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DEFINICIN: ciencia que estudia la base qumica de la vida, las reacciones y procesos que experimenta.
IMPORTANCIA: - DOCENCIA - INVESTIGACIN - ALIMENTACIN - MEDICINA( ONDONTOLOGICA,VETERINARIA ETC) - INDUSTRIA - GENETICA
INTRODUCCIN
Importancia en odontologia: - Identificar los componentes quimcos de la clula,tejidos. - Explicar los cambios bioqumicos y fisiolgicos en el organismo. - Explicar los componentes quimicos del diente y sus cambios - Explicar la bioqumica de la caries y enfermedades bucales - Explicar la composicin qumica de los materiales dentales y sus cambios al contacto con el aparato estomatogntico. - Motivar al estudiante a la investigacin.
IMPORTANCIA
- Explicar todos los procesos a nivel molecular relacionados con la vida ejm: - Potencial de membrana - Crecimiento y desarrollo - Divisin celular - Metabolismo celular - Contraccin muscular - Conduccin nerviosa - Hemostasia etc
Bioquimica y medicina
- Explicar fenmenos como los trastornos genticos: alcaptonuria,cistinuria,albinismo,fe nilcetonuria,fibrsis qustica. - Trastornos del metabolismo: diabetes miellitus,atero-esclerosis, cancer,hipovitaminosis discrasias sanguineas trastornos genticos,cromosmicos,degenerativos,etc. (errores congnitos del metabolismo)
BIOQUIMICA: divisin
1.-Bioquimica esttica: - estudia la composicin qumica de la materia viviente como los principales elementos para la vida: vitaminas, minerales:Na,Cl,K,Ca Mg,Cu,Zc,F,He,etc aminocidos cidos grasos carbohidratos
Bioquimica dinmica
- Estudia las transformaciones de los principales nutrientes u oligoelementos en la vida, ejemplo - Bioenergtica - metabolismo de carbohidratos. - metabolismo de lipidos - metabolismo de protenas - metabolismo de vitaminas y minerales
ENLACES BIOQUIMICOS
ENLACES BIOQUIMICOS
BIOELEMENTOS
BIOELEMENTOS
BIOMOLECULAS:
- DNA:herencia,sintesis(transcripcin. - RNA:sintesis proteca(traslacin) - Protenas:enzimas y estructuras - carbohidratos:fuente de energa y estructuras. - Lipidos:fuente de reserva energtica formacin de membranas hormonas,mediadores etc. - protenas:estructuras,enzimas hormonas.
Obtencin de molculas
Fraccionamiento sub-celular: extraccin,homogeneizacin, centrifugado. Extraccin:soluciones iso-osmticas,Ph 7.4 Homogeneizacin: rotacin controlada del agitador. Centrifugacin:subfraccionamiento del contenido de un homogenado por centrifuga cin,3 pasos de centrifugado
AGUA
Agua y Ph
Importancia biolgica: - Homeostasis lquido intracelular: 55 a 65% lquido extracelular: 25% - Regulacin del equilibrio hdrico depende del hipotalamo y hormona antidiurtica (evitar hipo o hipervolemia).
Agua y Ph
- el agua es un solvente biolgico ideal - Tiene forma de tetraedro con orbital 2sp3 - El agua es bipolar:polar y apolar. - Forman puentes de hidrogeno en azucares,lidos,protenas - Tienen 3 estados fisicos. gas,liqudo,slido.
AGUA
AGUA
Agua; propiedades
Propiedades Masa molar: 18 gr. Punto de fusin: O C. ( a 101.325 KPa o 1 Atm ) Punto de ebullicin: 100C. ( a 101.325 KPa o 1Atm ) (Descargar tablas de valores) Densidad a 3.98C = 1g/cm3 Densidad slido 0.8 g/ cm3. Molcula polar y diamagntica Calor especfico : 1 cal / g.C a 20C Calor de fusin : 79 cal / g. C a 20C Calor de evaporacin : 540 cal / g, C a 20C Tensin superficial : 73 dinas/ cn3 La mayoria de las propiedades dependen de los enlaces puente de hidrgeno : Punto de fusin, punto de ebullicin, densidad, calor especfico,calor de fusin, tensin superficial , de fcil interpretacin como as tambien la accin disolvente, fuerza de cohesin y de adhesin que plantearemos
pH
Sorensen en 1909 define el Ph como logaritmo negativo de la concentracin de hidrgenos: pH= -log (H+) Los cidos: son donadores de protnes Las bases: aceptores de protnes
GRUPOS FUNCIONALES
ALCANOS : R-CH4 ALQUENOS :CH2=CH2 ALQUINOS :CH=CH ALCADIENOS :CH2=C=CH2 ALDEHIDOS :R=CH2 CETONAS :R=c=R AMINAS :R-NH3 AMIDAS :R=NH2 AC CARBOXILICOS R:COOH ETER :R=O=R ESTER R-COO-R TIOESTER :R-S-R
Polihidroxialdehidos
Polihidroxicetonas
H
H C O H C OH CH2OH D-Gliceraldehido
C O H C OH HO C H H C OH H C OH CH2OH D-Glucosa
CH2OH
CH2OH C O CH2OH
C O HO C H H C OH H C OH CH2OH D-Fructosa
Glicerona (Dihidroxiacetona)
Derivados
Oxidacin
COOH H C OH HO C H H C OH H C OH CH2OH
Reduccin
CH2OH H C OH HO C H H C OH H C OH CH2OH Sorbitol
Sustitucin
cido Glucnico
CH2OH H H OH OH H
HOCH2 H H OH OH H OH H OH O H H O
O H OH
a-Metilglucsido
O CH3
HOCH2 H H OH O H OH H
Oligmeros y Polmeros
Maltosa
CH2OH H HO H OH H O O H H OH H
H OH H
OH H H O O H
CH2OH O H OH H O H H OH n H
H OH H
OH H H OH O
Celulosa
CH2OH
CH2OH
3. Informativa
- Funciones de reconocimiento en superficie a travs de glicoconjugados
I. Osas
Clasificacin, 1
Compuestos polihidroxicarbonlicos y sus derivados, sin enlaces glicosdicos
II. sidos Presencia de enlaces glicosdicos 1. Hetersidos: enlace glicosdico entre una osa y un grupo qumico no glucdico
Clasificacin, 2
I. Monosacridos Compuestos polihidroxicarbonlicos y sus derivados (se corresponden con Osas) II. Glicsidos Un monosacrido unido a un grupo no glucdico (se corresponden con Hetersidos) III. Oligosacridos Unos pocos monosacridos unidos por enlaces glicosdicos (se corresponden con Oligsidos) IV. Polisacridos Muchos monosacridos unidos por enlaces glicosdicos (se corresponden con Polisidos)
D-Glucosa
El monosacrido ms abundante de la naturaleza - Libre: suero sanguneo y medio extracelular (5 mM) zumo de uva - Como monmero se presenta en una gran cantidad de oligosacridos y polisacridos La prctica totalidad de las clulas vivientes son capaces de obtener energa a partir de glucosa. Hay clulas que nicamente pueden consumir glucosa, y no molculas, p.e.: hemates y neuronas.
D-Glucosa
Composicin qumica: C6H12O6 Peso molecular: 180 Constitucin qumica: - Un grupo aldehido, -CHO - Cuatro alcoholes secundarios, -CHOH- Un alcohol primario, -CH2OH:
CH2OH (CHOH)4 CHO
Tiene, por tanto, cuatro carbonos asimtricos o quirales; lo cual da la posibilidad de 24 = 16 ismeros pticos
H C OH HO C H H C OH H C OH
6
CH2OH
D-Glucosa
D-Aldohexosas
CHO H C OH H C OH H C OH H C OH CH2OH D-Alosa
CHO H C OH H C OH HO C H H C OH CH2OH D-Gulosa
Epmeros: difieren en un solo carbono asimtrico: - D-Manosa es el 2-epmero de la D-Glucosa - D-Galactosa es el 4-epmero de la D-Glucosa
Carbono anomrico
Forma abierta
CHO H C OH HO C H H C OH H C OH CH2OH
Forma b
HO C H O H C OH O HO C H H C OH H C CH2OH
CH2OH
CH2OH H C OH H C OH HO C H H C OH H C CH2OH
Proyeccin de Fischer
O H O OH H OH H H OH H OH
Proyeccin de Haworth
a-D-Glucopiranosa
HO C H H C OH O HO C H H C OH H C CH2OH
Proyeccin de Fischer
CH2OH O H OH H OH H H OH OH H
Proyeccin de Haworth
b-D-Glucopiranosa
Conformacin silla
Conformacin bote
ax eq eq ax eq eq ax ax eq ax O
Otros monosacridos
- Segn sea la naturaleza de la funcin carbonilo, tendremos: 1. Aldosas, cuando es un aldehido -CHO 2. Cetosas, cuando es una cetona -CO- A lo cual se aade el nmero de tomos de carbono:
Aldotriosas
CHO H C OH CH2OH D-Gliceraldehido
Cetotriosa
CH2OH C O CH2OH Glicerona (Dihidroxiacetona)
Aldotetrosas
CHO H C OH H C OH CH2OH D-Eritrosa CHO HO C H H C OH CH2OH D-Treosa
Cetotetrosas
CH2OH C O H C OH CH2OH D-Eritrulosa
Aldopentosas
CH2OH O H H OH H
H OH OH
a-D-Ribofuranosa
OH H OH
b-D-Ribofuranosa
Aldohexosas
CH2OH O H OH H OH H OH H H OH OH H CH2OH O H OH H H OH H OH
D-Manosa (a-D-Manopiranosa)
D-Galactosa (a-D-Galactopiranosa)
Cetohexosas: D-Fructosa
CH2OH C O HO C H H C OH H C OH CH2OH D-Fructosa
CH2OH O H H OH H HO
CH2OH OH
a-D-Fructofuranosa
CH2OH O H H OH H HO
OH CH2OH
b-D-Fructofuranosa
CH2OH O H OH H O OH H H OH
COOH H C OH HO C H H C OH H C OH CH2OH
5-Glucoconolactona
cido Glucnico
COOH O H OH H OH H H OH H OH H OH
H O COOH OH H H OH H OH
cido D-Glucurnico
cido L-Idurnico
Desoxiderivados
CH2OH O H H OH H H H OH
O OH H CH3 H OH H OH H OH
Ramnosa (6-Desoxi-L-manosa)
O H CH3 H OH OH H H OH
b-D-2-Desoxirribosa
OH
Fucosa (6-Desoxi-L-galactosa)
Aminoderivados
CH2OH O H OH H OH H H H OH OH H H OH H H CH2OH O H OH
HN C CH3 O
HN C CH3 O
H HOOC OH O H
H O OH H NH C CH3 H
7. Oligosacridos
CH2OH OH H OH H H OH O O H H H
H OH H
OH OH H O H
CH2OH
Lactosa: b-D-Galactopiranosil-1,4-D-glucopiranosa
O CH2 O P OO O H OH H OH H H OH
-
CH2OH O H OH H OH H H OH H O O P OO-
H OH
Glucosa-6-fosfato
Glucosa-1-fosfato
Fructosa-6-fosfato
Fructosa-1,6-bisfosfato
CH2OH H HO H OH H O H OH H O H
H OH O
OH H H HOCH2 OH OH
Trehalosa: a-D-Glucopiranosil-a-D-glucopiransido
CH2OH H HO H OH H O H OH H O H
CH2OH O H OH H H OH OH H
Maltosa: a-D-Glucopiranosil-(1,4)-D-glucopiranosa
CH2OH H HO H OH H O O H H OH H
H OH H
OH OH H O H
CH2OH
Celobiosa: b-D-Glucopiranosil-(1,4)-D-glucopiranosa
CH2OH H HO H OH H O H OH H O O CH2OH
H OH OH H H CH2OH
Sacarosa: a-D-Glucopiranosil-b-D-fructofuransido
NH O C H HC CH2 CO N HN C O R C NH
OH HN COCH3 HOCH2 O O
OH HN COCH3 HO CH2 O OH
NH O C HC CH2 O HN C O R CH NH
OH HN COCH3 HOCH2 O O
OH HN COCH3 HO CH2 O OH
8. Polisacridos
CH2OH H HO H OH H O H OH H O H
CH2OH O H OH H H OH H O H
CH2OH O H OH H H OH n H O H
CH2OH O H OH H H OH H OH
a-Glucanos: Amilosa
...... H
a-Glucanos: Dextrano
CH2 O H OH H OH
OH H
O CH2 H H OH OH H OH O H
O CH2 H H OH OH H OH O H
O CH2 H H OH OH H OH O H .....
CH2OH H HO H OH H O O H H OH H
H OH H
OH H H O O H
CH2OH O H OH H O H H OH n H
H OH H
OH H H OH O
CH2OH
CH2OH
b-Glucanos: Celulosa
b-Glucanos: Quitina
CH3 CO NH H OH O CH2OH
CH2 CH2OH O O OH CH2 OH O HO CH2 CH2 O CH2OH O O OH CH2 OH O HOCH2 CH2 O CH2OH O O OH CH2 OH O HOCH2 O OH OH OH OH OH OH
Inulina
Glicosaminoglicanos:
cido Hialurnico
CH2OH O COOCH2OH O COOO H O H OH H H OH OH O H H H NH CO CH3 H H OH H H O H H OH H O OH O H H H NH CO CH3 H H H O
Glicosaminoglicanos:
- Condroitin-4-sulfato
-
O S
O O H O
CH2OH O H H H NH CO CH3 H O
COO
-
O O
O S
O O H O
CH2OH O H H H NH CO CH3 H H O H H OH
COO H O H OH H
O O
H OH
H OH
Glicosaminoglicanos:
- Condroitin-6-sulfato
-
O S O
O O CH2 O OH H H O H NH CO CH3 H
O S O
O O CH2 O H O H O H NH CO CH3 H
COOO H OH H H OH
COOO H O H OH H H OH
OH H
Glicosaminoglicanos:
- Dermatansulfato
-
O S O
O O CH2 O OH H H O H NH CO CH3 H
O S O
O O CH2 O H O H O H NH CO CH3 H
H O COOOH H H OH
H O H O COO OH H
-
OH H
H OH
Glicosaminoglicanos:
- Queratansulfato
-
O S O
O O CH2 O OH H H O H NH CO CH3 H
O S O
CH2OH O O H OH H H OH
Glicosaminoglicanos:
O S O
O O CH2 O OH H H O H NH O S O OH
O S O H
O O CH2 O H O H H NH O S O OH
COOO H OH H H O O S O O-
H O H O COO OH H
-
OH O H O H
O S O O-
Introduccin a la Bioenergtica
- Sin embargo, hay procesos espontneos que cursan con disminucin de entropa, p.e.: la solidificacin del agua a 0C.
DG = DH - TDS
- La energa libre de Gibbs es un criterio vlido para verificar la espontaneidad de una reaccin. Pueden cursar espontneamente aquellos procesos en los que se desprende energa libre (DG < 0); no pueden hacerlo, sin embargo, aquellos procesos en los que se absorbe energa libre (DG > 0)
Sea un sistema
La reaccin cursar de izquierda a derecha cuando las concentraciones de A y B sean tales que la energa libre del sistema sea negativa. La energa libre del sistema viene dada por: DG = DG0 + RT ln [B]
[A]
Donde DG0 es la Energa Libre Standard de la reaccin: la energa libre del sistema con los reactivos a concentracin unidad, en condiciones STP. Hay tablas que nos dan la DG0 para toda reaccin. A partir de las mismas podemos calcular si un proceso puede tener lugar espontneamente o no en unas determinadas condiciones.
Ejemplo: Calcular la energa libre del proceso de descomposicin del ster Glucosa-6-fosfato a Glucosa y fosfato inorgnico en las condiciones intracelulares, que son: Temperatura: 37 C, equivalentes a 310 K [Glucosa-6-fosfato], 1 mM [Glucosa], 0.01 mM [fosfato], 10 mM La Energa Libre Standard de la reaccin es de -3250 cal/mol
La reaccin es:
G6P + H2O G + Pi
[Glucosa] [Fosfato]
[Glucosa-6-fosfato]
(No se tiene en cuenta el agua porque su concentracin se considera constante) Sustituyendo, obtenemos: DG = -3250 + 1.98*310*2.303* log 10-5*10-3 10-2 Por lo tanto, en las condiciones intracelulares el proceso puede tener lugar espontneamente.
= -8900 cal/mol
Relacionado con el anterior, tendramos el siguiente problema: Cul sera la concentracin mnima necesaria de glucosa para que, siendo el resto de las condiciones iguales a las del ejemplo anterior, en la clula tuviera lugar la formacin de ster por reversin de la hidrlisis? Esta concentracin sera la que diera lugar a un valor de 0 para DG en el ejemplo anterior. As, llamando X a la conc. de glucosa,
-2 X*10 0 = -3250 + 1.98*310*2.303*log 10-3
La expresin que nos da la energa libre de un proceso tiene otra importante derivacin. Para la reaccin
A
Esta expresin es:
DG = DG0
B
+ RT ln [B] [A]
Estructuras complejas
Catabolismo
DG
Anabolismo
Estructuras simples
A+B
A-B
(DG > 0)
La reaccin no puede tener lugar espontneamente. Cmo puede entonces tener lugar en el metabolismo?
Lo que ocurre en el metabolismo es que las reacciones endergnicas (DG > 0) se acoplan a reacciones exergnicas (DG < 0) de manera que : 1. La energa desprendida en una de las reacciones es absorbida por la otra. 2. La suma total de energas libres de una y otra reaccin da una DG < 0, por lo que el proceso en conjunto tiene lugar espontneamente.
As, la reaccin
A+B
Se acopla a
A-B
(DG1 > 0)
X-Y + H2O
Siendo
X + Y (DG2 < 0)
A + B + X-Y + H2O
A-B + X + Y
(DG < 0)
El tipo de reaccin
X-Y + H2O
X + Y (DG2 < 0)
Que tiene lugar en los seres vivos para acoplarse a procesos endergnicos es, en la mayora de los casos, la hidrlisis de anhdridos de cido, y particularmente, la hidrlisis de polifosfatos :
O O-
O O-
O O-
O O-
R O P O P O- + H2O
R O P OH + HO P O-
El polifosfato mayoritario en las reacciones de acoplamiento energtico es el ATP, 5-Adenosina trifosfato: NH2
N O
-
O O
-
O O
-
N O N N
O P O P O P O CH2 O
-
OH
OH
De esta manera, los procesos catablicos productores de energa generan ATP, que se emplear en todas aquellas reacciones endergnicas en las que sea requerido. En general, el ATP se produce de dos maneras:
1. Por fosforilacin a nivel de substrato (procesos anaerbicos, fermentativos) Por ejemplo: La Glicolisis 2. Por fosforilacin oxidativa (procesos aerbicos, oxidativos) Por ejemplo: Ciclo de Krebs, - b oxidacin, etc.
Los dos enlaces anhdrido del polifosfato del ATP son el ejemplo de configuraciones de alta energa de hidrlisis:
O
-
O O-
O O-
O P O P O P O R O-
O C CH2 O
CH3 NH
O O-
N C NH P O-
Fosfoenolpiruvato
Fosfocreatina
O O-
O R C S CoA
Tiosteres de Coenzima A
H 2 N C O P O-
Carbamilfosfato
C6H12O6 + 6O2
6CO2 + 6H2O
Segn lo hasta ahora expuesto, esta reaccin es fuertemente exergnica, por lo que debera cursar espontneamente.
Sin embargo, la glucosa en presencia de oxgeno es perfectamente estable y no entra espontneamente en combustin.
Ello es debido a que los reactivos han de superar una barrera energtica, la Energa de Activacin:
Energa
Ea
G + O2
DG0
CO2 + H2O
Coordenada de reaccin
Glucolisis anaerobica
FOSFORILACION OXIDATIVA
la "cadena respiratoria" tenamos un total de 4 ATPs, 10 NADHs y 2 FADHs.
PROCESO METABOLICO
Gluclisis
ATPs
2
NADHs
FADHs
TOTAL:
10
Metabolismo energtico: balance final de ATPs. Como ya habamos resumido anteriormente, hasta antes de ingresar a la "cadena respiratoria" tenamos un total de 4 ATPs, 10 NADHs y 2 FADHs. Si tomamos en cuenta que cada NADH equivale a 3 ATPs y cada FADH equivale a 2 ATPs, tendramos la siguiente sumatoria: 4 ATPs (de la gluclisis y formacin de Acetil CoA) + 30 ATPs (provenientes de los NADHs) + 4 ATPs (provenientes de los FADHs). Con un total de 38 ATPs como producto del metabolismo energtico de una molcula de glucosa.
GLUCOGENESIS
Glucogenolisis
DIABETES MELLITUS
Lpidos
- Caracterstica fundamental es la insolubilidad en agua y la solubilidad en solventes orgnicos - Qumicamente, los lpidos son: - Derivados por esterificacin y otras modificaciones de cidos orgnicos monocarboxlicos, llamados cidos grasos - Derivados por aposicin y posteriores modificaciones de unidades isoprenoides
1. Energtica: combustible de alto valor calrico (10 kcal/g) y de uso diferido. Slo admiten degradacin aerbica (respiracin) 2. Estructural: Forman las membranas plasmticas de todo tipo de seres vivos
3. Informativa: seales qumicas como esteroides, prostaglandinas, retinoides, leucotrienos, calciferoles, etc.
Saponificacin
Fase acuosa
Reaccin de saponificacin
Lpidos saponificables:
C C C n
CH2 O C C O C H O O O CH2 O C
R CO O R'
R: cido graso R: alcohol
H O C C
OH OH OH HOCH2 O OH
HN CH CH2 O
Lpidos insaponificables
C
n
CH2OH
Retinol
HO
Colesterol
Clasificacin
I. Lpidos saponificables (lpidos C2) 1. cidos grasos y eicosanoides 2. Lpidos neutros 3. Lpidos anfipticos a. Fosfolpidos b. Glicolpidos II. Lpidos insaponificables (lpidos C5) 1. Esteroides 2. Terpenos
El efecto hidrofbico
O O
O O
O O
O O
COOH
C18:2 Linoleico 9,12 todo cis octadecadienoico C18:3 Linolnico 9,12,15 todo cis octadecatrienoico C20:4 Araquidnico 5,8,11,14 todo cis eicosatetraenoico
Araquidnico
COOH
COOH
Linolnico
COOH
Linoleico
COOH
Oleico
c.oleico
c.linoleico
c.linolnico
c.araquidnico
Hidroxicidos grasos
H
9
OH COOH
HO H
COOH c. lactobaclico
COOH c. chaulmgrico
Prostaglandinas
O COOH c. prostanoico HO PGE O R1 R1 R1 R2 HO PGF HO R1 R2 R1 HO R1
R2 PGA PGB
R2 PGC
R2
O PGD
R2
COOH O Prostaglandina E
Prostaglandina E (PGE)
COOH
O O
PGG2
Endoperxidos de prostaglandina
OOH COOH
PGH2
O O
OH
Fosfolipasa A2
Cicloxigenasa
PGG2
PGH2
5-HPETE
LTC4
Tromboxanos
O O H
TBXA2
OH
Leucotrieno C4
Lpidos isoprenoides
Formados por aposicin de unidades isoprenoides:
CH3 C H 3C CH3 CH
Colesterol
HO
CHO
11-cis retinal
Unin cabeza-cola
Unin cola-cola
CH2OH
Isopentenol
H 2C
CH2OH
Geraniol
CH2OH
Farnesol
Escualeno
Esteroides
Compuestos hexaprenoides estructurados en un sistema polialicclico, ciclopentano perhidrofenantreno - Esteroles o alcoholes esteroideos - Calciferoles o vitaminas D - cidos biliares - Esteroides hormonales, que incluyen: - Glucocorticoides - Mineralocorticoides - Gestgenos - Estrgenos - Andrgenos
21 22 18 19 2 3 1 4 5 10 11 9 6 12 13 14 20 23 17 16 15 27 24 26 25
8 7
HO
Numeracin
Colestanol
HO H
CH3 A B H H CH3
Serie allo
Coprostanol
HO H
CH3 CH3 H
Serie normal
A H
HO
Colesterol
OH
Colecalciferol
CH2
CH2
25-hidroxi colecalciferol
OH
CH2
1,25-dihidroxicolecalciferol
HO
OH
COO-
c.clico
O
HO
OH
OH
CO NH CH2 CH2 S OO
c.tauroclico
HO H OH
OH
CO NH CH2 COO-
c.glicoclico
HO H OH
CH2OH C O HO OH
Glucocorticoides
O
Cortisol
O HO
CH2OH CH C O
Mineralocorticoides Aldosterona
CH3 C O
Gestgenos
Progesterona
OH
Estrgenos
HO
17-b estradiol
OH
Andrgenos
Testosterona
Terpenos
b-caroteno
CH2OH
Retinol
11-cis retinal
CHO
CHO
todo-trans retinal
R CH NH OC HN N CH OC HN HC NH R HC R
HC
CO
CO
Unin retinal-opsina
(cuanto de luz)
Impulso nervioso
todo-trans retinal
Opsina
El ciclo visual, 1
Transducina
El ciclo visual, 2
Impulso nervioso
CH3 H 3C HO CH3
a-tocoferol
O
3
Lpido intacto, L
O CH3
Naftoquinona
n O
O CH3
Menadiona
OH CH2
OH
Dicumarol
O OO O
c. g-carboxiglutmico
O O P O16
O-
Dolicol fosfato
CH2OH HO C H CH2OH
sn-1
sn-2
sn-3
Monoacilgliceroles
CH2 O CO HOCH CH2OH
CH2OH CO O CH CH2OH
CH2 O CO CO O CH CH2OH
CH2OH CO O CH CH2 O CO
Diacilgliceroles
CH2 O CO CO O CH CH2 O CO
CH2 O CO CO O CH CH2 O CO
CH2 O CO CO O CH CH2 O CO
Triacilgliceroles
Ceras
CO O
CH3 (CH2)14 CO O
(CH2)15 CH3
cido fosfatdico
Colina
R CO O CH2 R' CO O CH O O-
Fosfatidil serina
CH2 O P O CH2
Fosfatidil glicerol
Fosfatidil inositol
OH OH OH OH
CH2 O P O
OH O3P O
-
O PO3-
O3P O OH
O PO3
OH
CH2 O P O O3P O OH OH
IP3
Plasmalgeno de colina
Esfingomielina
CH2OH O CH O CH2
Lisolecitina
Lisocefalina
O O S OO
H C OH H2N C H CH2OH
H C OH H2N C H CH2OH
Esfinganina
Esfingosina
H C OH CO HN C H CH2OH
OH C H CO NH CH CH2 O OH HOCH2 O OH OH
Gal
4 Gal
Cer
Gala
4 Gal b
b
Glicolpidos
4 Glc b
b
GalNac
b
3 Gal
a
b
Cer
Globo
Gal
3 GalNac
4 Gal
4 Glc
Cer
Ganglio
Gal
3 GlcNac
b 3 Gal 4 Glc
b Cer
Lacto
Gal
4 GlcNac
3 Gal
4 Glc
Cer
Neolacto
Gal
3 GalNac
4 Gal 3 a NeuAc
4 Glc
Cer
Ganglisido GM1
Gal
3 GalNac
4 Glc
Cer
Ganglisido GD1
Ganglisido GD1
Monmero
Micela
Micela inversa
Monmero
Monocapa
Bicapa
Bicapa
Fluidez de membrana (Unidades arbitrarias)
Bicapa + colesterol
0 0 1 2
13. Aminocidos
Aminocidos
Grupo amino (protonado)
COO H 3N
Cadena lateral
C H R
Carbono a
Aminocidos: estereoisomera
COOH H 2N C H R
CHO HO C H CH2OH
L-Alanina
L-Gliceraldehido
Aminocidos: estereoisomera
COO+
H 3N C H CH3
L-Alanina
D-Alanina
COO
+
H3 N C H H C OH CH3
L-Treonina
L-Isoleucina
COO H 3N
+
COOH 3N + C H CH H 3C CH3
C H H
C H CH3
Glicina Gly, G NE
Alanina Ala, A NE
Valina Val, V E
Leucina Leu, L E
Isoleucina Ile, I E
Aminocidos alifticos
Su caracterstica fundamental es la hidrofobicidad de la cadena lateral (con excepcin de G) Suelen ocupar el interior de las protenas globulares, donde contribuyen a la estructura global de la protena debido al efecto hidrofbico (micela proteica) Reactividad qumica muy escasa Glicina tiene un destacado papel estructural: suele ser invariante en series filogenticas
COO-
COOH 3N
+
COOH3 N+ C H CH2
H 3N +
C H CH2
C H CH2
Fenilalanina Phe, F E
OH
Tirosina Tyr, Y NE
NH
Triptfano Trp, W E
Aminocidos aromticos
Aminocidos aromticos
La presencia de sistemas aromticos hace que absorban luz UV en torno a 280 nm; la absorcin UV de las protenas se debe a su contenido en estos aminocidos F y W son hidrofbicos
COOH 3N
+
C H CH2OH
Serina Ser, S NE
COOH 3N + C H CH3 H C OH
Treonina Thr, T E
Hidroxiaminocidos
Hidroxiaminocidos
El grupo -OH de la serina es fundamental en el centro activo de muchas enzimas (serin proteinasas, p.e.) Forma enlaces glicosdicos con oligosacridos en ciertas glicoprotenas El grupo -OH tanto de S como de T es susceptible de fosforilacin: importante modificacin postraduccional que regula la actividad de muchas protenas
Tioaminocidos
COOH 3N + C SH H CH2
Cistena Cys, C NE
Tioaminocidos
Importante papel estructural de la cistena por la posibilidad de formar enlaces disulfuro con otro residuo de cistena La cistena participa en el centro activo de muchas enzimas La metionina es el aminocido iniciador de la sntesis de protenas (codon AUG)
COO NH2
+
Prolina Pro, P NE
H 3N +
c.Asprtico Asp, P NE
Asparragina Asn, N NE
c.Glutmico Glu, E NE
Glutamina Gln, Q NE
Lisina Lys, K E
H2 N C
NH2
Histidina His, H E
Aminocidos dibsicos
COO+
COO+
COO+
O C NH2
Homocistena
Homoserina
Ornitina
Citrulina
COO+
H 3N C H CH2
Catecolaminas
Hormonas tiroideas
HO OH
L-DOPA (dihidroxifenilalanina)
Melanina
-Aminocidos
b-Alanina
NH2 O O NH NH O N NH
Piroglutamil-histidil-prolinamida
CO N
CH2
ECA
DRVYHPFHL Angiotensina I HL
DRVYHPF
Angiotensina II
RPPGFSPFR KRPPGFSPFR
Bradiquinina Kalidina
Pptidos vasoactivos
Neurotransmisores peptdicos
YGGFL
(Leucin-encefalina)
YGGFM (Metionin-encefalina)
Estructura primaria
5-AAGGGTACCCAACATTTAGTT-3 3-TTCCCATGGGTTGTAAATCAA-5
DNA RNA
Protena
5-AAGGGUACCCAACAUUUAGUU-3
Lys.Gly.Ser.Gln.His.Leu.Val C
GIVEQCCASVCSLYQLENYCN
FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKA
Hoy da, la mayor parte de estructuras primarias de protenas se determina a partir de la secuencia de nucletidos en el genoma. Tcnicamente la secuenciacin de cidos nucleicos (en particular, la de DNA) es mucho ms sencilla y barata que la de protenas, estando al alcance de cualquier laboratorio.
a-Hlice
F = -57 Y= -47
Paso de rosca: 0.54 nm Traslacin por residuo: 0.15 nm Residuos por vuelta: 3.6 Enlaces H: n a n+3
Hlice 310
F = -49 Y = -26
Paso de rosca: 0.59 nm Traslacin por residuo: 0.19 Residuos por vuelta: 3
Mioglobina
Fibringeno
Colgeno
Estructuras suprasecundarias
- Hlice-vuelta-hlice - Siete hlices transmembrana y hlice anfiptica - Cremallera de leucina - Unidad bab - Meandro b - Dedo de Zn - Mano EF
Hlice-vuelta-hlice
a-hlice anfiptica
Lado hidrofbico
Lado polar
Cremallera de leucina
Motivo bab
Protenas cidas: punto isoelctrico (pI) inferior a 7 Ricas en Asp y Glu; al pH celular presentan carga negativa neta. Protenas bsicas: punto isoelctrico (pI) superior a 7 Ricas en Arg y Lys; al pH celular presentan carga positiva neta.
Muestra
Electroforesis
1. Se realiza sobre un soporte slido o semislido, para minimizar efectos de difusin 2. Se somete el conjunto a un campo elctrico constante, a un pH fijo; las protenas migran conforme a su carga elctrica
3. Terminada la carrera electrofortica, las protenas se tien con un colorante adecuado (p.e., Azul de Coomassie)
Fundamento de la cromatografa
Se dispone una mezcla sobre una fase estacionaria
Fase estacionaria
Dependiendo de la afinidad relativa por ambas fases, los componentes de la mezcla primitiva se separan
Fase mvil
Tipos de cromatografa
1. Intercambio inico - Separa segn carga elctrica - Fase estacionaria: grupos cargados unidos a un soporte insoluble - Fase mvil: gradiente de sal o de pH 2. Particin - Separa segn solubilidad en solventes - Fase estacionaria: Un solvente sobre un soporte slido - Fase mvil: El otro solvente fluyendo
3. Afinidad - Separa segn la afinidad de la protena por un ligando inmovilizado - Fase estacionaria: ligando unido a soporte insoluble - Fase mvil: (1) solucin sin ligando (2) solucin con ligando libre 4. Hidrofbica - Separa segn hidrofobicidad - Fase estacionaria: grupos hidrofbicos unidos a un soporte insoluble - Fase mvil: gradiente inverso de sal
5. Exclusin molecular - Separa segn tamao molecular - Fase estacionaria: dextrano o agarosa entrecruzados - Fase mvil: solucin tamponada
Intercambio inico
+ + + +
+ + + + +
+ + + + + + + +
- - -
+ + + + + + + +
- - - - - - -
Matriz de agarosa
Cromatografa de afinidad
+
+
Introduccin a la Bioenergtica
- Sin embargo, hay procesos espontneos que cursan con disminucin de entropa, p.e.: la solidificacin del agua a 0C.
DG = DH - TDS
- La energa libre de Gibbs es un criterio vlido para verificar la espontaneidad de una reaccin. Pueden cursar espontneamente aquellos procesos en los que se desprende energa libre (DG < 0); no pueden hacerlo, sin embargo, aquellos procesos en los que se absorbe energa libre (DG > 0)
Sea un sistema
La reaccin cursar de izquierda a derecha cuando las concentraciones de A y B sean tales que la energa libre del sistema sea negativa. La energa libre del sistema viene dada por: DG = DG0 + RT ln [B]
[A]
Donde DG0 es la Energa Libre Standard de la reaccin: la energa libre del sistema con los reactivos a concentracin unidad, en condiciones STP. Hay tablas que nos dan la DG0 para toda reaccin. A partir de las mismas podemos calcular si un proceso puede tener lugar espontneamente o no en unas determinadas condiciones.
Ejemplo: Calcular la energa libre del proceso de descomposicin del ster Glucosa-6-fosfato a Glucosa y fosfato inorgnico en las condiciones intracelulares, que son: Temperatura: 37 C, equivalentes a 310 K [Glucosa-6-fosfato], 1 mM [Glucosa], 0.01 mM [fosfato], 10 mM La Energa Libre Standard de la reaccin es de -3250 cal/mol
La reaccin es:
G6P + H2O G + Pi
[Glucosa] [Fosfato]
[Glucosa-6-fosfato]
(No se tiene en cuenta el agua porque su concentracin se considera constante) Sustituyendo, obtenemos: DG = -3250 + 1.98*310*2.303* log 10-5*10-3 10-2 Por lo tanto, en las condiciones intracelulares el proceso puede tener lugar espontneamente.
= -8900 cal/mol
Relacionado con el anterior, tendramos el siguiente problema: Cul sera la concentracin mnima necesaria de glucosa para que, siendo el resto de las condiciones iguales a las del ejemplo anterior, en la clula tuviera lugar la formacin de ster por reversin de la hidrlisis? Esta concentracin sera la que diera lugar a un valor de 0 para DG en el ejemplo anterior. As, llamando X a la conc. de glucosa,
-2 X*10 0 = -3250 + 1.98*310*2.303*log 10-3
La expresin que nos da la energa libre de un proceso tiene otra importante derivacin. Para la reaccin
A
Esta expresin es:
DG = DG0
B
+ RT ln [B] [A]
Estructuras complejas
Catabolismo
DG
Anabolismo
Estructuras simples
A+B
A-B
(DG > 0)
La reaccin no puede tener lugar espontneamente. Cmo puede entonces tener lugar en el metabolismo?
Lo que ocurre en el metabolismo es que las reacciones endergnicas (DG > 0) se acoplan a reacciones exergnicas (DG < 0) de manera que : 1. La energa desprendida en una de las reacciones es absorbida por la otra. 2. La suma total de energas libres de una y otra reaccin da una DG < 0, por lo que el proceso en conjunto tiene lugar espontneamente.
As, la reaccin
A+B
Se acopla a
A-B
(DG1 > 0)
X-Y + H2O
Siendo
X + Y (DG2 < 0)
A + B + X-Y + H2O
A-B + X + Y
(DG < 0)
El tipo de reaccin
X-Y + H2O
X + Y (DG2 < 0)
Que tiene lugar en los seres vivos para acoplarse a procesos endergnicos es, en la mayora de los casos, la hidrlisis de anhdridos de cido, y particularmente, la hidrlisis de polifosfatos :
O O-
O O-
O O-
O O-
R O P O P O- + H2O
R O P OH + HO P O-
El polifosfato mayoritario en las reacciones de acoplamiento energtico es el ATP, 5-Adenosina trifosfato: NH2
N O
-
O O
-
O O
-
N O N N
O P O P O P O CH2 O
-
OH
OH
De esta manera, los procesos catablicos productores de energa generan ATP, que se emplear en todas aquellas reacciones endergnicas en las que sea requerido. En general, el ATP se produce de dos maneras:
1. Por fosforilacin a nivel de substrato (procesos anaerbicos, fermentativos) Por ejemplo: La Glicolisis 2. Por fosforilacin oxidativa (procesos aerbicos, oxidativos) Por ejemplo: Ciclo de Krebs, - b oxidacin, etc.
Los dos enlaces anhdrido del polifosfato del ATP son el ejemplo de configuraciones de alta energa de hidrlisis:
O
-
O O-
O O-
O P O P O P O R O-
O C CH2 O
CH3 NH
O O-
N C NH P O-
Fosfoenolpiruvato
Fosfocreatina
C6H12O6 + 6O2
6CO2 + 6H2O
Segn lo hasta ahora expuesto, esta reaccin es fuertemente exergnica, por lo que debera cursar espontneamente.
Sin embargo, la glucosa en presencia de oxgeno es perfectamente estable y no entra espontneamente en combustin.
-GLUCOLISIS ANAEROBICA O CAMINO DE EBDEM-MEYERHOFF -GLUCOLISIS AEROBICA O CICLO DE KREBS -CICLO DE CORI O LACTICO -GLUCOGENESIS -NEOGLUCOGENESIS -GLUCOGENOLISIS -CICLO DE LAS PENTOSAS
Glucolisis anaerobica
Glucolisis aerobica
Glucolisis aerobica
Metabolismo energtico: balance final de ATPs. Como ya habamos resumido anteriormente, hasta antes de ingresar a la "cadena respiratoria" tenamos un total de 4 ATPs, 10 NADHs y 2 FADHs. Si tomamos en cuenta que cada NADH equivale a 3 ATPs y cada FADH equivale a 2 ATPs, tendramos la siguiente sumatoria: 4 ATPs (de la gluclisis y formacin de Acetil CoA) + 30 ATPs (provenientes de los NADHs) + 4 ATPs (provenientes de los FADHs). Con un total de 38 ATPs como producto del metabolismo energtico de una molcula de glucosa. Fcil verdad?.
Glucogenesis
Glucogenolisis
Gluconeogenesis
Metabolismo de lipidos
Acetil Coenzima A
Metabolismo de proteinas
Transaminacin
Desaminacion
C=O
NH2
Ciclo de la Urea Ciclo del Acido rico Ciclo de la creatinina Ciclo de las Xantinas
Ciclo de la urea
Ciclo de la urea
Deficiencia de ornitinatranscarbamilasa (OTC). Citrulinemia Deficiencia de arginasa Aciduria argininosuccnica Deficiencia de carbamil-fosfato sintetasa (CPS) Deficiencia de N-acetil-glutamato sintetasa (NAGS)
Acido rico
Enfermedad de la Gota
Creatinina
Deriva del metabolismo de la creatina Abunda en el msculo como fosfocreatina Es una forma de almacn energtico en el msculo Su depuracin renal es a los 25 a 30 ml/minuto de la sangre Sus cfras normales en sangre son de 25-35mgs/dl Es un parametro que nos permite indicar el grado de depuracin o filtrado glomerular y se excreta por tbulo contorneado proximal su disminucin en orina indica disminucin del filtrado con creatin mia sanguinea= insuficiencia renal.
Creatina
Introduccin a la Enzimologa
Nombre sistemtico:
Grupo transferido
Grupo Subgrupo
EC 2.7.1.1
Sub-subgrupo
Enzima
1. Oxidorreductasas
2. Transferasas 3. Hidrolasas 4. Liasas
Clasificacin de enzimas: Grupos
5. Isomerasas
6. Ligasas
Grupo 1: Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de oxidorreduccin
Ared + Box
Aox + Bred
EC 1.1.3.4
1.1.-.- Sobre grupos alcohol 1.2.-.- Sobre grupos aldehido 1.3.-.- Sobre grupos -CH-CHetc.
Grupo 2: Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de grupo:
A-X + B
A + B-X
EC 2.7.1.1
Grupo 3: Hidrolasas
Catalizan reacciones de hidrlisis
A-B + H2O
A-OH + H-B
No se suelen utilizar nombres sistemticos en las hidrolasas. Muchas de ellas conservan el nombre primitivo: Tripsina, Pepsina, Papana, etc.
3.1.-.3.2.-.3.3.-.3.4.-.3.5.-.etc.
Esterasas (carboxilesterasas, fosfoesterasas, sulfoesterasas) Glicosidasas ter hidrolasas Pptido hidrolasas Acil anhdrido hidrolasas
Grupo 4: Liasas
Catalizan reacciones reversibles de adicin de un grupo a un doble enlace:
A=B + X
COOCH CH COOFumarato (trans-) H2O
AXB
COOHO CH CH2 COOL-Malato
Grupo 5: Isomerasas
Catalizan reacciones de isomerizacin Algunas reacciones isomersicas: - Racemasas - Oxidorreductasas intramoleculares - Mutasas o transferasas intramoleculares
Grupo 6: Ligasas
Catalizan la unin de dos grupos qumicos a expensas de la hidrlisis de un enlace de alta energa.
A + B + ATP
O bien
A-B + ADP + Pi
C + D + ATP
Suele haber fenmenos de modificacin covalente de enzimas en la respuesta celular a seales qumicas: 1. Neurotransmisores 2. Hormonas 3. Factores de crecimiento 4. Estmulos morfogenticos y de diferenciacin 5. Muerte celular programada (apoptosis) 6. Estmulos antignicos 7. Luz y otros agentes fsico-qumicos
H CH2OH O H
ATP
ADP
R CH N O C Ser HC H N C R' C H N
H O CH2O P OOO H
R CH N O C Ser HC H N C R' C H N
H O CH2O P OOO H
H2O
Pi
R CH N O C Ser H C H N C R' CH N
H CH2OH O H
R CH N O C HC Tyr H N C R' C H N
R CH N H O C HC H N C O R' CH N H
OH
Proteinasa especfica
N Enzima activada C N C
Concepto de Segundo Mensajero La mayora de las seales qumicas operan sobre un receptor situado en la parte externa de la membrana. Al operar sobre este receptor determinan la aparicin en el interior celular de un segundo mensajero, que desencadena la respuesta celular a la seal. Algunos segundos mensajeros: - Nucletidos cclicos: cAMP, cGMP - Ca++ - Diacilglicerol - Inositolfosfatos - xido ntrico, etc.
E
Efector
I X
R
P
Glucgeno (n)
CH2OH H HO H OH H O H OH H O H H OH H CH2OH O H OH H O H H OH H CH2OH O H OH H O ....
Pi Glucgeno fosforilasa
CH2OH H HO H OH H O H OH H O O P OO
-
CH2OH H O H OH OH H OH H H O H
CH2OH O H OH H H OH H O ....
Glucosa-1-fosfato
Glucgeno (n-1)
Activacin de la fosforilasa, 1
2 ATP Fosforilasa b Fosforilasa kinasa, activa Protein kinasa inactiva (R2C2) 4 cAMP Protein kinasa activa (2C) (cAMP)4R2 Fosforilasa kinasa, inactiva 2ADP Glucgeno Fosforilasa a Glucosa-1-fosfato
NH2 N O
-
O O-
O OO N N
O P O P O P O CH2 O-
ATP
OH OH
Protenas G
Adenilato ciclasa
O
NH2 N N N N
O O
-
OH
cAMP
R
a GTP b g a GDP b b g a GTP ATP a GDP
AC
cAMP
g
Activacin de la Adenilato ciclasa
L R
Ga
AC
cAMP
PKA
FK
NH2 N N O N N
O O
-
OH
cAMP fosfodiesterasa
NH2 N O
-
N O N N
O P O CH2 O
-
OH
OH
cAMP +
Protein kinasa A
Glucgeno sintetasa
+
Glucgeno Fosforilasa
Protein fosfatasas
cAMP fosfodiesterasa
Protein kinasas
1. Protein kinasas A (Activadas por cAMP) 2. Protein kinasas G (Activadas por cGMP) 3. Protein kinasas A (Activadas por DAG) 4. Protein kinasas dependientes de Ca++-Calmodulina 5. Protein tirosin kinasas (Factores de crecimiento, etc.)
Activaciones proteolticas
N Pepsingeno C N pH < 5
Pepsina
Protrombina (II)
Precursores, va intrnseca
Fase 2
Protrombinasa
Fase 1
Precursores, va extrnseca
Trombina (IIa)
Fibringeno (I)
Polmero de fibrina
Fase 3
Va extrnseca
VII
VIIa
X
V
Xa
Ca++ Va Complejo protrombinasa
XII XI
Va intrnseca
Trombina
Ca++ Va
Complejo protrombinasa
S S
H Trombina
Aa Bb g Aa2Bb2g2 Fibringeno
Trombina
Aa Bb g
Monmero de fibrina
+ -
+ + +
+ - + - + - +
- + - + - + - +
+ - + + +
+ - + + - +
Lys CH
HOOC NH2
CH Glu
Lys CH
OC NH
CH Glu
1. Aminotransferasas 2. Creatin kinasa 3. Fosfatasa alcalina 4. a-Amilasa 5. Fosfatasa cida 6. Lactato deshidrogenasa 7. g-Glutamil transferasa 8. Seudocolinesterasa
Aminotransferasas (Transaminasas)
Catalizan la interconversin reversible de aminocidos y cetocidos. Utilizan piridoxal fosfato como cofactor
COOH H2N CH R1
COOH + C O R2
COOH R1
COOH R2
C O + H2N CH
COO+
COO+
Aspartato
a-Cetoglutarato
Aparece en citosol y mitocondrias de tejidos metablicamente muy activos. Su nivel se eleva en el suero ante afecciones hepticas y miocrdicas.
COO+
Enzima citoslica, de elevada concentracin en el parnquima heptico. Se considera casi especfica de lesin heptica.
N CH2 CO O P O-
Creatin fosfato
Creatin fosfato es una forma de almacenamiento de enlaces ricos en energa en el tejido muscular. Es el prototipo de los compuestos conocidos como fosfgenos.
Hidroliza con baja especificidad fosfomonosteres, a un pH alto (de ah el nombre). No se conoce con certeza cul es su funcin metablica. Aparece en gran cantidad de tejidos.
Las ms importantes son las dos primeras. Se pueden distinguir por su termoestabilidad, siendo la sea ms termolbil.
sea: Propia del tejido seo en crecimiento y de enfermedades que cursan con neoformacin sea Heptica: Propia de las clulas del rbol biliar: se eleva en las colestasis (obstrucciones biliares) asociada a partculas de elevado peso molecular
Tiene un importante papel en el transporte de aminocidos a travs de membranas. Aparece, como la fosfatasa alcalina, en obstrucciones biliares asociada a fracciones de alto peso molecular. Es una enzima inducible, y su concentracin en suero aumenta con xenobiticos (alcohol, drogas, etc.)
a-Amilasa, EC 3.2.1.1
Es una enzima producida por las glndulas salivales y el pncreas.
Es un marcador muy importante de afecciones pancreticas agudas (pancreatitis). Puede incluso aparecer en la orina, debido a su bajo peso molecular (amilasuria)
Hidroliza fosfomonosteres con baja especificidad. Presenta varias isoenzimas, una de las cuales (Fosfatasa cida prosttica) es un marcador muy fiable del cncer de prstata y que se emplea en el diagnstico precoz del mismo.
Adagen (adenosine deaminase) Enzon, Inc. Autorizado su uso peditrico en inmunodeficiencias congnitas. Ceredase (alglucerase) Genzyme Corp. Autorizado su empleo en enfermedad de Gaucher tipo 1 Cerezyme (imiglucerase) Genzyme Corp. Autorizado su empleo en enfermedad de Gaucher tipo 1 Pulmozyme (Dnase) Genentech, Inc. Autorizado su empleo en fibrosis qustica Activase (recombinant alteplase) Genentech, Inc. Autorizado en infarto de miocardio y embolia pulmonar
Biotecnologa enzimtica
- Procesos industriales enzimticos: * Industrias del almidn * Detergentes * Industrias lcteas * Industrias de la fruta * Antibiticos - Biosensores y biochips
Biosensores
Producto
Membrana semipermeable
Substrato
Enzima inmovilizada
Inhibicin enzimtica
Inhibidor:
Efector que hace disminuir la actividad enzimtica, a travs de interacciones con el centro activo u otros centros especficos (alostricos). Esta definicin excluye todos aquellos agentes que inactivan a la enzima a travs de desnaturalizacin de la molcula enzimtica De esta forma, habr dos tipos de inhibidores:
I. Isostricos: ejercen su accin sobre el centro activo II. Alostricos: ejercen su accin sobre otra parte de la molcula, causando un cambio conformacional con repercusin negativa en la actividad enzimtica.
1. Inhibidor reversible: establece un equilibrio con la enzima libre, con el complejo enzima-substrato o con ambos:
E+I ES + I EI ESI
Inhibicin reversible
(a) El inhibidor se fija al centro activo de la enzima libre, impidiendo la fijacin del substrato: Inhibicin Competitiva (b) El inhibidor se fija a la enzima independientemente de que lo haga o no el substrato; el inhibidor, por tanto, no impide la fijacin del substrato a la enzima, pero s impide la accin cataltica: Inhibicin No Competitiva (c) El inhibidor se fija nicamente al complejo enzima-substrato una vez formado, impidiendo la accin cataltica; este tipo se conoce como Inhibicin Anticompetitiva
S E ES
Inhibicin Competitiva
E+P
I EI
Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas; el complejo EI no es productivo
E
I S I
ES
E+P
Inhibicin No Competitiva
EI
ESI
El inhibidor se fija indistintamente a la enzima libre E y al complejo enzima-substrato ES; ni el complejo EI ni el complejo ESI son productivos
E
I
ES
E+P
Inhibicin Anticompetitiva
ESI
El inhibidor slo puede fijarse al complejo ES; el complejo ESI no es productivo
Inhibicin Competitiva
S E ES E+P
[E] [I] Ki = [EI]
I EI
Se define una constante de equilibrio de disociacin del inhibidor:
Caractersticas: - Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas - A muy altas concentraciones de substrato desaparece la inhibicin - Por lo general, el inhibidor competitivo es un anlogo qumico del substrato. - El inhibidor es tan especfico como el substrato
1. El efecto cintico del inhibidor es el aumento aparente de la Km, que aparece multiplicada por el factor (1 + i/Ki)
2. La Vmax no aparece modificada; para concentraciones muy altas del substrato, v = Vmax, igual que en ausencia de inhibidor 3. Cuanto ms pequeo sea el valor de Ki mayor ser la potencia del inhibidor competitivo.
Inhibidores competitivos
Succinato deshidrogenasa
COOCH2 CH2 COOSuccinato SDH FAD FADH2 COOCH CH COOFumarato
COOCH2 COOMalonato
H2N N
OH
c. Flico
H2N N
Methotrexate
O HN O NH CH3
Timina Anlogos de base
O HN O NH Br
5-Bromouracilo
NH2 O HOCH2 O N
Anlogos de nuclesido
Citidina
OH OH
NH2 O HOCH2 O N OH OH
Citosina arabinsido
Un paso ms all en el desarrollo de inhibidores potentes es el concepto de Anlogo de Estado de Transicin (AET)
- El inhibidor no es estrictamente anlogo del substrato, sino del Estado de Transicin de la reaccin. - La afinidad de las enzimas por los AET es enorme, del orden nM o pM, con lo que la fijacin es tan fuerte que puede considerarse irreversible
O O2N O C O
Susbtrato
O C
OO
O2N
Estado de transicin
O
O2N OH
HO
Productos
O P
OO
O2N
Estado de transicin
Substrato
COOH2C
-
Aspartato transcarbamilasa
NH2 OO
NH
OOC
O P OO-
Estado de transicin
COOH2C
-
O NH CH2 O P OO-
OOC
HL
C O C H NH HO C C O
CH COO-
C O H 3C C H H C H S
Zn2+
Estado de transicin de la ECA
Zn2+
Captopril
Inhibicin Irreversible
- Los inhibidores irreversibles reaccionan con un grupo qumico de la enzima, modificndola covalentemente - Su accin no se describe por una constante de equilibrio Ki, sino por una constante de velocidad ki:
E+I
- A diferencia de la inhibicin reversible, el efecto de los inhibidores irreversibles depende del tiempo de actuacin del inhibidor. - Los inhibidores irreversibles son, por lo general, altamente txicos.
4. Metales pesados
Yodoacetato
ICH2 COO-
IH
E SH
(b) Compuestos insaturados
E SH
O N CH2 CH3
p-Hidroximercuribenzoato
SH
S Hg
COO-
Organofosfricos
H3C Ser CH CH2
H 3C F CH3 CH P O
Ser CH CH2
OH
CH3 CH
O P O CH H3C CH3
CH H 3C CH3
- Actan sobre enzimas sernicas - nicamente sobre la Ser activa - Insecticidas: Parathion, Malathion - Inhibidores de la Acetilcolinesterasa - Neurogases
Substratos suicidas
(Inhibidores activados enzimticamente) - Se trata de molculas que se unen al centro activo de manera especfica, igual que el substrato o los inhibidores competitivos
- Una vez unidos al centro activo, la enzima transforma la molcula en una especie qumica muy reactiva que modifica covalentemente a la enzima, inactivndola - Tienen por tanto (a) la especificidad del inhibidor competitivo y (b) la potencia de los inhibidores irreversibles
E+I
EI
EI*
E + I*
1. El inhibidor se fija a la enzima igual que el substrato o un inhibidor competitivo convencional 2. La accin cataltica de la enzima convierte al inhibidor I en una especie altamente reactiva I* 3. I* modifica covalentemente a la enzima, inactivndola de forma definitiva al igual que un inhibidor irreversible.
Penicilina (activa)
R CO NH N O S CH3 CH3 COO-
b-Lactamasa
R CO NH O C HN O-
CH3 CH3
COO-
c.peniciloico (inactivo)
Muy a menudo los preparados de penicilinas o penicilinas semisintticas se formulan aadiendo un inhibidor suicida de la b-lactamasa, el cido clavulnico
O C N O COO
-
CH2OH H
b-Lactamasa
O C OHN
O C
CH2OH H
c.clavulnico
COO-
O C CH CH2 Ser O HN
O C
CH2OH H
COO-
Los estados depresivos, en general, estn relacionados con un descenso en la concentracin de neurotransmisores adrenrgicos (dopamina, noradrenalina, etc.) en determinadas regiones del cerebro.
Una de las enzimas encargadas de la degradacin de estos neurotransmisores es la monoamino oxidasa (EC 1.4.3.4).
Por tanto, la inhibicin de la monoamino oxidasa se emplea como teraputica de los estados depresivos. Se han desarrollado muchos inhibidores suicidas de la MAO
Noradrenalina
HO HO CHOH CH2 NH2
O2 + H2O
Monoamino oxidasa
NH3 + H2O2
HO HO CHOH CHO
La MAO es una flavoprotena: tiene un grupo prosttico flavnico (FAD) fundamental para la catlisis. Los inhibidores suicidas de la MAO inactivan al cofactor FAD.
Dihidroxifenilglicol
O H3C E S H2C N N R N NH O
CH3 CH3
Flavina
H3C
N+
CH CH CH N N R NH O NH O
Flavina modificada
Catlisis
Ea Ea DG
DG
Reaccin no catalizada
Reaccin catalizada
- Enzimas proteolticas - Desnaturalizacin de enzimas - Purificacin de enzimas - Sntesis completa de una enzima
A partir de 1982, se sabe que no todas las enzimas son protenas; existen molculas de RNA con actividad cataltica, las llamadas ribozimas
Las enzimas cumplen su papel cataltico gracias a: - Fijacin estereoqumicamente complementaria del substrato - Transformacin cataltica del mismo
- Catlisis homognea, cuando catalizador y reactivos estn en la misma fase fsicoqumica: Por ejemplo, la hidrlisis cida de la sacarosa. - Catlisis heterognea, cuando catalizador y reactivos estn en distinta fase fsicoqumica: por ejemplo, la reaccin en fase gaseosa entre N2 y H2 para formar amonaco (proceso Haber), que es catalizada por metales (slidos) La catlisis enzimtica tiene caractersticas de ambas
Los siguientes hechos: - Especificidad de la reaccin enzimtica - Carcter heterogneo de la catlisis enzimtica
Nos llevan a postular la existencia de un Centro Activo en la molcula de enzima, capaz de:
Lisozima y su substrato
Cofactor (Coenzima):
tomo, ion o molcula que participa en el proceso cataltico sin ser enzima ni substrato.
Los cofactores participan de dos maneras distintas: 1. A travs de una fijacin muy fuerte a la protena y salen sin ser modificados del ciclo cataltico 2. Como un segundo substrato; salen modificados del ciclo cataltico y por lo general requieren otra enzima para volver al estado original.
LAO
LAO: L-aminocido oxidasa: es una flavoprotena Las flavoprotenas tienen un grupo prosttico flavnico, que interviene en el proceso cataltico sin salir modificado del mismo
O H3C H3C N NH N NH O
L-Lactato
LDH
COOHO C H CH3
LDH: Lactato deshidrogenasa Utiliza como cofactor NADH, el cual sale de la reaccin oxidado a NAD+. La regeneracin a NADH requerira otra enzima.
Isoenzimas: formas moleculares distintas de una enzima dentro del mismo organismo Hexokinasa: Presenta, al menos, cuatro formas distintas - Heptica - Cerebral - Muscular - Eritrocitaria
Las isoenzimas representan formas que tienen que ver con la diferenciacin celular, presentando distintas caractersticas funcionales.
Especificidad absoluta:
H2O
Especificidad de grupo:
R COOH + HO R'
Otras caractersticas de la accin enzimtica Eficiencia cataltica En ocasiones llega a ser enorme; con nmeros de recambio del orden de 108 s-1
Las enzimas que han llegado a este lmite reciben el nombre de Enzimas plenamente evolucionadas, ya que un incremento en la actividad no tendra sentido al superar la velocidad de difusin de los substratos.
Substrato y enzima se acoplan de forma estereospecfica, de la misma manera que una llave se ajusta a su cerradura. Modelo aceptado durante mucho tiempo; hoy se considera insuficiente al no explicar algunos fenmenos de la inhibicin enzimtica, por ejemplo
Modelo de Ajuste Inducido (Koshland) Tanto la enzima como el substrato sufren una alteracin en su estructura por el hecho fsico de la unin. Est mucho ms de acuerdo con todos los datos experimentales conocidos hasta el momento.
Teoras de la accin enzimtica, 3 La teora del Ajuste Inducido se ampla en la actualidad definiendo la accin enzimtica como Estabilizacin del Estado de Transicin
Segn lo cual, el Centro Activo enzimtico es en realidad complementario no al substrato o al producto, sino al estado de transicin entre ambos.
O R C O R'
Substrato: un ster
OR C O R' O-
O R C O
-
HO R'
Productos
Cofactor (Coenzima):
tomo, ion o molcula que participa en el proceso cataltico sin ser enzima ni substrato.
Los cofactores participan de dos maneras distintas: 1. A travs de una fijacin muy fuerte a la protena y salen sin ser modificados del ciclo cataltico 2. Como un segundo substrato; salen modificados del ciclo cataltico y por lo general requieren otra enzima para volver al estado original.
Los cofactores enzimticos suelen ser molculas complejas, que nuestro organismo no puede sintetizar, por lo general. Por esa razn muchos cofactores enzimticos deben ser, en todo en parte, ingresados con la dieta; muchos de ellos son, por lo tanto, vitaminas. Ni todos los cofactores son vitamnicos ni todas las vitaminas son cofactores enzimticos
Tiamina pirofosfato Flavinas: FAD, FMN Piridoxal fosfato Coenzimas cobamdicos Ac. Ascrbico NAD+, NADP+ Lipoamida Coenzimas folnicos Pantetenas (CoA, p.e.)
g-Carboxilacin
B1 B2 B6 B12 C PP
Nutricin Vitaminas LiposolublesEn este grupo entran las vitaminas A, D, E y K. Las mismas son solubles en los cuerpos grasos, son poco alterables, y el organismo puede almacenarlas fcilmente. Dado que el organismo puede almacenarlas como reserva, su carencia estara basada en malos hbitos alimentarios. VitaminaFuncin (interviene en)Fuente A Intervienen en el crecimiento, Hidratacin de piel, mucosas pelo, uas, dientes y huesos. Ayuda a la buena visin. Es un antioxidante natural.Hgado, Yema de huevo, Lcteos, Zanahorias, Espinacas, Broccoli, Lechuga, Radiccio, Albaricoques, Damasco, Durazno, Melones, Mamn D Regula el metabolismo del calcio y tambin en el metabolismo del fsforo.Hgado, Yema de huevo, Lcteos, Germen de trigo, Luz solar E Antioxidante natural. Estabilizacin de las membranas celulares. Protege los cidos grasos.Aceites vegetales, Yema de huevo, Hgado, Panes integrales, Legumbres verdes, Cacahuate, Coco, Vegetales de hojas verdes K Coagulacin sangunea.Harinas de pescado, Hgado de cerdo, Coles, Espinacas
Cofactores redox
Operan en procesos de transferencia electrnica, a veces como aceptores, a veces como donadores. - Cofactores piridnicos (NAD+, NADP+) - Cofactores flavnicos - Cofactores hemnicos - Ferredoxinas - Quinonas - c. Ascrbico - c. Lipoico - Glutatin
V i t a m i n a
Fuente
Participa en el funcionamiento del sistema nervioso. interviene en el metabolismo de glcidos y el crecimiento y mantenimiento de la piel.
Carnes, yema de huevo, levaduras, legumbres secas, cereales integrales, frutas secas.
B 1
Metabolismo de prtidos y glcidos Efectua una actividad oxigenadora y por ello interviene en la respiracin celular, la integridad de la piel, mucosas y el sistema ocular por tanto la vista. B 2
Metabolismo de prtidos, glcidos y lpidos Interviene en la circulacin sangunea, el crecimiento, la cadena respiratoria y el sistema nervioso.
B 3
Metabolismo de protenas y aminocidos Formacin de glbulos rojos, clulas y hormonas. Ayuda al equilibrio del sodio y del potasio. B 6
Yema de huevos, las carnes, el hgado, el rin, los pescados, los lcteos, granos integrales, levaduras y frutas secas
c i d o f l i c o
CONH2 + N OH CH2 OH O O OO O H H OH OH N N OH N
NH2 N
O P O P O CH2 H
NAD+
N N N
NH2 N
O P O P O CH2 OH H
NADP+
O O P O O-
AH2
A + H+
AH2 + NAD(P)+
A + NAD(P)H + H+
Flavina (Isoaloxazina)
O H3C N N CH2 H C OH N NH O
H3C
Ribitol
H C OH H C OH CH2 O OO P O-
Fosfato
O H3C H3C N N N O H 3C H 3C N N NH O H3 C H3 C NH N NH NH O NH O NH O
Forma oxidada
Forma reducida
Citocromos
Son protenas de tamao pequeo, que operan como transportadores monoelectrnicos debido a una transicin
Fe2+
Se distinguen tres tipos:
Fe3+
1. Citocromos A: Alto potencial redox (transportadores terminales) 2. Citocromos B: Bajo potencial redox 3. Citocromos C: Potencial redox intermedio (Se distinguen por su espectro caracterstico de absorcin)
Citocromo c
Cofactores quinnicos
O OH
Quinona
OH
Hidroquinona
AH2 A
Ubiquinona (Coenzima Q)
OH H H2C C HO HO
O O
OH H H2C C HO
O O
OH
AH2
COOH S S
c. Lipoico
Lipoamida
CO CH
Lys
NH
AH2
A
S S
CO SH SH
NH
CH
Lys
Dihidrolipoamida
g-Glu-Cys-Gly S
COO+
H3 N C H CH2 CH2
S g-Glu-Cys-Gly
CH2 S S CH2
CO NH CH CO NH CH2 COO-
CO NH CH CO NH CH2 COO-
2GSH + A
GSSG + AH2
O O-
CHO HOH2C N
O O P OOCH3
Piridoxal fosfato
CHO HOH2C N
O O P OO CH3
-
Piridoxal fosfato
Piridoxamina fosfato
Pteridina
H2N N OH N N H N N CO OH CH2 CH2
4-amino benzoico
C NH C H O COOn
c. Flico
Poliglutamato
H2N N
OH
c. Flico
Folato reductasa
Methotrexate
H2N N OH N N H NH N CO OH CH2 CH2 C NH C H O COO
-
c.Tetrahidroflico, THF
H2N N OH N NH H NH N CO OH CH2 CH2 C NH C H
DHF Reductasa
COOn
c.Dihidroflico, DHF
H2N N
NH N
OH
H2C N
OH
H2N N
OH H
N5 Formil THF
CH2CONH2 H NH2COCH2 N H3C NH2COCH2CH2 CH3 H NH2COCH2 H CH2 CH2 N CO O NH H CH2 H3C CH O OH P O OH O H CH3 H CH2OH N CH3 H3C CH3 NC Co+ N H3C CH3 N N H CH2CH2CONH2 CH3 H CH3
CH2CH2CONH2
HN
NH
Biotina
COOH
CO2
O HO C N NH
Carboxibiotina
S COOH
OC HN NH HN S CO NH CO Lys CH NH OC CH R' HN CH R
Biotinil- protena
c. Pantoico
CH3
b-Alanina
c. Pantotnico
CH3 CH3
c. Pantotnico
Cisteamina
Pantetena
Pantetena
H HS N C O
ADP
N O H H OH N N NH2 N
Coenzima A
O
-
O O-
O O H H OH OH N OH
NH2 N N
O P O P O P O CH2 OH
ACIDOS NUCLEICOS
Bases Nitrogenadas
DNA
RNA : tipos
Hemostasia
Vias de la coagulacin
Coagulacin
Hemostasia
HEMOSTASIA