MICROBIOLOGA

AMBIENTAL

Introduccin a la
Ecologa Microbiana

Hot spring, Yellowstone

National Park, Utah

Microbial ecology is the study of microbial

relationships with other organisms and also with
their nonliving environments. These relationships,
based on interactive uses of resources, have effects
extending to the global scale. Prescott, 2004

Hebras de Ferroplasma
sp. creciendo en una
mina
abandonada
de
California, a pH 0. Slo
una membrana celular
separa a esta bacteria
ferrooxidante
de
su
ambiente extremo.

Las bacterias colonizan gran

cantidad de
ambientes, en los que pueden
establecer
biofilmes.

La Ecologa Microbiana es el
estudio de los ecosistemas que:
A. Estn constituidos en su
totalidad por microorganismos, o,
B.
Son
profundamente
microorganismos.

influenciados
por
estos

Es el estudio de la estructura,
composicin y fisiologa de las
comunidades microbianas en el
ambiente (suelo, aire, agua u
otros organismos).

La Ecologa Microbiana es el
estudio de las actividades y
conductas de los
microorganismos
en
sus
ambientes
naturales.
-Thomas D. Brock, descubridor
del Thermus aquaticus

El epitelio intestinal es
un microambiente
Bacteriano.

El concepto de Ecologa
Microbiana
se
englobaba
anteriormente dentro del ms
amplio
concepto
de
Microbiologa Ambiental.
Actualmente refleja ms el
hecho de que los MOs afectan
profundamente a su entorno
con
sus
actividades,
localmente
y
a
nivel
planetario.
El
ambiente,
ms
correctamente
definido
a
escala
microbiana,
es
el
microambiente donde crece el
MO.
La Microbiologa Ambiental se
ocupa ms de los procesos a
escala macro, sin considerar
en detalle los microambientes.
Hay
actualmente
una
tendencia a tomar el trmino
Ecologa Microbiana en forma
ms generalista, pero debe

Los ecosistemas y comunidades

microbianas
pueden
ser
muy
estables:
poblaciones
de
cianobacterias han formado mats
que constituyen el microambiente
de los estromatolitos, que se
consideran entre las formaciones
vivas ms antiguas. Son un buen
ejemplo de las interacciones entre

Los microorganismos se
agrupan
en
asambleas
funcionales llamadas en
ecologa poblaciones.
Las
poblaciones
de
diferentes
MOs
que
interactan entre s en un
(micro)ambiente,
forman
comunidades microbianas.
Las interacciones de los
MOs
con
otros
MOs,
macroorganismos
y
el
ambiente han permitido la
evolucin y el surgimiento
de
actividades
microbiolgicas
que
influencian el ambiente.
La
mayora
de
las
interacciones
son
beneficiosas
desde
el
punto de vista biolgico:
slo un reducido nmero
de MOs causan patogenia

El problema del cultivo

La imposibilidad de cultivar a
la mayora de las especies
microbianas,
en
especial
bacterias
y
arqueas
extremfilas, es un desafo
mayor en el rea de la
ecologa microbiana.
El desarrollo de herramientas
moleculares
como
la
secuenciacin de rDNA de 16S
y
los
enfoques
de
la
metagenmica
y
la
metaprotemica
estn
revolucionando
el
entendimiento
del
mundo
microbiano, la Ecologa y la
Biologa.

Focos de inters
El foco de inters de la Ecologa
Microbiana es el anlisis de comunidades
de
microorganismos
(MOs)
que
intervienen en, o, regulan procesos
naturales
que
afectan
la
vida
y
sobrevivencia del ser humano y otros
organismos en la Tierra.
Este enfoque la diferencia de la
microbiologa mdica, que se centra en
las especies patgenas o de importancia
clnica que son agentes etiolgicos de la
enfermedad.
Los MOs objetos de su estudio
perteneces a los tres Dominia biolgicos:

Impacto microbiano sobre la Biosfera

Los MOs constituyen la mayora
de la biomasa de la Biosfera (5 x
10 30 clulas, ocho rdenes de
magnitud
superior
que
las
estrellas
observables
en
el
universo, Whitman et al, 1998).
La
mayor
parte
de
la
biodiversidad
microbiana
permanece desconocida para el
ser humano.
Son el mayor sumidero biolgico
de C.
Controlan la fijacin de N2 y el
metabolismo
del
metano
y
participan en alguna parte de los
ciclos biogeoqumicos de los
dems elementos.
Realizan la mayora de la
fotosntesis (marina).
Son parte integral de la mayora
de las simbiosis.
Procesos de biodegradacin y
bio-remediacin.

Desarrollo
histrico
Everything is
everywhere, the
environment selects.
M.W. Beijerinck

Martinus
Beijerinck
(18511931).
Microbilogo
holands
fundador de la Escuela Delft de
Microbiologa de la Universidad
de Wageningen.
Uno de los padres de la
Virologa
(demostr
que
la
enfermedad del mosaico del
tabaco es causada por un agente
ms pequeo que una bacteria,
al cual bautiz virus- hoy el
TMV).
Descubri la fijacin de N2 por
simbiosis
entre
bacterias
y
leguminosas.
Descubridor de la reduccin de
sulfato-aislamiento de Spirillum
desulfuricans.

Rhizobium
leguminosarumm
colonizando una clula
radical de leguminosa.

Nicotiana tabacum
con la enfermedad
del mosaico y TMV.

Nitrosomonas sp. (Fuente: the

microbe zoo).

Sergei
Winogradsky
(18531953),
microbilogo ucraniano.
Descubridor
de
la
litotrofia
usando
Beggiatoa sp.
Describi el proceso de
nitrificacin
por
Nitrosomonas,
Nitrosococcus
y
Nitrobacter.
Realiz estudios sobre
bacterias
descomponedoras
de
celulosa,
fijacin
de
Beggiatoa, bacteria filamentosanitrgeno por Azotobacter
que oxida sulfuro de hidrgeno. y elaboracin de medios

Desarrollo moderno
La Ecologa Microbiana comenz su
desarrollo actual en la segunda mitad
del siglo XX.
El primer texto titulado como Ecologa
Microbiana apareci en 1966 (Brock).
Siguieron:
Experimental
Microbial
Ecology (Aaronson, 1970) y Microbial
Ecology (Alexander, 1971).
Revista Microbial Ecology (Springer
Verlag, desde 1974).

 El campo actual es amplio:

Autoecologa: (ecologa de
las poblaciones relacionadas
genticamente).
Ecologa
de
ecosistemas
especficos (lagos, biofilmes,
mats
(tapices,
tapetes),
microbiomas,
fuentes
volcnicas,
ocanos
profundos, etc.)
Asociaciones
especiales:
rizsfera y micorrizas.
Ecologa microbiana aplicada:
biorremediacin,
biotecnologa.
Ecologa
biogeoqumica
(biologa de los ciclos a nivel

Comunidades microbianas
Una comunidad es un ensamblaje
de mltiples especies que viven en
un ambiente contiguo y que
interactan entre s.
La biologa de las comunidades
analiza
cmo
stas
estn
estructuradas, cules son sus
interacciones funcionales y cmo
cambia
la
estructura
de
la
comunidad en el espacio y en el
tiempo.

Nivel de oxgeno: 21% Nivel de oxgeno: 10-15%

(bacterias aerobias)
(bacterias microaerbilas

El microambiente

Para un MO, el hbitat se

constituye
en
un
microambiente dentro del
cual puede ocupar su
nicho.
Las condiciones en el
microambiente
pueden
variar
rpidamente,
de
forma
que
slo
los
organismos
mejor
adaptados
pueden
establecer
poblaciones
resistentes en el tiempo.

Muchas
poblaciones
establecen
cooperacin
con otras especies en el

Nivel de
oxgeno:
0%
(bacterias
anxicas).

Bacterias
anaerobias
facultativas

A escala microbiana, una partcula de suelo

consiste de mltiples microambientes en
los cuales se distribuyen gradientes de
nutrientes o gases esenciales (fuente:
Brock, 12th edition).

DEFINICIONES

Organizacin de los
microorganismos en la naturaleza

Estructuracin ecolgica de los

microorganismos

microbiana

interacciones
microbianas en distintas reas de la
Biologa
ECOLOGA

BIOTECNOLOGA

SALUD HUMANA
INTERACCIONES
MICROBIANAS

ECOLOGA Y
BIODIVERSIDAD

AGRICULTURA

Interacciones biolgicas
Simbiosis
1. Mutualismo: una simbiosis
en la cual ambas especies
incrementan su grado de
fitness (aptitud biolgica).
2.
Comensalismo:
una
simbiosis en la cual uno de los
socios incrementa su fitness
sin afectar al otro.
3. Patognesis: una simbiosis
en
la
que
una
especie
Otras interacciones:
incrementa
su
fitness
a
4. Depredacin
expensas
de la otra.
5. Competencia

Atta cephalotes y su jardn

fngico y microbioma

Interacciones de los microorganismos

en los ciclos de los nutrientes
CICLOS BIOGEOQUMICOS

Los microorganismos tienen un papel clave en

el reciclado de los elementos (nutrientes),
especialmente carbono, azufre, nitrgeno y
hierro.
Un ciclo biogeoqumico es el resultado del
conjunto de los procesos biolgicos y qumicos
durante el reciclado de estos elementos
esenciales de los sistemas vivos.
Los nutrientes son transformados y reciclados
normalmente mediante reacciones de xido
reduccin
que
pueden
cambiar
las

CICLOS
BIOGEOQUMICOS
REACCIONES OXIDACIN-REDUCCIN (REDOX):
Aquellas en las que se produce un transferencia de
electrones desde un dador, el agente reductor (el
que se oxida), a un aceptor de electrones, el
agente oxidante (el que se reduce).

Transformaciones
Fsicas: Disolucin, precipitacin,
volatilizacin y fijacin.
Qumicas:
Biosntesis
,
biodegradacin
y
biotransformaciones oxido - reductivas.
Combinaciones de cambios fsicos y
qumicos.
Traslocacin espacial de materiales.
Microorganismos:
Ubicuidad,
diversidad
de
capacidades
metablicas
y
altas
velocidades

Pools o reservorios: Varias formas

qumicas de un elemento. Fuentes o
sumideros.
Ciclos globales: Depsito atmosfrico (C
y N). Relacionados con problemas
ambientales a gran escala.

Ciclos locales / edficos o sedimentarios:

depsito principal en la roca o en los
sedimentos (P).

CICLO DEL CARBONO

CARBONO:
Esqueleto de todas las molculas orgnicas.
Elemento ms prevalente en el material orgnico celular.
Forma inorgnica: CO2 (forma ms oxidada).
Forma orgnica: CH2O (formas reducidas).
Auttrofos o productores primarios (plantas. Algas,
cianobacterias, littrofos,y metangenos).
Hetertrofos: Animales, microorganismos descomponedores.

El Carbono en la Naturaleza
El carbono es un elemento no metlico que se
presenta en formas muy variadas.
Puede aparecer combinado, formando una gran
cantidad de compuestos, o libre (sin enlazarse con
otros elementos).
Combinado
En la atmsfera: en forma de dixido de carbono
CO2.
En la corteza terrestre: formando carbonatos, como
la caliza CaCO3.
En el interior de la corteza terrestre: en el petrleo,
carbn y gas natural.

En la materia viva animal y vegetal: es el

componente esencial y forma parte de
compuestos muy diversos: glcidos, lpidos,
protenas y cidos nucleicos.
En el cuerpo humano, por ejemplo, llega a
representar el 18% de su masa.

CICLO DEL CARBONO

Reservorio atmosfrico de CO2 (0.032% de la atmsfera, 700
billones de ton. de C).
Formas inorgnicas de C disueltas (CO2 , H2CO3 , HCO3 y CO3)
en agua superficial en equilibrio con el CO2 atmosfrico.
Biomasa viviente en ambientes terrestres y acuticos (450 500
billones de tons de C).

CICLO DEL CARBONO

Es un ciclo biogeoqumico por el cual el
carbono (C) se intercambia entre la biosfera,
litosfera, hidrsferas y la atmosfera de la
tierra.
Depende tanto de la actividad de los
microorganismos
como
de
los
macroorganismos y est estrechamente ligado
con el ciclo del oxgeno.
Ya que la fijacin de CO2 por fottrofos
oxignicos libera O2 y mucha de la materia
orgnica es oxidada a CO2 a travs de la
respiracin aerobia.
El C puede presentarse en formas reducidas,
como metano (CH4) y materia orgnica, y en

CICLO DEL CARBONO

CICLO BIOLGICO (RPIDO):
Comprende los intercambios de carbono
(CO2) entre los seres vivos y la atmsfera, es
decir, la fotosntesis, proceso mediante el cual
el carbono queda retenido en las plantas y la
respiracin que lo devuelve a la atmsfera.
CICLO BIOGEOQUMICO (LARGO):
Regula la transferencia de carbono entre la
hidrosfera, la atmsfera y la litosfera (ocanos
y suelo).

FOTOSNTESIS
nica va importante de produccin
de C orgnico nuevo en el planeta
procede de la fotosntesis y
quimiosntesis (fijacin de CO2 por
quimiolittrofos).
Organismos
fototrficos
se
encuentran en la base del ciclo de
C.

DESCOMPOSICIN
El C fijado fotosintticamente es
degradado finalmente por varios
organismos.
En la degradacin se observan dos
estados principales de oxidacin del C:
METANO
(CH4)
Y
DIOXIDO
DE
CARBONO (CO2).
METANO: por accin de metangenos.
CO2:
accin
de
diversos
quimiorgantrofos
mediante
fermentacin, por respiracin aerbica
o respiracin anaerbica.

CICLO DEL NITRGENO

Compuestos inorgnicos de N
oxidacin

Nro. De

Amonio (NH4+)
-3
Hidroxilamina (NH2OH)
-1
Intermediario en la oxidacin de NH3
Di - nitrgeno (N2)
0
Oxido Nitroso (N2O)
+1
Oxido Ntrico (NO)
+2
Nitrito (NO2-)
+3
Nitrato (NO3-)
+5

Formas de nitrgeno presentes en

el suelo (1m de profundidad).
N2: dinitrgeno, nitrgeno gaseoso : poros del suelo
N orgnico: tejidos animales y vegetales, clulas
microbianas, organismos del suelo, materia orgnica
(aminocidos, protenas, polmeros de la pared
celular,

aminoazcares,

vitaminas,

antibiticos,

cidos

nucleicos,

intermediarios

metablicos).
NH4+: amonio. solucin acuosa
NO3-: nitrato: solucin acuosa
Transformaciones

de

nitrgeno:

procesos

El ciclo del nitrgeno puede

ser dividido en tres subciclos:
Elemental: enfatiza las reacciones biolgicas de
oxidacin-reduccin. Interconversin del nitrgeno y
N2 en varias formas qumicas.
Fototrfico: toma del nitrgeno por la planta
(auttrofos), el nitrgeno inorgnico (NH4+, NO3-)
es convertido a formas orgnicas (constituyentes
celulares).
Heterotrfico: vinculado
descomposicin.

los

procesos

de

Los
seres
vivos
cuentan
con
una
gran
proporcin
denitrgenoen su composicin qumica.
El nitrgeno oxidado que reciben comonitrato(NO33) es
transformado a grupos aminocidos(asimilacin).
Para
volver
a
contar
con
nitrato
hacen
falta
que
losdescomponedoreslo extraigan de labiomasadejndolo en la
forma reducida deion amonio(NH44++), proceso que se llama
amonificacin; y que luego el amonio sea oxidado a nitrato,
proceso llamado nitrificacin.
As parece que se cierra el ciclo biolgico esencial.
Pero
el
amonio
y
el
nitrato
son
sustancias
extremadamentesolubles, que son arrastradas fcilmente por la
escorrenta y la infiltracin, lo que tiende a llevarlas almar.
Al final todo el nitrgenoatmosfrico habra terminado, tras su
conversin, disuelto en el mar.
Losocanos
seran
ricos
ennitrgeno,
pero
loscontinentesestaran prcticamente desprovistos de l,
convertidos en desiertos biolgicos, si no existieran otros dos
procesos, mutuamente simtricos, en los que est implicado el
nitrgeno atmosfrico(N22).
Se trata de lafijacin de nitrgeno, que origina compuestos
solubles a partir delN22, y ladesnitrificacin, una forma
derespiracin anaerobiaque devuelveN22a la atmsfera.

por

MEDIO TERRESTRE

MEDIO MARINO
ANIMALES

MINERA

FERTILIZACIN

ALIMENTACIN

EXCRECIN

DEPOSICIONES DE LAS AVES

PLANTAS Y CULTIVOS

YACIMIENTOS
MINERALES
DE FSFORO

EROSIN

DESCOMPONEDORES

AFLORAMIENTOS
DE AGUAS
PROFUNDAS

FONDO MARINO

Ciclo de Hierro

El ciclo del hierro consiste principalmente en reacciones de oxidoreduccin, que reducen el hierro frrico (Fe3+) a ferroso (Fe2+) y
oxidan este hierro ferroso a frrico.
Estas reacciones son importantes tanto para los compuestos
orgnicos que contienen hierro como para los compuestos
inorgnicos de dicho elemento.
Prcticamente todos los microorganismos con la excepcin de
determinados lactobacilos necesitan hierro, que es utilizado como
cofactor por muchas enzimas metablicas y protenas reguladoras
debido a su capacidad de existir en dos estados .
El Hierro se encuentra en la Litosfera en dos estados, el frrico
Fe3+y ferroso Fe2+.
Este bioelemento es utilizado por distintos seres vivos para formar
las cadenas decitocromosy asociado a protenas de transporte,
como laHemoglobina.
Determinadas bacterias anaerobias (Arqueobacterias) que viven en
ambientes pantanosos, pobres en oxgeno, reducen el hierro frrico
Fe3+a ferroso Fe2+que es asimilado por otros seres vivos ya que es
ms soluble.
En ambientes con oxgeno el catin ferroso pasa de forma

El hierro frrico se puede reducir en condiciones

anxicas a la forma ferrosa, ms soluble.

Si hay suficientes H2S se forman precipitados de sulfuro

de hierro. La inundacin del suelo crea las condiciones

anxicas que favorecen la acumulacin de hierro ferroso.

En ambientes aerbicos, la mayor parte del hierro esta

en estado frrico.
Diversas bacterias forman sideroforos, que unen al hierro

facilitando as la absorcin celular.

Algunos quimiolitotrofos oxidan hierro para formar
energa celular.
Estas bacterias oxidadoras del hierro pueden generar
grandes cantidades d este elemento.