Strawberry DNA

The native British wild strawberry is a "diploid" - it has two sets of chromosomes, as in humans. The most commonly cultivated strawberry, Fragaria ananassa, is an octoploid with eight sets. This makes it a good candidate for demonstrating DNA extraction - with eight copies of each gene in the strawberry genome, strawberries are packed full of it. The strawberry, it turns out, has a long and complicated family history. "The cultivated strawberry is interesting from a genomic perspective, because it's a polyploid hybrid species." Unlike peas, for example, or humans, for that matter, which are diploids (with two sets of chromosomes), a strawberry is an octoploid (with eight sets of chromosomes). How some strawberries evolved from diploids to octoploids is part of the story that people are trying to unravel. Many people are surprised to find out that strawberry growers plant bare-root plants rather than seeds. The reason is every strawberry seed contains different genetic material, the product of a myriad of potential gene combinations. Because the genetics of strawberries are so diverse (humans are diploid, strawberries are octoploid). For strawberries, the mother plant puts out runners (called daughter plants) that were essentially identical to her, which in turn also put out runners. The major varieties of strawberries grown in Florida are Sweet Charlie, Camarosa, and the Oso Grande.

One of the reasons strawberries work so well is that they are soft and easy to pulverize. Also, ripe strawberries produce enzymes (pectinases and cellulases) which aid in breaking down the cell walls. Most interestingly, strawberries have enormous genomes. They are octoploid, which means they have eight of each type of chromosome (which equals abundant DNA). Materials Mild Shampoo ( Contianing Laurel sulfate- SDS) Zip lock bags( double bags) A few pinches of NaCl Papain ( Meat tenderizer). This is an enzyme that destroys proteins that would interfere with the DNA extraction Frozen or fresh strawberries or raspberries - about 1 to 2 cups Ice Corning tubes Beaker or plastic cup Transfer Pipets Cheese cloth/Melitta Coffee filters are an alternative Rubber bands Eppendorf tubes( Microcentrifuge tubes) Microcentrifuge Ice cold ethanol( 97%) Tris EDTA solution Water bath at 55oC

Procedure for Extraction

1. Place several strawberries in a double zip lock bag. Use the top of the Corning tube to 2.
mash the strawberries in the bag. This should produce a homogenate of strawberries. This is a mechanical breakdown of the cell wall and structure. Add 15 ml of the extraction buffer to the bag.

3. Mush again for one minute. This is the chemical portion of the extraction procedure to
lyse the cell membranes to release the DNA

4. Put bag into the hot water bath at 55oC 60oC. Heating helps to maximize the reaction to
make sure that DNA is released. The temperature is critical to this step. DNA is denatured at temperatures near 80oC. 5. Remove and put bag into the ice chest. 6. Put cheesecloth over the top of a beaker or plastic cup. Hold with a rubber band around the top. 7. Filter through cheesecloth in a funnel into beaker. Use the top of the Corning tube to push through the mesh of the cheese cloth. Collect the filtrate. When you are finished squeeze the cheesecloth to get the remainder of the extract or lysate 8. Pour filtrate into a plastic tube. Fill the tube to about the volume 9. Use the transfer pipet to drip alcohol slowly down the sides of the tube, while holding the tube at approximately an angle of 45o. Try to make a clear and undisturbed layer of alcohol to float on the lysate. The line between the two layers is called the interface. 10. At the interface, you will see the DNA precipitate out of solution and float to the top. You may spool the DNA on your glass rod . You should see strands of DNA winding around the DNA. 11. Collect the DNA which is in the upper layer of the alcohol with the transfer pipet. Empty the air and then aspirate the DNA from the tube. Make sure that you do not disturb the layers.

Explanation The detergent in the shampoo helps to dissolve the phospholipid bilayers of the cell membrane and organelles. The salt helps keep the proteins in the extract layer so they arent precipitated with the DNA. DNA is not soluble in ethanol. When molecules are soluble, they are dispersed in the solution and are therefore not visible. When molecules are insoluble, they clump together and become visible. The colder the ethanol, the less soluble the DNA will be in it yielding more visible clumping. This is why it is important for the ethanol to be kept in a freezer or ice bath.

Preparation of DNA for Isolation and Purification

12. Put the DNA in an Eppendorf( microcentrifuge tube).( 1.5ml) 13. Spin the Eppendorf( microcentrifuge tube) for two minutes.

14. Pour off the liquid in the tube. This leaves a pellet in the bottom of the tube which is DNA. 15. Add 25 50 ul of Tris EDTA Buffer to the Eppendorf tube. Resuspend the pellet of DNA in the buffer. This makes the DNA go into solution Preparation of samples of Strawberry DNA for electrophoresis 16. Take 15 ul of the DNA solution and put it in a new microcentrifuge 17. Add 2 ul of the loading dye to this tube 18. Take another 15 ul of the DNA solution and put into a new microcentrifuge tube for analysis

Student Data Sheet. Answer the questions on the data sheet in complete sentences. 1. What steps in the procedure contributed to the release of the DNA from the Strawberry plant cells?

2. What temperature is used to speed the extraction of DNA?

3. What ingredients are in the extraction buffer?

4. Why do Strawberries yield high amounts of DNA?

5. Why is ethanol used for the precipitation or isolation of DNA?

6. How is the actual DNA separated from the rest of the lysate?

7. Describe the appearance of the DNA.

8. What is Tris EDTA? Why is it used in the preparation of DNA for electrophoresis.

Strawberry DNA

Stroberi liar asli Inggris adalah "diploid" - memiliki dua set kromosom, seperti pada manusia. Stroberi paling sering dibudidayakan, Fragaria ananassa, adalah octoploid dengan delapan set. Hal ini membuat calon yang baik untuk menunjukkan ekstraksi DNA - dengan delapan salinan dari setiap gen dalam genom stroberi, stroberi yang dikemas penuh itu. Stroberi, ternyata, memiliki sejarah keluarga yang panjang dan rumit. "Para stroberi yang dibudidayakan

menarik dari perspektif genomik, karena itu adalah spesies hibrida polyploid." Tidak seperti kacang polong, misalnya, atau manusia, dalam hal ini, yang diploid (dengan dua set kromosom), stroberi adalah octoploid (dengan delapan set kromosom). Bagaimana beberapa stroberi berevolusi dari diploid ke octoploids adalah bagian dari cerita yang orang berusaha untuk mengungkap. Banyak orang yang terkejut untuk mengetahui bahwa strawberry petani tanaman telanjang-akar tanaman bukan biji. Alasannya adalah setiap biji stroberi mengandung materi genetik yang berbeda, produk dari segudang kombinasi gen potensial.Karena genetika stroberi begitu beragam (manusia adalah diploid, strawberry octoploid). Untuk stroberi, pohon induk puts out pelari (disebut tumbuhan putri) yang pada dasarnya identik dengan dirinya, yang pada gilirannya juga mengeluarkan pelari. Varietas utama stroberi ditanam di Florida Charlie Manis, Camarosa, dan Oso Grande.

Salah satu alasan stroberi bekerja dengan baik adalah bahwa mereka lunak dan mudah untuk menghancurleburkan. Juga, stroberi matang menghasilkan enzim (pectinases dan selulase) yang membantu dalam meruntuhkan dinding sel. Yang paling menarik, stroberi memiliki genom yang sangat besar. Mereka octoploid, yang berarti mereka memiliki delapan dari setiap jenis kromosom (yang sama dengan DNA berlimpah). Bahan Mild Shampoo (Contianing Laurel sulfat-SDS) tas kunci Zip (tas ganda) Beberapa mencubit NaCl papain (pelunak daging). Ini adalah enzim yang menghancurkan protein yang akan mengganggu ekstraksi DNA beku atau segar strawberry atau raspberry - sekitar 1 sampai 2 cangkir Es Corning tabung Gelas atau cangkir plastik Transfer Pipets Keju kain / Melitta filter kopi merupakan alternatif Karet band Eppendorf tabung (tabung microcentrifuge) microcentrifuge Es etanol dingin (97%) Tris EDTA solusi Air mandi pada 55oC

Tata Cara Ekstraksi 1. Tempatkan beberapa stroberi dalam kantong kunci zip ganda. Gunakan bagian atas tabung Corning untuk mash stroberi di kantong. Ini harus menghasilkan homogenat stroberi. Ini adalah kerusakan mekanis dari dinding sel dan struktur. 2. Tambahkan 15 ml buffer ekstraksi untuk tas. 3. Bubur lagi selama satu menit. Itulah bagian kimia dari prosedur ekstraksi untuk melisiskan membran sel untuk melepaskan DNA 4. Masukan ke dalam kantong mandi air panas pada 55oC - 60oC. Pemanasan membantu untuk memaksimalkan reaksi untuk memastikan bahwa DNA dilepaskan.Suhu sangat penting untuk langkah ini. DNA terdenaturasi pada suhu mendekati 80oC. 5. Angkat dan menaruh tas ke dalam dada es. 6. Masukan kain tipis dari atas gelas atau cangkir plastik. Pegang dengan karet gelang di atas. 7. Saring melalui kain katun tipis di corong ke dalam gelas. Gunakan bagian atas tabung Corning untuk mendorong melalui mesh kain keju. Kumpulkan filtrat. Ketika Anda selesai memeras kain tipis untuk mendapatkan sisa ekstrak atau lisat 8. Tuangkan filtrat ke dalam tabung plastik. Isi tabung untuk sekitar volume 9. Gunakan pipet transfer ke menetes alkohol perlahan menurunkan sisi tabung, sambil memegang tabung sekitar sudut 45o. Cobalah untuk membuat lapisan yang jelas dan tak terganggu alkohol mengapung di lisat tersebut. Garis antara dua lapisan ini disebut antarmuka. 10. Pada antarmuka, Anda akan melihat DNA mengendap dari larutan dan mengapung ke atas. Anda mungkin spool DNA pada batang gelas Anda. Anda akan melihat untai DNA berliku sekitar DNA. 11. Kumpulkan DNA yang ada di lapisan atas alkohol dengan pipet transfer.Mengosongkan udara dan kemudian aspirasi DNA dari tabung. Pastikan bahwa Anda tidak mengganggu lapisan. Penjelasan The deterjen dalam shampo membantu untuk melarutkan bilayers fosfolipid dari membran sel dan organel. Garam membantu menjaga protein di lapisan ekstrak sehingga mereka tidak diendapkan dengan DNA. DNA tidak larut dalam etanol. Ketika molekul yang larut, mereka tersebar dalam larutan dan karenanya tidak terlihat. Ketika molekul tidak larut, mereka mengumpul dan menjadi terlihat. Semakin dingin etanol, semakin sedikit larut DNA akan di dalamnya menghasilkan lebih terlihat "menggumpal." Inilah sebabnya mengapa penting untuk ethanol yang akan disimpan dalam freezer mandi atau es. Persiapan DNA untuk Isolasi dan Pemurnian 12. Masukkan DNA dalam Eppendorf (tabung microcentrifuge). (1.5ml)

13. Memutar Eppendorf (tabung microcentrifuge) selama dua menit. 14. Tuangkan cairan di dalam tabung. Hal ini meninggalkan pelet di dasar tabung yang DNA. 15. Tambahkan 25 - 50 ul Buffer Tris EDTA ke tabung Eppendorf. Resuspend pelet DNA dalam buffer. Hal ini membuat DNA masuk ke solusi Persiapan sampel DNA Strawberry untuk elektroforesis 16. Ambil 15 ul larutan DNA dan memasukkannya ke dalam microcentrifuge baru 17. Tambahkan 2 ul dari pewarna loading untuk tabung ini 18. Ambil lain ul 15 dari solusi DNA dan dimasukkan ke dalam tabung microcentrifuge baru untuk analisis

Siswa Lembar Data. Jawablah pertanyaan-pertanyaan pada lembar data dalam kalimat lengkap. 1. Apa langkah dalam prosedur memberikan kontribusi terhadap pelepasan DNA dari sel tanaman Strawberry? 2. Apa suhu digunakan untuk mempercepat ekstraksi DNA? 3. Apa bahan berada dalam buffer ekstraksi? 4. Mengapa Stroberi menghasilkan jumlah tinggi DNA? 5. Mengapa etanol digunakan untuk pengendapan atau isolasi DNA? 6. Bagaimana DNA sebenarnya terpisah dari sisa dari lisat itu? 7. Menggambarkan penampilan DNA. 8. Apa Tris EDTA? Mengapa digunakan dalam penyusunan DNA untuk elektroforesis.
chsweb.lr.k12.nj.us/psidelsky/Strawberry%20DNA%20Lab%20Protocol..doc