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AMINOCIDOS

INTRODUO E IMPORTNCIA As protenas so as macromolculas de maior abundncia nas clulas vivas. Alm disso as protenas possuem uma enorme diversidade estrutural e funcional. As protenas, por sua vez, so formadas por subunidades chamadas aminocidos. Todas as protenas so formadas a partir de um grupo de 20 aminocidos, que formam as protenas atravs de ligaes covalentes numa sequncia linear. Como cada um destes 20 aminocidos possui uma caracterstica diferente, as propriedades de uma dada protena dependem diretamente de quais aminocidos esto presentes na sua estrutura. A dieta humana deve conter uma quantidade mnima de aminocidos essenciais, aqueles que no so sintetizados endogenamente. Alm disso problemas genticos que resultam na deficincia de sntese de alguns aminocidos levam ao desenvolvimento de srias doenas. Os aminocidos tambm podem ter um importante papel funcional mesmo no estando inseridos na estrutura de uma protena. O que so aminocidos essenciais?

NOMENCLATURA DOS AMINCIDOS Muitos dos aminocidos receberam nomes triviais, dependendo de como foram descobertos. Eles tambm possuem um cdigo de abreviao de 3 e de 1 letra (Figura 6).

ESTRUTURA DOS AMINCIDOS Todos os 20 aminocidos encontrados nas protenas possuem um grupo carboxlico e um grupo amino ligados ao mesmo carbono (C-), Figura 7. A diferena entre um aminocido e outro est na cadeia lateral, tambm chamada de radical (R). As propriedade de cada um dos 20 aminocidos depende de sua cadeia lateral (Figura 8).

Como podem ser agrupados os aminocidos? Tamanho Polaridade e Carga Quiralidade

QUIRALIDADE DOS AMINOCIDOS Observando a estrutura da glicina, podemos notar que este o nico aminocido em que o o C- no assimtrico. Todos os oiutros aminocidos possuem o C- ligado a 4 grupos distintos, logo, este C- um centro quiral. Devido ao arranjo tetradrico da estrutura de um aminocido, os 4 grupos que esto ligados ao C- podem assumir 2 arranjos espaciais distintos, que so imagens espectrais uma da outra e no podem ser superpostas. Estas 2 formas so chamadas de enantimeros ou estereoismeros.

Como todas as molculas com centros quirais so oticamente ativas, possvel classific-las como D ou L. A classificao enentiomrica dos aminocidos baseada na estrutura do gliceraldedo (Figura 9).

As protenas so formadas por qual tipo enantiomrico de aminocidos? Existem protenas que possuem aminocidos incomuns?

PROPRIEDADE INICA DOS AMINCIDOS Os aminocidos quando esto em soluo aquosa esto ionizados e podem atuar como cidos ou como bases, o que de grande relevncia para o entendimento de suas propriedades qumicas, fsicas e biolgicas. O que um zwitterion?

Uma vez que os aminocidos so ionizveis tambm podemos realizar curvas de titulao. Os aminocidos possuem curvas de titulao caractersticas, que dependem da cadeia lateral e dos grupos ionizveis presentes nesta (Figura 10).

Qual o significado de pK? E de pI?

Em termos de ionizao, o que acontecendo em cada um destes pontos?

est

Qual a relao entre valor de pI e carga eltrica lquida de um aminocido?

PEPTDIOS
INTRODUO E IMPORTNCIA Quando um aminocido se junta a outro atravs da ligao entre o carboxi-terminal de um e o aminoterminal de outro, esta nova molcula passa a se chamar peptdio. Se formada por 2 aminocidos, chamada um dipeptdio; se por 3, um tripeptdio, e assim por diante. Os polmeros de aminocidos so chamados de peptdios quando contm at cerca de 50 aminocidos. A partir da, estes polmeros so chamados de protenas. O estudo dos peptdios de grande importncia porque serve como um preparativo para o estudo das protenas; e tambm porque os peptdios, por si s, constituem uma classe de molculas com grande importncia nos organismos vivos. Uma grande parte dos hormnios so peptdios.

LIGAO PEPTDICA A ligao covalente entre 2 aminocidos chamada de ligao peptdica (Figura 11). Para que ele ocorra no ambiente fisiolgico necessrio que o grupo carboxila esteja ativado, para possibilitar a sada do grupo hidroxila. Os aminocidos numa estrutura peptdica so normalmente chamados resduos, uma vez que perderam um hidrognio do amino-terminal (Nterminal) e uma hidroxila do carboxi-terminal (Cterminal). A sequncia de um peptdio sempre descrita do N- para o C-terminal. A ligao peptdica rgida e plana. Isto ocorre devido a um carter parcial de dupla ligao entre o carbono da carbonila e o nitrognio da amina. Isso impede que ocorra rotao neste eixo. Por outro lado, ocorrem rotaes nas ligaes entre nitrognio e C- (rotao ) e entre C- e o carbono da carbonila (rotao ) (Figura 12). A sequncia de aminocidos numa estrutura peptdica ou protica chamada de estrutura primria.

A ESTRUTURA PRIMRIA DE UM PEPTDIO E A RELAO COM SUA FUNO J sabemos que as principais caractersticas dos aminocidos so em decorrncia do tipo de cadeia lateral. Desta maneira, fica claro que a atividade biolgica de um dado peptdio, bem como as caractersticas fsico-qumicas deste peptdio, esto intimamente ligados sequncia e aos tipos de aminocidos que o constituem (Figura 13). Entre os peptdios com relevante atividade biolgica podemos citar a insulina, o glucagon, a angiotensina e a bradicinina.

Como voc entende a relao entre sequncia de aminocidos e atividade biolgica de um peptdio? Qual a importncia biomdica qumica de peptdios? da sntese

PROTENAS
INTRODUO E IMPORTNCIA Como foi dito anteriormente, as protenas so as macromolculas de maior abundncia nas clulas vivas, com uma grande diversidade estrutural e funcional. Existe uma imensa gama de protenas que diferem entre si tanto no aspecto estrutural quanto no funcional. Vrias doenas so associadas a mutaes em genes que acabam por produzir protenas defeituosas. Modificaes na estrutura tridimensional de algumas protenas esto relacionadas a outras doenas, como por exemplo as causadas por prions.

TIPOS DE CLASSIFICAES As protenas podem ser agrupadas e classificadas de diferentes maneiras. Uma das classificaes mais simples divide as protenas entre globulares e fibrosas. As protenas globulares normalmente so solveis, possuem forma globular e esto envolvidas em atividades funcionais. As protenas fibrosas, por sua vez, normalmente so insolveis, possuem forma alongada e uma funo estrutural.

As protenas tambm podem ser divididas com base em outros parmetros, tais como tamanho, tipo de estrutura e tipo de funo.

ORGANIZAO PROTENAS

ESTRUTURAL

DAS

ESTRUTURA PRIMRIA As protenas podem ser divididas em quatro nveis estruturais. O primeiro chamado estrutura primria, e como foi descrito anteriormente, corresponde a sequncia de aminocidos.

ESTRUTURA SECUNDRIA A estrutura secundria de uma protena corresponde a um tipo de arranjo local numa determinada poro de uma protena. As estruturas secundrias mais comuns so as folhas- e as -hlices. de grande importncia relembrar agora o papel das diferentes ligaes qumicas no processo de estabilizao das estruturas secundrias de uma protena. Quais so as envolvidas na secundria? principais ligaes estabilizao da qumicas estrutura

A -HLICE Se uma sequncia de C-, num dado peptdio, for torcida com ngulos iguais vai ser formado uma estrutura tipo mola, chamada de hlice. Podem existir diferentes tipos de hlices dependendo do nmero de resduos por volta e da distncia formada entre resduos que se localizem no mesmo lado da hlice. A -hlice possui valores bastante favorveis de rotao (phi) e (psi), alm de uma quantidade de pontes de hidrognio capaz de manter um alto grau de estabilidade. Uma -hlice possui 3,6 resduos por volta e um espaamento de 4,5 Angstrons (Figura 15).

A FOLHA -PREGUEADA O termo existe apenas em referncia ao fato de esta ter sido a segunda estrutura protica descrita. O termo pregueada se deve forma desta estrutura quando observada ao longo de seu eixo principal (Figura 16). A estrutura de uma folha- pregueada amplamente estendida e pode incluir resduos de pores distantes na sequncia primria. Assim como as -hlices, as folhas- tambm so estabilizadas atravs de um grande nmero de pontes de hidrognio. As folhas- podem ser descritas como paralelas e antiparalelas. Este sentido depende do posicionamento das regies N- e C-terminais das sequncias peptdicas no arranjo da estrutura .

As folhas- tambm podem ser estabilizadas atravs de interaes hidrofbicas, como no exemplo da protena da seda fibroina (Figura 17). Com relao a pontes de hidrognio, qual a diferena entre uma folha paralela e uma antiparalela?

REGIES DESORDENADAS Muitas regies desordenadas so encontradas nas protenas, normalmente conectando 2 estruturas secundrias.
Para a atividade de uma determinada protena o que mais importante, uma regio de estrutura secundria ou uma regio desordenada?

ESTRUTURA TERCIRIA A maneira mais fcil de entender a estrutura terciria de uma protena imagin-la como uma combinao de estruturas secundrias de uma molcula inteira. Da mesma maneira que a estrutura secundria define uma estrutura tri-dimensional de uma determinada regio da protena, a estrutura terciria vai definir a estrutura tri-dimensional da protena inteira. Numa estrutura terciria inteira podemos observar que algumas estruturas secundrias se arranjam em grupos menores, chamados de motivos domnios. Os motivos normalmente so definidos como estruturas supra-secundrias e os domnios normalmente esto relacionados a algum tipo de funo. Como se distribuem resduos hidrofbicos e hidroflicos na estrutura tri-dimensional de uma protena? Atravs de que interaes ocorre a estabilizao da estrutura terciria de uma protena? Qual o papel das pontes dissulfeto?

MAPEAMENTO PROTENA

HIDROFBICO

DE

UMA

Sabemos que uma protena constituda de dezenas ou centenas de aminocidos, e tambm que as cadeias laterais dos aminocidos so determinantes das suas principais caractersticas fsico-qumicas. Logo, possvel mapear as regies hidrofbicas e hidrofficas de uma dada protena com base nas caractersticas dos aminocidos que a constituem. Algumas -hlices so ditas amfipticas, como isso pode ter importncia funcional?

ESTRUTURA QUATERNRIA As protenas que possuem mais de uma cadeia peptdica interagindo no covalentemente para formar a sua estrutura tri-dimensional so protenas com estrutura quaternria. Da mesma forma como, de maneira simples, podemos associar uma estrutura terciria como sendo Vrios tipos de interao, tais como pontes de hidrognio e eletrostticas esto envolvidas na estabilizao de uma estrutura quaternria. Protenas compostas por mais de uma sub-unidade so chamadas dimricas, trimricas e assim por diante. Quando as subunidades so idnticas usado o termo homodmero, homotrmero, etc. Quando as sub-unidades so distintas usado o termo heterodmero, heterotrmero, etc. No caso das protenas hetero-oligomricas, comum que as distintas subunidades possuam papis distintos, como por exemplo stios de interao e de ativao.

DESNATURAO Vrios reagentes, tais como uria, cidos, bases, detergentes, entre outros, podem induzir a desnaturao protica, ou seja, o desarranjo estrutural. A presena destes reagentes interfere com as pontes de hidrognio, interaes eletrostticas e hidrofbicas, que estabilizavam as estruturas secundrias, tercirias e eventualmente as quaternrias. A desnaturao leva perda da atividade biolgica de uma protena mesmo no interferindo na na estrutura primria da mesma. O calor tambm um agente desnaturante. Algumas protenas podem recuperar a sua estrutura original aps a retirada dos agentes desnaturantes, este fenmeno chamado de renaturao. O que so chaperonas?