7.

Enzimas

Catalizadores Biolgicos

Enzimas
Catalizador: Incremento en la velocidad de reaccin.

Enzimas: Hasta 1020 . Otros catalizadores 102-104 Con excepcin de algunos RNAs, todas las enzimas son protenas globulares. Son muy especficas y diferencian entre esteroismeros.

Velocidad de la reaccin
Depende de la energa de activation, DG

Energa de activacin
Cantidad de energa libre requerida para iniciar la reaccin, es decir para llevar a los reactivos al estado de transicin.

Estado de transicin
Tiene la cantidad necesaria de energa
Arreglo correcto de los tomos para dar los productos

Enzimas
Va alternativa de menor energa de activacin: Ms rpida.

No altera el cambio de energa libre estndar ni la constante de equilibrio.

Analoga
con enzima

Disminuye la energa de activacin requerida para que las molculas del sustrato alcancen la estado de transicin.

Por qu la energia requerida para alcanzar el estado de transicin es mas baja con la enzima?

Centro Activo o catalitico (El bolsillo magico)

(1) Estabiliza la transicin (2) Excluye agua (3) Grupos reactivos (4) Acercamiento y orientacion de R

Un ejemplo
Considere la reaccin
H2 O2 H2 O + O2

Condiciones de reaccin Sin catlisis Superficie de platino Catalasa

Energa de activacin (kJ/mol) 75,2 48,9 23,0

Tasa relativa 1 2,77 x 104 6,51 x 108

Qu afecta la actividad enzimatica?

Cintica Enzimtica
Para la reaccin

A+ B

La velocidad de la reaccin puede ser observada por la aparicin de productos o desaparicin de reactivos La velocidad de reaccin est dado por la ecuacin

D [A] D [B] _ _ Velocidad Rate = = Dt Dt

D[P] = Dt

Cintica Enzimtica
Para la reaccin

A+B
f g

Velocidad Rate = k [A][B]

k es una constante de proporcionalidad llamada constante especfica de velocidad de reaccin. Orden de reaccin: la suma de exponentes (f+g), muestra como la velocidad se ve afectada por concentracin de los reactivos.

Cintica Enzimtica
Considere la reaccin

A + B
1

C + D
1

Con la ecuacin determinada experimentalmente:

Rate = k[A] [B] Velocidad

Orden de la reaccin?

Respuesta = 2

Cintica Enzimtica
Considere la reaccin:
Glucgenon + Fosfato Glucosa 1-fosfato +Glucgenon-1 Con la ecuacin determinada experimentalmente: Velocidad= k[Glucgeno] [osfato] Orden de la reaccin?

Respuesta = 2

Cintica enzimtica
Muchas reacciones en bioqumica son de 1er y 2do orden.
Tambin existen las de orden 0:
La velocidad no depende de las concentraciones de los reactivos

sino de otros factores: Presencia de catalizador.

p.e: Cuando la concentracin de reactivos es tan alta que la enzima est saturada.

Unin enzima substrato

S: el reactante

El sitio activo
Pequea porcin de la enzima donde se une el substrato(s)... por fuerzas no covalentes (p.e, puentes de
hidrogeno, atracciones electrostticas, fuerzas de van der Waals)

y se realiza la catlisis.

Modelos de Unin
Describen la formacin del complejo enzimasubstrato.

Modelo Llave-Cerradura:

No es el vlido X

Ajuste inducido
La unin induce un cambio conformacional que resulta en la complementariedad.

Formacin de Producto

Ejemplo de Catlisis Enzimtica

Quimotripsina
Cataliza hidrlisis selectiva de enlaces peptdicos donde el carboxi es dado por Phe y Tyr.
Tambin hidrlisis de enlaces ster (modelo para ver comportamiento de la enzima).

Quimotripsina
Comportamiento de enzimas No Alostricas

Velocidad depende [S] hasta un punto

La velocidad de reaccin no cambia, la enzima esta saturada.

Curva hiperblica

Aspartato Transcarbamoilasa (ATCasa)

Comportamiento de enzimas Alostricas
Cataliza 1er paso en la formacion de CTP y UTP (DNA y RNA).

Reaccin catalizada:
Carbamoil fosfato + aspartato Carbamoil aspartato + HPO42-

Velocidad depende de [S] aspartato.

Enzimas Alostricas
Alostrica: Del griego alo (otra) y sterica (forma).

No siguen la cintica de M-M. Curvas sigmoidales.

Enzima Alostrica: Oligmero cuya actividad biolgica es afectada por otras sustancias que se unen a ellas.

ATCasa
Comportamiento Alostrico
Forma sigmoidal - caracterstica del alosterismo Se alcanza la mxima velocidad por un mecanismo diferente. Protenas alostricas:
Cambios sutiles en un sitio de la

protena afectan la estructura y

funcin en otro sitio alejado.

Cintica de Michaelis-Menten
Describe la velocidad de reaccin de muchas reacciones enzimticas de enzimas no alostricas.
Leonor Michaels (1875-1989) Maud Menten (1879-1960)

Cintica de Michaelis-Menten
La reaccin catalizada por enzimas puede ser resumida as:

Cintica de Michaelis-Menten
Siempre velocidad inicial = V0: an no ha habido conversin a productos. A bajas [S]: Primer orden

A altas [S]: Saturacin de la

enzima: Orden 0. Se alcanza V mxima

Ecuacin de Michaelis-Menten
V init = V max [S] KM + [S]

Michaelis-M equati

KM: Constante de Michaelis = [S] a la cual la Vini es

igual a la mitad de su Vmax (Vmax/2) alcanzable a una [E].
Relaciona: Velocidad inicial a cualquier [S] con velocidad mxima de una reaccin enzimtica.

Ecuacin de Michaelis-Menten
V init = V max [S] KM + [S] Michaelis-Menten equation

Tcnicamente esta ecuacin y KM slo aplicable para curvas hiperblicas (enzimas no alostricas).

Linearizando la ecuacin de M-M

Es difcil determinar Vmax experimentalmente

La ecuacin puede linearizarse tomando el recproco de cada lado

Vmax [S] V= KM + [S]

(an equation for a hy

1 V y

KM = Vmax = m

1 [S] x

+ +

1 Vmax b

Grfica del doble recproco (Lineweaver-Burk)

para obtener Vmax y KM

Cul es el significado de KM?

KM = [S] con 50% de los sitios activos de la enzima llenos. KM tiene unidades de concentracin. KM a menudo se aproxima a la cte de disociacin para ES. Mide que tan unido esta S a E (no siempre).
Cuanto ms grande el valor de KM, menos fuerte la unin entre S y E

Para comparar Actividad relativa de diferentes enzimas

Vmax dividida por varias unidades relativas a la enzima. Para preparaciones de enzimas impuras: Actividad especfica: Vmax/concentracin de protena

Para una enzima homognea: Nmero de recambio: Vmax/moles de enzima presente

Constante cataltica: kcat: Vmax/nmero de sitios activos Asumiendo que la enzima esta saturada con el sustrato y la reaccin se da a mxima velocidad

Constante Cataltica y KM
Enzima
Catalasa
Anhidrasa Carbnica

Funcin
Conversin de perxido en agua y O2
Hidratacin de CO2 Produccin de acetil colina Enz. Proteoltica

kcat*
4x107
1x106 1,4x104 1,9x102 0,5

KM**
25
12 9,5x10-2 6,6x10-1 6x10-3

Acetil colinesterasa Quimotripsina

Lisozima

Degrada pared celular de polisacridos de bacterias.

: Mol de S convertida a mol de P por seg. Unidades sg-1 **: Unidades de KM son milimolares

Actividad Cataltica
La cantidad de enzima es pequea y se mide por su actividad cataltica.

Unidades de actividad enzimticas:

1 micromol de sustrato transformado o de producto formado por minuto.

Inhibicin Enzimtica
Inhibidor Reversible: Se une de manera reversible
Inhibidor competitivo: se une al sitio activo y bloquea el acceso al sustrato

Inhibidor competitivo
Misma Vmax

Inhibidor no competitivo
No se une al sitio activo Inhibe la enzima por cambio en su conformacin.

Inhibidor no competitivo
Mismo KM

Enzimas Alostricas
Por qu hay enzimas alostricas?
Porqu existen mltiples formas para la estructura 4ria de la protena. Su actividad biolgica es afectada por otras sustancias que se unen a ellas. Efectores Alostricos ATCasa
Dmeros regulatorios
Trmeros catalticos

Efectores Alostricos
Inhibidores y Activadores

Activador: curva similar a la hiperblica. Inhibidor: Ms [S] para la misma velocidad de reaccin.

Modelos para el comportamiento de enzimas alostricas

Modelo Concertado

Modelo Secuencial

Zimgenos
Precursores inactivos que se activan por ruptura de 1 o ms enlaces covalentes. Quimotripsingeno Se produce en pncreas y se activa en intestino delgado. Tripsina: Cliva para producir Quimotripsina.

Sitio activo
Quimotripsina
Cataliza hidrlisis selectiva de enlaces peptdicos en el que el carboxi esta dado por Phe o Tyr. Es una serina proteasa. His 57, Serina-195 y Asp 102 se encuentran en el sitio activo.

Mecanismo de accin de los AA crticos en la Quimotripsina

El oxgeno de Ser es nuclefilo y ataca al grupo carbonilo del enlace peptdico

Especificidad de la enzima
Absoluta: cataliza la reaccin de un nico sustrato. Relativa: cataliza la reaccin de sustratos estructuralmente relacionados. Estereoespecificidad: cataliza una reaccin en la que un estereoisomero.

Clasificacin de las enzimas

1. Oxidoreductasas 2. Transferasas 3. Hidrolasas 4. Liasas 5. Isomerasas 6. Ligasas

Nombre de las enzimas

Nombre del sustrato - asa: Lipasa Amilasa Proteasa Luego segn tipo de reaccin: Deshidrogenasas Transferasas Nomenclatura del International Union of Biochemistry (IUB): Numrico y nombre.

1. Oxidoreductasas
+

B-Oxi A-oxi

A-red

B-red

Oxidacin
Prdida de electrones Ganancia de Oxgeno Prdida de Hidrgeno

Reduccin
Ganancia de electrones Prdida de Oxgeno Ganancia de Hidrgeno

Deshidrogenasas, Oxidasas, Peroxidasas, Reductasas, Monooxigenasas

1. Oxidoreductasas
Alcohol deshidrogenasa

2. Transferasas

B A

A*

B*

C1- transferasas, Glicosil-transferasas, Aminotransferasas, Fosfo-transferasas

2. Transferasas

3. Hidrolasas
+ A-B

H2O

H
+

OH
B-OH

A-H

Esterasas, Glicosidasas, Peptidasas, Amidasas

3. Hidrolasas
Carboxipeptidasa A

4. Liasas (sintasas)

+
A B

A-B

4. Liasas(sintasas)
Piruvato descarboxilasa

5. Isomerasas

A Iso-A

Epimerasas, Cis-trans isomerasas, Transferasas intermoleculares

5. Isomerasas
Malato Isomerasa

6. Ligasas (sintetasas)

AB

XTP

XDP

X dependientes de energia

6. Ligasas (sintetasas)
Piruvato Carboxilasa

Isoenzimas
Diferente estructura pero catalizan la misma reaccin. Aunque varan en la secuencia de AA son parecidas. Enzimas personalizadas: Requerimientos especficos del tejido o determinadas condiciones metablicas.

1era enzima de la gluclisis: Hexoquinasa y Glucoquinasa (hgado).