BIOQUMICA

Enzimologa
 Enzimologa

Generalidades.
Clasificacin.
Modo de accin de las enzimas.
Cintica de las reacciones simples
catalizadas por enzimas. Ecuacin de
Michaelis-Menten.
Actividad enzimtica. Unidades.
Cuantificacin de la actividad enzimtica.
Coenzimas.
Factores que afectan la cintica enzimtica.
Inhibidores enzimticos.
Regulacin de la catlisis enzimtica.
 Las enzimas son protenas altamente especializadas que
tienen como funcin la catlisis o regulacin de la
velocidad de las reacciones qumicas que se llevan a cabo
en los seres vivos.

E+S [ES] E+P

En su mayora son protenas, hay ARN con capacidad

cataltica (ribozimas)
Especficas para tipo de reaccin catalizada
Las enzimas son protenas* que catalizan reacciones
qumicas

Sin consumirse en una reaccin, aumentan notablemente

su velocidad.
Ello hace posible que en condiciones fisiolgicas tengan
lugar reacciones que sin catalizador requeriran
condiciones extremas de presin, temperatura o pH.
Prcticamente todas las reacciones qumicas que tienen
lugar en los seres vivos estn catalizadas por enzimas.
 Aspectos generales de las enzimas

Las enzimas son catalizadores especficos:

cada enzima cataliza un solo tipo de
reaccin, y casi siempre acta sobre
un nico sustrato o
un grupo muy reducido de ellos.
Se une en por lo menos 3 puntos de fijacin

Sustrato: sustancia sobre la que acta la enzima

 SITIOS FUNCIONALES

SITIO ACTIVO
Lugar donde se une el sustrato con
la enzima. Es especfico para su
sustrato, con actividad cataltica

SITIO ALOSTRICO
Lugar donde se une un producto o
metabolito a la enzima. Con
actividad reguladora
 Reaccin catalizada por una enzima:

Centro activo regin concreta de la enzima donde el sustrato se une

Enzima y su Unin al centro Formacin de

sustrato activo productos

E+S ES E + P

Complejo enzima-sustrato
 Caractersticas del centro activo

Pequeo: representa una porcin pequea del volumen total de

la enzima..

Especfico: debido a un conjunto de grupos qumicos ordenados

espacialmente de forma precisa

Tridimensional: generalmente es como una cavidad u hoyo.

Los aminocidos del centro activo no necesariamente estn

adyacentes unos a otros en la cadena polipeptdica lineal

Est situado superficialmente en la enzima

Los grupos que intervienen en la formacin del centro activo

realizan diferentes funciones.
 El centro activo comprende

Eje peptdico que da forma tridimencional

al centro activo

Grupos de ambientacin que dan

hidrofobicidad y refuerza interaccin E-S

Sitio de unin formado por los aminocidos

que estn en contacto directo con el
sustrato y

Sitio cataltico, formado por los

aminocidos directamente implicados en el
mecanismo de la reaccin
 El sustrato se une a la enzima luego se inicia la catlisis

Sitio de unin: es el que le da la especificidad a la enzima

Sitio
cataltico
 Interacciones en el centro activo

ENLACES FUERZAS DE
PUENTES DE
SALINOS O VAN DER
HIDRGENO
INICOS WAALS

Fuerzas residuales
Entre grupos Grupos de cadena
entre grupos del
polares de R con carga
centro ctivo y el
cadenas R electrica
sustrato

Aas: asprtico,
Aas: serina,
glutmico,
treonina, tirosona,
histidina, arginina,
etc
lisina
TIPOS

Nombre
particular

Nombre
sistemtico

Cdigo
Comisin
enzimtica
 Nomenclatura:

Nombres particulares, asignados por su descubridor.

Ejemplos: amilasa (hidrolisa el almidn)
glucoquinasa
Glc + ATP Glc-6P + ADP

Nombres sistemticos, constan de 3 partes.

el sustrato preferente
el tipo de reaccin realizado
terminacin "asa
Ejemplos glucoquinasa
ATP:glucosa fosfo transferasa
Glc + ATP Glc-6P + ADP
Nomenclatura: Comisin de Enzimas

Nombre identificado por un cdigo numrico:

encabezado por las letras EC (enzyme commission)
seguidas de cuatro nmeros separados por puntos.

GRUPOS
CLASE SUBCLASE QUMICOS

http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
Ej.: ATP:glucosa fosfotransferasa
(glucoquinasa)

Glc + ATP Glc-6P + ADP

E.C. 2.7.1.2.
2: transferasa
7: fosfotransferasa
1: el aceptor es un grupo OH
2: es un OH de la D-glucosa el
que acepta el grupo fosfato.

CLASES
Clase 1: OXIDORREDUCTASAS

AH2 + B A + BH2

Ared + Box Aox + Bred

Clase 2: TRANSFERASAS

A-B + C A + C-B
 Clase 3: HIDROLASAS

A-B + H2O AH + B-OH

 Clase 4: LIASAS

A-B A + B
 Clase 5: ISOMERASAS

A B

Fosfoglucosa isomerasa
EC 5.
 Clase 6: LIGASAS

A + B + XTP A-B + XDP + Pi

 APOENZIMA Zn2+
Cationes Ca2+
HOLOENZIMA Fe2+
metlicos
Mg2+
COFACTOR
Molculas
orgnicas

Unin no Unin covalente

covalente Grupo prosttico
NAD, FAD Hemo
 Mecanismo de accin de las coenzimas

La coenzima se une a un enzima

La enzima capta su substrato especfico

La enzima ataca a dicho substrato,

arrancndole algunos de sus tomos

La enzima cede a la coenzima dichos

tomos provenientes del sustrato.

La coenzima acepta dichos tomos y se

desprende de la enzima .

La coenzima transporta dichos tomos y acaba

cedindolos, recuperando as su capacidad para
aceptar nuevos tomos.
 MODO DE ACCIN DE LAS ENZIMAS

H2O2 H2O + O2

Perfil energtico de una Perfil energtico de una

reaccin espontnea reaccin catalizada
MODO DE ACCIN
DE LAS ENZIMAS

La accin de los catalizadores consiste en disminuir la

Energa de activacin

Las enzimas son catalizadores especialmente eficaces, ya que

disminuyen la Ea an ms que los catalizadores inorgnicos.

Por ej, la descomposicin del agua oxigenada (H2O2) puede

ocurrir
sin catalizador Ea= 18 Kcal/mol
con un catalizador inorgnico (platino) Ea= 12 Kcal/mol
con una enzima especfico (catalasa) Ea= 6 Kcal/mol

As, se puede calcular que el platino acelera la reaccin 20.000

veces, mientras que la catalasa la acelera 370.000 veces.
MODO DE
ACCIN DE LAS
ENZIMAS

Para que una reaccin qumica tenga lugar, las molculas

de los reactantes deben
chocar con una energa y una orientacin adecuadas.
La actuacin de la enzima
aumenta la concentracin efectiva de los sustratos (aumenta la
probabilidad de choque)
permite que los reactantes (sustratos) se unan a su centro
activo con una orientacin ptima para que la reaccin se
produzca y
modifica las propiedades qumicas del sustrato unido a su
centro activo, debilitando los enlaces existentes y facilitando la
formacin de otros nuevos
Dos modelos para la forma en que el sustrato se une al sitio
activo de la enzima
 MODELO LLAVE-CERRADURA

La estructura del sustrato y la del centro activo son

complementarias
Este modelo es vlido en muchos casos, pero no es
siempre correcto
 MODELO DEL AJUSTE INDUCIDO

El centro activo adopta la conformacin idnea slo en

presencia del sustrato.
La unin del sustrato al centro activo del enzima
desencadena un cambio conformacional que da lugar a la
formacin del producto.
Modelo del Ajuste Inducido
Tipos de catlisis
Tipos de catlisis
 Tipos de catlisis

Las enzimas se unen a sus sustratos en una

conformacin muy desfavorable para el enlace
que sufrir la divisin

Esta conformacin imita la del intermediario

de estado de transicin o el punto medio en
la transformacin de sustratos en productos.

.La tensin resultante estira o deforma el enlace

al cual se dirige; esto lo debilita y lo hace ms
vulnerable a divisin.
Tipos de catlisis

En las enzimas el grupo nucleoflico de la cadena

lateral forma un enlace covalente inestable con el
sustrato. Entonces el complejo E+S forma el producto

La modificacin qumica de la enzima es transitoria; en el

momento en que se completa la reaccin, la enzima vuelve a
su estado no modificado original. De este modo, su funcin
permanece cataltica
Catlisis mediante fructosa-2,6-bisfosfatasa
CAMBIOS DE ENERGA
 Indice de reaccin

En una reaccin
de transferencia
de grupo

2 reacciones
parciales

(+) E activacin para formacin producto intermedio = Gact

K eq.
K eq. Constante de equilibrio

1. La constante de equilibrio es una proporcin de las

constantes de ndice de reaccin.

2. En equilibrio, los ndices de reaccin (no las constantes de

ndice) de las reacciones hacia adelante y hacia atrs son iguales.

3. El equilibrio es un estado dinmico. Aunque no hay cambio

neto de la concentracin de sustratos o productos,

4. El valor numrico de la constante de equilibrio Keq puede

calcularse a partir de las concentraciones de sustratos y productos
en equilibrio o a partir de la proporcion k1/k1.
 Cintica de catlisis enzimtica

Las enzimas disminuyen GF Acelera ndices RX

Las enzimas no afectan Keq

El aumento de la temperatura E: 45 a 55
incrementa el ndice de
reacciones Q10 = coef. de temperatura = 2
 El ndice de casi todas las reacciones
catalizadas por enzima muestra una
dependencia importante de la
concentracin de ion hidrogeno

Casi toda enzima intracelular tiene

actividad ptima a pH 5 - 9

Para una enzima tpica, a medida que la concentracin de sustrato aumenta, la

vel. Inicial se incrementa hasta que alcanza un valor mximo Vmax
Efecto del sustrato

MODELO CINTICO DE
MICHAELIS-MENTEN
 Km constante de Michaelis

Concentracin de sustrato a la cual la velocidad inicial es la mitad

de la velocidad mxima alcanzada
Relacionando:
Para determinar grficamente los valores de KM y Vmax es ms sencillo
utilizar la representacin doble recproca (1/v0 frente a 1/[S]0), ya que
es una lnea recta. Esta representacin doble recproca recibe el nombre
de representacin de Lineweaver-Burk

Y= mx + b

=m

=b
ACTIVIDAD ENZIMTICA: se mide en trminos de
velocidad

UI: moles de sustrato que la enzima transforma en un

minuto.

Katal: moles de sustrato que la enzima transforma en

un segundo

Actividad especfica: Vmax / [protena]

Nmero de recambio: Vmax / moles de enzima

presente

Constante cataltica Kcat: Vmax / # sitios activos

 La constante catalitica, kcat
Si se conoce el numero de sitios activos presentes, la actividad cataltica
de una enzima homognea se expresa mejor como su constante
cataltica:
Eficiencia catalitica, kcat/Km
 Hay enzimas que no obedecen la ecuacin de Michaelis-
Menten. Se dice que su cintica no es Michaeliana.

Esto ocurre con las enzimas multimricas, cuya grfica

v frente a [S] no es una hiprbola, sino una sigmoide

En la cintica sigmoidea, pequeas variaciones en la

[S] en una zona crtica (cercana a la KM) se traduce en
grandes variaciones en la velocidad de reaccin.
ECUACIN DE HILL: cintica cooperativa

Si n > 1 cooperacin
positiva

Si n =1 conducta
cintica de M-M
Factores que afectan la cintica
enzimtica
La actividad puede estar afectada
por:
el pH
la temperatura
la fuerza inica
Inhibidores
Efecto el pH

Efecto de la Temperatura
Factores que afectan la cintica
enzimtica: INHIBIDORES

Ciertas molculas pueden inhibir la accin cataltica de un

enzima: son los inhibidores.

Irreversibles
E + I EI
se unen fuertemente a la E y el complejo no se disocia

Reversibles
E + I EI
 Inhibidores Reversibles

Pueden actuar de 3 modos:

ocupan temporalmente el centro activo por
semejanza estructural con el sustrato original:
inhibidor competitivo

alteran la conformacin espacial del enzima,

impidiendo su unin al sustrato: inhibidor no
competitivo

Se unen al complejo E-S impidiendo la catlisis

del sustrato: inhibidor acompetitivo
Inhibidores Reversibles
inhibidor competitivo
Inhibidores Reversibles
inhibidor no competitivo
Inhibidores Reversibles
inhibidor acompetitivo

P
 Regulacin de la catlisis
enzimtica

las concentraciones del sustrato y de

los productos finales
presencia de inhibidores
modulacin alostrica
modificacin covalente
activacin por proteolisis (zimgenos)
isoenzimas
 EFECTO DE LAS CONCENTRACIONES
SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA

La velocidad de una reaccin enzimtica depende de la

concentracin de sustrato.

Adems, la presencia de los productos finales puede hacer que

la reaccin sea ms lenta, o incluso invertir su sentido
 MODULACIN ALOSTRICA DE
LA ACTIVIDAD ENZIMTICA

Hay enzimas que pueden adoptar 2 conformaciones

interconvertibles llamadas R (relajada) y T (tensa).

R es la forma ms activa porque se une al sustrato con

ms afinidad. Las formas R y T se encuentran en
equilibrio R <==> T
 MODULACIN ALOSTRICA DE LA
ACTIVIDAD ENZIMTICA

Ciertas sustancias tienden a estabilizar la forma R.

Son los llamados moduladores positivos.
El propio sustrato es a menudo un modulador positivo.
Las molculas que favorecen la forma R pero que actan sobre
una regin del enzima distinta del centro activo son los
activadores alostricos (modulador alostrico positivo)
 MODULACIN ALOSTRICA DE LA
ACTIVIDAD ENZIMTICA

Las sustancias que favorecen la forma T y actan en lugares

distintos del centro activo de la enzima y disminuyen la
actividad enzimtica: son los moduladores alostricos
negativos.
 Regulacin de la actividad enzimtica por
MODIFICACIN COVALENTE

Hay enzimas que pasan de la forma inactiva a la activa

unindose covalentemente a un grupo qumico de pequeo
tamao como el Pi o el AMP.

Tambin se da el caso inverso

El enzima no fosforilado es El enzima fosforilado

inactivo es activo
 Regulacin de la actividad enzimtica por
ACTIVACIN PROTEOLTICA

Algunos enzimas no se sintetizan como tales, sino como

protenas precursoras sin actividad enzimtica. Estas
protenas se llaman proenzimas o zimgenos.

Para activarse, los zimgenos sufren un ataque hidroltico

que origina la liberacin de uno o varios pptidos.

El resto de la molcula proteica adopta la conformacin y las

propiedades del enzima activo.

Ej.: enzimas digestivos se secretan en forma de zimgenos y

en el tubo digestivo se convierten en la forma activa. Es el
caso de la quimotripsina, que se sintetiza en forma de
quimotripsingeno
Regulacin de la actividad enzimtica por
ACTIVACIN PROTEOLTICA
 REGULACIN DE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA
POR MEDIO DE ISOENZIMAS

Algunos enzimas tienen distinta estructura molecular aunque su

funcin biolgica es similar. Se llaman isozimas o isoenzimas.

Estas diferencias de estructura se traducen en ligeros cambios en

sus propiedades, de forma que cada isozima se adapta
perfectamente a la funcin que debe realizar.

As, podemos observar la existencia de isoenzimas en funcin de:

el tipo de tejido: Por ejemplo, la lactato deshidrogenasa presenta
isozimas distintos en msculo y corazn.

el compartimento celular donde acta: Por ejemplo, la malato

deshidrogenasa del citoplasma es distinta de la de la mitocondria.

el momento concreto del desarrollo del individuo. Ej: algunos

enzimas de la glicolisis del feto son diferentes de los mismos enzimas
en el adulto.