Ventajas y desventajas de la

evaluacin de microorganismos de
suelo por PCR

David Garca
PCR
Ventajas
Rapidez y sencillez.
Sensibilidad.

Desventajas
Necesidad de informacin
sobre la secuencia diana.
Tamao de los amplicones.
Costo.
Contaminacin contaminado*.
 Requisitos de la extraccin del DNA
en muestras en suelo
Yeates et al. (1998): O'Donell & Grres (1999)

Obtencin de DNA de alto peso Extraccin eficaz que asegure la rotura

molecular. de las estructuras celulares
caractersticas de algunos
microorganismos del suelo o de las
Obtencin de DNA libre de esporas.
inhibidores para las posteriores
pruebas moleculares.
La eliminacin de sustancias
contaminantes, como los cidos
Debe haber una lisis representativa de hmicos, que se extraen conjuntamente
los microorganismos dentro de la con los cidos nucleicos.
muestra.
cidos hmicos y flvicos
Ricos en Carbono. Se originan de la
degradacin microbiana de
biomolculas de plantas, p.ej. la
lignina.

Tienen gran poder quelante.

Accin continuada y persistente.

Evitan la accin de las endonucleasas

(Crecchio et al. 2005)
Porfirinas
Presente en hojas y sangre

Tienen gran poder quelante.

Secuestran los iones metlicos (Mg2+)

necesarios para la polimerasa.
(Barrio-Caballero, 2013)
Sanabria et al. (2012)
Deteccin de Ralstonia solanacearum, bacilo
gramnegativo causante de la marchitez
bacteriana de la papa, en muestras de suelo que
no pudieron ser cultivadas en el laboratorio.

Mancha grasienta en papa Microscopa electrnica de R. Solanacearum

Fuente: American Phytopathological Society Fuente: K. N. Shandrashekara
Agun et al. (2001)

Identificacin de cuatro
especies del hongo patgeno
Armillaria en menos de un da,
lo que representa una ganancia
en tiempo que beneficia el
control de la enfermedad.
Armillaria mellea
Fuente: Jos Luis Zavalsa
Llorens et al. (1997)

Sealan la utilidad de la PCR para

la determinacin de los hongos
ectomicorrcicos en bosques
templados. El uso de la PCR supera
la identificacin morfolgica ya que
es independiente de las variaciones
ambientales o del hospedador.
Mendoza & Maldonado (2015)

Identificacin de huevos de
Toxocara canis en muestras de
suelo, demostrando la mayor
sensibilidad y especificidad de la
PCR frente a la microscopa.
Huevo de T. canis
Fuente: University of Pennsyilvania School
of Veterinary Medicine.
 Barrera et al. (2016)

Mostraron la utilidad de la q-PCR para

detectar y cuantificar granulovirus en
muestras de suelo, destacando la
cuantificacin, que presentaba mayor
especificidad y sensibilidad que la
espectrofotometra.

Cydia pomonella granulovirus (CpGV)

Fuente: Dr. A. M. Huger.
PCR
Ventajas
Deteccin de microorganismos viables pero no cultivables.
Identificacin de especies.
Mayor especificidad y sensibilidad que los mtodos convencionales
El ADN est presente en todo el ciclo de vida.

Desventajas
Costo.
Contaminacin.
Baja concentracin del microorganismo.
Referencias
Agun, O., Sabars, M., Abelleira, A., Pintos, C., & Mansilla, J. P. 2001. La Reaccin en Cadena de la Polimerasa (PCR)
como tcnica de diagnstico en fitopatologa vegetal. III Congreso Forestal Espaol.
Barrera, G., Murcia, J., Cern, J., Cuartas, P., Guzmn, C. & Villamizar, L. 2016. PCR en tiempo real: una metodologa
til para la deteccin y cuantificacin de granulovirus. Revista Colombiana de Biotecnologa; 18(2):24-31.
Barrio-Caballero, P. A. 2013. Revisin de mtodos de extraccin de ADN a partir de restos seos en el laboratorio
forense. Revista Espaola de Medicina Legal; 39(2):64-62.
Crecchio, C., Ruggiero, P., Curci, M., Colombo, C., Palumbo, G. & Stotzky, G. 2005. Binding of DNA from Bacillus
subtilis on Montmorillonite-Humic Acids-Aluminium or Iron Hydroxypolymers: Effects on Transformation and Protection
against DNase. Soil Science Society of America Journal. 69:834-841.
Llorens, V., Martn, M. P. & Hidalgo, E. 1997. PCR: Una nueva herramienta para el estudio de hongos ectomicorrcicos.
Revista Catalana de Micologa 20: 187-198.
O'Donnell, A. G., & Grres, H. E. 1999. 16S rDNA methods in soil microbiology. Current Opinion in Biotechnology
10:225-229.
Programa de Formacin del Profesorado UNED. 2000. Reaccin en Cadena de la Polimerasa. Principios bsicos de la
manipulacin gentica. Ingeniera Gentica. Universidad Nacional de Educacin a Distancia, Espaa.
Sanabria, A., Siri, M. I., Cecchetto, G. & Pianzzola, M. J. 2012. Aplicacin de la tcnica de PCR en la deteccin de
Ralstonia solanacearum en campos paperos. Revista del Laboratorio Tecnolgico del Uruguay. 7:49-54
Yeates, C., Gillins, M. R., Davison, A. D., Altavilla, N. & Veal, D. A. 1998. Methods for microbial DNA extraction from
soil for PCR amplification. Biological Procedures Online, 1(1).