Modelos metablicos

Los modelos cinticos ms detallados poseen ventajas

e inconvenientes.

Al incorporar ms detalles biolgicos en un modelo, ste se

vuelve ms especfico para un organismo o proceso en
particular.

El marco determinista generalmente adoptado implica el

tratamiento del comportamiento de la clula promedio en
una gran poblacin de clulas.

Los modelos se basan en los siguientes supuestos, que se

derivan del conocimiento de: los ciclos celular y metablico,
as como las caractersticas reguladoras de la expresin
enzimtica del organismo.
 Supuestos del modelo
1. Segregadas, unidades celulares individuales no son consideradas.
2. El sustrato S limitante es a la vez fuente de carbono y energa
3. La biomasa consiste en dos partes, A y B.
4. La masa A lleva a cabo la captacin de sustrato y produccin de
energa; la masa B hace la sntesis y la divisin celular.
5. La acumulacin de energa y metabolitos se produce durante la fase
G1 del ciclo celular, se lleva a cabo por la masa A, y es descrito por la
conversin de la masa A a la masa B.
6. La replicacin del ADN, la mitosis y la divisin celular (Fases S, G2 y
M) se producen durante un intervalo de tiempo fijo, llevados a cabo
por la masa B, y se describen por la conversin de la masa B a la
masa A.
7. Todas las enzimas en la va fermentativa se agrupan juntas y
representados como Ef. Las enzimas de la va respiratoria, denotados
Er, son tratados de manera similar.
 Supuestos del modelo (cotinuacin)
8. Dos modos de control diferentes influyen en la produccin de cada
sistema de enzima. Primero, las enzimas se producen a tasas
proporcionales a la corriente de flujo metablico a travs de ese
sistema de enzimas. Segundo, hay una produccin de adaptacin
adicional de cada sistema de enzima el cual es proporcional a la
diferencia entre la concentracin de la enzima existente y un valor
"objetivo" (eF y eR para la fermentacin y la respiracin,
respectivamente). Los valores buscados son proporcionales al flujo
que se producira si las concentraciones de la enzima no son
limitantes
La tasa de gluclisis y respiracin son linealmente dependientes de
ef/eF y er/eR, respectivamente
8. Las enzimas glicolticas se producen como consecuencia del flujo
hasta alcanzar la va respiratoria (para proporcionar enzimas para la
gluconeognesis, la biosntesis y la utilizacin de reservas
intracelulares de carbohidrato).
Estequiometra

W denota que las variables se tratan en unidades de masa

Las velocidades rA, rB y rC estn dadas por:

Las concentraciones de enzima buscadas son:

er y ef denotan las actividades de la enzima por unidad de volumen

del cultivo.
Las velocidades de produccin de enzimas fermentativas y
respiratorias se toman como:
Dependencia de la concentracin de sustrato s en el efluente,
concentracin celular x, y velocidad de produccin celular xD.
Clculos del modelo de densidad msica celular x (lnea continua) y
actividades enzimticas especficas ef/x y er/x (lneas discontinuas) de S.
cerevisiae versus la velocidad de dilucin D (h-1) en un cultivo en reactor de
tanque agitado en estado estacionario.
Datos experimentales sobre las actividades especficas de las enzimas
fermentativas tpicas, glutamato deshidrogenasa asociada a NADP+ (GluDH-
NADP+) y alcohol deshidrogenasa (ADH).
Actividades especficas medidas experimentalmente de las enzimas asociadas
con la respiracin malato deshidrogenasa (MDH) e isocitrato liasa (ICL).
Diagrama
esquemtico del
modelo de una sola
clula altamente
estructurado para el
crecimiento de E. coli
B/r A en medio de
glucosa - sales de
amonio.
Detalles importantes del modelo sobre la regulacin
de la iniciacin de la sntesis de ADN.

Un represor RP se sintetiza en un corto perodo de tiempo

(sntesis rfaga) y se neutraliza por una protena
antirepresora (ARP) que se sintetiza a una velocidad
proporcional a la sntesis de la envoltura celular.

Cuando el nivel de RP libre es lo suficientemente bajo,

formando O-ARN, necesario para la replicacin de la
transcripcin, comienza.
Grfico de doble recproco de la velocidad de crecimiento especfica versus la
concentracin de iones amonio del crecimiento limitado en nitrgeno de E. coli B/r A
Comparacin de los
resultados del modelo de
clulas individuales con
datos experimentales
Modelado de crecimiento de las clulas como
un proceso ptimo
Los estudios del crecimiento microbiano en mezclas de
diferentes sustratos han demostrado que los organismos
tpicamente consumen preferentemente el sustrato que
proporciona el ms rpido crecimiento.

A travs de la seleccin natural y la evolucin, los sistemas

biolgicos han adquirido la capacidad de explotar su entorno
de una manera ptima.
Un algoritmo de optimizacin basado en la ley de la igualacin
para la asignacin de recursos ha demostrado ser muy til en el
modelado del crecimiento de clulas sobre sustratos mixtos.

Supongamos que la tasa de crecimiento de la poblacin depende de

las concentraciones intracelulares e1, e2,... de un conjunto de
enzimas que se requieren para la asimilacin de los sustratos S1,
S2,... respectivamente.

La contribucin de sustrato de Si a la formacin de biomasa como:

donde:
 El factor de ponderacin i:

donde j es la energa liberada por unidad de masa de sustrato j consumido.

Se considera que la velocidad de sntesis de la enzima Ei ser

donde