Unidade 2: A QUMICA DA VIDA 2.

1 Propriedades e funes das biomolculas Todo organismo na natureza tem que ser capaz de sintetizar os compostos qumicos necessrios para fazer funcionar, manter e reproduzir os blocos elementares da sua estrutura, as clulas. Na presente unidade ser abordado o estudo dos compostos qumicos predominantes nas clulas, suas propriedades fsico-qumicas, bem como suas funes e utilidades. 2.2 De simples precursores a complexos polmeros At o sculo XIX acreditava-se que os animais continham uma Fora Vital animus que seria responsvel por todas as suas caractersticas especiais, como a coragem, valores, arrojo, etc. Uma fora intimamente ligada ao corpo fsico, com a propriedade de transmitir vida matria inerte. Hoje se sabe que no h nada nos seres vivos que desobedea s leis da qumica e da fsica. Entretanto, a qumica da vida , de fato, muito especial segundo quatro principais aspectos: 1) 2) Ela baseada principalmente em compostos de carbono, cujo estudo conhecido Ela depende quase que exclusivamente das reaes qumicas que ocorrem em como qumica orgnica. solues aquosas dentro de uma faixa de temperatura relativamente estreita, qual a Terra submetida. 3) 4) Ela normalmente complexa, mesmo os mais simples organismos tm uma Ela dominada e coordenada por molculas polimricas, formadas por qumica muito mais complexa que qualquer outro sistema qumico conhecido. subunidades de compostos qumicos ligados entre si por suas extremidades, com propriedades especficas que permitem aos organismos crescer, reproduzir-se e manifestar todos os comportamentos caractersticos da vida. As clulas vivas so constitudas por compostos polimricos de alto peso molecular, tais como protenas, cidos nuclicos, polissacardeos, lipdeos e outros materiais de armazenamento (gorduras, polihidroxibutirato e glicognio). Esses biomateriais constituem a maior poro dos elementos estruturais de uma clula viva. Por exemplo, uma tpica parede celular bacteriana composta por polissacardeos, protenas e lipdeos; clulas citoplasmticas contm protenas principalmente na forma de enzimas catalticas e, organismos eucariotos tm o ncleo de suas clulas formado por cidos nuclicos, sobretudo na forma de DNA. Alm destes polmeros, as clulas contm

outros metablitos na forma de sais inorgnicos (Ex. NH4+, PO4-3, K+, Ca+2, Na+, SO4-2), metablitos intermedirios (Ex: piruvato e acetato) e vitaminas. A composio elementar de uma tpica clula bacteriana de 50% carbono, 20% oxignio, 14% nitrognio, 8% hidrognio, 3% fsforo, 1% enxofre, e em menor quantidade de K +, Ca+2, Na+, Mg+2, Cl, e vitaminas (Figura 2.1).
3%1% 4% 8% 14% 20% 50%

Carbono 50% Oxignio 20% Nitrognio 14% Hidrognio 8% Fsforo 3% Enxofre 1% demais 4%

Figura 2.1: Composio dos Seres Vivos

As macromolculas celulares so apenas funcionais quando apresentam uma configurao tridimensional adequada. A interao entre estas macromolculas bem complexa. Cada macromolcula faz parte de uma organela intracelular especfica e desempenha funes diferentes dentro do seu microambiente exclusivo. A transferncia de informao de uma organela para outra (Ex: do ncleo para o ribossomo) mediada por molculas especiais (Ex: RNA mensageiro). A maioria das enzimas e metablitos intermedirios est dispersa no citoplasma das clulas. Contudo, algumas organelas, assim como as mitocndrias, contm enzimas e outros metablitos presentes em seu prprio citoplasma. As clulas vivas podem ser visualizadas como sendo um complexo reator em que acorrem mais de 2.000 reaes ao mesmo tempo. Essas reaes (vias metablicas) so inter-relacionadas e controladas de forma complexa. Apesar de toda a complexidade dos sistemas biolgicos, a compreenso de tais sistemas pode ser simplificada a partir da anlise em diversos nveis diferentes: em nvel molecular (biologia molecular e bioqumica), nvel celular (biologia celular e microbiologia), nvel populacional (microbiologia e ecologia) e em nvel de produo (Engenharia Bioqumica). biolgicas. 2.3 Aminocidos e Protenas Protenas ou polipeptdeos so as molculas orgnicas mais abundantes dentro de uma clula viva, compreendendo cerca de 40 a 70% da massa seca total da clula. Protenas so polmeros feitos a partir de 20 monmeros diferentes, conhecidos como A seguinte sesso principalmente dedicada compreenso das estruturas e funes das molculas

aminocidos. Tipicamente, elas possuem peso molecular de 6.000 podendo chegar a vrias centenas de milhares. Os aminocidos so como blocos para a construo das protenas e so compostos pelo menos por um grupo carboxila, de caracterstica cida, e um grupo amina, de caracterstica bsica, diferindo um dos outros pela estrutura de seus grupos-R ou cadeias laterais mostrado na Figura 2.2.

Os dois principais tipos de conformao de uma protena so protenas fibrosas e protenas globulares, retratados nas Figuras 2.3 e 2.4. As protenas exercem diversas funes biolgicas, podendo ser classificadas dentro de cinco principais categorias: 1. Protenas Estruturais: glicoprotenas, colgeno, queratina. 2. Protenas Catalticas: enzimas. 3. Protenas Transportadoras: hemoglobina, albumina de soro. 4. Protenas Regulatrias: hormnios (insulina, fatores de crescimento). 5. Protenas Protetoras: anticorpos, trombina.

5.1.1 Enzimas As enzimas representam a maior classe de protenas existentes, excedendo o valor de 2.000 tipos diferentes de enzimas conhecidas. As enzimas so molculas altamente especficas em suas funes e possuem um extraordinrio poder cataltico (capaz de promover a acelerao das reaes qumicas). Cada molcula enzimtica contm um stio ativo onde substratos especficos permanecem ligados durante o processo de catlise.

As enzimas podem ser agrupadas em classes de acordo com sua funcionalidade catalisadora, ou seja, por catalisar reaes similares (ver unidade 3). Cada tipo de enzima altamente especfica, catalisando apenas um nico tipo de reao. A maioria das enzimas so protenas globulares. Como dito anteriormente os blocos de construo das protenas so os 20 tipos de aminocidos diferentes encontrados mais comumente na natureza. Aminocidos so nomeados com base nas cadeias laterais anexado ao carbono-, ou carbono quiral (Figura 2.5). O carbono- definido por estar associado a quatro substituintes diferentes, dispostos segundo os vrtices de um tetraedro, formando, assim um centro quiral. carbono-

2.3.1

Estrutura das Protenas

O carbono- encontrado em quase todos os aminocidos, com exceo da glicina. Os aminocidos so opticamente ativos e ocorrem em duas formas isomricas, L ou D (Figura 2.6). O centro quiral determina diferentes configuraes espaciais das molculas, tambm denominadas de estereoismeros: apresentam propriedades qumicas e fsicas idnticas, mas encontram-se em rotaes espaciais diferentes. A designao L ou D dos aminocidos determinada comparando-se suas estruturas

espaciais com um composto de referncia, o gliceraldedo. Os estereoismeros dos aminocidos que apresentam configurao relacionada do L-gliceraldedo so designados L-aminocidos e os que apresentam configurao relacionada do Dgliceraldedo so designados D-aminocidos.

Apenas o L-aminocido encontrado nas protenas, os D-aminocidos so encontrados raramente na natureza, podendo ser encontrados apenas na parede celular de alguns microorganismos e em alguns antibiticos. Os aminocidos tm sua poro cida (-COOH) e seu grupo bsico (-NH2). O grupo cido neutro em pH baixo (-COOH) e negativamente carregado quando em pH alto (COO-). Em valores intermedirios de pH os aminocidos tem grupos carregados positiva e negativamente, sendo ento dipolares. Molculas dipolares so chamadas de dipolo.

O valor do pH em que o aminocido no possui carga lquida chamado de ponto isoeltrico, variando dependendo do grupo-R do aminocido. Em seu ponto isoeltrico, um aminocido incapaz de migrar sob influncia de um campo eltrico. Pesquisas relacionadas ao ponto isoeltrico podem ser usadas no desenvolvimento de processos para a purificao de protenas. Os aminocidos mais comumente encontrados nas protenas esto listados na Tabela 2.1.

As protenas so formadas por cadeias de aminocidos. A reao de condensao entre dois aminocidos resulta na formao de uma ligao peptdica. A Figura 2.8 mostra um exemplo de uma ligao peptdica.

A ligao peptdica uma ligao plana. Peptdeos so compostos por dois ou mais aminocidos unidos por ligaes peptdicas. Os polipeptdios so formados por dois ou mais aminocidos ligados por ligaes peptdicas. Os polipeptdios so compostos por no mximo 50 aminocidos; seqncias maiores que 50 so chamados de protenas. Muitas protenas possuem, alm de aminocidos, componentes orgnicos e inorgnicos. Estes componentes so conhecidos como grupos prostticos e as protenas que apresentam tais grupos so nomeadas de protenas conjugadas. A hemoglobina um exemplo de protena conjugada e possui quatro grupos-heme, os quais so complexos organometlicos contendo ferro. A estrutura tridimensional de uma protena pode ser descrita sob quatro diferentes nveis (Figura 2.9): 1. Estrutura Primria: formada por uma sequncia linear de aminocidos. Cada

protena tem uma composio definida de aminocidos com uma sequncia nica. A primeira dimenso estrutural de uma protena, a sequncia de aminocidos, tem profundo efeito na formao da estrutura tridimensional e conseqentemente na funo exercida pela protena em questo. 2. Estrutura Secundria: esta a direo pela qual a cadeia de polipeptdios estendida, sendo resultado de ligaes de hidrognio entre os resduos mais prximos. Os dois principais tipos de estruturas secundrias so (a) hlice e (b) folha. A estrutura helicoidal pode ser na forma de -hlice ou tripla-hlice. Em uma estrutura em -hlice, as ligaes de hidrognio ocorrem entre o grupo -carboxila de um resduo e o grupo-NH do grupo vizinho a quatro unidades a jusante da cadeia, como mostrado na Figura 2.11. A estrutura em tripla hlice presente no colgeno consiste em trs -hlices entrelaadas em uma super-hlice, o que confere ao colgeno uma estrutura rgida e elasticamente resistente. A estrutura -helicoidal facilmente distribuda devido s ligaes de H e que no so estveis. Contudo, a estrutura em folhas- mais

estvel. As ligaes de H entre as cadeias paralelas estabilizam as estruturas em folhas e promovem resistncia a elasticidade.

3.

Estrutura terciria: resultado das interaes entre os gruposR largamente

separados ao longo da cadeia. As flexes ou dobraduras da cadeia de aminocidos induzidas pela interao dos gruposR determinam a estrutura terciria das protenas. Os gruposR podem interagir por ligaes covalentes dissulfeto, ou de hidrognio. Interaes hidrofbicas e hidroflicas tambm podem estar presentes entre os grupos R. As ligaes dissulfeto podem conectar duas cadeias polipeptdicas (Ex: insulina) sendo criticas tambm para a flexo adequada da cadeia. A estrutura terciria de uma protena possui profundo efeito em sua funo. 4. Estrutura quaternria: Apenas as protenas com mais de uma cadeia polipeptdica possuem estrutura quaternria. As interaes entre as cadeias polipeptdicas determinam as estrutura quaternria. A hemoglobina, por exemplo, constituda por quatro subunidades (oligomrica), e as interaes entre as subunidades o que determina a estrutura quaternria da molcula. As foras geradas pela ligao entre as cadeias polipeptdicas podem provir das ligaes

dissulfeto ou de outras ligaes fracas. A estrutura da subunidade de uma enzima tem um papel importante no controle de sua atividade enzimtica.

2.3.2

Anticorpos

Anticorpos e imunoglobulinas so protenas produzidas pelo sistema imunolgico em respostas s molculas estranhas. So capazes de ligar-se de maneira extremamente forte s partculas moleculares ou parcelas de molculas maiores (macromolculas) com alto grau de especificidade. Anticorpos (Ac) aparecem no soro sanguneo e em certas clulas de organismos vertebrados em respostas a macromolculas estranhas.

A macromolcula estranha chamada de Antgeno (Ag). Molculas de anticorpos especficas so combinadas com antgenos para a formao de um complexo antgeno-anticorpo. Este complexo Ag-Ac o que chamamos de resposta imune. Alm de sua importncia clnica bvia, os anticorpos tambm so importantes para a produo de produtos industriais, no caso de uso em tcnicas de diagnstico, e separao e purificao de protenas. Tambm podem se tornar um elemento chave na distribuio de algumas drogas anti-cncer. Os anticorpos tm emergido como um dos mais importantes produtos da biotecnologia. As molculas de anticorpos possuem stios de ligao especficos e complementares parte estrutural fundamental do antgeno. As molculas de anticorpos geralmente possuem dois stios de ligao e podem formar um entrelaado tridimensional de antgenos e anticorpos postos de maneira alternada. Este complexo chamado precipitina, nome derivado de seu mtodo de obteno, j que resulta da precipitao do soro, gerando um precipitado visvel. Anticorpos so altamente especficos s protenas estranhas, que induzem sua formao. As cinco principais classes de imunoglobulinas presentes no plasma sanguneo humano so: IgG, IgA, IgD, IgM e IgE, das quais as globulinas IgG so as mais abundantes e mais bem compreendidas. As imunoglobulinas tm peso molecular equivalente a 150 kilodaltons (kDa), exceto para a IgM, a qual pesa cerca de 900 kDa. Um dalton (Da) e uma unidade de massa equivalente a um tomo de hidrognio. As imunoglobulinas so constitudas por quatro cadeias polipeptdicas: duas cadeias pesadas (H) (aproximadamente 430 aminocidos) e duas cadeias leves (L) (214 aminocidos). Essas cadeias so mantidas unidas por ligaes dissulfeto e possui o formato de Y, regio flexvel da estrutura (Figura 2.13). As cadeias pesadas contm uma ligao covalente formada por componentes oligossacardeos. Cada cadeia composta por uma regio onde a sequncia de aminocidos se mantm constante (C) e uma regio de sequncia varivel (V). Uma molcula de Ac tem dois stios de ligao para Ag; a poro varivel das cadeias L e H contribuem para a formao destes stios. A poro varivel possui regies de hiper variabilidade em que a substituio de aminocidos freqente. Estudos e aplicaes com o desenvolvimento de clulas e produo de anticorpos esto sendo objeto de interesse no mundo todo. Pesquisas recentes levaram tambm a introspeco sobre a forma de transmitir a atividade cataltica de anticorpos. A unio entre novas pesquisas dentro da engenharia de protenas e os anticorpos promete o desenvolvimento de agentes catalticos extremamente especficos.

2.4 Carboidratos: Mono e Polissacardeos Os carboidratos so as biomolculas mais abundantes na natureza e desempenham uma funo chave no interior da clula: o armazenamento de componentes estruturais. Eles tambm aparecem com papel crtico na modulao de alguns aspectos de sinalizao qumica em plantas e animais. So compostos por carbonos hidratados, da o nome carboidratos, e representados pela frmula geral (CH 2O)n, onde n 3, e so sintetizados por meio da fotossntese (Figura 2.14). Os animais no so capazes de sintetizar carboidratos, por isso, precisam alimentar-se de vegetais para a obteno desses compostos.

Pelo processo da fotossntese, os gases CO 2 e H2O so convertidos em acar na presena da luz solar e so, ento, polimerizados para a produo de polissacardeos, como a celulose ou amido, utilizado nas reaes metablicas. Monossacardeos so os menores carboidratos existentes, compostos por trs a nove tomos de carbono. Os monossacardeos mais freqentes esto listados na Tabela 2.2. Monossacardeos so classificados como aldedos ou cetonas. A glicose, por exemplo, uma aldohexose. A glicose pode estar presente na forma estrutural linear ou anelar. Em soluo, a molcula D-glicose est na forma estrutural de anel (piranose). Na forma L-glicose, desempenha um papel de menor importncia dentro dos sistemas biolgicos.

Um grupo particularmente importante dos monossacardeos so as ribose e desoxirribose. Estes so molculas de acar formadas por cinco carbonos em estrutura anelar e componentes essenciais na estruturao do DNA e RNA.

Dissacardeos so formados pela condensao de dois monossacardeos. Por exemplo, a maltose, formada pela unio de duas molculas de glicose via ligao glicosdica -1,4.

A sacarose, por sua vez, um dissacardeo formado pela juno de uma molcula de -D-glicose com uma -D-frutose. E a lactose, resultado da ligao de uma -Dglicose com uma -D-galactose.

Figura 2.19 Estrutura dos dissacardeos sacarose e lactose

A lactose pode ser encontrada no leite e no soro, enquanto a sacarose o principal acar encontrado em plantas fotossintticas. Em termos prticos, a utilizao do soro continua sendo um importante desafio biotecnolgico, e a sacarose freqentemente o principal componente nos meios de cultura artificiais. Polissacardeos so formados pela condensao de mais de dois monossacardeos tambm por meio de ligaes glicosdicas. O processamento industrial dos polissacardeos promove o extensivo uso de processos enzimticos e engenharia bioqumica. Amilose formada por uma longa cadeia de molculas de glicose unidas por ligaes glicosdicas -1,4. O peso molecular (MM) da amilose fica entre vrios milhares e meio milho de daltons.

A amilose caracterizada por ser insolvel a gua e constitui cerca de 20% de uma molcula de amido. Amilopectina uma cadeia ramificada de molculas de D-glicose. A ramificao acontece entre o OH glicosdico de uma das cadeias e o -6C de outra glicose, ligao esta chamada de ligao glicosdica -1,6.

A molcula de amilopectina muito maior que a amilose, com MM variando de um a dois milhes de daltons. A amilopectina uma molcula hidrossolvel. Com a hidrlise parcial do amido (cida ou enzimtica) tem-se a separao de molculas de glicose, maltose e dextrina, as quais so pores das ramificaes da amilopectina. Dextrina utilizada como agente espessante. O Glicognio composto por cadeias ramificadas de molculas de glicose, assemelhando-se a amilopectina. A molcula de glicognio altamente ramificada e contm cerca de doze unidades de glicose dispostas em segmentos de cadeias retas. O peso molecular tpico de uma molcula de glicognio menor que 5x106 Da. A molcula de celulose longa, formada por cadeias no-ramificada de D-glicose possui Peso molecular entre 50.000 e um milho de daltons. As ligaes em cadeia entre os monmeros de glicose so chamadas de ligaes glicosdicas -1,4.

A ligao glicosdica -1,4 resistente hidrlise enzimtica. Apenas alguns microorganismos so capazes de hidrolisarem este tipo de ligao existente na celulose. A ligao glicosdica -1,4 encontrada na molcula de amido ou glicognio relativamente fcil de ser quebrada pela ao enzimtica ou cida. A eficiente hidrlise da celulose continua sendo um dos maiores problemas nas tentativas de converter resduos de celulose em combustveis ou produtos qumicos. 2.5 Lipdios, Gorduras e Esterides Lipdios so compostos biolgicos hidrofbicos insolveis em gua, mas solveis em compostos no polares como benzeno, clorofrmio e ter. Geralmente esto presentes em fases biolgicas no aquosas, como nas membranas plasmticas. Gorduras so lipdios que servem como reserva biolgica de energia. Lipoprotenas e lipopolissacardeos so outros tipos de lipdeos, que aparecem nas membranas

celulares. As clulas podem alterar sua composio de lipdeos das membranas para compensar (ao menos em parte) as mudanas na temperatura, ou para aumentar sua tolerncia a agentes qumicos como etanol. O componente mais abundante na maioria dos lipdeos so os cidos graxos, que so formados por hidrocarbonetos de cadeia longa (hidrofbicos), com um grupo carboxila no final (hidroflico). Um cido graxo tpico pode ser representado por CH3 - (CH2)n COOH O valor de n geralmente entre 12 e 20. cidos graxos insaturados contm duplas ligaes - C = C -, como o cido olico. cido Olico: CH3 (CH2)7 HC = CH (CH2)7 - COOH A lista com os cidos graxos mais comuns mostrada na Tabela 2.3. A cadeia de hidrocarbonetos de um cido graxo hidrofbica (insolvel em gua), mas o grupo carboxila hidroflico (solvel em gua). Gorduras so steres de cidos graxos com glicerol. A formao de uma molcula de gordura pode ser representada segundo a reao:

Os fosfoglicerdeos tm uma estrutura familiar ao das gorduras, com uma nica diferena, o cido fosfrico substitui o cido graxo e esterificado glicerol. Membranas biolgicas contm fosfolipdios e outros lipdios polares. Outra classe de lipdios que tem uma grande importncia tecnolgica so os poliidroxialcanos. Em particular o poliidroxibutirato (PHB) de interesse tecnolgico, pois pode ser usado para formar uma folha polimrica limpa e biodegradvel. Em algumas clulas o PHB formado como um produto de reserva energtica. Esterides tambm podem ser classificados como lipdios. Esterides ocorrem naturalmente como hormnios, que so importantes reguladores do desenvolvimento animal e do metabolismo a concentraes muito baixas (por exemplo, 10 -8 M).

Um esteride muito conhecido, o colesterol, est presente em membranas de tecidos animais. A Figura 2.24 mostra a estrutura de alguns esterides importantes. A cortisona um antiinflamatrio usado para tratar artrite reumatide e algumas doenas da pele. Derivados do estrgeno e progesterona so utilizados como contraceptivos. A produo comercial de esterides muito importante e depende de converses microbianas. Devido ao grande nmero de centros assimtricos, a sntese completa de um esteride difcil. As plantas so uma fonte abundante de lipdios precursores destes esterides, mas a hidroxilao altamente especifica destes substratos nas posies 11 (e 16) ou desidrogenao na posio 1 so necessrios para converter estes precursores em compostos similares queles produzidos na glndula adrenal. Isto no pode ser feito facilmente por vias qumicas e produzido comercialmente utilizando-se micrbios que contm enzimas mediando s reaes especficas de hidroxilao ou desidrogenao.

2.6 cidos Nuclicos cidos nuclicos participam da via central na reproduo das clulas. cidos desoxirribonuclicos (DNA) armazenam e preservam a informao gentica. cidos ribonuclicos (RNA) participam da sntese de protenas. Ambos DNA e RNA so grandes polmeros feitos por seus nucleotdeos correspondentes. Nucleotdeos so os blocos de construo do DNA e o RNA e ainda servem como molculas de reserva energtica e agentes redutores. Os trs maiores componentes de todos os nucleotdeos so o cido fosfrico, pentose (ribose ou desoxirribose), e a base (purina ou pirimidina). A Figura 4.1 retrata a estrutura dos nucleotdeos e as bases purinas e pirimidinas. Duas das principais purinas presentes nos nucleotdeos so adenina (A) e guanina (G), e as trs principais pirimidinas so timina (T), citosina (C) e uracila (U). cidos desoxirribonuclicos (DNA) contm as bases A, T, G e C, e cidos ribonuclicos (RNA) contm as bases A, U, G e C. Esta a seqncia base do DNA que carrega a informao gentica para a sntese de protenas.

Na unidade seguinte iremos discutir mais detalhadamente a via dos nucleotdeos na energtica celular. Os trifosfatos da adenosina, e com uma menor extenso os da guanosina so as principais moedas energticas de uma clula. As pontes de fosfato no ATP (adenosina trifosfato) e GTP (guanosina trifosfato) so ligaes de alta energia. A formao destas ligaes de fosfato ou sua hidrlise o primeiro meio pelo qual a energia celular armazenada ou utilizada. Por exemplo, a sntese de um composto que termodinamicamente desfavorvel pode ser acoplada a hidrlise do ATP ADP (difosfato) ou AMP (monofosfato). A reao acoplada pode ocorrer em uma amplitude muito maior desde que a diferena de energia livre (G) venha a ser mais negativa. Em reaes que liberam energia (por exemplo, oxidao de um acar), a energia capturada e armazenada para a formao de uma ligao de fosfato em uma reao acoplada onde o ADP convertido a ATP. Alm disso, para utilizar o ATP no armazenamento de energia, a clula armazena e libera tomos de hidrognio das reaes biolgicas de oxidao-reduo utilizando derivados de nucleotdeos. Os dois agentes redutores transportadores mais comuns

so nicotinamida adenina dinucleotdeo (NAD) e nicotinamida adenina dinucleotdeo fosfato (NADP). Alm de ser uma via importante na energtica celular, os nucleotdeos so importantes monmeros. Os polinucleotdeos (DNA e RNA) so formados pela condensao de nucleotdeos. Os nucleotdeos so unidos pelos carbonos 3 e 5 dos anis de aucares sucessivos por ligaes fosfodister. As estruturas do DNA e RNA so mostradas na Figura 4.2.

2.6.1 DNA O DNA uma macromolcula filamentosa muito grande (peso molecular, 2x109 em E. coli) e tem uma estrutura tridimensional em dupla hlice. A seqncia das bases (purinas e pirimidinas) no DNA carrega a informao gentica, enquanto que o acar e os grupos fosfato tm um papel estrutural. A seqncia das bases do DNA escrita na direo 5 3 como pAGTC. A estrutura em dupla hlice do DNA retratada na Fig. 4.3. Nesta estrutura, as duas cadeias de polinucleotdeos helicoidais so enroladas em torno de um eixo comum para formar o DNA dupla hlice, e as cadeias caminham em direes opostas, 5 3 e 3 5. As principais caractersticas da dupla hlice do DNA so as seguintes: 1. As unidades de fosfato e de desoxirribose esto em um plano, e as bases esto em direo ao centro. Os planos das bases so perpendiculares ao eixo da hlice. 2. O dimetro da hlice de 2 nm. A estrutura helicoidal se repete aps 10 resduos em cada cadeia, em um intervalo de 3,4 nm. 3. As duas cadeias so mantidas unidas por ligaes de hidrognio entre os pares de bases. Adenina sempre se pareia com timina (duas ligaes de H); guanina sempre se pareia com citosina (trs ligaes de H). Esta caracterstica essencial para a funo gentica do DNA. 4. A seqncia das bases ao longo do polinucleotdeo no restrita a nenhum caminho, entretanto cada fita deve ser complementar a outra. A seqncia precisa das bases carrega a informao gentica. O grande nmero de ligaes de H formadas entre os pares de bases prov a estabilizao molecular. A regenerao do DNA a partir de um segmento de DNA original conhecida como replicao do DNA. Quando segmentos de DNA so replicados, uma nova fita de DNA se forma diretamente do DNA original, e a outra fita recm sintetizada utilizando a fita original como molde. Portanto, a replicao do DNA semiconservativa, como demonstrado na Fig. 4.4. Algumas clulas contm segmentos de DNA circular no citoplasma que so chamados de plasmdeos. Plasmdeos so segmentos de DNAs no-cromossomais, autnomos e auto-replicativos. Plasmdeos so facilmente retirados e introduzidos nas clulas e frequentemente utilizados para engenharia gentica. Plasmdeos que ocorrem naturalmente podem codificar fatores que protegem a clula contra antibiticos ou compostos qumicos txicos.

Figura 4.4 Replicao semi-conservativa do DNA

2.6.2 RNA A principal funo do DNA carregar a informao gentica nas seqncias das bases. A informao gentica do DNA transcrita para molculas de RNA e

traduzidas na sntese protica. Os moldes para sntese do RNA so molculas de DNA, e as molculas de RNA so moldes para a sntese protica. A formao de molculas de RNA a partir do DNA conhecida como transcrio, e a formao de peptdeos e protenas a partir do RNA chamada de traduo. Certas molculas de RNA tm a funo de intermedirios no transporte da informao gentica durante a sntese protica (mensageiro, m-RNA), visto que outras molculas de RNA [transportador (t-RNA) e ribossonal (r-RNA)] fazem parte da maquinaria de sntese protica. Ao contrrio das molculas de DNA, a maior parte do RNA est localizada no citoplasma (m-RNA e t-RNA). O RNA ribossomal (r-RNA) est localizado nos ribossomos que so pequenas partculas feitas de protena e RNA. Ribossomos so organelas citoplasmticas (geralmente ligadas na superfcie da membrana do reticulo endoplasmtico nos eucariontes) e so stios de sntese de protenas. RNA uma macromolcula longa, no ramificada que consiste de nucleotdeos ligados por ligao fosfodister 3 5. Uma molcula de RNA pode conter de 70 a milhares de nucleotdeos. Molculas de RNA geralmente so de fita simples, exceto alguns RNAs virais. Contudo, certas molculas de RNA contm regies de hlice dupla, como voltas de grampo (hairpin loops). A Figura 4.5 descreve a estrutura em forma de trevo do t-RNA (RNA transportador). Nas regies de dupla hlice do t-RNA, A pareia com U e G pareia com C. A quantidade de RNA na clula geralmente de duas a seis vezes maiores do que a quantidade DNA. Vamos fazer um resumo de cada tipo de RNA: RNA mensageiro (m-RNA) sintetizado no cromossomo e carrega a informao gentica do cromossomo para a sntese de certa protena para os ribossomos. A molcula de m-RNA uma grande molcula com uma meia-vida curta. RNA transportador (t-RNA) uma molcula relativamente pequena e estvel que transporta um aminocido especfico do citoplasma para o stio de sntese protica nos ribossomos. O t-RNA contm de 70 a 90 nucleotdeos e tem seu peso molecular em torno de 23 a 28 kd. Cada um dos 20 aminocidos tem pelo menos um t-RNA correspondente. RNA ribossomal (r-RNA) o principal componente dos ribossomos, constituindo aproximadamente 65% do ribossomo. Os restantes so vrias protenas ribossomais. Trs tipos diferentes de r-RNA esto presentes em ribossomos de E. coli que so especificados como 23S, 16S e 5S, respectivamente baseado nos seus coeficientes de sedimentao (determinado em centrifuga). O smbolo S determina a unidade de Svedberg. Os pesos moleculares so 35.000 kd para o 5S, 550.000 kd para 16S e

1.100.00 para o 23S. Estes trs r-RNAs diferem-se em suas seqncias de bases e suas propores. Clulas eucariticas tm grandes ribossomos e quatro tipos diferentes de r-RNA: 5S, 7S, 18S e 28S. RNAs ribossomais formam grande parte da frao de RNAs totais. Em E. coli, cerca de 85% do RNA total r-RNA, enquanto tRNA cerca de 12% e m-RNA de 2% a 3%.

2.7 Nutrientes celulares A composio da clula difere grandemente com o seu ambiente. A clula deve seletivamente remover compostos desejveis do ambiente extracelular e conservar outros compostos consigo mesma. A membrana semipermevel a chave para esta seletividade. Se a composio da clula bem diferente do seu ambiente, a clula deve gastar energia para se manter longe do equilbrio termodinmico. O equilbrio termodinmico e a morte so equivalentes para a clula. Todos os organismos, exceto os vrus, contm grandes quantidades de gua (cerca de 80%). Aproximadamente 50% do peso seco das clulas so protenas, e grande parte das protenas so enzimas (protenas que agem como catalisadores). A quantidade de cidos nuclicos (que contm o cdigo gentico e a maquinaria para sintetizar

protenas) da clula varia entre 10% a 20% de peso seco. Entretanto, vrus podem conter mais de 50% de seu peso seco em cidos nuclicos. Tipicamente, a quantidade de lipdeos na maioria das clulas varia entre 5% a 15% do peso seco. Contudo, algumas clulas acumulam PHB em at 90% da massa total sobre certas condies de cultivo. Em geral, a composio intracelular das clulas varia de acordo com o tipo e idade das mesmas, e a composio dos nutrientes do meio. As composies tpicas para a maioria dos grupos de organismos so resumidas na Tabela 5.1.

A maioria dos produtos formados por organismos produzida como resultado de sua resposta s condies ambientais, como nutrientes, hormnios de crescimento e ons. As necessidades nutricionais qualitativas e quantitativas das clulas so determinadas para otimizar o crescimento e a formao de produtos. Os nutrientes requeridos pelas clulas podem ser classificados em duas categorias: 1. Macronutrientes so necessrios em concentraes maiores que 10 -4M. Carbono, nitrognio, oxignio, hidrognio, enxofre, fsforo, Mg2+, e K+ so os principais macronutrientes. 2. Micronutrientes so necessrios em concentraes menores que 10 -4M. Elementos trao como Mo2+, Zn2+, Cu2+, Mn2+, Fe2+, Ca2+, Na+, vitaminas, hormnios de crescimento, e precursores metablicos so micronutrientes. 2.7.1 Macronutrientes

Compostos de carbono so a maior fonte de energia e carbono celular. Os microrganismos so classificados em duas categorias em relao a sua fonte de carbono: (1) Hetertrofos utilizam compostos orgnicos como os carboidratos, lipdeos e hidrocarbonetos como fonte de carbono e energia. (2) Auttrofos usam o dixido de carbono como fonte de carbono. Mixotrficos crescem concomitantemente sob as

duas condies, autotrfico e heterotrfico, entretanto, o crescimento autotrfico estimulado por certos compostos orgnicos. Autotrficos facultativos normalmente crescem sob condies autotrficas, mas podem crescer sob condies heterotrficas, na ausncia de CO2 e fontes de energia inorgnica. Quimioauttrofos utilizam CO2 como fone de carbono e para obter energia a partir da oxidao de compostos inorgnicos. Fotoauttrofos utilizam CO2 como fonte de carbono e a luz como fonte de energia. As fontes de carbono mais comuns em fermentaes industriais so melao (sacarose), amido (glicose, dextrana), xarope de milho e licor de resduos de sulfito (glicose). Em fermentaes laboratoriais, glicose, sacarose, e frutose so as fontes de carbono mais comuns. Metanol, etanol e metano tambm constituem fontes de carbono baratas para algumas fermentaes. Em fermentaes aerbicas, cerca de 50% do substrato de carbono incorporado nas clulas e cerca de 50% utilizado como fonte de energia. Em fermentaes anaerbicas, uma grande parte do substrato de carbono convertido em produtos e uma pequena parte convertido a massa celular (menos de 30%). O nitrognio constitui aproximadamente 10% a 14% da massa seca celular. As fontes de nitrognio mais utilizadas so amnia e sais de amnio [NH 4Cl, (NH4)2SO4, NH4NO3], protenas, peptdeos e aminocidos. O nitrognio incorporado massa celular a partir das protenas e cidos nuclicos. Alguns organismos como Azotobacter sp. e cianobactrias fixam o nitrognio da atmosfera para formar amnio. A uria tambm pode ser utilizada como fonte de nitrognio por alguns organismos. Fontes de nitrognio orgnico como extrato de levedura e peptona so caros comparados sais de amnio. Algumas fontes de carbono e nitrognio utilizados na fermentao industrial so resumidas na Tabela 5.2.

O oxignio est presente em todos os componentes celulares orgnicos e na gua celular e seus constituintes em cerca de 20% do peso seco das clulas. O oxignio molecular utilizado como receptor final de eltrons no metabolismo aerbico de

compostos de carbono. O oxignio gasoso introduzido no meio de crescimento por asperso ou pela aerao da superfcie. O hidrognio constitui cerca de 8% do peso seco celular, e derivado primeiramente dos compostos de carbono, como os carboidratos. Algumas bactrias, como as metanognicas conseguem utilizar o hidrognio como fonte de energia. O fsforo constitui aproximadamente 3% do peso seco das clulas, e est presente nos cidos nuclicos e como cidos teicicos da parede celular de algumas bactrias gram-positivas. Sais de fosfato inorgnico como KH2PO4 e K2HPO4 so os mais comuns. Glicerolfosfatos podem tambm ser usados como fonte orgnica de fosfato. O fsforo um elemento chave na regulao do metabolismo celular. Os nveis de fosfato no meio podem ser menores que 1mM para a formao de vrios metablitos secundrios, como os antibiticos. O enxofre constitui prximo de 1% do peso seco celular e est presente em protenas e algumas enzimas. Sais de sulfato como o (NH 4)2SO4 so as fontes de enxofre mais comuns. Aminocidos que contm enxofre podem tambm ser utilizados como fonte de enxofre. Certos auttrofos utilizam S 2- e S0 como fonte de energia. Potssio um cofator de algumas enzimas e utilizado no metabolismo de carboidratos. Clulas tendem a captar K + e Mg2+ e expulsar Na+ e Ca2+. Os sais de potssio mais comuns so K2HPO4, KH2PO4 e K3PO4. Magnsio um cofator para algumas enzimas e est presente na parede celular e membranas. Ribossomos especificamente requerem ons Mg2+. O magnsio usualmente suprido como MgSO4.7H2O ou MgCl2. A Tabela 5.3 lista os oito maiores macronutrientes e sua via fisiolgica.

2.7.2

Micronutrientes

Elementos trao so essenciais nutrio microbiana. A carncia de elementos trao aumenta a fase lag (o tempo da inoculao at a replicao ativa da clula, em culturas descontnuas) e pode diminuir a taxa de crescimento especfico e o rendimento. As trs maiores categorias de micronutrientes so discutidas a seguir. 1. Os elementos trao mais amplamente requeridos so Fe, Zn e Mn. O ferro (Fe) est presente na ferredoxina e no citocromo e um importante cofator. Ferro ainda age em vias regulatrias de alguns processos fermentativos (e.g. deficincia de ferro necessria para a excreo da riboflavina pela Ashbya gosypii e a concentrao de ferro regula a produo de penicilina pelo Penicillium chysogenum). Zinco (Zn) um cofator para algumas enzimas e tambm regula algumas fermentaes como a da penicilina. O mangans (Mn) tambm um cofator para algumas enzimas e faz a regulao do metabolismo secundrio e a excreo de metablitos primrios. 2. Os elementos trao necessrios sob condies especficas de crescimento so Cu, Co, Mo, Ca, Na, Cl, Ni e Se. Cobre (Cu) est presente em certos componentes da cadeia respiratria e enzimas. Deficincia de cobre estimula a produo de penicilina e cido ctrico. Cobalto (Co) est presente em compostos corrinides como a vitamina B12. Bactrias propinicas e algumas metanognicas necessitam de cobalto. Molibdnio (Mo) um cofator da nitrato redutase e nitrogenase e necessrio para o crescimento onde NO3 - e N2 so as nicas fontes de nitrognio. Clcio (Ca) um cofator para amilases e algumas proteases, e ainda est presente em esporos bacterianos e na parede celular de algumas clulas, como as clulas de plantas. Sdio (Na) necessrio em quantidades trao por algumas bactrias, especialmente pelas metanognicas, para o balano inico. O sdio importante no transporte de espcies carregadas em clulas eucariticas. Cloreto (Cl -) necessrio em algumas halobactrias e micrbios marinhos, com a necessidade do Na + tambm. O nquel (Ni) requerido por algumas metanognicas como cofator e o selnio (Se) requerido no metabolismo do formiato de alguns organismos. 3. Elementos trao que so raramente requeridos so B, Al, Si, Cr, V, Sn, Be, F, Ti, Ga, Ge, Br, Zr, W, Li e I. Estes elementos so necessrios em concentraes menores que 10-6 M e txicos a altas concentraes, como 10 -4 M. Alguns ons como Mg2+, Fe3+, e PO43- podem precipitar no meio nutritivo e se tornarem indisponveis para a clula. Agentes quelantes so usados para formar compostos solveis com ons precipitantes. Agentes quelantes contm certos grupos denominados ligantes que se ligam a ons metlicos para formar complexos solveis. Os principais ligantes so grupos carboxila (-COOH), amina (-NH2), e mercapto (-SH). cido ctrico, EDTA (cido etilenodiaminotetraactico), polifosfatos, histidina, tirosina e

cistena so os agentes quelantes utilizados mais comuns. Na 2EDTA o agente quelante mais empregado. O EDTA pode remover alguns componentes de ons metlicos da parede celular, como Ca 2+, Mg2+ e Zn2+ e pode causar a desintegrao da parede celular. O cido ctrico metabolizado por algumas bactrias. Os agentes quelantes so adicionados ao meio de cultura em concentraes muito baixas (por exemplo, 1mM). Fatores de crescimento estimulam o crescimento e a sntese de alguns metablitos. Vitaminas, hormnios e aminocidos so os principais fatores de crescimento. Vitaminas usualmente tm a funo de coenzimas. Algumas vitaminas mais comumente requeridas so tiamina (B 1), riboflavina (B2), piroxidina (B6), biotina, cianocobalamina (B12), cido flico, cido lipico, cido p-amino benzico, e vitamina K. As vitaminas so necessrias a concentraes que variam de 10 -6 M a 10-12 M. Dependendo do organismo, alguns, ou todos os aminocidos tem a necessidade de serem adquiridos externamente em concentraes de 10 -6 M a 10-13 M. Alguns cidos graxos, como cido olico e esteris, so tambm necessrios em concentraes baixas por alguns organismos. Formas de vida superiores, como clulas animais e de plantas, necessitam de hormnios para regular seu metabolismo. Insulina o hormnio mais comum para clulas animais, e a auxina e citoquininas so hormnios de crescimento das plantas. 2.7.3 Meios de Crescimento

Os dois principais tipos de meio de crescimento so os definidos e os meios complexos. Meios definidos contm quantidades especficas de compostos qumicos puros e com a composio qumica conhecida. Um meio contendo glicose, (NH 4)2SO4, KH2PO4 e MgCl2 um meio definido. Meios complexos contm compostos naturais que a composio qumica no exatamente conhecida. Um meio contendo extrato de levedura, peptona, melao, xarope de milho um meio complexo. O meio complexo normalmente pode prover os fatores de crescimento necessrios, vitaminas, hormnios, e elementos trao, resultando em altos rendimentos celulares, comparado a um meio definido. Freqentemente meios complexos so mais baratos do que os definidos. A maior vantagem de meios definidos que os resultados so mais reprodutveis e o operador tem um melhor controle da fermentao. 2.8 Consideraes finais Nesta unidade foi possvel conhecer as macromolculas presentes nas clulas: protena, RNA e DNA. Outros componentes essenciais so construdos a partir de lipdeos e carboidratos. Como foi descrito as protenas so os polmeros mais abundantes nas clulas e sintetizados a partir de 20 aminocidos. Estes polmeros

formam estruturas moleculares com vrios nveis de complexidade com funes associadas diversas. DNA e RNA so polmeros de nucleotdeos e juntos so responsveis pelo armazenamento e transmisso da informao gentica da clula para finalmente ser traduzida numa ampla famlia de estruturas proticas com funes vitais diversificadas. Os carboidratos e lipdeos tambm desempenham papeis importantes nas clulas. Ambos podem servir como fonte de energia e de componentes mediadores da atividade biolgica, tais como hormnios e fatores de crescimento. Finalmente, no menos importantes so os compostos consumidos pelas clulas em grandes quantidades (macronutrientes) e em pequenas quantidades (micronutrientes), ambos essenciais para a manuteno da integridade celular. 2.9 Estudos complementares Para leitura adicional, consultar:

1. Lehninger, A. L. Fundamentos de Bioqumica. So Paulo, Ed. Sarvier, 1977. 2. Bailey, J. E. e Ollis, D. F., Biochemical Engineering ed., McGraw-Hill, New York, 1986. Fundamentals, 2a

3. Shuler, M. L. e Kargi, F. Bioprocess Engineering, Prentice Hall, Englewood Cliffs, 1992. Para exerccios didticos e visualizao de imagens:

http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/biochemistry.html