Aula 3 Biologia Molecular Avanada Sntese e Processamento do DNA

Sntese e Processamento do DNA

Vinicio Barbosa S. Santos Marcella Novaes Franco Nathlia Soares Ferreira Andrew Macrae Laboratrio de Biotecnologia Sustentvel e Bioinformtica Microbiana Departamento de Microbiologia Geral IMPPG/UFRJ

Transcrio
A transcrio consiste na sntese de RNA. . Realizada por um complexo enzimtico cuja enzima chave a RNA polimerase. . Esse processo ocorre em trs etapas principais: a iniciao, o alongamento e o trmino. . A transcrio em eucariontes bem mais complexa que em procariontes. . Nos eucariontes a transcrio ocorre no ncleo, enquanto a traduo ocorre no citoplasma. . Nos procariontes tal separao celular no existe, sendo os dois processos muito bem acoplados no espao. . No RNA a ser sintetizado, o acar a ribose e aparecer Uracil ao invs de timina.

RNA Polimerase
. uma enzima formada por muitas cadeias polipeptdicas, que catalisam toda transcrio do DNA.

. Em procariontes existe apenas um tipo de RNA polimerase enquanto nos eucariontes existem trs. . Uma nica RNA Polimerase suficiente para a produo do transcrito. . Essa enzima, diferentemente da DNA polimerase, no tem atividade de nuclease, ou seja, no revisa a cadeia de RNA nascente. . A RNA polimerase no tem necessidade de um iniciador.

Funes da RNA Polimerase

. Procura no DNA os pontos de incio da transcrio (regies promotoras). . Desenrola um trecho curto de DNA para produzir um molde de DNA unifilamentar. . Detecta sinais de trmino que especifica onde a transcrio termina. . Catalisa a ligao entre a extremidade 3' OH de um nucleotdeo com a extremidade 5' fosfato do nucleotdeo seguinte, realizando a catlise no sentido de 5' para 3' e utilizando como molde uma das fitas de DNA.

Etapas da Transcrio
Iniciao:
. A sntese de RNA comea em regies do DNA chamadas de promotoras. . Em procariotos, duas dessas regies so conhecidas como seqncias de consenso. So elas: 5 TATATT 3 e 5' TTGACA 3, respectivamente.

http://www.icb.ufmg.br/~lbcd/prodabi3/grupos/grupo1/iniciacao.htm 22/12/2005

. Nos eucariotos a principal regio promotora conhecida como TATA box. . Uma importante etapa na iniciao da transcrio a abertura da dupla fita de DNA (desenovelamento) que feita rompendo-se as ligaes entre as bases das duas fitas.

Etapas da Transcrio
Alongamento:
. Durante essa fase, o RNA recm-sintetizado pareia-se temporariamente com a fita molde de DNA, formando um hbrido curto RNA-DNA. . Uma vez iniciada, a transcrio segue numa velocidade de aproximadamente 50 nucleotdeos por segundo, estando a RNA polimerase ligada fita molde de DNA at encontrar o sinal de trmino da transcrio.

Etapas da Transcrio
Trmino:
O final da transcrio um processo bem controlado no qual seqncias tpicas (sinais de trmino) indicam o local para a finalizao da sntese dessa molcula. Ocorre formao de uma estrutura em grampo. Esse acontecimento desencadeia os seguintes eventos: . Parada da RNA polimerase; . Destruio parcial do hbrido RNA-DNA (proporcionando instabilidade da regio que permanece ligada); . Dissociao do RNA nascente da enzima RNA polimerase; . Restabelecimento da regio dupla-fita do DNA; e . Liberao da RNA polimerase da fita molde do DNA.

Transcrio

http://www.e-escola.pt/site-bin/index.html 22/12/2005

Sntese de Protenas
. Processo chamado de traduo do cdigo gentico, que necessita de uma interao coordenada entre mais de uma centena de macromolculas.

. Ocorre em 3 etapas: incio, alongamento trmino.

Macromolculas Presentes

http://ludwig-sun1.unil.ch/~vjongene/molbio/pics/ribosome.jpg 22/12/2005

RNA Transportador

http://biology.kenyon.edu/courses/biol114/Chap05/trn a-1.gif - 22/12/2005

. Possui 76 a 93 ribonucleotdios. . Terminal 5 fosforilado e o 3 tem uma hidroxila livre. . Ponto de ligao ao Aminocido Ocorre na hidroxila 3da adenosina no terminal 3da molcula. . Anti-cdon Seqncia complementar ao cdon para um determinado aminocido. . Todas as molculas devem ser capazes de interagir com os ribossomos, mRNA e os fatores de alongamento.
http://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331/dna/trnacode.gif 22/12/2005

. Se ajustam aos pontos A, P e E do ribossomo, interagindo com o ponto enzimtico que catalisa a formao da ligao peptdica. . A metilao confere um carter hidrfobo a algumas regies, que pode ser importante na interao com as sintetases, protenas ribossmicas e para seu prprio dobramento. . Cerca da metade dos nucleotdeos nos tRNA forma pareamento de bases, originando uma dupla hlice. . A estabilidade da arquitetura da molcula est relacionada interao hidrfoba entre anis aromticos adjacentes (ribose).

Origem do tRNA
Ribonuclease P : Enzima ribonucleoprotica que compreende uma molcula de Rna m1 com 377 nucleotdeos e uma protena com 20 kd. - Rna m1 : Reconhece por si s os pontos alvos nos transcritos primrios (transcritos dos genes de tRNA). - Protena : Tem um papel subsidirio (aumenta a taxa de hidrlise e possibilita que a reao ocorra em uma concentrao muito baixo de ons magnsio).

Os aminocidos so ativados e ligados a determinados t-RNAs transportadores por sintetases especficas.

Aminoacil tRNA sintetase: enzima especfica que catalisa a ligao do aminocido ao T-RNA e tambm o deixa ativado.

Qual a importncia da ativao de um aminocido?

. Ativar um Aminocido deix-lo num estado com energia necessria para fazer uma ligao peptdica para a polimerizao de uma protena. . A ligao entre a amina e a carboxila de aminocidos diferentes termodinamicamente desfavorvel (no ocorre espontaneamente, precisando de um catalisador). . Essa barreira superada pela ativao do aminocido.

Como ocorre a ativao do aminocido???

A carboxila de um aminocido ligada a hidroxila 2 ou 3 da unidade de ribose na ponta 3 do tRNA, formando ster de aminocido.

http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/aminoacil%20trna%20sintasas_archivos/image002.jpg 22/12/2005

Atuao das Enzimas Ativadoras

Aminocido + ATP
(Aminoacil Adenilato (aminoacil AMP)+Ribose-adenina+PPi)
http://www.bchi.lt/LBD/a-pap.htm 16/01/2005

Transferncia do radical Aminoacil do Aminoacil (AMP) para uma molcula de tRNA formando aminoaciltRNA.
http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/aminoacil%20trna%20sintasas_archivos/image002.jpg 22/12/2005

Curiosidades Sobre as Aminoacil tRNA Sintetases

. Existe pelo menos 1 aminoacil- tRNA sintetase para cada aminocido. . Podem ser agrupadas em classe 1 e 2. . Nota-se que os menores aminocidos so geralmente ativados pela sintetase tipo 2. . Os aminocidos grandes e tambm os mais hidrfobos so ativados pela enzima tipo 1.

http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/aminoacil %20trna%20sintasas.html 19/01/2006

Curiosidades Sobre as Aminoacil tRNA Sintetases

.A reviso pelas aminoacil tRNA sintetases aumenta a fidelidade da sntese de protenas. .Elas so altamente seletivas em seu reconhecimento tanto do aminocido a ser ativado quanto do tRNA aceptor em perspectiva. .A sintetase consegue distinguir um par de aminocidos que so de tamanhos quase idnticos.

A Sintetase Corrige seus Prprios Erros

Exemplo: Uma valina erroneamente ativada no transferida para o tRNA especfico de isoleucina, o tRNA promove a hidrlise da valina-AMP evitando uma incorporao errnea na protena.

. Algumas molculas de tRNA reconhecem mais de um

cdon devido a oscilao no pareamento de bases. . O cdon e anticdon ficam alinhados de modo antiparalelo. . O RNA mensageiro traduzido no sentido 5para o 3. . A protena sintetizada no sentido amina- carboxila.

RIBOSSOMOS

(ribo)Massa constituda de quase 2/3 de RNA

So mquinas moleculares que coordenam a interao de tRNA, mRNA e protenas nesse complexo processo e catalisam a formao da ligao peptdica. Subunidade 50s possui 34 protenas diferentes (L-Large) e duas molculas de RNA, uma 23s e outra 5s

As subunidades 5s, 16s e 23s tm um papel central na sntese de protenas, So estruturas enoveladas e definidas com muitas regies dplex curtas.

Unidade 30s contm 21 protenas diferentes (SSmall) e uma molcula de Rna (16s)

Uma sequncia 16S seleciona o ponto de incio no mRNA. J o aceptor 3do tRNA interage com uma regio conservada do r Rna 23S

Ribossomos
. Vrios ribossomos traduzem simultaneamente uma molcula de mRNA. . O grupo de ribossomos ligados a uma molcula de mRNA chamado de polirribossomo. . A densidade mxima dos ribossomos em um mRNA cerca de um ribossomos para 80 nucleotdeos.

Traduo

Filme

Endereamento de Protenas

http://www.invivo.fiocruz.br/celula/imagens/celula_animal.gif 19/01/2006

As protenas sintetizadas contm sinais que determinam seu destino final

Pode ficar no citossol, pode ser mandada para a membrana citoplasmtica, para membrana externa, para o espao entre elas ou para o meio extracelular. PROCARIOTO

EUCARIOTO

Alm de serem direcionadas para locais como descrito acima, tambm podem ser internos: locais para enviadas lisossomos, mitocndrias,cloroplastos e o prprio ncleo.

Ocorre da seguinte forma em Eucariotos:

No Retculo Endoplasmtico, as cadeias peptdicas sofrem reaes qumicas podendo ser glicosiladas e modificadas por outros meios.

Depois so transportadas para o Complexo de Golgi onde so novamente modificadas e so distribudas para vesculas secretoras.

Finalmente so endereadas para lisossomos, vesculas secretoras e membrana citoplasmtica.

Observaes gerais:
. Em eucariotos um ribossomo pode ser direcionado ao retculo endoplasmtico ou permanecer livre no citossol por uma seqncia sinalizadora na protena que est sendo sintetizada. . Cadeias peptdicas formadas por ribossomos ligados a membrana do Retculo Endoplasmtico so translocadas atravs dessa membrana.

Endocitose por Receptor

. Em eucariotos, as protenas no espao extracelular ligamse a receptores especficos, que so encontrados em regies especializadas da membrana citoplasmtica.

. So denominadas depresses revestidas.

Exemplo
A protena Clatrina forma estruturas polidricas transformando as regies de depresses revestidas em vesculas ligadas membrana da clula. Quando essas vesculas so acidificadas, as protenas importadas se dissociam de seus receptores. Demonstrao

http://www.noitepf.com.br/colunas/pensando.jpg

http://images.google.com.br/imgres?imgurl=http://www.cnice.mecd.es/eos/MaterialesEducativos 19/01/2006

Os ribossomos ligados membrana sintetizam trs classes importantes de protenas:

. Protenas secretadas (protenas exportadas pelas clulas). . Protenas lisossmicas. . Protenas que ficam atravessadas na membrana celular.