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Inducible gene expression: diverse regulatory mechanisms

Introduo
Genes: Constitutivamente ativos:

Codificam produtos necessrios para os processos basais das clulas So transcritos em uma taxa relativamente constante.

Genes induzveis:

Produo de protenas em resposta a estmulos externos. Deve retornar ao estado basal aps retirada do estmulo. Altamente regulados e devem ser capazes de responder rapidamente e especificamente a estmulos externos.

Regulao da expresso gnica

Pode ser feita em diferente nveis:


Durante a transcrio No processamento e transporte do mRNA Durante a traduo Ps-traducionais Etc.

No artigo em estudo discusso da regulao de genes induzveis durante a etapa de iniciao da transcrio.

Etapas da transcrio

Iniciao Alongamento: transcrio propriamente dita = sntese de RNAm a partir do molde de DNA. Terminao: sequncias terminators so traduzidas = finaliza sntese do RNAm.

A iniciao da transcrio
1.

Recrutamento dependente de ativadores:

Ativadores da transcrio se ligam a stios especficos do DNA (prximos ao gene-alvo). Recrutam co-ativadores e o complexo remodelador de nucleossomas (por interaes protena-protena). Formao do complexo basal de iniciao (PIC). = RNA Polimerase II + GTFs (fatores gerais da transcrio).

2.

Ativao do PIC por ativadores transcricionais.

3.

Escape do promotor sada da RNA Pol II para a iniciar a transcrio (alongamento).

1. Recrutamento dependente de ativadores


A) Ligao especfica a regio promotora (recognition sites).

B) Recrutamento de vrios co-ativadores e complexos remodeladores de nucleossomos. C) Recrutamento da RNA Pol II e dos GTFs

Formao do PIC.

Complexos remodeladores de nucleossomas

Removem ou deslocam histonas de regies do DNA para outra regio do DNA ou para protenas chaperonas (transporte) Utilizam energia da hidrlise de ATPs para remover as histonas acetiladas pelos co-ativadores.

Importncia maior parte do DNA em clulas eucariticas est condensada como cromatina e no est acessvel para a maquinaria da transcrio.

Complexos remodeladores de nucleossomas

A remoo das histonas feita mesmo na sua ausncia e a transcrio ainda iniciada.

Co-ativadores e a maquinaria geral so suficientes.

Contudo, crucial para a induo da expresso gnica facilita a rpida ativao da transcrio.
Importante para resposta rpida aos estmulos externos.

2. Ativao do PIC

CDK7 (domnio de um GTF) fosforila a serina na posio 5 da extremidade carboxi-terminal da RNA Pol II.
Outros processos ocorrem (outras fosforilaes, etc). Resultam na introduo da fita simples de DNA molde no stio ativo da Pol II.

3. Escape do promotor

A RNA Polimerase II se dissocia da regio promotora e de alguns GTFs.


Se direciona etapa inicial do alongamento da transcrio.

3. Escape do promotor
OBS:

No suficiente para que a Pol II continue a transcrio do resto da fita de DNA s transcreve 20-40 nucleotdeos. O alongamento efetivo necessita de uma segunda fosforilao (na serina 2) cria stios de ligao para outras protenas necessrias para a transcrio ao longo da cromatina.

Exemplos

Foram usados trs exemplos para ilustrar a regulao da expresso gnica nas 3 diferentes etapas da iniciao do processo de transcrio:

Induo do Gene Gal em resposta galactose em bactrias da espcie Saccharomyces cerevisiae

Induo do gene de choque trmico na Drosophila melanogaster


Regulao do estresse osmtico na S. cerevisiae.

Exemplo I
Induo do Gene Gal em resposta galactose em leveduras da espcie

Saccharomyces cerevisiae

Regulao da ativao durante o recrutamento dependente de ativadores da maquinaria de transcrio.


Genes GAL: codificam produtos que so necessrios para a importao e para o metabolismo da galactose. Expresso rapidamente induzida quando a galactose adicionada ao meio de crescimento com bactrias S. cerevisiae.

Induo do Gene Gal em resposta galactose em leveduras da espcie Saccharomyces cerevisiae


Gal4 ativador SAGA e Mediador co-ativadores SWI/SNF complexo remodelador de nucleossomas Regulao da transcrio feita pela regulao do ativador Gal4:

Adio de galactose remoo da Gal80 (inibidor do Gal4) pela Gal3.

Exemplo II
Induo do gene do choque trmico na

Drosophila melanogaster

Estmulo externo = choque trmico (aumento da temperatura) ou outras condies ambientais estressantes (infeco, inflamao, toxinas, hipxia, etc). Genes do choque trmico codificam protenas relacionadas resposta ao choque trmico (como Hsp70, Hsp90, etc). Expresso regulada por fatores de choque trmico (HSF), que so ativadores da transcrio.

Induo do gene do choque trmico na

Drosophila melanogaster

Fator GAGA

Complexo de remodelao de nucleossomas (na imagem, GAF).


Recruta co-ativadores, GTFs e outros complexos de remodelao de nucleossomas (dependentes de ATP) formao do PIC.

RNA Pol II + GAGA: esto ligados regio promotora dos genes (na imagem, gene da Hsp70) antes do choque trmico.

Induo do gene do choque trmico na

Drosophila melanogaster

Choque trmico provoca ligao do HSF (ativador transcricional) ao GAGA, estimulando a perda de nucleossomas no gene.

A perda tambm dependente de PARP.

OBS: a perda de nucleossomas no suficiente para induzir a transcrio, mas importante porque facilita o acesso da maquinaria ao DNA.

Induo do gene do choque trmico na

Drosophila melanogaster

Exemplo III
Regulao do estresse osmtico S. cerevisiae

Induo da expresso gnica alteraes ps-traducionais dos ativadores da transcrio (protenas).

Estresse osmtico em leveduras induz uma cascata de protenas quinases MAPK


Protenas MAPKKK (Ssk2, Ssk22 e Ste11) fosforilam a protena MAPKK (Pbs2) ativa a resposta de alta osmolaridade da MAPK (glicerol1Hog1).

Regulao do estresse osmtico S. cerevisiae

Em resposta ao estresse osmtico dois diferentes sinais convergem para fosforilar e ativar a protena MAPK, que ento fosforila Hog1. Hog1 recrutado para os promotores dos genes de resposta ao estresse osmtico (como STL1) O Hog1 atua como um ativador de transcrio em STL1, interagindo diretamente com o Mediador e os componentes gerais da maquinaria de transcrio.

Regulao do estresso osmtico S. cerevisiae

Hog1 tambm recruta o complexo RSC de remodelao de nucleossomas para a regio codificante do STL1 auxilia a passagem da RNA polimerase II (Pol II) durante o alongamento da transcrio. Hog1 fosforila ativadores transcricionais como SMP1

Importante para a reteno de SMP1 no ncleo.

SMP1 fosforilada recruta co-ativadores adicionais e a maquinaria geral de transcrio de genes (incluindo CWP1 e STL1) para iniciar a transcrio Pol II-dependente.

Concluso

Certos princpios fundamentais so vlidos para todos os genes induzveis:


Devem A

ser estimulados

formao do PIC deve ocorrer como passo inicial na ativao da transcrio (especifica local apropriado para comear ).

Mas existem diferenas na importncia relativa de cada etapa da transcrio:

A regulao dos genes induzveis pode ser feita em vrios estgios do ciclo de transcrio.

S. cerevisiae durante o recrutamento dependente de ativadores.


D. melanogaster regulao na liberao da RNA Pol II para o alongamento produtivo da transcrio. S. cerevisiae regulao nas modificaes ps-traducionais de ativadores da transcrio.

Referncias bibliogrficas

Reviso: Weake, V.M., and Workman, J.L. Inducible gene expression: diverse regulatory mechanisms. Nat. Rev. Genet. 11, 426437. Prodabi Processamento de dados em bioqumica e imunologia. Sntese e processamento de RNA. Disponvel em: <http://www.icb.ufmg.br/biq/lbcd/prodabi3/grupos/gr upo1/index.htm> Acesso em 02/11/2010.

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