cidos Nucleicos

Blgo. Csar Alexander Ortiz Rojas Laboratorio de Bioqumica y Biologa Molecular Facultad de Medicina - UNFV

ACIDO DESOXIRIBONUCLEICO (ADN)

Complementariedad Antiparalelo Curvaturas mayor y menor

Naturaleza de un nucletido:
H2O
Se libera una molcula de agua para la formacin de un enlace fosfoster.

La liberacin de una molcula de agua permite la formacin de un enlace glucosdico

H2O

No posee grupo hidroxil en la posicin 2

Nucletido Creado por la unin de uno o ms fosfatos

Nuclesido Azcar + base

Nuclesidos y nucletidos

Desoxitimidina

Desoxicitidina 5 monofosfato

Guanosina

ENLACE FOSFODISTER

Unin entre: 3 hidroxilo de la 2-desoxiribosa. Grupo fosfato del 5 hidroxilo. El esqueleto azcar-fosfato es una caracterstica regular de la estructura del ADN.

El enlace fosfodister imparte polaridad

Por convencin, las secuencias nucleotdicas se escriben de 5 a 3.

Cada base existe en dos estados tautomricos alternativos

La relacin de equilibrio de la forma predominante respecto a todas las dems es mayor de 99:1

APAREAMIENTOS WATSON -CRICK

GUANINA-CITOSINA

o Carbonilo C6 (aceptor)
o Nitrgeno en 1 (dador) o Amino en C2 (dador)

Amino en C4 (dador)
Nitrgeno en 3 (aceptor) Carbonilo en C2 (aceptor)

APAREAMIENTOS WATSON -CRICK

ADENINA-TIMINA

o Amino en C6 (dador)
o Nitrgeno en 1 (dador)

Carbonilo en C4 (aceptor)
Nitrgeno en 3 (aceptor)

Tautomerizacin de la citosina

La disposicin de dadores y aceptores de puentes de hidrgeno impiden la compatibilidad de citosina con adenina.

FACTORES QUE CONTRIBUYEN A LA ESTABILIDAD DEL ADN

Complementariedad entre bases Similar geometra entre pares de bases

La asociacin de las cadenas complementarias desplaza molculas de agua. Esto genera entropa.

 Interacciones de las nubes electrnicas de las bases. Las bases al ser planas y relativamente insolubles tienden a empaquetarse unas sobre otras.

LAS BASES PUEDEN DESPLAZARSE FUERA DE LA HLICE BASE FLIPPING

El ADN est doblado hacia la derecha

El giro del ADN engloba 10 pares de bases segn cristalografa de rayos X. En estado acuoso es de 10.5 pares de bases (experimento mica)

Dnasa I: cliva enlaces fosfodister

EXPERIMENTO MICA (1970)

Qu origina la curvatura mayor y menor del ADN?

El ngulo entre los enlaces glucosdico que los azcares de ambos nucletidos forman en un par de bases es de alrededor de 120, exponiendo las bases a una cara de la hlice (curvatura mayor).

La curvatura mayor es rica en informacin qumica

Cada par de bases expone distintos grupos donadores o aceptores de puentes de hidrgeno, o con potencial interaccin de Van der Wals.

Cada grupo expuesto identifica al par de bases:

- G:C A A D H - C:G H D A A - A:T A D A M - T:A M A D A Donde: A: Aceptor de puentes de hidrgeno D: Donador de puentes de hidrgeno H: hidrgeno apolar M: grupo metilo

El ADN puede existir en mltiples conformaciones

Estructura B Observado a elevada humedad Estructura promedio en condiciones fisiolgicas Posee 10 pares de bases por vuelta segn difraccin de rayos X. Posee una amplia curvatura mayor y una estrecha curvatura menor.

El ADN en las clulas difiere de la forma B en dos aspectos

1. En condiciones fisiolgicas son 10.5 pares de bases por vuelta

2. La estructura no es tan regular. Las bases nitrogenadas apareadas pueden formar un ngulo al girarse sobre si

Rotacin entre los planos de las bases difiere de la estructura Watson-Crick

Estructura A Observado a baja humedad Adoptado en ciertos complejos protena-ADN Posee 11 pares de bases por vuelta (rayos X) Su curvatura mayor no es tan amplia y ms profunda, mientras que la menor es menos estrecha y menos profunda La inclinacin de las bases respecto al eje es mayor.
Tambin observado en hbridos ADN-ARN y ARN-ARN

Estructura Z
El giro de este ADN es hacia la izquierda
La unin glucosdica entre azcar y base est en conformacin syn en los residuos de purina.

La alternancia de repeticiones purina-pirimidina (syn-anti) favorece esta estructura.

En solucin se forma en presencia de altas concentraciones de cationes.

anti syn

DENATURACIN Y REASOCIACIN DEL ADN

El ADN puede denaturarse a temperaturas y pH mayores a la fisiolgica, proceso denominado denaturacin (reversible).

Proceso explicado por la hipocromicidad de la doble hlice

 La secuencia del ADN determina la Tm Altas concentraciones de sales en el medio tambin tambin incrementan el Tm (los cationes estabilizan la repulsin de los grupos fosfato).

Baja concentracin de sal

Alta concentracin de sal

Topologa del ADN

Esta en funcin de los iones de los alrededores y de las protenas que forman complejos con el ADN. El ADN cadena lineal, debido a sus extremos libres, puede acomodarse a diferentes topologas segn la interaccin de las dos cadenas lo permitan. El ADN circular, debido a que estn covalentemente cerrados, tienen una topologa ms restringida.

o SUPERENROLLAMIENTO DEL ADN:

Ejemplo: En una cadena de 360 pb 36 vueltas Topologicamente se debe pasar 36 veces una de las cadenas sobre la otra para desenrollar totalmente la molecula. Este nmero es conocido como Twist number (Tw)

Torsin toroidal

# de torsiones (Writhing number, Wr) = # torsin plectonmica + # torsiones toroidales.

Torsin plectonmica

Linking number (Lk) = Wr + Tw

Lk = Lk de ADN circular en condiciones fisiolgicas.

 Tericamente existe el superenrollamiento negativo (Lk < 0) y el superenrollamiento positivo (Lk > 0). En bacterias y arqueas el superenrollamiento est encargado de la ADN girasa (topoisomerasa II).

Algunos antibiticos que actuan sobre bacterias como quinolonas, fluoroquinolonas y novobiocina, inhiben la accin de la ADN girasa.

 El superenrollamiento negativo es el que se encuentra en la mayora de bacterias y eucariotas. Esta topologia le permite al ADN guardar energa libre para los procesos de separacin del ADN (replicacin y transcripccin). El superenrollamiento positivo ha sido encontrada en microorganismos que viven a temperaturas extremas. Impide su denaturacin.

Topoisomerasa II (requiere ATP)

Topoisomerasa I (no requiere ATP)

Los topoisomeros del ADN pueden ser resueltos por electroforesis

ACIDO RIBONUCLEICO (ARN)

Contiene ribosa (OH en el 2).
Contiene uracilo (sin 5-metil de la timina). Usualmente de cadena simple.

Estructuras Stem-Loop

Hairpin Horquilla

Bulge Protuberancia

Loop Bucle
Pseudoknots

3 2 6 1

El apareamiento (no Watson-Crick) entre G:U favorece la estructura doble del ARN. La presencia del 2 hidroxilo previene que el RNA doble hlice adopte la forma del DNA B. La estructura asemeja ms al DNA A exponiendo menos los componentes qumicos de la curvatura mayor. Esto hace menos probable una interaccin protena-secuencia especfica.

El ARN puede formar estructuras terciarias

La causa principal es la libertad de rotacin de los enlaces fosfosdister en estas molculas. Esto puede favorecer apareamientos no convencionales, como un triple apareamiento de bases.

El ARN como biocatalizador

Llamadas ribozimas. Poseen un sitio activo. Un sitio de unin al sustrato. Sitio de unin a cofactores.

Rnasa P