CINETICA ENZEMATICA

1.

QUE ES UNA ENZIMA? Las enzimas son molculas de naturaleza proteica que catalizan reacciones qumicas, siempre que sean termodinmicamente posibles: Una enzima hace que una reaccin qumica que es energticamente posible (ver Energa libre de Gibbs), pero que transcurre a una velocidad muy baja, sea cinticamente favorable, es decir, transcurra a mayor velocidad que sin la presencia de la enzima. En estas reacciones, las enzimas actan sobre unas molculas denominadas sustratos, las cuales se convierten en molculas diferentes denominadas productos. Casi todos los procesos en las clulas necesitan enzimas para que ocurran a unas tasas significativas. A las reacciones mediadas por enzimas se las denomina reacciones enzimticas.

2.

CUAL ES LA FUNCION DE UNA ENZIMA?

Las enzimas ayudan a que muchas funciones de nuestro organismo se hagan ms rpidas y de un modo ms eficaz. Hay ms de tres mil clases de enzimas. Favorecen la digestin y absorcin de los nutrientes: a partir de los alimentos que ingerimos. Las enzimas descomponen las protenas, hidratos de carbono y grasas en sustancias perfectamente asimilables: son las enzimas digestivas. La terminacin ASA indica sobre que tipo de alimento acta: Las Proteasas son enzimas que digieren protenas; las Amilasas ayudan a digerir los hidratos de carbono; las Lipasas favorecen la digestin de las grasas; la Sacarasa acta sobre el azcar, etc. El cido clorhdrico del estmago digiere los alimentos ms duros como carnes o vegetales muy fibrosos, el calcio, hierro, etc. Su falta produce entre otras enfermedades, la anemia perniciosa. Otras funciones o propiedades de las enzimas son: eliminar el dixido de carbono de los pulmones, mejorar nuestra capacidad mental, regular nuestro peso corporal, favorecer la fertilidad, etc.

Sntomas de posible falta de enzimas Los sntomas ms habituales o tpicos de una falta o dficit de enzimas son malas digestiones, gases, eructos, hinchazn abdominal, acidez o ardor de estmago, alergias e intolerancias alimentarias, etc.
3.

CUAL LA ESTRUCTURA DE UNA ENZIMA?

Por su estructura y composicin qumica puede afirmarse que el origen de las enzimas esta vinculando al origen de las sustancias proteicas. Al hablar del origen de la vida se ha citado el xito de los experimentos realizados en el laboratorio para la produccin de aminocidos; estos aminocidos son los que precisamente constituyen la base del edificio proteico. Tambin en el laboratorio se ha intentado la sntesis de protenas a partir de aminocidos. La sede de las enzimas es el citoplasma. Los cloroplastos vegetales contienen una amplia gama enzimas encargadas de la funcin cloroflica, En las mitocondrias existe un sistema de transporte de electrones que determinan importantes fenmenos de oxido reduccin, durante los cuales se forman notables cantidades de ATP, que es un compuesto altamente energtico del que depende la mayor parte de metabolismo, y coma, por tanto el trabajo de las clulas; en las mitocondrias se produce el metabolismo enzimtico de los cidos grasos, los cuales son en parte elaborados tambin en el citoplasma. En los ribosomas tiene lugar concretamente todas las sntesis de las sustancias proteicas, mientras que en los lisosomas se producen enzimas hidrolticos cuya misin escindir, con la intervencin del agua, molculas grandes en otras menores, que pueden a su vez ser utilizadas por las clulas; en cambio, las enzimas glucolticos estn difundidos en el citoplasma.
4.

COMO SE CLASIFICA LAS ENZIMAS?

Las reacciones y las enzimas que las catalizan se dividen en 6 clases principales, cada una con 4 a 13 subclases. El nombre de la enzima tiene 2 partes: la primera es el nombre del o los sustratos; la segunda, con terminacin asa, indica el tipo de reaccin catalizada. Informacin adicional, si es necesario aclarar la reaccion, puede seguir el Por ejemplo: la enzima que cataliza L-malato + NAD= = piruvato + CO2 NADH + H= , se denomina como 1.1.1.37 Lmalato:NAD+ oxidorreductasa (descarboxilante). Cada enzima tiene un numero clave (E.C.) que caracteriza al tipo de reaccion segn la clase (primer digito), subclase (segundo digito) y subclase (tercer digito). El cuarto digito es para la enzima especifica. Asi, E.C. 2.7.1.1 denota la clase 2 (una transferasa), subclase 7 (transferencia de fosfato), sub-clase 1 (una funcion alcohol como aceptor de fosfato). El ultimo digito denota a la enzima hexocinasa o ATP: D-hexosa-6fosforotransferasa, enzima que cataliza la transferencia de fosfato desde el ATP al grupo hidroxilo de carbono 6 de la glucosa. 1. Oxido-reductasas: Son las enzimas relacionadas con las oxidaciones y las reducciones biolgicas que intervienen de modo fundamental en los procesos de respiracin y fermentacin. Las oxidoreductasas son importantes a nivel de algunas cadenas metablicas, como la escisin enzimtica de la glucosa, fabricando tambin el ATP, verdadero almacn de energa. Extrayendo dos tomos de hidrgeno, catalizan las oxidaciones de muchas molculas orgnicas presentes en el protoplasma; los tomos de hidrgeno tomados del sustrato son cedidos a algn captor. En esta clase se encuentran las siguientes subclases principales: Deshidrogenasas y oxidasas. Son ms de un centenar de enzimas en cuyos sistemas actan como donadores, alcoholes, oxcidos aldehidos, cetonas, aminocidos, DPNH2, TPNH2, y muchos otros compuestos y, como receptores, las propias coenzimas DPN y TPN, citocromos, O2, etc. 2. Las Transferasas: Estas enzimas catalizan la transferencia de una parte de la molcula (dadora) a otra (aceptora). Su clasificacin se basa en la naturaleza qumica del sustrato

atacado y en la del aceptor. Tambin este grupo de enzimas actan sobre los sustratos mas diversos, transfiriendo grupos metilo, aldehdo, glucosilo, amina, sulfat, sulfrico, etc. 3. Las Hidrolasas: Esta clase de enzimas actan normalmente sobre las grandes molculas del protoplasma, como son la de glicgeno, las grasas y las protenas. La accin cataltica se expresa en la escisin de los enlaces entre tomos de carbono y nitrgeno (C-Ni) o carbono oxigeno (C-O); Simultneamente se obtiene la hidrlisis (reaccin de un compuesto con el agua)de una molcula de agua. El hidrgeno y el oxidrilo resultantes de la hidrlisis se unen respectivamente a las dos molculas obtenidas por la ruptura de los mencionados enlaces. La clasificacin de estas enzimas se realiza en funcin del tipo de enlace qumico sobre el que actan. A este grupo pertenecen protenas muy conocidas: la pepsina, presente en el jugo gstrico, y la tripsina y la quimiotripsina, segregada por el pncreas. Desempean un papel esencial en los procesos digestivos, puesto que hidrolizan enlaces ppticos, estricos y glucosdicos. 4. Las isomerasas: Transforman ciertas sustancias en otras ismeras, es decir, de idntica formula emprica pero con distinto desarrollo. Son las enzimas que catalizan diversos tipos de isomerizacin, sea ptica, geomtrica, funcional, de posicin, etc. Se dividen en varias subclases. Las racemasas y las epimerasas actan en la racemizacin de los aminocidos y en la epimerizacin de los azcares. Las primeras son en realidad pares de enzimas especficas para los dos ismeros y que producen un solo producto comn. Las isomerasas cis tras modifican la configuracin geomtrica a nivel de un doble ligadura. Las xido reductasas intramoleculares cetalizan la interconversin de aldosas y cetosas, oxidando un grupo CHOH y reduciendo al mismo tiempo al C = O vecino, como en el caso de la triosa fosfato isomerasa, presente en el proceso de la gluclisis ; en otros casos cambian de lugar dobles ligaduras, como en la (tabla) isopentenil fosfato isomerasa, indispensable en el cambio biosintico del escualeno y el colesterol. Por fin las transferasas intramoleculares (o mutasas) pueden facilitar el traspaso de grupos acilo, o fosforilo de una parte a otra de la

molcula, como la lisolecitina acil mutasa que transforma la 2 lisolecitina en 3 liso lecitina, etc. Algunas isomerasa actan realizando inversiones muy complejas, como transformar compuestos aldehdos en compuestos cetona, o viceversa. Estas ultimas desarrollan una oxido reduccin dentro de la propia molcula (oxido rreductasa intermoleculares)sobre la que actan, quitando hidrgeno, a algunos grupos y reduciendo otros; actan ampliamente sobre los aminocidos, los hidroxcidos, hidratos de carbono y sus derivados. 5.Las Liazas: Estas enzimas escinden (raramente construyen) enlaces entre tomos de carbono, o bien entre carbono y oxigeno, carbono y nitrgeno, y carbono y azufre. Los grupos separados de las molculas que de sustrato son casi el agua, el anhdrido carbnico, y el amoniaco. Algunas liasa actan sobre compuestos orgnicos fosforados muy txicos, escindindolos; otros separan el carbono de numerosos sustratos. 6. Las Ligasas: Es un grupo de enzimas que permite la unin de dos molculas, lo cual sucede simultneamente a la degradacin del ATP, que, en rigor, libera la energa necesaria para llevar a cabo la unin de las primeras. Se trata de un grupo de enzimas muy importantes y recin conocidas, pues antes se pensaba que este efecto se llevaba a cabo por la accin conjunta de dos enzimas, una fosfocinasa, para fosforilar a una sustancia A (A + ATP A - + ADP) y una transferasa que pasara y unira esa sustancia A, con otra, B (A - + B A B + Pi ). A este grupo pertenecen enzimas de gran relevancia reciente, como las aminocido ARNt ligasas conocidas habitualmente con el nombre de sintetasas de aminocidos ARNt o enzimas activadoras de aminocidos que representan el primer paso en el proceso biosinttico de las protenas, y que forman uniones C-O; las cidotiol ligasas, un ejemplo tpico de las cuales es la acetil coenzima. A sintetasa, que forma acetil coenzima. A partir de cido actico y coenzima A ; las ligasas cido amoniaco (glutamina sintetasa), y las ligasas cido-aminocido o sintetasas de pptidos, algunos de cuyos ejemplos ms conocidos son la glutacin sintetasa, la carnosina sintetasa, etc Introduccin

Al igual que las disciplinas experimentales que han surgido como rama comn que es la biologa, tiene una historia propia construida a travs de observaciones, experiencias, pruebas y teoras. Se inici con el estudio de los procesos de fermentacin y de putrefaccin y AntoineLaurent Lavoiser (1743- 1794) fue el primero en plantear sobre bases cuantitativas el proceso de la fermentacin alcohlica al observar una relacin entre cantidad de azcar presente y productos formados durante el proceso. Sostuvo que la fermentacin poda ser considerada como una reaccin qumica cualquiera. No obstante Pasteur demostr pronto que los procesos de putrefaccin y fermentacin eran provocados por la presencia de bacterias y levadura.

La gran mayora de las reacciones metablicas tienen lugar gracias a la presencia de un catalizador de naturaleza proteica especfico para cada reaccin. Estos biocatalizadores reciben el nombre de enzimas. La gran mayora de las protenas son enzimas. QUE ES CINETICA ENZIMATICA? La cintica enzimtica estudia la velocidad de las reacciones qumicas que son catalizadas por las enzimas. El estudio de la cintica y de la dinmica qumica de una enzima permite explicar los detalles de su mecanismo cataltico, su papel en el metabolismo, cmo es controlada su actividad en la clula y cmo puede ser inhibida su actividad por frmacos o venenos o potenciada por otro tipo de molculas. La cintica enzimtica es el estudio de cmo las enzimas se unen a sus sustratos y los transforman en productos. Los datos de equilibrios utilizados en los estudios cinticos son obtenidos mediante ensayos enzimticos.

Cintica de Michaelis-Menten Como las reacciones catalizadas por enzimas son saturables, la velocidad de catlisis no muestra un comportamiento lineal en una grfica al aumentar la concentracin de sustrato. Si la velocidad inicial de la reaccin se mide a una determinada concentracin de sustrato (representado como [S]), la velocidad de la reaccin (representado como V) aumenta linealmente con el aumento de la [S], como se puede ver en la figura. Sin embargo, cuando aumentamos la [S], la enzima se satura de sustrato y alcanza su velocidad mxima (Vmax), que no sobrepasar en ningn caso, independientemente de la [S].

Mecanismo de unin de nico sustrato para una reaccin enzimtica. k1, k-1 y k2 son las constantes cinticas para cada una de las etapas de la reaccin.

El modelo de cintica michaeliana para una reaccin de nico sustrato se puede ver en la figura de la izquierda. Primeramente, tiene lugar una reaccin qumica bimolecular entre la enzima E y el sustrato S, formndose el complejo enzima-sustrato ES. Aunque el mecanismo enzimtico para una reaccin unimolecular puede ser

bastante complejo, existe una etapa enzimtica limitante que permite que el mecanismo sea simplificado como una etapa cintica nica cuya constante es k2.

Reacciones con un sustrato Las enzimas que presentan un mecanismo de nico sustrato incluyen isomerasas, tales como la triosafosfato isomerasa o la bisfosfoglicerato mutasa, y liasas intramoleculares, tales como la adenilato ciclasa o la ribozima ARN-liaza. Sin embargo, existen ciertas reacciones enzimticas de nico sustrato que no pertenecen a esta categora de mecanismos, como es el caso de la reaccin catalizada por la catalasa. La catalasa reacciona inicialmente con una molcula de perxido de hidrgeno (agua oxigenada) y queda en un estado oxidado tras liberar el producto (agua), y, posteriormente, es reducida por una segunda molcula de sustrato. Aunque durante la reaccin solo participa un sustrato, la existencia de un intermediario enzimtico modificado permite incluir al mecanismo de la catalasa en la categora de mecanismos de ping-pong, un tipo de mecanismo discutido ms adelante.

ECUACIONES DE MICHAEL MENTEN Reaccin modelo. Michaelis y Menten propusieron un modelo simple para explicar la mayora de las reacciones catalizadas por enzimas. En este modelo la enzima se combina reversiblemente con su substrato para formar el

complejo enzima-sustrato (ES) que subsecuentemente se rompe para formar el producto, hecho que regenera a la enzima. El modelo para una molcula de sustrato se muestra a continuacin: 1.

en donde:

S es el substrato E es la enzima ES es el complejo enzima substrato o complejo de Michaelis y Menten k1,k-1 y k2 son las constantes de velocidad de la reaccin

2.La ecuacin de Michaelis y Menten describe como vara la velocidad de reaccin con la concentracin de sustrato:

en donde:v0 es la velocidad inicial de la reaccin

Vmax es la velocidad mxima Km es la constante de Michaelis y Menten= [S] es la concentracin de sustrato Consideraciones necesarias para derivar la ecuacion
1.

Concentraciones relativas de E y S: la concentracin de substrato [S], es mucho mayor que la de E, de tal manera que la cantidad de substrato unido a la enzima en cualquier momento es muy pequea. Se asume el estado estacionario: [ES] no cambia con el tiempo, esto quiere decir que la velocidad de formacin de ES es igual a aquella para su desintegracin. En general, un intermediario en una serie de reacciones est en estado estacionario cuando su velocidad de sntesis es igual a su velocidad de degradacin Velocidad inicial: para el anlisis de reacciones enzimticas, slo se utiliza la velocidad inicial de la reaccin, que es la velocidad ejercida por la enzima, inmediatamente despus de que se ha puesto en contacto con el substrato y hasta antes de que se haya consumido el 10 % de la concentracin inicial del mismo. La razn de lo anterior es que en ese momento, la concentracin del producto de la reaccin que se ha acumulado, en muy pequea y, por tanto, la reaccin en el sentido inverso, es decir, la transformacin del producto en el substrato original, puede ser ignorada.

2.

3.

La derivacin de Michaelis-Menten est descrita por Briggs y Haldane. Se obtiene de la siguiente manera: Se supone que la reaccin enzimtica es irreversible, y que el producto no se liga con la enzima despus de la reaccin.

Siguiendo la aproximacin del estado estacionario, que seala que la concentracin del complejo enzima-sustrato (ES) es pequea y se mantiene casi constante a lo largo de la reaccin enzimtica:

Se define:

Entonces: (1)

La velocidad de reaccin es: (2)

La concentracin total de la enzima:

Por lo tanto: (3)

Sustituyendo(3) en(1) da:

Reordenando:

(4)

Sustituyendo(4) en (2) :

Notar que [S] es grande comparada con Km, [S]/(Km + [S]) tiende a 1. La velocidad de formacin de producto es igual a k2[E0] en ese caso. Cuando [S] es igual a Km, [S]/(Km + [S]) vale 0.5. En ese caso, la velocidad de formacin de producto es la mitad de la mxima(1/2 Vmax). Graficando V0 contra [S], se puede fcilmente determinar Vmax y Km. Esto requiere una serie de experimentos a E0 constante y diferentes concentraciones de sustrato [S]. Caractersticas de Km: la constante de Michaelis-Menten es caracterstica de una enzima y particular para un substrato. Refleja la afinidad de la enzima por ese substrato. Km es numricamente igual a la concentracin de substrato a la cual la velocidad de reaccin es la mitad de la Vmax (Km= Vmax/2). Este parmetro, Km no vara con la concentracin de enzima. Significado de una Km pequea: un valor numrico pequeo de Km refleja una alta afinidad de la enzima por su substrato porque a una baja concentracin del mismo, la enzima a desarrollado ya la mitad de la velocidad mxima. Significado de una Km grande: el valor numrico grande de Km refleja una baja afinidad de la enzima por su substrato porque a una

concentracin elevada del mismo, la enzima desarrolla la mitad de la velocidad mxima. Relacin de la velocidad con la concentracin de enzima: la velocidad de la reaccin es directamente proporcional a la concentracin de la enzima a cualquier concentracin de substrato. Por ejemplo, si la concentracin de enzima es disminuida a la mitad, la velocidad inicial de la reaccin (v0) es reducida tambin a la mitad de la original. Orden de la reaccin: cuando [S] es mas pequea que la Km, la velocidad de la reaccin es aproximadamente igual a la concentracin de substrato. La velocidad de reaccin se dice en estas condiciones es de primer orden con respecto al substrato. Cuando [S] es mas grande que la Km, la velocidad es constante e igual a la Vmax. La velocidad de la reaccin es independiente de la concentracin de substrato y se dice que es de orden cero con respecto a la concentracin de substrato.