transport de substances dans le sang Transport de substances travers la membrane des cellules Hormones Identification des cellules Dfense : les anticorps Enzymes

Il faut garder lesprit quil existe TOUJOURS une relation structure fonction. Exemple pour le transport dune molcule travers la membrane il peut sagire dun canal ionique qui aura une structure adapt au transport dun type dion et dun seul. Ce canal possde dans tout les cas une partit transmembranaire hydrophobe et une partie hydrophile qui constitue le pore du canal. Dnaturation d'une protine La forme finale qu'adopte la protine, sa structure tertiaire (ou quaternaire pour celles formes de plusieurs chanes), dpend des forces responsables des liens reliant entre eux les radicaux des acides amins constituant sa structure primaire. Dans certaines conditions, ces liens peuvent se dfaire. La protine peut alors changer de forme. Comme nous le verrons plus loin, la fonction biologique d'une protine est intimement lie sa forme. La protine modifie ne peut donc gnralement plus assurer sa fonction. Elle est alors dite dnature. Les trois principaux facteurs pouvant provoquer la dnaturation d'une protine sont:

La chaleur L'agitation thermique a pour effet de briser les faibles liaisons hydrogne reliant les radicaux de la chane. Un pH extrme La plupart des protines se dnaturent en milieu trop acide ou trop alcalin. Un milieu trs concentr en lectrolytes (ions)

Une protine peut galement se dnaturer si on la place dans un solvant organique. Les rgions hydrophobes se tournent alors vers l'extrieur alors que les hydrophiles se rassemblent au centre de la molcule (la molcule se retourne comme une chaussette). Certaines substances chimiques peuvent aussi ragir avec la protine et briser les liaisons ioniques, les ponts disulfure ou mme les liens entre les acides amins.

49

conclusion On distingue quatre niveaux stades structuraux chez les protines, de la structure primaire la structure quaternaire. (1) Structure primaire: ordre des acides amins le long de la chane polypeptidique (2) Structure secondaire: repliement local des acides amins en hlices, en feuillets, ou en d'autres formes similaires. (3) Structure tertiaire: agencement stable dans l'espace de ces hlices et feuillets. (4) ) Structure quaternaire: agencement des sous-units entre elles, quand la protine est constitue de plusieurs sous-units indpendantes (comme l'est par exemple l'hmoglobine

50