Prsentation du PFE:

Documentation et extension
d'une librairie de traitement
d'images mdicales 3D et 4D
Mara Cristina GIMENEZ
1

Prsentation du PFE:
Documentation et extension d'une librairie de
traitement d'images mdicales 3D et 4D

Mon projet:
Mise en place dune Politique de Qualit :
- Analyse et documentation de lexistant
- Amlioration de lexistant
tout en applicant cette Politique de Qualit
afin doptimiser le travail dvelopp

Sommaire
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.

Introduction
Prsentation de lentreprise
Objectifs gnraux du stage
Phases de la Gestion du Projet
La Gestion Qualit
La Gestion du Temps
Conclusions

Introduction
Lieu: Service de Radiothrapie du
Centre Lon Brard

Dure: 4 mois (mai - sept 2006)

Encadrants:
INSA: Vasile Marian SCUTURICI
CLB: David SARRUT et Simon RIT

Prsentation de lentreprise(1)
1. Le Centre Lon Brard

Spcialis dans la cancrologie

Centre rgional
Priv, d'intrt public
3 missions:

les soins,

la recherche,

et l'enseignement.

Prsentation de lentreprise (2)

2. Le Service de Radiothrapie

Quest-ce que la Radiothrapie?

quipe pluridisciplinaire de recherche:

Physiciens

Mdecins

Informaticiens
Mission

Objectifs gnraux du stage

Mise en place d'une Politique de Qualit:
1. Analyse de l'existant
2. Documentation oriente utilisateur et dveloppeur
3. Amlioration de lexistant

La Gestion du Projet
Phases:
1.

tude de l'existant:

Architecture technique

Outils de visualisation des images

La librairie de traitement d'images ILR

Le partage des fichiers source

La documentation

2.

Analyse de besoins

Le partage des fichiers source

La documentation

La librairie ILR

3.

Choix de solutions

Pour le partage des fichiers source

Pour la documentation

Pour l'volution de la librairie ILR

8

tude de l'existant (1/5)

Architecture technique

8 postes
Architecture X86
Systme dexploitation Suse
Logiciels libres
Systme de fichiers NFS

tude de l'existant (2/5)

L'outil de visualisation des images: ViewVox

Dvelopp au sein du CLB

Visualisation des formats
.vox, .ppm, .pgm

Quelques notions sur les images numriques:

Dimension: 2D, 3D, 4D (3D+temps).. nD

Type de pixel: (unsigned) int, (unsigned) char, double, float

Image: matrice
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tude de l'existant (3/5)

La librairie ILR

2 classes principales:
- GridBase, purement virtuelle
- Grid<PixelType> hrite de GridBase
Dimension tablie selon le constructeur:
Grid(const int x, const int y, const bool allocate);
Grid(const int x, const int y, const int z, const bool allocate);

Plusieurs fonctions pour les mmes algorithmes:

template<typename GridType>
void gridMax(const GridType & input1, const GridType & input2, GridType & output););
template<typename GridType>
void gridMax(const GridType & input1, const double & val, GridType & output);
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tude de l'existant (4/5)

Le partage des fichiers source

CVS install sur la machine de Simon

(CVS: Concurrent Versions System)

Non accessible depuis lextrieur

Seulement utilis par Simon et David

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tude de l'existant (5/5)

La documentation

Presque inexistente au dbut du stage

http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut/ilr/

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Analyse de besoins
1.

Le partage des fichiers

Accs scuris

Accessible depuis lextrieur

Outil utilis par tous

2.

La documentation

Disponible en ligne

Syntaxe facile

Partie prive et publique

3.

La librairie ILR

Gnricit

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Choix de solutions (1/8)

Le partage des fichiers: CVS

Existant: celui install sur la machine de Simon

Nouveau: celui de CREATIS

Accessible depuis lextrieur du CLB

Accs scuris grce une cl crypte

Manuel dutilisation intgr dans la documentation

Faisant partie des outils de dveloppement courants

pour tous les dveloppeurs du Service de Radiothrapie

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Choix de solutions (2/8)

La documentation: le Wiki

http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio

Avantages

Scurit

Contenu

MAJ continue

16

Choix de solutions (3/8)

L'volution d'ILR: CLITK
a) Command

Line: (pareil que dans ILR)

./clitkImageResample -i toto.vox -o titi.vox --size 128,-1,-1 --iso_spacing 1 -v

b) Une autre librairie:

ITK

Traitement dimages avec C++ (comme ILR)

Beaucoup plus large quILR
Open-source software systme, large doc
Possibilit de lire de nouveaux formats de fichier (i.e: .vox !)

17

Choix de solutions (4/8)

L'volution d'ILR: CLITK
Quelques aspects importants dITK:

Image<PixelType, Dimension>

typedef unsigned char

const unsigned int
typedef itk::Image< PixelType, Dimension >

PixelType;
Dimension = 3;
ImageType;

Filtres

typedef itk::ImageFileReader< ImageType > ReaderType;

ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
const char * filename = argv[1];
reader->SetFileName( filename );
reader->Update();
ImageType::Pointer image = reader->GetOutput();
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Choix de solutions (5/8)

L'volution d'ILR: CLITK
Comparative entre ILR, ITK et CLITK:
ILR

ITK

CLITK

Grid<PT>

Image<PT,Dim>

GenericImage <PT,Dim>

3D ok, 2D avec bugs

Toutes les dimensions

Toutes les dimensions

Fonctions

Filtres

Filtres

.vox, .pgm, .ppm

Tous (.vox rajoutable!)

Tous (.vox inclus!)

Ligne de commandes

Rien

Ligne de commandes

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Choix de solutions (6/8)

L'volution d'ILR: CLITK
Dautres caractristiques de CLITK:

Ct utilisateur: Images gnriques (pixel type et

dimension inconnus)
lintrieur: Images non-gneriques et librairies dITK
Mmes outils que dans ILR mais plus de fonctionnalits
Structure assez standardise (dveloppement rapide et
facile reprendre pour le reste des dveloppeurs)

20

Choix de solutions (7/8)

L'volution d'ILR: CLITK
Structure des fichiers dun outil de CLITK:

21

Choix de solutions (8/8)

L'volution d'ILR: CLITK
Phases du dveloppement de CLITK:
David (tuteur du PFE):

Lecture des fichiers .vox

Moi

Algorithmes non gnriques de CLITK

Class pour grer les images gnriques
Reader et Writer pour lire/crire des images gnriques
Filtres gnriques (en particulier,
cliktImageResample et clitkImageArithm)
22

La Gestion Qualit (I)

4 axes:
1.

2.

Le Code:
Standard de code (intgr dans la doc)
Partage des fichiers: CVS
Plan de tests

La Documentation:
Pour le code : faite par le dveloppeur
Sur le Wiki : mme structure ILR et CLITK
Pour les comptes rendus

23

La Gestion Qualit (II)

3.

4.

La Scurit
Code (CVS)
Wiki (gestion des permissions faite par ladmin)

La Gestion du Temps
Respect des dlais
Planning Prvisionnel VS Planning Rel

24

La Gestion du Temps
Le planning prvisionnel VS le plannig rel:
MAI

Semaine 1

Semaine 2

Semaine 3

Semaine 4

Semaine 5

JUIN

Semaine 1

Semaine 2

Semaine 3

Semaine 4

Semaine 5

JUILLET

Semaine 1

Semaine 2

Semaine 3

Semaine 4

Semaine 5

AOT

Semaine 1

Semaine 2

Semaine 3

Semaine 4

Semaine 5

SEPTEMBRE

Semaine 1

Semaine 2

Nb de jours

Tche(s)

Installation ILR, renseignement ILR

Installation ILR, renseignement ILR

Renseignment Wiki. Doc partie IRL

Doc partie IRL

Doc partie IRL

Nb de jours

Tche(s)

Renseignement ITK

Renseignement ITK

CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK

CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK

CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK

Nb de jours

Tche(s)

CLITK, algorithms gnriques. Doc partie CLITK

CLITK, algorithms gnriques. Doc partie CLITK

CLITK, algorithms gnriques. Doc partie CLITK

CLITK, algorithms gnriques. Doc partie CLITK

CLITK, algorithms gnriques. Doc partie CLITK

Nb de jours

Tche(s)

CLITK, gnrateur de code. Doc partie CLITK

CLITK, gnrateur de code. Doc partie CLITK

CLITK, gnrateur de code. Doc partie CLITK

Doc soutenance PFE

Doc soutenance PFE

Nb de jours

Tche(s)

Rvision de la prsentation.

Rvision de la prsentation. Soutenance

25

Conclusions
1.

2.

3.

Intrt du projet
Ct CLB (Wiki, ILR, CLITK..)
Mon ct (1er stage, CNRS..)
Axes damlioration
Gnrateur de code
Gestion du Temps
Remerciements
26

Questions

27