Revista Ciencia e Ingeniera. Edicin Especial: Jornada de Modelado y Simulacin pp. 127-134.

ISSN 1316-7081

Uso de NetLogo como un entorno multiagente para el desarrollo de modelos de polielectrolitos Using NetLogo as a multiagent environment for simulations of polyelectrolyte models
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Rousse, Roberto1, ; Villegas, Juan Carlos1 y Lrez, Cristbal2 a o Grupo de Qu mica Terica: Quimicof o sica de Fluidos y Fenmenos Interfaciales (QUIFFIS) o 2 Grupo de Pol meros. Facultad de Ciencias. Universidad de Los Andes. Mrida 5101, Venezuela e *rrousse@ula.ve Resumen

NetLogo en un entorno programable orientado al modelado de sistemas multiagente. Esta herramienta fue utilizada para construir y desarrollar simulaciones basadas en dos modelos discretos de polielectrolitos. En los modelos se denen diversos tipos de agentes que se actualizan a travs de reglas de autmata celular. El primer modelo e o considera las conformaciones espaciales de cadenas simples de polielectrolitos en tres dimensiones y en medios con apantallamiento de cargas, observndose las conformaciones colapsada, estirada y de collar de perlas reportadas a en la literatura usando otras tcnicas de simulacin. El segundo sistema modela un dispositivo bidimensional de e o liberacin controlada de medicamentos donde el principio activo se encuentra embebido en una matriz de hidrogel, o los perles de liberacin obtenidos se corresponden cuantitativamente a los reportados por otros autores, usando un o lenguaje de propsito general (MATLAB). o Palabras Clave: NetLogo, autmata celular, sistemas multiagente, polielectrolitos, hidrogel o Abstract NetLogo is a programing environment for modelling multiagent systems. This tool was used to build and develop simulations based on two discrete polyelectrolyte models. Several types of agents are dened along with cellular automata actualization rules. The rst model considers the three-dimensional spatial conformations of single chain polyelectrolytes inside a charged screened medium. The observed collapsed, elongated and pearl necklace conformations are in agreement with results reported in literature obtained with other simulation techniques. The second system models a bidimensional device for controlled drug release, where the active principle is embedded in an hydrogel matrix, the release proles agree quantitatively with the ones reported by other authors using a general purpose language (MATLAB). Keywords: NetLogo, cellular automata, multiagent systems, polyelectrolytes, hydrogel 1 Introduccin o son conocidas tambin como propiedades emergentes y e constituyen el principal objetivo de estudio de los sistemas multiagentes. El uso de los sistemas multiagentes surge desde disciplinas como las ciencias de la computacin y la ecoo nom a. Con el paso del tiempo su uso se ha ido extendiendo a la sociolog y la ecolog a a. En sicoqu mica se han propuesto distintos modelos que hacen uso del esquema multiagente para representar sistemas polimricos a distintas escalas (Ostrovsky et al., 2001; e Echeverr et al., 2006; Laaksonen et al., 2009). En esa tos trabajos, los modelos se desarrollaron utilizando herramientas generales de software. Espec camente, en el caso de (Laaksonen et al., 2009), se hace referencia al uso de un programa escrito en MATLAB.

En las ciencias de la computacin y en la teor de o a juegos, el concepto de agente se reere a entidades autnomas que interactan entre s y con su ambiente. o u Las acciones de los agentes son de corto alcance y estn a orientadas a aumentar su valor de utilidad. El concepto de utilidad es general, dependiendo del contexto del modelo y se puede asociar a distintos factores. Por ejemplo, si los agentes representan organismos biolgicos, su o utilidad se puede referir a su aptitud reproductiva. La interaccin de muchos agentes en un entorno da o origen a fenmenos globales observados en todo el sisteo ma, pero que no pueden deducirse del comportamiento individual de cada agente. Estas propiedades globales

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Segn (Gilbert y Bankes, 2002) este esquema de trau bajo, donde el software se implementa con lenguajes de propsito general, diculta el ciclo de desarrollo de los o modelos multiagentes. Para cada modelo se necesita reimplementar los algoritmos bsicos y en consecuencia el a cdigo resultante es accesible a aquellas personas con o conocimiento del lenguaje particular en el cual se desarroll el modelo. o En la actualidad estn disponibles librer de softwaa as re y entornos de desarrollo espec camente diseados pan ra el modelado de sistemas multiagentes. Entre estas herramientas destacan: SWARM (Minar et al., 1996) (Java y Objective C), REPAST (Nort et al,. 2006) (Java) y NetLogo (Wilensky, 1999) (Java y Scala), entre otros. En este estudio particular se utilizar el entorno de a simulacin multiagente NetLogo como alternativa al uso o de programas escritos en lenguajes de programacin o generales (FORTRAN, C, C++, Python, Ruby, entre otros). En la siguiente seccin se justica el uso de esta o herramienta computacional. A manera de aplicaciones en el rea de sicoqu a mica, se desarrollan: un modelo tridimensional de polielectrolitos (Secccin 3) y el modelo o de (Laaksonen et al., 2009) (Seccin 4). Por ultimo, se o discute la capacidad de NetLogo como un entorno de desarrollo para simulaciones sicoqu micas basadas en sistemas multiagentes. 2 NetLogo

Fig. 1. Interfaz grca para un modelo de NetLogo en dos a dimensiones, diseado para este trabajo. n

Los modelos en NetLogo se construyen con distintos tipos de agentes: Agentes mviles denominados tortugas. o Agentes jos denominados parches, sobre los cuales se mueven las tortugas. Enlaces entre los agentes mviles. o Un agente observador que acta como interfaz enu tre los componentes del sistema (tortugas, parches y enlaces) y el operador externo. Aparte de la interfaz grca donde se puede seguir el a desarrollo de un solo modelo, se cuenta con la herramienta BehaviorSpace en la cual se disean experimentos, n denindose el barrido de variables, el nmero de ree u peticiones, etc. Los resultados de los experimentos se recopilan en archivos de texto. NetLogo cuenta con una extensa librer de modelos, a que ejemplica las capacidades de la plataforma para abordar el estudio de diversos sistemas planteados con el paradigma multiagente. En el campo de la sicoqu mica existen modelos para cintica de reacciones, movimiento e de pol meros, reacciones oscilatorias, cristalizacin, deo caimiento radioactivo, entre otros. En la Fig. 1 se muestra un ejemplo de la interfaz grca construida por nosotros, para el modelo bidimena sional desarrollado en la seccin 4. o A continuacin se muestra la aplicacin de NetLogo o o en el desarrollo de dos modelos de sistemas polielectrol ticos.

NetLogo (Wilensky, 1999) es un entorno de simulacin diseado para trabajar con sistemas multiagente. o n Deriva del lenguaje Logo (Logo, 1967) para grcos de a tortuga, pero con capacidad adicional para manipular muchos agentes. De all deriva su prejo Net (red en ingls) que hace referencia a los fenmenos multiagentes, e o descentralizados e interconectados que se pueden modelar en este entorno. La eleccin de NetLogo sobre otras librer multio as agente como SWARM y REPAST (Minar et al., 1996; Nort et al,. 2006), se basa principalmente en tres caracter sticas que resultan ventajosas respecto a los otros sistemas: Al operar sobre la mquina virtual Java es indea pendiente de la plataforma. La visualizacin de los modelos est incluida por o a defecto. Posee herramientas para la construccin sencilla o de una interfaz grca que permite controlar los a modelos y monitorear su comportamiento. NetLogo permite construir modelos bidimensionales y tridimensionales. Adems, posee funciones para expora tar los modelos como applets Java que pueden integrarse en pginas web. a

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Conformaciones de polielectrolitos

Los polimeros son macromolculas formadas por la e unin repetitiva de un gran nmero de molculas ms o u e a sencillas, denominadas monmeros. A travs de reaco e ciones de polimerizacin, los monmeros se asocian geo o nerando una cadena de n unidades repetitivas, donde n representa el grado de polimerizacin de la molcula. o e Cuando una fraccin f de unidades repetitivas de una o cadena polimrica posee grupos funcionales ionizables, e se dice que la macromolcula es un polielectrolito. En e presencia de solventes polares, como el agua, estos grupos ionizables se disocian generando una carga elctrica e neta sobre la cadena a la vez que se liberan contraiones al seno de la solucin. o Las conformaciones espaciales de los polielectrolitos, son consecuencia de las interacciones de corto alcance entre las unidades monomricas no cargadas y las intere acciones electrostticas de largo alcance entre las cargas a presentes sobre la cadena y en solucin. o La combinacin de estos efectos de corto y largo alcano ce no es trivial. En consecuencia, las conformaciones no se pueden describir de manera sencilla con expresiones simples de escalamiento (dependientes de n). Generalmente la simulacin de polielectrolio tos se hace a travs de Dinmica Molecular e a (Limbach y Holm, 2003) o de los mtodos Monte e Carlo (Uyaver y Seidel, 2009). En estos enfoques se calculan fuerzas de interaccin para la actualizao cin temporal, debido al largo alcance de las fuerzas o coulmbicas y al gran nmero n de unidades repetitivas, o u requirindose utilizar muchos recursos de clculo. e a Una alternativa se basa en usar mtodos de autmata e o celular (Ostrovsky et al., 2001; Echeverr et al., 2006). a En estos casos, la actualizacin se hace a travs de reglas o e que dependen unicamente de la distribucin espacial de o los vecinos. En la representacin de un pol o mero por autmata o celular cada unidad repetitiva est representada por una a clula. Las reglas de actualizacin deben cumplir, sin e o embargo, con dos principios fundamentales: Respetar el volumen excluido de las unidades repetitivas. Mantener la conectividad. En la librer de modelos de NetLogo existe una ima plementacin del modelo de (Ostrovsky et al., 2001), cio tada en (Bar-Yam, 2003), denominada Polymer Dynamics (Wilensky, 2005). Este sistema es bidimensional y elctricamente neutro, sus reglas de actualizacin son e o completamente aleatorias, y por ello el modelo representa a un pol mero en condiciones de solvente theta. Un solvente theta es aquel donde un pol mero se comporta como una cadena ideal, donde virtualmente no existen interacciones con el solvente ni con las otras unidades repetitivas. En este trabajo no utilizamos esta librer si a,

no que la construimos ad hoc bajo la plataforma NetLogo. En el caso del modelo propuesto por (Echeverr et al., 2006) los autores consideran un a polielectrolito en un sistema tridimensional. Proponen una regla de actualizacin para las unidades neutras o donde la posicin preferente es aquella que presenta o mas cantidad de unidades repetitivas en su vecindad. Este comportamiento es representativo de una cadena en condiciones de solvente pobre, donde las unidades repetitivas tienes mas anidad por ellas que por el solvente. El efecto de esta regla promover un colapso a de la cadena en sistemas neutros y de baja carga. La regla para unidades neutras de (Echeverr et al., 2006) considera, aparte de los a espacios de la vecindad que cumplen con las condiciones de exclusin de volumen y conectividad, la posicin aco o tual de la unidad repetitiva. Esto genera acumulaciones locales en los extremos de la cadena que se mantienen inmviles, y es por ello que reportan conformaciones o estiradas aun en condiciones de baja carga. Para representar el polielectrolito en tres dimensiones, se modica la regla de las unidades neutras de (Echeverr et al., 2006) para que no se inmovilicen los a extremos de la cadena y se propone una regla para las unidades cargadas que reeje el comportamiento en un sistema con apantallamiento de cargas. Este apantallamiento puede deberse a varios factores como: el carcter a dielctrico del medio, la naturaleza de los grupos disociae bles o la presencia de electrlitos disueltos en el medio. o Se utilizan tres tipos de agente, los cuales representan las unidades repetitivas neutras, las unidades cargadas y los contraiones que neutralizan la carga. En NetLogo estos se consideran agentes mviles (tortugas). Las o unidades neutras y cargadas que conforman la cadena, estn unidas a travs de enlaces. a e La actualizacin temporal del sistema se hace aplio cando las reglas de movimiento sobre cada una de las unidades repetitivas seleccionadas al azar. Al seleccionar una unidad se verican a travs de rutinas de parche e los espacios disponibles para moverse (vecinos mas cercanos no ocupados por otros agentes), luego se verica la posicin de los vecinos con los que est enlazado y se o a ltran las posiciones, quedndose con los sitios desocua pados donde no se rompe la conectividad. Dependiendo si la unidad es neutra o cargada, se aplican los siguientes criterios de actualizacin: o Unidad neutra: la nueva posicin es aquella donde o el agente queda con ms unidades en su entorno a ms cercano. a Unidad cargada: se elige el sitio con menor cantidad de cargas iguales. Las cargas en la cadena se cuentan en un radio lD que representa la longitud de la interaccin electrosttica, mientras que los o a contraiones se cuentan dentro del mismo radio lD

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pero con una probabilidad inversamente proporcional a su distancia respecto a la part cula central. En el caso del movimiento de los contraiones, no hace falta vericar la conectividad. Simplemente, cuando se mueve su unidad cargada asociada, el contrain se ubica o en una posicin al azar que est desocupada y dentro del o e rango de interaccin electrosttica lD . o a Para vericar las conformaciones en cada paso de tiempo, se calcula el radio de giro RG (Teraoka, 2002), denindose ste como la desviacin de las posiciones de e e o las unidades repetitivas respecto al centro de masa de la molcula: e RG = 1 n+1
n 1/2

to alcance (f = 0.33 y lD = 3), hasta conformaciones estiradas cuando las interacciones son de largo alcance (f = 0.33 y lD = 15); pasando por estructuras con colapsos locales, llamadas collares de perlas por (Limbach y Holm, 2003; Uyaver y Seidel, 2009), en condiciones intermedias como (f = 0.33 y lD = 7) , por ejemplo. Esta tendencia puede verse tambin en la Fig. 3, cuane do observamos el radio de giro (RG ) como funcin de f , o

60 50

(ri Rcm )2
i=0

(1)

40 30

donde ri es la posicin de una unidad repetitiva, y Rcm o la posicin del centro de masa, denida como: o Rcm = 1 n+1
n

20

ri
i=0

(2)

RG
10

La Fig. 2 muestra las conformaciones espaciales, calculadas y determinadas con NetLogo, utilizando las
lD 3 0.2 0.4 0.6 5 9 0.8 15 1.0

Fig. 3. Dependencia de RG respecto a f para distintos valores de lD . La l nea recta muestra el valor mximo del radio de giro para a una conformacin lineal. o

a travs de cuatro valores de lD = 3, 5, 9 y 15. En este e caso, como era de esperarse, el radio de giro es pequeo n para conformaciones de glbulo colapsado, y grande pao ra cadenas de polielectrolito estiradas. La estructura de collar de perlas presenta radios de giro intermedios. El incremento del parmetro de apantallamiento lD proa mueve la elongacin del polielectrolito. o 4 Liberacin controlada de medicamentos o

Fig. 2. Conformaciones para un polielectrolito con f = 0.33. De arriba a abajo: Glbulo colapsado (lD = 3), Collar de perlas o (lD = 7) y Cadena estirada (lD = 15).

reglas de actualizacin anteriormente mencionadas. Se o observa claramente el estiramiento desde estructuras colapsadas cuando las interacciones elctricas son de core

Los sistemas tradicionales de administracin de meo dicamentos siguen cinticas de liberacin donde el prine o cipio activo es liberado de manera completa y descontrolada. Para lograr un mejor control se empezaron a desarrollar los sistemas de liberacin inteligente de meo dicamentos (Peppas y Byrne, 2003), siendo el objetivo de stos mantener la concentracin del medicamento en e o un valor deseado y durante un per odo de tiempo espec co. En este sentido, uno de los principales soportes

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para la liberacin controlada de medicamentos lo conso tituyen los hidrogeles (Laaksonen et al., 2009). Los hidrogeles basados en polielectrolitos, estn fora mados por redes polimricas entrecruzadas. El entrecrue zamiento provee una fuerza elstica restauradora, opuesa ta a la repulsin electrosttica, que tiende a elongar y o a separar las cadenas, evitando efectivamente que se solubilicen. Al no solubilizarse, los hidrogeles absorben grandes cantidades de solvente y aumentan su tamao n en un fenmeno denominado hinchamiento (swelling). o El hinchamiento es el factor principal que determina las condiciones de liberacin de los principios activos. El o modelado de este comportamiento es complejo porque puede involucrar el movimiento de tres frentes distintos: el de erosin, el de difusin y el frente de hinchamiento. o o El frente de erosin se reere a la interfaz solvente/gel o donde el pol mero se erosiona. El frente de difusin se o localiza en la interfaz medicamento slido/medicamento o disuelto, mientras que el frente de hinchamiento se ubica en la interfaz xerogel/gel hinchado. A los efectos de la liberacin de medicamentos, el parmetro ms imporo a a tante es el ancho de la capa gel; esto es, la diferencia entre los frentes de erosin y difusin. La difusin deno o o tro del gel y el gradiente de concentracin de la droga o en esta fase, determinan la cintica de liberacin. e o Dada la cantidad de interfaces que hay que considerar, resulta ms sencillo estudiar este sistema desde una a perspectiva de agentes interactuantes en lugar del esquema comn de ecuaciones diferenciales, donde para cada u condicin espec o ca del dispositivo se requiere denir las condiciones de borde. Un modelo de autmata celuo lar para este sistema fue propuesto recientemente por (Laaksonen et al., 2009), representndose aqu la seca cin transversal de un sistema de liberacin controlada o o de medicamentos (una tableta). Los agentes mviles representan dominios mao croscpicos del sistema. En este caso se consideran seis o tipos de agentes interactuantes. En la tabla 1 se denen los parmetros considerados y en la tabla 2 las reglas de a actualizacin del sistema. o
Tabla 1. Parmetros utilizados en el modelo de liberacin a o controlada de medicamentos (Laaksonen et al., 2009) Parmetro a Descripcin o Concentracin del medicamento o Potencial de hinchamiento del hidrogel pp Permeabilidad del hidrogel respecto al medicamento pw Permeabilidad del hidrogel respecto al agua ps Probabilidad de hinchamiento del pol mero hmedo u pe Probabilidad de erosin del pol o mero hmedo u

Fig. 4. Evolucin en intervalos de 5 103 pasos de tiempo, de un o sistema con 50% de medicamento. El conjunto de parmetros: a = 4, = 6, pe = 0.005, pp = 0.10, ps = 0.30 y pw = 0.10.

cuando se permite la erosin de la matriz polimrica o e portadora. En la Fig. 5 se muestra la dependencia del porcentaje de carga de medicamento en el perl de liberacin o usando NetLogo. Para fracciones menores al 50%, la liberacin es lenta pero sigue una evolucin lineal, que o o

En la Fig. 4 se muestra la evolucin temporal de un o sistema desde sus condiciones iniciales hasta 15 103 pasos de tiempo. Esta secuencia se obtuvo implementando las reglas de (Laaksonen et al., 2009) en la plataforma NetLogo. El comportamiento observado es similar al reportado en la Fig. 2 del trabajo citado, para el caso

Fig. 5. Efecto de la fraccin de medicamento en los perles de o liberacin, desde 20% hasta 80%, en incrementos de 10% o siguiendo el sentido de la echa. Los parmetros son los mismos a que en la Fig. 4.

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Tabla 2. Reglas para el modelo de liberacin controlada de medicamentos (Laaksonen et al., 2009) o Estado de la clula e Agua Medicamento slido o Medicamento disuelto S mbolo Regla de actualizacin o W Sin reglas. D En contacto con una clula W , p o O se convierte en e medicamento disuelto d Se mueve aleatoriamente a una clula W y la convierte e en una clula d. Se puede ubicar en una unidad de e pol mero hmedo p con una probabilidad pp formando u una clula O. e Si alcanza el borde del area de simulacin se elimina y o se cuenta para la construccin del perl de liberacin. o o P En contacto con W se convierte en pol mero hmedo u p con una probabilidad pw . p Se puede hinchar con una probabilidad ps si > 1. Tiene una probabilidad pe de ser erosionado. Proporcional al nmero de clulas W a su alrededor. u e Valores y =0y=0 = 0

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Cuando = 0 se convierte en W

Pol mero Pol mero hmedo u

= 0 Si el hinchamiento tiene lugar se incrementa en uno el de una celda vecina mientras que el propio disminuye en uno. Se convierte en W si = 0 Si se hace 0 se convierte en p. Si se hace 0 se convierte en d

Pol mero hmedo u medicamento

con

Sigue las mismas reglas que d y p.

es la cualidad que se busca para la liberacin controlada o del medicamento. Para las fracciones mayores, de 60% a 80%, la liberacin es abrupta en un principio, pero luego o se estabiliza a medida que la dinmica avanza. a 5 Conclusiones

La plataforma NetLogo, basada en la tcnica de e autmata celular, con sus herramientas de interfaz de o visualizacin grca, y la funcin BehaviorSpace, resulo a o ta ser una herramienta que provee al sicoqu mico la capacidad de disear experimentos y monitorear su evon lucin temporal, an antes de llevarlos a cabo en el lao u boratorio; controlando variables muy sensibles como la fraccin de carga sobre el polielectrolito, la naturaleza o de los monmeros y las condiciones ptimas de liberao o cin de frmacos, partiendo de una matriz polimrica o o a e polielectrol tica. El comportamiento emergente de los sistemas estudiados: el colapso y el estiramiento de las cadenas de polielectrolitos (cuanticado por el radio de giro RG ) y el perl de liberacin de medicamentos controlado por o hinchamiento y erosin, obtenidos y recopilados utilizano do la plataforma NetLogo, resultan ser cualitativamente equivalentes a los reportados en la literatura usando tcnicas con mayor demanda de recursos computacionae les. Referencias Echeverr C, Olivares W, Tucci K, 2006, Cellular aua tomata simulation of the spatial conformations of polyelectrolytes, Ciencia, Vol. 14, No. 4, pp. 452-458. Gilbert N, Bankes S, 2002, Plattforms and methods for agent-based modelling, PNAS, Vol. 99, No. 3, pp. 7197-

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Recibido: 20 de julio de 2011 Revisado: 18 de octubre de 2011

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