Karp 7a c03 Bionergetica Enzimas Metabolismo

BIOLOGA CELULAR Y MOLECULAR
Captulo 3. Bioenergtica, enzimas y metabolismo
Captulo 3
Bioenergtica, enzimas y
metabolismo
3.1 Bioenergtica
3.2 Enzimas como catalizadores biolgicos
McGraw-Hill Interamericana Editores
3.3 Metabolismo
Todos los derechos reservados.
PERSPECTIVA HUMANA:
El problema creciente de la resistencia a
antibiticos
Figura 3.1 Ejemplos de transduccion de energia. (a) Conversion de energia electrica en energia
mecanica; (b) conversion de energia quimica en mecanica y termica; (c) conversion de energia
quimica en energia luminica.
Figura 3.2 Un cambio en la energa interna de un sistema. En este ejemplo, el sistema se definir
como una hoja particular de una planta. (a) Durante el da, se absorbe la luz solar mediante los
pigmentos fotosintticos en los cloroplastos de la hoja y se usa para convertir CO2 en carbohidratos,
como la molcula de glucosa que se muestra en el dibujo (que luego se incorpora a sacarosa o
almidn). Conforme la clula absorbe luz, su energa interna aumenta; la energa presente en el resto
del universo debe disminuir. (b) Por la noche, la relacin energtica entre la clula y sus alrededores
se invierte cuando se oxidan hasta CO2 los carbohidratos producidos durante el da en las
mitocondrias y se usa la energa para realizar las actividades nocturnas de la planta.
Figura 3.3 Fenmenos que se acompaan

por un aumento en la entropa del universo.
(a) Un cubo de azcar contiene molculas de
sacarosa en una disposicin muy ordenada,
con libertad de movimiento restringida.
Conforme el cubo se disuelve, aumenta
mucho el movimiento de las molculas de
sacarosa y su movimiento aleatorio hace que
se distribuyan de manera uniforme en todo
el espacio disponible. Una vez que esto
ocurre, no habr mas tendencia a la

redistribucin, y la entropa del sistema llega
a su mximo. (b) Las molculas de azcar

que se dispersan al azar en una solucin
pueden regresar a su estado ordenado, pero
solo si se aumenta la entropa de sus
alrededores, como ocurre cuando las
molculas ordenadas de agua de la fase
liquida se desordenan despus de la
evaporacin.
Figura 3.4 Cuando el agua se congela, su entropa disminuye porque las molculas de agua en
el hielo se encuentran en un estado ms ordenado, con menor libertad de movimiento que en
estado lquido. El descenso en la entropa resulta muy aparente en la formacin de un copo de
nieve. (c Nuridsany y Perennou/Photo Researchers, Inc.)
Figura 3.5 Hidrolisis del ATP. El trifosfato de adenosina (ATP) se hidroliza como parte de
muchos procesos bioqumicos. En la mayor parte de las reacciones, como se muestra aqu, el
ATP se hidroliza hasta ADP y fosfato inorgnico (Pi), pero en algunos casos (no mostrados) se
hidroliza a AMP, un compuesto que solo tiene un grupo fosfato, y pirofosfato (PPi). Estas dos
reacciones tienen la misma Go de 7.3 kcal/mol (30.5 kJ/mol).
Figura 3.6 Algunos elementos que intervienen en la hidrlisis del ATP. En la clula se puede
utilizar la energa obtenida de la hidrlisis del ATP para: (a) separar cargas a uno y otro lados de
la membrana, (b) concentrar un soluto particular dentro de la clula, (c) dirigir una reaccin
qumica que en otras circunstancias no sera favorable, (d) deslizar filamentos entre s como
ocurre durante el acortamiento de un miocito, (e) donar un grupo fosfato a una protena y as
modificar sus propiedades y prepararla para obtener la respuesta buscada. En este caso, los
grupos fosfato agregados constituyen sitios de unin de otras protenas.
Figura 3.7 Estado estacionario frente a

equilibrio. (a) Mientras esta ameba pueda
captar nutrientes del exterior, puede
obtener la energa necesaria para mantener
las concentraciones de compuestos en un
estado estacionario, el cual puede estar
alejado del equilibrio. Las concentraciones
de ATP y ADP en el estado estacionario se
indican con los puntos coloreados y el
histograma. (b) Cuando la ameba muere, las
concentraciones de ATP y ADP (as como

otros compuestos bioqumicos) se desplazan
hasta alcanzar sus proporciones de

equilibrio.
Figura 3.8 Energa de activacin y reacciones enzimticas. Aunque la formacin de glucosa 6-fosfato es una reaccin
favorecida por sus caractersticas termodinmicas (Go 4 kcal/mol), los reactivos deben tener energa suficiente
para alcanzar un estado de transicin en el que puedan producirse los reajustes atmicos necesarios para que ocurra la
reaccin. La cantidad de energa requerida se conoce como energa de activacin (EA) y se representa por la altura de
la curva. La energa de activacin no es un valor fijo, sino que vara con la va de reaccin particular. EA se reduce
mucho cuando los reactivos se combinan con un catalizador enzimtico. (Este diagrama muestra un mecanismo
sencillo de reaccin en un paso. Muchas reacciones enzimticas ocurren en dos o ms pasos que dan lugar a la
formacin de intermediarios [como en la figura 3.13]. Cada paso de la reaccin tiene una EA distinta y un estado de
transicin separado.)
Figura 3.9 El efecto del descenso de la energa de activacin en la velocidad de una reaccin.
Las curvas con forma de campana indican el contenido energtico de una poblacin de
molculas presente en una mezcla de reaccin en dos temperaturas distintas. El nmero de
molculas reactivas que tienen energa suficiente para que se produzca la reaccin aumenta
por calentamiento de la mezcla o con la adicin de un catalizador enzimtico. El calor aumenta
la velocidad de reaccin porque incrementa el contenido energtico de las molculas, mientras
que la enzima lo hace porque reduce la energa de activacin necesaria para que ocurra la
reaccin.
Figura 3.10 Formacin de un complejo

enzima-sustrato. Esquema de la
reaccin catalizada por la piruvato
cinasa (fig. 3.24) en la que los dos
sustratos, fosfoenolpiruvato (PEP) y
ADP, se unen con la enzima para
formar un complejo enzima-sustrato
(ES), lo cual conduce a la formacin de
los productos, piruvato y ATP.
Figura 3.11 El sitio activo de una enzima. (a) Representacin

esquemtica del sitio activo de la enzima ribulosa bisfosfato
carboxilasa oxigenasa que muestra los diversos sitios de interaccin
entre los sustratos unidos (RuBP y CO2) y ciertas cadenas laterales de
aminocidos de la enzima. Adems de determinar las propiedades
de unin con el sustrato del sitio activo, estas interacciones no
covalentes alteran las propiedades del sustrato en formas que
aceleran su conversin en productos. (b) Un mapa de densidad
electrnica del sitio activo de una timidina cinasa viral con el
sustrato, desoxitimidina, que se muestra en el centro del mapa
(flecha). La malla azul indica los alcances externos de los orbitales
electrnicos de los tomos que componen el sustrato y las cadenas

laterales de la enzima, lo que muestra una representacin visual del
espacio ocupado por los tomos del sitio activo. (c,d) Ejemplos del
ajuste preciso que ocurre entre partes de una enzima y un sustrato
durante la catlisis. Estos dos ejemplos muestran la estrecha relacin
espacial entre (c) un cido glutmico (amarillo) y (d) una histidina
(verde) de la enzima triosafosfato isomerasa y el sustrato (rojo). (a:
D.A. Harris, Bioenergetics at a Glance, p. 88, Blackwell, 1995. b: de D. G. Brown,
M. R. Sanderson et al., Nature Str. Biol. 2:878, 1995; c-d: de J. R. Knowles, Nature
350:122, 1991; b-d: reimpresas con autorizacion de Macmillan Publishers Ltd.)
Figura 3.12 Tres mecanismos por los cuales

las enzimas aceleran las reacciones. (a)
Mantenimiento de la orientacin precisa del
sustrato, (b) cambio de la reactividad del
sustrato mediante la modificacin de su
configuracin electrosttica, (c) aplicacin de
tensin fsica en los enlaces del sustrato que
deben romperse.
Figura 3.13 Diagrama del mecanismo cataltico de la quimotripsina.

La reaccin se divide en dos pasos. (a) El tomo electronegativo de
oxigeno de un residuo de serina (Ser 195) en la enzima, que porta una
carga negativa parcial, realiza un ataque nucleofilico sobre el atomo
del carbono carbonilo del sustrato, el cual tiene una carga positiva
parcial, y esto rompe el enlace peptdico. El sustrato polipeptdico se
muestra en azul. La serina se vuelve mas reactiva por un residuo de
histidina (His 57) cercano que atrae al protn de la serina y luego
dona el protn al tomo de nitrgeno del enlace peptdico dividido. La
histidina es capaz de hacer esto porque su cadena lateral es una base
dbil capaz de ganar y perder un protn al pH fisiolgico. (Una base
ms fuerte, como la lisina, permanecera con sus protones completos
en este pH.) Parte del sustrato forma un enlace covalente transitorio
con la enzima mediante la cadena lateral de la serina, mientras que el
resto del sustrato se libera como el primer producto. (Puede notarse

que los residuos de serina e histidina se sitan a 138 aminocidos de
distancia entre si en la secuencia primaria, pero se aproximan dentro

de la enzima por el plegamiento del polipptido. Un cido aspartico,
el residuo 102 que no se muestra, tambin participa en la catlisis
porque influye en el estado inico de la histidina.) (b) En el segundo
paso, el tomo de oxigeno electronegativo de una molcula de agua
desplaza al sustrato unido en forma covalente a la enzima, lo que
regenera la molcula de enzima libre. Como en el primer paso, la
histidina participa en la transferencia de protones; en este paso el
protn se retira del agua, lo que lo vuelve un nucleofilo mucho ms
fuerte. Luego, el protn se dona al residuo de serina de la enzima.
Figura 3.14 Un ejemplo de ajuste inducido. Cuando una molcula de glucosa se une con la
enzima hexocinasa, la protena experimenta un cambio de conformacin que encierra al
sustrato dentro de la cavidad del sitio activo y alinea los grupos reactivos de la enzima y el
sustrato. (Por cortesa de Thomas A. Steitz, Yale University.)
Figura 3.15 Mapa de densidad electrnica

de un solo puente de hidrogeno (lnea verde
punteada). Este mapa muestra una parte
muy pequea de la enzima proteoltica
subtilisina a resolucin atmica (0.78 A). Se
observa que el tomo de hidrogeno
(amarillo) es compartido entre un tomo de
nitrgeno en el anillo de un residuo de
histidina y un tomo de oxigeno de un
residuo de cido asprtico. (Tomada de Peter
Kuhn et al., Biochemistry 37:13450, 1998,

cortesa de Richard Bott; c 1998 American
Chemical Society.)
Figura 3.16 Mioglobina: la pelcula. En este ejemplo de cristalografa por

rayos X resuelta en tiempo, se determin la estructura de la mioglobina
(Mb) con una molcula de CO unida al grupo hemo y en varios momentos
despus de la liberacin de la molcula de CO. (El CO se une al mismo sitio
de la Mb que el O2, pero es ms adecuado para estos tipos de estudios.) La
liberacin de CO se indujo al mismo tiempo en todo el cristal mediante la
exposicin a un destello de luz lser (fotolisis). Cada una de las estructuras
se determin despus de un solo pulso intenso de rayos X proveniente de un
sincroton. La molcula de mioglobina en estudio tena una sola sustitucin
de aminocido que la haca un mejor sujeto para el anlisis. (a) Un corte de
6.5 A de espesor a travs de la molcula Mb muestra los cambios que
ocurren en 100 picosegundos (1 ps = la billonsima parte de un segundo)
despus de la liberacin de CO de su sitio de unin. La estructura de Mb
antes del destello de laser se muestra en magenta y la estructura de la
protena 100 ps despus del destello laser se muestra en verde. Las partes
de la molcula que no cambiaron de estructura en este periodo se ven en

blanco. Pueden observarse tres desplazamientos a gran escala cerca del sitio
de unin con CO (indicados por las flechas amarillas). (b) Una vista
aumentada de la regin del recuadro en la parte a. El CO liberado (circulo
completo) se sita a unos 2 A de su sitio de unin original (circulo punteado).
El desplazamiento de CO se acomoda con la rotacin de Phe29, que empuja
a His64 hacia fuera, el que a su vez desplaza a una molcula de agua unida.
(c) A los 3.16 nanosegundos despus del destello laser, la molcula de CO
migro a una de las dos posiciones mostradas (marcadas 2 y 3), Phe29 e His64
se relajaron a sus estados iniciales, y el grupo hemo sufri un
desplazamiento considerable, como indica el sombreado verde ms grande
en la regin del hemo. (Tomada de Friedrich Schotte et al., Science
300:1946, 2003; c 2003 reimpresa con autorizacin de AAAS.)
Figura 3.17 Relacin entre la velocidad de una reaccin catalizada por una enzima y la
concentracin del sustrato. Como cada molcula es capaz de catalizar solo cierto nmero de
reacciones en un tiempo determinado, la velocidad de la reaccin (casi siempre expresada
como moles de producto formados por segundo) se aproxima a la velocidad mxima conforme
se eleva la concentracin de sustrato. La concentracin de sustrato a la cual la reaccin alcanza
la mitad de su velocidad mxima (Vmax/2) se llama constante de Michaelis, o KM.
Figura 3.18 Una grfica de Lineweaver-Burk de los recprocos de la velocidad y la

concentracin de sustrato a partir de la cual es fcil calcular los valores de Vmax y KM.
Figura 3.19 Dependencia de la velocidad de una reaccin catalizada por enzima de (a) el pH y (b) la temperatura. La
forma de las curvas, y el pH y temperatura ptimos varan con la reaccin particular. (a) Los cambios en el pH afectan
las propiedades inicas del sustrato y la enzima, as como la conformacin de la enzima. (b) A temperaturas ms bajas,
la velocidad de la reaccin se eleva cuando aumenta la temperatura por el incremento energtico de los reactivos. Con
temperaturas ms altas, este efecto positivo se contrarresta por la desnaturalizacin de la enzima. (a: tomada de E. A.
Moelwyn-Hughes, en the Enzymes, J. B. Sumner y K. Myrback, Eds., Vol. 1, Academic Press, 1950. b: tomada de K.
Hayashi et al., Journal Biochem 64;93, 1968, con autorizacin de Oxford University Press.)
Figura 3.20 Inhibicin competitiva. Por su

similitud molecular, los inhibidores
competitivos son capaces de competir con el
sustrato por un sitio de unin en la enzima.
El efecto del inhibidor competitivo depende
de las concentraciones relativas del inhibidor
y el sustrato.
Figura 3.21 Los efectos de inhibidores en la cintica de las enzimas. Se muestra el efecto de
los inhibidores competitivos y no competitivos cuando la cintica de la reaccin se grafica
como velocidad de la reaccin frente a la concentracin del sustrato (a) o su reciproco (b). El
inhibidor no competitivo reduce la Vmax sin afectar la KM, mientras que el inhibidor
competitivo aumenta la KM sin afectar la Vmax. (No se exponen los casos ms complejos de
inhibidores no competitivos o mixtos.)
Figura 3.22 Tres etapas del metabolismo. Las vas catablicas (flechas verdes hacia abajo)
convergen para formar metabolitos comunes y conducen a la sntesis de ATP en la etapa III. Las
vas anablicas (flechas azules hacia arriba) inician a partir de unos cuantos precursores en la
etapa III y utilizan ATP para sintetizar una gran variedad de materiales celulares. Las vas
metablicas para los cidos nucleicos son ms complejas y no se muestran aqu.
Figura 3.23 El estado de oxidacin de un tomo de carbono depende de los otros tomos con
los que est unido. Cada tomo de carbono puede formar un mximo de cuatro enlaces con
otros tomos. Esta serie de molculas sencillas de un carbono ilustra los diversos estados de
oxidacin en los que puede existir un tomo de carbono. En su estado ms reducido, el
carbono se enlaza con cuatro hidrgenos (forma metano); en su estado ms oxidado, el tomo
de carbono est unido con dos oxgenos (forma dixido de carbono).
Figura 3.24 Los pasos de la glucolisis.

Figura 3.25 Perfil energtico de la glucolisis en el musculo cardiaco. Los nmeros en los
escalones corresponden a las reacciones de la glucolisis de la fi gura 3.24. Todas ellas estn en
equilibrio o en un punto cercano al mismo, excepto las catalizadas por hexocinasa,
fosfofructocinasa y piruvato cinasa (reacciones 1, 3 y 10) que presentan grandes diferencias en
la energa libre. (Con autorizacin de Voet, Voet, Pratt, Fund of Biochemistry 4e. Material
reproducido con autorizacin de John Wiley & Sons, Inc.)
Figura 3.26 La transferencia de energa durante una oxidacin qumica. La oxidacin de gliceraldehido 3-fosfato a 3-
fosfoglicerato, que es un ejemplo de la oxidacin de un aldehdo hasta un cido carboxilico, ocurre en dos pasos
catalizados por dos enzimas. La primera reaccin (partes a y b) esta catalizada por la enzima gliceraldehido 3-fosfato
deshidrogenasa, que transfiere un ion hidruro (dos electrones y un protn) del sustrato al NAD_. Las molculas de
NADH, una vez reducidas son desplazadas por las molculas de NAD_ desde el citosol (a) y el sustrato unido es
fosforilado y liberado (b). La segunda reaccin (parte c), catalizada por la enzima fosfoglicerato cinasa, es un ejemplo
de una fosforilacion a nivel de sustrato en la que se transfiere un grupo fosfato de una molcula de sustrato, en este
caso 1,3-bisfosfoglicerato, al ADP para formar ATP.
Figura 3.27 La estructura del NAD+ y su reduccin a NADH. Cuando el 2 OH de la ribosa

(indicado con el sombreado de color purpura) forma un enlace covalente con un grupo fosfato,
la molcula es NADP+/NADPH, cuya funcin se explica ms adelante en este captulo.
Figura 3.28 Estratificacin de compuestos

por potencial de transferencia de fosfato.
Los compuestos fosforilados que ocupan un
sitio ms alto en la escala (aquellos con Go
de hidrolisis ms negativa) tienen menor
afinidad por su grupo fosfato que los
compuestos ms abajo en la escala. Como
resultado, los compuestos ms altos en la
escala transfieren con facilidad su grupo

fosfato para formar compuestos ms bajos
en la escala. Por lo tanto, los grupos fosfato

pueden transferirse del 1,3-bisfosfoglicerato
o fosfoenolpiruvato al ADP durante la
glucolisis.
Figura 3.29 Fermentacin. La mayor parte

de las clulas realizan respiracin aerbica,
que depende de oxigeno molecular. Si los
suministros de oxigeno disminuyen, como
ocurre en una clula de musculo esqueltico
sometida a contraccin extenuante o en una
clula de levadura que vive en condiciones
anaerbicas, estas clulas son capaces de
regenerar NAD + mediante la fermentacin.
Las clulas musculares realizan la
fermentacin mediante la sntesis de lactato,

mientras que las clulas de levadura lo
hacen mediante la formacin de etanol. La

oxidacin aerbica de piruvato mediante el
ciclo del TCA se describe con detalle en el
captulo 5.
Figura 3.30 Inhibicin por

retroalimentacin. El flujo de metabolitos en
una va metablica se detiene cuando la
primera enzima de la va (enzima BC) se
inhibe por el producto final de esa misma va
(compuesto E), el cual se une a un sitio
alosterico en la enzima. La inhibicin por
retroalimentacin impide que una clula
desperdicie recursos al continuar la
produccin de compuestos que ya no se
requieren.
Figura 3.31 Glucolisis en comparacin con

gluconeognesis. Aunque la mayor parte de
las reacciones son las mismas en las dos vas,
aun cuando corren en sentidos opuestos, las
tres reacciones irreversibles de la glucolisis
(pasos 1 a 3 aqu) se sustituyen en la va
gluconeogenica por distintas reacciones
favorables desde el punto de vista
termodinmico.

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Captulo 3. Bioenergtica, enzimas y metabolismo

Figura 3.3 Fenmenos que se acompaan

ocurre, no habr mas tendencia a la

a su mximo. (b) Las molculas de azcar

Figura 3.7 Estado estacionario frente a

concentraciones de ATP y ADP (as como

hasta alcanzar sus proporciones de

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Figura 3.11 El sitio activo de una enzima. (a) Representacin

electrnicos de los tomos que componen el sustrato y las cadenas

Figura 3.12 Tres mecanismos por los cuales

Figura 3.13 Diagrama del mecanismo cataltico de la quimotripsina.

resto del sustrato se libera como el primer producto. (Puede notarse

distancia entre si en la secuencia primaria, pero se aproximan dentro

Figura 3.15 Mapa de densidad electrnica

Kuhn et al., Biochemistry 37:13450, 1998,

Figura 3.16 Mioglobina: la pelcula. En este ejemplo de cristalografa por

de la molcula que no cambiaron de estructura en este periodo se ven en

Figura 3.18 Una grfica de Lineweaver-Burk de los recprocos de la velocidad y la

Figura 3.20 Inhibicin competitiva. Por su

Figura 3.24 Los pasos de la glucolisis.

Figura 3.27 La estructura del NAD+ y su reduccin a NADH. Cuando el 2 OH de la ribosa

Figura 3.28 Estratificacin de compuestos

escala transfieren con facilidad su grupo

en la escala. Por lo tanto, los grupos fosfato

Figura 3.29 Fermentacin. La mayor parte

fermentacin mediante la sntesis de lactato,

hacen mediante la formacin de etanol. La

Figura 3.30 Inhibicin por

Figura 3.31 Glucolisis en comparacin con

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