Anlisis de Flujos

Metablicos
Mtodo para estimar los flujos metablicos a
partir de tasas de consumo y produccin
medidas experimentalmente.

S M P
v1

v2

Utiliza modelos estequiomtricos de las vas y

balances de masa para metabolitos
intracelulares
Suposicin principal: estado estacionario del
metabolismo celular

Anlisis de Flujos
Metablicos
RNA

Se obtiene un
mapa de flujos
metablicos que
permite comparar
distintas
condiciones y
encontrar posibles
problemas en la va

P+ GLUC

SOD

0.042 0.006

0.006

aa
PROT
RIBU5P

nu
0.057

0.234

RIB5P

GLUC
0.559

4.611

0.325

0.177

GLUC6P

XIL5P

0.208

CARB

3.844

FRUC6P
SED7P

GAP

0.177

6.256

GLIC

3PG

0.029

6.151

PRO T

0.025

aa

SOD

0.004

RNA

GAP

2.232

E4P

FRUC6P

LIP

4.169

0.148

PEP

nu

0.105
0.029

4.130

ACET

0.102

LIP
0.063

0.137
0.166

AcCoAcit

aa

0.014

SOD
0.046

PRO T

4.267

RNA

0.022

AC

aa
0.079 MAL

O2

8.988

E 3.564

ADP
O2

PRO T

aa

0.025

0.138

aa

0.017

SOD

0.069

PRO T

0.247 AcCoAmit

nu
OAC

CO2

1.470

1.397

0.724

NH4 E

1.470

8.850

NH4
CO2 E

ISOCIT
1.470

1.397

ATP

0.048

1.470

0.174

0.025

PIR

SOD

0.028

aa

0.004

6.122

EtO H

0.019

FUM

AKG
1.349

1.349

SUC
1.345

SUCCoA

0.121

PRO T

aa

0.097

0.023

SOD

Anlisis de Flujos
Metablicos
Balances de masa:
CH4
O2

dCH
4
dO2

rCH4
rO2

dt

2CH4 3O2 2CO 4H2O

v1

1
CO O2 v2 CO2
2

rCO
rCO2
rH20

CO
CO2
H2O

rCH4 2v1

r 3v1 0,5v
2
dt O2
dCO r 2v v
CO
1
2
dt
dCO2
rCO2 v2
dt
dH2O
rH2O 4v1
dt

dY
Sv b
dt

Anlisis de Flujos
Metablicos

dY
dY
Estado
Estacionar
io
Sv b
0
dt
dt

S v

= b

rCH4
0
2
r
3 0,5

v O2
1
2
1 rCO

v2
r
1
CO2
0
rH O
4
0
2

Tasas especficas vector b

Positivas produccin
Negativas consumo
Matriz estequiomtrica S
Columnas reacciones
Filas compuestos

Ecuacin de Balance
Metablico
r
=

Sv

v : vector de flujos
r : vector de concentracin de metabolitos (flujos
medibles)
S: matriz de coeficientes estequiomtricos

Ejercicio 1

Sustrato (S)
1
Metabolito Intracelular 1 (A)
2

Metabolito Intracelular 2 (B)

4
Metabolito Intracelular 3 (C)
5

Producto 2 (P2) Producto 3 (P3)

Producto 1 (P1)

Reacciones

1
1.

A
2

2.

B
3

3.

P1
4

4.

C
5

5.

P2
6

Balance Estado Estacionario para

Metabolitos Intracelulares
A:

B:

C:

Matriz de Coeficientes
estequiomtricos

S v

S=

= b

-1

-1

-1

-1

-1

-1

B
C

S
P1
P2
P3

Ecuacin de Balance Metablico

Xs

-1

Xp1

Xp2

-1

-1

-1

-1

-1

Xp3

6 incgnitas, 3 metabolitos en estado estacionario

3 grados de libertad, hay que medir 3 metabolitos:
xs = -1
xp1 = 0.3
xp2 = 0.5

Ecuacin de Balance Metablico

-1

-1

0.3

0.5

-1

-1

-1

-1

-1

Resultado
1
2

0.3
0.7
0.5
0.2

4
5
6

Sustrato (S)
1
Met Int 1 (A)
1
Met Int 2 (B)

0.3
Producto 1 (P1)

0.7
Met Int 3 (C)
0.5
0.2
Producto 2 (P2) Producto 3 (P3)

Ejercicio 2
A

B
1

ATP

NADH

ADP
CO2

C
4

ADP
3

ATP

CO2

D
ATP

NADH
5

ADP

CO2
ATP

7
NAD+
H

NAD+
G

NADH
ADP

NAD+

Reacciones
1
1. A + ATP C + CO2
2
2. B + NAD+ C
3
3. C D + ATP
4
4. C E + CO2
5
5. D + ATP F + CO2
6
6. D G + NAD+
7
+
+ co-factores,
ATP Hcomo
+ NAD
OJO: 7.
ParesFde
ATP/ADP,
NADH/NAD+, etc. incorporan
coeficientes con signo opuesto e idntico en las ecuaciones estequiomtricas. Por lo
tanto, solo se incluye uno de los dos, para evitar aparicin de columnas linealmente
dependientes.

Balance Estado Estacionario para

Metabolitos Intracelulares
C:

1 + 2 - 3 - 4 = 0 1 + 2 = 3 + 4

D:

3 - 5 - 6 = 0 3 = 5 + 6

F:

5 - 7 = 0 5 = 7

ATP:

- 1 + 3 - 5 - 7 = 0
3 = 1 + 5 + 7

NAD+: - 2 + 6 + 7 = 0 2 = 6 + 7

Matriz de Coeficientes estequiomtricos

Ecuacin de Balance Metablico

r
=

V : vector de flujos
r : vector de flujos medibles
T: matriz de coeficientes estequiomtricos

Ecuacin de Balance Metablico

7 incgnitas, 5 metabolitos en estado estacionario

2 grados de libertad, hay que medir 2 metabolitos:
rA = -2
rB = -3

Ecuacin de Balance Metablico

Ecuacin de Balance Metablico

Resultado
A

B
2

NAD+

ATP

NADH

ADP
CO2

C
2

ADP
3

ATP

CO2

D
ATP

NADH
0.5

ADP

2.5

CO2
ATP

G
NADH

0.5

NAD+

ADP
H

NAD+