Lista de Exerccios 2

1) Qual das setas abaixo melhor representa a fita descontnua durante a replicao do DNA? Justifique, indicando as razes das outras setas serem piores candidatas. Dica: a representao na forma de setas usada para indicar a direo de sntese da cadeia.

2) Qual a funo das seguintes enzimas ou protenas na replicao do DNA? Considere em cada caso o que aconteceria com o processo de replicao caso os genes que codificam estas protenas sofressem mutao que acarretasse perda de funo. a. b. c. d. e. f. g. Primase Atividade polimersica 5-3 da DNA polimerase Atividade exonuclesica 3-5 da DNA polimerase Atividade exonuclesica 5-3 da DNA polimerase Protena iniciadora Helicase SSB

3) Investigadores trabalhando com a bactria E. Coli descobriram uma linhagem deficiente na atividade de DNA ligase. Quando eles incubaram esta linhagem bacteriana em meio de cultura com timidina marcada com H3 e sedimentaram o DNA bacteriano por centrifugao em um gradiente de sacarose, duas bandas radioativas foram identificadas: uma banda de alto peso molecular e uma de baixo peso molecular. Sabendo que as linhagens normais de E. Coli apresentam apenas uma banda radioativa de alto peso molecular quando submetidas ao mesmo experimento,

explique os resultados obtidos com a linhagem deficiente na atividade de DNA ligase. 4) O reparo de mismatch o mecanismo de reparo que reconhece e corrige bases mal pareadas na dupla-fita do DNA (pareamento diferente do descrito por Watson e Crick). Discuta como a maquinaria de reparo identifica qual das duas fitas deve ser reparada em bactrias. 5) A DNA polimerase e a DNA ligase so enzimas que catalisam a formao de ligaes fosfodiester entre nucleotdeos. Entretanto estas enzimas utilizam estratgias catalticas fundamentalmente distintas. Compare as estratgias catalticas utilizadas por estas enzimas e correlacione com as funes desempenhadas pelas mesmas (por que uma estratgia mais adequada para uma determinada funo e no para a outra?). 6) A abertura do DNA durante a replicao afeta a topologia do DNA. Na ausncia de topoisomerases, o DNA ficaria com superenrolamento positivo na frente da forquilha de replicao e superenrolamento negativo atrs da forquilha de replicao. A progresso da forquilha de replicao bacteriana interrompida quando o coeficiente de superenrolamento na frente da forquilha de replicao () atinge o valor +0.14. Considerando a replicao bidirecional na ausncia de topoisomerases de um DNA circular de 6000pb com coeficiente de superenrolamento () original de 0.06, responda: a. Quantos pares de base sero desenrolados e duplicados em cada forquilha at ocorrer a interrupo da progresso da mesma? Justifique sua resposta. Assuma que ambas as forquilhas progridem com a mesma velocidade. b. Quantos pares de base seriam desenrolados e duplicados caso o DNA original estivesse na sua forma relaxada (=0)? Dica 1: o coeficiente , ao contrrio do nmero de voltas da hlice (Lk), independe do tamanho do DNA e definido pela seguinte equao: =Lk, aonde Lk0 corresponde ao Lk da molcula na sua forma relaxada Lk0 e Lk = Lk Lk0 (nmero de voltas perdidas ou ganhas em relao molcula relaxada) Dica 2: Lk = Tw + Wr aonde Tw = nmero de vezes que as fitas se sobrepe e Wr o nmero de tores em volta do eixo da hlice. Na forma relaxada, Lk=Tw e Wr=0

7) Os cidos nucleicos possuem propriedades qumicas que podem levar ao aparecimento de mutaes espontneas. Descreva um exemplo de como estas mutaes espontneas podem ocorrer. 8) Uma doena humana conhecida como Xeroderma Pigmentosa (XP) caracterizada por uma ultrasensibilidade luz UV resultante de mutaes em diferentes genes humanos que codificam enzimas envolvidas no sistema de reparo por exciso de nucleotdeo. Existem vrios tipos de XP classificados de acordo com o gene que apresenta-se mutado. Para caracterizar o defeito presente na forma XP-G da doena, um investigador submeteu fibroblastos normais e fibroblastos de um paciente com XP-G luz UV, seguido da extrao do DNA (sendo descartadas todas as protenas), desnaturao do mesmo e anlise do DNA simplesfita resultante por ultracentrifugao. As amostras de fibroblastos normais apresentaram uma reduo significativa do peso molecular do DNA aps a irradiao, o que no foi observado no DNA dos fibroblastos XP-G. Com base nestes resultados, descreva o processo de reparo por exciso de nucleotdeo, identificando o passo que deve ser defeituoso nos fibroblastos de pacientes com XP-G.