Microbiologa

marina
Curso Microbiologa Ambiental
Prof. Dbora Alvarado Iparraguirre
Lab. Microbiologa Molecular y Biotecnologa
 Extensin del ambiente
marino
Contiene el 97-98% de toda el agua en la
Tierra.
Es la mayor parte de la biosfera.
El 75% de los ocanos est por debajo de
1000m, a una temperatura constante de 3C
en promedio.
Las "trincheras" del mar llegan a
profundidades de 11 000 m, con presiones
de hasta 1000 atm
 Tradicionalmente, la investigacin se ha
centrado en zonas cercanas a la costa y los
ambientes estuarinos.
Las verdaderas regiones off-shore (> 1000 m
de profundidad),
incluye las regiones de aguas profundas y
pelgicas.
representa el 62% de la superficie de la Tierra.
representa el 98% del volumen de los ocanos.
Poco se conoce acerca de la microbiologa
en las profundidades
 DeLong & Karl, 2005
Nature 437:336

Selected milestones in marine microbial oceanography.

This timeline highlights a few of the advances and discoveries that have
influenced marine microbiology over the past 30 years.
Many important contributions could not be included simply owing to space
limitation. WGS, whole-genome shotgun sequencing. PCR applications have led to
more discoveries of novel microbial Lab.
groups notMolecular
Microbiologa shown here. QPCR, quantitative
PCR.
Condiciones para la vida
de los microorganismos
1. El pH, Eh, y temperatura de los sistemas
marinos tienden a ser estables.
2. Muchas bacterias similares a especies
que habitan ambientes de agua dulce o
terrestres pero con tolerancia a la
salinidad; pueden ser oligotrficos.
3. La mayora de los microorganismos en
sistemas marinos crecen lentamente.
4. Temperature optima of 0oC to 20oC
5. El perfil de microorganismos / mL en un
oceano es ms alto cerca de la superficie;
La temperatura y la luz limitan la capa del
sedimento.
Existe condiciones anaerbicas en regiones
donde el oxgeno ha sido utilizado por
actividad biolgica o qumica.
Los vientos volcnicos son nicamente
marinos.
8. Muchos microorganismos marinos crecen y
sobreviven en comunidades mixtas con
otros microorganismos, algas y plantas
superiores.
9. Biofilms de microorganismos son menos
comunes que en agua dulce y se
establecen de preferencia sobre superficie
inerte ptrea o quitinizada (exoesqueleto).
Reflejo de complejidad de hbitat a Pernthaler and Amann. 2005
461
microescala Microbiol Mol Biol Rev, 440
 Microbios componentes vitales del
ecosistema
Microorganismos marinos desarrollan la mitad de la
produccin primaria total del planeta.
Bacterias fotosintticas en el ocano producen
aproximadamente la mitad del O2 anual liberado.
El 95% de la respiracin que se realiza en los ocanos es
llevada a cabo por microorganismos.
La fijacin de N2 slo es llevada a cabo por bacterias.
El balance de elementos, estabilidad de la Tierra y los
ocanos dependiente de las bacterias.
Durante 2 billones de aos fueron la nica forma viva
Capacidad de supervivencia en ambientes extremos,
metabolismos flexibles.
 The size range of organic matter and
microbial interactions in the ocean

POC, particulate organic carbon

DOC, dissolved organic carbon
TEP, transparent exopolymer particle
Azam & Malfatti, 2007
Nature Reviews Microbiology 5, 782-791
Diagrama conceptual de
las caractersticas del
ciclo del nitrgeno en:
(I)plataforma costera y
upwelling.
(II) OMZs
(III) Aguas superficiales
del oceano abierto.
(IV) Aguas profundas.

PON, nitrg. org. particulado.

DON, nitrgeno org. disuelto. Zehr,2002
Appl Environ Microbiol 68:1015
OMZ, zona de oxigeno mnimo
 Diagrams of classical and present views of the N
cycle in the surface waters of oligotrophic oceans

(A) Some phytoplankton use simple organic compounds as a source of nitrogen.

(B) There are multiple species of phytoplankton (cyanobacteria) in the open ocean
that fix N2.
(C) Bacteria can compete for nitrate and ammonium.
(D) Bacteria can excrete urea and can be a source of high-molecular-weight DON.
(E). Some oceanic bacterioplankton fix N2.
Zehr,2002
Appl Environ Microbiol 68:1015
Interacciones entre columna de
agua y sedimento
MO nueva Columna de agua

Nutrientes MO
regenerados

Sedimento

Zona + activa interfase

Plancton costero > interaccin > riqueza

En la zona Pelgica el reciclado de nutrientes es lento por lo que los
organismos se hunden y llevan nutrientes esenciales al fondo.

Superficie limitada por nutrientes

Fondos ricos en nutrientes pero limitado por luz
Microorganismos en el sedimento
Alta diversidad
Atractivo para predadores
Presencia de microgradientes
Dinmica de particulas poco estudiada
Degradacin
Ingestin por otros organismos
Variacin estacional
Mecanismo de transferencia gentica potencialmente
disponibles
Microorganismos de superficie descienden hasta el
sedimento adheridos a partculas.
Gran abundancia
bacterias hetertrofas 3x109 cls/m2/da
 point where river
meets ocean
freshwater meets
saltwater
highly variable
pH, O2
conditions vary
over time
Regulacin del nmero de bacterias

Grandes incrementos en el fitoplancton originan

poco aumento en el nmero de bacterias

Predacin

Limitacin de recursos

Virus: impacto sobre la mortalidad bacteriana,

tambin sobre el fitoplancton
 En el microbial loop las bacterias heterotrofas y el resto del
picoplancton son predados por flagelados y ciliados.
Virus controlan el nmero de bacterias ayudando a la conservacin
de la diversidad.
Bacterias ms eficientes que fitoplancton en la captacin de
nutrientes.

Interacciones en el ambiente
Comensalismo
Competencia
Predacin
Consumidores de bacterias
Flagelados
Ciliados
Cladceros
Apendicularias
 Comestibles

Seleccin de tamao
de las poblaciones
bacterianas sometidas
a predacin

Pernthaler, and Amann. 2005

MMBR 440
FAGOS MARINOS: LOS VIRUS
MS ABUNDANTES DEL
MUNDO?
Microscopio de epifluorescencia y Citometra de flujo: 3x10 virus/mL en
ocano profundo y 10 en aguas productivas
8
6

TEM : 107 virus /mL

Disminuye con la profundidad y distancia a la costa.
Correlacin positiva con la productividad, nmero de bacterias y contenido de
clorofila.
Aumenta en sedimento y se han detectado hasta 100m de profundidad en el
mismo.
En el ocano profundo son menos abundantes.
Abundancia total no es indicativa de su infectividad.
Poco estudiado. No hay buenas estimaciones de la mortalidad de origen viral.
Ocasionan significativa mortalidad microbiana en un amplio rango de ambientes.
Los ambientes oligotrficos no han sido adecuadamente muestreados.
Los fagos transfieren 1 gen por cada 108 infecciones . Una de las tasas ms altas
de transduccin en el planeta.

Metagenoma : en 200 L de agua miles de genomas

en 1 kg de sedimento millones de genomas
Distribucin de los
microorganismos
pH tasa de sedimentacin
Condicionada por T profundidad de la columna de agua
factores ambientales O2 condiciones hidrogrficas locales
nutrientes luz
contaminacin
MO

Abundancia mayor en zonas costeras (105-106 bacterias/mL)

. Disminuye con la profundidad
. Aumenta en el sedimento (107-109 bacterias/g)

Bacteriologa de ambientes costeros: regeneracin de

nutrientes y degradacin de MO
Aportes material terrigeno y contaminantes
Residuos orgnicos

Planctologa 2007 - Nancy I. Lpez

Diversidad microbiana en el
mar
> Gram negativas y mviles
Aerobios o aerobios facultativos, Anaerobios estrictos.
Auttrofos y Hetertrofos
Hetertrofas
Pelagibacter ubique 25% de las clulas planctnicas. La ms
abundante. Largo: 0.37-0.89 m. Dimetro: 0.12-0.20 m.
Vibrio
Pseudomonas
Flavobacterium
Bacillus, actinomicetos, proteobacterias.
Anaerobias: Desulfovibrio, sulfatorreductores, metangenos
Auttotrofas
. Fotoauttrofas, Cyanobacterias: Prochlorococcus, Synechococcus
. Quimiolittrofas Nitrosococcus, Nitrosomonas, Nitrobacter,
Thiobacillus.
Planctologa 2007 - Nancy I. Lpez
Cianobacterias unicelulares marinas
Son uuas a travs de los oceanos tropicales y sub tropicales.
Son extremadamente abundantes (sobre 4x105 cls/mL)
Contribuye significativamene a la productividad primaria.
Prochlorococcus Synechococcus

Small (0.6 x 0.8 m) Larger (0.8 x 1.8 m)

divinyl chlorophylls a and b phycobilisomes

Images from http://ccmp.bigelow.org

Prochlorococcus and Synechococcus have differing seasonal
abundances in the Sargasso Sea

Durand et al., Deep Sea Research II 2001

Requerimientos nutricionales
de las bacterias marinas
Frecuente o absolute requirimientos de iones
sodio, potasio, magnesio.
Puede requerir in frrico y cloruro.
La mayora del material orgnico es
producido en la zona ftica, entre 100-300 m
de profundidad desde la superficie
Ms del 80% del material orgnico es
metabolizado antes que este pueda
descender a niveles ms bajos, el resto es
mineralizado en el sedimento superior.
Bacterias Oligotrficas
Estn adaptadas a la heterotrofa en
condiciones de bajas concentraciones
de nutrientes orgnicos
El crecimiento es inhibido por niveles
de altos de nutrientes.
Frecuentemente est asociado con
psicrotrofa o psicrofilia.
Presin
Se incrementa 1 atmsfera / 10 m
La bacterias baroflicas estn adaptadas a
presiones altas, y no puede tolerar
presin baja.
Las tasas de reaccin bioqumica se
incrementa conforme sube la presin
hasta ~100 atm, pero decrece a partir de
este lmite.
 Barometric Extremophiles

Classification Optimal Growth Range Depth

Growth Found
Barotolerant 1 atm Up to 400 atm 4 km
Barophile 500-600 atm Down to 1 atm 5-6 km
Extreme 700-800 atm Only above 700 Down to
barophile atm 11 km!
Barfilos
Poco se conoce acerca de la adaptacin de los
organismos a la presin.
Barfilos moderados muestran diferencias
estructurales en protenas transportadoras de
nutrientes.
Barfilos extremos son frecuentemente psicrfilos.
Debido a que se superpone la profundidad con la
temperatura?
Debido a las estrategias comunes para llevar a cabo la
actividad enzimtica y la reducida fluidez de membrana?
Temperatura
La mayora de las bacterias marinas tienen
temperaturas ptimas de crecimiento de
~18oC
Sin embargo la mayora de ambientes marinos
se encuentran entre 2-4oC
Se han observado variaciones de forma en
temperaturas bajas.
La Temperatura vara con la profundidad,
corrientes, proximidad a vientos hidrotermales.
Vientos volcnicos
Fueron descubiertas comunidades en estos
vientos en 1970s
Obtienen energa a partir de aguas ricas en
azufre de manera quimioautotrfica.
El agua de mar hace contacto con las capas de
basalto de la corteza, caliente a ms de 350 oC.
Las aguas tibias (aprox 25oC) o calienes (160-
350oC) fluyen a la superficie arrastrando azufre.
Salinidad
Las sales estn presentes en 36 ppm en agua
de mar.
El nitrgeno y fsforo son elementos menores
pero estn presentes en cantidad suficiente
para el metabolismo.
pH vara 7.0 y 8.5.
Solamente la disponibilidad de CO3- y HCO3-
son afectadas por el pH.
Microbiologa de
estuarios
Estuarios

Intermedio entre el mar, la tierra, y las

aguas dulces.
Usualmente es donde el ro encuentra al
mar, generalmente son aguas tranquilas.
Se caracteriza por los cambios rpidos
de salinidad, temperatura, niveles de luz.
Estuarios

El flujo del ro (menos denso) descansa sobre

el agua de mar (ms denso)

Ganancia neta de nutrientes

Mecanismo natural de concentracin de nutrientes.
Un flujo de agua separa las zonas de fotosntesis y
de respiracin.

El ecosistema es altamente productivo y

dinmico.
Estuaries - High Productivity
Relevancia Biolgica
Asimilacin de desechos.
Provisin de habitat
Fuente de alimento, concentracin de nutrientes
rea de desove y cra de varias especies.
Es importante en la pesca comercial

Uso Humano:
el vertido de residuos
dragado y llenado para dejar espacio para los
asentamientos humanos.
Waste Assimilation
Sediments carried by river currents can be
induced to settle by sudden changes in
flow

Chemical processes caused by meeting of

fresh and salt waters causes sediment
and clay particles to flocculate and
precipitate
Waste Assimilation - Heavy
Metals
Heavy metals become locked in sediment
particles and settle out
Prevents heavy metals from reaching ocean
Natural processes slowly release metals from
sediment layer into circulation at acceptable rates

Disturbing of estuary sediment layers by

human activity causes problems due to rapid
release of large amounts of heavy metals
Provision of Habitat
High nutrient levels and high
productivity attract a variety of
organisms
in the body of the water
water surface
within or above sediment layers
amongst floating vegetation
High Primary Productivity
High nutrient input from plant sources
Shallow waters receive ample light for
photosynthesis

Used by bacteria and microorganisms,

aquatic and planktonic plants
eg diatoms
Estuary Ecosystems
Input of nutrients from surrounding
vegetation produces, and is essential to,
high productivity levels seen in estuaries

Despite abundance of food from plant

materials, estuaries have little species
diversity due to salinity and temperature

Young, unstable ecosystems

Adaptation to Estuary
Habitats
Interface between fresh and marine
habitats results in brackish environment
0.5 - 30 ppt salt
Some organisms have adapted to mild
salt conditions
Most organisms in estuaries come from
either salt or fresh water origins
Adaptations to Salinity
Euryhaline organisms withstand a large
range of salinities

Stenohalines tolerate a narrower range

low salinites restricted to freshwaters
high salinites restricted to marine waters

Adaptations generally involve regulation of

osmotic balance through ions, volume
Microbiology of Estuaries
Rapid and frequent variations in physical
and chemical properties lead to unique
microbial communities

Epiphytic microbial communities in

estuaries are extremely large, may exceed
biomass of the plants themselves

Consist of algae, diatoms and bacteria