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Estructura de protenas, 2:
Estructuras terciaria y cuaternaria.
Desnaturalizacin de las protenas
Plegamiento de las protenas
Estructura
terciaria
Peso
molecular
Ribonucleasa
Lisozima
Mioglobina
Seroalbmina
Fibringeno
Seroalbmina (urea 6 M)
Miosina
Tropocolgeno
13700
14400
17000
65000
330000
65000
620000
345000
Viscosidad
intrnseca, []
3.3
3.0
3.1
3.7
27.0
53.0
230
1150.0
Val
Leu
Ile
Efecto hidrofbico, 1
Efecto hidrofbico, 2
Residuos
hidrofbicos
Residuos
polares
Enlaces de
hidrgeno
CH2
Aceptores
HN
CH2
S,T
HO CH
R
C,M
H
CH2
E,G,N,Q
C
R
N CH2
H
H
Donadores
N
H
NH
NH2+
H
N C
H
N,Q
CH2
NH3
CH2 NH NH2
C
NH2
CH2
NH
HN
D,E
OOC CH2
S
S
H N
D,E
O C
N H
R
C O
H N
R
H N
C O
N H
O
O C
R
H N
C O
Difraccin de rayos X
Mapas de densidad
electrnica
Papana
Dominio N-terminal
Papana
Dominio C-terminal
Dominio de
inmunoglobulina
(VL)
L
H
H
L
Dominios
estructurales en la
Inmunoglobulina G
C1Q
C345C
CADHE
COL4C
COLFI
CYTR
EGF
FA58A
FBG
FN1
FN2
FN3
HEMOP
IGSF
KRING
LAMD4
LAMEG
LDLRA
LINK
LRR
MACPF
PKD
SOMAB
THYG1
VWFA
WAP
ZONAP
CQ
C3
CA
C4
CF
CR
EG
FA
FG
F1
F2
F3
HX
IG
KR
L4
LE
LA
LK
LR
MA
PK
SO
TY
VA
WA
ZP
C o m p l em e n t C 1 q C - t er m i n a l
C o m p l em e n t C 3 / 4 / 5 C - t e rm i n a l
Cadherin
C o l l a g e n I V C - t er m i n a l
F i b r i l l a r c o l l a ge n s C - t e r mi n a l
C y t o k i n e r e c ep t o r N - t e rm i n a l
E G F -l i k e
C o a g u la t i o n f a c to r s 5 / 8 t y p e A
F i b r i no g e n b e t a /g a m m a C - t er m in a l
F i b r o ne c t i n t y p e- I
F i b r o n e c t i n t y p e- I I
F i b r o n e c t i n t y p e- I I I
H e m o p e x i n- l i k e
I m m u n og l o bu l i n "s u p e r f am i l y"
Kringle
L a m i n i n d o m a i n I V ( B -t y p e)
L a m i n i n E G F -l i k e
L D L- r e c e p t o r c l a s s A
L i n k (H y a l u r on a n-b i n d i n g)
L e u c i n e-r i c h r e p e a t
M A C p r o t e i n s/ p e r f o r i n
P K D 1 -l i k e
S o m a t om e d i n B
T h y r o gl o b ul i n t y p e- I
v o n W i l l e br a n d f a c t o r t y p e A
W A P ( 4 -d i s u l fi d e c o r e )
Z o n a p e l l uc i d a d o m a i n
Algunos dominios
de protenas
extracelulares
Clase
I. Principalmente
II. Principalmente
III. y
IV. Sin estructura secundaria
Clase I: Principalmente
Arquitecturas:
Arquitecturas:
1. No fasciculada
2. Fasciculada
3. Pptidos pequeos
1. Cinta
2. Lmina
3. Rollo
4. Barril
5. Concha
6. Multicapa
7. Multicapa distorsionada
8. Trifolio
9. Prismas
10. Hlices (propellors)
11. Solenoides
12. Complejas
Clase III: y
Arquitecturas:
Arquitectura:
1. Rollo
2. Barril
3. Multicapa
4. Multicapa
5. Multicapa
6. Multicapa
7. Caja
8. Herradura
9. Compleja
1. Irregular
Mioglobina
C: Principalmente
A: No fasciculada
Citocromo c
C: Principalmente
A: Fasciculada
Porina
C: Principalmente
A: Barril
Hemopexina
C: Principalmente
A: Hlice (propellor)
Pectato liasa
C: Principalmente
A: Solenoide
Triosafosfato
isomerasa
C: y
A: Barril
Inhibidor de
ribonucleasa
C: y
A: Herradura
Lectina de
Pisum sativum
C: Sin estructura II
A: Irregular
Estructura cuaternaria
a) Ms de un N-trmino en la reaccin de Sanger
b) Disociacin apreciable en electroforesis ante
condiciones desnaturalizantes:
Protena nativa
Protena + SDS
+ mercaptoetanol
Hemoglobina
(forma desoxi-, T)
22
Concanavalina A
(homotetrmero)
Aspartato
transcarbamilasa
(C3)2(R 2)3
Glucgeno fosforilasa
(homotetrmero)
Agentes desnaturalizantes
I. Fsicos
1. Calor
2. Radiaciones
II. Qumicos: todos los agentes que rompen interacciones
o enlaces presentes en la estructura nativa de la protena:
1. Detergentes
2. Urea y guanidina a altas concentraciones
3. Altas concentraciones de sal y extremos de pH
4. Reactivos de grupos -SH
Agentes desnaturalizantes
HOCH2 CH2 SH
2-mercaptoetanol
CH2 SH
HOCH
HCOH
CH2 SH
Ditiotreitol (DTT)
NH2
C O
Urea
NH2
NH2
C NH Guanidina
NH2
O
O S OO
El proceso de desnaturalizacin
Viscosidad intrnseca, []
La desnaturalizacin
es un proceso
cooperativo
0
0
Temperatura (uu.arbitrarias)
10
12
C
Experimento de Anfinsen, 1
N
110
SH
SH
72
26
95
SH
65
58
110
84
C
95
40
26
Urea 8M
SH
40
Mercaptoetanol
65
SH
84
58
SH
SH
SH
72
Experimento de Anfinsen, 2
110
SH
SH
N
72
26
95
SH
SH
SH
84
40
58
65
SH
SH
Dilisis
65
58
110
84
C
95
SH
40
72
26
Protena
desplegada
(unfolded)
Glbulo
fundido
(molten globule)
Protena
plegada
(folded)
Paso 1:
Rpido (ms); nucleacin de la protena a travs de
las zonas hidrofbicas de la estructura, lo cual permite
la formacin de estructuras secundarias, disulfuros y
cis-prolinas. Hay enzimas que aceleran estos ltimos
pasos.
Paso 2:
Lento (s); Ya estn presentes todos los elementos de
estructura secundaria (hlices y lminas) y el interior
hidrofbico presenta una cierta movilidad, que queda
congelada al alcanzar el estado plegado
1. Fosforilacin
2. Acilacin (miristilacin)
3. Prenilacin
4. Glicosilacin (N- y O-)
5. Unin covalente a ubicuitina
6. Amidacin C-terminal
7. Carboxilacin dependiente de vitamina K
8. Escisin (Splicing) proteica
Fosforilacin
C O
O
HN
HC CH2 O P OO C
ONH
C O
O
HN
HC CH O P OO C
OCH3
NH
C O
HN
HC CH2
O C
NH
O
O P O-
Fosforilacin de
Ser, Thr y Tyr
O-
Acilacin (miristilacin)
H
C
O
R1
C
O
C
R2
Prenilacin
CO
HN
HC CH2 S
OC
NH
R1
CO
Secuencia consenso:
HN
R2
OC
C-{DENQ}-[LIVM]-X
NH
R3
COO
N-Glicosilacin
HOCH2
O
OH
OH
NH
HN C CH2 CH
CO
HN
R1
N C CH3
O
Secuencia consenso:
OC
NH
R2
CO
R3
OC
CH2 NH
N C
R1
Ub
O
CO
HN
H
(CH2)4 N C
OC
O
Ub Ub Ub
CH2 NH
O
NH
C N
(CH2)4
Residuo de
lisina
CO
H
HN
R4
OC
Ub
Ubicuitina:
Marca a las protenas
para su degradacin.
Amidacin C-terminal
NH2
O
O
NH
NH
O
CO
N
CH2
Secuencia consenso:
N
NH
TRH (Hormona liberadora de tirotropina)
X - G - [RK] - [RK]
NH
NH
R
CO
CO
HN
HC CH2 CH2 COOOC
NH
HN
HC CH2 CH COOOC
COONH
vit. K
R
CO
CO
-Carboxilacin de glutamato
(dependiente de vitamina K)
Extena
Intena
Extena
Intena
Extena
COOH
H2N
Extena
Transpeptidacin
Extena
Extena COOH
H2N
Intena