• Finally we have the characteristics of 
double stranded DNA
• STRONG bonds between the 
deoxyribose sugars and phosphates
• WEAK bonds between the Hydrogen 
and Oxygen or Nitrogen (weaker 
between A and T than C and G)
• Twisting of the two anti­parallel 
strands to form a double helix
• Heat it up, which bonds break first?...
   
• DNA is a replicator because of the 
base pairing reality
– Since only one of the bases can pair 
with only one other of the other bases, 
each strand is a negative of the other
– The process of pulling the strands apart 
from each other and replacing each 
single strand with its complement is 
called REPLICATION

   
• DNA Polymerase 
comes on the scene
• UNWINDS the DNA 
UNWINDS
upstream
• UNZIPS the DNA
UNZIPS
• This site is known as 
the replication bubble

   
• Complementary Bases begin adding 
Complementary Bases
into both sides of the DNA
• A binds with T, C binds with G (no 
other possibility because of the shape 
of the bases!)
• The DNA Polymerase precedes the 
paired bases and clips out any that are 
already added ahead of it (on the 3’ 
end) with an exonuclease activity
exonuclease
   
• Finally you have 2 
identical copies of 
DNA
• The final job of the 
Polymerase is to 
Proofread the DNA 
Proofread
(back on the 5’ end) 
and to clip out any that 
are incorrectly paired
   
• Unwinds DNA at the replication fork

• Unzips DNA (breaks apart Hydrogen Bonds)

• Cuts out nucleotides attaching upstream on the 3’ end

• Proofreads back on the 5’ end and cuts out improperly 
paired bases

   
   
• Viral DNA injected into cells
• Cells change nucleases in cytoplasm that chomp up 
nucleases
any RNA or DNA out there
• Nucleases can’t get through the nuclear envelope so 
DNA is safe
• mRNA sent out into the cytoplasm must be protected
– Methyl cap is a block
– Poly A tail is a fuse
• mRNA is still chomped up into NTP’s and recycled, 
 
but the Poly A tail gives it some time
 
• Eukaryotic DNA is composed mostly of “non­coding 
DNA” (or “junk DNA”)
DNA”
– We’re still not entirely sure what it does
– Was probably inserted by different viruses over time
– The ultimate selfish gene just hitching a ride on a successful 
group of genes…
• The introns are the sections of DNA not expressed, the 
introns
exons are the sections that are expressed (ex­ons are 
exons
ex­pressed, get it?)
• Spliceosome loops out the introns and snips them out
Spliceosome
•  So now we’ve got some mRNA that codes for a protein